/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.74 by edhill, Fri Jan 13 16:33:33 2006 UTC revision 1.83 by jmc, Wed Jul 5 22:39:57 2006 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
# Line 181  dashnum() Line 182  dashnum()
182    
183  testoutput_ad()  testoutput_ad()
184  {  {
185      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
186      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
187      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
188      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
189      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
190      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
191      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
# Line 304  genmakemodel() Line 305  genmakemodel()
305                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
306              else              else
307                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
308              fi              fi
309              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
310                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 336  makeclean() Line 336  makeclean()
336  {  {
337      # makeclean directory      # makeclean directory
338      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
339          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
340      else      else
341          (          (
342              cd $1;              cd $1;
343              if test -e output.txt ; then              #if test -e output.txt ; then rm -f output.txt ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
344              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
345                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
346                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
347                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
348                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
349                      tail make.log                      tail make.log
350                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
351                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
352                      return 1                      return 1
353                  fi                  fi
# Line 360  makeclean() Line 358  makeclean()
358      fi      fi
359  }  }
360    
361  postclean()  run_clean()
362  {  {
363      # postclean directory      # run_clean directory
364      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
365            echo "run_clean skipped!"
366        else
367          (          (
368              cd $1;              cd $1;
369              if test -r Makefile ; then              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
370                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
371              fi              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
372                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
373                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
374                find . -type l -exec rm {} \;
375                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
376                rm -rf mnc_test_*
377                echo successful 1>&2
378              exit 0              exit 0
379          )          )
380      fi      fi
# Line 476  symlink_mpifiles() Line 482  symlink_mpifiles()
482    
483  linkdata()  linkdata()
484  {  {
485      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
486      #      #
487      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
488      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
489          (          (
490              cd $2              cd $1 ; shift
491              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
492                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
493                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
494                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
495                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
496                      fi                      if test ! -r eedata ; then
497                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
498              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
499                      fi                      fi
500                  done                  else
501                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
502                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
503                    fi
504              fi              fi
505                for ldir in $* ; do
506                    if test -d "../"$ldir ; then
507                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
508                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
509                        for i in $files ; do
510                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
511                                if test ! -r $i  ; then
512                                    printf ' '$i 1>&2
513                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
514                                fi
515                            fi
516                        done
517                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
518                            "../"$ldir"/"prepare_run
519                        fi
520                        printf ' ; ' 1>&2
521                    fi
522                done
523          )          )
524      fi      fi
525  }  }
# Line 515  runmodel() Line 532  runmodel()
532      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
533      (      (
534          cd $1          cd $1
535          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
536          # make output.txt          # make output.txt
537          echo          echo
538          rm -f run.log          rm -f run.log
539            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
540                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log
541                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
542            else
543                touch run.log
544            fi
545            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
546                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
547                    RETVAL=8
548            else
549                if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
550                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
551                    RETVAL=$?
552                else
553                    echo " $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
554                    RETVAL=0
555                fi
556            fi
557          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          # echo "COMMAND='$COMMAND'"
558          # echo "pwd='"`pwd`"'"          # echo "pwd='"`pwd`"'"
         ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1  
         RETVAL=$?  
559          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
560              tail run.log              tail run.log
561              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
# Line 530  runmodel() Line 563  runmodel()
563              # if test "x$ADM" = x ; then              # if test "x$ADM" = x ; then
564              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
565              # else              # else
566              #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"              #   cp output_adm.txt $CDIR"/output_adm.txt"
567              # fi              # fi
568              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
569              return 0              return 0
# Line 631  EOF Line 664  EOF
664    
665  scandirs()  scandirs()
666  {  {
667      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
668          for arg in * ; do          for arg in * ; do
669              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
670          done          done
671      else      else
672          echo $*          echo $*
673      fi      fi
674  }  }
675    
# Line 680  if test "x$CC" = x ; then Line 713  if test "x$CC" = x ; then
713  fi  fi
714  JOBS=  JOBS=
715  MPI=f  MPI=f
716    MULTI_THREAD=f
717  OUTDIR=  OUTDIR=
718  DELDIR=  DELDIR=
719    
# Line 767  for ac_option ; do Line 801  for ac_option ; do
801    
802          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
803    
804            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
805    
806          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
807    
808          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 799  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 835  if test "x$QUICK" = xt ; then
835  fi  fi
836    
837  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
838      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
839            TESTDIRS=`scandirs results_ad`
840        else
841            TESTDIRS=`scandirs results`
842        fi
843  fi  fi
844    
845  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
846      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
847  fi  fi
848    
849    if test "x$ADM" = xt ; then
850        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
851        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
852    else
853        EXECUTABLE="mitgcmuv"
854        OUTPUTFILE="output.txt"
855    fi
856    
857  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
858      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
859  fi  fi
860    
861  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
862      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
863  fi  fi
864    
865  echo "OK"  #echo "OK"
866    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
867    
868  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
869  createcodelet  createcodelet
# Line 918  for dir in $TESTDIRS ; do Line 967  for dir in $TESTDIRS ; do
967      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
968      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
969          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
970                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
971              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
972          fi          fi
973          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
974              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
975                run_clean $dir/run
976          fi          fi
977          (          (
978              cd $dir              cd $dir
# Line 936  for dir in $TESTDIRS ; do Line 987  for dir in $TESTDIRS ; do
987      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
988          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
989      else      else
990          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
991      fi      fi
992      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
993          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
# Line 948  for dir in $TESTDIRS ; do Line 999  for dir in $TESTDIRS ; do
999    
1000      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
1001    
1002      builddir="input"      builddir="build"
1003      rundir="input"      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1004      use_seperate_build=0      rundir="run"
1005      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then     #rundir=$builddir
1006          builddir="build"      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1007          rundir="build"          rundir=$builddir
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1008      fi      fi
1009            
     #  Check whether there are "extra runs" for this testdir  
     extra_runs=  
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
     fi  
   
1010      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1011          code_dir=code          code_dir=code
1012          CODE_DIR=$dir/code          CODE_DIR=$dir/code
1013            input_dirs='input'
1014      else      else
1015          code_dir=code_ad          code_dir=code_ad
1016          CODE_DIR=$dir/code_ad          CODE_DIR=$dir/code_ad
1017            input_dirs='input_ad input'
1018      fi      fi
1019      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
1020    
# Line 985  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1022  for dir in $TESTDIRS ; do
1022          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1023          continue          continue
1024      fi      fi
1025        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1026            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1027            continue
1028        fi
1029    
1030        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1031        extra_runs=
1032        if test "x$ADM" = x ; then
1033            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1034            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1035            for exd in $ex_run_dirs ; do
1036                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1037                outf="$dir/results/output.txt.$name"
1038                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1039                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1040                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1041                            extra_runs="$extra_runs $name"
1042                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1043                        fi
1044                    else
1045                        extra_runs="$extra_runs $name"
1046                    fi
1047                fi
1048            done
1049        fi
1050    
1051      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1052      echo      echo
1053      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1054           echo "Experiment:  $dir"
1055        else
1056           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1057        fi
1058      echo      echo
1059      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1060      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
# Line 999  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1065  for dir in $TESTDIRS ; do
1065      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1066            
1067      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1068          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1069            makeclean $dir/$builddir \
1070                && run_clean $dir/$rundir
1071      else      else
1072          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1073              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1074                && run_clean $dir/$rundir \
1075              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1076              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1077              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1078              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1079              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1080              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
1081      fi      fi
# Line 1030  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1099  for dir in $TESTDIRS ; do
1099              mkdir $rel_CDIR              mkdir $rel_CDIR
1100              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1101              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1102              for ldir in input.$ex input ; do              run_clean $dir/tr_run.$ex
1103                  (              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
                     cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                     ls -1 2>/dev/null \  
                         | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
                 ) > tr_exrun_links  
                 (  
                     cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
                 )  
                 test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             done  
             ldir=build  
             (  
                 cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                 ls -1 2>/dev/null  
             ) > tr_exrun_tmp  
             echo "Makefile" > tr_exrun_links  
             echo "mitgcmuv" >> tr_exrun_links  
             cat tr_exrun_tmp | grep '\.[fFhco]$' >> tr_exrun_links  
             (  
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
             )  
             test -e tr_exrun_tmp  &&  rm -f tr_exrun_tmp  
             test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
1104              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1105                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1106              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
# Line 1076  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1113  for dir in $TESTDIRS ; do
1113              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1114              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1115              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1116                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1117                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1118                fi
1119          done          done
1120      else      else
1121          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
# Line 1087  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1127  for dir in $TESTDIRS ; do
1127          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1128          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1129          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1130            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1131                               >> $CDIR"/summary.txt"
1132      fi      fi
1133    
1134      postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1135        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1136            makeclean $dir/$builddir \
1137                && run_clean $dir/$rundir
1138        fi
1139            
1140      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1141            
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