/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.52 by edhill, Wed Dec 1 16:59:42 2004 UTC revision 1.108 by jmc, Thu Dec 6 04:04:38 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 27  usage() Line 31  usage()
31      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
32      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
39        echo "                             (DEF=\"12\")"
40      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
41      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
42      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
# Line 36  usage() Line 44  usage()
44      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
45      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
46      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
47        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
48        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
49        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
50      echo      echo
51      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
52      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 83  build_mpack() Line 94  build_mpack()
94      echo "OK"      echo "OK"
95  }  }
96    
97  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
98  {  {
99      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
100      #      #
101      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
102      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
103        #  using search strings s1 and text label
104    
105      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
106          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
107      fi      fi
108      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
109          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
110          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
111          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
112              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
113                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
114              fi              fi
115              return 99              return 99
116          fi          fi
117      else      else
118          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
119          return 99          return 99
120      fi      fi
121      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
122          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
123      fi      fi
124      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
125      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
126      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
127          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
128              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
129          fi          fi
130          return 99          return 99
131      fi      fi
132        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
133            if [ $verbose -gt 0 ]; then
134                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
135            fi
136            return 99
137        fi
138        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
139        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
140            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
141            return 99
142        fi
143        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
144        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
145            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
146            return 99
147        fi
148      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
149          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
150      fi      fi
151      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
152      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
153          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
154      fi      fi
155      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
156          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 130  testoutput_for_prop() Line 158  testoutput_for_prop()
158      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
159      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
160      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
161      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
162      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
163          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
164              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
165          fi          fi
166          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
167      else      else
168          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
169              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
170          fi          fi
171      fi      fi
172      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 146  testoutput_for_prop() Line 174  testoutput_for_prop()
174      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
175  }  }
176    
 dashnum()  
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput_ad()  
 {  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt  
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
   
177  check_for_add_mon_output()  check_for_add_mon_output()
178  {  {
179      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
# Line 202  check_for_add_mon_output() Line 199  check_for_add_mon_output()
199      done      done
200  }  }
201    
202  testoutput()  testoutput_run()
203  {  {
204      # testoutput directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
205      #      #
206      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
207      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
208          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
209              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
210          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
211          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
212          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
213              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
214          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
215          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
216          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
217          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
218          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
219          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do
220          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?            tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
221          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?           #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
222          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?            if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi
223          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?          done
224          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`
225          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?          if test $tst != 1 ; then
226          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
227          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
228          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
229          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?          #- put it back once:
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
231            fi
232          #  This is for PTRACERS          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
233          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
234              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`          allargs=""
235              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`          for xx in $listVar
236              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`          do
237              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`            case $xx in
238              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
239              #echo 'tst = '$tst                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
240              if test "x$tst" = xt ; then                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
241                  a="trcstat_ptracer0"                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
242                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
243                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
244                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
245                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
246                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
247                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
248                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
249                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`             'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
250              fi             'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
251          done             'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
252               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
253          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"             'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
254          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"             'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
255          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"             'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
256          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"             'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
257          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"             'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
258          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"             'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
259          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"             'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
260            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
261          eval "dashnum $allargs"             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
262            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
263      else             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
264          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
265      fi             testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
266            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
267               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
271             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;
279             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
285            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
286                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
287              esac
288              if test $xx = $sVar
289              then allargs="$allargs > $yy <"
290              else allargs="$allargs $yy"
291              fi
292            done
293    
294            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
295            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
296            #-- fill line (up to standard length) with dot:
297              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
298              echo $allargs $adNul
299            else
300              echo $allargs
301            fi
302    # <-- same processing for adjoint & forward test
303  }  }
304    
305  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 286  genmakemodel() Line 320  genmakemodel()
320                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
321              else              else
322                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
323              fi              fi
324              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
325                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 294  genmakemodel() Line 327  genmakemodel()
327              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
328                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
329              fi              fi
330                if test "x$MPI" = xt ; then
331                    command="$command -mpi"
332                fi
333                if test "x$TS" = xt ; then
334                    command="$command -ts"
335                fi
336                if test "x$PAPIS" = xt ; then
337                    command="$command -papis"
338                else
339                if test "x$PCLS" = xt ; then
340                    command="$command -pcls"
341                fi
342                fi
343              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
344              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
345              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 315  makeclean() Line 361  makeclean()
361  {  {
362      # makeclean directory      # makeclean directory
363      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
364          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
365      else      else
366          (          (
367              cd $1;              cd $1;
368              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
369              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
370                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
371                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
372                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
373                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
374                      tail make.log                      tail make.log
375                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
376                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
377                      return 1                      return 1
378                  fi                  fi
# Line 339  makeclean() Line 383  makeclean()
383      fi      fi
384  }  }
385    
386    run_clean()
387    {
388        # run_clean directory
389        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
390            echo "run_clean skipped!"
391        else
392            (
393                cd $1;
394                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
395                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
396                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
397                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
398                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
399                find . -type l -exec rm {} \;
400                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
401                rm -rf mnc_test_*
402                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
403                echo successful 1>&2
404                exit 0
405            )
406        fi
407    }
408    
409  makedependmodel()  makedependmodel()
410  {  {
411      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 441  symlink_mpifiles() Line 508  symlink_mpifiles()
508    
509  linkdata()  linkdata()
510  {  {
511      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
512      #      #
513      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
514      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
515          (          (
516              cd $2              cd $1 ; shift
517              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
518                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
519                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
520                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
521                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
522                        if test ! -r eedata ; then
523                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
524                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
525                      fi                      fi
526                  done                  else
527              else                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
528                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
529                  for i in $files ; do                  fi
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
                     fi  
                 done  
530              fi              fi
531                prevDir='NONE'
532                for ldir in $* ; do
533                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
534                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
535                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
536                        for i in $files ; do
537                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
538                                if test ! -r $i  ; then
539                                    printf ' '$i 1>&2
540                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
541                                fi
542                            fi
543                        done
544                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
545                            "../"$ldir"/"prepare_run
546                        fi
547                        printf ' ; ' 1>&2
548                    fi
549                    prevDir=$ldir
550                done
551          )          )
552      fi      fi
553  }  }
# Line 480  runmodel() Line 560  runmodel()
560      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
561      (      (
562          cd $1          cd $1
563          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
564          # make output.txt          # make output.txt
565          echo          echo
566          rm -f run.log          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
567          # echo "COMMAND='$COMMAND'"              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
568          # echo "pwd='"`pwd`"'"              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi
569          ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1          fi
570          RETVAL=$?          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
571          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
572                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
573            fi
574            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
575                    rm -f run.log ; touch run.log
576                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
577                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
578                    RETVAL=8
579                    ENDVAL=-1
580            else
581                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
582                  # output do not exist or is older than executable:
583                    rm -f run.log ; touch run.log
584                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
585                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
586                    RETVAL=$?
587                else
588                    RETVAL=0
589                    if test -f run.log ; then
590                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
591                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
592                    else
593                        touch run.log
594                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
595                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
596                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
597                    fi
598                fi
599                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
600            fi
601            rm -f run.log_00
602            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
603            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
604              tail run.log              tail run.log
605              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
606              # === Reduce the size of the testing emails!              # === Reduce the size of the testing emails!
607              # if test "x$ADM" = x ; then              #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
             #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"  
             # else  
             #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"  
             # fi  
608              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
609              return 0              return 0
610          else          else
611              tail run.log              tail run.log
612              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
613              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
614              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
615              return 1              return 1
# Line 514  createcodelet() Line 622  createcodelet()
622      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
623    
624      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
625      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
626  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
627  #include <math.h>  #include <math.h>
628  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
629    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
630    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
631    best = -16;    best = -22;
632    lncnt = 0;    lncnt = 0;
633    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
634      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
635      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
636      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
637      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
638      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
639        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
640        if (relerr > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
641          linnum = (int)log10(relerr);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
642          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
643            best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
644          else { cmplin = -22 ; }
645       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
646        }        }
647      }     else {
648      else {     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
649        if (best == -16 && abave != 0)  best = -22;        break; }
     }  
650    }    }
651    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
652      if (linnum != -1) best=-99;
653    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
654    return 0;    return 0;
655  }  }
656  EOF  EOF
657      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
658    
659      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
660          echo "OK"          echo "OK"
661          return 0          return 0
662      else      else
663          echo          echo
664          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
665            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
666          exit 1          exit 1
667      fi      fi
668  }  }
# Line 562  formatresults() Line 674  formatresults()
674      nm=$1      nm=$1
675      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
676      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
677      printf '%3s' $@      listPrt=$@
678        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
679        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
680        printf '%3s' $listPrt
681    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
682    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
683            
684      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
685            printf ' N/O '
686        elif [ $xx = '--' ]; then
687            printf ' N/O '
688        elif [ $xx = 99 ]; then
689          printf ' N/O '          printf ' N/O '
690      else      else
691          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
692              printf ' pass'              printf ' pass'
693          else          else
694              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 578  formatresults() Line 699  formatresults()
699            
700  }  }
701    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
702  scandirs()  scandirs()
703  {  {
704      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
705          for arg in * ; do          for arg in * ; do
706              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
707          done          done
708      else      else
709          echo $*          echo $*
710      fi      fi
711  }  }
712    
# Line 630  QUICK=f Line 732  QUICK=f
732  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
733  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
734  NODEPEND=f  NODEPEND=f
735    POSTCLEAN=f
736    
737  BASH=  BASH=
738  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
739  ADDRESSES=  ADDRESSES=
740  TESTDIRS=  TESTDIRS=
741    SKIPDIRS=
742  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
743  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
744  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
745  COMMAND=  COMMAND=
746  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
747        MAKE=make
748    fi
749    if test "x$CC" = x ; then
750        CC=cc
751    fi
752  JOBS=  JOBS=
753  MPI=f  MPI=f
754    MULTI_THREAD=f
755    OUTDIR=
756  DELDIR=  DELDIR=
757    
758  ADM=  ADM=
# Line 649  ADM= Line 760  ADM=
760  # Additional monitor types  # Additional monitor types
761  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
762    
763    MATCH_CRIT=13
764    
765  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
766    
767  ac_prev=  ac_prev=
# Line 683  for ac_option ; do Line 796  for ac_option ; do
796          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
797              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
798    
799            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
800                ac_prev=SKIPDIRS ;;
801            -skipdir=* | --skipdir=*)
802                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
803    
804          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
805              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
806          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 698  for ac_option ; do Line 816  for ac_option ; do
816          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
817              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
818    
819            -odir | --odir)
820                ac_prev=OUTDIR ;;
821            -odir=* | --odir=*)
822                OUTDIR=$ac_optarg ;;
823    
824          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
825              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;              ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
826          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
827              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;              PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
828    
829            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
830            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
831    
832          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
833          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
834    
835          -clean | --clean)          -clean | --clean)
836              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
837    
838          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
839              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 718  for ac_option ; do Line 844  for ac_option ; do
844          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
845              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
846    
847            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
848                POSTCLEAN=t ;;
849    
850          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
851    
852            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
853    
854          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
855    
856          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 731  for ac_option ; do Line 862  for ac_option ; do
862    
863          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
864    
865            -ts) TS=t;;
866    
867            -papis) PAPIS=t;;
868    
869            -pcls) PCL=t;;
870    
871          -*)          -*)
872              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
873              usage              usage
# Line 751  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 888  if test "x$QUICK" = xt ; then
888      NODEPEND=t      NODEPEND=t
889  fi  fi
890    
891    #- setting for forward or ADM testing
892    if test "x$ADM" = xt ; then
893        code_dir=code_ad
894        inputdir=input_ad
895        ref_outp="output_adm.txt"
896        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
897    else
898        code_dir=code
899        inputdir=input
900        ref_outp="output.txt"
901        EXECUTABLE="mitgcmuv"
902    fi
903    
904  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
905      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
906    else
907        #- expand group of experiments:
908        LIST=" "
909        for xx in $TESTDIRS
910        do
911          case $xx in
912            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
913                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
914                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
915                    ;;
916            'tutorials')
917                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
918            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
919          esac
920        done
921  fi  fi
922    #echo 'LIST='${LIST}'<'
923    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
924    TESTDIRS=" "
925    count=0
926    for xx in $LIST
927    do
928        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
929        if test $yy = 0 ; then
930            if test -d $xx ; then
931                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
932                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
933            else count=1 ;
934                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
935            fi
936        else
937            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
938            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
939            fi
940        fi
941    done
942    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
943    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
944    
945  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
946      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
947  fi  fi
948    
949  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  OUTPUTFILE=$ref_outp
     COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  
 fi  
   
950  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
951      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
952  fi  fi
953    if test "x$MPI" = xt ; then
954        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
955    fi
956    
957    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
958    
959  echo "OK"  # set the Default List of output variables to be checked:
960    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
961    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
962    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
963    if test "x$ADM" = x ; then
964        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
965        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
966        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
967        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
968        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
969    else
970        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
971        EMPTY_RESULTS='.. ..'
972        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
973    fi
974    
975  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
976  createcodelet  createcodelet
# Line 784  MACH=`hostname` Line 987  MACH=`hostname`
987  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
988  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
989  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
990    if test "x$OUTDIR" != x ; then
991        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
992    fi
993  DNUM=0  DNUM=0
994  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
995  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 829  fi Line 1035  fi
1035  echo  echo
1036  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1037  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
1038      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1039        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1040        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1041           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1042    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1043      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1044      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1045      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
# Line 853  if test "x$ADM" = x ; then Line 1063  if test "x$ADM" = x ; then
1063  else  else
1064      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1065      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1066        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1067        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1068        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1069        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1070      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1071  G D M    C  G  G D M    C  G
1072  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 865  fi Line 1079  fi
1079  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1080  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1081            
1082        # set builddir & rundir:
1083        builddir="build"
1084        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1085        rundir="run"
1086        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1087            rundir=$builddir
1088        fi
1089        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1090        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1091    
1092      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1093      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1094          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then
1095              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1096                ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )
1097          fi          fi
1098          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1099              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir
1100                run_clean $dir/$rundir
1101          fi          fi
1102            (
1103                cd $dir
1104                rm -rf tr_run.*
1105            )
1106          continue          continue
1107      fi      fi
1108    
1109      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1110      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1111      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1112      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1113          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1114          continue          continue
1115      fi      fi
1116        if test "x$ADM" = x ; then
1117            check_for_add_mon_output  $fout
1118        fi
1119    
1120      # Check for additional types of monitor output      # Check for additional types of monitor output
1121    
1122      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1123      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1124      use_seperate_build=0          continue
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1125      fi      fi
1126            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1127            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1128            continue
1129        fi
1130    
1131      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1132      extra_runs=      extra_runs=
1133      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1134          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1135          echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"      for exd in $ex_run_dirs ; do
1136          for exd in $ex_run_dirs ; do          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1137              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1138              outf="$dir/results/output.txt.$name"          outf="$dir/results/$refExOut"
1139              if test -f $outf -a -r $outf ; then          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1140                if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1141                    if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1142                        extra_runs="$extra_runs $name"
1143                    #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1144                    fi
1145                else
1146                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1147              fi              fi
1148          done          fi
1149      fi      done
   
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
   
     if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then  
         echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"  
         continue  
     fi  
1150    
1151      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1152      echo      echo
1153      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1154           echo "Experiment:  $dir"
1155        else
1156           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1157        fi
1158      echo      echo
1159      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1160      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1161    
1162      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1163      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 943  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1165  for dir in $TESTDIRS ; do
1165      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1166            
1167      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1168          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1169            makeclean $dir/$builddir \
1170                && run_clean $dir/$rundir
1171      else      else
1172          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1173              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1174                && run_clean $dir/$rundir \
1175              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1176              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1177              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1178              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1179              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1180              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1181      fi      fi
1182            
1183      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1184          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1185          echo          echo
1186          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1187          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1188            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1189          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1190          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1191          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1192          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1193            if test "x$ADM" = xt ; then
1194                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1195                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1196                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1197            fi
1198    
         OLD_COMMAND=$COMMAND  
         COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"  
1199          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1200              test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"              unset run
1201              mkdir "$dir/tr_run.$ex"              results=$EMPTY_RESULTS
1202              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              #  reference output file
1203              (              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1204                  cd "$dir/tr_run.$ex"              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1205                  for i in $links; do              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1206                      ln -s ../input/$i $i              mkdir $rel_CDIR
1207                  done              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1208              )              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1209              links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              run_clean $dir/tr_run.$ex
1210              (              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                 for i in $links; do  
                     test -e $i  &&  rm -f $i  
                     ln -s ../input.$ex/$i $i  
                 done  
                 ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv  
             )  
1211              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1212                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1213              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1214              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1215              echo              echo
1216              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1217              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1218                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1219              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1220              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1221              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1222              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1223                if test "x$ADM" = xt ; then
1224                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1225                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1226                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1227                fi
1228                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1229                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1230                fi
1231          done          done
1232          COMMAND=$OLD_COMMAND  
1233      else      #postclean $dir/$builddir
1234          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1235          fres=$fres"$results   $dir"          makeclean $dir/$builddir \
1236          echo              && run_clean $dir/$rundir
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1237      fi      fi
1238            
1239      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
# Line 1049  else Line 1272  else
1272      fi      fi
1273  fi  fi
1274    
1275  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1276    
1277  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1278      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1279      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1280          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1281      fi      fi
1282      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1283  fi  fi
1284    
1285  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.52  
changed lines
  Added in v.1.108
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