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revision 1.23 by edhill, Sat Nov 29 01:45:25 2003 UTC revision 1.60 by edhill, Sun Dec 12 04:25:54 2004 UTC
# Line 13  usage() Line 13  usage()
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
# Line 22  usage() Line 22  usage()
22      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
23      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
24      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
25        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
26      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command) STRING        command to run"
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
31        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
32        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
33      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
34      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
35      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
36      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
37      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
38        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
39      echo      echo
40      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
41      echo "such as:"      echo "such as:"
42        echo
43      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
44      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
45      echo      echo
46        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
47        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
48        echo
49      exit 1      exit 1
50  }  }
51    
52  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
53  build_mpack()  build_mpack()
54  {  {
55      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
56      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
57          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
58              echo              echo
# Line 53  build_mpack() Line 62  build_mpack()
62              echo              echo
63              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
64          fi          fi
65          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
66          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1          if test "x$CC" = x ; then
67                export CC=cc
68            fi
69            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
70          RETVAL=$?          RETVAL=$?
71          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
72              echo              echo
# Line 62  build_mpack() Line 74  build_mpack()
74              echo              echo
75              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
76          else          else
77                rm -f tr_build_mpack.out
78              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
79          fi          fi
80      else      else
# Line 72  build_mpack() Line 85  build_mpack()
85    
86  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
87  {  {
88      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
89      #      #
90      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
91      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 94  testoutput_for_prop() Line 107  testoutput_for_prop()
107          return 99          return 99
108      fi      fi
109      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
110          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
111      fi      fi
112      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
113      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
114      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncnt -lt 3 ]; then
115          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 148  dashnum() Line 161  dashnum()
161      done      done
162  }  }
163    
164    testoutput_ad()
165    {
166        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
167        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
168        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
169        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
170        join t05.txt t15.txt > t5.txt
171        join t06.txt t16.txt > t6.txt
172        echo "-1" >> t5.txt
173        echo "-1" >> t6.txt
174        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
175        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
176        dashnum $digits_5 $digits_6
177        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
178    }
179    
180    check_for_add_mon_output()
181    {
182        # Check for additional types of monitor output
183        if test "x$1" = x ; then
184            return
185        fi
186    
187        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
188            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
189        done
190    
191        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
192        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
193        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
194            for jj in $ptr_add ; do
195                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
196                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
197                if test ! "x$tst" = x0 ; then
198                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
199                fi
200            done
201            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
202        done
203    }
204    
205  testoutput()  testoutput()
206  {  {
207      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
208      #      #
209      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
210        if test "x$ADM" = x ; then
211            if [ $debug -gt 0 ]; then
212                echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
213            fi
214            testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
215            if [ $debug -gt 0 ]; then
216                echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
217            fi
218            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
219            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
220            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
221            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
222            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
223            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
224            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
225            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
226            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
227            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
228            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
229            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
230            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
231            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
232            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
233            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
234    
235            #  This is for PTRACERS
236            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
237                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
238                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
239                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
240                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
241                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
242                #echo 'tst = '$tst
243                if test "x$tst" = xt ; then
244                    a="trcstat_ptracer0"
245                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
246                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
247                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
248                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
249                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
250                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
251                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
252                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
253                fi
254            done
255    
256      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
257          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
258      fi          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
259      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
260      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
261          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
262            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
263    
264            eval "dashnum $allargs"
265    
266        else
267            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
268      fi      fi
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
269  }  }
270    
271  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 188  genmakemodel() Line 274  genmakemodel()
274      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
275          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
276      else      else
277          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
278                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
279            else
280                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
281            fi
282          (          (
283              cd $1;              cd $1;
284              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
285                if test "x$ADM" = x ; then
286                    command="$command --mods=../code"
287                else
288                    command="$command --mods=../code_ad"
289                    command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"
290                fi
291              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
292                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
293              fi              fi
# Line 201  genmakemodel() Line 297  genmakemodel()
297              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
298              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
299              RETVAL=$?              RETVAL=$?
300              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
301                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
302              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
303                  tail make.log                  tail make.log
304                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 272  makemodel() Line 369  makemodel()
369          cd $1;          cd $1;
370          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
371              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
372              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
373                    if test "x$JOBS" = x ; then
374                        $MAKE >> make.log 2>&1
375                    else
376                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
377                    fi
378                else
379                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
380                fi
381              RETVAL=$?              RETVAL=$?
382              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
383                  tail make.log                  tail make.log
# Line 286  makemodel() Line 391  makemodel()
391      )      )
392  }  }
393    
394    symlink_mpifiles()
395    {
396        # Put special links so that MPI specific files are used
397        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
398        # the Makefile will link to non-mpi files by default
399    
400        dir=$1
401        code_dir=$2
402        BUILD_DIR=$dir/$3
403        CODE_DIR=$dir/$code_dir
404        
405        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
406        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
407    
408        #  Is this an MPI run?
409        if test "x$MPI" = xt ; then
410            # YES: We symbolically link these files to the build
411            # dir so long as there is no real file in place
412            for ii in $MPI_FILES ; do
413                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
414                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
415                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
416                RETVAL=$?
417                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
418                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
419                        #echo Linking $name to $i
420                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
421                    fi
422                fi
423            done
424        else
425            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
426            for ii in $MPI_FILES ; do
427                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
428                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
429                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
430                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
431                    RETVAL=$?
432                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
433                        #echo Un-linking $name from $linktarg
434                        rm -f $BUILD_DIR/$name
435                    fi
436                fi
437            done
438        fi
439        
440    }
441    
442  linkdata()  linkdata()
443  {  {
444      # linkdata flag      # linkdata flag
# Line 294  linkdata() Line 447  linkdata()
447      if test "x$1" = x1 ; then      if test "x$1" = x1 ; then
448          (          (
449              cd $2              cd $2
450              files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              if test "x$ADM" = x ; then
451              for i in $files ; do                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
452                  if test ! -d "../input/"$i ; then                  for i in $files ; do
453                      ln -sf "../input/"$i $i                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then
454                  fi                          ln -sf "../input/"$i $i
455              done                      fi
456                    done
457                else
458                    files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`
459                    for i in $files ; do
460                        if test ! -d "../input/"$i ; then
461                            ln -sf "../input/"$i $i
462                        fi
463                    done
464                    files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
465                    for i in $files ; do
466                        if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
467                            ln -sf "../input_ad/"$i $i
468                        fi
469                    done
470                fi
471          )          )
472      fi      fi
473  }  }
# Line 308  runmodel() Line 476  runmodel()
476  {  {
477      # runmodel directory      # runmodel directory
478      #      #
479      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
480      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
481      (      (
482          cd $1          cd $1
483          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel ... ' 1>&2
484          # make output.txt          # make output.txt
485          $COMMAND >> run.log 2>&1          echo
486            rm -f run.log
487            # echo "COMMAND='$COMMAND'"
488            # echo "pwd='"`pwd`"'"
489            ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
490          RETVAL=$?          RETVAL=$?
491          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
492                tail run.log
493              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
494              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              # === Reduce the size of the testing emails!
495                # if test "x$ADM" = x ; then
496                #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
497                # else
498                #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"
499                # fi
500                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
501              return 0              return 0
502          else          else
503              tail run.log              tail run.log
504              echo failed 1>&2              echo failed 1>&2
505              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
506                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
507              return 1              return 1
508          fi          fi
509      )      )
# Line 333  createcodelet() Line 513  createcodelet()
513  {  {
514      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
515    
516      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
517      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
518  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
519  #include <math.h>  #include <math.h>
520  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
521    int linnum,best;    int linnum,best,lncnt;
522    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
523    best = -16;    best = -22;
524    while( 1 )  {    lncnt = 0;
525      while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
526      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
527      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
528      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
529      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
530      if (diff > 1.e-12) {      if (abave > 0.0) {
531        diff=fabs(a-b)/diff;        relerr=fabs(a-b)/abave;
532        if (diff > 0.0) {        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)log10(relerr); }
533          linnum = (int)log10(diff);        else { linnum = -16 ; }
534          best = (best > linnum) ? best : linnum;        best = (best > linnum) ? best : linnum;
       }  
       else {  
         if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;  
       }  
535      }      }
536    }    }
537      if (lncnt == 999) best=-29;
538    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
539    return 0;    return 0;
540  }  }
541  EOF  EOF
542      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
543    
544      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
545          echo "OK"          echo "OK"
546          return 0          return 0
547      else      else
548          echo          echo
549          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
550            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
551          exit 1          exit 1
552      fi      fi
553  }  }
# Line 437  clean=0 Line 616  clean=0
616  expts=''  expts=''
617  # ieee=1  # ieee=1
618    
619  IEEE=  IEEE=true
620  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
621      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
622  fi  fi
# Line 456  TESTDIRS= Line 635  TESTDIRS=
635  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
636  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
637  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
638  COMMAND="make output.txt"  COMMAND=
639  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
640        MAKE=make
641    fi
642    if test "x$CC" = x ; then
643        CC=cc
644    fi
645    JOBS=
646  MPI=f  MPI=f
647    DELDIR=
648    
649    ADM=
650    
651  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
652    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
653    
654    printf "parsing options...  "
655    
656  ac_prev=  ac_prev=
657  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 509  for ac_option ; do Line 700  for ac_option ; do
700          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
701              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
702    
703            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
704                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
705            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
706                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
707    
708            -j) ac_prev=JOBS ;;
709            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
710    
711          -clean | --clean)          -clean | --clean)
712              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ;;
713    
# Line 523  for ac_option ; do Line 722  for ac_option ; do
722    
723          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
724    
725            -adm | -ad) ADM=t ;;
726    
727          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
728          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
729    
# Line 530  for ac_option ; do Line 731  for ac_option ; do
731          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
732          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
733    
734            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
735    
736          -*)          -*)
737              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
738              usage              usage
# Line 558  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 761  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
761      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
762  fi  fi
763    
764    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
765        COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"
766    fi
767    
768    if test "x$COMMAND" = x ; then
769        COMMAND="$MAKE output.txt"
770    fi
771    
772  echo "OK"  echo "OK"
773    
774  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
775  createcodelet  createcodelet
776    
777  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
778  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
779        echo "skipping mpack build"
780    else
781        build_mpack
782    fi
783    
784  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
785  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
786  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
787  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
788  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
789  DNUM=0  DNUM=0
790  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
791  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 584  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 799  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
799      exit 1      exit 1
800  fi  fi
801  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
802  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
803  start_date=`date`  start_date=`date`
804  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
805    
# Line 615  else Line 830  else
830  fi  fi
831  echo  echo
832  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
833  cat << EOF | tee -a $SUMMARY  if test "x$ADM" = x ; then
834                  T           S           U           V      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
835  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
836  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
837  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
838  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
839        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
840            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
841            #  if test "x$tst" = xt ; then
842            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
843            line_1="$line_1        m  s"
844            line_2="$line_2  m  m  e  ."
845            line_3="$line_3  i  a  a  d"
846            line_4="$line_4  n  x  n  ."
847            #  fi
848        done
849        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
850        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
851        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
852        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
853        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
854        echo " "       | tee -a $SUMMARY
855    else
856        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
857        echo >> $SUMMARY
858        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
859    G D M    C  G
860    E p a R  o  r
861    N n k u  s  a
862    2 d e n  t  d
863    
864  EOF  EOF
865    fi
866    
867  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
868  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
# Line 640  for dir in $TESTDIRS ; do Line 880  for dir in $TESTDIRS ; do
880    
881      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
882      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
883      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=
884          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test "x$ADM" = x ; then
885            fout=$dir"/results/output.txt"
886        else
887            fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"
888        fi
889        if test ! -r $fout ; then
890            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
891          continue          continue
892      fi      fi
893        if test "x$ADM" = x ; then
894            check_for_add_mon_output  $fout
895        fi
896    
897      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for additional types of monitor output
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
898    
899      builddir="input"      builddir="input"
900      rundir="input"      rundir="input"
# Line 662  for dir in $TESTDIRS ; do Line 906  for dir in $TESTDIRS ; do
906          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
907      fi      fi
908            
909      CODE_DIR=$dir/code      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
910      BUILD_DIR=$dir/$builddir      extra_runs=
911      MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then
912      NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
913            echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
914            for exd in $ex_run_dirs ; do
915                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
916                outf="$dir/results/output.txt.$name"
917                if test -f $outf -a -r $outf ; then
918                    extra_runs="$extra_runs $name"
919                fi
920            done
921        fi
922    
923      #  Is this an MPI run?      if test "x$ADM" = x ; then
924      if test "x$MPI" = xt ; then          code_dir=code
925          FILES=$MPI_FILES          CODE_DIR=$dir/code
         endings="_mpi"  
926      else      else
927          FILES=$NOMPI_FILES          code_dir=code_ad
928          endings="_nompi"          CODE_DIR=$dir/code_ad
929      fi      fi
930            BUILD_DIR=$dir/$builddir
931      #  Check to see that we have the files  
932      have_files=t      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
933      for i in $FILES ; do          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
         fi  
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
934          continue          continue
935      fi      fi
936        
937      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
938      if test "x$have_files" = xt ; then      echo
939          for i in $FILES ; do      echo "Experiment:  $dir"
940              sstr="s|$endings||"      echo
941              name=`echo $i | sed -e $sstr `      unset genmake makedepend make run
942              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
943              RETVAL=$?  
             if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                 cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name  
             fi  
         done  
     fi  
       
944      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
945      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
946      mkdir $rel_CDIR      mkdir $rel_CDIR
# Line 712  for dir in $TESTDIRS ; do Line 951  for dir in $TESTDIRS ; do
951      else      else
952          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
953              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
954                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
955              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
956              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
957              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \
# Line 720  for dir in $TESTDIRS ; do Line 960  for dir in $TESTDIRS ; do
960      fi      fi
961            
962      echo      echo
963      fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`      if test "x$ADM" = x ; then
964      echo          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
965      echo "$fres" >> $SUMMARY          echo
966      echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "$fres" >> $SUMMARY
967      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
968      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
969      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
970      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
971            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
972    
973            for ex in $extra_runs ; do
974                test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"
975                mkdir "$dir/tr_run.$ex"
976                links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`
977                (
978                    cd "$dir/tr_run.$ex"
979                    for i in $links; do
980                        ln -s ../input/$i $i
981                    done
982                )
983                links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`
984                (
985                    cd "$dir/tr_run.$ex"
986                    for i in $links; do
987                        test -e $i  &&  rm -f $i
988                        ln -s ../input.$ex/$i $i
989                    done
990                    ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv
991                )
992                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
993                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
994                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
995                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
996                fres="$fres.$ex"
997                echo
998                echo "$fres" >> $SUMMARY
999                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1000                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1001                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1002                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1003                echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1004            done
1005        else
1006            fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1007            fres=$fres"$results   $dir"
1008            echo
1009            echo "$fres" >> $SUMMARY
1010            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1011            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1012            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1013            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1014            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1015        fi
1016            
1017      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1018            
1019  done  done
1020    
1021  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1022  echo $start_date >> $SUMMARY  echo $start_date >> $SUMMARY
1023  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1024  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1025    
1026  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
# Line 746  else Line 1031  else
1031      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1032          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1033              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1034              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1035          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1036          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1037              echo              echo
# Line 770  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum Line 1055  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
1055    
1056  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1057      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY
1058      if test -e tr.out ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1059          mv tr.out tr.out.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1060      fi      fi
1061      cat $SUMMARY > tr.out      cat $SUMMARY > tr_out.txt
1062    fi
1063    
1064    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1065        rm -rf $DRESULTS
1066  fi  fi
1067    
Legend:
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