/[MITgcm]/MITgcm_contrib/darwin2/pkg/monod/monod_plankton.F
ViewVC logotype

Diff of /MITgcm_contrib/darwin2/pkg/monod/monod_plankton.F

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Revision Graph Revision Graph | View Patch Patch

revision 1.6 by stephd, Thu May 31 21:08:25 2012 UTC revision 1.7 by stephd, Thu Jun 28 20:36:11 2012 UTC
# Line 251  c phytoplankton light limitation term Line 251  c phytoplankton light limitation term
251           _RL grow(npmax)           _RL grow(npmax)
252           _RL PspecificPO4(npmax)           _RL PspecificPO4(npmax)
253           _RL phytoTempFunction(npmax)           _RL phytoTempFunction(npmax)
254             _RL mortPTempFunction
255           _RL dummy           _RL dummy
256           _RL Ndummy           _RL Ndummy
257           _RL Nsourcelimit(npmax)           _RL Nsourcelimit(npmax)
# Line 281  c varible for mimumum phyto Line 282  c varible for mimumum phyto
282  #ifdef OLD_GRAZE  #ifdef OLD_GRAZE
283  c  variables for zooplankton grazing rates  c  variables for zooplankton grazing rates
284           _RL zooTempFunction(nzmax)           _RL zooTempFunction(nzmax)
285             _RL mortZTempFunction
286             _RL mortZ2TempFunction
287           _RL grazing_phyto(npmax)           _RL grazing_phyto(npmax)
288           _RL grazingP(nzmax)           _RL grazingP(nzmax)
289           _RL grazingN(nzmax)           _RL grazingN(nzmax)
# Line 289  c  variables for zooplankton grazing rat Line 292  c  variables for zooplankton grazing rat
292  #else  #else
293  c  variables for zooplankton grazing rates  c  variables for zooplankton grazing rates
294           _RL zooTempFunction(nzmax)           _RL zooTempFunction(nzmax)
295             _RL mortZTempFunction
296             _RL mortZ2TempFunction
297           _RL allphyto(nzmax)           _RL allphyto(nzmax)
298           _RL denphyto(nzmax)           _RL denphyto(nzmax)
299           _RL grazphy(npmax,nzmax)           _RL grazphy(npmax,nzmax)
# Line 600  ccccccccccccccccccccccccccccccc Line 605  ccccccccccccccccccccccccccccccc
605    
606  c cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc  c cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
607            call MONOD_TEMPFUNC(Tlocal,phytoTempFunction,            call MONOD_TEMPFUNC(Tlocal,phytoTempFunction,
608       &            zooTempFunction, reminTempFunction, myThid)       &            zooTempFunction, reminTempFunction,
609         &            mortPTempFunction, mortZTempFunction,
610         &            mortZ2TempFunction, myThid)
611            if (debug.eq.1) print*,'phytoTempFunction',            if (debug.eq.1) print*,'phytoTempFunction',
612       &                          phytoTempFunction, Tlocal       &                          phytoTempFunction, Tlocal
613  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
# Line 1082  cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc Line 1089  cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
1089  c accumulate particulate and dissolved detritus  c accumulate particulate and dissolved detritus
1090             do np=1, npmax             do np=1, npmax
1091                 totphy_pop=totphy_pop+                 totphy_pop=totphy_pop+
1092       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*phytomin(np)       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*
1093         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1094                 totphy_dop=totphy_dop+                 totphy_dop=totphy_dop+
1095       &                (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*phytomin(np)       &                (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*
1096         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1097                 totphy_pon=totphy_pon+ R_NP(np)*                 totphy_pon=totphy_pon+ R_NP(np)*
1098       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*phytomin(np)       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*
1099         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1100                 totphy_don=totphy_don+ R_NP(np)*                 totphy_don=totphy_don+ R_NP(np)*
1101       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*phytomin(np)       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*
1102         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1103                 totphy_pofe=totphy_pofe+ R_FeP(np)*                 totphy_pofe=totphy_pofe+ R_FeP(np)*
1104       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*phytomin(np)       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*
1105         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1106                 totphy_dofe=totphy_dofe+ R_FeP(np)*                 totphy_dofe=totphy_dofe+ R_FeP(np)*
1107       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*phytomin(np)       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*
1108         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1109                 totphy_posi=totphy_posi+ R_SiP(np)*                 totphy_posi=totphy_posi+ R_SiP(np)*
1110       &                mortphy(np)*phytomin(np)       &                mortphy(np)*
1111         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1112  #ifdef ALLOW_CARBON  #ifdef ALLOW_CARBON
1113                 totphy_poc=totphy_poc+ R_PC(np)*                 totphy_poc=totphy_poc+ R_PC(np)*
1114       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*phytomin(np)       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*
1115         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1116                 totphy_doc=totphy_doc+ R_PC(np)*                 totphy_doc=totphy_doc+ R_PC(np)*
1117       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*phytomin(np)       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*
1118         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1119                 totphy_pic=totphy_pic+ R_PC(np)*R_PICPOC(np)*                 totphy_pic=totphy_pic+ R_PC(np)*R_PICPOC(np)*
1120       &                mortphy(np)*phytomin(np)       &                mortphy(np)*
1121         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1122  #endif  #endif
1123              enddo              enddo
1124  #ifdef ALLOW_CDOM  #ifdef ALLOW_CDOM
# Line 1167  cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc Line 1184  cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
1184  c accumulate particulate and dissolved detritus  c accumulate particulate and dissolved detritus
1185              do nz=1, nzmax              do nz=1, nzmax
1186                 totzoo_pop=totzoo_pop+                 totzoo_pop=totzoo_pop+
1187       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*zooP(nz)       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*
1188       &                     +  mortzoo2(nz)*zooP(nz)**2 )       &                     mortZTempFunction*zooP(nz)
1189         &                     +  mortzoo2(nz)*
1190         &                     mortZ2TempFunction*zooP(nz)**2 )
1191                 totzoo_dop=totzoo_dop+                 totzoo_dop=totzoo_dop+
1192       &                    (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(       &                    (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(
1193       &                     mortzoo(nz)*zooP(nz)+       &                     mortzoo(nz)*
1194       &                     mortzoo2(nz)*zooP(nz)**2 )       &                     mortZTempFunction*zooP(nz)+
1195         &                     mortzoo2(nz)*
1196         &                     mortZ2TempFunction*zooP(nz)**2 )
1197                 totzoo_pon=totzoo_pon+                 totzoo_pon=totzoo_pon+
1198       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*zooN(nz)       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*
1199       &                     +  mortzoo2(nz)*zooN(nz)**2 )       &                     mortZTempFunction*zooN(nz)
1200         &                     +  mortzoo2(nz)*
1201         &                     mortZ2TempFunction*zooN(nz)**2 )
1202                 totzoo_don=totzoo_don+                 totzoo_don=totzoo_don+
1203       &                    (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(       &                    (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(
1204       &                     mortzoo(nz)*zooN(nz)+       &                     mortzoo(nz)*
1205       &                     mortzoo2(nz)*zooN(nz)**2 )       &                     mortZTempFunction*zooN(nz)+
1206         &                     mortzoo2(nz)*
1207         &                     mortZ2TempFunction*zooN(nz)**2 )
1208                 totzoo_pofe=totzoo_pofe+                 totzoo_pofe=totzoo_pofe+
1209       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*zooFe(nz)       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*
1210       &                     +  mortzoo2(nz)*zooFe(nz)**2 )       &                     mortZTempFunction*zooFe(nz)
1211         &                     +  mortzoo2(nz)*
1212         &                     mortZ2TempFunction*zooFe(nz)**2 )
1213                 totzoo_dofe=totzoo_dofe+                 totzoo_dofe=totzoo_dofe+
1214       &                   (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(       &                   (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(
1215       &                    mortzoo(nz)*zooFe(nz) +       &                    mortzoo(nz)*
1216       &                    mortzoo2(nz)*zooFe(nz)**2 )       &                    mortZTempFunction*zooFe(nz) +
1217         &                    mortzoo2(nz)*
1218         &                    mortZ2TempFunction*zooFe(nz)**2 )
1219                 totzoo_posi=totzoo_posi+                 totzoo_posi=totzoo_posi+
1220       &                     ( mortzoo(nz)*zooSi(nz)+       &                     ( mortzoo(nz)*
1221       &                       mortzoo2(nz)*zooSi(nz)**2 )       &                       mortZTempFunction*zooSi(nz)+
1222         &                       mortzoo2(nz)*
1223         &                       mortZ2TempFunction*zooSi(nz)**2 )
1224  #ifdef ALLOW_CARBON  #ifdef ALLOW_CARBON
1225                 totzoo_poc=totzoo_poc+                 totzoo_poc=totzoo_poc+
1226       &                    ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*zooClocal(nz)       &                    ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*
1227       &                      +  mortzoo2(nz)*zooClocal(nz)**2 )       &                         mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1228         &                      +  mortzoo2(nz)*
1229         &                         mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2 )
1230                 totzoo_doc=totzoo_doc+                 totzoo_doc=totzoo_doc+
1231       &           (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*( mortzoo(nz)*zooClocal(nz)       &           (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*( mortzoo(nz)*
1232       &                      +  mortzoo2(nz)*zooClocal(nz)**2 )       &                         mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1233         &                      +  mortzoo2(nz)*
1234         &                         mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2 )
1235  #endif  #endif
1236              enddo              enddo
1237    
# Line 1430  c phytoplankton Line 1465  c phytoplankton
1465  #else  #else
1466       &                        - sumgrazphy(np)       &                        - sumgrazphy(np)
1467  #endif  #endif
1468       &                        - mortphy(np)*phytomin(np)       &                        - mortphy(np)*
1469         &                          mortPTempFunction*phytomin(np)
1470       &                        + psinkphy(np)       &                        + psinkphy(np)
1471  #ifdef GEIDER  #ifdef GEIDER
1472  #ifdef DYNAMIC_CHL  #ifdef DYNAMIC_CHL
# Line 1445  c             dphychl(np) = rhochl(np)*P Line 1481  c             dphychl(np) = rhochl(np)*P
1481  #else  #else
1482       &                   - sumgrazphy(np)       &                   - sumgrazphy(np)
1483  #endif  #endif
1484       &                   - mortphy(np)*phytomin(np)) *chl2c(np)*R_PC(np)       &                   - mortphy(np)*
1485         &                     mortPTempFunction*phytomin(np))
1486         &                       *chl2c(np)*R_PC(np)
1487       &                        + psinkChl(np)       &                        + psinkChl(np)
1488  #endif  #endif
1489                Chl=Chl + phychl(np)                Chl=Chl + phychl(np)
# Line 1456  c%%% Line 1494  c%%%
1494  #ifdef OLD_GRAZE  #ifdef OLD_GRAZE
1495                tmpr=grazing_phyto(np)*                tmpr=grazing_phyto(np)*
1496       &              (phytomin(np)/(phytomin(np) + kgrazesat))       &              (phytomin(np)/(phytomin(np) + kgrazesat))
1497       &                        + mortphy(np)*phytomin(np)       &                        + mortphy(np)*
1498         &                          mortPTempFunction*phytomin(np)
1499       &                        - psinkphy(np)       &                        - psinkphy(np)
1500  #else  #else
1501                tmpr=sumgrazphy(np)                tmpr=sumgrazphy(np)
1502       &                        + mortphy(np)*phytomin(np)       &                        + mortphy(np)*
1503         &                          mortPTempFunction*phytomin(np)
1504       &                        - psinkphy(np)       &                        - psinkphy(np)
1505  #endif  #endif
1506  #ifdef DAR_DIAG_RSTAR  #ifdef DAR_DIAG_RSTAR
# Line 1527  c zooplankton mortality Line 1567  c zooplankton mortality
1567              do nz=1,nzmax              do nz=1,nzmax
1568  c zoo in P currency  c zoo in P currency
1569                dzooPdt(nz)  = dzooPdt(nz)                dzooPdt(nz)  = dzooPdt(nz)
1570       &                           - mortzoo(nz)*zooP(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1571       &                           - mortzoo2(nz)*zooP(nz)**2       &                             mortZTempFunction*zooP(nz)
1572         &                           - mortzoo2(nz)*
1573         &                             mortZ2TempFunction*zooP(nz)**2
1574  c zooplankton in other currencies  c zooplankton in other currencies
1575  C zooplankton stoichiometry varies according to food source  C zooplankton stoichiometry varies according to food source
1576                dzooNdt(nz)  = dzooNdt(nz)                dzooNdt(nz)  = dzooNdt(nz)
1577       &                           - mortzoo(nz)*zooN(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1578       &                           - mortzoo2(nz)*zooN(nz)**2       &                             mortZTempFunction*zooN(nz)
1579         &                           - mortzoo2(nz)*
1580         &                             mortZ2TempFunction*zooN(nz)**2
1581                dzooFedt(nz) = dzooFedt(nz)                dzooFedt(nz) = dzooFedt(nz)
1582       &                           - mortzoo(nz)*zooFe(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1583       &                           - mortzoo2(nz)*zooFe(nz)**2       &                             mortZTempFunction*zooFe(nz)
1584         &                           - mortzoo2(nz)*
1585         &                             mortZ2TempFunction*zooFe(nz)**2
1586                dzooSidt(nz) = dzooSidt(nz)                dzooSidt(nz) = dzooSidt(nz)
1587       &                           - mortzoo(nz)*zooSi(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1588       &                           - mortzoo2(nz)*zooSi(nz)**2       &                             mortZTempFunction*zooSi(nz)
1589         &                           - mortzoo2(nz)*
1590         &                             mortZ2TempFunction*zooSi(nz)**2
1591              enddo              enddo
1592    
1593    
# Line 1656  c loss of O2 by remineralization Line 1704  c loss of O2 by remineralization
1704  #ifdef OLD_GRAZE  #ifdef OLD_GRAZE
1705              do nz=1,nzmax              do nz=1,nzmax
1706                dzooCdt(nz)  = grazingC(nz)*zooClocal(nz)                dzooCdt(nz)  = grazingC(nz)*zooClocal(nz)
1707       &                           - mortzoo(nz)*zooClocal(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1708       &                           - mortzoo2(nz)*zooClocal(nz)**2       &                             mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1709         &                           - mortzoo2(nz)*
1710         &                             mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2
1711              enddo              enddo
1712  #else  #else
1713              do nz=1,nzmax              do nz=1,nzmax
1714                dzooCdt(nz)  = sumgrazzooc(nz)                dzooCdt(nz)  = sumgrazzooc(nz)
1715       &                           - mortzoo(nz)*zooClocal(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1716       &                           - mortzoo2(nz)*zooClocal(nz)**2       &                             mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1717         &                           - mortzoo2(nz)*
1718         &                             mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2
1719              enddo              enddo
1720  #endif  #endif
1721    
Legend:
Removed from v.1.6  
changed lines
  Added in v.1.7
  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.22