/[MITgcm]/MITgcm_contrib/bling/pkg/bling_readparms.F
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revision 1.2 by mmazloff, Thu Jun 5 21:26:26 2014 UTC revision 1.3 by mmazloff, Sun Feb 28 21:49:24 2016 UTC
# Line 44  C   BLING parameters Line 44  C   BLING parameters
44  C ==========================================================  C ==========================================================
45    
46        NAMELIST /BIOTIC_PARMS/        NAMELIST /BIOTIC_PARMS/
47       &                     Pstar,       &                     pivotal,
48       &                     Pc_0,       &                     Pc_0,
49         &                     Pc_0_diaz,
50       &                     lambda_0,       &                     lambda_0,
      &                     resp_frac,  
51       &                     chl_min,       &                     chl_min,
52       &                     CtoP,       &                     CtoN,
53       &                     NtoP,       &                     NO3toN,
54       &                     O2toP,       &                     HtoC,
55       &                     CatoP,       &                     O2toN,
56       &                     NUTfac,       &                     CatoN,
57       &                     alpha_max,       &                     masstoN,
58       &                     alpha_min,       &                     alpha_photo,
59       &                     theta_Fe_max_hi,       &                     theta_Fe_max_hi,
60       &                     theta_Fe_max_lo,       &                     theta_Fe_max_lo,
      &                     gamma_biomass,  
61       &                     gamma_irr_mem,       &                     gamma_irr_mem,
62       &                     gamma_DOM,       &                     gamma_DON,
63         &                     gamma_DOP,
64       &                     gamma_POM,       &                     gamma_POM,
65       &                     k_Fe,       &                     k_Fe,
66         &                     k_Fe_diaz,
67       &                     k_O2,       &                     k_O2,
68       &                     k_NUT,       &                     k_NO3,
69       &                     k_FetoP,       &                     k_PO4,
70       &                     KFeLeq_max,       &                     k_PtoN,
71       &                     KFeLeq_min,       &                     k_FetoN,
72       &                     Fe_min,       &                     kFe_eq_lig_max,
73       &                     IFeL,           &                     kFe_eq_lig_min,
74         &                     kFe_eq_lig_Femin,
75         &                     kFe_eq_lig_irr,    
76       &                     kFe_org,       &                     kFe_org,
77       &                     kFe_inorg,       &                     kFe_inorg,
78       &                     FetoP_max,       &                     PtoN_min,
79       &                     FetoPsed,       &                     PtoN_max,
80       &                     Fe_lim_min,           &                     FetoN_min,
81         &                     FetoN_max,
82         &                     FetoC_sed,
83       &                     remin_min,       &                     remin_min,
84       &                     O2_min,       &                     oxic_min,
85       &                     ligand,       &                     ligand,
      &                     b_const,  
86       &                     kappa_eppley,       &                     kappa_eppley,
87         &                     kappa_eppley_diaz,
88       &                     kappa_remin,       &                     kappa_remin,
89       &                     ca_remin_depth,       &                     ca_remin_depth,
90       &                     phi_DOM,       &                     phi_DOM,
91       &                     phi_sm,       &                     phi_sm,
92       &                     phi_lg,       &                     phi_lg,
93         &                     phi_dvm,
94         &                     sigma_dvm,
95       &                     wsink0z,       &                     wsink0z,
96       &                     wsink0,       &                     wsink0,
97       &                     wsinkacc,       &                     wsinkacc,
# Line 102  C ====================================== Line 109  C ======================================
109       &          bling_windFile, bling_atmospFile, bling_iceFile,       &          bling_windFile, bling_atmospFile, bling_iceFile,
110       &          bling_ironFile, bling_silicaFile,       &          bling_ironFile, bling_silicaFile,
111       &          bling_forcingPeriod, bling_forcingCycle,       &          bling_forcingPeriod, bling_forcingCycle,
112       &          bling_pCO2, riverconc_dic, riverconc_alk,       &          bling_pCO2, river_conc_trac
      &          riverconc_nut, riverconc_dom, riverconc_o2,  
      &          riverconc_fe  
113    
114  C ==========================================================  C ==========================================================
115  C     permil   :: set carbon mol/m3 <---> mol/kg conversion factor  C     permil   :: set carbon mol/m3 <---> mol/kg conversion factor
# Line 124  C                        otherwise equal Line 129  C                        otherwise equal
129  C     Pstar           :: Pivotal phytoplankton biomass  C     Pstar           :: Pivotal phytoplankton biomass
130  C     Pc_0            :: Maximum carbon-specific growth rate at 0C  C     Pc_0            :: Maximum carbon-specific growth rate at 0C
131  C     lambda_0        :: Carbon-specific phytoplankton mortality rate  C     lambda_0        :: Carbon-specific phytoplankton mortality rate
 C     resp_frac       :: fraction of production that is respired  
132  C     chl_min         :: minimum chlorophyll concentration  C     chl_min         :: minimum chlorophyll concentration
 C     alpha_max       :: Quantum yield under low light, abundant iron  
 C     alpha_min       :: Quantum yield under low light, iron limited  
133  C     theta_Fe_max_hi :: Maximum Chl:c ratio, abundant iron  C     theta_Fe_max_hi :: Maximum Chl:c ratio, abundant iron
134  C     theta_Fe_max_lo :: Maximum Chl:c ratio, extreme iron limitation  C     theta_Fe_max_lo :: Maximum Chl:c ratio, extreme iron limitation
 C     gamma_biomass   :: Biomass adjustment time scale  
135  C     gamma_irr_mem   :: Photoadaptation time scale  C     gamma_irr_mem   :: Photoadaptation time scale
136  C     gamma_DOM       :: Decay timescale of DOM  C     gamma_DOM       :: Decay timescale of DOM
137  C     gamma_POM       :: Remineralization rate of sinking POM  C     gamma_POM       :: Remineralization rate of sinking POM
138  C     k_Fe            :: Dissolved Fe uptake half-saturation constant  C     k_Fe            :: Dissolved Fe uptake half-saturation constant
139  C     k_O2            :: Half-saturation constant for aerobic respiration  C     k_O2            :: Half-saturation constant for aerobic respiration
140  C     k_NUT           :: Macro-nutrient uptake half-saturation constant  C     k_NUT           :: Macro-nutrient uptake half-saturation constant
141  C     k_FetoP         :: Half-saturation cellular Fe:P  C     k_FetoN         :: Half-saturation cellular Fe:N
142  C     FetoP_max       :: Maximum Fe:P uptake ratio  C     FetoP_max       :: Maximum Fe:P uptake ratio
143  C     FetoP_sed       :: Fe:P in sediments  C     FetoP_sed       :: Fe:P in sediments
144  C     KFeLeq_max      :: Maximum Fe-ligand stability constant  C     KFeLeq_max      :: Maximum Fe-ligand stability constant
# Line 146  C     Fe_min          :: Constant having Line 147  C     Fe_min          :: Constant having
147  C     IFeL            :: Iron ligand stability constant  C     IFeL            :: Iron ligand stability constant
148  C     kFe_org         :: Organic-matter dependent scavenging rate  C     kFe_org         :: Organic-matter dependent scavenging rate
149  C     kFe_inorg       :: Inorganic scavenging rate  C     kFe_inorg       :: Inorganic scavenging rate
 C     Fe_lim_min      :: Minimum iron limitation  
150  C     remin_min       :: Minimum anaerobic respiration rate  C     remin_min       :: Minimum anaerobic respiration rate
151  C     O2_min          :: Minimum O2 concentration for aerobic respiration  C     O2_min          :: Minimum O2 concentration for aerobic respiration
152  C     Ligand          :: Ligand concentration  C     Ligand          :: Ligand concentration
 C     b_const         :: Constant in ligand stability estimate  
153  C     kappa_eppley    :: Temperature dependence of growth  C     kappa_eppley    :: Temperature dependence of growth
154  C     kappa_remin     :: Temperature dependence of remineralization  C     kappa_remin     :: Temperature dependence of remineralization
155  C     ca_remin_depth  :: CaCO3 remineralization lengthscale  C     ca_remin_depth  :: CaCO3 remineralization lengthscale
# Line 167  C     epsln           :: a very small nu Line 166  C     epsln           :: a very small nu
166    
167  C     secperday       :: seconds in a day = 24*60*60  C     secperday       :: seconds in a day = 24*60*60
168        _RL secperday        _RL secperday
169          integer k
170    
171        _BEGIN_MASTER(myThid)        _BEGIN_MASTER(myThid)
172    
# Line 176  C     Default values Line 176  C     Default values
176        secperday            = 86400. _d 0        secperday            = 86400. _d 0
177        permil               = 1. _d 0 / 1024.5 _d 0        permil               = 1. _d 0 / 1024.5 _d 0
178        Pa2Atm               = 1.01325 _d 5        Pa2Atm               = 1.01325 _d 5
179        CtoP                 = 106. _d 0        CtoN                 = 6.75 _d 0
180        NtoP                 = 16. _d 0        HtoC                 = 48. _d 0 / 106. _d 0
181        O2toP                = -150. _d 0        O2toN                = CtoN * (1. _d 0 + 0.25 _d 0 * HtoC)
182        CatoP                = 106.0 _d 0 * 0.015 _d 0       &                        + 2. _d 0
183  #ifdef NITROGEN_CURRENCY        NO3toN               = CtoN * (1. _d 0 + 0.25 _d 0 * HtoC)
184        NUTfac               = NtoP       &                        * 0.8 _d 0 + 0.6 _d 0
185  #else        CatoN                = CtoN * 0.015 _d 0
186        NUTfac               = 1. _d 0        masstoN              = CtoN * 12.001 _d 0
187  #endif        pivotal              = 1.9 _d -3 / 1028. _d 0 / CtoN / permil
188        Pstar                = 1.9 _d -3 / 1028. _d 0 / CtoP / permil        Pc_0                 = 1.7 _d -5
189       &                        * NUTfac        Pc_0_diaz            = 0.01 _d -5
       Pc_0                 = 1. _d -5  
190        lambda_0             = 0.19 _d 0 / secperday        lambda_0             = 0.19 _d 0 / secperday
191        resp_frac            = 0. _d 0        chl_min              = 1. _d -5
192        chl_min              = 1. _d -11  Cxxx chl_min in ug kg-1
193        alpha_max            = 1.6 _d -5 * 2.77 _d 18 / 6.022 _d 17        alpha_photo          = 0.7 _d -5 * 2.77 _d 18 / 6.022 _d 17
194        alpha_min            = 0.4 _d -5 * 2.77 _d 18 / 6.022 _d 17  Cxxx alpha_photo in g C g Chl-1 m2 W-1 s-1
195        theta_Fe_max_hi      = 0.04 _d 0        theta_Fe_max_hi      = 0.04 _d 0
196        theta_Fe_max_lo      = 0.01 _d 0        theta_Fe_max_lo      = 0.01 _d 0
       gamma_biomass        = 0.5 _d 0 / secperday  
197        gamma_irr_mem        = 1. _d 0 / secperday        gamma_irr_mem        = 1. _d 0 / secperday
198        gamma_DOM            = 0.25 _d 0 / (365.25 _d 0 * secperday)        gamma_DON            = 0.25 _d 0 / (365.25 _d 0 * secperday)
199          gamma_DOP            = 0.5 _d 0 / (365.25 _d 0 * secperday)
200        gamma_POM            = 0.12 _d 0 / secperday        gamma_POM            = 0.12 _d 0 / secperday
201    cav      k_Fe                 = 1.6 _d -10 / permil
202        k_Fe                 = 8. _d -10 / permil        k_Fe                 = 8. _d -10 / permil
203          k_Fe_diaz            = 7. _d -10 / permil
204        k_O2                 = 20. _d -6 / permil        k_O2                 = 20. _d -6 / permil
205        k_NUT                = 1. _d -7 * NUTfac / permil        k_NO3                = 2. _d -6 / permil
206        k_FetoP              = 7. _d -6 * CtoP  cav      k_PO4                = 1. _d -8 / permil
207        FetoP_max            = 28. _d -6 * CtoP        k_PO4                = 1. _d -7 / permil
208        FetoPsed             = 0.0106 _d 0        k_PtoN               = 1.5 _d -6 / permil
209        KFeLeq_max           = 8.0 _d 10 * permil        k_FetoN              = 8. _d -10 / permil
210        KFeLeq_min           = 8.0 _d 9 * permil        PtoN_min             = 1. / 28.
211        Fe_min               = 0.05 _d -9 / permil        PtoN_max             = 1. / 9.
212        IFeL                 = 0.1 _d 0        FetoN_min            = 2. _d -6 * 6.75
213          FetoN_max            = 25. _d -6 * 6.75
214          FetoC_sed            = 1. _d -4
215          kFe_eq_lig_max       = 8.0 _d 10 * permil
216          kFe_eq_lig_min       = 8.0 _d 9 * permil
217          kFe_eq_lig_Femin     = 0.05 _d -9 / permil
218          kFe_eq_lig_irr       = 0.1 _d 0
219        kFe_org              = 0.5 _d 0 / secperday * permil**(0.58)        kFe_org              = 0.5 _d 0 / secperday * permil**(0.58)
220        kFe_inorg            = 1. _d 3 / secperday * permil**(0.5)        kFe_inorg            = 1. _d 3 / secperday * permil**(0.5)
221        Fe_lim_min           = 0. _d 0        remin_min            = 0.15 _d 0
222        remin_min            = 0.3 _d 0        oxic_min             = 1. _d -6 / permil
       O2_min               = 1. _d -6 / permil  
223        Ligand               = 1. _d -9 / permil        Ligand               = 1. _d -9 / permil
       b_const              = 1.2 _d 0  
224        kappa_eppley         = 0.063 _d 0        kappa_eppley         = 0.063 _d 0
225        kappa_remin          = 0.032 _d 0        kappa_eppley_diaz    = 0.18 _d 0
226          kappa_remin          = -0.032 _d 0
227        ca_remin_depth       = 1343. _d 0        ca_remin_depth       = 1343. _d 0
228        phi_DOM              = 0.1 _d 0        phi_DOM              = 0.1 _d 0
229        phi_sm               = 0.18 _d 0        phi_sm               = 0.18 _d 0
230        phi_lg               = 1. _d 0        phi_lg               = 1. _d 0
231          phi_dvm              = 0.2 _d 0
232          sigma_dvm            = 40.0 _d 0
233        wsink0z              = 80. _d 0        wsink0z              = 80. _d 0
234        wsink0               = 16. _d 0 / secperday        wsink0               = 16. _d 0 / secperday
235        wsinkacc             = 0.05 _d 0 / secperday        wsinkacc             = 0.05 _d 0 / secperday
236        parfrac              = 0.4 _d 0        parfrac              = 0.4 _d 0
237        alpfe                = 0.01 _d 0        alpfe                = 0.01 _d 0
238        k0                   = 0.05 _d 0        k0                   = 0.04 _d 0
239        epsln                = 1. _d -30        epsln                = 1. _d -30
240    
241        bling_windFile  = ' '        bling_windFile  = ' '
# Line 236  C     Default values Line 244  C     Default values
244        bling_ironFile  = ' '        bling_ironFile  = ' '
245        bling_silicaFile= ' '        bling_silicaFile= ' '
246        bling_pCO2    = 278. _d -6        bling_pCO2    = 278. _d -6
247        riverconc_dic = 2. _d 0        DO k=1,8
248        riverconc_alk = 2. _d 0         river_conc_trac(k) = 0. _d 0
249        riverconc_nut = 0. _d 0 * NUTfac        ENDDO
250        riverconc_dom = 0. _d 0  
       riverconc_o2  = 0. _d 0  
       riverconc_fe  = 0. _d 0  
251    
252  c default periodic forcing to same as for physics  c default periodic forcing to same as for physics
253         bling_forcingPeriod = externForcingPeriod         bling_forcingPeriod = externForcingPeriod
Legend:
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