/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.68 by edhill, Tue Jun 7 22:21:47 2005 UTC revision 1.134 by jmc, Sun Jan 17 21:52:01 2010 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19        echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
30      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command) STRING        command to run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
41      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
47      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
48      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
49      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
50      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
51      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
52        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
53        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
54        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
55      echo      echo
56      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
57      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 53  usage() Line 69  usage()
69  build_mpack()  build_mpack()
70  {  {
71      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
72      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
73        if test ! -x $MPACK ; then
74          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
75              echo              echo
76              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 62  build_mpack() Line 79  build_mpack()
79              echo              echo
80              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
81          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
82          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
83              export CC=cc              export CC=cc
84          fi          fi
85            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
86          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
87          RETVAL=$?          RETVAL=$?
88          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 76  build_mpack() Line 93  build_mpack()
93          else          else
94              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
95              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
96                echo "done"
97          fi          fi
98      else      else
99          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
100            echo "already exist"
101      fi      fi
     echo "OK"  
102  }  }
103    
104  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
105  {  {
106      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
107      #      #
108      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
109      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
110        #  using search strings s1 and text label
111    
112      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
113          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
114      fi      fi
115      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
116          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
117          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
118          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
119              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
120                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
121              fi              fi
122              return 99              return 99
123          fi          fi
124      else      else
125          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
126          return 99          return 99
127      fi      fi
128      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
129          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
130      fi      fi
131      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
132      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
133      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
134          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
135              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
136          fi          fi
# Line 123  testoutput_for_prop() Line 142  testoutput_for_prop()
142          fi          fi
143          return 99          return 99
144      fi      fi
145        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
146        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
147            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
148            return 99
149        fi
150        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
151        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
152            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
153            return 99
154        fi
155      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
156          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
157      fi      fi
158      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
159      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
160          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
161      fi      fi
162      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
163          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 136  testoutput_for_prop() Line 165  testoutput_for_prop()
165      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
166      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
167      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
168      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
169      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
170          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
171              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
172          fi          fi
173          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
174      else      else
175          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
176              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
177          fi          fi
178      fi      fi
179      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 152  testoutput_for_prop() Line 181  testoutput_for_prop()
181      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
182  }  }
183    
184  dashnum()  testoutput_run()
185  {  {
186      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
187      #      #
188      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
189    # --> same processing for adjoint & forward test
190      for num in $@ ; do          # default list of output variables to be checked:
191          if [ $num = 99 ]; then          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
192              printf ' --'          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
193          else          listChk=$DEF_CHECK_LIST
194              printf '%3i' $num          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
195          fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
196      done          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
197  }          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
198            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
199  testoutput_ad()                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
200  {          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
201      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt          # check for ptracer output in reference_output file :
202      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt          outpref=$1/results/$3
203      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
204      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
 check_for_add_mon_output()  
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
   
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
   
     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"  
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"  
             fi  
         done  
         #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'  
     done  
 }  
   
 testoutput()  
 {  
     # testoutput directory subdir extension  
     #  
     #  test output in "directory"  
     if test "x$ADM" = x ; then  
         if [ $debug -gt 0 ]; then  
             echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2  
         fi  
         testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?  
         if [ $debug -gt 0 ]; then  
             echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2  
         fi  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?  
   
         #  This is for PTRACERS  
205          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
206              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`              ptrfound=0
207              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`              for jj in $ptr_mon ; do
208              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
209              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
210              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
211              #echo 'tst = '$tst              done
212              if test "x$tst" = xt ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
213                  a="trcstat_ptracer0"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
214                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3              else
215                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
216                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
217                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`                # remove this ptr from the list of output variable to check
218                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
219                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
220                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3                fi
                 RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`  
221              fi              fi
222            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
223          done          done
224            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
225          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"          if test $tst != 1 ; then
226          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
227          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
228          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
229          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"          #- put it back once:
230          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
231          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"          fi
232            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
233          eval "dashnum $allargs"          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
234            allargs=""
235      else          for xx in $listVar
236          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          do
237      fi            case $xx in
238               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
239                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
240                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
241                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
242              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
243              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
244               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
245               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
246               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
247               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
248               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
249               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
250               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
251               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
252               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
253               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
254               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
255               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
259               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
260            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
261               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
262            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
263               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
264            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
265               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
266            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
267               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
271             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
279             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
285            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
286                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
287              esac
288              if test $xx = $sVar
289              then allargs="$allargs > $yy <"
290              else allargs="$allargs $yy"
291              fi
292            done
293    
294            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
295            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
296            #-- fill line (up to standard length) with dot:
297              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
298              echo $allargs $adNul
299            else
300              echo $allargs
301            fi
302    # <-- same processing for adjoint & forward test
303  }  }
304    
305  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 288  genmakemodel() Line 316  genmakemodel()
316          (          (
317              cd $1;              cd $1;
318              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
319              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
320                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
321                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
322                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
323                else
324                    command="$command -mods=../code"
325              fi              fi
326              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
327                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
328              fi              fi
329              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
330                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
331              fi              fi
332                if test "x$GSL" = xt ; then
333                    command="$command -gsl"
334                fi
335              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$MPI" = xt ; then
336                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
337              fi              fi
338                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
339                #- run multi-threaded using OpenMP:
340                    command="$command -omp"
341                fi
342                if test "x$TS" = xt ; then
343                    command="$command -ts"
344                fi
345                if test "x$PAPIS" = xt ; then
346                    command="$command -papis"
347                else
348                if test "x$PCLS" = xt ; then
349                    command="$command -pcls"
350                fi
351                fi
352              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
353              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
354                eval $command > make.log 2>&1
355              RETVAL=$?              RETVAL=$?
356              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
357              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
# Line 324  makeclean() Line 371  makeclean()
371  {  {
372      # makeclean directory      # makeclean directory
373      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
374          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
375      else      else
376          (          (
377              cd $1;              cd $1;
378              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
379              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
380                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
381                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
382                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
383                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
384                      tail make.log                      tail make.log
385                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
386                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
387                      return 1                      return 1
388                  fi                  fi
389                    echo successful 1>&2
390                else
391                    echo ''
392              fi              fi
             echo successful 1>&2  
393              exit 0              exit 0
394          )          )
395      fi      fi
396  }  }
397    
398  postclean()  run_clean()
399  {  {
400      # postclean directory      # run_clean directory
401      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
402            echo "run_clean skipped!"
403        else
404          (          (
405              cd $1;              cd $1;
406              if test -r Makefile ; then              printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
407                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
408              fi              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
409                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
410                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
411                find . -type l -exec rm {} \;
412                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
413                rm -rf mnc_test_*
414                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
415                echo successful 1>&2
416              exit 0              exit 0
417          )          )
418      fi      fi
# Line 392  makemodel() Line 448  makemodel()
448          cd $1;          cd $1;
449          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
450              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
451              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
452                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
453                elif test "x$OADM" = xt ; then
454                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
455                else
456                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
457                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.log 2>&1
458                  else                  else
459                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
460                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
461              fi              fi
462              RETVAL=$?              RETVAL=$?
463              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
464                  tail make.log                  tail make.log
465                  echo failed 1>&2                  echo failed 1>&2
466                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
467                    rm -f $EXECUTABLE
468                  return 1                  return 1
469              else              else
470                  echo successful 1>&2                  echo successful 1>&2
# Line 426  symlink_mpifiles() Line 485  symlink_mpifiles()
485      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
486            
487      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
488      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
489    
490      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
491      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 464  symlink_mpifiles() Line 523  symlink_mpifiles()
523    
524  linkdata()  linkdata()
525  {  {
526      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
527      #      #
528      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
529      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
530          (          (
531              cd $2              cd $1 ; shift
532              if test "x$ADM" = x ; then              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
533                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              for xx in $inpMPI ; do
534                  for i in $files ; do                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
535                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
536                          ln -sf "../input/"$i $i                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
537                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
538                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
539                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
540                        if test ! -r $yy ; then
541                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
542                            printf "$xx " 1>&2
543                      fi                      fi
544                  done                  else
545              else                  # not mpi test: remove symbolic link
546                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
547                  for i in $files ; do                  fi
548                      if test ! -d "../input/"$i ; then                fi
549                          ln -sf "../input/"$i $i              done
550                      fi              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
551                  done              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
552                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
553                  for i in $files ; do                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
554                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
555                          ln -sf "../input_ad/"$i $i                      if test ! -r eedata ; then
556                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
557                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
558                      fi                      fi
559                  done                  else
560                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
561                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
562                    fi
563              fi              fi
564                prevDir='NONE'
565                for ldir in $* ; do
566                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
567                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
568                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
569                        for i in $files ; do
570                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
571                                if test ! -r $i  ; then
572                                    printf ' '$i 1>&2
573                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
574                                fi
575                            fi
576                        done
577                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
578                            "../"$ldir"/"prepare_run
579                        fi
580                        printf ' ; ' 1>&2
581                    fi
582                    prevDir=$ldir
583                done
584          )          )
585      fi      fi
586  }  }
# Line 503  runmodel() Line 593  runmodel()
593      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
594      (      (
595          cd $1          cd $1
596          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
597          # make output.txt          # make output.txt
598          echo          echo
599          rm -f run.log          if test -L $EXECUTABLE ; then
600          # echo "COMMAND='$COMMAND'"            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
601          # echo "pwd='"`pwd`"'"              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
602          ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
603          RETVAL=$?            else rm -f $EXECUTABLE
604          if test "x$RETVAL" = x0 ; then            fi
605              tail run.log          fi
606            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
607                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
608                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
609            fi
610            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
611                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
612                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
613                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
614                    RETVAL=8
615                    ENDVAL=-1
616            else
617                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
618                  # output do not exist or is older than executable:
619                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
620                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
621                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
622                    RETVAL=$?
623                else
624                    RETVAL=0
625                    if test -f $RUNLOG ; then
626                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
627                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
628                    else
629                        touch $RUNLOG
630                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
631                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
632                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
633                    fi
634                fi
635                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
636            fi
637            rm -f run.log_tmp
638            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
639                tail $RUNLOG
640              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
641              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
642              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
643              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
644              return 0              return 0
645            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
646                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
647                tail $RUNLOG
648                echo finished with error '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
649                return 0
650          else          else
651              tail run.log              tail $RUNLOG
652              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
653              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
654              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
655              return 1              return 1
656          fi          fi
# Line 536  createcodelet() Line 661  createcodelet()
661  {  {
662      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
663    
664      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
665      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
666  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
667  #include <math.h>  #include <math.h>
668  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
669    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
670    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
671    best = -22;    best = -22;
672    lncnt = 0;    lncnt = 0;
673    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
674      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
675      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
676      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
677      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
678      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
679        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
680        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
681        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
682        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
683      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
684          else { cmplin = -22 ; }
685       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
686          }
687       else {
688       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
689          break; }
690    }    }
691    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
692      if (linnum != -1) best=-99;
693    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
694    return 0;    return 0;
695  }  }
696  EOF  EOF
697      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
698    
699      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
700          echo "OK"          echo "OK"
701          return 0          return 0
702      else      else
# Line 582  formatresults() Line 714  formatresults()
714      nm=$1      nm=$1
715      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
716      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
717      printf '%3s' $@      listPrt=$@
718        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
719        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
720        printf '%3s' $listPrt
721    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
722    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
723            
724      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
725            printf ' N/O '
726        elif [ $xx = '--' ]; then
727            printf ' N/O '
728        elif [ $xx = 99 ]; then
729          printf ' N/O '          printf ' N/O '
730      else      else
731          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
732              printf ' pass'              printf ' pass'
733          else          else
734              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 598  formatresults() Line 739  formatresults()
739            
740  }  }
741    
742  show_help()  scandirs()
743  {  {
744      cat - << EOF      if [ $# -eq 1 ]; then
745  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]          for arg in * ; do
746                test -f $arg/$1 && echo $arg
747   -help|-h      Show this help message          done
748   -quiet     Reduce the amount of output      else
749   -verbose   Produce copious amounts of output          echo $*
750   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most      fi
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
751  }  }
752    
753  scandirs()  
754    check_eedata()
755  {  {
756      if [ $# -eq 0 ]; then      # check_eedata size.h eedata
757          for arg in * ; do      if [ $# -eq 2 ] ; then
758              test -d $arg/input && echo $arg        if test -f $1 -a -f $2 ; then
759          done        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
760          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
761          if test "x$nx" = x ; then
762            rx=10
763          else
764            rx=`expr $sx % $nx`
765          fi
766          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
767          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
768          if test "x$ny" = x ; then
769            ry=20
770          else
771            ry=`expr $sy % $ny`
772          fi
773          echo `expr $rx + $ry`
774      else      else
775          echo $*        echo '-1'
776          fi
777        else
778          echo '-2'
779      fi      fi
 }  
780    
781    }
782    
783  ###############################################################################  ###############################################################################
784    
# Line 636  scandirs() Line 787  scandirs()
787  debug=0  debug=0
788  verbose=1  verbose=1
789  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
790    
791  IEEE=true  IEEE=true
792  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
793      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
794  fi  fi
795    GSL=f
796    
797  CLEANUP=f  CLEANUP=f
798    NORUN=f
799  QUICK=f  QUICK=f
800  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
801  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
# Line 656  BASH= Line 806  BASH=
806  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
807  ADDRESSES=  ADDRESSES=
808  TESTDIRS=  TESTDIRS=
809    SKIPDIRS=
810  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
811  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
812  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
813  COMMAND=  COMMAND=
814  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
815      MAKE=make      MAKE=make
# Line 668  if test "x$CC" = x ; then Line 819  if test "x$CC" = x ; then
819  fi  fi
820  JOBS=  JOBS=
821  MPI=f  MPI=f
822    MULTI_THREAD=f
823    OUTDIR=
824  DELDIR=  DELDIR=
825    
826  ADM=  ADM=
827    OADM=
828    
829  # Additional monitor types  # list of pTracers to check for monitor output
830  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
831    
832    MATCH_CRIT=13
833    
834  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
835    
836  ac_prev=  ac_prev=
# Line 703  for ac_option ; do Line 859  for ac_option ; do
859              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
860          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
861              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
862            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
863                ac_prev=MPACKDIR ;;
864            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
865                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
866    
867          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
868              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
869          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
870              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
871    
872            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
873                ac_prev=SKIPDIRS ;;
874            -skipdir=* | --skipdir=*)
875                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
876    
877          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
878              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
879          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 724  for ac_option ; do Line 889  for ac_option ; do
889          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
890              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
891    
892            -odir | --odir)
893                ac_prev=OUTDIR ;;
894            -odir=* | --odir=*)
895                OUTDIR=$ac_optarg ;;
896    
897          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
898              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
899          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
900              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
901    
902            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
903            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
904    
905          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
906          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
907    
908          -clean | --clean)          -clean | --clean)
909              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
910    
911            -norun | --norun | -nr | --nr)
912                NORUN=t ;;
913          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
914              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
915          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 749  for ac_option ; do Line 924  for ac_option ; do
924    
925          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
926    
927            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
928    
929          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
930    
931            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
932    
933          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
934          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
935            -gsl) GSL=t ;;
936    
937          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
938          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 760  for ac_option ; do Line 940  for ac_option ; do
940    
941          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
942    
943            -ts) TS=t;;
944    
945            -papis) PAPIS=t;;
946    
947            -pcls) PCL=t;;
948    
949          -*)          -*)
950              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
951              usage              usage
# Line 780  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 966  if test "x$QUICK" = xt ; then
966      NODEPEND=t      NODEPEND=t
967  fi  fi
968    
969    #- setting for forward or ADM testing
970    if test "x$ADM" = xt ; then
971        code_dir=code_ad
972        inputdir=input_ad
973        ref_outp="output_adm.txt"
974        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
975    elif test "x$OADM" = xt ; then
976        code_dir=code_oad
977        inputdir=input_oad
978        ref_outp="output_oadm.txt"
979        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
980    else
981        code_dir=code
982        inputdir=input
983        ref_outp="output.txt"
984        EXECUTABLE="mitgcmuv"
985    fi
986    
987  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
988      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
989    else
990        #- expand group of experiments:
991        LIST=" "
992        for xx in $TESTDIRS
993        do
994          case $xx in
995            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
996                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
997                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
998                    ;;
999            'tutorials')
1000                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1001            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1002          esac
1003        done
1004  fi  fi
1005    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1006    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1007    TESTDIRS=" "
1008    count=0
1009    for xx in $LIST
1010    do
1011        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1012        if test $yy = 0 ; then
1013            if test -d $xx ; then
1014                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1015                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1016            else count=1 ;
1017                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1018            fi
1019        else
1020            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1021            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1022            fi
1023        fi
1024    done
1025    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1026    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1027    
1028  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1029      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1030  fi  fi
1031    
1032  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  RUNLOG="run.log"
1033      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  OUTPUTFILE=$ref_outp
 fi  
   
1034  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1035      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1036  fi  fi
1037    if test "x$MPI" = xt ; then
1038        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1039    fi
1040    
1041    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1042    
1043  echo "OK"  # set the Default List of output variables to be checked:
1044    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1045    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1046    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1047    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1048        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1049        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1050        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1051        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1052        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1053    else
1054        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1055        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1056        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1057    fi
1058    
1059  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1060  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1061        echo "skipping comparison code build"
1062    else
1063        createcodelet
1064    fi
1065    
1066  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1067  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1068      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1069  else  else
1070      build_mpack      build_mpack
1071  fi  fi
1072    
1073  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1074    CMDLINE=$0
1075    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1076        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1077                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1078    done
1079    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1080  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1081  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1082  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1083  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1084    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1085        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1086    else
1087        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1088        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1089    fi
1090  DNUM=0  DNUM=0
1091  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1092  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 826  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1100  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1100      exit 1      exit 1
1101  fi  fi
1102  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1103  start_date=`date`  start_date=`date`
1104  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1105    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1106    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1107    
1108  of_path=  of_path=
1109  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 857  else Line 1132  else
1132  fi  fi
1133  echo  echo
1134  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1135  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1136      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1137        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1138        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1139           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1140    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1141      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1142      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1143      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1144      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1145      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1146          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1147          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1148          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1149          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1150          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1151      done      done
1152      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1153      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
# Line 882  if test "x$ADM" = x ; then Line 1158  if test "x$ADM" = x ; then
1158  else  else
1159      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1160      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1161        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1162        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1163        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1164        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1165      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1166  G D M    C  G  G D M    C  G
1167  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 894  fi Line 1174  fi
1174  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1175  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1176            
1177        # set builddir & rundir:
1178        builddir="build"
1179        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1180        rundir="run"
1181        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1182            rundir=$builddir
1183        fi
1184        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1185        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1186    
1187      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1188      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1189          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1190              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1191            rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE
1192            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1193                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1194                run_clean $dir/$rundir
1195          fi          fi
1196          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
1197              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1198            if test $ttd != 0 ; then
1199                echo '  --- rm dir:' $trdir
1200                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1201          fi          fi
         (  
             cd $dir  
             rm -rf tr_run.*  
         )  
1202          continue          continue
1203      fi      fi
1204    
1205      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1206      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1207      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1208      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1209          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1210          continue          continue
1211      fi      fi
     if test "x$ADM" = x ; then  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     fi  
1212    
1213      # Check for additional types of monitor output      # Check for specific files for particular type of run
1214    
1215      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1216      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1217      use_seperate_build=0          continue
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1218      fi      fi
1219            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1220      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1221      extra_runs=          continue
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
1222      fi      fi
1223        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1224      if test "x$ADM" = x ; then        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1225          code_dir=code        if test $retv != 0 ; then
1226          CODE_DIR=$dir/code          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1227      else          continue
1228          code_dir=code_ad        fi
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
1229      fi      fi
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1230    
1231      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1232          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"      extra_runs=
1233          continue      if test "x$NORUN" = xf ; then
1234            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1235      fi      fi
1236        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1237        for exd in $ex_run_dirs ; do
1238            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1239            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1240            outf="$dir/results/$refExOut"
1241            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1242              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1243                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1244                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1245                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1246                    if test $retv = 0 ; then
1247                        extra_runs="$extra_runs $name"
1248                    else
1249                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1250                    fi
1251                  else
1252                    extra_runs="$extra_runs $name"
1253                  fi
1254                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1255                fi
1256              else
1257                extra_runs="$extra_runs $name"
1258              fi
1259            fi
1260        done
1261    
1262      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1263      echo      echo
1264      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1265           echo "Experiment:  $dir"
1266        else
1267           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1268        fi
1269      echo      echo
1270      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1271      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1272    
1273      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1274      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1275      mkdir $rel_CDIR      mkdir $rel_CDIR
1276      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1277            
1278      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1279          makeclean $dir/$builddir              run=N
1280            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1281                && makeclean $dir/$builddir \
1282                && run_clean $dir/$rundir \
1283                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1284                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1285                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1286      else      else
1287          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1288              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1289                && run_clean $dir/$rundir \
1290              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1291              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1292              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1293              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1294              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1295              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1296      fi      fi
1297            
1298        #echo "results='$results'"
1299      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1300          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1301          echo          echo
1302          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1303          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1304            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1305          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1306          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1307          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1308          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1309            if test "x$ADM" = xt ; then
1310                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1311                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1312                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1313            fi
1314    
1315          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1316                unset run
1317                results=$EMPTY_RESULTS
1318                #  reference output file
1319                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1320                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1321                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1322                mkdir $rel_CDIR
1323                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1324              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1325              for ldir in input.$ex input ; do              run_clean $dir/tr_run.$ex
1326                  (              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
                     cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                     ls -1 2>/dev/null \  
                         | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
                 ) > tr_exrun_links  
                 (  
                     cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
                 )  
                 test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             done  
             ldir=build  
             (  
                 cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                 ls -1 Makefile *.[fFhco] mitgcmuv  2>/dev/null \  
                     | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
             ) > tr_exrun_links  
             (  
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
             )  
             test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
1327              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1328                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1329              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1330              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1331              echo              echo
1332              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1333              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1334                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1335              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1336              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1337              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1338              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1339                if test "x$ADM" = xt ; then
1340                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1341                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1342                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1343                fi
1344                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1345                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1346                fi
1347          done          done
     else  
         fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
         fres=$fres"$results   $dir"  
         echo  
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     fi  
1348    
1349      postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1350        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1351            makeclean $dir/$builddir \
1352                && run_clean $dir/$rundir
1353        fi
1354            
1355      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1356            
1357  done  done
1358    
1359  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1360  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1361  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1362  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1363    
# Line 1091  else Line 1382  else
1382              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1383              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1384              echo              echo
1385                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1386                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1387          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1388      fi      fi
1389  fi  fi
1390    
1391  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1392  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum      rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1393    fi
1394    
1395  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1396      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1397      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1398          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1399      fi      fi
1400      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1401  fi  fi
1402    
1403  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.68  
changed lines
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