/[MITgcm]/MITgcm_contrib/darwin2/pkg/monod/monod_plankton.F
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revision 1.10 by stephd, Fri Nov 16 19:50:22 2012 UTC revision 1.14 by jahn, Wed Jun 12 17:48:20 2013 UTC
# Line 1040  c sum all palatability*phyto and find ph Line 1040  c sum all palatability*phyto and find ph
1040  #endif  #endif
1041             do np=1,npmax             do np=1,npmax
1042              tmpz=max(0. _d 0,(allphyto(nz)-phygrazmin) )              tmpz=max(0. _d 0,(allphyto(nz)-phygrazmin) )
1043              grazphy(np,nz)=grazemax(nz)*              grazphy(np,nz)=grazemax(nz)*zooTempFunction(nz)*
1044  #ifdef SER_GRAZ  #ifdef SER_GRAZ
1045  c as in Vallina et al, 2011  c as in Vallina et al, 2011
1046       &          (((palat(np,nz)*phyto(np)/allphyto(nz))*phyto(np))/       &          (((palat(np,nz)*phyto(np)/allphyto(nz))*phyto(np))/
# Line 1237  c accumulate particulate and dissolved d Line 1237  c accumulate particulate and dissolved d
1237       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*
1238       &                     mortZTempFunction*zooN(nz)       &                     mortZTempFunction*zooN(nz)
1239       &                     +  mortzoo2(nz)*       &                     +  mortzoo2(nz)*
1240       &                     mortZ2TempFunction*zooN(nz)**2 )       &                     mortZ2TempFunction*zooN(nz)*zooP(nz) )
1241                 totzoo_don=totzoo_don+                 totzoo_don=totzoo_don+
1242       &                    (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(       &                    (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(
1243       &                     mortzoo(nz)*       &                     mortzoo(nz)*
1244       &                     mortZTempFunction*zooN(nz)+       &                     mortZTempFunction*zooN(nz)+
1245       &                     mortzoo2(nz)*       &                     mortzoo2(nz)*
1246       &                     mortZ2TempFunction*zooN(nz)**2 )       &                     mortZ2TempFunction*zooN(nz)*zooP(nz) )
1247                 totzoo_pofe=totzoo_pofe+                 totzoo_pofe=totzoo_pofe+
1248       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*
1249       &                     mortZTempFunction*zooFe(nz)       &                     mortZTempFunction*zooFe(nz)
1250       &                     +  mortzoo2(nz)*       &                     +  mortzoo2(nz)*
1251       &                     mortZ2TempFunction*zooFe(nz)**2 )       &                     mortZ2TempFunction*zooFe(nz)*zooP(nz) )
1252                 totzoo_dofe=totzoo_dofe+                 totzoo_dofe=totzoo_dofe+
1253       &                   (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(       &                   (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(
1254       &                    mortzoo(nz)*       &                    mortzoo(nz)*
1255       &                    mortZTempFunction*zooFe(nz) +       &                    mortZTempFunction*zooFe(nz) +
1256       &                    mortzoo2(nz)*       &                    mortzoo2(nz)*
1257       &                    mortZ2TempFunction*zooFe(nz)**2 )       &                    mortZ2TempFunction*zooFe(nz)*zooP(nz) )
1258                 totzoo_posi=totzoo_posi+                 totzoo_posi=totzoo_posi+
1259       &                     ( mortzoo(nz)*       &                     ( mortzoo(nz)*
1260       &                       mortZTempFunction*zooSi(nz)+       &                       mortZTempFunction*zooSi(nz)+
1261       &                       mortzoo2(nz)*       &                       mortzoo2(nz)*
1262       &                       mortZ2TempFunction*zooSi(nz)**2 )       &                       mortZ2TempFunction*zooSi(nz)*zooP(nz) )
1263  #ifdef ALLOW_CARBON  #ifdef ALLOW_CARBON
1264                 totzoo_poc=totzoo_poc+                 totzoo_poc=totzoo_poc+
1265       &                    ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*       &                    ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*
1266       &                         mortZTempFunction*zooClocal(nz)       &                         mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1267       &                      +  mortzoo2(nz)*       &                      +  mortzoo2(nz)*
1268       &                         mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2 )       &                       mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)*zooP(nz) )
1269                 totzoo_doc=totzoo_doc+                 totzoo_doc=totzoo_doc+
1270       &           (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*( mortzoo(nz)*       &           (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*( mortzoo(nz)*
1271       &                         mortZTempFunction*zooClocal(nz)       &                         mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1272       &                      +  mortzoo2(nz)*       &                      +  mortzoo2(nz)*
1273       &                         mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2 )       &                       mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)*zooP(nz) )
1274  #endif  #endif
1275              enddo              enddo
1276    
# Line 1337  c phospate uptake by each phytoplankton Line 1337  c phospate uptake by each phytoplankton
1337                 if (debug.eq.14) print*,'grow', grow(np), pcarbon(np)                 if (debug.eq.14) print*,'grow', grow(np), pcarbon(np)
1338  #ifdef DYNAMIC_CHL  #ifdef DYNAMIC_CHL
1339  c geider 97 for dChl/dt (source part) Eq. 3  c geider 97 for dChl/dt (source part) Eq. 3
1340                 if (acclim(np).gt. 0. _d 0) then                 if (acclim(np).gt. 0. _d 0.and.
1341         &                                 alpha_I(np).gt. 0. _d 0) then
1342                  rhochl(np)=chl2cmax(np) *                  rhochl(np)=chl2cmax(np) *
1343       &                      (grow(np)/(alpha_I(np)*acclim(np)) )       &                      (grow(np)/(alpha_I(np)*acclim(np)) )
1344                 else                 else
# Line 1654  C zooplankton stoichiometry varies accor Line 1655  C zooplankton stoichiometry varies accor
1655       &                           - mortzoo(nz)*       &                           - mortzoo(nz)*
1656       &                             mortZTempFunction*zooN(nz)       &                             mortZTempFunction*zooN(nz)
1657       &                           - mortzoo2(nz)*       &                           - mortzoo2(nz)*
1658       &                             mortZ2TempFunction*zooN(nz)**2       &                             mortZ2TempFunction*zooN(nz)*zooP(nz)
1659                dzooFedt(nz) = dzooFedt(nz)                dzooFedt(nz) = dzooFedt(nz)
1660       &                           - mortzoo(nz)*       &                           - mortzoo(nz)*
1661       &                             mortZTempFunction*zooFe(nz)       &                             mortZTempFunction*zooFe(nz)
1662       &                           - mortzoo2(nz)*       &                           - mortzoo2(nz)*
1663       &                             mortZ2TempFunction*zooFe(nz)**2       &                             mortZ2TempFunction*zooFe(nz)*zooP(nz)
1664                dzooSidt(nz) = dzooSidt(nz)                dzooSidt(nz) = dzooSidt(nz)
1665       &                           - mortzoo(nz)*       &                           - mortzoo(nz)*
1666       &                             mortZTempFunction*zooSi(nz)       &                             mortZTempFunction*zooSi(nz)
1667       &                           - mortzoo2(nz)*       &                           - mortzoo2(nz)*
1668       &                             mortZ2TempFunction*zooSi(nz)**2       &                             mortZ2TempFunction*zooSi(nz)*zooP(nz)
1669              enddo              enddo
1670    
1671    
# Line 1784  c loss of O2 by remineralization Line 1785  c loss of O2 by remineralization
1785       &                           - mortzoo(nz)*       &                           - mortzoo(nz)*
1786       &                             mortZTempFunction*zooClocal(nz)       &                             mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1787       &                           - mortzoo2(nz)*       &                           - mortzoo2(nz)*
1788       &                             mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2       &                         mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)*zooP(nz)
1789              enddo              enddo
1790  #else  #else
1791              do nz=1,nzmax              do nz=1,nzmax
# Line 1792  c loss of O2 by remineralization Line 1793  c loss of O2 by remineralization
1793       &                           - mortzoo(nz)*       &                           - mortzoo(nz)*
1794       &                             mortZTempFunction*zooClocal(nz)       &                             mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1795       &                           - mortzoo2(nz)*       &                           - mortzoo2(nz)*
1796       &                             mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2       &                         mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)*zooP(nz)
1797              enddo              enddo
1798  #endif  #endif
1799    
1800    #endif /* ALLOW_CARBON */
1801    
1802  #ifdef ALLOW_CDOM  #ifdef ALLOW_CDOM
1803              dcdomdt = totphy_cdomp + totzoo_cdomp +  preminP_cdom              dcdomdt = totphy_cdomp + totzoo_cdomp +  preminP_cdom
1804       &                  -cdomp_degrd       &                  -cdomp_degrd
1805  #endif  #endif
1806    
 #endif  
   
1807              if (debug.eq.10) print*,'dDOPdt', dDOPdt              if (debug.eq.10) print*,'dDOPdt', dDOPdt
1808              if (debug.eq.10) print*,'dpopdt',dpopdt              if (debug.eq.10) print*,'dpopdt',dpopdt
1809              if (debug.eq.10) print*,'dDONdt',dDONdt              if (debug.eq.10) print*,'dDONdt',dDONdt
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