/[MITgcm]/MITgcm_contrib/darwin2/pkg/monod/monod_forcing.F
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revision 1.3 by jahn, Tue Oct 11 18:10:55 2011 UTC revision 1.5 by jahn, Wed Nov 9 23:34:17 2011 UTC
# Line 111  C      always need for diagnostics Line 111  C      always need for diagnostics
111        _RL  Diver2(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  Diver2(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
112        _RL  Diver3(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  Diver3(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
113        _RL  Diver4(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  Diver4(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
114          _RL Shannon(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
115          _RL Simpson(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
116    
117        _RL  tmpphy(npmax)        _RL  tmpphy(npmax)
118        _RL  totphy, biotot, maxphy, phymax        _RL  totphy, biotot, maxphy, phymax
# Line 277  c Line 279  c
279             Diver2(i,j,k)=0. _d 0             Diver2(i,j,k)=0. _d 0
280             Diver3(i,j,k)=0. _d 0             Diver3(i,j,k)=0. _d 0
281             Diver4(i,j,k)=0. _d 0             Diver4(i,j,k)=0. _d 0
282               Shannon(i,j,k)=0. _d 0
283               Simpson(i,j,k)=1. _d 0
284  #endif  #endif
285    
286  #ifdef ALLOW_DIAGNOSTICS  #ifdef ALLOW_DIAGNOSTICS
287  COJ for diagnostics  COJ for diagnostics
288             PParr(i,j,k) = 0. _d 0             PParr(i,j,k) = 0. _d 0
289             Nfixarr(i,j,k) = 0. _d 0             Nfixarr(i,j,k) = 0. _d 0
290    #ifdef DAR_DIAG_CHL
291               GeiderChlarr(i,j,k) = 0. _d 0
292               GeiderChl2Carr(i,j,k) = 0. _d 0
293               DoneyChlarr(i,j,k) = 0. _d 0
294               DoneyChl2Carr(i,j,k) = 0. _d 0
295               CloernChlarr(i,j,k) = 0. _d 0
296               CloernChl2Carr(i,j,k) = 0. _d 0
297    #endif
298  c ANNA_TAVE  c ANNA_TAVE
299  #ifdef WAVES_DIAG_PCHL  #ifdef WAVES_DIAG_PCHL
300             DO np=1,npmax             DO np=1,npmax
# Line 727  c ratio of maximum species Line 739  c ratio of maximum species
739                      Diver4(i,j,k)=Diver4(i,j,k)+1. _d 0                      Diver4(i,j,k)=Diver4(i,j,k)+1. _d 0
740                   endif                   endif
741                 enddo                 enddo
742    c           totphy > thresh0
743                endif
744    c Shannon and Simpson indices
745                Shannon(i,j,k) = 0. _d 0
746    c note: minimal valid value is 1, but we set to zero below threshold
747                Simpson(i,j,k) = 0. _d 0
748                if (totphy.gt.shannon_thresh) then
749                  do np=1,npmax
750                   if (Phy(np) .gt. 0. _d 0) then
751                    tmpphy(np) = Phy(np)/totphy
752                    Shannon(i,j,k)=Shannon(i,j,k)+tmpphy(np)*LOG(tmpphy(np))
753                    Simpson(i,j,k)=Simpson(i,j,k)+tmpphy(np)*tmpphy(np)
754                   endif
755                  enddo
756                  Shannon(i,j,k) = -Shannon(i,j,k)
757                  Simpson(i,j,k) = 1./Simpson(i,j,k)
758              endif              endif
759  #endif  #endif
760    
# Line 1438  c ANNA end TAVE Line 1466  c ANNA end TAVE
1466          WRITE(diagname,'(A8)') 'Diver4  '          WRITE(diagname,'(A8)') 'Diver4  '
1467          CALL DIAGNOSTICS_FILL( Diver4(1-Olx,1-Oly,1), diagname,          CALL DIAGNOSTICS_FILL( Diver4(1-Olx,1-Oly,1), diagname,
1468       &                         0,Nr,2,bi,bj,myThid )       &                         0,Nr,2,bi,bj,myThid )
1469            WRITE(diagname,'(A8)') 'Shannon '
1470            CALL DIAGNOSTICS_FILL( Shannon(1-Olx,1-Oly,1), diagname,
1471         &                         0,Nr,2,bi,bj,myThid )
1472            WRITE(diagname,'(A8)') 'Simpson '
1473            CALL DIAGNOSTICS_FILL( Simpson(1-Olx,1-Oly,1), diagname,
1474         &                         0,Nr,2,bi,bj,myThid )
1475  #endif  #endif
1476  #ifdef ALLOW_DIAZ  #ifdef ALLOW_DIAZ
1477  #ifdef DAR_DIAG_NFIXP  #ifdef DAR_DIAG_NFIXP
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