/[MITgcm]/MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice
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Diff of /MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice

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revision 1.65 by dimitri, Tue Sep 5 02:49:56 2006 UTC revision 1.81 by dimitri, Tue Dec 12 04:20:42 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  Instructions for setting up a cube-sphere integration with sea-ice.  Instructions for setting up a cube-sphere integration with sea-ice.
2    
3  Last updated: September 4, 2006  =================
4    UPDATES
5    
6    December 11, 2006: preparing for cube47, same as cube43
7    but with Arctic monthly river runoff climatology
8    
9    December 5, 2006: 216-CPU code for cube46
10    Changed diagnostics to accomodate JMCs latest and some
11    changes to code-mods/CPP_EEOPTIONS.h and W2_OPTIONS.h
12    to speed up code.
13    
14    November 7, 2006: 216-CPU code for cube43
15    Bug fixes in growth.F routine and new set of diagnostics
16    
17    October 15, 2006: 216-CPU code for cube40
18    
19    September 28, 2006: 216-CPU code for cube38
20    
21    September 4, 2006
22  Modified 32*32*6*15 experiments to use grid_cs32.* files from  Modified 32*32*6*15 experiments to use grid_cs32.* files from
23   verification/tutorial_held_suarez_cs/input instead of   verification/tutorial_held_suarez_cs/input instead of
24   tile* files from verification/global_ocean.cs32x15/input   tile* files from verification/global_ocean.cs32x15/input
25    
26  Updated: August 8, 2006  August 8, 2006: 216-CPU code and input used for cube37
 216-CPU code and input used for integrating cube37  
27  using "June 10, 2006" MITgcm code.  using "June 10, 2006" MITgcm code.
28    
29    for online T/S profile diagnostics all that is needed is
30      profiles_init_fixed
31      profiles_inloop
32    see pkg/ecco/ecco_cost_init_fixed.F
33        pkg/ecco/cost_averagesfields.F
34    
35    ##########################################################################
36    ##########################################################################
37    # Get forcing files, etc.
38    # Example below is for cube46 on /nobackup2a/menemenl
39    
40    cd /nobackup2a/menemenl
41    mkdir cube46
42    cd cube46
43    ln -sf ../run_template .
44    ln -sf ../ncep_rgau .
45    
46    
47  ##########################################################################  ##########################################################################
48  ##########################################################################  ##########################################################################
49  # getting the code from anonymous CVS server  # getting the code from anonymous CVS server
50    
51      bash or sh shell:
52        $ export CVSROOT=':pserver:cvsanon@mitgcm.org:/u/gcmpack'
53        $ cvs login
54          ( enter the CVS password: "cvsanon" )
55    
56      tcsh or csh shell:
57        $ setenv CVSROOT ':pserver:cvsanon@mitgcm.org:/u/gcmpack'
58        $ cvs login
59          ( enter the CVS password: "cvsanon" )
60    
61  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice
62  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods
63  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/input  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/input
# Line 25  cvs co MITgcm/verification/tutorial_held Line 69  cvs co MITgcm/verification/tutorial_held
69    
70  ##########################################################################  ##########################################################################
71  ##########################################################################  ##########################################################################
72    # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on altix with ifort and pkg/diagnostics
73    
74    cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
75    \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
76    \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s216t_85x85/* .
77    \cp SIZE.h_216 SIZE.h
78    \cp packages.conf_hr packages.conf
79    
80    cd ../build
81    \rm *
82    ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../code/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas
83    make depend
84    make -j
85    
86    cd ..
87    mkdir run
88    cd run
89    \rm *
90    \cp ../input/* .
91    \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
92    ln -sf ../../../../run_template/* .
93    \rm pickup* eedata.mth data.pkg data.seaice data.exf_clim data.exf data.mnc data pr*
94    \rm bathy_Hmin50.bin *192_94* *cs32* *.m lev* tren* job_c* job_altix150 job_altix92_54t
95    ln -sf ../../../../run_template/pickup.0000000216.cube38 pickup.0000000216
96    ln -sf  ../../../../run_template/pickup_seaice.0000000216.cube38 pickup_seaice.0000000216
97    \cp ../build/mitgcmuv .
98    qsub job_altix
99    
100    
101    ##########################################################################
102    ##########################################################################
103  # 32*32*6*15, 1-cpu cube sphere  # 32*32*6*15, 1-cpu cube sphere
104    
105  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
# Line 50  comparison output is in: Line 125  comparison output is in:
125  to use matlab to look at the output  to use matlab to look at the output
126  matlab  matlab
127    
128  for fld={'VICEtave','UICEtave','HEFFtave','AREAtave','QSWtave', ...  for fld={'SIuice','SIvice','SIheff','SIarea','oceQsw', ...
129           'QNETtave','FVtave','FUtave','EmPmRtave'}           'surForcT','oceTAUX','oceTAUY','surForcS'}
130      tmp=permute(readbin([fld{1} '.0000000020.data'],[32,6,32]),[1 3 2]);      tmp=permute(readbin([fld{1} '.0000000072.data'],[32,6,32]),[1 3 2]);
131      cx=[min(tmp(:)) max(tmp(:))]; clf, plot_cube, title(fld{1}), pause      cx=[min(tmp(:)) max(tmp(:))]; clf, plot_cube, title(fld{1}), pause
132  end  end
133    
134  heff=permute(readbin(['HEFFtave.0000000020.data'],[32,6,32]),[1 3 2]);  heff=permute(readbin(['SIheff.0000000072.data'],[32,6,32]),[1 3 2]);
135  mask=0*heff; mask(find(heff>.001))=1;  mask=0*heff; mask(find(heff>.001))=1;
136  uice=mask.*permute(readbin(['UICEtave.0000000020.data'],[32,6,32]),[1 3 2]);  uice=mask.*permute(readbin(['SIuice.0000000072.data'],[32,6,32]),[1 3 2]);
137  vice=mask.*permute(readbin(['VICEtave.0000000020.data'],[32,6,32]),[1 3 2]);  vice=mask.*permute(readbin(['SIvice.0000000072.data'],[32,6,32]),[1 3 2]);
138  clf  clf
139  subplot(221), mypcolor(uice(:,:,3)'); colorbar, title('uice, tile 3')  subplot(221), mypcolor(uice(:,:,3)'); colorbar, title('uice, tile 3')
140  subplot(222), mypcolor(uice(:,:,6)'); colorbar, title('uice, tile 6')  subplot(222), mypcolor(uice(:,:,6)'); colorbar, title('uice, tile 6')
# Line 142  qsub job_altix92_54t Line 217  qsub job_altix92_54t
217    
218  ##########################################################################  ##########################################################################
219  ##########################################################################  ##########################################################################
 # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on altix with ifort and pkg/diagnostics  
 # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau  
 # these can be obained from lou:/u/menemenl/cube  
   
 cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  
 \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  
 \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s216t_85x85/* .  
 \cp SIZE.h_216 SIZE.h  
 \cp packages.conf_hr packages.conf  
   
 cd ../build  
 \rm *  
 ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas  
 make depend  
 make -j  
   
 cd ..  
 mkdir run  
 cd run  
 \rm *  
 \cp ../input/* .  
 \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  
 ln -sf ../../../../run_template/* .  
 \rm pickup* data.pkg data.seaice data.exf_clim data.exf data  
 \rm *192_94* *cs32* *.m lev* tren* job_c* job_altix150 job_altix92_54t  
 ln -sf ../../../../run_template/pickup.0000000216.cube27 pickup.0000000216  
 ln -sf  ../../../../run_template/pickup_seaice.0000000216.cube27 pickup_seaice.0000000216  
 \cp ../build/mitgcmuv .  
 qsub job_altix  
   
   
 ##########################################################################  
 ##########################################################################  
220  # 510*510*6*50, 1500-tile, 150-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 150-cpu, excludes land
221  # uses s1500t_17x51 configuration  # uses s1500t_17x51 configuration
222    
# Line 204  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 246  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
246  qsub job_altix150  qsub job_altix150
247    
248    
   
   
249  ##########################################################################  ##########################################################################
250  ##########################################################################  ##########################################################################
251  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land
# Line 238  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 278  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
278  job_c20_375cpu < /dev/null >&! output.run &  job_c20_375cpu < /dev/null >&! output.run &
279    
280    
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
281  ##########################################################################  ##########################################################################
282  ##########################################################################  ##########################################################################
283  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land
# Line 312  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 342  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
342  job_c19_500cpu < /dev/null >&! output.run &  job_c19_500cpu < /dev/null >&! output.run &
343    
344    
   
   
   
345  ##########################################################################  ##########################################################################
346  ##########################################################################  ##########################################################################
347  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on cosmos  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on cosmos
# Line 350  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 377  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
377  bsub < job_cosmos  bsub < job_cosmos
378    
379    
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
380  ##########################################################################  ##########################################################################
381  ##########################################################################  ##########################################################################
382  # 510*510*6*50, 216-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc  # 510*510*6*50, 216-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc
Legend:
Removed from v.1.65  
changed lines
  Added in v.1.81
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