/[MITgcm]/MITgcm_contrib/darwin2/pkg/monod/monod_plankton.F
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revision 1.1 by jahn, Wed Apr 13 18:56:25 2011 UTC revision 1.8 by stephd, Fri Jun 29 20:41:59 2012 UTC
# Line 48  c ANNA pass extra variables if WAVEBANDS Line 48  c ANNA pass extra variables if WAVEBANDS
48       I                       phytoup, popuplocal, ponuplocal,       I                       phytoup, popuplocal, ponuplocal,
49       I                       pofeuplocal, psiuplocal,       I                       pofeuplocal, psiuplocal,
50       I                       PARlocal,Tlocal, Slocal,       I                       PARlocal,Tlocal, Slocal,
51         I                       pCO2local,
52       I                       freefelocal, inputFelocal,       I                       freefelocal, inputFelocal,
53       I                       bottom, dzlocal,       I                       bottom, dzlocal,
54       O                       Rstarlocal, RNstarlocal,       O                       Rstarlocal, RNstarlocal,
# Line 77  c ANNA pass extra variables if WAVEBANDS Line 78  c ANNA pass extra variables if WAVEBANDS
78  #ifdef DYNAMIC_CHL  #ifdef DYNAMIC_CHL
79       O                       dphychl, Chlup,       O                       dphychl, Chlup,
80  #endif  #endif
81    #ifdef ALLOW_CDOM
82         O                       dcdomdt   ,
83         I                       cdomlocal,
84    #endif
85  #ifdef WAVEBANDS  #ifdef WAVEBANDS
86       I                       PARwlocal,       I                       PARwlocal,
87  #endif  #endif
# Line 94  c ANNA pass extra variables if WAVEBANDS Line 99  c ANNA pass extra variables if WAVEBANDS
99                                        
100    
101           implicit none           implicit none
 #include "EEPARAMS.h"  
102  #include "MONOD_SIZE.h"  #include "MONOD_SIZE.h"
103  #include "MONOD.h"  #include "MONOD.h"
104  #include "DARWIN_PARAMS.h"  #include "DARWIN_PARAMS.h"
# Line 145  c zoo   = zooplankton Line 149  c zoo   = zooplankton
149           _RL PARlocal           _RL PARlocal
150           _RL Tlocal           _RL Tlocal
151           _RL Slocal           _RL Slocal
152             _RL pCO2local
153           _RL freefelocal           _RL freefelocal
154           _RL inputFelocal           _RL inputFelocal
155           _RL bottom           _RL bottom
# Line 204  c zoo   = zooplankton Line 209  c zoo   = zooplankton
209           _RL Chlup(npmax)           _RL Chlup(npmax)
210  #endif  #endif
211  #endif  #endif
212    #ifdef ALLOW_CDOM
213             _RL cdomlocal
214             _RL dcdomdt  
215    #ifdef ALLOW_CARBON
216             _RL cdomclocal, dcdomcdt    
217    #endif
218    #endif
219  #ifdef ALLOW_PAR_DAY  #ifdef ALLOW_PAR_DAY
220           _RL PARdaylocal           _RL PARdaylocal
221  #endif  #endif
# Line 237  c phytoplankton specific nutrient limita Line 249  c phytoplankton specific nutrient limita
249           _RL limit(npmax)           _RL limit(npmax)
250  c phytoplankton light limitation term  c phytoplankton light limitation term
251           _RL ilimit(npmax)           _RL ilimit(npmax)
252             _RL pCO2limit(npmax)
253           _RL ngrow(npmax)           _RL ngrow(npmax)
254           _RL grow(npmax)           _RL grow(npmax)
255           _RL PspecificPO4(npmax)           _RL PspecificPO4(npmax)
256           _RL phytoTempFunction(npmax)           _RL phytoTempFunction(npmax)
257             _RL mortPTempFunction
258           _RL dummy           _RL dummy
259           _RL Ndummy           _RL Ndummy
260           _RL Nsourcelimit(npmax)           _RL Nsourcelimit(npmax)
# Line 271  c varible for mimumum phyto Line 285  c varible for mimumum phyto
285  #ifdef OLD_GRAZE  #ifdef OLD_GRAZE
286  c  variables for zooplankton grazing rates  c  variables for zooplankton grazing rates
287           _RL zooTempFunction(nzmax)           _RL zooTempFunction(nzmax)
288             _RL mortZTempFunction
289             _RL mortZ2TempFunction
290           _RL grazing_phyto(npmax)           _RL grazing_phyto(npmax)
291           _RL grazingP(nzmax)           _RL grazingP(nzmax)
292           _RL grazingN(nzmax)           _RL grazingN(nzmax)
# Line 279  c  variables for zooplankton grazing rat Line 295  c  variables for zooplankton grazing rat
295  #else  #else
296  c  variables for zooplankton grazing rates  c  variables for zooplankton grazing rates
297           _RL zooTempFunction(nzmax)           _RL zooTempFunction(nzmax)
298             _RL mortZTempFunction
299             _RL mortZ2TempFunction
300           _RL allphyto(nzmax)           _RL allphyto(nzmax)
301             _RL denphyto(nzmax)
302           _RL grazphy(npmax,nzmax)           _RL grazphy(npmax,nzmax)
303           _RL sumgrazphy(npmax)           _RL sumgrazphy(npmax)
304           _RL sumgrazzoo(nzmax)           _RL sumgrazzoo(nzmax)
# Line 304  c  variables for zooplankton grazing rat Line 323  c  variables for zooplankton grazing rat
323  #endif  #endif
324  #endif  #endif
325    
326    #ifdef ALLOW_CDOM
327            _RL cdomp_degrd, cdomn_degrd, cdomfe_degrd
328            _RL preminP_cdom, preminN_cdom, preminFe_cdom
329    #ifdef ALLOW_CARBON
330            _RL cdomc_degrd
331            _RL preminC_cdom
332    #endif
333    #endif
334    
335  #ifdef DAR_DIAG_CHL  #ifdef DAR_DIAG_CHL
336           _RL tmppcm           _RL tmppcm
337           _RL tmpchl2c           _RL tmpchl2c
# Line 376  c variables for conversions from phyto a Line 404  c variables for conversions from phyto a
404           _RL totzoo_pofe           _RL totzoo_pofe
405           _RL totzoo_posi           _RL totzoo_posi
406    
407    #ifdef ALLOW_CDOM
408             _RL totphy_cdomp
409             _RL totphy_cdomn
410             _RL totphy_cdomfe
411             _RL totzoo_cdomp
412             _RL totzoo_cdomn
413             _RL totzoo_cdomfe
414    #ifdef ALLOW_CARBON
415             _RL totphy_cdomc
416             _RL totzoo_cdomc
417    #endif
418    #endif
419    
420           _RL NO2prod           _RL NO2prod
421           _RL NO3prod           _RL NO3prod
422        
# Line 567  ccccccccccccccccccccccccccccccc Line 608  ccccccccccccccccccccccccccccccc
608    
609  c cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc  c cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
610            call MONOD_TEMPFUNC(Tlocal,phytoTempFunction,            call MONOD_TEMPFUNC(Tlocal,phytoTempFunction,
611       &            zooTempFunction, reminTempFunction, myThid)       &            zooTempFunction, reminTempFunction,
612         &            mortPTempFunction, mortZTempFunction,
613         &            mortZ2TempFunction, myThid)
614            if (debug.eq.1) print*,'phytoTempFunction',            if (debug.eq.1) print*,'phytoTempFunction',
615       &                          phytoTempFunction, Tlocal       &                          phytoTempFunction, Tlocal
616  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
# Line 596  c using Platt-like equations with inhibi Line 639  c using Platt-like equations with inhibi
639  #endif  #endif
640  c ANNA endif  c ANNA endif
641    
642    c pCO2 limit - default to non
643             do np=1,npmax
644               pCO2limit(np)=1. _d 0
645    c          if (np.eq.6) then
646    c             pCO2limit(np)=1. _d 0 + (pCO2local-400. _d -6)/600 _d -6
647    c             pCO2limit(np)=max(pCO2limit(np),1. _d 0)
648    c             pCO2limit(np)=min(pCO2limit(np),2. _d 0)
649    c          endif
650               if (debug.eq.15) print*,'pco2limit',pCO2limit(np),pCO2local
651             enddo
652    
653    
654  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
655  c Determine phytoplankton nutrient limitation as mimimum of  c Determine phytoplankton nutrient limitation as mimimum of
656  c P,N,Si,Fe. However N can be utilized in several forms, so  c P,N,Si,Fe. However N can be utilized in several forms, so
# Line 813  c ANNA endif Line 868  c ANNA endif
868  #endif  #endif
869    
870            do np = 1, npmax            do np = 1, npmax
871             pcm(np)=pcmax(np)*limit(np)*phytoTempFunction(np)             pcm(np)=pcmax(np)*limit(np)*phytoTempFunction(np)*
872         &                                         pCO2limit(np)
873  #ifdef DYNAMIC_CHL  #ifdef DYNAMIC_CHL
874             if (phyto(np).gt. 0. _d 0) then             if (phyto(np).gt. 0. _d 0) then
875               chl2c(np)=phychl(np)/(phyto(np)*R_PC(np))               chl2c(np)=phychl(np)/(phyto(np)*R_PC(np))
# Line 890  c         acclim(np)=max(acclim(np),chl2 Line 946  c         acclim(np)=max(acclim(np),chl2
946  c diagnostic version of the above that does not feed back to growth  c diagnostic version of the above that does not feed back to growth
947            ChlGeiderlocal = 0. _d 0            ChlGeiderlocal = 0. _d 0
948            do np = 1, npmax            do np = 1, npmax
949             tmppcm = mu(np)*limit(np)*phytoTempFunction(np)             tmppcm = mu(np)*limit(np)*phytoTempFunction(np)*
950         &                                       pCO2limit(np)
951             if (tmppcm.gt.0.d0) then             if (tmppcm.gt.0.d0) then
952               tmpchl2c = Geider_chl2cmax(np)/               tmpchl2c = Geider_chl2cmax(np)/
953       &         (1+(Geider_chl2cmax(np)*Geider_alphachl(np)*PARdaylocal)/       &         (1+(Geider_chl2cmax(np)*Geider_alphachl(np)*PARdaylocal)/
# Line 951  c sum all palatability*phyto and find ph Line 1008  c sum all palatability*phyto and find ph
1008              allphyto(nz)=allphyto(nz)+palat(np,nz)*phyto(np)              allphyto(nz)=allphyto(nz)+palat(np,nz)*phyto(np)
1009             enddo             enddo
1010             if (allphyto(nz).le.0. _d 0) allphyto(nz)=phygrazmin             if (allphyto(nz).le.0. _d 0) allphyto(nz)=phygrazmin
1011    #ifdef SER_GRAZ
1012               denphyto(nz)=0. _d 0
1013               do np=1,npmax
1014                denphyto(nz)=denphyto(nz)+
1015         &            (palat(np,nz)*phyto(np)/allphyto(nz))*phyto(np)
1016               enddo
1017               if (denphyto(nz).le.0. _d 0) denphyto(nz)=phygrazmin
1018    #endif
1019             do np=1,npmax             do np=1,npmax
1020              tmpz=max(0. _d 0,(allphyto(nz)-phygrazmin) )              tmpz=max(0. _d 0,(allphyto(nz)-phygrazmin) )
1021              grazphy(np,nz)=grazemax(nz)*              grazphy(np,nz)=grazemax(nz)*
1022    #ifdef SER_GRAZ
1023    c as in Vallina et al, 2011
1024         &          (((palat(np,nz)*phyto(np)/allphyto(nz))*phyto(np))/
1025         &           denphyto(nz)) *
1026    #else
1027    c as in Dutkiewicz et al, GBC, 2009
1028       &           (palat(np,nz)*phyto(np)/allphyto(nz))*       &           (palat(np,nz)*phyto(np)/allphyto(nz))*
1029       &           ( tmpz/  #endif
1030       &             (tmpz+kgrazesat) )       &           ( tmpz**hollexp/
1031         &             (tmpz**hollexp+kgrazesat**hollexp) )
1032             enddo             enddo
1033            enddo            enddo
1034            if (debug.eq.2) print*,'allphyto',allphyto            if (debug.eq.2) print*,'allphyto',allphyto
# Line 1034  cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc Line 1106  cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
1106  c accumulate particulate and dissolved detritus  c accumulate particulate and dissolved detritus
1107             do np=1, npmax             do np=1, npmax
1108                 totphy_pop=totphy_pop+                 totphy_pop=totphy_pop+
1109       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*phytomin(np)       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*
1110         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1111                 totphy_dop=totphy_dop+                 totphy_dop=totphy_dop+
1112       &                (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*phytomin(np)       &                (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*
1113         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1114                 totphy_pon=totphy_pon+ R_NP(np)*                 totphy_pon=totphy_pon+ R_NP(np)*
1115       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*phytomin(np)       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*
1116         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1117                 totphy_don=totphy_don+ R_NP(np)*                 totphy_don=totphy_don+ R_NP(np)*
1118       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*phytomin(np)       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*
1119         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1120                 totphy_pofe=totphy_pofe+ R_FeP(np)*                 totphy_pofe=totphy_pofe+ R_FeP(np)*
1121       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*phytomin(np)       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*
1122         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1123                 totphy_dofe=totphy_dofe+ R_FeP(np)*                 totphy_dofe=totphy_dofe+ R_FeP(np)*
1124       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*phytomin(np)       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*
1125         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1126                 totphy_posi=totphy_posi+ R_SiP(np)*                 totphy_posi=totphy_posi+ R_SiP(np)*
1127       &                mortphy(np)*phytomin(np)       &                mortphy(np)*
1128         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1129  #ifdef ALLOW_CARBON  #ifdef ALLOW_CARBON
1130                 totphy_poc=totphy_poc+ R_PC(np)*                 totphy_poc=totphy_poc+ R_PC(np)*
1131       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*phytomin(np)       &                ExportFracP(np)*mortphy(np)*
1132         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1133                 totphy_doc=totphy_doc+ R_PC(np)*                 totphy_doc=totphy_doc+ R_PC(np)*
1134       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*phytomin(np)       &               (1. _d 0-ExportFracP(np))*mortphy(np)*
1135         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1136                 totphy_pic=totphy_pic+ R_PC(np)*R_PICPOC(np)*                 totphy_pic=totphy_pic+ R_PC(np)*R_PICPOC(np)*
1137       &                mortphy(np)*phytomin(np)       &                mortphy(np)*
1138         &                mortPTempFunction*phytomin(np)
1139  #endif  #endif
1140              enddo              enddo
1141    #ifdef ALLOW_CDOM
1142                   totphy_cdomp=(fraccdom)*totphy_dop
1143                   totphy_dop=totphy_dop-totphy_cdomp
1144                   totphy_cdomn=rnp_cdom*totphy_cdomp
1145                   totphy_don=totphy_don-totphy_cdomn
1146                   totphy_cdomfe=rfep_cdom*totphy_cdomp
1147                   totphy_dofe=totphy_dofe-totphy_cdomfe
1148    #ifdef ALLOW_CARBON
1149                   totphy_cdomc=rcp_cdom*totphy_cdomp
1150                   totphy_doc=totphy_doc-totphy_cdomc
1151    #endif
1152    #endif
1153              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_pop',totphy_pop              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_pop',totphy_pop
1154              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_dop',totphy_dop              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_dop',totphy_dop
1155              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_pon',totphy_pon              if (debug.eq.3) print*,'tot_phy_pon',totphy_pon
# Line 1107  cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc Line 1201  cccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
1201  c accumulate particulate and dissolved detritus  c accumulate particulate and dissolved detritus
1202              do nz=1, nzmax              do nz=1, nzmax
1203                 totzoo_pop=totzoo_pop+                 totzoo_pop=totzoo_pop+
1204       &                     ExportFracZ(nz)*mortzoo(nz)*zooP(nz)       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*
1205         &                     mortZTempFunction*zooP(nz)
1206         &                     +  mortzoo2(nz)*
1207         &                     mortZ2TempFunction*zooP(nz)**2 )
1208                 totzoo_dop=totzoo_dop+                 totzoo_dop=totzoo_dop+
1209       &                    (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*mortzoo(nz)*zooP(nz)       &                    (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(
1210                 totzoo_pon=totzoo_pon+       &                     mortzoo(nz)*
1211       &                     ExportFracZ(nz)*mortzoo(nz)*zooN(nz)       &                     mortZTempFunction*zooP(nz)+
1212         &                     mortzoo2(nz)*
1213         &                     mortZ2TempFunction*zooP(nz)**2 )
1214                   totzoo_pon=totzoo_pon+
1215         &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*
1216         &                     mortZTempFunction*zooN(nz)
1217         &                     +  mortzoo2(nz)*
1218         &                     mortZ2TempFunction*zooN(nz)**2 )
1219                 totzoo_don=totzoo_don+                 totzoo_don=totzoo_don+
1220       &                    (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*mortzoo(nz)*zooN(nz)       &                    (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(
1221         &                     mortzoo(nz)*
1222         &                     mortZTempFunction*zooN(nz)+
1223         &                     mortzoo2(nz)*
1224         &                     mortZ2TempFunction*zooN(nz)**2 )
1225                 totzoo_pofe=totzoo_pofe+                 totzoo_pofe=totzoo_pofe+
1226       &                     ExportFracZ(nz)*mortzoo(nz)*zooFe(nz)       &                     ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*
1227         &                     mortZTempFunction*zooFe(nz)
1228         &                     +  mortzoo2(nz)*
1229         &                     mortZ2TempFunction*zooFe(nz)**2 )
1230                 totzoo_dofe=totzoo_dofe+                 totzoo_dofe=totzoo_dofe+
1231       &                   (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*mortzoo(nz)*zooFe(nz)       &                   (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*(
1232                 totzoo_posi=totzoo_posi+       &                    mortzoo(nz)*
1233       &                     mortzoo(nz)*zooSi(nz)       &                    mortZTempFunction*zooFe(nz) +
1234         &                    mortzoo2(nz)*
1235         &                    mortZ2TempFunction*zooFe(nz)**2 )
1236                   totzoo_posi=totzoo_posi+
1237         &                     ( mortzoo(nz)*
1238         &                       mortZTempFunction*zooSi(nz)+
1239         &                       mortzoo2(nz)*
1240         &                       mortZ2TempFunction*zooSi(nz)**2 )
1241  #ifdef ALLOW_CARBON  #ifdef ALLOW_CARBON
1242                 totzoo_poc=totzoo_poc+                 totzoo_poc=totzoo_poc+
1243       &                    ExportFracZ(nz)*mortzoo(nz)*zooClocal(nz)       &                    ExportFracZ(nz)*( mortzoo(nz)*
1244         &                         mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1245         &                      +  mortzoo2(nz)*
1246         &                         mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2 )
1247                 totzoo_doc=totzoo_doc+                 totzoo_doc=totzoo_doc+
1248       &           (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*mortzoo(nz)*zooClocal(nz)       &           (1. _d 0-ExportFracZ(nz))*( mortzoo(nz)*
1249         &                         mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1250         &                      +  mortzoo2(nz)*
1251         &                         mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2 )
1252  #endif  #endif
1253              enddo              enddo
1254    
# Line 1154  c accumulate particulate and dissolved d Line 1278  c accumulate particulate and dissolved d
1278  #endif  #endif
1279              enddo              enddo
1280  #endif  #endif
1281    
1282    #ifdef ALLOW_CDOM
1283                   totzoo_cdomp=(fraccdom)*totzoo_dop
1284                   totzoo_dop=totzoo_dop-totzoo_cdomp
1285                   totzoo_cdomn=rnp_cdom*totzoo_cdomp
1286                   totzoo_don=totzoo_don-totzoo_cdomn
1287                   totzoo_cdomfe=rfep_cdom*totzoo_cdomp
1288                   totzoo_dofe=totzoo_dofe-totzoo_cdomfe
1289    #ifdef ALLOW_CARBON
1290                   totzoo_cdomc=rcp_cdom*totzoo_cdomp
1291                   totzoo_doc=totzoo_doc-totzoo_cdomc
1292    #endif
1293    #endif
1294              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_pop',totzoo_pop              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_pop',totzoo_pop
1295              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_dop',totzoo_dop              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_dop',totzoo_dop
1296              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_pon',totzoo_pon              if (debug.eq.5) print*,'totzoo_pon',totzoo_pon
# Line 1170  c consumption - sum of phytoplankton con Line 1307  c consumption - sum of phytoplankton con
1307  c phospate uptake by each phytoplankton  c phospate uptake by each phytoplankton
1308  #ifndef GEIDER  #ifndef GEIDER
1309                 grow(np)=ngrow(np)*mu(np)*limit(np)*ilimit(np)*                 grow(np)=ngrow(np)*mu(np)*limit(np)*ilimit(np)*
1310       &                            phytoTempFunction(np)       &                            phytoTempFunction(np)*pCO2limit(np)
1311  #endif  #endif
1312  #ifdef GEIDER  #ifdef GEIDER
1313                 grow(np)=ngrow(np)*pcarbon(np)                 grow(np)=ngrow(np)*pcarbon(np)
# Line 1288  c remineralization of sinking particulat Line 1425  c remineralization of sinking particulat
1425              preminN  = reminTempFunction * Kpremin_N*PONlocal              preminN  = reminTempFunction * Kpremin_N*PONlocal
1426              preminFe = reminTempFunction * Kpremin_Fe*POFelocal              preminFe = reminTempFunction * Kpremin_Fe*POFelocal
1427              preminSi = reminTempFunction * Kpremin_Si*PSilocal              preminSi = reminTempFunction * Kpremin_Si*PSilocal
1428    #ifdef ALLOW_CDOM
1429                preminP_cdom = fraccdom*preminP
1430                preminP=preminP-preminP_cdom
1431                preminN_cdom = rnp_cdom*preminP_cdom
1432                preminN=preminN-preminN_cdom
1433                preminFe_cdom = rfep_cdom*preminP_cdom
1434                preminFe=preminFe-preminFe_cdom
1435    #endif
1436    
1437  #ifdef ALLOW_CARBON  #ifdef ALLOW_CARBON
1438             DOCremin =  reminTempFunction * Kdoc * DOClocal             DOCremin =  reminTempFunction * Kdoc * DOClocal
1439             preminC  = reminTempFunction * Kpremin_C*POClocal             preminC  = reminTempFunction * Kpremin_C*POClocal
1440    #ifdef ALLOW_CDOM
1441                preminC_cdom = rcp_cdom*preminP_cdom
1442                preminC=preminC-preminC_cdom
1443    #endif
1444  c dissolution  c dissolution
1445             disscPIC = Kdissc*PIClocal             disscPIC = Kdissc*PIClocal
1446  #endif  #endif
1447    
1448    #ifdef ALLOW_CDOM
1449    c degradation of  CDOM - high when bleached by light
1450               cdomp_degrd = reminTempFunction * cdomlocal
1451         &            *(cdomdegrd+cdombleach*min(PARlocal/PARcdom,1. _d 0) )
1452               cdomn_degrd = rnp_cdom * cdomp_degrd
1453               cdomfe_degrd= rfep_cdom * cdomp_degrd
1454    #ifdef ALLOW_CARBON
1455               cdomc_degrd = rcp_cdom  * cdomp_degrd
1456    #endif
1457    #endif
1458    
1459  c chemistry  c chemistry
1460  c NH4 -> NO2 -> NO3 by bacterial action  c NH4 -> NO2 -> NO3 by bacterial action
1461              NO2prod = knita*( 1. _d 0-min(PARlocal/PAR0,1. _d 0) )              NO2prod = knita*( 1. _d 0-min(PARlocal/PAR0,1. _d 0) )
# Line 1322  c phytoplankton Line 1482  c phytoplankton
1482  #else  #else
1483       &                        - sumgrazphy(np)       &                        - sumgrazphy(np)
1484  #endif  #endif
1485       &                        - mortphy(np)*phytomin(np)       &                        - mortphy(np)*
1486         &                          mortPTempFunction*phytomin(np)
1487       &                        + psinkphy(np)       &                        + psinkphy(np)
1488  #ifdef GEIDER  #ifdef GEIDER
1489  #ifdef DYNAMIC_CHL  #ifdef DYNAMIC_CHL
# Line 1337  c             dphychl(np) = rhochl(np)*P Line 1498  c             dphychl(np) = rhochl(np)*P
1498  #else  #else
1499       &                   - sumgrazphy(np)       &                   - sumgrazphy(np)
1500  #endif  #endif
1501       &                   - mortphy(np)*phytomin(np)) *chl2c(np)*R_PC(np)       &                   - mortphy(np)*
1502         &                     mortPTempFunction*phytomin(np))
1503         &                       *chl2c(np)*R_PC(np)
1504       &                        + psinkChl(np)       &                        + psinkChl(np)
1505  #endif  #endif
1506                Chl=Chl + phychl(np)                Chl=Chl + phychl(np)
# Line 1348  c%%% Line 1511  c%%%
1511  #ifdef OLD_GRAZE  #ifdef OLD_GRAZE
1512                tmpr=grazing_phyto(np)*                tmpr=grazing_phyto(np)*
1513       &              (phytomin(np)/(phytomin(np) + kgrazesat))       &              (phytomin(np)/(phytomin(np) + kgrazesat))
1514       &                        + mortphy(np)*phytomin(np)       &                        + mortphy(np)*
1515         &                          mortPTempFunction*phytomin(np)
1516       &                        - psinkphy(np)       &                        - psinkphy(np)
1517  #else  #else
1518                tmpr=sumgrazphy(np)                tmpr=sumgrazphy(np)
1519       &                        + mortphy(np)*phytomin(np)       &                        + mortphy(np)*
1520         &                          mortPTempFunction*phytomin(np)
1521       &                        - psinkphy(np)       &                        - psinkphy(np)
1522  #endif  #endif
1523  #ifdef DAR_DIAG_RSTAR  #ifdef DAR_DIAG_RSTAR
1524  #ifndef GEIDER  #ifndef GEIDER
1525                tmpgrow=ngrow(np)*mu(np)*ilimit(np)*                tmpgrow=ngrow(np)*mu(np)*ilimit(np)*
1526       &              phytoTempFunction(np)       &              phytoTempFunction(np)*pCO2limit(np)
1527  #endif  #endif
1528  #ifdef GEIDER  #ifdef GEIDER
1529                tmpgrow=grow(np)/limit(np)                tmpgrow=grow(np)/limit(np)
# Line 1419  c zooplankton mortality Line 1584  c zooplankton mortality
1584              do nz=1,nzmax              do nz=1,nzmax
1585  c zoo in P currency  c zoo in P currency
1586                dzooPdt(nz)  = dzooPdt(nz)                dzooPdt(nz)  = dzooPdt(nz)
1587       &                           - mortzoo(nz)*zooP(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1588         &                             mortZTempFunction*zooP(nz)
1589         &                           - mortzoo2(nz)*
1590         &                             mortZ2TempFunction*zooP(nz)**2
1591  c zooplankton in other currencies  c zooplankton in other currencies
1592  C zooplankton stoichiometry varies according to food source  C zooplankton stoichiometry varies according to food source
1593                dzooNdt(nz)  = dzooNdt(nz)                dzooNdt(nz)  = dzooNdt(nz)
1594       &                           - mortzoo(nz)*zooN(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1595         &                             mortZTempFunction*zooN(nz)
1596         &                           - mortzoo2(nz)*
1597         &                             mortZ2TempFunction*zooN(nz)**2
1598                dzooFedt(nz) = dzooFedt(nz)                dzooFedt(nz) = dzooFedt(nz)
1599       &                           - mortzoo(nz)*zooFe(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1600         &                             mortZTempFunction*zooFe(nz)
1601         &                           - mortzoo2(nz)*
1602         &                             mortZ2TempFunction*zooFe(nz)**2
1603                dzooSidt(nz) = dzooSidt(nz)                dzooSidt(nz) = dzooSidt(nz)
1604       &                           - mortzoo(nz)*zooSi(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1605         &                             mortZTempFunction*zooSi(nz)
1606         &                           - mortzoo2(nz)*
1607         &                             mortZ2TempFunction*zooSi(nz)**2
1608              enddo              enddo
1609    
1610    
1611  c sum contributions to inorganic nutrient tendencies  c sum contributions to inorganic nutrient tendencies
1612              dPO4dt =  - consumpPO4 +  preminP  + DOPremin              dPO4dt =  - consumpPO4 +  
1613              dNH4dt =  - consumpNH4 +  preminN  + DONremin  #ifdef ALLOW_CDOM
1614         &                 DOPremin
1615    #else
1616         &                 preminP  + DOPremin
1617    #endif
1618                dNH4dt =  - consumpNH4 +  
1619    #ifdef ALLOW_CDOM
1620         &                 DONremin
1621    #else
1622         &                 preminN  +  DONremin
1623    #endif
1624       &                                   - NO2prod       &                                   - NO2prod
1625              dNO2dt =  - consumpNO2                                      dNO2dt =  - consumpNO2                        
1626       &                                   + NO2prod - NO3prod       &                                   + NO2prod - NO3prod
# Line 1442  c sum contributions to inorganic nutrien Line 1629  c sum contributions to inorganic nutrien
1629  c-ONLYNO3   dNO3dt =  - consumpNO3 +  preminN  + DONremin  c-ONLYNO3   dNO3dt =  - consumpNO3 +  preminN  + DONremin
1630  #ifdef ALLOW_DENIT  #ifdef ALLOW_DENIT
1631              if (O2local.le.O2crit) then              if (O2local.le.O2crit) then
1632                denit =  denit_np*(preminP  + DOPremin)                denit =  denit_np
1633    #ifdef ALLOW_CDOM
1634         &                *(DOPremin)
1635    #else
1636         &                *(preminP  + DOPremin)
1637    #endif
1638                dNO3dt = dNO3dt - denit                dNO3dt = dNO3dt - denit
1639                dNH4dt = dNH4dt -  (preminN  + DONremin)                dNH4dt = dNH4dt -  
1640    #ifdef ALLOW_CDOM
1641         &                 (DONremin)
1642    #else
1643         &                 (preminN  + DONremin)
1644    #endif
1645              endif              endif
1646  #endif  #endif
1647              dFeTdt =  - consumpFeT +  preminFe + DOFeremin              dFeTdt =  - consumpFeT +  
1648    #ifdef ALLOW_CDOM
1649         &                 DOFeremin
1650    #else
1651         &                 preminFe + DOFeremin
1652    #endif
1653  #ifdef PART_SCAV  #ifdef PART_SCAV
1654       &                 - scav_part*freefelocal +       &                 - scav_part*freefelocal +
1655  #else  #else
# Line 1458  c-ONLYNO3   dNO3dt =  - consumpNO3 +  pr Line 1660  c-ONLYNO3   dNO3dt =  - consumpNO3 +  pr
1660    
1661  c tendency of dissolved organic pool  c tendency of dissolved organic pool
1662              dDOPdt  = totphy_dop  + totzoo_dop  - DOPremin              dDOPdt  = totphy_dop  + totzoo_dop  - DOPremin
1663    #ifdef ALLOW_CDOM
1664         &                +preminP + cdomp_degrd
1665    #endif
1666              dDONdt  = totphy_don  + totzoo_don  - DONremin              dDONdt  = totphy_don  + totzoo_don  - DONremin
1667    #ifdef ALLOW_CDOM
1668         &                +preminN + cdomn_degrd
1669    #endif
1670              dDOFedt = totphy_dofe + totzoo_dofe - DOFeremin              dDOFedt = totphy_dofe + totzoo_dofe - DOFeremin
1671    #ifdef ALLOW_CDOM
1672         &                +preminFe + cdomfe_degrd
1673    #endif
1674    
1675  c tendency of particulate detritus pools  c tendency of particulate detritus pools
1676              dpopdt  = totphy_pop  + totzoo_pop   - preminP + psinkP              dpopdt  = totphy_pop  + totzoo_pop   - preminP + psinkP
1677    #ifdef ALLOW_CDOM
1678         &                -preminP_cdom
1679    #endif
1680              dpondt  = totphy_pon  + totzoo_pon   - preminN + psinkN              dpondt  = totphy_pon  + totzoo_pon   - preminN + psinkN
1681    #ifdef ALLOW_CDOM
1682         &                -preminN_cdom
1683    #endif
1684              dpofedt = totphy_pofe + totzoo_pofe  - preminFe + psinkFe              dpofedt = totphy_pofe + totzoo_pofe  - preminFe + psinkFe
1685    #ifdef ALLOW_CDOM
1686         &                -preminFe_cdom
1687    #endif
1688              dpSidt  = totphy_posi + totzoo_posi  - preminSi + psinkSi              dpSidt  = totphy_posi + totzoo_posi  - preminSi + psinkSi
1689  #ifdef ALLOW_CARBON  #ifdef ALLOW_CARBON
1690              dDICdt =  - consumpDIC - consumpDIC_PIC              dDICdt =  - consumpDIC - consumpDIC_PIC
1691    #ifdef ALLOW_CDOM
1692         &                                         +  DOCremin
1693    #else
1694       &                                         +  preminC  + DOCremin       &                                         +  preminC  + DOCremin
1695    #endif
1696       &                                         + disscPIC       &                                         + disscPIC
1697              dDOCdt  = totphy_doc  + totzoo_doc  - DOCremin              dDOCdt  = totphy_doc  + totzoo_doc  - DOCremin
1698    #ifdef ALLOW_CDOM
1699         &                    +preminC + cdomc_degrd
1700    #endif
1701              dPOCdt  = totphy_poc  + totzoo_poc  - preminC + psinkC              dPOCdt  = totphy_poc  + totzoo_poc  - preminC + psinkC
1702    #ifdef ALLOW_CDOM
1703         &                -preminC_cdom
1704    #endif
1705              dPICdt  = totphy_pic  + totzoo_pic  - disscPIC + psinkPIC              dPICdt  = totphy_pic  + totzoo_pic  - disscPIC + psinkPIC
1706              dALKdt  = - dNO3dt    - 2.d0 * (consumpDIC_PIC - disscPIC)              dALKdt  = - dNO3dt    - 2.d0 * (consumpDIC_PIC - disscPIC)
1707  c should be = O2prod - preminP - DOPremin?  c should be = O2prod - preminP - DOPremin?
# Line 1480  c production of O2 by photosynthesis Line 1711  c production of O2 by photosynthesis
1711               dO2dt   = R_OP*consumpPO4               dO2dt   = R_OP*consumpPO4
1712  c loss of O2 by remineralization  c loss of O2 by remineralization
1713               if (O2local.gt.O2crit) then               if (O2local.gt.O2crit) then
1714                 dO2dt   = dO2dt - R_OP*(preminP  + DOPremin)                 dO2dt   = dO2dt - R_OP
1715    #ifdef ALLOW_CDOM
1716         &                      *(DOPremin)
1717    #else
1718         &                      *(preminP  + DOPremin)
1719    #endif
1720               endif               endif
1721  #ifdef OLD_GRAZE  #ifdef OLD_GRAZE
1722              do nz=1,nzmax              do nz=1,nzmax
1723                dzooCdt(nz)  = grazingC(nz)*zooClocal(nz)                dzooCdt(nz)  = grazingC(nz)*zooClocal(nz)
1724       &                           - mortzoo(nz)*zooClocal(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1725         &                             mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1726         &                           - mortzoo2(nz)*
1727         &                             mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2
1728              enddo              enddo
1729  #else  #else
1730              do nz=1,nzmax              do nz=1,nzmax
1731                dzooCdt(nz)  = sumgrazzooc(nz)                dzooCdt(nz)  = sumgrazzooc(nz)
1732       &                           - mortzoo(nz)*zooClocal(nz)       &                           - mortzoo(nz)*
1733         &                             mortZTempFunction*zooClocal(nz)
1734         &                           - mortzoo2(nz)*
1735         &                             mortZ2TempFunction*zooClocal(nz)**2
1736              enddo              enddo
1737  #endif  #endif
1738    
1739    #ifdef ALLOW_CDOM
1740                dcdomdt = totphy_cdomp + totzoo_cdomp +  preminP_cdom
1741         &                  -cdomp_degrd
1742    #endif
1743    
1744  #endif  #endif
1745    
1746              if (debug.eq.10) print*,'dDOPdt', dDOPdt              if (debug.eq.10) print*,'dDOPdt', dDOPdt
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