--- /scratch/users/mlosch/MITgcm/tools/genmake2	2014-11-03 10:48:01.154070057 +0100
+++ genmake2	2014-12-10 09:23:33.121567223 +0100
@@ -3124,6 +3124,19 @@
 
 cat >>$MAKEFILE <<EOF
 
+# ... Utilities ...
+remove_comments:
+	sed -i.bak -f \$(TOOLSDIR)/remove_comments_sed \$(AD_FILES)
+	@-rm -f \$(AD_FILES:.$FS=.$FS.bak)
+adj_sed:
+	sed -i.bak -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed \$(AD_FILES:.$FS=_ad.$FS) 
+	@-rm -f \$(AD_FILES:.$FS=_ad.$FS.bak)
+ftl_sed:
+	sed -i.bak -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed \$(AD_FILES:.$FS=_tl.$FS) 
+	@-rm -f \$(AD_FILES:.$FS=_tl.$FS.bak)
+adobjfiles: \$(AD_FILES:.$FS=_ad.o)
+ftlobjfiles: \$(AD_FILES:.$FS=_tl.o)
+
 # ... AD ...
 adall: ad_exe_target
 adtaf: ad_taf_output.$FS
@@ -3144,19 +3157,25 @@
 	@\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(FLOWFILES)
 	cat \$(FLOWFILES) \$(AD_FILES) | sed -f \$(TOOLSDIR)/remove_comments_sed > ad_input_code.$FS
 
-ad_taf_output.$FS: ad_input_code.$FS
-	@-rm -f ad_input_code_ad.$FS ; echo ''
-	\$(TAF) \$(AD_TAF_FLAGS) \$(TAF_EXTRA) ad_input_code.$FS
-	ls -l ad_input_code_ad.$FS
-	cat ad_input_code_ad.$FS | sed -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed > ad_taf_output.$FS
+ad_taf_output.$FS: \$(AD_FLOW_FILES) \$(AD_FILES)
+	@$BASH\$(TOOLSDIR)/convert_cpp_cmd2defines "Adjoint version" -bAD_CONFIG_H -DALLOW_ADJOINT_RUN -UALLOW_TANGENTLINEAR_RUN > ad_config.template
+	cmp ad_config.template AD_CONFIG.h || cat ad_config.template > AD_CONFIG.h
+	@-rm -f ad_config.template
+	@\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(F77_PP_SRC_FILES)
+	@\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(FLOWFILES)
+	@-rm -f \$(AD_FILES:.$FS=_ad.$FS) \$(AD_FILES:.$FS=_ad.o); echo ''
+	\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) remove_comments
+	\$(TAF) \$(AD_TAF_FLAGS) \$(TAF_EXTRA) \$(FLOWFILES) \$(AD_FILES)
+	\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) adj_sed
+	\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) adobjfiles
+	cat \$(AD_FILES:.$FS=_ad.$FS) > ad_taf_output.$FS
 
 adtafonly:
-	\$(TAF) \$(AD_TAF_FLAGS) \$(TAF_EXTRA) ad_input_code.$FS
-	ls -l ad_input_code_ad.$FS
-	cat ad_input_code_ad.$FS | sed -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed > ad_taf_output.$FS
+	\$(TAF) \$(AD_TAF_FLAGS) \$(TAF_EXTRA) \$(FLOWFILES) \$(AD_FILES)
+	cat \$(AD_FILES:.$FS=_ad.$FS) | sed -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed > ad_taf_output.$FS
 
-\$(EXE_AD): \$(SPECIAL_FILES) \$(H_SRC_FILES) ad_taf_output.o \$(NON_AD_F77_SRC_FILES:.F=.o) \$(F90_SRC_FILES:.F90=.o) \$(C_SRC_FILES:.c=.o) \$(EMBEDDED_FILES)
-	\$(LINK) -o \${EXE_AD} \$(FFLAGS) \$(FOPTIM) ad_taf_output.o \$(NON_AD_F77_SRC_FILES:.F=.o) \$(F90_SRC_FILES:.F90=.o) \$(C_SRC_FILES:.c=.o) \$(LIBS)
+\$(EXE_AD): \$(SPECIAL_FILES) \$(H_SRC_FILES) ad_taf_output.$FS \$(NON_AD_F77_SRC_FILES:.F=.o) \$(F90_SRC_FILES:.F90=.o) \$(C_SRC_FILES:.c=.o) \$(EMBEDDED_FILES)
+	\$(LINK) -o \${EXE_AD} \$(FFLAGS) \$(FOPTIM) \$(AD_FILES:.$FS=_ad.o) \$(NON_AD_F77_SRC_FILES:.F=.o) \$(F90_SRC_FILES:.F90=.o) \$(C_SRC_FILES:.c=.o) \$(LIBS)
 
 ad_tamc_output.$FS: ad_input_code.$FS
 	\$(TAMC) \$(AD_TAMC_FLAGS) \$(TAMC_EXTRA) ad_input_code.$FS
@@ -3171,7 +3190,7 @@
 adtrick:
 	patch < \$(TOOLSDIR)/ad_taf_output.f.adtrick.diff
 
-adobj: ad_taf_output.o \$(NON_AD_F77_SRC_FILES:.F=.o) \$(F90_SRC_FILES:.F90=.o) \$(C_SRC_FILES:.c=.o)
+adobj: \$(AD_FILES:.$FS=_ad.o) \$(NON_AD_F77_SRC_FILES:.F=.o) \$(F90_SRC_FILES:.F90=.o) \$(C_SRC_FILES:.c=.o)
 
 # ... FTL ...
 ftlall: ftl_exe_target
@@ -3193,19 +3212,25 @@
 	@\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(AD_FLOW_FILES)
 	cat \$(AD_FLOW_FILES) \$(AD_FILES) | sed -f \$(TOOLSDIR)/remove_comments_sed > ftl_input_code.$FS
 
-ftl_taf_output.$FS: ftl_input_code.$FS
-	@-rm -f ftl_input_code_tl.$FS ; echo ''
-	\$(TAF) \$(FTL_TAF_FLAGS) \$(TAF_EXTRA) ftl_input_code.$FS
-	ls -l ftl_input_code_tl.$FS
-	cat ftl_input_code_tl.$FS | sed -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed > ftl_taf_output.$FS
+ftl_taf_output.$FS: \$(AD_FLOW_FILES) \$(AD_FILES)
+	@$BASH\$(TOOLSDIR)/convert_cpp_cmd2defines "TangLin version" -bAD_CONFIG_H -UALLOW_ADJOINT_RUN -DALLOW_TANGENTLINEAR_RUN > ad_config.template
+	cmp ad_config.template AD_CONFIG.h || cat ad_config.template > AD_CONFIG.h
+	@-rm -f ad_config.template
+	@\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(F77_PP_SRC_FILES)
+	@\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) \$(AD_FLOW_FILES)
+	@-rm -f \$(AD_FILES:.$FS=_tl.$FS) \$(AD_FILES:.$FS=_tl.o); echo ''
+	\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) remove_comments
+	\$(TAF) \$(FTL_TAF_FLAGS) \$(TAF_EXTRA) \$(AD_FLOW_FILES) \$(AD_FILES) 
+	\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) ftl_sed
+	\$(MAKE) -f \$(MAKEFILE) ftlobjfiles
+	cat \$(AD_FILES:.$FS=_tl.$FS) > ftl_taf_output.$FS
 
 ftltafonly:
 	\$(TAF) \$(FTL_TAF_FLAGS) \$(TAF_EXTRA) ftl_input_code.$FS
-	ls -l ftl_input_code_tl.$FS
-	cat ftl_input_code_tl.$FS | sed -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed > ftl_taf_output.$FS
+	cat \$(AD_FILES:.$FS=_tl.$FS) | sed -f \$(TOOLSDIR)/adjoint_sed > ftl_taf_output.$FS
 
-\$(EXE_FTL): \$(SPECIAL_FILES) \$(H_SRC_FILES) ftl_taf_output.o \$(NON_AD_F77_SRC_FILES:.F=.o) \$(F90_SRC_FILES:.F90=.o) \$(C_SRC_FILES:.c=.o) \$(EMBEDDED_FILES)
-	\$(LINK) -o \${EXE_FTL} \$(FFLAGS) \$(FOPTIM) ftl_taf_output.o \$(NON_AD_F77_SRC_FILES:.F=.o) \$(F90_SRC_FILES:.F90=.o) \$(C_SRC_FILES:.c=.o) \$(LIBS)
+\$(EXE_FTL): \$(SPECIAL_FILES) \$(H_SRC_FILES) ftl_taf_output.$FS \$(NON_AD_F77_SRC_FILES:.F=.o) \$(F90_SRC_FILES:.F90=.o) \$(C_SRC_FILES:.c=.o) \$(EMBEDDED_FILES)
+	\$(LINK) -o \${EXE_FTL} \$(FFLAGS) \$(FOPTIM) \$(AD_FILES:.$FS=_tl.o) \$(NON_AD_F77_SRC_FILES:.F=.o) \$(F90_SRC_FILES:.F90=.o) \$(C_SRC_FILES:.c=.o) \$(LIBS)
 
 ftl_tamc_output.$FS: ftl_input_code.$FS
 	\$(TAMC) \$(FTL_TAMC_FLAGS) \$(TAMC_EXTRA) ftl_input_code.$FS