/[MITgcm]/MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice
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revision 1.65 by dimitri, Tue Sep 5 02:49:56 2006 UTC revision 1.67 by dimitri, Wed Oct 4 17:47:26 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  Instructions for setting up a cube-sphere integration with sea-ice.  Instructions for setting up a cube-sphere integration with sea-ice.
2    
3  Last updated: September 4, 2006  September 28, 2006: 216-CPU code for cube38
4    
5    September 4, 2006
6  Modified 32*32*6*15 experiments to use grid_cs32.* files from  Modified 32*32*6*15 experiments to use grid_cs32.* files from
7   verification/tutorial_held_suarez_cs/input instead of   verification/tutorial_held_suarez_cs/input instead of
8   tile* files from verification/global_ocean.cs32x15/input   tile* files from verification/global_ocean.cs32x15/input
9    
10  Updated: August 8, 2006  August 8, 2006
11  216-CPU code and input used for integrating cube37  216-CPU code and input used for integrating cube37
12  using "June 10, 2006" MITgcm code.  using "June 10, 2006" MITgcm code.
13    
14    for online T/S profile diagnostics all that is needed is
15      profiles_init_fixed
16      profiles_inloop
17    see pkg/ecco/ecco_cost_init_fixed.F
18        pkg/ecco/cost_averagesfields.F
19    
20    
21  ##########################################################################  ##########################################################################
22  ##########################################################################  ##########################################################################
# Line 69  subplot(224), mypcolor(vice(:,:,6)'); co Line 77  subplot(224), mypcolor(vice(:,:,6)'); co
77    
78  ##########################################################################  ##########################################################################
79  ##########################################################################  ##########################################################################
80  # 32*32*6*15, 17-tile, 1-cpu cube sphere experiment  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on altix with ifort and pkg/diagnostics
81    # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau
82    # these can be obained from lou:/u/menemenl/cube
83    
84  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
85  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
86  \cp ../code_alt/code.176t_8x4/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s216t_85x85/* .
87    \cp SIZE.h_216 SIZE.h
88    \cp packages.conf_hr packages.conf
89    
90  cd ../build  cd ../build
91  \rm *  \rm *
92  ../../../tools/genmake2 -mods=../code  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of
93    ../../../tools/build_options/linux_ia\
94    64_ifort+mpi_altix_nas
95  make depend  make depend
96  make  make -j
97    
98  cd ..  cd ..
99  mkdir run  mkdir run
100  cd run  cd run
101  \rm *  \rm *
 \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .  
102  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
103  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
104  ../build/mitgcmuv >& output.txt  ln -sf ../../../../run_template/* .
105    \rm pickup* data.pkg data.seaice data.exf_clim data.exf data bathy_Hmin50.bin
106    \rm *192_94* *cs32* *.m lev* tren* job_c* job_altix150 job_altix92_54t
107    ln -sf ../../../../run_template/pickup.0000000216.cube38 pickup.0000000216
108    ln -sf  ../../../../run_template/pickup_seaice.0000000216.cube38
109    pickup_seaice.\
110    0000000216
111    \cp ../build/mitgcmuv .
112    qsub job_altix
113    
114    
115  ##########################################################################  ##########################################################################
116  ##########################################################################  ##########################################################################
117  # 32*32*6*15, 2-cpu cube sphere on the altices with ifort  # 32*32*6*15, 17-tile, 1-cpu cube sphere experiment
118    
119  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
120  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
121  \cp ../../../utils/exch2/code-mods/s12t_16x32/* .  \cp ../code_alt/code.176t_8x4/* .
 \cp SIZE.h_mpi SIZE.h  
   
122  cd ../build  cd ../build
123  \rm *  \rm *
124  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas  ../../../tools/genmake2 -mods=../code
125  make depend  make depend
126  make -j  make
   
127  cd ..  cd ..
128  mkdir run  mkdir run
129  cd run  cd run
# Line 111  cd run Line 131  cd run
131  \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .  \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .
132  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
133  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
134  mpirun -np 2 ../build/mitgcmuv  ../build/mitgcmuv >& output.txt
135    
136    
137  ##########################################################################  ##########################################################################
138  ##########################################################################  ##########################################################################
139  # 510*510*6*50, 54-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc  # 32*32*6*15, 2-cpu cube sphere on the altices with ifort
 # starting with pickup file from end of 1992  
 # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau  
140    
141  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
142  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
143  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s54t_170x170/* .  \cp ../../../utils/exch2/code-mods/s12t_16x32/* .
144  \cp packages.conf_hr packages.conf  \cp SIZE.h_mpi SIZE.h
145    
146  cd ../build  cd ../build
147  \rm *  \rm *
148  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_efc+mpi_altix  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas
149  make depend  make depend
150  make -j  make -j
151    
# Line 135  cd .. Line 153  cd ..
153  mkdir run  mkdir run
154  cd run  cd run
155  \rm *  \rm *
156    \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .
157  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
158  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
159  qsub job_altix92_54t  mpirun -np 2 ../build/mitgcmuv
160    
161    
162  ##########################################################################  ##########################################################################
163  ##########################################################################  ##########################################################################
164  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on altix with ifort and pkg/diagnostics  # 510*510*6*50, 54-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc
165    # starting with pickup file from end of 1992
166  # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau  # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau
 # these can be obained from lou:/u/menemenl/cube  
167    
168  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
169  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
170  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s216t_85x85/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s54t_170x170/* .
 \cp SIZE.h_216 SIZE.h  
171  \cp packages.conf_hr packages.conf  \cp packages.conf_hr packages.conf
172    
173  cd ../build  cd ../build
174  \rm *  \rm *
175  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_efc+mpi_altix
176  make depend  make depend
177  make -j  make -j
178    
# Line 164  cd run Line 182  cd run
182  \rm *  \rm *
183  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
184  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
185  ln -sf ../../../../run_template/* .  qsub job_altix92_54t
 \rm pickup* data.pkg data.seaice data.exf_clim data.exf data  
 \rm *192_94* *cs32* *.m lev* tren* job_c* job_altix150 job_altix92_54t  
 ln -sf ../../../../run_template/pickup.0000000216.cube27 pickup.0000000216  
 ln -sf  ../../../../run_template/pickup_seaice.0000000216.cube27 pickup_seaice.0000000216  
 \cp ../build/mitgcmuv .  
 qsub job_altix  
186    
187    
188  ##########################################################################  ##########################################################################
# Line 204  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 216  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
216  qsub job_altix150  qsub job_altix150
217    
218    
   
   
219  ##########################################################################  ##########################################################################
220  ##########################################################################  ##########################################################################
221  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land
# Line 238  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 248  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
248  job_c20_375cpu < /dev/null >&! output.run &  job_c20_375cpu < /dev/null >&! output.run &
249    
250    
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
251  ##########################################################################  ##########################################################################
252  ##########################################################################  ##########################################################################
253  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land
# Line 312  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 312  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
312  job_c19_500cpu < /dev/null >&! output.run &  job_c19_500cpu < /dev/null >&! output.run &
313    
314    
   
   
   
315  ##########################################################################  ##########################################################################
316  ##########################################################################  ##########################################################################
317  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on cosmos  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on cosmos
# Line 350  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 347  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
347  bsub < job_cosmos  bsub < job_cosmos
348    
349    
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
350  ##########################################################################  ##########################################################################
351  ##########################################################################  ##########################################################################
352  # 510*510*6*50, 216-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc  # 510*510*6*50, 216-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc
Legend:
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changed lines
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