/[MITgcm]/MITgcm_contrib/darwin2/pkg/monod/monod_init_vari.F
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revision 1.1 by jahn, Wed Apr 13 18:56:25 2011 UTC revision 1.11 by jahn, Tue May 21 20:31:39 2013 UTC
# Line 88  c test.................... Line 88  c test....................
88  c set up ecosystem coefficients  c set up ecosystem coefficients
89  c  c
90  c seed randomization  c seed randomization
91            _BEGIN_MASTER( myThid )
92    
93          CALL DARWIN_RANDOM_INIT(darwin_seed, myThid)          CALL DARWIN_RANDOM_INIT(darwin_seed, myThid)
94    
95  c initialize total number of functional groups tried  c initialize total number of functional groups tried
# Line 100  c initialize total number of functional Line 102  c initialize total number of functional
102  #endif  #endif
103           end do           end do
104    
105            _END_MASTER( myThid )
106    
107  c reduce amount of diaz  c reduce amount of diaz
108  #ifdef ALLOW_DIAZ  #ifdef ALLOW_DIAZ
109           IF (nIter0.EQ.PTRACERS_Iter0) THEN
110          do np = 1, npmax          do np = 1, npmax
111           if (diazotroph(np) .eq. 1. _d 0) then           if (diazotroph(np) .eq. 1. _d 0) then
112           DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)           DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)
# Line 118  c reduce amount of diaz Line 123  c reduce amount of diaz
123           ENDDO           ENDDO
124           endif           endif
125          enddo          enddo
126           ENDIF
127  #endif  #endif
128    
129            _BEGIN_MASTER( myThid )
130    
131  c initialize zooplankton  c initialize zooplankton
132           call MONOD_GENERATE_ZOO(MyThid)           call MONOD_GENERATE_ZOO(MyThid)
133    
# Line 163  c find mean Line 171  c find mean
171  #endif  #endif
172  #ifdef DYNAMIC_CHL  #ifdef DYNAMIC_CHL
173  c check Chl fields are reasonable  c check Chl fields are reasonable
174    #ifndef WAVEBANDS
175             do np = 1,npmax
176    c C:CHl minimum: chosen to be Chl:C at high light (2000uEin/m2/s) and
177    c  no temp/nutrient limitation
178              chl2cmin(np)=chl2cmax(np)/
179         &            (1+(chl2cmax(np)*alphachl(np)*2000. _d 0)/
180         &               (2*pcmax(np)))
181              chl2cmin(np)=0. _d 0
182             enddo
183    #else
184             do np=1,npmax             do np=1,npmax
185               chl2cmin(np)=chl2cmax(np)/               chl2cmin(np)=chl2cmax(np)/
186       &            (1+(chl2cmax(np)* alpha_mean(np) *2000. _d 0)/       &            (1+(chl2cmax(np)* alpha_mean(np) *2000. _d 0)/
187       &               (2*pcmax(np)))       &               (2*pcmax(np)))
188             enddo             enddo
            call MONOD_CHECK_CHL(myThid)  
189  #endif  #endif
190  #endif  #endif
191  c ANNA endif  #endif
192            _END_MASTER( myThid )
193    
194    #ifdef GEIDER
195    C this initializes fields...
196            call MONOD_CHECK_CHL(myThid)
197    #endif
198    
199           _BEGIN_MASTER(myThid)           IF ( myProcId.EQ.0 .AND. myThid.EQ.1 ) THEN
200  c write out initial phyto characteristics  c write out initial phyto characteristics
201  #ifndef GEIDER  #ifndef GEIDER
202           CALL MDSFINDUNIT( IniUnit1, mythid )           CALL MDSFINDUNIT( IniUnit1, mythid )
# Line 268  c ANNA outputs mQyield as 10^(4) mmol C Line 291  c ANNA outputs mQyield as 10^(4) mmol C
291           close(IniUnit1)           close(IniUnit1)
292   110     format(3f4.0,f6.2,4f4.0,f5.1,4f7.3,2e11.2,2f9.4,f6.1,2i5)   110     format(3f4.0,f6.2,4f4.0,f5.1,4f7.3,2e11.2,2f9.4,f6.1,2i5)
293   111     format(3f4.0,f6.2,4f4.0,f5.1,4f7.3,2f6.1,2f9.4,f6.1,2i5)   111     format(3f4.0,f6.2,4f4.0,f5.1,4f7.3,2f6.1,2f9.4,f6.1,2i5)
294    c       myProcId and myThid
295            ENDIF
296    
297           CALL LEF_ZERO( fice,myThid )           CALL LEF_ZERO( fice,myThid )
298           CALL LEF_ZERO( inputFe,myThid )           CALL LEF_ZERO( inputFe,myThid )
# Line 300  c ANNA outputs mQyield as 10^(4) mmol C Line 325  c ANNA outputs mQyield as 10^(4) mmol C
325          ENDDO          ENDDO
326         ENDDO         ENDDO
327        ENDDO        ENDDO
328    #endif
329    
330        IF ( .NOT. ( startTime .EQ. baseTime .AND.  nIter0 .EQ. 0        IF ( .NOT. ( startTime .EQ. baseTime .AND.  nIter0 .EQ. 0
331       &     .AND. pickupSuff .EQ. ' ') ) THEN       &     .AND. pickupSuff .EQ. ' ') ) THEN
332  COJ should probably initialize from a file when nIter0 .EQ. 0  COJ should probably initialize from a file when nIter0 .EQ. 0
333          CALL DARWIN_READ_PICKUP( nIter0, myThid )          CALL DARWIN_READ_PICKUP( nIter0, myThid )
334        ENDIF        ENDIF
 #endif  
335  c  c
336  #ifdef ALLOW_TIMEAVE  #ifdef ALLOW_TIMEAVE
337  c set arrays to zero if first timestep  c set arrays to zero if first timestep
# Line 316  c set arrays to zero if first timestep Line 342  c set arrays to zero if first timestep
342            CALL TIMEAVE_RESET(Chlave,   Nr,  bi, bj, myThid)            CALL TIMEAVE_RESET(Chlave,   Nr,  bi, bj, myThid)
343            CALL TIMEAVE_RESET(Nfixave,   Nr,  bi, bj, myThid)            CALL TIMEAVE_RESET(Nfixave,   Nr,  bi, bj, myThid)
344            CALL TIMEAVE_RESET(Denitave,   Nr,  bi, bj, myThid)            CALL TIMEAVE_RESET(Denitave,   Nr,  bi, bj, myThid)
345    #ifdef DAR_DIAG_PARW
346              do i=1,tlam
347               CALL TIMEAVE_RESET(PARwave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
348         &                                    Nr,bi,bj,myThid)
349              enddo
350              do np=1,npmax
351               CALL TIMEAVE_RESET(chl2cave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np),
352         &                                    Nr,bi,bj,myThid)
353              enddo
354    #endif
355  #ifdef DAR_DIAG_ACDOM  #ifdef DAR_DIAG_ACDOM
356            CALL TIMEAVE_RESET(aCDOMave,   Nr,  bi, bj, myThid)            CALL TIMEAVE_RESET(aCDOMave,   Nr,  bi, bj, myThid)
357  #endif  #endif
# Line 327  c set arrays to zero if first timestep Line 363  c set arrays to zero if first timestep
363       &                                    Nr,bi,bj,myThid)       &                                    Nr,bi,bj,myThid)
364             CALL TIMEAVE_RESET(Euave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),             CALL TIMEAVE_RESET(Euave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
365       &                                    Nr,bi,bj,myThid)       &                                    Nr,bi,bj,myThid)
366               CALL TIMEAVE_RESET(Estave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
367         &                                    Nr,bi,bj,myThid)
368             CALL TIMEAVE_RESET(Eutave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),             CALL TIMEAVE_RESET(Eutave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
369       &                                    Nr,bi,bj,myThid)       &                                    Nr,bi,bj,myThid)
370            enddo            enddo
371  #endif  #endif
372    #ifdef DAR_DIAG_IRR_AMPS
373              do i=1,tlam
374               CALL TIMEAVE_RESET(amp1ave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
375         &                                    Nr,bi,bj,myThid)
376               CALL TIMEAVE_RESET(amp2ave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
377         &                                    Nr,bi,bj,myThid)
378              enddo
379    #endif
380  #ifdef DAR_DIAG_ABSORP  #ifdef DAR_DIAG_ABSORP
381            do i=1,tlam            do i=1,tlam
382             CALL TIMEAVE_RESET(aave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),             CALL TIMEAVE_RESET(aave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
# Line 355  c set arrays to zero if first timestep Line 401  c set arrays to zero if first timestep
401       &                                    Nr,bi,bj,myThid)       &                                    Nr,bi,bj,myThid)
402            enddo            enddo
403  #endif  #endif
404    #ifdef DAR_RADTRANS
405              CALL TIMEAVE_RESET(rmudave(1-OLx,1-OLy,1,1),
406         &                                   1,bi,bj,myThid)
407    #endif
408  c ANNA_TAVE  c ANNA_TAVE
409  #ifdef WAVES_DIAG_PCHL  #ifdef WAVES_DIAG_PCHL
410            do np=1,npmax            do np=1,npmax
# Line 363  c ANNA_TAVE Line 413  c ANNA_TAVE
413            enddo            enddo
414  #endif  #endif
415  c ANNA end TAVE  c ANNA end TAVE
416    #ifdef DAR_DIAG_EK
417               do np=1,npmax
418               CALL TIMEAVE_RESET(Ekave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np),
419         &                                      Nr,bi,bj,myThid)
420               CALL TIMEAVE_RESET(EkoverEave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np),
421         &                                      Nr,bi,bj,myThid)
422               do i=1,tlam
423                 CALL TIMEAVE_RESET(Ek_nlave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np,i),
424         &                                      Nr,bi,bj,myThid)
425                 CALL TIMEAVE_RESET(EkoverE_nlave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np,i),
426         &                                      Nr,bi,bj,myThid)
427               enddo
428              enddo
429    #endif
430  #ifdef DAR_DIAG_RSTAR  #ifdef DAR_DIAG_RSTAR
431            do np=1,npmax            do np=1,npmax
432             CALL TIMEAVE_RESET(Rstarave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np),             CALL TIMEAVE_RESET(Rstarave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np),
# Line 399  c         CALL TIMEAVE_RESET(SURave,   1 Line 463  c         CALL TIMEAVE_RESET(SURave,   1
463  #endif /* ALLOW_TIMEAVE */  #endif /* ALLOW_TIMEAVE */
464    
465  #ifdef CHECK_CONS  #ifdef CHECK_CONS
466           IF ( myProcId.EQ.0 .AND. myThid.EQ.1 ) THEN
467  coj find unused units for darwin_cons output  coj find unused units for darwin_cons output
468          CALL MDSFINDUNIT( DAR_cons_unit1, mythid )          CALL MDSFINDUNIT( DAR_cons_unit1, mythid )
469          open(DAR_cons_unit1,file='darwin_cons_P.txt',status='unknown')          open(DAR_cons_unit1,file='darwin_cons_P.txt',status='unknown')
# Line 416  coj find unused units for darwin_cons ou Line 481  coj find unused units for darwin_cons ou
481          CALL MDSFINDUNIT( DAR_cons_unit7, mythid )          CALL MDSFINDUNIT( DAR_cons_unit7, mythid )
482          open(DAR_cons_unit7,file='darwin_cons_O.txt',status='unknown')          open(DAR_cons_unit7,file='darwin_cons_O.txt',status='unknown')
483  #endif  #endif
484    c      myProcId and myThid
485           ENDIF
486  #endif  #endif
          _END_MASTER(myThid)  
487    
488  c test....................  c test....................
489  c       write(6,*)'finishing darwin_init_vari '  c       write(6,*)'finishing darwin_init_vari '
Legend:
Removed from v.1.1  
changed lines
  Added in v.1.11
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