/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.52 by edhill, Wed Dec 1 16:59:42 2004 UTC revision 1.83 by jmc, Wed Jul 5 22:39:57 2006 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
# Line 27  usage() Line 28  usage()
28      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
29      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
30      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
31        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
32        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
33      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
34      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
35      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
# Line 95  testoutput_for_prop() Line 98  testoutput_for_prop()
98      fi      fi
99      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
100          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
101          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
102          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
103              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
104                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
105              fi              fi
# Line 110  testoutput_for_prop() Line 113  testoutput_for_prop()
113          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
114      fi      fi
115      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
116      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
117      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
118          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
119              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
120          fi          fi
121          return 99          return 99
122      fi      fi
123        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
124            if [ $verbose -gt 0 ]; then
125                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
126            fi
127            return 99
128        fi
129        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
130        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
131            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2
132            return 99
133        fi
134        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
135        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
136            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2
137            return 99
138        fi
139      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
140          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
141      fi      fi
# Line 163  dashnum() Line 182  dashnum()
182    
183  testoutput_ad()  testoutput_ad()
184  {  {
185      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
186      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
187      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
188      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
189      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
190      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
191      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
# Line 286  genmakemodel() Line 305  genmakemodel()
305                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
306              else              else
307                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
308              fi              fi
309              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
310                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 294  genmakemodel() Line 312  genmakemodel()
312              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
313                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
314              fi              fi
315                if test "x$MPI" = xt ; then
316                    command="$command -mpi"
317                fi
318              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
319              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
320              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 315  makeclean() Line 336  makeclean()
336  {  {
337      # makeclean directory      # makeclean directory
338      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
339          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
340      else      else
341          (          (
342              cd $1;              cd $1;
343              if test -e output.txt ; then              #if test -e output.txt ; then rm -f output.txt ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
344              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
345                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
346                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
347                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
348                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
349                      tail make.log                      tail make.log
350                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
351                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
352                      return 1                      return 1
353                  fi                  fi
# Line 339  makeclean() Line 358  makeclean()
358      fi      fi
359  }  }
360    
361    run_clean()
362    {
363        # run_clean directory
364        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
365            echo "run_clean skipped!"
366        else
367            (
368                cd $1;
369                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
370                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
371                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
372                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
373                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
374                find . -type l -exec rm {} \;
375                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
376                rm -rf mnc_test_*
377                echo successful 1>&2
378                exit 0
379            )
380        fi
381    }
382    
383  makedependmodel()  makedependmodel()
384  {  {
385      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 441  symlink_mpifiles() Line 482  symlink_mpifiles()
482    
483  linkdata()  linkdata()
484  {  {
485      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
486      #      #
487      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
488      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
489          (          (
490              cd $2              cd $1 ; shift
491              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
492                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
493                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
494                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
495                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
496                      fi                      if test ! -r eedata ; then
497                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
498              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
499                      fi                      fi
500                  done                  else
501                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
502                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
503                    fi
504              fi              fi
505                for ldir in $* ; do
506                    if test -d "../"$ldir ; then
507                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
508                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
509                        for i in $files ; do
510                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
511                                if test ! -r $i  ; then
512                                    printf ' '$i 1>&2
513                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
514                                fi
515                            fi
516                        done
517                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
518                            "../"$ldir"/"prepare_run
519                        fi
520                        printf ' ; ' 1>&2
521                    fi
522                done
523          )          )
524      fi      fi
525  }  }
# Line 480  runmodel() Line 532  runmodel()
532      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
533      (      (
534          cd $1          cd $1
535          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
536          # make output.txt          # make output.txt
537          echo          echo
538          rm -f run.log          rm -f run.log
539            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
540                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log
541                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
542            else
543                touch run.log
544            fi
545            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
546                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
547                    RETVAL=8
548            else
549                if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
550                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
551                    RETVAL=$?
552                else
553                    echo " $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
554                    RETVAL=0
555                fi
556            fi
557          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          # echo "COMMAND='$COMMAND'"
558          # echo "pwd='"`pwd`"'"          # echo "pwd='"`pwd`"'"
         ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1  
         RETVAL=$?  
559          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
560              tail run.log              tail run.log
561              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
# Line 495  runmodel() Line 563  runmodel()
563              # if test "x$ADM" = x ; then              # if test "x$ADM" = x ; then
564              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
565              # else              # else
566              #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"              #   cp output_adm.txt $CDIR"/output_adm.txt"
567              # fi              # fi
568              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
569              return 0              return 0
# Line 520  createcodelet() Line 588  createcodelet()
588  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
589    int linnum,best,lncnt;    int linnum,best,lncnt;
590    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
591    best = -16;    best = -22;
592    lncnt = 0;    lncnt = 0;
593    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
594      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
# Line 529  int main( int argc, char** argv )  { Line 597  int main( int argc, char** argv )  {
597      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
598      if (abave > 0.0) {      if (abave > 0.0) {
599        relerr=fabs(a-b)/abave;        relerr=fabs(a-b)/abave;
600        if (relerr > 0.0) {        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
601          linnum = (int)log10(relerr);        else { linnum = -16 ; }
602          best = (best > linnum) ? best : linnum;        best = (best > linnum) ? best : linnum;
       }  
     }  
     else {  
       if (best == -16 && abave != 0)  best = -22;  
603      }      }
604    }    }
605    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
# Line 543  int main( int argc, char** argv )  { Line 607  int main( int argc, char** argv )  {
607    return 0;    return 0;
608  }  }
609  EOF  EOF
610      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
611    
612      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
613          echo "OK"          echo "OK"
614          return 0          return 0
615      else      else
616          echo          echo
617          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
618            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
619          exit 1          exit 1
620      fi      fi
621  }  }
# Line 599  EOF Line 664  EOF
664    
665  scandirs()  scandirs()
666  {  {
667      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
668          for arg in * ; do          for arg in * ; do
669              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
670          done          done
671      else      else
672          echo $*          echo $*
673      fi      fi
674  }  }
675    
# Line 630  QUICK=f Line 695  QUICK=f
695  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
696  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
697  NODEPEND=f  NODEPEND=f
698    POSTCLEAN=f
699    
700  BASH=  BASH=
701  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 639  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 705  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
705  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
706  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
707  COMMAND=  COMMAND=
708  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
709        MAKE=make
710    fi
711    if test "x$CC" = x ; then
712        CC=cc
713    fi
714  JOBS=  JOBS=
715  MPI=f  MPI=f
716    MULTI_THREAD=f
717    OUTDIR=
718  DELDIR=  DELDIR=
719    
720  ADM=  ADM=
# Line 698  for ac_option ; do Line 771  for ac_option ; do
771          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
772              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
773    
774            -odir | --odir)
775                ac_prev=OUTDIR ;;
776            -odir=* | --odir=*)
777                OUTDIR=$ac_optarg ;;
778    
779          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
780              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
781          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
# Line 707  for ac_option ; do Line 785  for ac_option ; do
785          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
786    
787          -clean | --clean)          -clean | --clean)
788              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
789    
790          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
791              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 718  for ac_option ; do Line 796  for ac_option ; do
796          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
797              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
798    
799            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
800                POSTCLEAN=t ;;
801    
802          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
803    
804            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
805    
806          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
807    
808          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 752  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 835  if test "x$QUICK" = xt ; then
835  fi  fi
836    
837  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
838      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
839            TESTDIRS=`scandirs results_ad`
840        else
841            TESTDIRS=`scandirs results`
842        fi
843  fi  fi
844    
845  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
846      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
847  fi  fi
848    
849    if test "x$ADM" = xt ; then
850        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
851        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
852    else
853        EXECUTABLE="mitgcmuv"
854        OUTPUTFILE="output.txt"
855    fi
856    
857  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
858      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
859  fi  fi
860    
861  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
862      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
863  fi  fi
864    
865  echo "OK"  #echo "OK"
866    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
867    
868  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
869  createcodelet  createcodelet
# Line 784  MACH=`hostname` Line 880  MACH=`hostname`
880  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
881  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
882  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
883    if test "x$OUTDIR" != x ; then
884        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
885    fi
886  DNUM=0  DNUM=0
887  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
888  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 868  for dir in $TESTDIRS ; do Line 967  for dir in $TESTDIRS ; do
967      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
968      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
969          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
970                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
971              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
972          fi          fi
973          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
974              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
975                run_clean $dir/run
976          fi          fi
977            (
978                cd $dir
979                rm -rf tr_run.*
980            )
981          continue          continue
982      fi      fi
983    
# Line 881  for dir in $TESTDIRS ; do Line 986  for dir in $TESTDIRS ; do
986      fout=      fout=
987      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
988          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
         check_for_add_mon_output  $fout  
989      else      else
990          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
991      fi      fi
992      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
993          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
994          continue          continue
995      fi      fi
996        if test "x$ADM" = x ; then
997            check_for_add_mon_output  $fout
998        fi
999    
1000      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
1001    
1002      builddir="input"      builddir="build"
1003      rundir="input"      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1004      use_seperate_build=0      rundir="run"
1005      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then     #rundir=$builddir
1006          builddir="build"      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1007          rundir="build"          rundir=$builddir
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1008      fi      fi
1009            
     #  Check whether there are "extra runs" for this testdir  
     extra_runs=  
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
     fi  
   
1010      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1011          code_dir=code          code_dir=code
1012          CODE_DIR=$dir/code          CODE_DIR=$dir/code
1013            input_dirs='input'
1014      else      else
1015          code_dir=code_ad          code_dir=code_ad
1016          CODE_DIR=$dir/code_ad          CODE_DIR=$dir/code_ad
1017            input_dirs='input_ad input'
1018      fi      fi
1019      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
1020    
# Line 929  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1022  for dir in $TESTDIRS ; do
1022          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1023          continue          continue
1024      fi      fi
1025        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1026            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1027            continue
1028        fi
1029    
1030        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1031        extra_runs=
1032        if test "x$ADM" = x ; then
1033            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1034            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1035            for exd in $ex_run_dirs ; do
1036                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1037                outf="$dir/results/output.txt.$name"
1038                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1039                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1040                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1041                            extra_runs="$extra_runs $name"
1042                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1043                        fi
1044                    else
1045                        extra_runs="$extra_runs $name"
1046                    fi
1047                fi
1048            done
1049        fi
1050    
1051      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1052      echo      echo
1053      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1054           echo "Experiment:  $dir"
1055        else
1056           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1057        fi
1058      echo      echo
1059      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1060      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1061    
1062      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1063      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 943  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1065  for dir in $TESTDIRS ; do
1065      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1066            
1067      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1068          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1069            makeclean $dir/$builddir \
1070                && run_clean $dir/$rundir
1071      else      else
1072          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1073              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1074                && run_clean $dir/$rundir \
1075              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1076              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1077              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1078              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1079              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1080              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
1081      fi      fi
# Line 966  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1091  for dir in $TESTDIRS ; do
1091          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1092          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1093    
         OLD_COMMAND=$COMMAND  
         COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"  
1094          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1095              test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"              unset run
1096              mkdir "$dir/tr_run.$ex"              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1097              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1098              (              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1099                  cd "$dir/tr_run.$ex"              mkdir $rel_CDIR
1100                  for i in $links; do              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1101                      ln -s ../input/$i $i              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1102                  done              run_clean $dir/tr_run.$ex
1103              )              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
             links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`  
             (  
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                 for i in $links; do  
                     test -e $i  &&  rm -f $i  
                     ln -s ../input.$ex/$i $i  
                 done  
                 ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv  
             )  
1104              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1105                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1106              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
# Line 998  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1112  for dir in $TESTDIRS ; do
1112              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1113              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1114              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1115              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1116                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1117                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1118                fi
1119          done          done
         COMMAND=$OLD_COMMAND  
1120      else      else
1121          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1122          fres=$fres"$results   $dir"          fres=$fres"$results   $dir"
# Line 1011  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1127  for dir in $TESTDIRS ; do
1127          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1128          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1129          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1130            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1131                               >> $CDIR"/summary.txt"
1132        fi
1133    
1134        #postclean $dir/$builddir
1135        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1136            makeclean $dir/$builddir \
1137                && run_clean $dir/$rundir
1138      fi      fi
1139            
1140      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
# Line 1053  fi Line 1177  fi
1177  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
1178    
1179  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1180      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1181      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1182          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1183      fi      fi
1184      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1185  fi  fi
1186    
1187  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
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changed lines
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