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revision 1.5 by jahn, Tue Nov 15 20:16:34 2011 UTC revision 1.6 by stephd, Thu May 31 21:08:25 2012 UTC
# Line 77  c ANNA pass extra variables if WAVEBANDS Line 77  c ANNA pass extra variables if WAVEBANDS
77  #ifdef DYNAMIC_CHL  #ifdef DYNAMIC_CHL
78       O                       dphychl, Chlup,       O                       dphychl, Chlup,
79  #endif  #endif
80    #ifdef ALLOW_CDOM
81         O                       dcdomdt   ,
82         I                       cdomlocal,
83    #endif
84  #ifdef WAVEBANDS  #ifdef WAVEBANDS
85       I                       PARwlocal,       I                       PARwlocal,
86  #endif  #endif
# Line 203  c zoo   = zooplankton Line 207  c zoo   = zooplankton
207           _RL Chlup(npmax)           _RL Chlup(npmax)
208  #endif  #endif
209  #endif  #endif
210    #ifdef ALLOW_CDOM
211             _RL cdomlocal
212             _RL dcdomdt  
213    #ifdef ALLOW_CARBON
214             _RL cdomclocal, dcdomcdt    
215    #endif
216    #endif
217  #ifdef ALLOW_PAR_DAY  #ifdef ALLOW_PAR_DAY
218           _RL PARdaylocal           _RL PARdaylocal
219  #endif  #endif
# Line 304  c  variables for zooplankton grazing rat Line 315  c  variables for zooplankton grazing rat
315  #endif  #endif
316  #endif  #endif
317    
318    #ifdef ALLOW_CDOM
319            _RL cdomp_degrd, cdomn_degrd, cdomfe_degrd
320            _RL preminP_cdom, preminN_cdom, preminFe_cdom
321    #ifdef ALLOW_CARBON
322            _RL cdomc_degrd
323            _RL preminC_cdom
324    #endif
325    #endif
326    
327  #ifdef DAR_DIAG_CHL  #ifdef DAR_DIAG_CHL
328           _RL tmppcm           _RL tmppcm
329           _RL tmpchl2c           _RL tmpchl2c
# Line 376  c variables for conversions from phyto a Line 396  c variables for conversions from phyto a
396           _RL totzoo_pofe           _RL totzoo_pofe
397           _RL totzoo_posi           _RL totzoo_posi
398    
399    #ifdef ALLOW_CDOM
400             _RL totphy_cdomp
401             _RL totphy_cdomn
402             _RL totphy_cdomfe
403             _RL totzoo_cdomp
404             _RL totzoo_cdomn
405             _RL totzoo_cdomfe
406    #ifdef ALLOW_CARBON
407             _RL totphy_cdomc
408             _RL totzoo_cdomc
409    #endif
410    #endif
411    
412           _RL NO2prod           _RL NO2prod
413           _RL NO3prod           _RL NO3prod
414        
# Line 1071  c accumulate particulate and dissolved d Line 1104  c accumulate particulate and dissolved d
1104       &                mortphy(np)*phytomin(np)       &                mortphy(np)*phytomin(np)
1105  #endif  #endif
1106              enddo              enddo
1107    #ifdef ALLOW_CDOM
1108                   totphy_cdomp=(fraccdom)*totphy_dop
1109                   totphy_dop=totphy_dop-totphy_cdomp
1110                   totphy_cdomn=rnp_cdom*totphy_cdomp
1111                   totphy_don=totphy_don-totphy_cdomn
1112                   totphy_cdomfe=rfep_cdom*totphy_cdomp
1113                   totphy_dofe=totphy_dofe-totphy_cdomfe
1114    #ifdef ALLOW_CARBON
1115                   totphy_cdomc=rcp_cdom*totphy_cdomp
1116                   totphy_doc=totphy_doc-totphy_cdomc
1117    #endif
1118    #endif
1119              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_pop',totphy_pop              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_pop',totphy_pop
1120              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_dop',totphy_dop              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_dop',totphy_dop
1121              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_pon',totphy_pon              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_pon',totphy_pon
# Line 1181  c accumulate particulate and dissolved d Line 1226  c accumulate particulate and dissolved d
1226  #endif  #endif
1227              enddo              enddo
1228  #endif  #endif
1229    
1230    #ifdef ALLOW_CDOM
1231                   totzoo_cdomp=(fraccdom)*totzoo_dop
1232                   totzoo_dop=totzoo_dop-totzoo_cdomp
1233                   totzoo_cdomn=rnp_cdom*totzoo_cdomp
1234                   totzoo_don=totzoo_don-totzoo_cdomn
1235                   totzoo_cdomfe=rfep_cdom*totzoo_cdomp
1236                   totzoo_dofe=totzoo_dofe-totzoo_cdomfe
1237    #ifdef ALLOW_CARBON
1238                   totzoo_cdomc=rcp_cdom*totzoo_cdomp
1239                   totzoo_doc=totzoo_doc-totzoo_cdomc
1240    #endif
1241    #endif
1242              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_pop',totzoo_pop              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_pop',totzoo_pop
1243              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_dop',totzoo_dop              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_dop',totzoo_dop
1244              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_pon',totzoo_pon              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_pon',totzoo_pon
# Line 1315  c remineralization of sinking particulat Line 1373  c remineralization of sinking particulat
1373              preminN  = reminTempFunction * Kpremin_N*PONlocal              preminN  = reminTempFunction * Kpremin_N*PONlocal
1374              preminFe = reminTempFunction * Kpremin_Fe*POFelocal              preminFe = reminTempFunction * Kpremin_Fe*POFelocal
1375              preminSi = reminTempFunction * Kpremin_Si*PSilocal              preminSi = reminTempFunction * Kpremin_Si*PSilocal
1376    #ifdef ALLOW_CDOM
1377                preminP_cdom = fraccdom*preminP
1378                preminP=preminP-preminP_cdom
1379                preminN_cdom = rnp_cdom*preminP_cdom
1380                preminN=preminN-preminN_cdom
1381                preminFe_cdom = rfep_cdom*preminP_cdom
1382                preminFe=preminFe-preminFe_cdom
1383    #endif
1384    
1385  #ifdef ALLOW_CARBON  #ifdef ALLOW_CARBON
1386             DOCremin =  reminTempFunction * Kdoc * DOClocal             DOCremin =  reminTempFunction * Kdoc * DOClocal
1387             preminC  = reminTempFunction * Kpremin_C*POClocal             preminC  = reminTempFunction * Kpremin_C*POClocal
1388    #ifdef ALLOW_CDOM
1389                preminC_cdom = rcp_cdom*preminP_cdom
1390                preminC=preminC-preminC_cdom
1391    #endif
1392  c dissolution  c dissolution
1393             disscPIC = Kdissc*PIClocal             disscPIC = Kdissc*PIClocal
1394  #endif  #endif
1395    
1396    #ifdef ALLOW_CDOM
1397    c degradation of  CDOM - high when bleached by light
1398               cdomp_degrd = reminTempFunction * cdomlocal
1399         &            *(cdomdegrd+cdombleach*min(PARlocal/PARcdom,1. _d 0) )
1400               cdomn_degrd = rnp_cdom * cdomp_degrd
1401               cdomfe_degrd= rfep_cdom * cdomp_degrd
1402    #ifdef ALLOW_CARBON
1403               cdomc_degrd = rcp_cdom  * cdomp_degrd
1404    #endif
1405    #endif
1406    
1407  c chemistry  c chemistry
1408  c NH4 -> NO2 -> NO3 by bacterial action  c NH4 -> NO2 -> NO3 by bacterial action
1409              NO2prod = knita*( 1. _d 0-min(PARlocal/PAR0,1. _d 0) )              NO2prod = knita*( 1. _d 0-min(PARlocal/PAR0,1. _d 0) )
# Line 1463  C zooplankton stoichiometry varies accor Line 1544  C zooplankton stoichiometry varies accor
1544    
1545    
1546  c sum contributions to inorganic nutrient tendencies  c sum contributions to inorganic nutrient tendencies
1547              dPO4dt =  - consumpPO4 +  preminP  + DOPremin              dPO4dt =  - consumpPO4 +  
1548              dNH4dt =  - consumpNH4 +  preminN  + DONremin  #ifdef ALLOW_CDOM
1549         &                 DOPremin
1550    #else
1551         &                 preminP  + DOPremin
1552    #endif
1553                dNH4dt =  - consumpNH4 +  
1554    #ifdef ALLOW_CDOM
1555         &                 DONremin
1556    #else
1557         &                 preminN  +  DONremin
1558    #endif
1559       &                                   - NO2prod       &                                   - NO2prod
1560              dNO2dt =  - consumpNO2                                      dNO2dt =  - consumpNO2                        
1561       &                                   + NO2prod - NO3prod       &                                   + NO2prod - NO3prod
# Line 1473  c sum contributions to inorganic nutrien Line 1564  c sum contributions to inorganic nutrien
1564  c-ONLYNO3   dNO3dt =  - consumpNO3 +  preminN  + DONremin  c-ONLYNO3   dNO3dt =  - consumpNO3 +  preminN  + DONremin
1565  #ifdef ALLOW_DENIT  #ifdef ALLOW_DENIT
1566              if (O2local.le.O2crit) then              if (O2local.le.O2crit) then
1567                denit =  denit_np*(preminP  + DOPremin)                denit =  denit_np
1568    #ifdef ALLOW_CDOM
1569         &                *(DOPremin)
1570    #else
1571         &                *(preminP  + DOPremin)
1572    #endif
1573                dNO3dt = dNO3dt - denit                dNO3dt = dNO3dt - denit
1574                dNH4dt = dNH4dt -  (preminN  + DONremin)                dNH4dt = dNH4dt -  
1575    #ifdef ALLOW_CDOM
1576         &                 (DONremin)
1577    #else
1578         &                 (preminN  + DONremin)
1579    #endif
1580              endif              endif
1581  #endif  #endif
1582              dFeTdt =  - consumpFeT +  preminFe + DOFeremin              dFeTdt =  - consumpFeT +  
1583    #ifdef ALLOW_CDOM
1584         &                 DOFeremin
1585    #else
1586         &                 preminFe + DOFeremin
1587    #endif
1588  #ifdef PART_SCAV  #ifdef PART_SCAV
1589       &                 - scav_part*freefelocal +       &                 - scav_part*freefelocal +
1590  #else  #else
# Line 1489  c-ONLYNO3   dNO3dt =  - consumpNO3 +  pr Line 1595  c-ONLYNO3   dNO3dt =  - consumpNO3 +  pr
1595    
1596  c tendency of dissolved organic pool  c tendency of dissolved organic pool
1597              dDOPdt  = totphy_dop  + totzoo_dop  - DOPremin              dDOPdt  = totphy_dop  + totzoo_dop  - DOPremin
1598    #ifdef ALLOW_CDOM
1599         &                +preminP + cdomp_degrd
1600    #endif
1601              dDONdt  = totphy_don  + totzoo_don  - DONremin              dDONdt  = totphy_don  + totzoo_don  - DONremin
1602    #ifdef ALLOW_CDOM
1603         &                +preminN + cdomn_degrd
1604    #endif
1605              dDOFedt = totphy_dofe + totzoo_dofe - DOFeremin              dDOFedt = totphy_dofe + totzoo_dofe - DOFeremin
1606    #ifdef ALLOW_CDOM
1607         &                +preminFe + cdomfe_degrd
1608    #endif
1609    
1610  c tendency of particulate detritus pools  c tendency of particulate detritus pools
1611              dpopdt  = totphy_pop  + totzoo_pop   - preminP + psinkP              dpopdt  = totphy_pop  + totzoo_pop   - preminP + psinkP
1612    #ifdef ALLOW_CDOM
1613         &                -preminP_cdom
1614    #endif
1615              dpondt  = totphy_pon  + totzoo_pon   - preminN + psinkN              dpondt  = totphy_pon  + totzoo_pon   - preminN + psinkN
1616    #ifdef ALLOW_CDOM
1617         &                -preminN_cdom
1618    #endif
1619              dpofedt = totphy_pofe + totzoo_pofe  - preminFe + psinkFe              dpofedt = totphy_pofe + totzoo_pofe  - preminFe + psinkFe
1620    #ifdef ALLOW_CDOM
1621         &                -preminFe_cdom
1622    #endif
1623              dpSidt  = totphy_posi + totzoo_posi  - preminSi + psinkSi              dpSidt  = totphy_posi + totzoo_posi  - preminSi + psinkSi
1624  #ifdef ALLOW_CARBON  #ifdef ALLOW_CARBON
1625              dDICdt =  - consumpDIC - consumpDIC_PIC              dDICdt =  - consumpDIC - consumpDIC_PIC
1626    #ifdef ALLOW_CDOM
1627         &                                         +  DOCremin
1628    #else
1629       &                                         +  preminC  + DOCremin       &                                         +  preminC  + DOCremin
1630    #endif
1631       &                                         + disscPIC       &                                         + disscPIC
1632              dDOCdt  = totphy_doc  + totzoo_doc  - DOCremin              dDOCdt  = totphy_doc  + totzoo_doc  - DOCremin
1633    #ifdef ALLOW_CDOM
1634         &                    +preminC + cdomc_degrd
1635    #endif
1636              dPOCdt  = totphy_poc  + totzoo_poc  - preminC + psinkC              dPOCdt  = totphy_poc  + totzoo_poc  - preminC + psinkC
1637    #ifdef ALLOW_CDOM
1638         &                -preminC_cdom
1639    #endif
1640              dPICdt  = totphy_pic  + totzoo_pic  - disscPIC + psinkPIC              dPICdt  = totphy_pic  + totzoo_pic  - disscPIC + psinkPIC
1641              dALKdt  = - dNO3dt    - 2.d0 * (consumpDIC_PIC - disscPIC)              dALKdt  = - dNO3dt    - 2.d0 * (consumpDIC_PIC - disscPIC)
1642  c should be = O2prod - preminP - DOPremin?  c should be = O2prod - preminP - DOPremin?
# Line 1511  c production of O2 by photosynthesis Line 1646  c production of O2 by photosynthesis
1646               dO2dt   = R_OP*consumpPO4               dO2dt   = R_OP*consumpPO4
1647  c loss of O2 by remineralization  c loss of O2 by remineralization
1648               if (O2local.gt.O2crit) then               if (O2local.gt.O2crit) then
1649                 dO2dt   = dO2dt - R_OP*(preminP  + DOPremin)                 dO2dt   = dO2dt - R_OP
1650    #ifdef ALLOW_CDOM
1651         &                      *(DOPremin)
1652    #else
1653         &                      *(preminP  + DOPremin)
1654    #endif
1655               endif               endif
1656  #ifdef OLD_GRAZE  #ifdef OLD_GRAZE
1657              do nz=1,nzmax              do nz=1,nzmax
# Line 1527  c loss of O2 by remineralization Line 1667  c loss of O2 by remineralization
1667              enddo              enddo
1668  #endif  #endif
1669    
1670    #ifdef ALLOW_CDOM
1671                dcdomdt = totphy_cdomp + totzoo_cdomp +  preminP_cdom
1672         &                  -cdomp_degrd
1673    #endif
1674    
1675  #endif  #endif
1676    
1677              if (debug.eq.10) print*,'dDOPdt', dDOPdt              if (debug.eq.10) print*,'dDOPdt', dDOPdt
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