/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.67 by jmc, Sun Feb 6 16:58:08 2005 UTC revision 1.91 by jmc, Wed Sep 5 00:07:25 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 27  usage() Line 31  usage()
31      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
32      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
39      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
# Line 36  usage() Line 42  usage()
42      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
43      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
44      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
45        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
46        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
47        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
48      echo      echo
49      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
50      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 87  testoutput_for_prop() Line 96  testoutput_for_prop()
96  {  {
97      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
98      #      #
99      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files $dir/$subdir/$OUTPUTFILE and $dir/results/output.txt
100      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
101    
102      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
103          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
104      fi      fi
105      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
106          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
107          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
108          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
109              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 103  testoutput_for_prop() Line 112  testoutput_for_prop()
112              return 99              return 99
113          fi          fi
114      else      else
115          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
116          return 99          return 99
117      fi      fi
118      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
119          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2
120      fi      fi
121      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
122      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
123      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
124          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 123  testoutput_for_prop() Line 132  testoutput_for_prop()
132          fi          fi
133          return 99          return 99
134      fi      fi
135        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
136        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
137            echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
138            return 99
139        fi
140        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
141        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
142            echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
143            return 99
144        fi
145      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
146          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
147      fi      fi
# Line 136  testoutput_for_prop() Line 155  testoutput_for_prop()
155      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
156      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
157      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
158      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
159      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
160          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
161              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 169  dashnum() Line 188  dashnum()
188    
189  testoutput_ad()  testoutput_ad()
190  {  {
191      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
192      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
193      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
194      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
195      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
196      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
197      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
198      echo "-1" >> t6.txt      echo "-1" >> t6.txt
199      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`      digits_5=`./tr_cmpnum < t5.txt`
200      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`      digits_6=`./tr_cmpnum < t6.txt`
201      dashnum $digits_5 $digits_6      dashnum $digits_5 $digits_6
202      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      rm -f t[01][56].txt t[56].txt
203  }  }
# Line 292  genmakemodel() Line 311  genmakemodel()
311                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
312              else              else
313                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
314              fi              fi
315              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
316                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 303  genmakemodel() Line 321  genmakemodel()
321              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
322                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
323              fi              fi
324                if test "x$TS" = xt ; then
325                    command="$command -ts"
326                fi
327                if test "x$PAPIS" = xt ; then
328                    command="$command -papis"
329                else
330                if test "x$PCLS" = xt ; then
331                    command="$command -pcls"
332                fi
333                fi
334              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
335              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
336              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 324  makeclean() Line 352  makeclean()
352  {  {
353      # makeclean directory      # makeclean directory
354      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
355          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
356      else      else
357          (          (
358              cd $1;              cd $1;
359              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
360              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
361                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
362                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
363                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
364                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
365                      tail make.log                      tail make.log
366                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
367                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
368                      return 1                      return 1
369                  fi                  fi
# Line 348  makeclean() Line 374  makeclean()
374      fi      fi
375  }  }
376    
377    run_clean()
378    {
379        # run_clean directory
380        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
381            echo "run_clean skipped!"
382        else
383            (
384                cd $1;
385                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
386                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
387                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
388                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
389                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
390                find . -type l -exec rm {} \;
391                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
392                rm -rf mnc_test_*
393                echo successful 1>&2
394                exit 0
395            )
396        fi
397    }
398    
399  makedependmodel()  makedependmodel()
400  {  {
401      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 450  symlink_mpifiles() Line 498  symlink_mpifiles()
498    
499  linkdata()  linkdata()
500  {  {
501      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
502      #      #
503      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
504      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
505          (          (
506              cd $2              cd $1 ; shift
507              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
508                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
509                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
510                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
511                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
512                      fi                      if test ! -r eedata ; then
513                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
514              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
515                      fi                      fi
516                  done                  else
517                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
518                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
519                    fi
520              fi              fi
521                for ldir in $* ; do
522                    if test -d "../"$ldir ; then
523                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
524                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
525                        for i in $files ; do
526                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
527                                if test ! -r $i  ; then
528                                    printf ' '$i 1>&2
529                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
530                                fi
531                            fi
532                        done
533                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
534                            "../"$ldir"/"prepare_run
535                        fi
536                        printf ' ; ' 1>&2
537                    fi
538                done
539          )          )
540      fi      fi
541  }  }
# Line 489  runmodel() Line 548  runmodel()
548      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
549      (      (
550          cd $1          cd $1
551          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
552          # make output.txt          # make output.txt
553          echo          echo
554          rm -f run.log          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
555          # echo "COMMAND='$COMMAND'"              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
556          # echo "pwd='"`pwd`"'"              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
557          ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1          fi
558          RETVAL=$?          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
559          if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  rm -f run.log ; touch run.log
560                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
561                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
562                    RETVAL=8
563                    ENDVAL=-1
564            else
565                if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
566                    rm -f run.log ; touch run.log
567                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
568                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
569                    RETVAL=$?
570                else
571                    RETVAL=0
572                    if test -f run.log ; then
573                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
574                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
575                    else
576                        touch run.log
577                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
578                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
579                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
580                    fi
581                fi
582                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
583            fi
584            rm -f run.log_00
585            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
586            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
587              tail run.log              tail run.log
588              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
589              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
590              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
591              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
592              return 0              return 0
593          else          else
594              tail run.log              tail run.log
595              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
596              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
597              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
598              return 1              return 1
# Line 523  createcodelet() Line 605  createcodelet()
605      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
606    
607      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
608      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
609  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
610  #include <math.h>  #include <math.h>
611  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
612    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
613    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
614    best = -22;    best = -22;
615    lncnt = 0;    lncnt = 0;
# Line 536  int main( int argc, char** argv )  { Line 618  int main( int argc, char** argv )  {
618      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
619      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
620      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
621      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
622        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
623        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
624        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
625        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
626      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
627          else { cmplin = -22 ; }
628       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
629          }
630       else {
631       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
632          break; }
633    }    }
634    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
635      if (linnum != -1) best=-99;
636    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
637    return 0;    return 0;
638  }  }
639  EOF  EOF
640      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
641    
642      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
643          echo "OK"          echo "OK"
644          return 0          return 0
645      else      else
# Line 584  formatresults() Line 673  formatresults()
673            
674  }  }
675    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
676  scandirs()  scandirs()
677  {  {
678      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
679          for arg in * ; do          for arg in * ; do
680              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
681          done          done
682      else      else
683          echo $*          echo $*
684      fi      fi
685  }  }
686    
# Line 636  QUICK=f Line 706  QUICK=f
706  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
707  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
708  NODEPEND=f  NODEPEND=f
709    POSTCLEAN=f
710    
711  BASH=  BASH=
712  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
713  ADDRESSES=  ADDRESSES=
714  TESTDIRS=  TESTDIRS=
715    SKIPDIRS=
716  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
717  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
718  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
# Line 653  if test "x$CC" = x ; then Line 725  if test "x$CC" = x ; then
725  fi  fi
726  JOBS=  JOBS=
727  MPI=f  MPI=f
728    MULTI_THREAD=f
729    OUTDIR=
730  DELDIR=  DELDIR=
731    
732  ADM=  ADM=
# Line 694  for ac_option ; do Line 768  for ac_option ; do
768          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
769              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
770    
771            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
772                ac_prev=SKIPDIRS ;;
773            -skipdir=* | --skipdir=*)
774                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
775    
776          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
777              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
778          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 709  for ac_option ; do Line 788  for ac_option ; do
788          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
789              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
790    
791            -odir | --odir)
792                ac_prev=OUTDIR ;;
793            -odir=* | --odir=*)
794                OUTDIR=$ac_optarg ;;
795    
796          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
797              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
798          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
# Line 718  for ac_option ; do Line 802  for ac_option ; do
802          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
803    
804          -clean | --clean)          -clean | --clean)
805              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
806    
807          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
808              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 729  for ac_option ; do Line 813  for ac_option ; do
813          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
814              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
815    
816            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
817                POSTCLEAN=t ;;
818    
819          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
820    
821            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
822    
823          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
824    
825          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 742  for ac_option ; do Line 831  for ac_option ; do
831    
832          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
833    
834            -ts) TS=t;;
835    
836            -papis) PAPIS=t;;
837    
838            -pcls) PCL=t;;
839    
840          -*)          -*)
841              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
842              usage              usage
# Line 763  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 858  if test "x$QUICK" = xt ; then
858  fi  fi
859    
860  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
861      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
862            LIST=`scandirs results_ad`
863        else
864            LIST=`scandirs results`
865        fi
866    else
867        #- expand group of experiments:
868        LIST=" "
869        for xx in $TESTDIRS
870        do
871          case $xx in
872            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
873                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
874                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
875                    ;;
876            'tutorials')
877                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
878            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
879          esac
880        done
881  fi  fi
882    #echo 'LIST='${LIST}'<'
883    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
884    TESTDIRS=" "
885    count=0
886    for xx in $LIST
887    do
888        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
889        if test $yy = 0 ; then
890            if test -d $xx ; then
891                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
892                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
893            else count=1 ;
894                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
895            fi
896        else
897            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
898            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
899            fi
900        fi
901    done
902    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
903    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
904    
905  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
906      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
907  fi  fi
908    
909  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
910      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
911        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
912    else
913        EXECUTABLE="mitgcmuv"
914        OUTPUTFILE="output.txt"
915  fi  fi
916    
917  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
918      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
919    fi
920    if test "x$MPI" = xt ; then
921        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
922  fi  fi
923    
924  echo "OK"  #echo "OK"
925    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
926    
927  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
928  createcodelet  createcodelet
# Line 795  MACH=`hostname` Line 939  MACH=`hostname`
939  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
940  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
941  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
942    if test "x$OUTDIR" != x ; then
943        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
944    fi
945  DNUM=0  DNUM=0
946  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
947  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 879  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1026  for dir in $TESTDIRS ; do
1026      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1027      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1028          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
1029                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1030              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
1031          fi          fi
1032          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
1033              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
1034                run_clean $dir/run
1035          fi          fi
1036          (          (
1037              cd $dir              cd $dir
# Line 897  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1046  for dir in $TESTDIRS ; do
1046      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1047          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
1048      else      else
1049          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
1050      fi      fi
1051      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1052          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
# Line 909  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1058  for dir in $TESTDIRS ; do
1058    
1059      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
1060    
1061      builddir="input"      builddir="build"
1062      rundir="input"      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1063      use_seperate_build=0      rundir="run"
1064      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then     #rundir=$builddir
1065          builddir="build"      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1066          rundir="build"          rundir=$builddir
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1067      fi      fi
1068            
     #  Check whether there are "extra runs" for this testdir  
     extra_runs=  
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
     fi  
   
1069      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1070          code_dir=code          code_dir=code
1071          CODE_DIR=$dir/code          CODE_DIR=$dir/code
1072            input_dirs='input'
1073      else      else
1074          code_dir=code_ad          code_dir=code_ad
1075          CODE_DIR=$dir/code_ad          CODE_DIR=$dir/code_ad
1076            input_dirs='input_ad input'
1077      fi      fi
1078      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
1079    
# Line 946  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1081  for dir in $TESTDIRS ; do
1081          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1082          continue          continue
1083      fi      fi
1084        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1085            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1086            continue
1087        fi
1088    
1089        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1090        extra_runs=
1091        if test "x$ADM" = x ; then
1092            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1093            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1094            for exd in $ex_run_dirs ; do
1095                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1096                outf="$dir/results/output.$name.txt"
1097                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1098                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1099                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1100                            extra_runs="$extra_runs $name"
1101                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1102                        fi
1103                    else
1104                        extra_runs="$extra_runs $name"
1105                    fi
1106                fi
1107            done
1108        fi
1109    
1110      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1111      echo      echo
1112      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1113           echo "Experiment:  $dir"
1114        else
1115           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1116        fi
1117      echo      echo
1118      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1119      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1120    
1121      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1122      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 960  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1124  for dir in $TESTDIRS ; do
1124      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1125            
1126      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1127          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1128            makeclean $dir/$builddir \
1129                && run_clean $dir/$rundir
1130      else      else
1131          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1132              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1133                && run_clean $dir/$rundir \
1134              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1135              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1136              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1137              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1138              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1139              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir "txt"`
1140      fi      fi
1141            
1142      echo      echo
# Line 984  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1151  for dir in $TESTDIRS ; do
1151          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1152    
1153          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1154                unset run
1155                results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1156                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1157                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1158                mkdir $rel_CDIR
1159                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1160              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1161              for ldir in input.$ex input ; do              run_clean $dir/tr_run.$ex
1162                  (              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
                     cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                     ls -1 2>/dev/null \  
                         | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
                 ) > tr_exrun_links  
                 (  
                     cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
                 )  
                 test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             done  
             ldir=build  
             (  
                 cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                 ls -1 Makefile *.[fFhco] mitgcmuv  2>/dev/null \  
                     | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
             ) > tr_exrun_links  
             (  
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
             )  
             test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
1163              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1164                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`
1165              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1166              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1167              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
# Line 1027  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1171  for dir in $TESTDIRS ; do
1171              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1172              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1173              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1174              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1175                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1176                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1177                fi
1178          done          done
1179      else      else
1180          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
# Line 1039  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1186  for dir in $TESTDIRS ; do
1186          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1187          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1188          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1189            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1190                               >> $CDIR"/summary.txt"
1191        fi
1192    
1193        #postclean $dir/$builddir
1194        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1195            makeclean $dir/$builddir \
1196                && run_clean $dir/$rundir
1197      fi      fi
1198            
1199      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
# Line 1077  else Line 1232  else
1232      fi      fi
1233  fi  fi
1234    
1235  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1236    
1237  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1238      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
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