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revision 1.2 by mmazloff, Thu Jun 5 21:26:26 2014 UTC revision 1.3 by mmazloff, Sun Feb 28 21:49:24 2016 UTC
# Line 4  C $Name$ Line 4  C $Name$
4  #include "BLING_OPTIONS.h"  #include "BLING_OPTIONS.h"
5    
6  CBOP  CBOP
7        subroutine BLING_MAIN( PTR_DIC, PTR_ALK, PTR_NUT,        subroutine BLING_MAIN( PTR_DIC, PTR_ALK, PTR_O2, PTR_NO3,
8       &                      PTR_DOM, PTR_O2, PTR_FE,       &                      PTR_PO4, PTR_FE, PTR_DON, PTR_DOP,
9    #ifdef ADVECT_PHYTO
10         &                      PTR_PHY,
11    #endif
12       &                      bi, bj, imin, imax, jmin, jmax,       &                      bi, bj, imin, imax, jmin, jmax,
13       &                      myIter, myTime, myThid)       &                      myIter, myTime, myThid)
14    
# Line 28  C     === Global variables === Line 31  C     === Global variables ===
31  #ifdef ALLOW_EXF  #ifdef ALLOW_EXF
32  # include "EXF_FIELDS.h"  # include "EXF_FIELDS.h"
33  #endif  #endif
34  #ifdef ALLOW_AUTODIFF_TAMC  #ifdef ALLOW_AUTODIFF
35  # include "tamc.h"  # include "tamc.h"
36  #endif  #endif
37    
# Line 46  C     myThid        :: thread Id. number Line 49  C     myThid        :: thread Id. number
49  C     === Input ===  C     === Input ===
50  C     PTR_DIC       :: dissolved inorganic carbon  C     PTR_DIC       :: dissolved inorganic carbon
51  C     PTR_ALK       :: alkalinity  C     PTR_ALK       :: alkalinity
52  C     PTR_NUT       :: macro-nutrient concentration  C     PTR_NO3       :: nitrate concentration
53  C     PTR_DOM       :: dissolved organic matter concentration  C     PTR_PO4       :: phosphate concentration
54    C     PTR_DON       :: dissolved organic nitrogen concentration
55    C     PTR_DOP       :: dissolved organic phosphorus concentration
56  C     PTR_O2        :: oxygen concentration  C     PTR_O2        :: oxygen concentration
57  C     PTR_FE        :: iron concentration  C     PTR_FE        :: iron concentration
58    C     PTR_PHY       :: total phytoplankton biomass
59        _RL  PTR_DIC(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  PTR_DIC(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
60        _RL  PTR_ALK(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  PTR_ALK(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
61        _RL  PTR_NUT(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  PTR_NO3(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
62        _RL  PTR_DOM(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  PTR_PO4(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
       _RL  PTR_O2 (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)  
63        _RL  PTR_FE (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  PTR_FE (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
64          _RL  PTR_O2 (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
65          _RL  PTR_DON(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
66          _RL  PTR_DOP(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
67    #ifdef ADVECT_PHYTO
68          _RL  PTR_PHY(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
69    #endif
70    
71  C     === Local variables ===  C     === Local variables ===
72  C     i,j,k                :: loop indices  C     i,j,k                :: loop indices
73  C     G*                   :: tendency term for the tracers  C     G_xx                 :: tendency term for the tracers
74  C     SURC                 :: tendency of DIC due to air-sea exchange  C     surf_DIC             :: tendency of DIC due to air-sea exchange
75  C     SURO                 :: tendency of O2 due to air-sea exchange  C     surf_O2              :: tendency of O2 due to air-sea exchange
76  C     NUT_uptake           :: nutrient uptake for biological production  C     runoff_bgc           :: tendency due to river runoff
 C     POM_prod             :: nutrient converted to particulate  
 C                             organic matter  
 C     DOM_prod             :: nutrient converted to dissolved organic  
 C                             matter  
 C     DOM_remin            :: DOM remineralization  
 C     POM_remin            :: POM sinking and instant remineralization  
 C     NUT_remin            :: Total nutrient remineralization  
 C     NUT_recyc            :: Fast nutrient recycling  
 C     Fe_uptake            :: iron converted to particulate organic or  
 C                             inorganic (colloidal) iron  
 C     Fe_remin             :: particulate iron converted to total iron  
 C     CaCO3_prod           :: uptake of carbonate ions for CaCO3 formation  
 C     CaCO3_diss           :: dissolution of CaCO3  
 C     Car                  :: carbonate ion biological production  
 C     BioUp                :: DIC biological production (<0)  
 C     Remin                :: DIC remineralization  
 C     runoff*              :: tendency due to river runoff  
77    
78         INTEGER i,j,k         INTEGER i,j,k
79        _RL  GDIC(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  G_DIC(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
80        _RL  GALK(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  G_ALK(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
81        _RL  GNUT(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  G_NO3(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
82        _RL  GDOM(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  G_PO4(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
83        _RL  GO2 (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  G_FE (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
84        _RL  GFE (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  G_O2 (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
85        _RL  SURC(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL  G_DON(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
86        _RL  SURO(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)        _RL  G_DOP(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
87        _RL  NUT_uptake(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  G_CaCO3(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
88        _RL  NUT_remin (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)  #ifdef ADVECT_PHYTO
89        _RL  NUT_recyc (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  G_PHY(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
90        _RL  POM_remin (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)  #endif
91        _RL  POM_diss  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  bio_DIC(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
92        _RL  POM_prod  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  surf_DIC(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
93        _RL  DOM_prod  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  surf_O2(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
94        _RL  DOM_remin (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  irr_eff(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)
95        _RL  CaCO3_prod(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  mld(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)
96        _RL  CaCO3_diss(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)  cxx      _RL  runoff_bgc(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,PTRACERS_num)
97        _RL  Fe_uptake (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)        _RL  runoff_bgc(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,8)
       _RL  Fe_remin  (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)  
       _RL  runoff_dic(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL  runoff_alk(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL  runoff_nut(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL  runoff_dom(1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL  runoff_o2 (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL  runoff_fe (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy)  
       _RL  BioUp (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)  
       _RL  Remin (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)  
       _RL  Car   (1-OLx:sNx+OLx,1-OLy:sNy+OLy,Nr)  
   
98  CEOP  CEOP
99    
100  C-----------------------------------------------------------  c-----------------------------------------------------------
101  C  Initialize local variables  c  Initialize local variables
102    
103         DO k=1,Nr        DO j=jmin,jmax
104           DO j=1-OLy,sNy+OLy         DO i=imin,imax
105            DO i=1-OLx,sNx+OLx          DO k=1,Nr
106             GDIC(i,j,k)        = 0. _d 0           G_DIC(i,j,k)        = 0. _d 0
107             GALK(i,j,k)        = 0. _d 0           G_ALK(i,j,k)        = 0. _d 0
108             GNUT(i,j,k)        = 0. _d 0           G_NO3(i,j,k)        = 0. _d 0
109             GDOM(i,j,k)        = 0. _d 0           G_PO4(i,j,k)        = 0. _d 0
110             GO2(i,j,k)         = 0. _d 0           G_FE(i,j,k)         = 0. _d 0
111             GFE(i,j,k)         = 0. _d 0           G_O2(i,j,k)         = 0. _d 0
112             NUT_uptake(i,j,k)  = 0. _d 0           G_DON(i,j,k)        = 0. _d 0
113             NUT_remin(i,j,k)   = 0. _d 0           G_DOP(i,j,k)        = 0. _d 0
114             NUT_recyc(i,j,k)   = 0. _d 0           G_CaCO3(i,j,k)      = 0. _d 0
115             DOM_remin(i,j,k)   = 0. _d 0  #ifdef ADVECT_PHYTO
116             POM_remin(i,j,k)   = 0. _d 0           G_PHY(i,j,k)        = 0. _d 0
117             DOM_prod(i,j,k)    = 0. _d 0  #endif
118             POM_prod(i,j,k)    = 0. _d 0           irr_eff(i,j,k)      = 0. _d 0
119             CaCO3_prod(i,j,k)  = 0. _d 0          ENDDO
120             CaCO3_diss(i,j,k)  = 0. _d 0  cxx        DO k=1,PTRACERS_num
121             Fe_uptake(i,j,k)   = 0. _d 0          DO k=1,8
122             Fe_remin(i,j,k)    = 0. _d 0           runoff_bgc(i,j,k)   = 0. _d 0
123             BioUp(i,j,k)       = 0. _d 0          ENDDO
124             Remin(i,j,k)       = 0. _d 0          bio_DIC(i,j,k)       = 0. _d 0
125             Car(i,j,k)         = 0. _d 0          surf_DIC(i,j)        = 0. _d 0
126            ENDDO          surf_O2(i,j)         = 0. _d 0
127           ENDDO          mld(i,j)             = 0. _d 0
        ENDDO  
        DO j=1-OLy,sNy+OLy  
          DO i=1-OLx,sNx+OLx  
            SURC(i,j)         = 0. _d 0  
            SURO(i,j)         = 0. _d 0  
            runoff_dic(i,j)   = 0. _d 0  
            runoff_alk(i,j)   = 0. _d 0  
            runoff_nut(i,j)   = 0. _d 0  
            runoff_dom(i,j)   = 0. _d 0  
            runoff_o2(i,j)    = 0. _d 0  
            runoff_fe(i,j)    = 0. _d 0  
          ENDDO  
128         ENDDO         ENDDO
129          ENDDO
130  C-----------------------------------------------------------        
131  C  carbon and oxygen air-sea interaction  c-----------------------------------------------------------
132    c  carbon and oxygen air-sea interaction
133         CALL BLING_AIRSEAFLUX(         CALL BLING_AIRSEAFLUX(
134       I                       PTR_DIC, PTR_ALK, PTR_NUT, PTR_O2,       I                       PTR_DIC, PTR_ALK, PTR_O2,  
135       U                       SURC, SURO,       I                       PTR_NO3, PTR_PO4,
136         U                       surf_DIC, surf_O2,
137       I                       bi, bj, imin, imax, jmin, jmax,       I                       bi, bj, imin, imax, jmin, jmax,
138       I                       myIter, myTime, myThid)       I                       myIter, myTime, myThid)
139    
140  C$TAF STORE irr_mem = comlev1, key = ikey_dynamics, kind=isbyte  cxx C$TAF STORE irr_inst = comlev1, key = ikey_dynamics, kind=isbyte
141  C$TAF STORE irr_inst = comlev1, key = ikey_dynamics, kind=isbyte  C$TAF STORE irr_mem = comlev1,  key = ikey_dynamics, kind=isbyte
142  C$TAF STORE P_sm = comlev1, key = ikey_dynamics, kind=isbyte  #ifndef ADVECT_PHYTO
143  C$TAF STORE P_lg = comlev1, key = ikey_dynamics, kind=isbyte  C$TAF STORE P_sm = comlev1,     key = ikey_dynamics, kind=isbyte
144    C$TAF STORE P_lg = comlev1,     key = ikey_dynamics, kind=isbyte
145    C$TAF STORE P_diaz = comlev1,   key = ikey_dynamics, kind=isbyte
146    #endif
147    
148  C-----------------------------------------------------------  c-----------------------------------------------------------
149  C  biological production of organic matter  c  determine calcite saturation for remineralization
        CALL BLING_PROD(  
      I                 PTR_NUT, PTR_FE, PTR_DOM, PTR_O2,  
      U                 NUT_uptake, POM_prod, DOM_prod,        
      U                 Fe_uptake, CaCO3_prod,              
      I                 bi, bj, imin, imax, jmin, jmax,  
      I                 myIter, myTime, myThid)  
   
 C-----------------------------------------------------------  
 C  determine calcite saturation for use in bling_remin  
150         CALL BLING_CARBONATE_SYS(         CALL BLING_CARBONATE_SYS(
151       I                         PTR_DIC, PTR_ALK, PTR_NUT,       I                         PTR_DIC, PTR_ALK, PTR_PO4,
152       I                         bi, bj, imin, imax, jmin, jmax,       I                         bi, bj, imin, imax, jmin, jmax,
153       I                         myIter, myTime, myThid)       I                         myIter, myTime, myThid)
154    
155    
156  C-----------------------------------------------------------  C-----------------------------------------------------------
157  C  flux of NUT, CaCO3, and Fe from remineralization  C  biological activity
158         CALL BLING_REMIN(         CALL BLING_PROD(
159       I                  PTR_O2, PTR_FE,       I                 PTR_NO3, PTR_PO4, PTR_FE,
160       U                  POM_prod, Fe_uptake, CaCO3_prod,                 I                 PTR_O2, PTR_DON, PTR_DOP,
161       U                  POM_remin, POM_diss, Fe_remin, CaCO3_diss,  #ifdef ADVECT_PHYTO
162       I                  bi, bj, imin, imax, jmin, jmax,                         PTR_PHY,
163       I                  myIter, myTime, myThid)  #endif
164         U                 G_NO3, G_PO4, G_FE,
165         U                 G_O2, G_DON, G_DOP, G_CACO3,            
166         I                 bi, bj, imin, imax, jmin, jmax,
167         I                 myIter, myTime, myThid)
168    
169    
170    #ifndef ADVECT_PHYTO
171  C$TAF STORE P_sm = comlev1, key = ikey_dynamics, kind=isbyte  C$TAF STORE P_sm = comlev1, key = ikey_dynamics, kind=isbyte
172  C$TAF STORE P_lg = comlev1, key = ikey_dynamics, kind=isbyte  C$TAF STORE P_lg = comlev1, key = ikey_dynamics, kind=isbyte
173    C$TAF STORE P_diaz = comlev1, key = ikey_dynamics, kind=isbyte
174    #endif
175    
176    
177  C-----------------------------------------------------------  C-----------------------------------------------------------
178  C  Calculate river runoff source  C  Calculate river runoff source
179  C  Tracers are already diluted by freswater input, P-E+R  C  Tracers are already diluted by freswater input, P-E+R
180  C  This accounts for tracer concentration in river runoff  C  This accounts for tracer concentration in river runoff
          DO j=jmin,jmax  
           DO i=imin,imax  
 #ifdef ALLOW_EXF  
             runoff_dic(i,j) = riverconc_DIC*runoff(i,j,bi,bj)  
      &                        *recip_drF(1)*recip_hFacC(i,j,1,bi,bj)  
             runoff_alk(i,j) = riverconc_ALK*runoff(i,j,bi,bj)  
      &                        *recip_drF(1)*recip_hFacC(i,j,1,bi,bj)  
             runoff_nut(i,j) = riverconc_NUT*runoff(i,j,bi,bj)  
      &                        *recip_drF(1)*recip_hFacC(i,j,1,bi,bj)  
             runoff_dom(i,j) = riverconc_DOM*runoff(i,j,bi,bj)  
      &                        *recip_drF(1)*recip_hFacC(i,j,1,bi,bj)  
             runoff_o2(i,j)  = riverconc_O2 *runoff(i,j,bi,bj)  
      &                        *recip_drF(1)*recip_hFacC(i,j,1,bi,bj)  
             runoff_fe(i,j)  = riverconc_FE *runoff(i,j,bi,bj)  
      &                        *recip_drF(1)*recip_hFacC(i,j,1,bi,bj)  
 C else it is 0 as initialized  
 #endif  
           ENDDO  
          ENDDO  
181    
182  C-----------------------------------------------------------  cxx      DO k=1,PTRACERS_num
183  C  add all tendencies        DO k=1,8
184         DO k=1,Nr         DO j=jmin,jmax
185           DO j=jmin,jmax          DO i=imin,imax
186            DO i=imin,imax            
187    c#ifdef ALLOW_EXF
188    c         runoff_bgc(i,j,k) = river_conc_trac(k)*runoff(i,j,bi,bj)
189    c     &                       *recip_drF(1)*recip_hFacC(i,j,1,bi,bj)
190    c#else
191    c         runoff_bgc(i,j,k) = 0. _d 0
192    c#endif
193    
194  C  Dissolved organic matter slow remineralization          ENDDO
195  #ifdef BLING_NO_NEG         ENDDO
196             DOM_remin(i,j,k) = MAX(maskC(i,j,k,bi,bj)*gamma_DOM        ENDDO
197       &                    *PTR_DOM(i,j,k),0. _d 0)      
198  #else  
199             DOM_remin(i,j,k) = maskC(i,j,k,bi,bj)*gamma_DOM  
200       &                    *PTR_DOM(i,j,k)  c ---------------------------------------------------------------------
201  #endif  
202  C  Total nutrient remin, recycling  
203             NUT_remin(i,j,k) = POM_remin(i,j,k) + DOM_remin(i,j,k)  c  Carbon system
204             NUT_recyc(i,j,k) = NUT_uptake(i,j,k) - POM_prod(i,j,k)  cxx check
205       &                        - DOM_prod(i,j,k)  
206          DO j=jmin,jmax
207  C  Carbon system diagnostics         DO i=imin,imax
208  C  Change in DIC from primary production, from recycling and          DO k=1,Nr
209  C  remineralization, change in carbonate ions concentration  
210  C  from biological activity:           IF (hFacC(i,j,k,bi,bj) .gt. 0. _d 0) THEN
            BioUp(i,j,k) = -NUT_uptake(i,j,k)*CtoP/NUTfac  
            Remin(i,j,k) = (DOM_remin(i,j,k) + NUT_recyc(i,j,k)  
      &                     + POM_remin(i,j,k))*CtoP/NUTfac  
            Car(i,j,k)   = CaCO3_diss(i,j,k) - CaCO3_prod(i,j,k)  
   
 C  Tendencies      
            GNUT(i,j,k) = -NUT_uptake(i,j,k) + NUT_recyc(i,j,k)  
      &                    + DOM_remin(i,j,k) + POM_remin(i,j,k)  
   
            GDOM(i,j,k) = DOM_prod(i,j,k) - DOM_remin(i,j,k)  
      &                    + POM_diss(i,j,k)  
   
            GALK(i,j,k) = 2. _d 0*Car(i,j,k) - NtoP/NUTfac*GNUT(i,j,k)  
   
            GDIC(i,j,k) = BioUp(i,j,k) + Remin(i,j,k) + Car(i,j,k)  
   
            if ( PTR_O2(i,j,k) .GT. O2_min ) then  
              GO2(i,j,k) = O2toP/NUTfac*GNUT(i,j,k)  
            else  
              GO2(i,j,k) = 0. _d 0  
            endif  
211                        
212             GFE(i,j,k)   = Fe_remin(i,j,k) - Fe_uptake(i,j,k)                G_ALK(i,j,k) = - G_NO3(i,j,k)
213         &              + 2. _d 0*G_CaCO3(i,j,k)
214    
215                  G_DIC(i,j,k) = CtoN * G_NO3(i,j,k)
216         &                   + G_CaCO3(i,j,k)
217    
218    
219    c  For diagnostics
220                  bio_DIC(i,j,k) = G_DIC(i,j,k)
221    
222             ENDIF
223              
224            ENDDO
225           ENDDO
226          ENDDO
227    
228    
           ENDDO  
          ENDDO  
        ENDDO  
229    
230  C-----------------------------------------------------------  C-----------------------------------------------------------
231  C   adding surface tendencies due to air-sea exchange  C   adding surface tendencies due to air-sea exchange
232  C   adding surface tendencies due to river runoff  C   adding surface tendencies due to river runoff
233  C   adding aeolian iron source  C   adding aeolian iron source
234    
235           DO j=jmin,jmax           DO j=jmin,jmax
236            DO i=imin,imax            DO i=imin,imax
237                 GDIC(i,j,1)=GDIC(i,j,1)+runoff_dic(i,j)+SURC(i,j)                 G_DIC(i,j,1) = G_DIC(i,j,1) + runoff_bgc(i,j,1)
238                 GALK(i,j,1)=GALK(i,j,1)+runoff_alk(i,j)       &                    + surf_DIC(i,j)
239                 GNUT(i,j,1)=GNUT(i,j,1)+runoff_nut(i,j)                 G_ALK(i,j,1) = G_ALK(i,j,1) + runoff_bgc(i,j,2)
240                 GDOM(i,j,1)=GDOM(i,j,1)+runoff_dom(i,j)                 G_NO3(i,j,1) = G_NO3(i,j,1) + runoff_bgc(i,j,3)
241                 GO2(i,j,1) =GO2(i,j,1) +runoff_o2(i,j) +SURO(i,j)                 G_PO4(i,j,1) = G_PO4(i,j,1) + runoff_bgc(i,j,4)
242                 GFE(i,j,1) =GFE(i,j,1) +runoff_fe(i,j)                 G_FE(i,j,1)  = G_FE(i,j,1)  + runoff_bgc(i,j,5)
243       &                    +alpfe*InputFe(i,j,bi,bj)*recip_drF(1)       &                    + alpfe*InputFe(i,j,bi,bj)*recip_drF(1)
244       &                    *recip_hFacC(i,j,1,bi,bj)       &                    * recip_hFacC(i,j,1,bi,bj)
245                   G_O2(i,j,1)  = G_O2(i,j,1)  + runoff_bgc(i,j,6)
246         &                    + surf_O2(i,j)
247                   G_DON(i,j,1) = G_DON(i,j,1) + runoff_bgc(i,j,7)
248                   G_DOP(i,j,1) = G_DOP(i,j,1) + runoff_bgc(i,j,8)
249            ENDDO            ENDDO
250           ENDDO           ENDDO
251    
# Line 295  C update Line 254  C update
254         DO k=1,Nr         DO k=1,Nr
255           DO j=jmin,jmax           DO j=jmin,jmax
256            DO i=imin,imax            DO i=imin,imax
257             PTR_DIC(i,j,k)= PTR_DIC(i,j,k)+GDIC(i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)             PTR_DIC(i,j,k)=PTR_DIC(i,j,k)+G_DIC(i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)
258             PTR_ALK(i,j,k)= PTR_ALK(i,j,k)+GALK(i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)             PTR_ALK(i,j,k)=PTR_ALK(i,j,k)+G_ALK(i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)
259             PTR_NUT(i,j,k)= PTR_NUT(i,j,k)+GNUT(i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)             PTR_NO3(i,j,k)=PTR_NO3(i,j,k)+G_NO3(i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)
260             PTR_DOM(i,j,k)= PTR_DOM(i,j,k)+GDOM(i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)             PTR_PO4(i,j,k)=PTR_PO4(i,j,k)+G_PO4(i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)
261             PTR_O2(i,j,k) = PTR_O2(i,j,k) +GO2(i,j,k) *PTRACERS_dTLev(k)             PTR_FE (i,j,k)=PTR_FE (i,j,k)+G_FE (i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)
262             PTR_FE(i,j,k) = PTR_FE(i,j,k) +GFE(i,j,k) *PTRACERS_dTLev(k)             PTR_O2 (i,j,k)=PTR_O2 (i,j,k)+G_O2 (i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)
263               PTR_DON(i,j,k)=PTR_DON(i,j,k)+G_DON(i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)
264               PTR_DOP(i,j,k)=PTR_DOP(i,j,k)+G_DOP(i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)
265    #ifdef ADVECT_PHYTO
266               PTR_PHY(i,j,k)=PTR_PHY(i,j,k)+G_PHY(i,j,k)*PTRACERS_dTLev(k)
267    #endif
268            ENDDO            ENDDO
269           ENDDO           ENDDO
270         ENDDO         ENDDO
# Line 308  C update Line 272  C update
272  C-----------------------------------------------------------  C-----------------------------------------------------------
273  #ifdef ALLOW_DIAGNOSTICS  #ifdef ALLOW_DIAGNOSTICS
274        IF ( useDiagnostics ) THEN        IF ( useDiagnostics ) THEN
275          CALL DIAGNOSTICS_FILL(BioUp   ,'BLGBIOA ',0,Nr,2,bi,bj,myThid)          CALL DIAGNOSTICS_FILL(bio_DIC ,'BLGBIOA ',0,Nr,2,bi,bj,myThid)
         CALL DIAGNOSTICS_FILL(Remin   ,'BLGREMI ',0,Nr,2,bi,bj,myThid)  
         CALL DIAGNOSTICS_FILL(Car     ,'BLGCARB ',0,Nr,2,bi,bj,myThid)  
276          CALL DIAGNOSTICS_FILL(pH      ,'BLGPH3D ',0,Nr,1,bi,bj,myThid)          CALL DIAGNOSTICS_FILL(pH      ,'BLGPH3D ',0,Nr,1,bi,bj,myThid)
277          CALL DIAGNOSTICS_FILL(OmegaAr ,'BLGOMAR ',0,Nr,1,bi,bj,myThid)          CALL DIAGNOSTICS_FILL(OmegaAr ,'BLGOMAR ',0,Nr,1,bi,bj,myThid)
278          CALL DIAGNOSTICS_FILL(pCO2    ,'BLGPCO2 ',0,1 ,1,bi,bj,myThid)          CALL DIAGNOSTICS_FILL(pCO2    ,'BLGPCO2 ',0,1 ,1,bi,bj,myThid)
279          CALL DIAGNOSTICS_FILL(fluxCO2 ,'BLGCFLX ',0,1 ,1,bi,bj,myThid)          CALL DIAGNOSTICS_FILL(fluxCO2 ,'BLGCFLX ',0,1 ,1,bi,bj,myThid)
280          CALL DIAGNOSTICS_FILL(SURC    ,'BLGTFLX ',0,1 ,2,bi,bj,myThid)          CALL DIAGNOSTICS_FILL(surf_DIC,'BLGTFLX ',0,1 ,2,bi,bj,myThid)
281          CALL DIAGNOSTICS_FILL(SURO    ,'BLGOFLX ',0,1 ,2,bi,bj,myThid)          CALL DIAGNOSTICS_FILL(surf_O2 ,'BLGOFLX ',0,1 ,2,bi,bj,myThid)
282        ENDIF        ENDIF
283  #endif /* ALLOW_DIAGNOSTICS */  #endif /* ALLOW_DIAGNOSTICS */
284    
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