/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.52 by edhill, Wed Dec 1 16:59:42 2004 UTC revision 1.135 by jmc, Thu Mar 4 21:26:27 2010 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19        echo "  (-ur4|-use_r4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
20        echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
21      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
22      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
23      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
24      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
25        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
26        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
27        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
28        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
29        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
31      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
32      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
33      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
34        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
35      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command) STRING        command to run"
36      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
37      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
38      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
39      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
40        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
41        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
42      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
43        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
44        echo "                             (DEF=\"12\")"
45      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
46      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
47        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
48      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
49      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
50      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
51      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
52      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
53        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
54        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
55        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
56      echo      echo
57      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
58      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 53  usage() Line 70  usage()
70  build_mpack()  build_mpack()
71  {  {
72      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
73      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
74        if test ! -x $MPACK ; then
75          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
76              echo              echo
77              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 62  build_mpack() Line 80  build_mpack()
80              echo              echo
81              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
82          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
83          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
84              export CC=cc              export CC=cc
85          fi          fi
86            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
87          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
88          RETVAL=$?          RETVAL=$?
89          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 76  build_mpack() Line 94  build_mpack()
94          else          else
95              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
96              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
97                echo "done"
98          fi          fi
99      else      else
100          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
101            echo "already exist"
102      fi      fi
     echo "OK"  
103  }  }
104    
105  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
106  {  {
107      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
108      #      #
109      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
110      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
111        #  using search strings s1 and text label
112    
113      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
114          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
115      fi      fi
116      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
117          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
118          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
119          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
120              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
121                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
122              fi              fi
123              return 99              return 99
124          fi          fi
125      else      else
126          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
127          return 99          return 99
128      fi      fi
129      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
130          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
131      fi      fi
132      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
133      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
134      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
135          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
136              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
137          fi          fi
138          return 99          return 99
139      fi      fi
140        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
141            if [ $verbose -gt 0 ]; then
142                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
143            fi
144            return 99
145        fi
146        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
147        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
148            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
149            return 99
150        fi
151        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
152        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
153            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
154            return 99
155        fi
156      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
157          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
158      fi      fi
159      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
160      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
161          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
162      fi      fi
163      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
164          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 130  testoutput_for_prop() Line 166  testoutput_for_prop()
166      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
167      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
168      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
169      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
170      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
171          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
172              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
173          fi          fi
174          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
175      else      else
176          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
177              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
178          fi          fi
179      fi      fi
180      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
       
     return $digits_of_similarity  
 }  
181    
182  dashnum()      return $digits_of_similarity
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput_ad()  
 {  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt  
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
 check_for_add_mon_output()  
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
   
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
   
     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"  
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"  
             fi  
         done  
         #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'  
     done  
183  }  }
184    
185  testoutput()  testoutput_run()
186  {  {
187      # testoutput directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
188      #      #
189      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
190      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
191          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
192              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
193          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
194          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
195          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
196              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
197          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
198          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
199          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
200          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
201          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
202          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
203          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?          outpref=$1/results/$3
204          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
205          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?  
   
         #  This is for PTRACERS  
206          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
207              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`              ptrfound=0
208              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`              for jj in $ptr_mon ; do
209              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
210              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
211              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
212              #echo 'tst = '$tst              done
213              if test "x$tst" = xt ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
214                  a="trcstat_ptracer0"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
215                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3              else
216                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
217                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
218                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`                # remove this ptr from the list of output variable to check
219                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
220                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
221                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3                fi
                 RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`  
222              fi              fi
223            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
224          done          done
225            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
226          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"          if test $tst != 1 ; then
227          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
228          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
229          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
230          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"          #- put it back once:
231          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
232          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"          fi
233            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
234          eval "dashnum $allargs"          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
235            allargs=""
236      else          for xx in $listVar
237          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          do
238      fi            case $xx in
239               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
240                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
241                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
242                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
243              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
244              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
245               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
246               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
247               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
248               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
249               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
250               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
252               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
253               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
254               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
256               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
259               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
260               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
261            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
262               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
263            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
264               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
265            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
267            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
268               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
272             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
275             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
276             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
279             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
280             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
282            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
283            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
285            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
286            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
287                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
288              esac
289              if test $xx = $sVar
290              then allargs="$allargs > $yy <"
291              else allargs="$allargs $yy"
292              fi
293            done
294    
295            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
296            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
297            #-- fill line (up to standard length) with dot:
298              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
299              echo $allargs $adNul
300            else
301              echo $allargs
302            fi
303    # <-- same processing for adjoint & forward test
304  }  }
305    
306  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 282  genmakemodel() Line 317  genmakemodel()
317          (          (
318              cd $1;              cd $1;
319              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
320              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
321                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
322                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
323                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
324                else
325                    command="$command -mods=../code"
326              fi              fi
327              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
328                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
329              fi              fi
330              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
331                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
332              fi              fi
333                if test "x$GSL" = xt ; then
334                    command="$command -gsl"
335                fi
336                if test "x$MPI" = xt ; then
337                    command="$command -mpi"
338                fi
339                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
340                #- run multi-threaded using OpenMP:
341                    command="$command -omp"
342                fi
343                if test "x$USE_R4" = xt ; then
344                    command="$command -use_r4"
345                fi
346                if test "x$TS" = xt ; then
347                    command="$command -ts"
348                fi
349                if test "x$PAPIS" = xt ; then
350                    command="$command -papis"
351                else
352                if test "x$PCLS" = xt ; then
353                    command="$command -pcls"
354                fi
355                fi
356              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
357              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
358                eval $command > make.log 2>&1
359              RETVAL=$?              RETVAL=$?
360              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
361              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
# Line 315  makeclean() Line 375  makeclean()
375  {  {
376      # makeclean directory      # makeclean directory
377      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
378          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
379      else      else
380          (          (
381              cd $1;              cd $1;
382              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
383              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
384                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
385                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
386                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
387                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
388                      tail make.log                      tail make.log
389                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
390                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
391                      return 1                      return 1
392                  fi                  fi
393                    echo successful 1>&2
394                else
395                    echo ''
396              fi              fi
397                exit 0
398            )
399        fi
400    }
401    
402    run_clean()
403    {
404        # run_clean directory
405        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
406            echo "run_clean skipped!"
407        else
408            (
409                cd $1;
410                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
411                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
412                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
413                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
414                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
415                find . -type l -exec rm {} \;
416                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
417                rm -rf mnc_test_*
418                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
419              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
420              exit 0              exit 0
421          )          )
# Line 369  makemodel() Line 452  makemodel()
452          cd $1;          cd $1;
453          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
454              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
455              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
456                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
457                elif test "x$OADM" = xt ; then
458                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
459                else
460                  if test "x$JOBS" = x ; then                  if test "x$JOBS" = x ; then
461                      $MAKE >> make.log 2>&1                      $MAKE >> make.log 2>&1
462                  else                  else
463                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1                      $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
464                  fi                  fi
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
465              fi              fi
466              RETVAL=$?              RETVAL=$?
467              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
468                  tail make.log                  tail make.log
469                  echo failed 1>&2                  echo failed 1>&2
470                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
471                    rm -f $EXECUTABLE
472                  return 1                  return 1
473              else              else
474                  echo successful 1>&2                  echo successful 1>&2
# Line 401  symlink_mpifiles() Line 487  symlink_mpifiles()
487      code_dir=$2      code_dir=$2
488      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
489      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
490        
491      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
492      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
493    
494      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
495      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 436  symlink_mpifiles() Line 522  symlink_mpifiles()
522              fi              fi
523          done          done
524      fi      fi
525        
526  }  }
527    
528  linkdata()  linkdata()
529  {  {
530      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
531      #      #
532      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
533      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
534          (          (
535              cd $2              cd $1 ; shift
536              if test "x$ADM" = x ; then              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
537                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              for xx in $inpMPI ; do
538                  for i in $files ; do                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
539                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
540                          ln -sf "../input/"$i $i                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
541                      fi                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
542                  done                  # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
543              else                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
544                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test ! -r $yy ; then
545                  for i in $files ; do                          ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
546                      if test ! -d "../input/"$i ; then                          printf "$xx " 1>&2
                         ln -sf "../input/"$i $i  
547                      fi                      fi
548                  done                  else
549                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  # not mpi test: remove symbolic link
550                  for i in $files ; do                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
551                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                  fi
552                          ln -sf "../input_ad/"$i $i                fi
553                done
554                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
555                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
556                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
557                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
558                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
559                        if test ! -r eedata ; then
560                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
561                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
562                      fi                      fi
563                  done                  else
564                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
565                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
566                    fi
567              fi              fi
568                prevDir='NONE'
569                for ldir in $* ; do
570                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
571                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
572                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
573                        for i in $files ; do
574                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
575                                if test ! -r $i  ; then
576                                    printf ' '$i 1>&2
577                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
578                                fi
579                            fi
580                        done
581                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
582                            "../"$ldir"/"prepare_run
583                        fi
584                        printf ' ; ' 1>&2
585                    fi
586                    prevDir=$ldir
587                done
588          )          )
589      fi      fi
590  }  }
# Line 476  runmodel() Line 593  runmodel()
593  {  {
594      # runmodel directory      # runmodel directory
595      #      #
596      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
597      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
598      (      (
599          cd $1          cd $1
600          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
601          # make output.txt          # make output.txt
602          echo          echo
603          rm -f run.log          if test -L $EXECUTABLE ; then
604          # echo "COMMAND='$COMMAND'"            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
605          # echo "pwd='"`pwd`"'"              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
606          ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
607          RETVAL=$?            else rm -f $EXECUTABLE
608          if test "x$RETVAL" = x0 ; then            fi
609              tail run.log          fi
610            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
611                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
612                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
613            fi
614            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
615                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
616                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
617                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
618                    RETVAL=8
619                    ENDVAL=-1
620            else
621                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
622                  # output do not exist or is older than executable:
623                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
624                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
625                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
626                    RETVAL=$?
627                else
628                    RETVAL=0
629                    if test -f $RUNLOG ; then
630                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
631                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
632                    else
633                        touch $RUNLOG
634                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
635                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
636                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
637                    fi
638                fi
639                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
640            fi
641            rm -f run.log_tmp
642            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
643                tail $RUNLOG
644              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
645              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
646              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
647              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
648              return 0              return 0
649            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
650                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
651                tail $RUNLOG
652                echo finished with error '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
653                return 0
654          else          else
655              tail run.log              tail $RUNLOG
656              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
657              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
658              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
659              return 1              return 1
660          fi          fi
# Line 513  createcodelet() Line 665  createcodelet()
665  {  {
666      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
667    
668      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
669      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
670  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
671  #include <math.h>  #include <math.h>
672  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
673    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
674    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
675    best = -16;    best = -22;
676    lncnt = 0;    lncnt = 0;
677    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
678      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
679      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
680      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
681      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
682      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
683        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
684        if (relerr > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
685          linnum = (int)log10(relerr);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
686          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
687            best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
688          else { cmplin = -22 ; }
689       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
690        }        }
691      }     else {
692      else {     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
693        if (best == -16 && abave != 0)  best = -22;        break; }
     }  
694    }    }
695    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
696      if (linnum != -1) best=-99;
697    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
698    return 0;    return 0;
699  }  }
700  EOF  EOF
701      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
702    
703      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
704          echo "OK"          echo "OK"
705          return 0          return 0
706      else      else
707          echo          echo
708          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
709            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
710          exit 1          exit 1
711      fi      fi
712  }  }
# Line 562  formatresults() Line 718  formatresults()
718      nm=$1      nm=$1
719      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
720      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
721      printf '%3s' $@      listPrt=$@
722            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
723      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
724        printf '%3s' $listPrt
725    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
726    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
727    
728        if [ $xx = '..' ]; then
729            printf ' N/O '
730        elif [ $xx = '--' ]; then
731            printf ' N/O '
732        elif [ $xx = 99 ]; then
733          printf ' N/O '          printf ' N/O '
734      else      else
735          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
736              printf ' pass'              printf ' pass'
737          else          else
738              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 575  formatresults() Line 740  formatresults()
740      fi      fi
741      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
742      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
   
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
743    
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
744  }  }
745    
746  scandirs()  scandirs()
747  {  {
748      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
749          for arg in * ; do          for arg in * ; do
750              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
751          done          done
752      else      else
753          echo $*          echo $*
754      fi      fi
755  }  }
756    
757    
758    check_eedata()
759    {
760        # check_eedata size.h eedata
761        if [ $# -eq 2 ] ; then
762          if test -f $1 -a -f $2 ; then
763          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
764          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
765          if test "x$nx" = x ; then
766            rx=10
767          else
768            rx=`expr $sx % $nx`
769          fi
770          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
771          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
772          if test "x$ny" = x ; then
773            ry=20
774          else
775            ry=`expr $sy % $ny`
776          fi
777          echo `expr $rx + $ry`
778        else
779          echo '-1'
780          fi
781        else
782          echo '-2'
783        fi
784    
785    }
786    
787  ###############################################################################  ###############################################################################
788    
789    
# Line 616  scandirs() Line 791  scandirs()
791  debug=0  debug=0
792  verbose=1  verbose=1
793  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
794    
795  IEEE=true  IEEE=true
796  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
797      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
798  fi  fi
799    GSL=f
800    
801  CLEANUP=f  CLEANUP=f
802    NORUN=f
803  QUICK=f  QUICK=f
804  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
805  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
806  NODEPEND=f  NODEPEND=f
807    POSTCLEAN=f
808    
809  BASH=  BASH=
810  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
811  ADDRESSES=  ADDRESSES=
812  TESTDIRS=  TESTDIRS=
813    SKIPDIRS=
814  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
815  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
816  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
817  COMMAND=  COMMAND=
818  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
819        MAKE=make
820    fi
821    if test "x$CC" = x ; then
822        CC=cc
823    fi
824  JOBS=  JOBS=
825  MPI=f  MPI=f
826    MULTI_THREAD=f
827    OUTDIR=
828  DELDIR=  DELDIR=
829    USE_R4=
830    
831  ADM=  ADM=
832    OADM=
833    
834  # Additional monitor types  # list of pTracers to check for monitor output
835  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
836    
837    MATCH_CRIT=13
838    
839  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
840    
841  ac_prev=  ac_prev=
# Line 662  for ac_option ; do Line 849  for ac_option ; do
849      fi      fi
850    
851      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
852        
853      case $ac_option in      case $ac_option in
854                    
855          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
# Line 677  for ac_option ; do Line 864  for ac_option ; do
864              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
865          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
866              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
867            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
868                ac_prev=MPACKDIR ;;
869            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
870                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
871    
872          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
873              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
874          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
875              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
876    
877            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
878                ac_prev=SKIPDIRS ;;
879            -skipdir=* | --skipdir=*)
880                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
881    
882          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
883              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
884          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 698  for ac_option ; do Line 894  for ac_option ; do
894          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
895              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
896    
897            -odir | --odir)
898                ac_prev=OUTDIR ;;
899            -odir=* | --odir=*)
900                OUTDIR=$ac_optarg ;;
901    
902          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
903              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
904          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
905              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
906    
907            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
908            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
909    
910          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
911          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
912    
913          -clean | --clean)          -clean | --clean)
914              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
915    
916            -norun | --norun | -nr | --nr)
917                NORUN=t ;;
918          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
919              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
920          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 718  for ac_option ; do Line 924  for ac_option ; do
924          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
925              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
926    
927            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
928                POSTCLEAN=t ;;
929    
930          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
931    
932            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
933    
934          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
935    
936            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
937    
938          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
939          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
940            -gsl) GSL=t ;;
941    
942          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
943          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 731  for ac_option ; do Line 945  for ac_option ; do
945    
946          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
947    
948            -ur4|-use_r4) USE_R4=t ;;
949    
950            -ts) TS=t;;
951            -papis) PAPIS=t;;
952            -pcls) PCL=t;;
953    
954          -*)          -*)
955              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
956              usage              usage
957              ;;              ;;
958            
959          *)          *)
960              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
961              usage              usage
962              ;;              ;;
963            
964       esac       esac
965        
966  done  done
967    
968  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 751  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 971  if test "x$QUICK" = xt ; then
971      NODEPEND=t      NODEPEND=t
972  fi  fi
973    
974    #- setting for forward or ADM testing
975    if test "x$ADM" = xt ; then
976        code_dir=code_ad
977        inputdir=input_ad
978        ref_outp="output_adm.txt"
979        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
980    elif test "x$OADM" = xt ; then
981        code_dir=code_oad
982        inputdir=input_oad
983        ref_outp="output_oadm.txt"
984        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
985    else
986        code_dir=code
987        inputdir=input
988        ref_outp="output.txt"
989        EXECUTABLE="mitgcmuv"
990    fi
991    
992  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
993      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
994    else
995        #- expand group of experiments:
996        LIST=" "
997        for xx in $TESTDIRS
998        do
999          case $xx in
1000            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1001                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1002                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1003                    ;;
1004            'tutorials')
1005                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1006            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1007          esac
1008        done
1009  fi  fi
1010    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1011    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1012    TESTDIRS=" "
1013    count=0
1014    for xx in $LIST
1015    do
1016        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1017        if test $yy = 0 ; then
1018            if test -d $xx ; then
1019                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1020                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1021            else count=1 ;
1022                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1023            fi
1024        else
1025            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1026            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1027            fi
1028        fi
1029    done
1030    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1031    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1032    
1033  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1034      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1035  fi  fi
1036    
1037  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  RUNLOG="run.log"
1038      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  OUTPUTFILE=$ref_outp
 fi  
   
1039  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1040      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1041    fi
1042    if test "x$MPI" = xt ; then
1043        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1044  fi  fi
1045    
1046  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1047    
1048    # set the Default List of output variables to be checked:
1049    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1050    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1051    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1052    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1053        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1054        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1055        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1056        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1057        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1058    else
1059        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1060        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1061        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1062    fi
1063    
1064  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1065  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1066        echo "skipping comparison code build"
1067    else
1068        createcodelet
1069    fi
1070    
1071  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1072  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1073      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1074  else  else
1075      build_mpack      build_mpack
1076  fi  fi
1077    
1078  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1079    CMDLINE=$0
1080    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1081        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1082                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1083    done
1084    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1085  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1086  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1087  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1088  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1089    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1090        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1091    else
1092        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1093        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1094    fi
1095  DNUM=0  DNUM=0
1096  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1097  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 797  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1105  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1105      exit 1      exit 1
1106  fi  fi
1107  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1108  start_date=`date`  start_date=`date`
1109  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1110    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1111    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1112    
1113  of_path=  of_path=
1114  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 828  else Line 1137  else
1137  fi  fi
1138  echo  echo
1139  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1140  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1141      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1142        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1143        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1144           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1145    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1146      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1147      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1148      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1149      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1150      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1151          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1152          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1153          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1154          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1155          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1156      done      done
1157      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1158      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
# Line 853  if test "x$ADM" = x ; then Line 1163  if test "x$ADM" = x ; then
1163  else  else
1164      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1165      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1166        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1167        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1168        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1169        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1170      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1171  G D M    C  G  G D M    C  G
1172  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 864  fi Line 1178  fi
1178    
1179  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1180  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1181        
1182        # set builddir & rundir:
1183        builddir="build"
1184        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1185        rundir="run"
1186        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1187            rundir=$builddir
1188        fi
1189        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1190        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1191    
1192      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1193      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1194          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1195              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1196            rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE
1197            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1198                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1199                run_clean $dir/$rundir
1200          fi          fi
1201          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
1202              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1203            if test $ttd != 0 ; then
1204                echo '  --- rm dir:' $trdir
1205                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1206          fi          fi
1207          continue          continue
1208      fi      fi
1209    
1210      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1211      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1212      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1213      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1214          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1215          continue          continue
1216      fi      fi
1217    
1218      # Check for additional types of monitor output      # Check for specific files for particular type of run
1219    
1220      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1221      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1222      use_seperate_build=0          continue
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1223      fi      fi
1224            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1225      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1226      extra_runs=          continue
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
1227      fi      fi
1228        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1229      if test "x$ADM" = x ; then        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1230          code_dir=code        if test $retv != 0 ; then
1231          CODE_DIR=$dir/code          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1232      else          continue
1233          code_dir=code_ad        fi
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
1234      fi      fi
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1235    
1236      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1237          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"      extra_runs=
1238          continue      if test "x$NORUN" = xf ; then
1239            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1240      fi      fi
1241        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1242        for exd in $ex_run_dirs ; do
1243            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1244            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1245            outf="$dir/results/$refExOut"
1246            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1247              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1248                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1249                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1250                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1251                    if test $retv = 0 ; then
1252                        extra_runs="$extra_runs $name"
1253                    else
1254                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1255                    fi
1256                  else
1257                    extra_runs="$extra_runs $name"
1258                  fi
1259                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1260                fi
1261              else
1262                extra_runs="$extra_runs $name"
1263              fi
1264            fi
1265        done
1266    
1267      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1268      echo      echo
1269      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1270           echo "Experiment:  $dir"
1271        else
1272           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1273        fi
1274      echo      echo
1275      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1276      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1277    
1278      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1279      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1280      mkdir $rel_CDIR      mkdir $rel_CDIR
1281      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1282        
1283      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1284          makeclean $dir/$builddir              run=N
1285            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1286                && makeclean $dir/$builddir \
1287                && run_clean $dir/$rundir \
1288                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1289                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1290                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1291      else      else
1292          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1293              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1294                && run_clean $dir/$rundir \
1295              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1296              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1297              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1298              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1299              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1300              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1301      fi      fi
1302        
1303        #echo "results='$results'"
1304      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1305          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1306          echo          echo
1307          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1308          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1309            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1310          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1311          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1312          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1313          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1314            if test "x$ADM" = xt ; then
1315                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1316                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1317                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1318            fi
1319    
         OLD_COMMAND=$COMMAND  
         COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"  
1320          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1321              test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"              unset run
1322              mkdir "$dir/tr_run.$ex"              results=$EMPTY_RESULTS
1323              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              #  reference output file
1324              (              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1325                  cd "$dir/tr_run.$ex"              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1326                  for i in $links; do              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1327                      ln -s ../input/$i $i              mkdir $rel_CDIR
1328                  done              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1329              )              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1330              links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              run_clean $dir/tr_run.$ex
1331              (              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                 for i in $links; do  
                     test -e $i  &&  rm -f $i  
                     ln -s ../input.$ex/$i $i  
                 done  
                 ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv  
             )  
1332              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1333                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1334              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1335              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1336              echo              echo
1337              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1338              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1339                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1340              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1341              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1342              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1343              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1344                if test "x$ADM" = xt ; then
1345                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1346                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1347                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1348                fi
1349                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1350                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1351                fi
1352          done          done
1353          COMMAND=$OLD_COMMAND  
1354      else      #postclean $dir/$builddir
1355          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1356          fres=$fres"$results   $dir"          makeclean $dir/$builddir \
1357          echo              && run_clean $dir/$rundir
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1358      fi      fi
1359        
1360      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1361        
1362  done  done
1363    
1364  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1365  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1366  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1367  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1368    
# Line 1043  else Line 1387  else
1387              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1388              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1389              echo              echo
1390                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1391                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1392          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1393      fi      fi
1394  fi  fi
1395    
1396  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1397  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum      rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1398    fi
1399    
1400  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1401      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1402      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1403          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1404      fi      fi
1405      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1406  fi  fi
1407    
1408  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.52  
changed lines
  Added in v.1.135
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