/[MITgcm]/MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice
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Diff of /MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice

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revision 1.62 by dimitri, Sat Feb 25 16:59:00 2006 UTC revision 1.76 by dimitri, Tue Nov 7 15:24:04 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  Instructions for setting up a cube-sphere integration with sea-ice.  Instructions for setting up a cube-sphere integration with sea-ice.
2  Date last updated: February 25, 2005  
3  216-CPU code and input used for integrating cube29.  =================
4    UPDATES
5    
6    November 7, 2006: 216-CPU code for cube43
7    Bug fixes in growth.F routine and new set of diagnostics
8    
9    October 15, 2006: 216-CPU code for cube40
10    
11    September 28, 2006: 216-CPU code for cube38
12    
13    September 4, 2006
14    Modified 32*32*6*15 experiments to use grid_cs32.* files from
15     verification/tutorial_held_suarez_cs/input instead of
16     tile* files from verification/global_ocean.cs32x15/input
17    
18    August 8, 2006: 216-CPU code and input used for cube37
19    using "June 10, 2006" MITgcm code.
20    
21    for online T/S profile diagnostics all that is needed is
22      profiles_init_fixed
23      profiles_inloop
24    see pkg/ecco/ecco_cost_init_fixed.F
25        pkg/ecco/cost_averagesfields.F
26    
27    
28  ##########################################################################  ##########################################################################
29  ##########################################################################  ##########################################################################
30  # getting the code from anonymous CVS server  # getting the code from anonymous CVS server
31    #
32    
33      bash or sh shell:
34        $ export CVSROOT=':pserver:cvsanon@mitgcm.org:/u/gcmpack'
35        $ cvs login
36          ( enter the CVS password: "cvsanon" )
37    
38      tcsh or csh shell:
39        $ setenv CVSROOT ':pserver:cvsanon@mitgcm.org:/u/gcmpack'
40        $ cvs login
41          ( enter the CVS password: "cvsanon" )
42    
43  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice
44  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods
# Line 13  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/inpu Line 46  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/inpu
46  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/results  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/results
47  cvs co MITgcm_code  cvs co MITgcm_code
48  cvs co MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15  cvs co MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15
49    cvs co MITgcm/verification/tutorial_held_suarez_cs/input
50    
51    
52    ##########################################################################
53    ##########################################################################
54    # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on altix with ifort and pkg/diagnostics
55    # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau
56    # these can be obained from lou:/u/menemenl/cube
57    
58    cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
59    \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
60    \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s216t_85x85/* .
61    \cp SIZE.h_216 SIZE.h
62    \cp packages.conf_hr packages.conf
63    
64    cd ../build
65    \rm *
66    ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas
67    make depend
68    make -j
69    
70  # remove check in config_check.F  cd ..
71  > C-TRM     IF ( highOrderVorticity .AND. useCubedSphereExchange ) THEN  mkdir run
72  > C-TRM       WRITE(msgBuf,'(2A)')  cd run
73  > C-TRM    &   'CONFIG_CHECK: highOrderVorticity Scheme does not work',  \rm *
74  > C-TRM    &   ' on CubedSphere grid'  \cp ../input/* .
75  > C-TRM       CALL PRINT_ERROR( msgBuf , myThid)  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
76  > C-TRM       STOP 'ABNORMAL END: S/R CONFIG_CHECK'  ln -sf ../../../../run_template/* .
77  > C-TRM     ENDIF  \rm pickup* eedata.mth data.pkg data.seaice data.exf_clim data.exf data.mnc data pr*
78    \rm bathy_Hmin50.bin *192_94* *cs32* *.m lev* tren* job_c* job_altix150 job_altix92_54t
79    ln -sf ../../../../run_template/pickup.0000000216.cube38 pickup.0000000216
80    ln -sf  ../../../../run_template/pickup_seaice.0000000216.cube38 pickup_seaice.0000000216
81    \cp ../build/mitgcmuv .
82    qsub job_altix
83    
84    
85  ##########################################################################  ##########################################################################
# Line 40  cd .. Line 98  cd ..
98  mkdir run  mkdir run
99  cd run  cd run
100  \rm *  \rm *
101    \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .
102  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
103  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
104  ../build/mitgcmuv >& output.txt  ../build/mitgcmuv >& output.txt
# Line 83  cd .. Line 142  cd ..
142  mkdir run  mkdir run
143  cd run  cd run
144  \rm *  \rm *
145    \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .
146  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
147  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
148  ../build/mitgcmuv >& output.txt  ../build/mitgcmuv >& output.txt
# Line 107  cd .. Line 167  cd ..
167  mkdir run  mkdir run
168  cd run  cd run
169  \rm *  \rm *
170    \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .
171  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
172  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
173  mpirun -np 2 ../build/mitgcmuv  mpirun -np 2 ../build/mitgcmuv
# Line 140  qsub job_altix92_54t Line 201  qsub job_altix92_54t
201    
202  ##########################################################################  ##########################################################################
203  ##########################################################################  ##########################################################################
 # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on altix with ifort and pkg/diagnostics  
 # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau  
 # these can be obained from lou:/u/menemenl/cube  
   
 cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  
 \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  
 \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s216t_85x85/* .  
 \cp SIZE.h_216 SIZE.h  
 \cp packages.conf_hr packages.conf  
   
 cd ../build  
 \rm *  
 ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas  
 make depend  
 make -j  
   
 cd ..  
 mkdir run  
 cd run  
 \rm *  
 \cp ../input/* .  
 \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  
 ln -sf ../../../../run_template/* .  
 \rm pickup*  
 ln -sf ../../../../run_template/pickup.0000000216.cube27 pickup.0000000216  
 ln -sf  ../../../../run_template/pickup_seaice.0000000216.cube27 pickup_seaice.0000000216  
 \cp ../build/mitgcmuv .  
 qsub job_altix  
   
   
 ##########################################################################  
 ##########################################################################  
204  # 510*510*6*50, 1500-tile, 150-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 150-cpu, excludes land
205  # uses s1500t_17x51 configuration  # uses s1500t_17x51 configuration
206    
# Line 201  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 230  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
230  qsub job_altix150  qsub job_altix150
231    
232    
   
   
233  ##########################################################################  ##########################################################################
234  ##########################################################################  ##########################################################################
235  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land
# Line 235  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 262  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
262  job_c20_375cpu < /dev/null >&! output.run &  job_c20_375cpu < /dev/null >&! output.run &
263    
264    
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
265  ##########################################################################  ##########################################################################
266  ##########################################################################  ##########################################################################
267  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land
# Line 309  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 326  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
326  job_c19_500cpu < /dev/null >&! output.run &  job_c19_500cpu < /dev/null >&! output.run &
327    
328    
   
   
   
329  ##########################################################################  ##########################################################################
330  ##########################################################################  ##########################################################################
331  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on cosmos  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on cosmos
# Line 347  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 361  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
361  bsub < job_cosmos  bsub < job_cosmos
362    
363    
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
364  ##########################################################################  ##########################################################################
365  ##########################################################################  ##########################################################################
366  # 510*510*6*50, 216-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc  # 510*510*6*50, 216-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc
Legend:
Removed from v.1.62  
changed lines
  Added in v.1.76
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