/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.52 by edhill, Wed Dec 1 16:59:42 2004 UTC revision 1.138 by jmc, Tue Mar 30 16:40:03 2010 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16        echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
23      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
24        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
25        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
26        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
27        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
28        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
29        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
31      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
32      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
33      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
41      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
47        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
48      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
49      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
50      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
51      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
52      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
53        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
54        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
55        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
56      echo      echo
57      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
58      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 53  usage() Line 70  usage()
70  build_mpack()  build_mpack()
71  {  {
72      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
73      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
74        if test ! -x $MPACK ; then
75          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
76              echo              echo
77              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 62  build_mpack() Line 80  build_mpack()
80              echo              echo
81              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
82          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
83          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
84              export CC=cc              export CC=cc
85          fi          fi
86            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
87          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
88          RETVAL=$?          RETVAL=$?
89          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 76  build_mpack() Line 94  build_mpack()
94          else          else
95              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
96              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
97                echo "done"
98          fi          fi
99      else      else
100          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
101            echo "already exist"
102      fi      fi
     echo "OK"  
103  }  }
104    
105  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
106  {  {
107      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
108      #      #
109      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
110      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
111        #  using search strings s1 and text label
112    
113      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
114          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
115      fi      fi
116      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
117          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
118          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
119          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
120              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
121                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
122              fi              fi
123              return 99              return 99
124          fi          fi
125      else      else
126          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
127          return 99          return 99
128      fi      fi
129      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
130          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
131      fi      fi
132      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
133      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
134      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
135          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
136              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
137          fi          fi
138          return 99          return 99
139      fi      fi
140        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
141            if [ $verbose -gt 0 ]; then
142                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
143            fi
144            return 99
145        fi
146        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
147        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
148            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
149            return 99
150        fi
151        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
152        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
153            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
154            return 99
155        fi
156      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
157          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
158      fi      fi
159      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
160      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
161          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
162      fi      fi
163      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
164          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 130  testoutput_for_prop() Line 166  testoutput_for_prop()
166      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
167      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
168      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
169      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
170      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
171          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
172              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
173          fi          fi
174          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
175      else      else
176          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
177              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
178          fi          fi
179      fi      fi
180      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
       
     return $digits_of_similarity  
 }  
181    
182  dashnum()      return $digits_of_similarity
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput_ad()  
 {  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt  
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
 check_for_add_mon_output()  
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
   
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
   
     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"  
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"  
             fi  
         done  
         #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'  
     done  
183  }  }
184    
185  testoutput()  testoutput_run()
186  {  {
187      # testoutput directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
188      #      #
189      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
190      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
191          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
192              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
193          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
194          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
195          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
196              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
197          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
198          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
199          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
200          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
201          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
202          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
203          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?          outpref=$1/results/$3
204          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
205          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?  
   
         #  This is for PTRACERS  
206          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
207              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`              ptrfound=0
208              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`              for jj in $ptr_mon ; do
209              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
210              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
211              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
212              #echo 'tst = '$tst              done
213              if test "x$tst" = xt ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
214                  a="trcstat_ptracer0"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
215                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3              else
216                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
217                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
218                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`                # remove this ptr from the list of output variable to check
219                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
220                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
221                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3                fi
                 RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`  
222              fi              fi
223            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
224          done          done
225            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
226          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"          if test $tst != 1 ; then
227          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
228          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
229          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
230          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"          #- put it back once:
231          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
232          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"          fi
233            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
234          eval "dashnum $allargs"          echo "listVar='$listVar'" > $locDIR"/summary.txt"
235            allargs=""
236      else          for xx in $listVar
237          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          do
238      fi            case $xx in
239               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
240                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
241                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
242                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
243              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
244              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
245               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
246               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
247               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
248               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
249               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
250               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
252               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
253               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
254               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
256               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
259               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
260               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
261            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
262               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
263            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
264               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
265            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
267            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
268               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
272             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
275             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
276             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
279             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
280             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
282            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
283            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
285            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
286            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
287                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
288              esac
289              if test $xx = $sVar
290              then allargs="$allargs > $yy <"
291              else allargs="$allargs $yy"
292              fi
293            done
294    
295            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
296            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
297            #-- fill line (up to standard length) with dot:
298              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
299              echo $allargs $adNul
300            else
301              echo $allargs
302            fi
303    # <-- same processing for adjoint & forward test
304  }  }
305    
306  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 282  genmakemodel() Line 317  genmakemodel()
317          (          (
318              cd $1;              cd $1;
319              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
320              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
321                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
322                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
323                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
324                else
325                    command="$command -mods=../code"
326              fi              fi
327              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
328                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
329              fi              fi
330              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
331                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
332              fi              fi
333                if test "x$GSL" = xt ; then
334                    command="$command -gsl"
335                fi
336                if test "x$MPI" = xt ; then
337                    command="$command -mpi"
338                fi
339                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
340                #- run multi-threaded using OpenMP:
341                    command="$command -omp"
342                fi
343                if test "x$USE_R4" = xt ; then
344                    command="$command -use_r4"
345                fi
346                if test "x$TS" = xt ; then
347                    command="$command -ts"
348                fi
349                if test "x$PAPIS" = xt ; then
350                    command="$command -papis"
351                else
352                if test "x$PCLS" = xt ; then
353                    command="$command -pcls"
354                fi
355                fi
356              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
357              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
358                eval $command > make.log 2>&1
359              RETVAL=$?              RETVAL=$?
360              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
361              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
# Line 315  makeclean() Line 375  makeclean()
375  {  {
376      # makeclean directory      # makeclean directory
377      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
378          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
379      else      else
380          (          (
381              cd $1;              cd $1;
382              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
383              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
384                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
385                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
386                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
387                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
388                      tail make.log                      tail make.log
389                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
390                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
391                      return 1                      return 1
392                  fi                  fi
393                    echo successful 1>&2
394                else
395                    echo ''
396              fi              fi
397                exit 0
398            )
399        fi
400    }
401    
402    run_clean()
403    {
404        # run_clean directory
405        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
406            echo "run_clean skipped!"
407        else
408            (
409                cd $1;
410                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
411                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
412                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
413                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
414                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
415                find . -type l -exec rm {} \;
416                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
417                rm -rf mnc_test_*
418                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
419              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
420              exit 0              exit 0
421          )          )
# Line 366  makemodel() Line 449  makemodel()
449  {  {
450      # makemodel directory      # makemodel directory
451      (      (
452        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
453            cd $1;
454            if test -x $EXECUTABLE ; then
455                echo "make skipped!"
456            else
457                echo "no executable!"
458                return 2
459            fi
460        else
461          cd $1;          cd $1;
462          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
463              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
464              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
465                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
466                elif test "x$OADM" = xt ; then
467                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
468                else
469                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
470                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.log 2>&1
471                  else                  else
472                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
473                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
474              fi              fi
475              RETVAL=$?              RETVAL=$?
476              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
477                  tail make.log                  tail make.log
478                  echo failed 1>&2                  echo failed 1>&2
479                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
480                    rm -f $EXECUTABLE
481                  return 1                  return 1
482              else              else
483                  echo successful 1>&2                  echo successful 1>&2
484              fi              fi
485          fi          fi
486        fi
487      )      )
488  }  }
489    
# Line 401  symlink_mpifiles() Line 497  symlink_mpifiles()
497      code_dir=$2      code_dir=$2
498      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
499      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
500        
501      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
502      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
503    
504      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
505      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 436  symlink_mpifiles() Line 532  symlink_mpifiles()
532              fi              fi
533          done          done
534      fi      fi
535        
536  }  }
537    
538  linkdata()  linkdata()
539  {  {
540      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
541      #      #
542      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
543      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
544          (          (
545              cd $2              cd $1 ; shift
546              if test "x$ADM" = x ; then              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
547                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              for xx in $inpMPI ; do
548                  for i in $files ; do                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
549                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
550                          ln -sf "../input/"$i $i                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
551                      fi                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
552                  done                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
553              else                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
554                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test ! -r $yy ; then
555                  for i in $files ; do                          ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
556                      if test ! -d "../input/"$i ; then                          printf "$xx " 1>&2
                         ln -sf "../input/"$i $i  
557                      fi                      fi
558                  done                  else
559                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  # not mpi test: remove symbolic link
560                  for i in $files ; do                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
561                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                  fi
562                          ln -sf "../input_ad/"$i $i                fi
563                done
564                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
565                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
566                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
567                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
568                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
569                        if test ! -r eedata ; then
570                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
571                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
572                      fi                      fi
573                  done                  else
574                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
575                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
576                    fi
577              fi              fi
578                prevDir='NONE'
579                for ldir in $* ; do
580                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
581                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
582                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
583                        for i in $files ; do
584                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
585                                if test ! -r $i  ; then
586                                    printf ' '$i 1>&2
587                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
588                                fi
589                            fi
590                        done
591                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
592                            "../"$ldir"/"prepare_run
593                        fi
594                        printf ' ; ' 1>&2
595                    fi
596                    prevDir=$ldir
597                done
598          )          )
599      fi      fi
600  }  }
# Line 476  runmodel() Line 603  runmodel()
603  {  {
604      # runmodel directory      # runmodel directory
605      #      #
606      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
607      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
608      (      (
609          cd $1          cd $1
610          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
611          # make output.txt          # make output.txt
612          echo          echo
613          rm -f run.log          if test -L $EXECUTABLE ; then
614          # echo "COMMAND='$COMMAND'"            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
615          # echo "pwd='"`pwd`"'"              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
616          ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
617          RETVAL=$?            else rm -f $EXECUTABLE
618          if test "x$RETVAL" = x0 ; then            fi
619              tail run.log          fi
620            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
621                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
622                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
623            fi
624            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
625                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
626                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
627                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
628                    RETVAL=8
629                    ENDVAL=-1
630            else
631                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
632                  # output do not exist or is older than executable:
633                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
634                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
635                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
636                    RETVAL=$?
637                else
638                    RETVAL=0
639                    if test -f $RUNLOG ; then
640                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
641                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
642                    else
643                        touch $RUNLOG
644                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
645                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
646                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
647                    fi
648                fi
649                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
650            fi
651            rm -f run.log_tmp
652            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
653                tail $RUNLOG
654              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
655              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
656              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
657              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
658              return 0              return 0
659            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
660                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
661                tail $RUNLOG
662                echo finished with error '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
663                return 0
664          else          else
665              tail run.log              tail $RUNLOG
666              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
667              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
668              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
669              return 1              return 1
670          fi          fi
# Line 513  createcodelet() Line 675  createcodelet()
675  {  {
676      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
677    
678      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
679      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
680  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
681  #include <math.h>  #include <math.h>
682  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
683    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
684    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
685    best = -16;    best = -22;
686    lncnt = 0;    lncnt = 0;
687    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
688      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
689      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
690      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
691      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
692      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
693        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
694        if (relerr > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
695          linnum = (int)log10(relerr);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
696          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
697            best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
698          else { cmplin = -22 ; }
699       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
700        }        }
701      }     else {
702      else {     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
703        if (best == -16 && abave != 0)  best = -22;        break; }
     }  
704    }    }
705    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
706      if (linnum != -1) best=-99;
707    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
708    return 0;    return 0;
709  }  }
710  EOF  EOF
711      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
712    
713      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
714          echo "OK"          echo "OK"
715          return 0          return 0
716      else      else
717          echo          echo
718          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
719            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
720          exit 1          exit 1
721      fi      fi
722  }  }
# Line 562  formatresults() Line 728  formatresults()
728      nm=$1      nm=$1
729      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
730      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
731      printf '%3s' $@      listPrt=$@
732            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
733      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
734        printf '%3s' $listPrt
735    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
736    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
737    
738        if [ $xx = '..' ]; then
739            printf ' N/O '
740        elif [ $xx = '--' ]; then
741            printf ' N/O '
742        elif [ $xx = 99 ]; then
743          printf ' N/O '          printf ' N/O '
744      else      else
745          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
746              printf ' pass'              printf ' pass'
747          else          else
748              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 575  formatresults() Line 750  formatresults()
750      fi      fi
751      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
752      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
   
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
753    
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
754  }  }
755    
756  scandirs()  scandirs()
757  {  {
758      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
759          for arg in * ; do          for arg in * ; do
760              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
761          done          done
762      else      else
763          echo $*          echo $*
764      fi      fi
765  }  }
766    
767    
768    check_eedata()
769    {
770        # check_eedata size.h eedata
771        if [ $# -eq 2 ] ; then
772          if test -f $1 -a -f $2 ; then
773          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
774          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
775          if test "x$nx" = x ; then
776            rx=10
777          else
778            rx=`expr $sx % $nx`
779          fi
780          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
781          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
782          if test "x$ny" = x ; then
783            ry=20
784          else
785            ry=`expr $sy % $ny`
786          fi
787          echo `expr $rx + $ry`
788        else
789          echo '-1'
790          fi
791        else
792          echo '-2'
793        fi
794    
795    }
796    
797  ###############################################################################  ###############################################################################
798    
799    
# Line 616  scandirs() Line 801  scandirs()
801  debug=0  debug=0
802  verbose=1  verbose=1
803  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
804    
805  IEEE=true  IEEE=true
806  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
807      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
808  fi  fi
809    GSL=f
810    
811  CLEANUP=f  CLEANUP=f
812    NORUN=f
813  QUICK=f  QUICK=f
814    NOMAKE=f
815  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
816  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
817  NODEPEND=f  NODEPEND=f
818    POSTCLEAN=f
819    
820  BASH=  BASH=
821  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
822  ADDRESSES=  ADDRESSES=
823  TESTDIRS=  TESTDIRS=
824    SKIPDIRS=
825  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
826  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
827  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
828  COMMAND=  COMMAND=
829  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
830        MAKE=make
831    fi
832    if test "x$CC" = x ; then
833        CC=cc
834    fi
835  JOBS=  JOBS=
836  MPI=f  MPI=f
837    MULTI_THREAD=f
838    OUTDIR=
839  DELDIR=  DELDIR=
840    USE_R4=
841    
842  ADM=  ADM=
843    OADM=
844    
845  # Additional monitor types  # list of pTracers to check for monitor output
846  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
847    
848    MATCH_CRIT=13
849    
850  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
851    
852  ac_prev=  ac_prev=
# Line 662  for ac_option ; do Line 860  for ac_option ; do
860      fi      fi
861    
862      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
863        
864      case $ac_option in      case $ac_option in
865                    
866          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
# Line 675  for ac_option ; do Line 873  for ac_option ; do
873                    
874          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
875              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
876          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)
877              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
878            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
879                ac_prev=MPACKDIR ;;
880            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
881                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
882    
883          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
884              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
885          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)
886              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
887    
888            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
889                ac_prev=SKIPDIRS ;;
890            -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)
891                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
892    
893          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
894              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
895          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)
896              BASH=$ac_optarg ;;              BASH=$ac_optarg ;;
897    
898          -command | --command | -c | --c)          -command | --command | -c | --c)
899              ac_prev=COMMAND ;;              ac_prev=COMMAND ;;
900          -command=* | --command=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)
901              COMMAND=$ac_optarg ;;              COMMAND=$ac_optarg ;;
902    
903          -make | --make | -m | --m)          -make | --make | -m | --m)
904              ac_prev=MAKE ;;              ac_prev=MAKE ;;
905          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)
906              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
907    
908            -odir | --odir)
909                ac_prev=OUTDIR ;;
910            -odir=* | --odir=*)
911                OUTDIR=$ac_optarg ;;
912    
913          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
914              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
915          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
916              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
917    
918          -j) ac_prev=JOBS ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
919          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
920    
921            -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
922            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
923    
924          -clean | --clean)          -clean | --clean)
925              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
926    
927            -norun | --norun | -nr | --nr)
928                NORUN=t ;;
929            -runonly | --runonly | -ro | --ro)
930                QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
931          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
932              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
933          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 718  for ac_option ; do Line 937  for ac_option ; do
937          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
938              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
939    
940            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
941                POSTCLEAN=t ;;
942    
943          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
944    
945            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
946    
947          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
948    
949            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
950    
951          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
952          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
953            -gsl) GSL=t ;;
954    
955          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
956          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 731  for ac_option ; do Line 958  for ac_option ; do
958    
959          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
960    
961            -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
962    
963            -ts) TS=t;;
964            -papis) PAPIS=t;;
965            -pcls) PCL=t;;
966    
967          -*)          -*)
968              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
969              usage              usage
970              ;;              ;;
971            
972          *)          *)
973              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
974              usage              usage
975              ;;              ;;
976            
977       esac       esac
978        
979  done  done
980    
981  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 751  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 984  if test "x$QUICK" = xt ; then
984      NODEPEND=t      NODEPEND=t
985  fi  fi
986    
987    #- setting for forward or ADM testing
988    if test "x$ADM" = xt ; then
989        code_dir=code_ad
990        inputdir=input_ad
991        ref_outp="output_adm.txt"
992        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
993    elif test "x$OADM" = xt ; then
994        code_dir=code_oad
995        inputdir=input_oad
996        ref_outp="output_oadm.txt"
997        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
998    else
999        code_dir=code
1000        inputdir=input
1001        ref_outp="output.txt"
1002        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1003    fi
1004    
1005  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1006      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1007    else
1008        #- expand group of experiments:
1009        LIST=" "
1010        for xx in $TESTDIRS
1011        do
1012          case $xx in
1013            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1014                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1015                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1016                    ;;
1017            'tutorials')
1018                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1019            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1020          esac
1021        done
1022  fi  fi
1023    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1024    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1025    TESTDIRS=" "
1026    count=0
1027    for xx in $LIST
1028    do
1029        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1030        if test $yy = 0 ; then
1031            if test -d $xx ; then
1032                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1033                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1034            else count=1 ;
1035                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1036            fi
1037        else
1038            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1039            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1040            fi
1041        fi
1042    done
1043    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1044    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1045    
1046  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1047      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1048  fi  fi
1049    
1050  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  RUNLOG="run.log"
1051      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  OUTPUTFILE=$ref_outp
 fi  
   
1052  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1053      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1054    fi
1055    if test "x$MPI" = xt ; then
1056        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1057  fi  fi
1058    
1059  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1060    
1061    # set the Default List of output variables to be checked:
1062    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1063    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1064    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1065    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1066        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1067        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1068        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1069        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1070        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1071    else
1072        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1073        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1074        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1075    fi
1076    
1077  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1078  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1079        echo "skipping comparison code build"
1080    else
1081        createcodelet
1082    fi
1083    
1084  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1085  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1086      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1087  else  else
1088      build_mpack      build_mpack
1089  fi  fi
1090    
1091  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1092    CMDLINE=$0
1093    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1094        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1095                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1096    done
1097    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1098  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1099  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1100  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1101  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1102    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1103        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1104    else
1105        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1106        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1107    fi
1108  DNUM=0  DNUM=0
1109  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1110  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 797  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1118  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1118      exit 1      exit 1
1119  fi  fi
1120  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1121  start_date=`date`  start_date=`date`
1122  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1123    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1124    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1125    
1126  of_path=  of_path=
1127  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 828  else Line 1150  else
1150  fi  fi
1151  echo  echo
1152  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1153  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1154      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1155        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1156        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1157           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1158    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1159      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1160      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1161      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1162      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1163      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1164          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1165          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1166          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1167          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1168          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1169      done      done
1170      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1171      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
# Line 853  if test "x$ADM" = x ; then Line 1176  if test "x$ADM" = x ; then
1176  else  else
1177      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1178      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1179        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1180        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1181        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1182        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1183      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1184  G D M    C  G  G D M    C  G
1185  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 864  fi Line 1191  fi
1191    
1192  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1193  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1194        
1195        # set builddir & rundir:
1196        builddir="build"
1197        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1198        rundir="run"
1199        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1200            rundir=$builddir
1201        fi
1202        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1203        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1204    
1205      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1206      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1207          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1208              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1209            rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE
1210            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1211                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1212                run_clean $dir/$rundir
1213          fi          fi
1214          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
1215              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1216            if test $ttd != 0 ; then
1217                echo '  --- rm dir:' $trdir
1218                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1219          fi          fi
1220          continue          continue
1221      fi      fi
1222    
1223      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1224      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1225      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1226      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1227          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1228          continue          continue
1229      fi      fi
1230    
1231      # Check for additional types of monitor output      # Check for specific files for particular type of run
1232    
1233      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1234      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1235      use_seperate_build=0          continue
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1236      fi      fi
1237            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1238      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1239      extra_runs=          continue
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
1240      fi      fi
1241        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1242      if test "x$ADM" = x ; then        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1243          code_dir=code        if test $retv != 0 ; then
1244          CODE_DIR=$dir/code          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1245      else          continue
1246          code_dir=code_ad        fi
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
1247      fi      fi
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1248    
1249      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1250          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"      extra_runs=
1251          continue      if test "x$NORUN" = xf ; then
1252            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1253      fi      fi
1254        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1255        for exd in $ex_run_dirs ; do
1256            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1257            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1258            outf="$dir/results/$refExOut"
1259            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1260              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1261                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1262                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1263                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1264                    if test $retv = 0 ; then
1265                        extra_runs="$extra_runs $name"
1266                    else
1267                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1268                    fi
1269                  else
1270                    extra_runs="$extra_runs $name"
1271                  fi
1272                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1273                fi
1274              else
1275                extra_runs="$extra_runs $name"
1276              fi
1277            fi
1278        done
1279    
1280      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1281      echo      echo
1282      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1283           echo "Experiment:  $dir"
1284        else
1285           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1286        fi
1287      echo      echo
1288      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1289      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1290    
1291      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1292      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1293      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1294      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1295        
1296      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1297          makeclean $dir/$builddir              run=N
1298            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1299                && makeclean $dir/$builddir \
1300                && run_clean $dir/$rundir \
1301                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1302                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1303                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1304      else      else
1305          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1306              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1307                && run_clean $dir/$rundir \
1308              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1309              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1310              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1311              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1312              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1313              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1314      fi      fi
1315        
1316        #echo "results='$results'"
1317      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1318          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1319          echo          echo
1320          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1321          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $locDIR"/summary.txt"
1322          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1323          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1324          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1325          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1326            echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"
1327            if test "x$ADM" = xt ; then
1328                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1329                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1330                                    >> $locDIR"/summary.txt"
1331            fi
1332    
         OLD_COMMAND=$COMMAND  
         COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"  
1333          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1334              test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"              unset run
1335              mkdir "$dir/tr_run.$ex"              results=$EMPTY_RESULTS
1336              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              #  reference output file
1337              (              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1338                  cd "$dir/tr_run.$ex"              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1339                  for i in $links; do              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1340                      ln -s ../input/$i $i              mkdir $locDIR
1341                  done              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1342              )              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1343              links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              run_clean $dir/tr_run.$ex
1344              (              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                 for i in $links; do  
                     test -e $i  &&  rm -f $i  
                     ln -s ../input.$ex/$i $i  
                 done  
                 ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv  
             )  
1345              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1346                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1347              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1348              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1349              echo              echo
1350              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1351              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $locDIR"/summary.txt"
1352              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1353              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1354              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1355              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
1356                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"
1357                if test "x$ADM" = xt ; then
1358                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1359                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1360                                       >> $locDIR"/summary.txt"
1361                fi
1362                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1363                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1364                fi
1365          done          done
1366          COMMAND=$OLD_COMMAND  
1367      else      if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1368          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1369          fres=$fres"$results   $dir"              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1370          echo              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1371          echo "$fres" >> $SUMMARY              sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1372          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              echo $mkOpt >> $DRESULTS/genmake_state
1373          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          fi
1374          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"      fi
1375          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"      #postclean $dir/$builddir
1376          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1377            makeclean $dir/$builddir \
1378                && run_clean $dir/$rundir
1379      fi      fi
1380        
1381      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1382        
1383  done  done
1384    
1385  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1386  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1387  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1388  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1389    
# Line 1043  else Line 1408  else
1408              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1409              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1410              echo              echo
1411                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1412                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1413          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1414      fi      fi
1415  fi  fi
1416    
1417  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1418  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum      rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1419    fi
1420    
1421  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1422      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1423      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1424          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1425      fi      fi
1426      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1427  fi  fi
1428    
1429  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.52  
changed lines
  Added in v.1.138
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