/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.61 by edhill, Thu Dec 16 20:25:11 2004 UTC revision 1.89 by jmc, Wed Jan 10 22:50:09 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 27  usage() Line 31  usage()
31      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
32      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
39      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
40      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-q|-quick)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
41      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-ng|-nogenmake)         skip the genmake stage"
42      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-nc|-noclean)           skip the \"make clean\" stage"
43      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nd|-nodepend)          skip the \"make depend\" stage"
44      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-dd|-deldir)            on success, delete the output directory"
45      echo      echo
46      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
47      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 87  testoutput_for_prop() Line 93  testoutput_for_prop()
93  {  {
94      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
95      #      #
96      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files $dir/$subdir/$OUTPUTFILE and $dir/results/output.txt
97      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
98    
99      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
100          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
101      fi      fi
102      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
103          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
104          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
105          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
106              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
107                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
108              fi              fi
109              return 99              return 99
110          fi          fi
111      else      else
112          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
113          return 99          return 99
114      fi      fi
115      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
116          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2
117      fi      fi
118      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
119      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
120      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
121          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
122              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
123          fi          fi
124          return 99          return 99
125      fi      fi
126        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
127            if [ $verbose -gt 0 ]; then
128                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
129            fi
130            return 99
131        fi
132        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
133        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
134            echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
135            return 99
136        fi
137        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
138        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
139            echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
140            return 99
141        fi
142      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
143          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
144      fi      fi
# Line 163  dashnum() Line 185  dashnum()
185    
186  testoutput_ad()  testoutput_ad()
187  {  {
188      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
189      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
190      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
191      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
192      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
193      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
194      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
# Line 286  genmakemodel() Line 308  genmakemodel()
308                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
309              else              else
310                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
311              fi              fi
312              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
313                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 294  genmakemodel() Line 315  genmakemodel()
315              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
316                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
317              fi              fi
318                if test "x$MPI" = xt ; then
319                    command="$command -mpi"
320                fi
321              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
322              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
323              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 315  makeclean() Line 339  makeclean()
339  {  {
340      # makeclean directory      # makeclean directory
341      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
342          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
343      else      else
344          (          (
345              cd $1;              cd $1;
346              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
347              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
348                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
349                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
350                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
351                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
352                      tail make.log                      tail make.log
353                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
354                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
355                      return 1                      return 1
356                  fi                  fi
# Line 339  makeclean() Line 361  makeclean()
361      fi      fi
362  }  }
363    
364    run_clean()
365    {
366        # run_clean directory
367        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
368            echo "run_clean skipped!"
369        else
370            (
371                cd $1;
372                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
373                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
374                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
375                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
376                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
377                find . -type l -exec rm {} \;
378                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
379                rm -rf mnc_test_*
380                echo successful 1>&2
381                exit 0
382            )
383        fi
384    }
385    
386  makedependmodel()  makedependmodel()
387  {  {
388      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 441  symlink_mpifiles() Line 485  symlink_mpifiles()
485    
486  linkdata()  linkdata()
487  {  {
488      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
489      #      #
490      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
491      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
492          (          (
493              cd $2              cd $1 ; shift
494              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
495                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
496                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
497                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
498                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
499                        if test ! -r eedata ; then
500                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
501                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
502                      fi                      fi
503                  done                  else
504              else                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
505                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
506                  for i in $files ; do                  fi
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
                     fi  
                 done  
507              fi              fi
508                for ldir in $* ; do
509                    if test -d "../"$ldir ; then
510                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
511                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
512                        for i in $files ; do
513                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
514                                if test ! -r $i  ; then
515                                    printf ' '$i 1>&2
516                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
517                                fi
518                            fi
519                        done
520                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
521                            "../"$ldir"/"prepare_run
522                        fi
523                        printf ' ; ' 1>&2
524                    fi
525                done
526          )          )
527      fi      fi
528  }  }
# Line 480  runmodel() Line 535  runmodel()
535      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
536      (      (
537          cd $1          cd $1
538          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
539          # make output.txt          # make output.txt
540          echo          echo
541          rm -f run.log          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
542          # echo "COMMAND='$COMMAND'"              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
543          # echo "pwd='"`pwd`"'"              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
544          ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1          fi
545          RETVAL=$?          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
546          if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  rm -f run.log ; touch run.log
547                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
548                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
549                    RETVAL=8
550                    ENDVAL=-1
551            else
552                if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
553                    rm -f run.log ; touch run.log
554                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
555                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
556                    RETVAL=$?
557                else
558                    RETVAL=0
559                    if test -f run.log ; then
560                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
561                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
562                    else
563                        touch run.log
564                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
565                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
566                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
567                    fi
568                fi
569                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
570            fi
571            rm -f run.log_00
572            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
573            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
574              tail run.log              tail run.log
575              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
576              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
577              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
578              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
579              return 0              return 0
580          else          else
581              tail run.log              tail run.log
582              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
583              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
584              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
585              return 1              return 1
# Line 529  int main( int argc, char** argv )  { Line 607  int main( int argc, char** argv )  {
607      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
608      if (abave > 0.0) {      if (abave > 0.0) {
609        relerr=fabs(a-b)/abave;        relerr=fabs(a-b)/abave;
610        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)log10(relerr); }        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
611        else { linnum = -16 ; }        else { linnum = -16 ; }
612        best = (best > linnum) ? best : linnum;        best = (best > linnum) ? best : linnum;
613      }      }
# Line 575  formatresults() Line 653  formatresults()
653            
654  }  }
655    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
656  scandirs()  scandirs()
657  {  {
658      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
659          for arg in * ; do          for arg in * ; do
660              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
661          done          done
662      else      else
663          echo $*          echo $*
664      fi      fi
665  }  }
666    
# Line 627  QUICK=f Line 686  QUICK=f
686  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
687  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
688  NODEPEND=f  NODEPEND=f
689    POSTCLEAN=f
690    
691  BASH=  BASH=
692  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
693  ADDRESSES=  ADDRESSES=
694  TESTDIRS=  TESTDIRS=
695    SKIPDIRS=
696  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
697  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
698  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
# Line 644  if test "x$CC" = x ; then Line 705  if test "x$CC" = x ; then
705  fi  fi
706  JOBS=  JOBS=
707  MPI=f  MPI=f
708    MULTI_THREAD=f
709    OUTDIR=
710  DELDIR=  DELDIR=
711    
712  ADM=  ADM=
# Line 685  for ac_option ; do Line 748  for ac_option ; do
748          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
749              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
750    
751            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
752                ac_prev=SKIPDIRS ;;
753            -skipdir=* | --skipdir=*)
754                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
755    
756          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
757              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
758          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 700  for ac_option ; do Line 768  for ac_option ; do
768          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
769              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
770    
771            -odir | --odir)
772                ac_prev=OUTDIR ;;
773            -odir=* | --odir=*)
774                OUTDIR=$ac_optarg ;;
775    
776          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
777              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
778          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
# Line 709  for ac_option ; do Line 782  for ac_option ; do
782          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
783    
784          -clean | --clean)          -clean | --clean)
785              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
786    
787          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
788              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 720  for ac_option ; do Line 793  for ac_option ; do
793          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
794              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
795    
796            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
797                POSTCLEAN=t ;;
798    
799          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
800    
801            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
802    
803          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
804    
805          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 754  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 832  if test "x$QUICK" = xt ; then
832  fi  fi
833    
834  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
835      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
836            LIST=`scandirs results_ad`
837        else
838            LIST=`scandirs results`
839        fi
840    else
841        #- expand group of experiments:
842        LIST=" "
843        for xx in $TESTDIRS
844        do
845          case $xx in
846            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
847                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
848                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
849                    ;;
850            'tutorials')
851                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
852            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
853          esac
854        done
855  fi  fi
856    #echo 'LIST='${LIST}'<'
857    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
858    TESTDIRS=" "
859    count=0
860    for xx in $LIST
861    do
862        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
863        if test $yy = 0 ; then
864            if test -d $xx ; then
865                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
866                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
867            else count=1 ;
868                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
869            fi
870        else
871            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
872            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
873            fi
874        fi
875    done
876    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
877    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
878    
879  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
880      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
881  fi  fi
882    
883  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
884      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
885        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
886    else
887        EXECUTABLE="mitgcmuv"
888        OUTPUTFILE="output.txt"
889  fi  fi
890    
891  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
892      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
893    fi
894    if test "x$MPI" = xt ; then
895        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
896  fi  fi
897    
898  echo "OK"  #echo "OK"
899    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
900    
901  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
902  createcodelet  createcodelet
# Line 786  MACH=`hostname` Line 913  MACH=`hostname`
913  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
914  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
915  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
916    if test "x$OUTDIR" != x ; then
917        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
918    fi
919  DNUM=0  DNUM=0
920  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
921  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 870  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1000  for dir in $TESTDIRS ; do
1000      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1001      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1002          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
1003                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1004              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
1005          fi          fi
1006          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
1007              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
1008                run_clean $dir/run
1009          fi          fi
1010            (
1011                cd $dir
1012                rm -rf tr_run.*
1013            )
1014          continue          continue
1015      fi      fi
1016    
# Line 884  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1020  for dir in $TESTDIRS ; do
1020      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1021          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
1022      else      else
1023          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
1024      fi      fi
1025      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1026          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
# Line 896  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1032  for dir in $TESTDIRS ; do
1032    
1033      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
1034    
1035      builddir="input"      builddir="build"
1036      rundir="input"      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1037      use_seperate_build=0      rundir="run"
1038      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then     #rundir=$builddir
1039          builddir="build"      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1040          rundir="build"          rundir=$builddir
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1041      fi      fi
1042            
     #  Check whether there are "extra runs" for this testdir  
     extra_runs=  
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
     fi  
   
1043      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1044          code_dir=code          code_dir=code
1045          CODE_DIR=$dir/code          CODE_DIR=$dir/code
1046            input_dirs='input'
1047      else      else
1048          code_dir=code_ad          code_dir=code_ad
1049          CODE_DIR=$dir/code_ad          CODE_DIR=$dir/code_ad
1050            input_dirs='input_ad input'
1051      fi      fi
1052      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
1053    
# Line 933  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1055  for dir in $TESTDIRS ; do
1055          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1056          continue          continue
1057      fi      fi
1058        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1059            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1060            continue
1061        fi
1062    
1063        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1064        extra_runs=
1065        if test "x$ADM" = x ; then
1066            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1067            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1068            for exd in $ex_run_dirs ; do
1069                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1070                outf="$dir/results/output.$name.txt"
1071                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1072                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1073                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1074                            extra_runs="$extra_runs $name"
1075                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1076                        fi
1077                    else
1078                        extra_runs="$extra_runs $name"
1079                    fi
1080                fi
1081            done
1082        fi
1083    
1084      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1085      echo      echo
1086      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1087           echo "Experiment:  $dir"
1088        else
1089           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1090        fi
1091      echo      echo
1092      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1093      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1094    
1095      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1096      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 947  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1098  for dir in $TESTDIRS ; do
1098      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1099            
1100      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1101          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1102            makeclean $dir/$builddir \
1103                && run_clean $dir/$rundir
1104      else      else
1105          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1106              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1107                && run_clean $dir/$rundir \
1108              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1109              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1110              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1111              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1112              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1113              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir "txt"`
1114      fi      fi
1115            
1116      echo      echo
# Line 971  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1125  for dir in $TESTDIRS ; do
1125          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1126    
1127          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1128                unset run
1129                results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1130                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1131                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1132                mkdir $rel_CDIR
1133                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1134              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1135              for ldir in build input input.$ex ; do              run_clean $dir/tr_run.$ex
1136                  (              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
                     cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                     ls -1 2>/dev/null \  
                         | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
                 ) > tr_exrun_links  
                 (  
                     cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test -e $i  &&  rm -f $i  
                             ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
                 )  
                 test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             done  
1137              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1138                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`
1139              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1140              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1141              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
# Line 1000  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1145  for dir in $TESTDIRS ; do
1145              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1146              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1147              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1148              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1149                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1150                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1151                fi
1152          done          done
1153      else      else
1154          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
# Line 1012  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1160  for dir in $TESTDIRS ; do
1160          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1161          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1162          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1163            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1164                               >> $CDIR"/summary.txt"
1165        fi
1166    
1167        #postclean $dir/$builddir
1168        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1169            makeclean $dir/$builddir \
1170                && run_clean $dir/$rundir
1171      fi      fi
1172            
1173      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
# Line 1054  fi Line 1210  fi
1210  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
1211    
1212  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1213      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1214      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1215          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1216      fi      fi
1217      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1218  fi  fi
1219    
1220  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.61  
changed lines
  Added in v.1.89
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