/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport

Diff of /MITgcm/verification/testreport

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-revision 1.94 by jmc,
Thu Sep  6 22:31:45 2007 UTC
+revision 1.134 by jmc,
Sun Jan 17 21:52:01 2010 UTC
 Line 11 
 usage()
      echo
      echo "where possible OPTIONS are:"
      echo "  (-help|-h)               print usage"
-     echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
+     echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
+     echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
-     echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
+     echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
+     echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
+     echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
      echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
-Line 27 
 usage()
+Line 30 
 usage()
      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
+     echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
      echo "  (-command) STRING        command to run"
      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
-Line 39 
 usage()
+Line 43 
 usage()
      echo "                             (DEF=\"12\")"
      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
+     echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
-Line 64 
 usage()
+Line 69 
 usage()
  build_mpack()
  {
      printf "building the mpack utility...  "
-     if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
+     MPACK="$MPACKDIR/mpack"
+     if test ! -x $MPACK ; then
          if test ! -d $MPACKDIR ; then
              echo
              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
-Line 73 
 build_mpack()
+Line 79 
 build_mpack()
              echo
              HAVE_MPACK=f
          fi
-         printf "building mpack...  "
          if test "x$CC" = x ; then
              export CC=cc
          fi
+         printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
          RETVAL=$?
          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
-Line 87 
 build_mpack()
+Line 93 
 build_mpack()
          else
              rm -f tr_build_mpack.out
              HAVE_MPACK=t
+             echo "done"
          fi
      else
          HAVE_MPACK=t
+         echo "already exist"
      fi
-     echo "OK"
  }
  testoutput_var()
  {
-     # testoutput_var dir s1 label subdir extension
+     # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
      #
      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
-     #     with same output from reference file $dir/results/output.$extension
+     #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
      #  using search strings s1 and text label
      if [ $debug -gt 0 ]; then
-Line 108 
 testoutput_var()
+Line 115 
 testoutput_var()
      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
-         if [ $lncntA -lt 3 ]; then
+         if [ $lncntA -lt 2 ]; then
              if [ $verbose -gt 0 ]; then
                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
              fi
-Line 119 
 testoutput_var()
+Line 126 
 testoutput_var()
          return 99
      fi
      if [ $debug -gt 0 ]; then
-         echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2
+         echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
      fi
-     grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
+     grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
-     if [ $lncntB -lt 3 ]; then
+     if [ $lncntB -lt 2 ]; then
          if [ $verbose -gt 0 ]; then
              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
          fi
-Line 161 
 testoutput_var()
+Line 168 
 testoutput_var()
      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
          if [ $verbose -gt 0 ]; then
-             echo testoutput_var: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
+             echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
          fi
          digits_of_similarity=99
      else
          if [ $verbose -gt 0 ]; then
-             echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
+             echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
          fi
      fi
      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
-Line 174 
 testoutput_var()
+Line 181 
 testoutput_var()
      return $digits_of_similarity
  }
- dashnum()
- {
-     # dashnum n1 n2 n3 ...
-     #
-     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99
-     for num in $@ ; do
-         if [ $num = 99 ]; then
-             printf ' --'
-         else
-             printf '%3i' $num
-         fi
-     done
- }
- testoutput_ad()
- {
-     grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
-     grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
-     grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
-     grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
-     join t05.txt t15.txt > t5.txt
-     join t06.txt t16.txt > t6.txt
-     echo "-1" >> t5.txt
-     echo "-1" >> t6.txt
-     digits_5=`./tr_cmpnum < t5.txt`
-     digits_6=`./tr_cmpnum < t6.txt`
-     dashnum $digits_5 $digits_6
-     rm -f t[01][56].txt t[56].txt
- }
- check_for_add_mon_output()
- {
-     # Check for additional types of monitor output
-     if test "x$1" = x ; then
-         return
-     fi
-     for ii in $PTRACERS_NUM ; do
-         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
-     done
-     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
-     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
-     for ii in $PTRACERS_NUM ; do
-         for jj in $ptr_add ; do
-             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
-             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
-             if test ! "x$tst" = x0 ; then
-                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
-             fi
-         done
-         #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
-     done
- }
  testoutput_run()
  {
-     # testoutput_run directory subdir extension
+     # testoutput_run directory subdir reference_output
      #
      #  test output from 1 run in "directory"
-     if test "x$ADM" = x ; then
+ # --> same processing for adjoint & forward test
          # default list of output variables to be checked:
          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
          listChk=$DEF_CHECK_LIST
-         nbDef=`echo $listChk | awk '{print NF-1+3*gsub("+","E")}'`
          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
-         listVar=`echo $listChk | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if (sub("+","",$i)) \
+         listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
-             {printf " %s %s %s %s",$i"mn",$i"mx",$i"av",$i"sd"} else {printf " %s",$i} }}'`
+                                | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
-         for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do
+         # check for ptracer output in reference_output file :
-           tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
+         outpref=$1/results/$3
-          #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
+         ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
-           if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi
+         ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
-         done
+         for ii in $PTRACERS_NUM ; do
-         tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`
+             ptrfound=0
+             for jj in $ptr_mon ; do
+                 name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
+                 tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
+                 if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
+             done
+             if test $ptrfound = '1' ; then
+                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
+             else
+                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
+               if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
+               # remove this ptr from the list of output variable to check
+               # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
+                 listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
+               fi
+             fi
+         #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
+         done
+         tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
          if test $tst != 1 ; then
            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
-Line 269 
 testoutput_run()
+Line 237 
 testoutput_run()
            case $xx in
             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
-                   testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; yy=$?
+                   testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
-            'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
+           'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
-            'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
+           'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
-            'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
+            'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
-            'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "theta s.d."     $2 $3; yy=$? ;;
+            'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
-            'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
+            'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
-            'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
+            'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
-            'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
+            'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
-            'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "salt s.d."       $2 $3; yy=$? ;;
+            'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
+            'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
+            'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
             'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
-            'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U s.d."          $2 $3; yy=$? ;;
+            'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
-            'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V s.d."          $2 $3; yy=$? ;;
+            'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
          'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
          'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
-Line 294 
 testoutput_run()
+Line 264 
 testoutput_run()
          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
          'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
-            testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"    $2 $3; yy=$? ;;
+            testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
+          'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
+          'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
+          'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
+          'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
+          'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
+          'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
+          'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
+          'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
+          'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
+          'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
+          'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
+          'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
+         'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
+         'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
+         'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
+         'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
+         'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
+         'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
                *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
            esac
            if test $xx = $sVar
-Line 304 
 testoutput_run()
+Line 292 
 testoutput_run()
          done
          nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
-         if [ $nbVar -lt $nbDef ] ; then
+         if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
          #-- fill line (up to standard length) with dot:
-           adNul=`expr $nbDef - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
+           adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
            echo $allargs $adNul
          else
            echo $allargs
          fi
+ # <-- same processing for adjoint & forward test
-     else
-         testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
-     fi
  }
  genmakemodel()
-Line 331 
 genmakemodel()
+Line 316 
 genmakemodel()
          (
              cd $1;
              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
-             if test "x$ADM" = x ; then
+             if test "x$ADM" = xt ; then
-                 command="$command --mods=../code"
-             else
                  command="$command --mods=../code_ad"
+             elif test "x$OADM" = xt ; then
+                 command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
+             else
+                 command="$command -mods=../code"
              fi
              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
-                 command="$command --optfile=$OPTFILE"
+                 command="$command -optfile=$OPTFILE"
              fi
              if test "x$IEEE" != x ; then
                  command="$command -ieee"
              fi
+             if test "x$GSL" = xt ; then
+                 command="$command -gsl"
+             fi
              if test "x$MPI" = xt ; then
                  command="$command -mpi"
              fi
+             if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
+             #- run multi-threaded using OpenMP:
+                 command="$command -omp"
+             fi
              if test "x$TS" = xt ; then
                  command="$command -ts"
              fi
-Line 356 
 genmakemodel()
+Line 350 
 genmakemodel()
              fi
              fi
              printf 'genmake ... ' 1>&2
-             $command > make.log 2>&1
+             # $command > make.log 2>&1
+             eval $command > make.log 2>&1
              RETVAL=$?
              #  Reduce the size of the testing emails!
              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
-Line 391 
 makeclean()
+Line 386 
 makeclean()
                      cp make.log $CDIR"/make.log"
                      return 1
                  fi
+                 echo successful 1>&2
+             else
+                 echo ''
              fi
-             echo successful 1>&2
              exit 0
          )
      fi
-Line 414 
 run_clean()
+Line 411 
 run_clean()
              find . -type l -exec rm {} \;
              rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
              rm -rf mnc_test_*
+             rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
              echo successful 1>&2
              exit 0
          )
-Line 450 
 makemodel()
+Line 448 
 makemodel()
          cd $1;
          if test -r Makefile ; then
              printf 'make ... ' 1>&2
-             if test "x$ADM" = x ; then
+             if test "x$ADM" = xt ; then
+                 $MAKE adall >> make.log 2>&1
+             elif test "x$OADM" = xt ; then
+                 $MAKE adAll >> make.log 2>&1
+             else
                  if test "x$JOBS" = x ; then
                      $MAKE >> make.log 2>&1
                  else
                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
                  fi
-             else
-                 $MAKE adall >> make.log 2>&1
              fi
              RETVAL=$?
              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
                  tail make.log
                  echo failed 1>&2
                  cp make.log $CDIR"/make.log"
+                 rm -f $EXECUTABLE
                  return 1
              else
                  echo successful 1>&2
-Line 484 
 symlink_mpifiles()
+Line 485 
 symlink_mpifiles()
      CODE_DIR=$dir/$code_dir
      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
-     MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
+     MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
      #  Is this an MPI run?
      if test "x$MPI" = xt ; then
-Line 528 
 linkdata()
+Line 529 
 linkdata()
      if test -d $1 ; then
          (
              cd $1 ; shift
+             inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
+             for xx in $inpMPI ; do
+               if test -r "../"$1"/"$xx ; then
+                 # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
+                 yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
+                 if test "x$MPI" = "xt" ; then
+                 # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
+                     if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
+                     if test ! -r $yy ; then
+                         ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
+                         printf "$xx " 1>&2
+                     fi
+                 else
+                 # not mpi test: remove symbolic link
+                     if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
+                 fi
+               fi
+             done
              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
-Line 542 
 linkdata()
+Line 561 
 linkdata()
                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
                  fi
              fi
+             prevDir='NONE'
              for ldir in $* ; do
-                 if test -d "../"$ldir ; then
+                 if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
                      printf 'ldir='${ldir} 1>&2
                      files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
                      for i in $files ; do
-Line 559 
 linkdata()
+Line 579 
 linkdata()
                      fi
                      printf ' ; ' 1>&2
                  fi
+                 prevDir=$ldir
              done
          )
      fi
-Line 575 
 runmodel()
+Line 596 
 runmodel()
          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
          # make output.txt
          echo
+         if test -L $EXECUTABLE ; then
+           if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
+             diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
+             outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
+           else rm -f $EXECUTABLE
+           fi
+         fi
          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
-             echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
+             echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
          fi
          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
-                 rm -f run.log ; touch run.log
+                 rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
-                 if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
+                 if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
-                 echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
+                 echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
                  RETVAL=8
                  ENDVAL=-1
          else
-             if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
+             if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
-                 rm -f run.log ; touch run.log
+               # output do not exist or is older than executable:
-                 if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
+                 rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
-                 ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
+                 if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
+                 ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
                  RETVAL=$?
              else
                  RETVAL=0
-                 if test -f run.log ; then
+                 if test -f $RUNLOG ; then
-                     if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
+                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
-                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
+                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
                  else
-                     touch run.log
+                     touch $RUNLOG
-                     if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
+                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
-                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
+                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
-                     echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
+                     echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
                  fi
              fi
-             ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
+             ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
          fi
-         rm -f run.log_00
+         rm -f run.log_tmp
-         #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
-             tail run.log
+             tail $RUNLOG
              echo successful 1>&2
              # === Reduce the size of the testing emails!
              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
              return 0
+         elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
+             #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
+             tail $RUNLOG
+             echo finished with error '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
+             return 0
          else
-             tail run.log
+             tail $RUNLOG
              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
-             cp run.log $CDIR"/run.log"
+             cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
              return 1
          fi
-Line 628 
 createcodelet()
+Line 661 
 createcodelet()
  {
      # create codelet for comparing model output
-     printf "creating the comparison code...  "
+     printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
  #include <stdio.h>
  #include <math.h>
-Line 637 
 int main( int argc, char** argv )  {
+Line 670 
 int main( int argc, char** argv )  {
    double a,b,abave,relerr;
    best = -22;
    lncnt = 0;
-   while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
+   while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
      scanf("%d", &linnum);
      if (linnum == -1)  break;
      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
-Line 684 
 formatresults()
+Line 717 
 formatresults()
      listPrt=$@
      listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
-     printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
+     printf '%3s' $listPrt
- #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > / /' | sed 's/  < / /'
+ #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
+ #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
      if [ $xx = '..' ]; then
          printf ' N/O '
-Line 709 
 scandirs()
+Line 743 
 scandirs()
  {
      if [ $# -eq 1 ]; then
          for arg in * ; do
-             test -d $arg/$1 && echo $arg
+             test -f $arg/$1 && echo $arg
          done
      else
          echo $*
-Line 717 
 scandirs()
+Line 751 
 scandirs()
  }
+ check_eedata()
+ {
+     # check_eedata size.h eedata
+     if [ $# -eq 2 ] ; then
+       if test -f $1 -a -f $2 ; then
+       sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
+       nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
+       if test "x$nx" = x ; then
+         rx=10
+       else
+         rx=`expr $sx % $nx`
+       fi
+       sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
+       ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
+       if test "x$ny" = x ; then
+         ry=20
+       else
+         ry=`expr $sy % $ny`
+       fi
+       echo `expr $rx + $ry`
+     else
+       echo '-1'
+       fi
+     else
+       echo '-2'
+     fi
+ }
  ###############################################################################
-Line 724 
 scandirs()
+Line 787 
 scandirs()
  debug=0
  verbose=1
  clean=0
- expts=''
- # ieee=1
  IEEE=true
  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
      IEEE=$MITGCM_IEEE
  fi
+ GSL=f
  CLEANUP=f
+ NORUN=f
  QUICK=f
  NOGENMAKE=f
  NOCLEAN=f
-Line 747 
 TESTDIRS=
+Line 809 
 TESTDIRS=
  SKIPDIRS=
  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
  HAVE_MPACK=
- MPACK="$MPACKDIR/mpack"
+ MPACK=
  COMMAND=
  if test "x$MAKE" = x ; then
      MAKE=make
-Line 762 
 OUTDIR=
+Line 824 
 OUTDIR=
  DELDIR=
  ADM=
+ OADM=
- # Additional monitor types
+ # list of pTracers to check for monitor output
  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
  MATCH_CRIT=13
-Line 796 
 for ac_option ; do
+Line 859 
 for ac_option ; do
              ac_prev=ADDRESSES ;;
          -addr=* | --addr=*)
              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
+         -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
+             ac_prev=MPACKDIR ;;
+         -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
+             MPACKDIR=$ac_optarg ;;
          -tdir | --tdir | -t | --t)
              ac_prev=TESTDIRS ;;
-Line 841 
 for ac_option ; do
+Line 908 
 for ac_option ; do
          -clean | --clean)
              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
+         -norun | --norun | -nr | --nr)
+             NORUN=t ;;
          -quick | --quick | -q | --q)
              QUICK=t ;;
          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
-Line 859 
 for ac_option ; do
+Line 928 
 for ac_option ; do
          -adm | -ad) ADM=t ;;
+         -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
          -ieee) IEEE=true ;;
          -noieee) IEEE= ;;
+         -gsl) GSL=t ;;
          -verbose) verbose=2 ;;
          -debug) debug=1 ;;
-Line 894 
 if test "x$QUICK" = xt ; then
+Line 966 
 if test "x$QUICK" = xt ; then
      NODEPEND=t
  fi
+ #- setting for forward or ADM testing
+ if test "x$ADM" = xt ; then
+     code_dir=code_ad
+     inputdir=input_ad
+     ref_outp="output_adm.txt"
+     EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
+ elif test "x$OADM" = xt ; then
+     code_dir=code_oad
+     inputdir=input_oad
+     ref_outp="output_oadm.txt"
+     EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
+ else
+     code_dir=code
+     inputdir=input
+     ref_outp="output.txt"
+     EXECUTABLE="mitgcmuv"
+ fi
  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
-     if test "x$ADM" = xt ; then
+     LIST=`scandirs results/$ref_outp`
-         LIST=`scandirs results_ad`
-     else
-         LIST=`scandirs results`
-     fi
  else
      #- expand group of experiments:
      LIST=" "
-Line 943 
 if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
+Line 1029 
 if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
      OPTFILE=$MITGCM_OF
  fi
- if test "x$ADM" = xt ; then
+ RUNLOG="run.log"
-     EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
+ OUTPUTFILE=$ref_outp
-     OUTPUTFILE="output_adm.txt"
- else
-     EXECUTABLE="mitgcmuv"
-     OUTPUTFILE="output.txt"
- fi
  if test "x$COMMAND" = x ; then
      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
  fi
-Line 958 
 if test "x$MPI" = xt ; then
+Line 1038 
 if test "x$MPI" = xt ; then
      OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
  fi
- #echo "OK"
  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
  # set the Default List of output variables to be checked:
  #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
  # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
  #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
- if test "x$ADM" != xt ; then
+ if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
      DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
      EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
-     nbDef=`echo $DEF_CHECK_LIST | awk '{print NF-1+3*gsub("+","E")}'`
+     LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
      ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
-     EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $nbDef - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
+     EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
+ else
+     DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
+     EMPTY_RESULTS='.. ..'
+     LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
  fi
  #  create the FORTRAN comparison code
- createcodelet
+ if test -x tr_cmpnum ; then
+     echo "skipping comparison code build"
+ else
+     createcodelet
+ fi
- #  build the mpack utility
+ #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
- if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
+ if test "x$ADDRESSES" = x ; then
      echo "skipping mpack build"
  else
      build_mpack
  fi
  #  Create a uniquely named directory to store results
+ CMDLINE=$0
+ for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
+     if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
+                         else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
+ done
+ #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
  MACH=`hostname`
  UNAMEA=`uname -a`
  DATE=`date +%Y%m%d`
  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
  if test "x$OUTDIR" != x ; then
      BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
+ else
+     short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
+     BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
  fi
  DNUM=0
  DRESULTS="$BASE$DNUM"
-Line 1004 
 if test "x$RETVAL" != x0 ; then
+Line 1100 
 if test "x$RETVAL" != x0 ; then
      exit 1
  fi
  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
- printf "Start time:  " >> $SUMMARY
  start_date=`date`
  echo $start_date > $SUMMARY
+ echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
+ echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
  of_path=
  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
-Line 1035 
 else
+Line 1132 
 else
  fi
  echo
  echo >> $SUMMARY
- if test "x$ADM" = x ; then
+ if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
-Line 1046 
 if test "x$ADM" = x ; then
+Line 1143 
 if test "x$ADM" = x ; then
      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
-         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
-         #  if test "x$tst" = xt ; then
          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
          line_1="$line_1        m  s"
          line_2="$line_2  m  m  e  ."
          line_3="$line_3  i  a  a  d"
          line_4="$line_4  n  x  n  ."
-         #  fi
      done
      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
-Line 1064 
 if test "x$ADM" = x ; then
+Line 1158 
 if test "x$ADM" = x ; then
  else
      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
      echo >> $SUMMARY
+     if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
+     then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
+     else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
+     echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
  G D M    C  G
  E p a R  o  r
-Line 1076 
 fi
+Line 1174 
 fi
  #  ...and each test directory...
  for dir in $TESTDIRS ; do
+     # set builddir & rundir:
+     builddir="build"
+     if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
+     rundir="run"
+     if test ! -d $dir/$rundir ; then
+         rundir=$builddir
+     fi
+     CODE_DIR=$dir/$code_dir
+     BUILD_DIR=$dir/$builddir
      #  Cleanup only!
      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
-         if test -r $dir/build/Makefile ; then
+         echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
-             echo '  ------  clean dir:' $dir/build
+         makeclean $BUILD_DIR
-             ( cd $dir/build ; make CLEAN )
+         rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE
-         fi
+         if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
-         if test -d $dir/run/CVS ; then
+             echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
-             echo '  ------  clean dir:' $dir/run
+             run_clean $dir/$rundir
-             run_clean $dir/run
+         fi
+         trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
+         ttd=`echo $trdir | wc -w`
+         if test $ttd != 0 ; then
+             echo '  --- rm dir:' $trdir
+             ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
          fi
-         (
-             cd $dir
-             rm -rf tr_run.*
-         )
          continue
      fi
      #  Verify that the testdir exists and contains previous
      #  results in the correct location--or skip this directory!
-     fout=
+     fout=$dir"/results/"$ref_outp
-     if test "x$ADM" = x ; then
-         fout=$dir"/results/output.txt"
-     else
-         fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
-     fi
      if test ! -r $fout ; then
          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
          continue
      fi
-     if test "x$ADM" = x ; then
-         check_for_add_mon_output  $fout
-     fi
-     # Check for additional types of monitor output
+     # Check for specific files for particular type of run
-     builddir="build"
-     if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
-     rundir="run"
-    #rundir=$builddir
-     if test ! -d $dir/$rundir ; then
-         rundir=$builddir
-     fi
-     if test "x$ADM" = x ; then
-         code_dir=code
-         CODE_DIR=$dir/code
-         input_dirs='input'
-     else
-         code_dir=code_ad
-         CODE_DIR=$dir/code_ad
-         input_dirs='input_ad input'
-     fi
-     BUILD_DIR=$dir/$builddir
      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
-Line 1138 
 for dir in $TESTDIRS ; do
+Line 1220 
 for dir in $TESTDIRS ; do
          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
          continue
      fi
+     if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
+       retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
+       if test $retv != 0 ; then
+         echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
+         continue
+       fi
+     fi
      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
      extra_runs=
-     if test "x$ADM" = x ; then
+     if test "x$NORUN" = xf ; then
-         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
+         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
-         #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
+     fi
-         for exd in $ex_run_dirs ; do
+     #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
-             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
+     for exd in $ex_run_dirs ; do
-             outf="$dir/results/output.$name.txt"
+         name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
-             if test -f $outf -a -r $outf ; then
+         refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
-                 if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
+         outf="$dir/results/$refExOut"
-                     if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
+         if test -f $outf -a -r $outf ; then
-                         extra_runs="$extra_runs $name"
+           if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
-                     #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
+             if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
-                     fi
+               if test "x$MPI" = "xt" ; then
-                 else
+                 retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
+                 if test $retv = 0 ; then
                      extra_runs="$extra_runs $name"
+                 else
+                     echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
                  fi
+               else
+                 extra_runs="$extra_runs $name"
+               fi
+             #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
              fi
-         done
+           else
-     fi
+             extra_runs="$extra_runs $name"
+           fi
+         fi
+     done
      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
      echo
-Line 1176 
 for dir in $TESTDIRS ; do
+Line 1275 
 for dir in $TESTDIRS ; do
      mkdir $rel_CDIR
      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
-     if test "x$CLEANUP" = xt ; then
+     if test "x$NORUN" = xt ; then
-         echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
+             run=N
-         makeclean $dir/$builddir \
+         genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
-             && run_clean $dir/$rundir
+             && makeclean $dir/$builddir \
+             && run_clean $dir/$rundir \
+             && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
+             && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
+             && makemodel $dir/$builddir && make=Y
      else
          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
              && makeclean $dir/$builddir \
-Line 1187 
 for dir in $TESTDIRS ; do
+Line 1290 
 for dir in $TESTDIRS ; do
              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
-             && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
+             && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
-             && results=`testoutput_run $dir $rundir "txt"`
+             && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
      fi
+     #echo "results='$results'"
      echo
-     if test "x$ADM" = x ; then
          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
          echo
-         echo "$fres" >> $SUMMARY
+         echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
          touch $CDIR"/summary.txt"
-         echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"
+         echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
+         if test "x$ADM" = xt ; then
+             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
+             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
+                                 >> $CDIR"/summary.txt"
+         fi
          for ex in $extra_runs ; do
              unset run
              results=$EMPTY_RESULTS
+             #  reference output file
+             refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
              mkdir $rel_CDIR
              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
              run_clean $dir/tr_run.$ex
-             linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
+             linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
-                 && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`
+             && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
-             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
              fres="$fres.$ex"
              echo
-             echo "$fres" >> $SUMMARY
+             echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
              touch $CDIR"/summary.txt"
-             echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"
+             echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
+             if test "x$ADM" = xt ; then
+                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
+                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
+                                    >> $CDIR"/summary.txt"
+             fi
              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
                  run_clean $dir/tr_run.$ex
              fi
          done
-     else
-         fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
-         fres=$fres"$results   $dir"
-         echo
-         echo "$fres" >> $SUMMARY
-         touch $CDIR"/summary.txt"
-         echo "fresults='$fres'" >> $CDIR"/summary.txt"
-         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
-         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
-         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
-         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
-         grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
-                            >> $CDIR"/summary.txt"
-     fi
      #postclean $dir/$builddir
      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
-Line 1257 
 for dir in $TESTDIRS ; do
+Line 1357 
 for dir in $TESTDIRS ; do
  done
  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
- echo $start_date >> $SUMMARY
+ echo "$start_date" >> $SUMMARY
  printf "End time:    " >> $SUMMARY
  date >> $SUMMARY
-Line 1282 
 else
+Line 1382 
 else
              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
              echo "  \"$ADDRESSES\""
              echo
+             test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
+             test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
          fi
-         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
-         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
      fi
  fi
- rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
+ if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
+     rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
+ fi
  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
-     cat $SUMMARY | sed 's/  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.//'
+     cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
- #   cat $SUMMARY | sed 's/  \.//g'
      if test -e tr_out.txt ; then
          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
      fi
-     cat $SUMMARY | sed 's/  \.//g' > tr_out.txt
+     cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
  fi
  if test "x$DELDIR" = xt ; then

 Legend:



Removed from v.1.94
 


changed lines


 
Added in v.1.134
 Legend:



Removed from v.1.94
 


changed lines


 
Added in v.1.134
-Removed from v.1.94
+Added in v.1.134

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