/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.7 by edhill, Wed Sep 10 04:02:39 2003 UTC revision 1.58 by edhill, Fri Dec 10 17:36:43 2004 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 11  usage() Line 12  usage()
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15        echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16        echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
20      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"
21      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"
22      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
23      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
24      echo "  (-c|-command)STRING      command to run"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
25        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
26        echo "  (-command) STRING        command to run"
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28        echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29        echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
31        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
32        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
33        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
34        echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
35        echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
36        echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
37        echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
38        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
39      echo      echo
40      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
41      echo "such as:"      echo "such as:"
42        echo
43      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
44      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
45      echo      echo
46        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
47        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
48        echo
49      exit 1      exit 1
50  }  }
51    
52  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
53  build_mpack()  build_mpack()
54  {  {
55      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
56      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
57          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
58                echo
59              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
60              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
61              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
62              exit 1              echo
63                HAVE_MPACK=f
64          fi          fi
65          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
66          ( cd $MPACKDIR && ./configure && make ) > build_mpack.out 2>&1          if test "x$CC" = x ; then
67                export CC=cc
68            fi
69            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
70          RETVAL=$?          RETVAL=$?
71          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
72              echo              echo
73              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
74              exit 1              echo
75                HAVE_MPACK=f
76            else
77                rm -f tr_build_mpack.out
78                HAVE_MPACK=t
79          fi          fi
80        else
81            HAVE_MPACK=t
82      fi      fi
83      echo "OK"      echo "OK"
84  }  }
85    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
86  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
87  {  {
88      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
89      #      #
90      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
91      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 72  testoutput_for_prop() Line 94  testoutput_for_prop()
94          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2
95      fi      fi
96      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
97          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
98          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
99          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncnt -lt 3 ]; then
100              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 85  testoutput_for_prop() Line 107  testoutput_for_prop()
107          return 99          return 99
108      fi      fi
109      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
110          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
111      fi      fi
112      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
113      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
114      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncnt -lt 3 ]; then
115          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 102  testoutput_for_prop() Line 124  testoutput_for_prop()
124      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
125          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
126      fi      fi
127      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
128      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
129        fi
130        echo "-1" >> tmp3.txt
131        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
132        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
133        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
134      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
135          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
136              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 114  testoutput_for_prop() Line 141  testoutput_for_prop()
141              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
142          fi          fi
143      fi      fi
144      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
145            
146      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
147  }  }
# Line 134  dashnum() Line 161  dashnum()
161      done      done
162  }  }
163    
164    testoutput_ad()
165    {
166        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
167        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
168        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
169        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
170        join t05.txt t15.txt > t5.txt
171        join t06.txt t16.txt > t6.txt
172        echo "-1" >> t5.txt
173        echo "-1" >> t6.txt
174        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
175        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
176        dashnum $digits_5 $digits_6
177        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
178    }
179    
180    check_for_add_mon_output()
181    {
182        # Check for additional types of monitor output
183        if test "x$1" = x ; then
184            return
185        fi
186    
187        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
188            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
189        done
190    
191        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
192        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
193        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
194            for jj in $ptr_add ; do
195                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
196                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
197                if test ! "x$tst" = x0 ; then
198                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
199                fi
200            done
201            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
202        done
203    }
204    
205  testoutput()  testoutput()
206  {  {
207      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
208      #      #
209      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
210        if test "x$ADM" = x ; then
211            if [ $debug -gt 0 ]; then
212                echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
213            fi
214            testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
215            if [ $debug -gt 0 ]; then
216                echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
217            fi
218            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
219            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
220            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
221            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
222            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
223            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
224            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
225            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
226            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
227            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
228            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
229            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
230            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
231            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
232            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
233            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
234    
235            #  This is for PTRACERS
236            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
237                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
238                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
239                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
240                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
241                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
242                #echo 'tst = '$tst
243                if test "x$tst" = xt ; then
244                    a="trcstat_ptracer0"
245                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
246                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
247                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
248                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
249                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
250                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
251                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
252                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
253                fi
254            done
255    
256      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
257          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
258      fi          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
259      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
260      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
261          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
262            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
263    
264            eval "dashnum $allargs"
265    
266        else
267            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
268      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
269  }  }
270    
271  genmakemodel()  genmakemodel()
272  {  {
273      # genmakemodel directory      # genmakemodel directory
274      GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
275      (          echo "genmake skipped!"
276          cd $1;      else
277          printf 'genmake ... ' 1>&2          if test "x$BASH" = x ; then
278          # ../../../tools/genmake -ieee -mods=../code > make.log 2>&1              GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
         $GENMAKE2  -ds --mods=../code "--optfile="$OPTFILE > make.log 2>&1  
         RETVAL=$?  
         for i in gm_state gm_optfile gm_local Makefile ; do  
             if test -r $i ; then  
                 cp $i $CDIR  
             fi  
         done  
         if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
             tail make.log  
             echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2  
             cp make.log $CDIR  
             return 1  
279          else          else
280              echo "succesful" 1>&2              GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
281          fi          fi
282      )          (
283                cd $1;
284                command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
285                if test "x$ADM" = x ; then
286                    command="$command --mods=../code"
287                else
288                    command="$command --mods=../code_ad"
289                    command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"
290                fi
291                if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
292                    command="$command --optfile=$OPTFILE"
293                fi
294                if test "x$IEEE" != x ; then
295                    command="$command -ieee"
296                fi
297                printf 'genmake ... ' 1>&2
298                $command > make.log 2>&1
299                RETVAL=$?
300                #  Reduce the size of the testing emails!
301                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
302                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
303                    tail make.log
304                    echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
305                    cp genmake_* make.log $CDIR
306                    return 1
307                else
308                    echo "successful" 1>&2
309                fi
310            )
311        fi
312  }  }
313    
314  makeclean()  makeclean()
315  {  {
316      # makeclean directory      # makeclean directory
317      (      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
318          cd $1;          echo "make CLEAN skipped!"
319          if test -e output.txt ; then      else
320              rm -f output.txt          (
321          fi              cd $1;
322          printf 'make CLEAN ... ' 2>&1              if test -e output.txt ; then
323          if test -r Makefile ; then                  rm -f output.txt
             make CLEAN >> make.log 2>&1  
             RETVAL=$?  
             if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                 tail make.log  
                 echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2  
                 cp make.log $CDIR"/make.log"  
                 return 1  
324              fi              fi
325          fi              printf 'make CLEAN ... ' 2>&1
326          echo succesful 1>&2              if test -r Makefile ; then
327          exit 0                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1
328      )                  RETVAL=$?
329                    if test "x$RETVAL" != x0 ; then
330                        tail make.log
331                        echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2
332                        cp make.log $CDIR"/make.log"
333                        return 1
334                    fi
335                fi
336                echo successful 1>&2
337                exit 0
338            )
339        fi
340  }  }
341    
342  makedependmodel()  makedependmodel()
343  {  {
344      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
345      (      if test "x$NODEPEND" = xt ; then
346          cd $1;          echo "make depend skipped!"
347          printf 'make depend ... ' 1>&2      else
348          make depend >> make.log 2>&1          (
349          RETVAL=$?              cd $1;
350          if test "x$RETVAL" != x0 ; then              printf 'make depend ... ' 1>&2
351              tail make.log              $MAKE depend >> make.log 2>&1
352              echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2              RETVAL=$?
353              cp make.log $CDIR"/make.log"              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
354              return 1                  tail make.log
355          else                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2
356              echo succesful 1>&2                  cp make.log $CDIR"/make.log"
357          fi                  return 1
358      )              else
359                    echo successful 1>&2
360                fi
361            )
362        fi
363  }  }
364    
365  makemodel()  makemodel()
# Line 245  makemodel() Line 369  makemodel()
369          cd $1;          cd $1;
370          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
371              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
372              make >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
373                    if test "x$JOBS" = x ; then
374                        $MAKE >> make.log 2>&1
375                    else
376                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
377                    fi
378                else
379                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
380                fi
381              RETVAL=$?              RETVAL=$?
382              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
383                  tail make.log                  tail make.log
# Line 253  makemodel() Line 385  makemodel()
385                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
386                  return 1                  return 1
387              else              else
388                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
389              fi              fi
390          fi          fi
391      )      )
392  }  }
393    
394    symlink_mpifiles()
395    {
396        # Put special links so that MPI specific files are used
397        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
398        # the Makefile will link to non-mpi files by default
399    
400        dir=$1
401        code_dir=$2
402        BUILD_DIR=$dir/$3
403        CODE_DIR=$dir/$code_dir
404        
405        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
406        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
407    
408        #  Is this an MPI run?
409        if test "x$MPI" = xt ; then
410            # YES: We symbolically link these files to the build
411            # dir so long as there is no real file in place
412            for ii in $MPI_FILES ; do
413                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
414                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
415                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
416                RETVAL=$?
417                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
418                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
419                        #echo Linking $name to $i
420                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
421                    fi
422                fi
423            done
424        else
425            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
426            for ii in $MPI_FILES ; do
427                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
428                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
429                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
430                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
431                    RETVAL=$?
432                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
433                        #echo Un-linking $name from $linktarg
434                        rm -f $BUILD_DIR/$name
435                    fi
436                fi
437            done
438        fi
439        
440    }
441    
442  linkdata()  linkdata()
443  {  {
444      # linkdata flag      # linkdata flag
445      #      #
446      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
447      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test "x$1" = x1 ; then
448          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
449                cd $2
450                if test "x$ADM" = x ; then
451                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
452                    for i in $files ; do
453                        if test ! -d "../input/"$i ; then
454                            ln -sf "../input/"$i $i
455                        fi
456                    done
457                else
458                    files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`
459                    for i in $files ; do
460                        if test ! -d "../input/"$i ; then
461                            ln -sf "../input/"$i $i
462                        fi
463                    done
464                    files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
465                    for i in $files ; do
466                        if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
467                            ln -sf "../input_ad/"$i $i
468                        fi
469                    done
470                fi
471            )
472      fi      fi
473  }  }
474    
# Line 273  runmodel() Line 476  runmodel()
476  {  {
477      # runmodel directory      # runmodel directory
478      #      #
479      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
480      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
481      (      (
482          cd $1          cd $1
483          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel ... ' 1>&2
484          # make output.txt          # make output.txt
485          $COMMAND          echo
486            rm -f run.log
487            # echo "COMMAND='$COMMAND'"
488            # echo "pwd='"`pwd`"'"
489            ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
490          RETVAL=$?          RETVAL=$?
491          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
492              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              tail run.log
493                echo successful 1>&2
494                # === Reduce the size of the testing emails!
495                # if test "x$ADM" = x ; then
496                #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
497                # else
498                #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"
499                # fi
500                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
501              return 0              return 0
502          else          else
503                tail run.log
504                echo failed 1>&2
505                cp run.log $CDIR"/run.log"
506                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
507              return 1              return 1
508          fi          fi
509      )      )
# Line 294  createcodelet() Line 513  createcodelet()
513  {  {
514      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
515    
516      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
517      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
518        program cmpnum  #include <stdio.h>
519        implicit none  #include <math.h>
520        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
521        integer linnum,best    int linnum,best,lncnt;
522        best=-16    double a,b,abave,relerr;
523    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
524        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
525  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
526        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
527          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
528          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
529  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
530            linnum=int(log10(diff))      if (abave > 0.0) {
531            best=max(best,linnum)        relerr=fabs(a-b)/abave;
532          endif        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)log10(relerr); }
533        else        else { linnum = -16 ; }
534          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22        best = (best > linnum) ? best : linnum;
535        endif      }
536        goto 99    }
537    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'    if (lncnt == 999) best=-29;
538    70  print *,-best    printf("%d\n", -best);
539        end    return 0;
540  EOFA  }
541    EOF
542        $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
543    
544      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
545          echo "OK"          echo "OK"
546          return 0          return 0
547      else      else
548          echo          echo
549          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
550            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
551          exit 1          exit 1
552      fi      fi
553  }  }
# Line 358  show_help() Line 579  show_help()
579  {  {
580      cat - << EOF      cat - << EOF
581  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]
582   -help      Show this help message  
583   -quick     Skip "genmake" and "make depend" if the Makefile exists   -help|-h      Show this help message
584   -quiet     Reduce the amount of output   -quiet     Reduce the amount of output
585   -verbose   Produce copious amounts of output   -verbose   Produce copious amounts of output
586   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most
587   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.
588   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
589   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files
590              and then exits. Use with care.              and then exits. Use with care.
591    
# Line 387  scandirs() Line 607  scandirs()
607    
608    
609  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
610    
611    
612  #  Default properties  #  Default properties
# Line 397  verbose=1 Line 615  verbose=1
615  clean=0  clean=0
616  expts=''  expts=''
617  # ieee=1  # ieee=1
618  # quick=0  
619    IEEE=true
620    if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
621        IEEE=$MITGCM_IEEE
622    fi
623    
624    
625    CLEANUP=f
626    QUICK=f
627    NOGENMAKE=f
628    NOCLEAN=f
629    NODEPEND=f
630    
631  BASH=  BASH=
632  OPTFILES=  OPTFILE=NONE
633  ADDRESSES=edhill@mitgcm.org  ADDRESSES=
634  TESTDIRS=  TESTDIRS=
635  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
636    HAVE_MPACK=
637  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
638  COMMAND="make output.txt"  COMMAND=
639    MAKE=make
640    JOBS=
641  MPI=f  MPI=f
642    DELDIR=
643    
644  echo -n "parsing options...  "  ADM=
645    
646    # Additional monitor types
647    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
648    
649    printf "parsing options...  "
650    
651  ac_prev=  ac_prev=
652  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 428  for ac_option ; do Line 666  for ac_option ; do
666              usage ;;              usage ;;
667                    
668          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile | --optfile | -of | --of)
669              ac_prev=OPTFILES ;;              ac_prev=OPTFILE ;;
670          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)
671              OPTFILES=$ac_optarg ;;              OPTFILE=$ac_optarg ;;
672                    
673          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
674              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
# Line 452  for ac_option ; do Line 690  for ac_option ; do
690          -command=* | --command=*)          -command=* | --command=*)
691              COMMAND=$ac_optarg ;;              COMMAND=$ac_optarg ;;
692    
693            -make | --make | -m | --m)
694                ac_prev=MAKE ;;
695            -make=* | --make=*)
696                MAKE=$ac_optarg ;;
697    
698            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
699                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
700            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
701                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
702    
703            -j) ac_prev=JOBS ;;
704            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
705    
706            -clean | --clean)
707                CLEANUP=t ;;
708    
709            -quick | --quick | -q | --q)
710                QUICK=t ;;
711            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
712                NOGENMAKE=t ;;
713            -noclean | --noclean | -nc | --nc)
714                NOCLEAN=t ;;
715            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
716                NODEPEND=t ;;
717    
718          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
719    
720            -adm | -ad) ADM=t ;;
721    
722            -ieee) IEEE=true ;;
723            -noieee) IEEE= ;;
724    
725          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
726          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
         -clean) clean=1 ;;  
727          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
728    
729            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
730    
731          -*)          -*)
732              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
733              usage              usage
# Line 472  for ac_option ; do Line 742  for ac_option ; do
742            
743  done  done
744    
745    if test "x$QUICK" = xt ; then
746        NOGENMAKE=t
747        NOCLEAN=t
748        NODEPEND=t
749    fi
750    
751  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
752      TESTDIRS=`scandirs`      TESTDIRS=`scandirs`
753  fi  fi
754    
755    if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
756        OPTFILE=$MITGCM_OF
757    fi
758    
759    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
760        COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"
761    fi
762    
763    if test "x$COMMAND" = x ; then
764        COMMAND="$MAKE output.txt"
765    fi
766    
767  echo "OK"  echo "OK"
768    
769  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
770  createcodelet  createcodelet
771    
772  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
773  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
774        echo "skipping mpack build"
775    else
776        build_mpack
777    fi
778    
779  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
780  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
781  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
782  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
783  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
784  DNUM=0  DNUM=0
785  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
786  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 498  done Line 790  done
790  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
791  RETVAL=$?  RETVAL=$?
792  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
793      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
794      exit 1      exit 1
795  fi  fi
796  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
797  date > $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
798  cat << EOF >> $SUMMARY  start_date=`date`
799                  T           S           U           V  echo $start_date > $SUMMARY
800  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
801  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  of_path=
802  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
803  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      if test -r $OPTFILE ; then
804            # get the path
805            path=${OPTFILE%/*}
806            if test "x$path" = x ; then
807                of_path=`pwd`
808            else
809                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
810            fi
811            file=${OPTFILE##*/}
812            OPTFILE=$of_path/$file
813            cp $OPTFILE $DRESULTS
814            echo >> $SUMMARY
815            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
816        else
817            echo | tee $SUMMARY
818            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
819            exit 1
820        fi
821    else
822        echo >> $SUMMARY
823        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
824        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
825    fi
826    echo
827    echo >> $SUMMARY
828    if test "x$ADM" = x ; then
829        line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
830        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
831        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
832        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
833        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
834        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
835            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
836            #  if test "x$tst" = xt ; then
837            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
838            line_1="$line_1        m  s"
839            line_2="$line_2  m  m  e  ."
840            line_3="$line_3  i  a  a  d"
841            line_4="$line_4  n  x  n  ."
842            #  fi
843        done
844        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
845        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
846        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
847        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
848        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
849        echo " "       | tee -a $SUMMARY
850    else
851        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
852        echo >> $SUMMARY
853        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
854    G D M    C  G
855    E p a R  o  r
856    N n k u  s  a
857    2 d e n  t  d
858    
859  EOF  EOF
860    fi
861    
862  NDIR=0  #  ...and each test directory...
863    for dir in $TESTDIRS ; do
864        
865        #  Cleanup only!
866        if test "x$CLEANUP" = xt ; then
867            if test -r $dir/build/Makefile ; then
868                ( cd $dir/build ; make CLEAN )
869            fi
870            if test -r $dir/input/Makefile ; then
871                ( cd $dir/input ; make CLEAN )
872            fi
873            continue
874        fi
875    
876        #  Verify that the testdir exists and contains previous
877        #  results in the correct location--or skip this directory!
878        fout=
879        if test "x$ADM" = x ; then
880            fout=$dir"/results/output.txt"
881        else
882            fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"
883        fi
884        if test ! -r $fout ; then
885            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
886            continue
887        fi
888        if test "x$ADM" = x ; then
889            check_for_add_mon_output  $fout
890        fi
891    
892  #  For each optfile...      # Check for additional types of monitor output
 for OPTFILE in $OPTFILES ; do  
893    
894      OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"      builddir="input"
895      if test ! -r $OPTFILE ; then      rundir="input"
896          echo "Error: can't read optfile \"$OPTFILE\""      use_seperate_build=0
897          exit 1      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then
898            builddir="build"
899            rundir="build"
900            use_seperate_build=1
901            linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
902      fi      fi
     echo  
     echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
903            
904      #  ...and each test directory...      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
905      for dir in $TESTDIRS ; do      extra_runs=
906        if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then
907          #  Verify that the testdir exists and contains previous          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
908          #  results in the correct location--or skip this directory!          echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
909          if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then          for exd in $ex_run_dirs ; do
910              echo | tee -a $SUMMARY              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
911              echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir" \              outf="$dir/results/output.txt.$name"
912                  | tee -a $SUMMARY              if test -f $outf -a -r $outf ; then
913              continue                  extra_runs="$extra_runs $name"
         fi  
   
         #  Is this an MPI run?  
         if test "x$MPI" = xt ; then  
             if test ! -r $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h_mpi" -o ! -r $dir"/code/SIZE.h_mpi" ; then  
                 echo | tee -a $SUMMARY  
                 echo "can't read \"$dir/code/CPP_EEOPTIONS.h_mpi\" or \"$dir/code/SIZE.h_mpi\"" \  
                     | tee -a $SUMMARY  
                 continue  
             else  
                 cp $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h_mpi" $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h"  
                 cp $dir"/code/SIZE.h_mpi" $dir"/code/SIZE.h"  
914              fi              fi
915          else          done
916              if test -r $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h_nompi" ; then      fi
                 cp $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h_nompi" $dir"/code/CPP_EEOPTIONS.h"  
             fi  
             if test -r $dir"/code/SIZE.h_nompi" ; then  
                 cp $dir"/code/SIZE.h_nompi" $dir"/code/SIZE.h"  
             fi  
         fi  
917    
918          #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      if test "x$ADM" = x ; then
919          CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR          code_dir=code
920          mkdir $CDIR          CODE_DIR=$dir/code
921          CDIR=`pwd`"/$CDIR"      else
922            code_dir=code_ad
923            CODE_DIR=$dir/code_ad
924        fi
925        BUILD_DIR=$dir/$builddir
926    
927          #  ...configue, make, run, and compare the output.      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
928          echo "-------------------------------------------------------------------------------"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
929          echo          continue
930          echo "Experiment:  $dir"      fi
         echo  
         unset genmake makedepend make run  
         results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
         ( cd $dir/input; rm -f *.{o,f,c,F} *.[f,F]90 work* output.txt Make* make.log; )  
         if [ -r $dir/build ]; then  
             seperatebuilddir=1  
             builddir=build  
             rundir=build  
             ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )  
         else  
             seperatebuilddir=0  
             builddir=input  
             rundir=input  
         fi  
931    
932        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
933        echo
934        echo "Experiment:  $dir"
935        echo
936        unset genmake makedepend make run
937        results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
938    
939        #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
940        rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
941        mkdir $rel_CDIR
942        CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
943        
944        if test "x$CLEANUP" = xt ; then
945            makeclean $dir/$builddir
946        else
947          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
948              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
949                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
950              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
951              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
952              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \
953              && runmodel $dir/$builddir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
954              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
955        fi
956        
957        echo
958        if test "x$ADM" = x ; then
959            fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
960          echo          echo
961          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
962              ${run:-N} $results          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
         echo  
         formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
             ${run:-N} $results >> $SUMMARY  
         echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"  
         formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
             ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"  
963          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
964          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
965          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
966          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
967    
968          (          for ex in $extra_runs ; do
969              cd $DRESULTS              test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"
970              tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1              mkdir "$dir/tr_run.$ex"
971              gzip $NDIR".tar"              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`
972          )              (
973                    cd "$dir/tr_run.$ex"
974                    for i in $links; do
975                        ln -s ../input/$i $i
976                    done
977                )
978                links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`
979                (
980                    cd "$dir/tr_run.$ex"
981                    for i in $links; do
982                        test -e $i  &&  rm -f $i
983                        ln -s ../input.$ex/$i $i
984                    done
985                    ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv
986                )
987                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
988                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
989                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
990                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
991                fres="$fres.$ex"
992                echo
993                echo "$fres" >> $SUMMARY
994                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
995                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
996                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
997                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
998                echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
999            done
1000        else
1001            fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1002            fres=$fres"$results   $dir"
1003            echo
1004            echo "$fres" >> $SUMMARY
1005            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1006            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1007            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1008            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1009            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1010        fi
1011        
1012        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1013        
1014    done
1015    
1016          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1017    echo $start_date >> $SUMMARY
1018    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1019    date >> $SUMMARY
1020    
1021    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1022    #  to send email using mpack.
1023    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1024        echo "No results email was sent."
1025    else
1026        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1027            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1028                && gzip $DRESULTS".tar" \
1029                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1030          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1031          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1032              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1033                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1034                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1035                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1036                echo
1037          else          else
1038              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1039                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1040                echo "  \"$ADDRESSES\""
1041                echo
1042          fi          fi
1043            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1044            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1045        fi
1046    fi
1047    
1048          NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
1049            rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
     done  
 done  
1050    
1051  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1052        cat $SUMMARY
1053        if test -e tr_out.txt ; then
1054            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1055        fi
1056        cat $SUMMARY > tr_out.txt
1057    fi
1058    
1059  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1060        rm -rf $DRESULTS
1061    fi
1062    
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