/[MITgcm]/MITgcm_contrib/jmc_script/extract_StD
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Diff of /MITgcm_contrib/jmc_script/extract_StD

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revision 1.1 by jmc, Sat Jan 7 16:23:29 2006 UTC revision 1.4 by jmc, Tue Feb 11 22:17:43 2020 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/sh  #! /usr/bin/env bash
2    
3    # $Header$
4    # $Name$
5    
6    add=0 ; mut=0 ;
7    if [ $# -ge 3 ]
8    then
9     if test $1 = '-a' ; then add=1; shift; fi
10     if test $1 = '-s' ; then mut=1; shift; fi
11     if test $add = 0  ; then if test $1 = '-a' ; then add=1; shift; fi ; fi
12    fi
13    
14  case $# in  case $# in
15    0|1) echo "Usage: `basename $0` input_fil outp_sufix [field_name_list]"  0|1|2) echo "Usage: `basename $0` [-a][-s] input_fil out_pfix out_sfix [field_name_list]"
16         echo "   from ASCII Diagnostics-Stats file (=input_fil) and for each field"         echo "   from ASCII Diagnostics-Stats file (=input_fil) and for each field"
17         echo "   (in field_name_list), extract the associated numerical values and"         echo "   (in field_name_list), extract the associated numerical values and"
18         echo "   put them in a separated file: stDiag_{VAR}.{outp_sufix}"         echo "   put them in a separated file: {out_pfix}_{VAR}.{out_sfix}"
19           echo "   -a : append to output_file ; -s : silent mode "
20           echo "   '=' as out_pfix -> take {input_fil} basename "
21         exit 9 ;;         exit 9 ;;
     2) listV='T' ;;  
22      *) ;;      *) ;;
23  esac  esac
24    
25  inpFil=$1  inpFil=$1
26  #outFil=$2  if test $2 = '='
27  sufx=$2  then prfx=`basename $inpFil | sed 's/\..*\.txt//'`
28    else prfx=$2 ; fi
29    sufx=$3
30  tmpFil='TTT.'$$  tmpFil='TTT.'$$
31  if test $# = '2'  tmpfil='ttt.'$$
32  then listV='T'  
33    echo 'output pre,sufix:' $prfx','$sufx '; input file:' $inpFil
34    if test $# = '3'
35    then listV=`sed -n '/^# Fields /s/# Fields       ://p' $inpFil`
36  else  else
37   shift; shift; listV=$*   shift; shift; shift; listV=$*
38    fi
39    if test $mut = 0 ; then
40     grep '^# Fields ' $inpFil
41     echo 'selected var:' $listV
42    #echo 'sufx, tmpFil:' $sufx $tmpFil
43  fi  fi
 echo $inpFil $sufx $listV $tmpFil  
 grep '^# Fields ' $inpFil  
44    
45    flag=1;
46  for vv in $listV  for vv in $listV
47  do  do
  outFil='stDiag_'$vv.$sufx  
48   case $vv in   case $vv in
49     'Eta') var='ETAN';;     'Eta') var='ETAN'     ; vfl=$vv ;;
50     'Et2') var='ETANSQ';;                'ETAN'     ) var=$vv ; vfl='Eta';;
51       'T') var='THETA';;       'T') var='THETA'    ; vfl=$vv ;;
52       'S') var='SALT' ;;                'THETA'    ) var=$vv ; vfl='T' ;;
53       'U') var='UVEL' ;;       'S') var='SALT'     ; vfl=$vv  ;;
54       'V') var='VVEL' ;;                'SALT'     ) var=$vv ; vfl='S' ;;
55       'W') var='WVEL' ;;       'U') var='UVEL'     ; vfl=$vv  ;;
56      'U2') var='UVELSQ' ;;                'UVEL'     ) var=$vv ; vfl='U' ;;
57      'V2') var='VVELSQ' ;;       'V') var='VVEL'     ; vfl=$vv  ;;
58         *)  var=$vv ;;                'VVEL'     ) var=$vv ; vfl='V' ;;
59         'W') var='WVEL'     ; vfl=$vv  ;;
60                  'WVEL'     ) var=$vv ; vfl='W' ;;
61       'Phi') var='PHIHYD'   ; vfl=$vv  ;;
62                  'PHIHYD'   ) var=$vv ; vfl='Phi';;
63       'Et2') var='ETANSQ'   ; vfl=$vv ;;
64                  'ETANSQ'   ) var=$vv ; vfl='Et2';;
65        'T2') var='THETASQ'  ; vfl=$vv ;;
66                  'THETASQ'  ) var=$vv ; vfl='T2' ;;
67        'S2') var='SALTSQ'   ; vfl=$vv  ;;
68                  'SALTSQ'   ) var=$vv ; vfl='S2' ;;
69        'U2') var='UVELSQ'   ; vfl=$vv  ;;
70                  'UVELSQ'   ) var=$vv ; vfl='U2' ;;
71        'V2') var='VVELSQ'   ; vfl=$vv  ;;
72                  'VVELSQ'   ) var=$vv ; vfl='V2' ;;
73        'W2') var='WVELSQ'   ; vfl=$vv  ;;
74                  'WVELSQ'   ) var=$vv ; vfl='W2' ;;
75           *)  var=$vv ; vfl=$vv ;;
76   esac   esac
77  #echo 'grep -m 1' "^ field : ${var} " $inpFil  #echo 'grep -m 1' "^ field : ${var} " $inpFil
78  #grep -m 1 "^ field : ${var} " $inpFil  #grep -m 1 "^ field : ${var} " $inpFil
# Line 43  do Line 81  do
81   then   then
82    echo 'WARNING variable:' $var 'not found in file' $inpFil    echo 'WARNING variable:' $var 'not found in file' $inpFil
83   else   else
   echo 'extract variable:' $var ', outFil=' $outFil  
84  #echo 'nLev=' $nLev  #echo 'nLev=' $nLev
85    #- first variable: extract Header, then Iter Numbers:
86      if test $flag = 1
87      then flag=0
88        outFil=${prfx}'_head'.$sufx
89        nLin=`sed -n "/^# end of header/=" $inpFil`
90        head -$nLin $inpFil > $tmpFil
91        if test -f $outFil -a $add = 0 ; then rm -f $outFil ; fi
92        if test -f $outFil
93        then
94          diff $tmpFil $outFil > /dev/null
95          out=$?
96          if test $out != '0'
97          then
98            echo 'WARNNING : get Different header file:' $outFil
99            cat $tmpFil >> $outFil
100          fi
101          rm -f $tmpFil
102        else mv $tmpFil $outFil
103          if test $mut = 0 ; then echo 'extract Header (' $nLin 'lines )  ==> ' $outFil ; fi
104        fi
105    #----
106        outFil=${prfx}'_Iter'.$sufx
107        if test $mut = 0 ; then echo 'extract Iteration Nb ==> outFil=' $outFil ; fi
108        if test -f $outFil -a $add = 0 ; then rm -f $outFil ; fi
109        touch $outFil
110        rList=`sed -n '/^# Regions /s/# Regions      ://p' $inpFil`
111        for j in $rList ; do jj=$j ; done
112        grep "^ field : ${var} " $inpFil | grep "$j ; nb.Lev =" | \
113                      sed 's/.*Iter =//' | sed 's/; region.*//g' >> $outFil
114      fi
115    #----
116      outFil=${prfx}'_'$vfl.$sufx
117      if test $mut = 0 ; then echo 'extract variable:' $var ', outFil=' $outFil ; fi
118  #- echo set of sed instruction to file sedFil :  #- echo set of sed instruction to file sedFil :
119    sedFil=$tmpFil.$vv    sedFil=$tmpFil.$vv
120    rm -f $sedFil    rm -f $sedFil
121    echo "/^ field : $var /{" > $sedFil    echo "/^ field : $var /{" > $sedFil
122    if test $nLev = 1 ; then k=0 ; else k=-1 ; fi    if test $nLev = 1 ; then k=0 ; else k=-1 ; fi
123    while [ $k -le $nLev ]    while [ $k -le $nLev ]
124    do    do
125     echo "N" >> $sedFil     echo "N" >> $sedFil
126     k=`expr $k + 1`     k=`expr $k + 1`
127    done    done
# Line 59  do Line 129  do
129    echo "}" >> $sedFil    echo "}" >> $sedFil
130  #- extract records of variable "var" using sed command & sedFil  #- extract records of variable "var" using sed command & sedFil
131    sed -n -f $sedFil $inpFil > $tmpFil    sed -n -f $sedFil $inpFil > $tmpFil
132    head -1 $tmpFil    if test $mut = 0 ; then head -1 $tmpFil ; fi
133    sed '/^ k /d' $tmpFil | sed '/^ field /d' > $outFil    if test -f $outFil -a $add = 0 ; then rm -f $outFil ; fi
134      touch $outFil
135      sed '/^ k /d' $tmpFil | sed '/^ field /d' >> $outFil
136    rm -f $sedFil $tmpFil    rm -f $sedFil $tmpFil
137   fi   fi
138  done  done
Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.4
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