/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.56 by edhill, Thu Dec 9 16:41:41 2004 UTC revision 1.79 by heimbach, Wed Jun 7 01:20:26 2006 UTC
# Line 27  usage() Line 27  usage()
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
31        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
32      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
33      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
34      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
# Line 95  testoutput_for_prop() Line 97  testoutput_for_prop()
97      fi      fi
98      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
99          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
100          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
101          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
102              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
103                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
104              fi              fi
# Line 110  testoutput_for_prop() Line 112  testoutput_for_prop()
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
113      fi      fi
114      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
115      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
116      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
117          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
118              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
119          fi          fi
120          return 99          return 99
121      fi      fi
122        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
123            if [ $verbose -gt 0 ]; then
124                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
125            fi
126            return 99
127        fi
128        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
129        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
130            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2
131            return 99
132        fi
133        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
134        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
135            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2
136            return 99
137        fi
138      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
139          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
140      fi      fi
# Line 163  dashnum() Line 181  dashnum()
181    
182  testoutput_ad()  testoutput_ad()
183  {  {
184      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
185      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
186      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
187      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
188      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
189      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
190      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
# Line 286  genmakemodel() Line 304  genmakemodel()
304                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
305              else              else
306                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
307              fi              fi
308              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
309                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 294  genmakemodel() Line 311  genmakemodel()
311              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
312                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
313              fi              fi
314                if test "x$MPI" = xt ; then
315                    command="$command -mpi"
316                fi
317              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
318              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
319              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 339  makeclean() Line 359  makeclean()
359      fi      fi
360  }  }
361    
362    postclean()
363    {
364        # postclean directory
365        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
366            (
367                cd $1;
368                if test -r Makefile ; then
369                    $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1
370                fi
371                exit 0
372            )
373        fi
374    }
375    
376  makedependmodel()  makedependmodel()
377  {  {
378      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 450  linkdata() Line 484  linkdata()
484              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = x ; then
485                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
486                  for i in $files ; do                  for i in $files ; do
487                      if test ! -d "../input/"$i ; then                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then
488                          ln -sf "../input/"$i $i                          ln -sf "../input/"$i $i
489                      fi                      fi
490                  done                  done
# Line 480  runmodel() Line 514  runmodel()
514      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
515      (      (
516          cd $1          cd $1
517          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
518          # make output.txt          # make output.txt
519          echo          echo
520          rm -f run.log          rm -f run.log
521            if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
522               ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
523               RETVAL=$?
524            else
525               echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1
526               RETVAL=0
527            fi
528          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          # echo "COMMAND='$COMMAND'"
529          # echo "pwd='"`pwd`"'"          # echo "pwd='"`pwd`"'"
         ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1  
         RETVAL=$?  
530          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
531              tail run.log              tail run.log
532              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
# Line 495  runmodel() Line 534  runmodel()
534              # if test "x$ADM" = x ; then              # if test "x$ADM" = x ; then
535              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
536              # else              # else
537              #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"              #   cp output_adm.txt $CDIR"/output_adm.txt"
538              # fi              # fi
539              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
540              return 0              return 0
# Line 520  createcodelet() Line 559  createcodelet()
559  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
560    int linnum,best,lncnt;    int linnum,best,lncnt;
561    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
562    best = -16;    best = -22;
563    lncnt = 0;    lncnt = 0;
564    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
565      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
# Line 529  int main( int argc, char** argv )  { Line 568  int main( int argc, char** argv )  {
568      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
569      if (abave > 0.0) {      if (abave > 0.0) {
570        relerr=fabs(a-b)/abave;        relerr=fabs(a-b)/abave;
571        if (relerr > 0.0) {        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
572          linnum = (int)log10(relerr);        else { linnum = -16 ; }
573          best = (best > linnum) ? best : linnum;        best = (best > linnum) ? best : linnum;
       }  
     }  
     else {  
       if (best == -16)  best = -22;  
574      }      }
575    }    }
576    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
# Line 543  int main( int argc, char** argv )  { Line 578  int main( int argc, char** argv )  {
578    return 0;    return 0;
579  }  }
580  EOF  EOF
581      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
582    
583      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
584          echo "OK"          echo "OK"
585          return 0          return 0
586      else      else
587          echo          echo
588          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
589            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
590          exit 1          exit 1
591      fi      fi
592  }  }
# Line 630  QUICK=f Line 666  QUICK=f
666  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
667  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
668  NODEPEND=f  NODEPEND=f
669    POSTCLEAN=f
670    
671  BASH=  BASH=
672  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 639  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 676  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
676  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
677  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
678  COMMAND=  COMMAND=
679  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
680        MAKE=make
681    fi
682    if test "x$CC" = x ; then
683        CC=cc
684    fi
685  JOBS=  JOBS=
686  MPI=f  MPI=f
687    OUTDIR=
688  DELDIR=  DELDIR=
689    
690  ADM=  ADM=
# Line 698  for ac_option ; do Line 741  for ac_option ; do
741          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
742              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
743    
744            -odir | --odir)
745                ac_prev=OUTDIR ;;
746            -odir=* | --odir=*)
747                OUTDIR=$ac_optarg ;;
748    
749          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
750              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
751          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
# Line 707  for ac_option ; do Line 755  for ac_option ; do
755          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
756    
757          -clean | --clean)          -clean | --clean)
758              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
759    
760          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
761              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 718  for ac_option ; do Line 766  for ac_option ; do
766          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
767              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
768    
769            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
770                POSTCLEAN=t ;;
771    
772          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
773    
774          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
# Line 759  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 810  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
810      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
811  fi  fi
812    
813    if test "x$ADM" = xt ; then
814        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
815        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
816    else
817        EXECUTABLE="mitgcmuv"
818        OUTPUTFILE="output.txt"
819    fi
820    
821  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
822      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
823  fi  fi
824    
825  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
826      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
827  fi  fi
828    
829  echo "OK"  #echo "OK"
830    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
831    
832  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
833  createcodelet  createcodelet
# Line 784  MACH=`hostname` Line 844  MACH=`hostname`
844  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
845  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
846  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
847    if test "x$OUTDIR" != x ; then
848        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
849    fi
850  DNUM=0  DNUM=0
851  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
852  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 873  for dir in $TESTDIRS ; do Line 936  for dir in $TESTDIRS ; do
936          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -r $dir/input/Makefile ; then
937              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              ( cd $dir/input ; make CLEAN )
938          fi          fi
939            (
940                cd $dir
941                rm -rf tr_run.*
942            )
943          continue          continue
944      fi      fi
945    
# Line 882  for dir in $TESTDIRS ; do Line 949  for dir in $TESTDIRS ; do
949      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
950          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
951      else      else
952          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
953      fi      fi
954      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
955          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
# Line 937  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1004  for dir in $TESTDIRS ; do
1004      echo "Experiment:  $dir"      echo "Experiment:  $dir"
1005      echo      echo
1006      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1007      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1008    
1009      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1010      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 969  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1036  for dir in $TESTDIRS ; do
1036          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1037    
1038          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1039              test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"              unset run
1040              mkdir "$dir/tr_run.$ex"              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1041              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1042                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1043                mkdir $rel_CDIR
1044                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1045                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1046                for ldir in input.$ex input ; do
1047                    (
1048                        cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1
1049                        ls -1 2>/dev/null \
1050                            | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'
1051                    ) > tr_exrun_links
1052                    (
1053                        cd "$dir/tr_run.$ex"
1054                        cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do
1055                            if test ! "x$i" = x ; then
1056                                test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i
1057                            fi
1058                        done
1059                    )
1060                    test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links
1061                done
1062                ldir=build
1063              (              (
1064                  cd "$dir/tr_run.$ex"                  cd $dir/tr_run.$ex
1065                  for i in $links; do                  test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .
                     ln -s ../input/$i $i  
                 done  
             )  
             links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`  
             (  
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                 for i in $links; do  
                     test -e $i  &&  rm -f $i  
                     ln -s ../input.$ex/$i $i  
                 done  
                 ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv  
1066              )              )
1067              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1068                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
# Line 998  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1075  for dir in $TESTDIRS ; do
1075              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1076              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1077              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1078              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1079          done          done
1080      else      else
1081          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
# Line 1010  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1087  for dir in $TESTDIRS ; do
1087          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1088          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1089          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1090            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1091                               >> $CDIR"/summary.txt"
1092      fi      fi
1093    
1094        postclean $dir/$builddir
1095            
1096      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1097            
# Line 1052  fi Line 1133  fi
1133  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
1134    
1135  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1136      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1137      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1138          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1139      fi      fi
1140      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1141  fi  fi
1142    
1143  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.56  
changed lines
  Added in v.1.79
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