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revision 1.94 by jmc, Thu Sep 6 22:31:45 2007 UTC revision 1.151 by jmc, Wed Dec 15 17:46:30 2010 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
22        echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
23        echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
24        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
25        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
26      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
27      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
28      echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"      echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
29        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
30        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
31      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
32      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
33      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
34      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
35      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
36      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
37      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
38      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
39        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
40      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
41      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
42      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
43      echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
44      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
45      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
46      echo "                             (DEF=\"12\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
47      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
48      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
49        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
50        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
51      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
52      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
53      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
# Line 64  usage() Line 73  usage()
73  build_mpack()  build_mpack()
74  {  {
75      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
76      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
77        if test ! -x $MPACK ; then
78          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
79              echo              echo
80              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 73  build_mpack() Line 83  build_mpack()
83              echo              echo
84              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
85          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
86          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
87              export CC=cc              export CC=cc
88          fi          fi
89            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
90          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
91          RETVAL=$?          RETVAL=$?
92          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 87  build_mpack() Line 97  build_mpack()
97          else          else
98              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
99              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
100                echo "done"
101          fi          fi
102      else      else
103          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
104            echo "already exist"
105      fi      fi
     echo "OK"  
106  }  }
107    
108  testoutput_var()  testoutput_var()
109  {  {
110      # testoutput_var dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
111      #      #
112      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
113      #     with same output from reference file $dir/results/output.$extension      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
114      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
115    
116      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
# Line 108  testoutput_var() Line 119  testoutput_var()
119      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
120          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
121          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
122          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
123              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
124                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
125              fi              fi
# Line 119  testoutput_var() Line 130  testoutput_var()
130          return 99          return 99
131      fi      fi
132      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
133          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
134      fi      fi
135      grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
136      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
137      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
138          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
139              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
140          fi          fi
# Line 161  testoutput_var() Line 172  testoutput_var()
172      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
173      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
174          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
175              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
176          fi          fi
177          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
178      else      else
179          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
180              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
181          fi          fi
182      fi      fi
183      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
       
     return $digits_of_similarity  
 }  
   
 dashnum()  
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
184    
185      for num in $@ ; do      return $digits_of_similarity
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput_ad()  
 {  
     grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt  
     grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt  
     grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt  
     grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt  
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tr_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tr_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
 check_for_add_mon_output()  
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
   
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
   
     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"  
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"  
             fi  
         done  
         #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'  
     done  
186  }  }
187    
188  testoutput_run()  testoutput_run()
189  {  {
190      # testoutput_run directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
191      #      #
192      #  test output from 1 run in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
193      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
194          # default list of output variables to be checked:          # default list of output variables to be checked:
195          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
196          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
197          listChk=$DEF_CHECK_LIST          listChk=$DEF_CHECK_LIST
         nbDef=`echo $listChk | awk '{print NF-1+3*gsub("+","E")}'`  
198          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
199          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
200          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
201          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
202          listVar=`echo $listChk | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if (sub("+","",$i)) \          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
203              {printf " %s %s %s %s",$i"mn",$i"mx",$i"av",$i"sd"} else {printf " %s",$i} }}'`                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
204          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
205          for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do          # check for ptracer output in reference_output file :
206            tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`          outpref=$1/results/$3
207           #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
208            if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
209          done          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
210          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`              ptrfound=0
211                for jj in $ptr_mon ; do
212                    name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
213                    tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
214                    if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
215                done
216                if test $ptrfound = '1' ; then
217                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
218                else
219                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
220                  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
221                  # remove this ptr from the list of output variable to check
222                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
223                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
224                  fi
225                fi
226            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
227            done
228            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
229          if test $tst != 1 ; then          if test $tst != 1 ; then
230            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
231                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
# Line 262  testoutput_run() Line 234  testoutput_run()
234            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
235          fi          fi
236          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
237          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" > $locDIR"/summary.txt"
238          allargs=""          allargs=""
239          for xx in $listVar          for xx in $listVar
240          do          do
241            case $xx in            case $xx in
242             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
243                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
244                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; yy=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
245                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
246             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
247             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
248             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
249             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "theta s.d."     $2 $3; yy=$? ;;             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
250             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
251             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
252             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
253             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "salt s.d."       $2 $3; yy=$? ;;             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
254               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
256             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
257             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
258             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
259             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U s.d."          $2 $3; yy=$? ;;             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
260             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
261             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
262             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
263             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V s.d."          $2 $3; yy=$? ;;             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
264          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
265             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
266          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
# Line 294  testoutput_run() Line 268  testoutput_run()
268          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
269             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
270          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
271             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"    $2 $3; yy=$? ;;             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
272             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
273             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
275             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
276             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
278             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
279             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
280             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
281             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
282             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
283             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
284            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
285            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
286            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
287            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
288            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
289            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
290                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
291            esac            esac
292            if test $xx = $sVar            if test $xx = $sVar
# Line 304  testoutput_run() Line 296  testoutput_run()
296          done          done
297    
298          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
299          if [ $nbVar -lt $nbDef ] ; then          if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
300          #-- fill line (up to standard length) with dot:          #-- fill line (up to standard length) with dot:
301            adNul=`expr $nbDef - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`            adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
302            echo $allargs $adNul            echo $allargs $adNul
303          else          else
304            echo $allargs            echo $allargs
305          fi          fi
306    # <-- same processing for adjoint & forward test
     else  
         testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"  
     fi  
307  }  }
308    
309  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 331  genmakemodel() Line 320  genmakemodel()
320          (          (
321              cd $1;              cd $1;
322              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
323              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
324                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
325              else              fi
326                if test "x$ADM" = xt ; then
327                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
328                elif test "x$OADM" = xt ; then
329                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
330                else
331                    command="$command -mods=../code"
332              fi              fi
333              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
334                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
335              fi              fi
336              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
337                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
338              fi              fi
339                if test "x$GSL" = xt ; then
340                    command="$command -gsl"
341                fi
342              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
343                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
344              fi              fi
345                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
346                #- run multi-threaded using OpenMP:
347                    command="$command -omp"
348                fi
349                if test "x$USE_R4" = xt ; then
350                    command="$command -use_r4"
351                fi
352              if test "x$TS" = xt ; then              if test "x$TS" = xt ; then
353                  command="$command -ts"                  command="$command -ts"
354              fi              fi
355              if test "x$PAPIS" = xt ; then              if test "x$PAPIS" = xt ; then
356                  command="$command -papis"                  command="$command -papis"
357              else              else
358              if test "x$PCLS" = xt ; then              if test "x$PCLS" = xt ; then
359                  command="$command -pcls"                  command="$command -pcls"
360              fi              fi
361              fi              fi
362              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... '
363              $command > make.log 2>&1              eval $command > genmake.tr_log 2>&1
364              RETVAL=$?              RETVAL=$?
365              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
366              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
367              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
368                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
369                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
370                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
371                  return 1                  return 1
372              else              else
373                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
374              fi              fi
375          )          )
376      fi      fi
# Line 375  genmakemodel() Line 379  genmakemodel()
379  makeclean()  makeclean()
380  {  {
381      # makeclean directory      # makeclean directory
382        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
383      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
384          echo "make Clean skipped!"          echo "make Clean skipped!"
385      else      else
# Line 382  makeclean() Line 387  makeclean()
387              cd $1;              cd $1;
388              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
389              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
390                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
391                  $MAKE Clean >> make.log 2>&1                  rm -f Makefile.old
392                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
393                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
394                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
395                      tail make.log                      tail make.tr_log
396                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
397                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
398                      return 1                      return 1
399                  fi                  fi
400                    echo successful
401                else
402                    echo ''
403              fi              fi
             echo successful 1>&2  
404              exit 0              exit 0
405          )          )
406      fi      fi
# Line 406  run_clean() Line 414  run_clean()
414      else      else
415          (          (
416              cd $1;              cd $1;
417              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1              printf 'clean run-dir ... '
418              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
419              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
420              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
421              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
422              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
423              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime              rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
424              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
425              echo successful 1>&2              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
426                echo successful
427              exit 0              exit 0
428          )          )
429      fi      fi
# Line 428  makedependmodel() Line 437  makedependmodel()
437      else      else
438          (          (
439              cd $1;              cd $1;
440              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
441              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
442              RETVAL=$?              RETVAL=$?
443              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
444                  tail make.log                  tail make.tr_log
445                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
446                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
447                  return 1                  return 1
448              else              else
449                  echo successful 1>&2                  echo successful
450              fi              fi
451          )          )
452      fi      fi
# Line 447  makemodel() Line 456  makemodel()
456  {  {
457      # makemodel directory      # makemodel directory
458      (      (
459        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
460            cd $1;
461            if test -x $EXECUTABLE ; then
462                echo "make skipped!"
463            else
464                echo "no executable!"
465                return 2
466            fi
467        else
468          cd $1;          cd $1;
469          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
470              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
471              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
472                    $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
473                elif test "x$OADM" = xt ; then
474                    $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
475                else
476                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
477                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.tr_log 2>&1
478                  else                  else
479                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
480                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
481              fi              fi
482              RETVAL=$?              RETVAL=$?
483              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
484                  tail make.log                  tail make.tr_log
485                  echo failed 1>&2                  echo failed
486                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
487                    rm -f $EXECUTABLE
488                  return 1                  return 1
489              else              else
490                  echo successful 1>&2                  echo successful
491              fi              fi
492          fi          fi
493        fi
494      )      )
495  }  }
496    
# Line 482  symlink_mpifiles() Line 504  symlink_mpifiles()
504      code_dir=$2      code_dir=$2
505      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
506      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
507        
508      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
509      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
510    
511      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
512      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 517  symlink_mpifiles() Line 539  symlink_mpifiles()
539              fi              fi
540          done          done
541      fi      fi
542        
543  }  }
544    
545  linkdata()  linkdata()
# Line 528  linkdata() Line 550  linkdata()
550      if test -d $1 ; then      if test -d $1 ; then
551          (          (
552              cd $1 ; shift              cd $1 ; shift
553                echo 'linkdata from dirs:' $*
554                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
555                for xx in $inpMPI ; do
556                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
557                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
558                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
559                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
560                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
561                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
562                        if test ! -r $yy ; then
563                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
564                            printf " $xx" 1>&2
565                        fi
566                    else
567                    # not mpi test: remove symbolic link
568                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
569                    fi
570                  fi
571                done
572              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
573              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
574                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
575                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
576                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
577                      if test ! -r eedata ; then                      if test ! -r eedata ; then
578                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
579                          printf 'eedata.mth ' 1>&2                          printf ' eedata.mth' 1>&2
580                      fi                      fi
581                  else                  else
582                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
583                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
584                  fi                  fi
585              fi              fi
586                prevDir='NONE'
587              for ldir in $* ; do              for ldir in $* ; do
588                  if test -d "../"$ldir ; then                  if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
589                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2                      printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
590                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
591                      for i in $files ; do                      for i in $files ; do
592                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then                          if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
# Line 554  linkdata() Line 596  linkdata()
596                              fi                              fi
597                          fi                          fi
598                      done                      done
599                        printf ' ;' 1>&2
600                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then                      if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
601                          "../"$ldir"/"prepare_run                          "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
602                        else
603                            echo '' 1>&2
604                      fi                      fi
                     printf ' ; ' 1>&2  
605                  fi                  fi
606                    prevDir=$ldir
607              done              done
608          )          )
609      fi      fi
# Line 568  runmodel() Line 613  runmodel()
613  {  {
614      # runmodel directory      # runmodel directory
615      #      #
616      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
617      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
618      (      (
619          cd $1          cd $1
620          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
621          # make output.txt          if test -L $EXECUTABLE ; then
622          echo            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
623                diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
624                outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
625              else rm -f $EXECUTABLE
626              fi
627            fi
628          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
629              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
630              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
631          fi          fi
632          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
633                  rm -f run.log ; touch run.log                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
634                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
635                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
636                  RETVAL=8                  RETVAL=8
637                  ENDVAL=-1                  ENDVAL=-1
638          else          else
639              if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
640                  rm -f run.log ; touch run.log                # output do not exist or is older than executable:
641                  if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
642                  ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
643                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
644                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
645              else              else
646                  RETVAL=0                  RETVAL=0
647                  if test -f run.log ; then                  if test -f $RUNLOG ; then
648                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
649                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
650                  else                  else
651                      touch run.log                      touch $RUNLOG
652                      if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
653                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
654                      echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1                      echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
655                  fi                  fi
656              fi              fi
657              ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`              ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
658          fi          fi
659          rm -f run.log_00          rm -f run.log_tmp
         #if test "x$RETVAL" = x0 ; then  
660          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
661              tail run.log              echo successful
662              echo successful 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
663                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
664              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
665              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
666              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
667              return 0              return 0
668            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
669                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
670                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
671                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
672                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
673                return 0
674          else          else
675              tail run.log              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
676              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
677              cp run.log $CDIR"/run.log"              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
678                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
679              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
680              return 1              return 1
681          fi          fi
# Line 628  createcodelet() Line 686  createcodelet()
686  {  {
687      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
688    
689      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
690      cat > tr_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
691  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
692  #include <math.h>  #include <math.h>
# Line 637  int main( int argc, char** argv )  { Line 695  int main( int argc, char** argv )  {
695    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
696    best = -22;    best = -22;
697    lncnt = 0;    lncnt = 0;
698    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
699      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
700      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
701      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
# Line 668  EOF Line 726  EOF
726          return 0          return 0
727      else      else
728          echo          echo
729          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
730          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
731          exit 1          exit 1
732      fi      fi
# Line 684  formatresults() Line 742  formatresults()
742      listPrt=$@      listPrt=$@
743      listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`      listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
744      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
745      printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'      printf '%3s' $listPrt
746  #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > / /' | sed 's/  < / /'  #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
747        #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
748    
749      if [ $xx = '..' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
750          printf ' N/O '          printf ' N/O '
751      elif [ $xx = '--' ]; then      elif [ $xx = '--' ]; then
# Line 702  formatresults() Line 761  formatresults()
761      fi      fi
762      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
763      printf '\n'      printf '\n'
764        
765  }  }
766    
767  scandirs()  scandirs()
768  {  {
769      if [ $# -eq 1 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
770          for arg in * ; do          for arg in * ; do
771              test -d $arg/$1 && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
772          done          done
773      else      else
774          echo $*          echo $*
# Line 717  scandirs() Line 776  scandirs()
776  }  }
777    
778    
779    check_eedata()
780    {
781        # check_eedata size.h eedata
782        if [ $# -eq 2 ] ; then
783          if test -f $1 -a -f $2 ; then
784          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
785          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
786          if test "x$nx" = x ; then
787            rx=10
788          else
789            rx=`expr $sx % $nx`
790          fi
791          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
792          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
793          if test "x$ny" = x ; then
794            ry=20
795          else
796            ry=`expr $sy % $ny`
797          fi
798          echo `expr $rx + $ry`
799        else
800          echo '-1'
801          fi
802        else
803          echo '-2'
804        fi
805    
806    }
807    
808  ###############################################################################  ###############################################################################
809    
810    
# Line 724  scandirs() Line 812  scandirs()
812  debug=0  debug=0
813  verbose=1  verbose=1
814  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
815    
816  IEEE=true  IEEE=true
817  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
818      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
819  fi  fi
820    GSL=f
821    
822  CLEANUP=f  CLEANUP=f
823    NORUN=f
824  QUICK=f  QUICK=f
825    NOMAKE=f
826  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
827  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
828  NODEPEND=f  NODEPEND=f
# Line 747  TESTDIRS= Line 835  TESTDIRS=
835  SKIPDIRS=  SKIPDIRS=
836  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
837  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
838  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
839  COMMAND=  COMMAND=
840    MKDEPEND=
841  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
842      MAKE=make      MAKE=make
843  fi  fi
# Line 760  MPI=f Line 849  MPI=f
849  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
850  OUTDIR=  OUTDIR=
851  DELDIR=  DELDIR=
852    USE_R4=
853    
854  ADM=  ADM=
855    OADM=
856    
857  # Additional monitor types  # list of pTracers to check for monitor output
858  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
859    
860  MATCH_CRIT=13  MATCH_CRIT=10
861    
862  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
863    
# Line 781  for ac_option ; do Line 872  for ac_option ; do
872      fi      fi
873    
874      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
875        
876      case $ac_option in      case $ac_option in
877                    
878          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
# Line 794  for ac_option ; do Line 885  for ac_option ; do
885                    
886          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
887              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
888          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)
889              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
890            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
891                ac_prev=MPACKDIR ;;
892            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
893                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
894    
895          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
896              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
897          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)
898              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
899    
900          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
901              ac_prev=SKIPDIRS ;;              ac_prev=SKIPDIRS ;;
902          -skipdir=* | --skipdir=*)          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)
903              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
904    
905          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
906              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
907          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)
908              BASH=$ac_optarg ;;              BASH=$ac_optarg ;;
909    
910          -command | --command | -c | --c)          -command | --command | -c | --c)
911              ac_prev=COMMAND ;;              ac_prev=COMMAND ;;
912          -command=* | --command=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)
913              COMMAND=$ac_optarg ;;              COMMAND=$ac_optarg ;;
914    
915            -makedepend | --makedepend | -md | --md)
916                ac_prev=MKDEPEND ;;
917            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)
918                MKDEPEND=$ac_optarg ;;
919    
920          -make | --make | -m | --m)          -make | --make | -m | --m)
921              ac_prev=MAKE ;;              ac_prev=MAKE ;;
922          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)
923              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
924    
925          -odir | --odir)          -odir | --odir)
# Line 835  for ac_option ; do Line 935  for ac_option ; do
935          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
936          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
937    
938          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
939          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
940    
941          -clean | --clean)          -clean | --clean)
942              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
943    
944            -norun | --norun | -nr | --nr)
945                NORUN=t ;;
946            -runonly | --runonly | -ro | --ro)
947                QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
948          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
949              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
950          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 859  for ac_option ; do Line 963  for ac_option ; do
963    
964          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
965    
966            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
967    
968          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
969          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
970            -gsl) GSL=t ;;
971    
972          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
973          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 868  for ac_option ; do Line 975  for ac_option ; do
975    
976          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
977    
978          -ts) TS=t;;          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
979    
980            -ts) TS=t;;
981          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
   
982          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
983    
984          -*)          -*)
985              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
986              usage              usage
987              ;;              ;;
988            
989          *)          *)
990              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
991              usage              usage
992              ;;              ;;
993            
994       esac       esac
995        
996  done  done
997    
998  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 894  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1001  if test "x$QUICK" = xt ; then
1001      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1002  fi  fi
1003    
1004    #- setting for forward or ADM testing
1005    if test "x$ADM" = xt ; then
1006        code_dir=code_ad
1007        inputdir=input_ad
1008        ref_outp="output_adm.txt"
1009        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1010    elif test "x$OADM" = xt ; then
1011        code_dir=code_oad
1012        inputdir=input_oad
1013        ref_outp="output_oadm.txt"
1014        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1015    else
1016        code_dir=code
1017        inputdir=input
1018        ref_outp="output.txt"
1019        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1020    fi
1021    
1022    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1023  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1024      if test "x$ADM" = xt ; then      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1025          LIST=`scandirs results_ad`  elif test $xx = 'start_from' ; then
1026      else      xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1027          LIST=`scandirs results`      LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
     fi  
1028  else  else
1029      #- expand group of experiments:      #- expand group of experiments:
1030      LIST=" "      LIST=" "
# Line 914  else Line 1039  else
1039                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;                   LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1040          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;          *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1041        esac        esac
1042      done      done
1043  fi  fi
1044  #echo 'LIST='${LIST}'<'  #echo 'LIST='${LIST}'<'
1045  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:  #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
# Line 935  do Line 1060  do
1060          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""          else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1061          fi          fi
1062      fi      fi
1063  done  done
1064  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi  if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1065  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'  #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1066    
# Line 943  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1068  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1068      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1069  fi  fi
1070    
1071  if test "x$ADM" = xt ; then  RUNLOG="run.tr_log"
1072      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"  OUTPUTFILE=$ref_outp
     OUTPUTFILE="output_adm.txt"  
 else  
     EXECUTABLE="mitgcmuv"  
     OUTPUTFILE="output.txt"  
 fi  
   
1073  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1074      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1075  fi  fi
# Line 958  if test "x$MPI" = xt ; then Line 1077  if test "x$MPI" = xt ; then
1077      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1078  fi  fi
1079    
 #echo "OK"  
1080  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1081    
1082  # set the Default List of output variables to be checked:  # set the Default List of output variables to be checked:
1083  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1084  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1085  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1086  if test "x$ADM" != xt ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1087      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1088      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1089      nbDef=`echo $DEF_CHECK_LIST | awk '{print NF-1+3*gsub("+","E")}'`      LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1090      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1091      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $nbDef - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`      EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1092    else
1093        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1094        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1095        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1096  fi  fi
1097    
1098  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1099  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1100        echo "skipping comparison code build"
1101    else
1102        createcodelet
1103    fi
1104    
1105  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1106  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1107      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1108  else  else
1109      build_mpack      build_mpack
1110  fi  fi
1111    
1112  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1113    CMDLINE=$0
1114    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1115        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1116                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1117    done
1118    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1119  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1120  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1121  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1122  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1123  if test "x$OUTDIR" != x ; then  if test "x$OUTDIR" != x ; then
1124      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1125    else
1126        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1127        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1128  fi  fi
1129  DNUM=0  DNUM=0
1130  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
# Line 1004  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1139  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1139      exit 1      exit 1
1140  fi  fi
1141  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1142  start_date=`date`  start_date=`date`
1143  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1144    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1145    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1146    
1147  of_path=  of_path=
1148  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 1035  else Line 1171  else
1171  fi  fi
1172  echo  echo
1173  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1174  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1175      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1176      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1177      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1178         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
 #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"  
1179      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1180      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1181      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1182      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1183      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1184          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1185          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1186          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1187          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1188          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1189      done      done
1190      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1191      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
# Line 1064  if test "x$ADM" = x ; then Line 1196  if test "x$ADM" = x ; then
1196  else  else
1197      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1198      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1199        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1200        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1201        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1202        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1203      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1204  G D M    C  G  G D M    C  G
1205  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 1072  N n k u  s  a Line 1208  N n k u  s  a
1208    
1209  EOF  EOF
1210  fi  fi
1211    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1212    
1213  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1214  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1215        
1216        # set builddir & rundir:
1217        builddir="build"
1218        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1219        rundir="run"
1220        pfxdir="tr_$rundir"
1221        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1222            rundir=$builddir
1223        fi
1224        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1225        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1226    
1227      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1228      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1229          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1230              echo '  ------  clean dir:' $dir/build          makeclean $BUILD_DIR
1231              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          (   cd $BUILD_DIR
1232          fi              rm -f $EXECUTABLE *.bak
1233          if test -d $dir/run/CVS ; then              rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1234              echo '  ------  clean dir:' $dir/run              rm -f genmake.tr_log make.tr_log
             run_clean $dir/run  
         fi  
         (  
             cd $dir  
             rm -rf tr_run.*  
1235          )          )
1236            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1237                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1238                run_clean $dir/$rundir
1239            fi
1240            trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1241            ttd=`echo $trdir | wc -w`
1242            if test $ttd != 0 ; then
1243                echo '  --- rm dir:' $trdir
1244                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1245            fi
1246          continue          continue
1247      fi      fi
1248    
1249      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1250      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1251      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"  
     fi  
1252      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1253          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1254          continue          continue
1255      fi      fi
     if test "x$ADM" = x ; then  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     fi  
   
     # Check for additional types of monitor output  
1256    
1257      builddir="build"      # Check for specific files for particular type of run
     if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi  
     rundir="run"  
    #rundir=$builddir  
     if test ! -d $dir/$rundir ; then  
         rundir=$builddir  
     fi  
       
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
         input_dirs='input'  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
         input_dirs='input_ad input'  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1258    
1259      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1260          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
# Line 1138  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1264  for dir in $TESTDIRS ; do
1264          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1265          continue          continue
1266      fi      fi
1267        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1268          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1269          if test $retv != 0 ; then
1270            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1271            continue
1272          fi
1273        fi
1274    
1275      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1276      extra_runs=      extra_runs=
1277      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$NORUN" = xf ; then
1278          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1279          #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      fi
1280          for exd in $ex_run_dirs ; do      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1281              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`      for exd in $ex_run_dirs ; do
1282              outf="$dir/results/output.$name.txt"          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1283              if test -f $outf -a -r $outf ; then          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1284                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then          outf="$dir/results/$refExOut"
1285                      if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1286                          extra_runs="$extra_runs $name"            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1287                      #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"              if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1288                      fi                if test "x$MPI" = "xt" ; then
1289                  else                  retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1290                    if test $retv = 0 ; then
1291                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1292                    else
1293                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1294                  fi                  fi
1295                  else
1296                    extra_runs="$extra_runs $name"
1297                  fi
1298                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1299              fi              fi
1300          done            else
1301      fi              extra_runs="$extra_runs $name"
1302              fi
1303            fi
1304        done
1305    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1306      echo      echo
1307      if test "x$extra_runs" = "x" ; then      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1308         echo "Experiment:  $dir"         echo "Experiment:  $dir"
1309      else      else
1310         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"         echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
# Line 1172  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1314  for dir in $TESTDIRS ; do
1314      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1315    
1316      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1317      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1318      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1319      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1320        
1321      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1322          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='              run=N
1323          makeclean $dir/$builddir \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1324              && run_clean $dir/$rundir              && makeclean $dir/$builddir \
1325                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1326                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1327                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1328      else      else
1329          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1330              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
             && run_clean $dir/$rundir \  
1331              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1332              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1333              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1334              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \              && run_clean $dir/$rundir \
1335                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1336              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1337              && results=`testoutput_run $dir $rundir "txt"`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1338      fi      fi
1339            #echo "results='$results'"
1340      echo  
     if test "x$ADM" = x ; then  
1341          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1342          echo          echo 1>&2
1343          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1344          touch $CDIR"/summary.txt"          touch $locDIR"/summary.txt"
1345          echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1346          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1347          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1348          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1349          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"
1350            if test "x$ADM" = xt ; then
1351                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1352                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1353                                    >> $locDIR"/summary.txt"
1354            fi
1355    
1356          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1357              unset run              unset run
1358              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1359                #  reference output file
1360                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1361              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1362              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1363              mkdir $rel_CDIR              mkdir $locDIR
1364              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1365              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1366              run_clean $dir/tr_run.$ex              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1367              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1368              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1369                  && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1370              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1371              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1372              echo              echo 1>&2
1373              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1374              touch $CDIR"/summary.txt"              touch $locDIR"/summary.txt"
1375              echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1376              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1377              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1378              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1379              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"
1380                if test "x$ADM" = xt ; then
1381                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1382                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \
1383                                       >> $locDIR"/summary.txt"
1384                fi
1385              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1386                  run_clean $dir/tr_run.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1387              fi              fi
1388          done          done
     else  
         fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
         fres=$fres"$results   $dir"  
         echo  
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         touch $CDIR"/summary.txt"  
         echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                            >> $CDIR"/summary.txt"  
     fi  
1389    
1390        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1391            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1392                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1393                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1394                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1395                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1396                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1397                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1398                RETVAL=$?
1399                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1400                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1401                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1402                           | grep -v '^... compiler version ' > tr_vers.tmp_log
1403                    sed -n '1,/^$/p' tr_vers.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1404                            >> $DRESULTS/genmake_state
1405                    rm -f tr_vers.tmp_log
1406                fi
1407            fi
1408        fi
1409      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1410      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1411          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1412              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1413      fi      fi
1414        
1415      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1416        
1417  done  done
1418    
1419  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1420  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1421  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1422  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1423    
# Line 1282  else Line 1442  else
1442              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1443              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1444              echo              echo
1445                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1446                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1447          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1448      fi      fi
1449  fi  fi
1450    
1451  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1452        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1453    fi
1454    
1455  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1456      cat $SUMMARY | sed 's/  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.//'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
 #   cat $SUMMARY | sed 's/  \.//g'  
1457      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1458          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1459      fi      fi
1460      cat $SUMMARY | sed 's/  \.//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1461  fi  fi
1462    
1463  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.94  
changed lines
  Added in v.1.151
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