/[MITgcm]/MITgcm_contrib/darwin2/pkg/monod/monod_init_vari.F
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revision 1.3 by jahn, Thu Sep 22 16:01:30 2011 UTC revision 1.10 by jahn, Wed May 15 14:42:54 2013 UTC
# Line 88  c test.................... Line 88  c test....................
88  c set up ecosystem coefficients  c set up ecosystem coefficients
89  c  c
90  c seed randomization  c seed randomization
91            _BEGIN_MASTER( myThid )
92    
93          CALL DARWIN_RANDOM_INIT(darwin_seed, myThid)          CALL DARWIN_RANDOM_INIT(darwin_seed, myThid)
94    
95  c initialize total number of functional groups tried  c initialize total number of functional groups tried
# Line 100  c initialize total number of functional Line 102  c initialize total number of functional
102  #endif  #endif
103           end do           end do
104    
105            _END_MASTER( myThid )
106    
107  c reduce amount of diaz  c reduce amount of diaz
108  #ifdef ALLOW_DIAZ  #ifdef ALLOW_DIAZ
109           IF (nIter0.EQ.PTRACERS_Iter0) THEN
110          do np = 1, npmax          do np = 1, npmax
111           if (diazotroph(np) .eq. 1. _d 0) then           if (diazotroph(np) .eq. 1. _d 0) then
112           DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)           DO bj = myByLo(myThid), myByHi(myThid)
# Line 118  c reduce amount of diaz Line 123  c reduce amount of diaz
123           ENDDO           ENDDO
124           endif           endif
125          enddo          enddo
126           ENDIF
127  #endif  #endif
128    
129            _BEGIN_MASTER( myThid )
130    
131  c initialize zooplankton  c initialize zooplankton
132           call MONOD_GENERATE_ZOO(MyThid)           call MONOD_GENERATE_ZOO(MyThid)
133    
# Line 179  c  no temp/nutrient limitation Line 187  c  no temp/nutrient limitation
187       &               (2*pcmax(np)))       &               (2*pcmax(np)))
188             enddo             enddo
189  #endif  #endif
            call MONOD_CHECK_CHL(myThid)  
190  #endif  #endif
191  #endif  #endif
192  c ANNA endif          _END_MASTER( myThid )
193    
194    #ifdef DYNAMIC_CHL
195    C this initializes fields...
196            call MONOD_CHECK_CHL(myThid)
197    #endif
198    
199           IF ( myProcId.EQ.0 .AND. myThid.EQ.1 ) THEN           IF ( myProcId.EQ.0 .AND. myThid.EQ.1 ) THEN
200  c write out initial phyto characteristics  c write out initial phyto characteristics
# Line 313  c       myProcId and myThid Line 325  c       myProcId and myThid
325          ENDDO          ENDDO
326         ENDDO         ENDDO
327        ENDDO        ENDDO
328    #endif
329    
330        IF ( .NOT. ( startTime .EQ. baseTime .AND.  nIter0 .EQ. 0        IF ( .NOT. ( startTime .EQ. baseTime .AND.  nIter0 .EQ. 0
331       &     .AND. pickupSuff .EQ. ' ') ) THEN       &     .AND. pickupSuff .EQ. ' ') ) THEN
332  COJ should probably initialize from a file when nIter0 .EQ. 0  COJ should probably initialize from a file when nIter0 .EQ. 0
333          CALL DARWIN_READ_PICKUP( nIter0, myThid )          CALL DARWIN_READ_PICKUP( nIter0, myThid )
334        ENDIF        ENDIF
 #endif  
335  c  c
336  #ifdef ALLOW_TIMEAVE  #ifdef ALLOW_TIMEAVE
337  c set arrays to zero if first timestep  c set arrays to zero if first timestep
# Line 329  c set arrays to zero if first timestep Line 342  c set arrays to zero if first timestep
342            CALL TIMEAVE_RESET(Chlave,   Nr,  bi, bj, myThid)            CALL TIMEAVE_RESET(Chlave,   Nr,  bi, bj, myThid)
343            CALL TIMEAVE_RESET(Nfixave,   Nr,  bi, bj, myThid)            CALL TIMEAVE_RESET(Nfixave,   Nr,  bi, bj, myThid)
344            CALL TIMEAVE_RESET(Denitave,   Nr,  bi, bj, myThid)            CALL TIMEAVE_RESET(Denitave,   Nr,  bi, bj, myThid)
345    #ifdef DAR_DIAG_PARW
346              do i=1,tlam
347               CALL TIMEAVE_RESET(PARwave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
348         &                                    Nr,bi,bj,myThid)
349              enddo
350              do np=1,npmax
351               CALL TIMEAVE_RESET(chl2cave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np),
352         &                                    Nr,bi,bj,myThid)
353              enddo
354    #endif
355  #ifdef DAR_DIAG_ACDOM  #ifdef DAR_DIAG_ACDOM
356            CALL TIMEAVE_RESET(aCDOMave,   Nr,  bi, bj, myThid)            CALL TIMEAVE_RESET(aCDOMave,   Nr,  bi, bj, myThid)
357  #endif  #endif
# Line 340  c set arrays to zero if first timestep Line 363  c set arrays to zero if first timestep
363       &                                    Nr,bi,bj,myThid)       &                                    Nr,bi,bj,myThid)
364             CALL TIMEAVE_RESET(Euave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),             CALL TIMEAVE_RESET(Euave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
365       &                                    Nr,bi,bj,myThid)       &                                    Nr,bi,bj,myThid)
366               CALL TIMEAVE_RESET(Estave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
367         &                                    Nr,bi,bj,myThid)
368             CALL TIMEAVE_RESET(Eutave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),             CALL TIMEAVE_RESET(Eutave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
369       &                                    Nr,bi,bj,myThid)       &                                    Nr,bi,bj,myThid)
370            enddo            enddo
371  #endif  #endif
372    #ifdef DAR_DIAG_IRR_AMPS
373              do i=1,tlam
374               CALL TIMEAVE_RESET(amp1ave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
375         &                                    Nr,bi,bj,myThid)
376               CALL TIMEAVE_RESET(amp2ave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
377         &                                    Nr,bi,bj,myThid)
378              enddo
379    #endif
380  #ifdef DAR_DIAG_ABSORP  #ifdef DAR_DIAG_ABSORP
381            do i=1,tlam            do i=1,tlam
382             CALL TIMEAVE_RESET(aave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),             CALL TIMEAVE_RESET(aave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,i),
# Line 368  c set arrays to zero if first timestep Line 401  c set arrays to zero if first timestep
401       &                                    Nr,bi,bj,myThid)       &                                    Nr,bi,bj,myThid)
402            enddo            enddo
403  #endif  #endif
404    #ifdef DAR_RADTRANS
405              CALL TIMEAVE_RESET(rmudave(1-OLx,1-OLy,1,1),
406         &                                   1,bi,bj,myThid)
407    #endif
408  c ANNA_TAVE  c ANNA_TAVE
409  #ifdef WAVES_DIAG_PCHL  #ifdef WAVES_DIAG_PCHL
410            do np=1,npmax            do np=1,npmax
# Line 376  c ANNA_TAVE Line 413  c ANNA_TAVE
413            enddo            enddo
414  #endif  #endif
415  c ANNA end TAVE  c ANNA end TAVE
416    #ifdef DAR_DIAG_EK
417               do np=1,npmax
418               CALL TIMEAVE_RESET(Ekave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np),
419         &                                      Nr,bi,bj,myThid)
420               CALL TIMEAVE_RESET(EkoverEave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np),
421         &                                      Nr,bi,bj,myThid)
422               do i=1,tlam
423                 CALL TIMEAVE_RESET(Ek_nlave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np,i),
424         &                                      Nr,bi,bj,myThid)
425                 CALL TIMEAVE_RESET(EkoverE_nlave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np,i),
426         &                                      Nr,bi,bj,myThid)
427               enddo
428              enddo
429    #endif
430  #ifdef DAR_DIAG_RSTAR  #ifdef DAR_DIAG_RSTAR
431            do np=1,npmax            do np=1,npmax
432             CALL TIMEAVE_RESET(Rstarave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np),             CALL TIMEAVE_RESET(Rstarave(1-OLx,1-OLy,1,1,1,np),
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