/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.48 by jmc, Wed Nov 17 21:38:35 2004 UTC revision 1.86 by jmc, Sun Jul 16 04:02:49 2006 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
25      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
26      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 27  usage() Line 29  usage()
29      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
30      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
31      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
32        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
33        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
34        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
35        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
36      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
37      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
38      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
# Line 35  usage() Line 41  usage()
41      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
42      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
43      echo      echo
44      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
45      echo "such as:"      echo "such as:"
46        echo
47      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
48      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
49      echo      echo
50        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
51        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
52        echo
53      exit 1      exit 1
54  }  }
55    
# Line 89  testoutput_for_prop() Line 99  testoutput_for_prop()
99      fi      fi
100      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
101          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
102          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
103          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
104              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
105                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
106              fi              fi
# Line 101  testoutput_for_prop() Line 111  testoutput_for_prop()
111          return 99          return 99
112      fi      fi
113      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
114          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2
115      fi      fi
116      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
117      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
118      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
119          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
120              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
121          fi          fi
122          return 99          return 99
123      fi      fi
124        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
125            if [ $verbose -gt 0 ]; then
126                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
127            fi
128            return 99
129        fi
130        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
131        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
132            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2
133            return 99
134        fi
135        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
136        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
137            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2
138            return 99
139        fi
140      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
141          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
142      fi      fi
# Line 157  dashnum() Line 183  dashnum()
183    
184  testoutput_ad()  testoutput_ad()
185  {  {
186      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
187      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
188      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
189      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
190      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
191      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
192      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
# Line 171  testoutput_ad() Line 197  testoutput_ad()
197      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      rm -f t[01][56].txt t[56].txt
198  }  }
199    
200    check_for_add_mon_output()
201    {
202        # Check for additional types of monitor output
203        if test "x$1" = x ; then
204            return
205        fi
206    
207        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
208            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
209        done
210    
211        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
212        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
213        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
214            for jj in $ptr_add ; do
215                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
216                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
217                if test ! "x$tst" = x0 ; then
218                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
219                fi
220            done
221            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
222        done
223    }
224    
225  testoutput()  testoutput()
226  {  {
227      # testoutput directory subdir extension      # testoutput directory subdir extension
# Line 200  testoutput() Line 251  testoutput()
251          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
252          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
253          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
254          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
255              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd          #  This is for PTRACERS
256            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
257                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
258                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
259                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
260                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
261                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
262                #echo 'tst = '$tst
263                if test "x$tst" = xt ; then
264                    a="trcstat_ptracer0"
265                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
266                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
267                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
268                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
269                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
270                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
271                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
272                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
273                fi
274            done
275    
276            allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
277            allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
278            allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
279            allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
280            allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
281            allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
282            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
283    
284            eval "dashnum $allargs"
285    
286      else      else
287          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
288      fi      fi
# Line 225  genmakemodel() Line 306  genmakemodel()
306                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
307              else              else
308                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
309              fi              fi
310              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
311                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 233  genmakemodel() Line 313  genmakemodel()
313              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
314                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
315              fi              fi
316                if test "x$MPI" = xt ; then
317                    command="$command -mpi"
318                fi
319              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
320              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
321              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 254  makeclean() Line 337  makeclean()
337  {  {
338      # makeclean directory      # makeclean directory
339      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
340          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
341      else      else
342          (          (
343              cd $1;              cd $1;
344              if test -e output.txt ; then              #if test -e output.txt ; then rm -f output.txt ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
345              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
346                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
347                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
348                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
349                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
350                      tail make.log                      tail make.log
351                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
352                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
353                      return 1                      return 1
354                  fi                  fi
# Line 278  makeclean() Line 359  makeclean()
359      fi      fi
360  }  }
361    
362    run_clean()
363    {
364        # run_clean directory
365        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
366            echo "run_clean skipped!"
367        else
368            (
369                cd $1;
370                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
371                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
372                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
373                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
374                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
375                find . -type l -exec rm {} \;
376                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
377                rm -rf mnc_test_*
378                echo successful 1>&2
379                exit 0
380            )
381        fi
382    }
383    
384  makedependmodel()  makedependmodel()
385  {  {
386      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 380  symlink_mpifiles() Line 483  symlink_mpifiles()
483    
484  linkdata()  linkdata()
485  {  {
486      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
487      #      #
488      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
489      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
490          (          (
491              cd $2              cd $1 ; shift
492              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
493                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
494                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
495                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
496                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
497                      fi                      if test ! -r eedata ; then
498                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
499              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
500                      fi                      fi
501                  done                  else
502                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
503                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
504                    fi
505              fi              fi
506                for ldir in $* ; do
507                    if test -d "../"$ldir ; then
508                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
509                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
510                        for i in $files ; do
511                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
512                                if test ! -r $i  ; then
513                                    printf ' '$i 1>&2
514                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
515                                fi
516                            fi
517                        done
518                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
519                            "../"$ldir"/"prepare_run
520                        fi
521                        printf ' ; ' 1>&2
522                    fi
523                done
524          )          )
525      fi      fi
526  }  }
# Line 419  runmodel() Line 533  runmodel()
533      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
534      (      (
535          cd $1          cd $1
536          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
537          # make output.txt          # make output.txt
538          echo          echo
539          rm -f run.log          rm -f run.log
540            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
541                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log
542                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
543            else
544                touch run.log
545            fi
546            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
547                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
548                    RETVAL=8
549            else
550                if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
551                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
552                    RETVAL=$?
553                else
554                    echo " $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
555                    RETVAL=0
556                fi
557            fi
558          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          # echo "COMMAND='$COMMAND'"
559          # echo "pwd='"`pwd`"'"          # echo "pwd='"`pwd`"'"
         ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1  
         RETVAL=$?  
560          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
561              tail run.log              tail run.log
562              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
# Line 434  runmodel() Line 564  runmodel()
564              # if test "x$ADM" = x ; then              # if test "x$ADM" = x ; then
565              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
566              # else              # else
567              #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"              #   cp output_adm.txt $CDIR"/output_adm.txt"
568              # fi              # fi
569              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
570              return 0              return 0
# Line 458  createcodelet() Line 588  createcodelet()
588  #include <math.h>  #include <math.h>
589  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
590    int linnum,best,lncnt;    int linnum,best,lncnt;
591    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
592    best = -16;    best = -22;
593    lncnt = 0;    lncnt = 0;
594    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
595      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
596      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
597      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
598      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
599      if (diff > 1.e-12) {      if (abave > 0.0) {
600        diff=fabs(a-b)/diff;        relerr=fabs(a-b)/abave;
601        if (diff > 0.0) {        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
602          linnum = (int)log10(diff);        else { linnum = -16 ; }
603          best = (best > linnum) ? best : linnum;        best = (best > linnum) ? best : linnum;
       }  
       else {  
         if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;  
       }  
604      }      }
605    }    }
606    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
# Line 482  int main( int argc, char** argv )  { Line 608  int main( int argc, char** argv )  {
608    return 0;    return 0;
609  }  }
610  EOF  EOF
611      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
612    
613      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
614          echo "OK"          echo "OK"
615          return 0          return 0
616      else      else
617          echo          echo
618          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
619            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
620          exit 1          exit 1
621      fi      fi
622  }  }
# Line 538  EOF Line 665  EOF
665    
666  scandirs()  scandirs()
667  {  {
668      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
669          for arg in * ; do          for arg in * ; do
670              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
671          done          done
672      else      else
673          echo $*          echo $*
674      fi      fi
675  }  }
676    
# Line 569  QUICK=f Line 696  QUICK=f
696  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
697  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
698  NODEPEND=f  NODEPEND=f
699    POSTCLEAN=f
700    
701  BASH=  BASH=
702  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 578  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 706  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
706  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
707  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
708  COMMAND=  COMMAND=
709  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
710        MAKE=make
711    fi
712    if test "x$CC" = x ; then
713        CC=cc
714    fi
715  JOBS=  JOBS=
716  MPI=f  MPI=f
717    MULTI_THREAD=f
718    OUTDIR=
719  DELDIR=  DELDIR=
720    
721  ADM=  ADM=
722    
723    # Additional monitor types
724    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
725    
726  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
727    
728  ac_prev=  ac_prev=
# Line 634  for ac_option ; do Line 772  for ac_option ; do
772          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
773              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
774    
775            -odir | --odir)
776                ac_prev=OUTDIR ;;
777            -odir=* | --odir=*)
778                OUTDIR=$ac_optarg ;;
779    
780            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
781                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
782            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
783                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
784    
785          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
786          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
787    
788          -clean | --clean)          -clean | --clean)
789              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
790    
791          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
792              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 649  for ac_option ; do Line 797  for ac_option ; do
797          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
798              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
799    
800            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
801                POSTCLEAN=t ;;
802    
803          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
804    
805            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
806    
807          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
808    
809          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 683  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 836  if test "x$QUICK" = xt ; then
836  fi  fi
837    
838  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
839      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
840            TESTDIRS=`scandirs results_ad`
841        else
842            TESTDIRS=`scandirs results`
843        fi
844    else
845        #- expand group of experiments:
846        LIST=" "
847        for xx in $TESTDIRS
848        do
849          case $xx in
850            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
851                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
852                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
853                    ;;
854            'tutorials')
855                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
856            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
857          esac
858        done
859        #echo 'LIST='${LIST}'<'
860        #- remove duplicate and non-directory:
861        TESTDIRS=" "
862        for xx in $LIST
863        do
864            if test -d $xx ; then
865                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
866                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
867            else
868                echo " -- skip \"$xx\" : not a directory !"
869            fi
870        done
871  fi  fi
872    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
873    
874  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
875      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
876  fi  fi
877    
878    if test "x$ADM" = xt ; then
879        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
880        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
881    else
882        EXECUTABLE="mitgcmuv"
883        OUTPUTFILE="output.txt"
884    fi
885    
886  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
887      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
888  fi  fi
889    
890  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
891      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
892  fi  fi
893    
894  echo "OK"  #echo "OK"
895    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
896    
897  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
898  createcodelet  createcodelet
# Line 715  MACH=`hostname` Line 909  MACH=`hostname`
909  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
910  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
911  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
912    if test "x$OUTDIR" != x ; then
913        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
914    fi
915  DNUM=0  DNUM=0
916  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
917  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 760  fi Line 957  fi
957  echo  echo
958  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
959  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
960      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
961                  T           S           U           V      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
962  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
963  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
964  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
965  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
966            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
967  EOF          #  if test "x$tst" = xt ; then
968            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
969            line_1="$line_1        m  s"
970            line_2="$line_2  m  m  e  ."
971            line_3="$line_3  i  a  a  d"
972            line_4="$line_4  n  x  n  ."
973            #  fi
974        done
975        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
976        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
977        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
978        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
979        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
980        echo " "       | tee -a $SUMMARY
981  else  else
982      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
983      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
# Line 786  for dir in $TESTDIRS ; do Line 996  for dir in $TESTDIRS ; do
996      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
997      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
998          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
999                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1000              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
1001          fi          fi
1002          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
1003              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
1004                run_clean $dir/run
1005          fi          fi
1006            (
1007                cd $dir
1008                rm -rf tr_run.*
1009            )
1010          continue          continue
1011      fi      fi
1012    
# Line 800  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1016  for dir in $TESTDIRS ; do
1016      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1017          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
1018      else      else
1019          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
1020      fi      fi
1021      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1022          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1023          continue          continue
1024      fi      fi
1025        if test "x$ADM" = x ; then
1026            check_for_add_mon_output  $fout
1027        fi
1028    
1029        # Check for additional types of monitor output
1030    
1031      builddir="input"      builddir="build"
1032      rundir="input"      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1033      use_seperate_build=0      rundir="run"
1034      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then     #rundir=$builddir
1035          builddir="build"      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1036          rundir="build"          rundir=$builddir
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1037      fi      fi
1038            
     #  Check whether there are "extra runs" for this testdir  
     extra_runs=  
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
     fi  
   
1039      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1040          code_dir=code          code_dir=code
1041          CODE_DIR=$dir/code          CODE_DIR=$dir/code
1042            input_dirs='input'
1043      else      else
1044          code_dir=code_ad          code_dir=code_ad
1045          CODE_DIR=$dir/code_ad          CODE_DIR=$dir/code_ad
1046            input_dirs='input_ad input'
1047      fi      fi
1048      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
1049    
# Line 844  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1051  for dir in $TESTDIRS ; do
1051          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1052          continue          continue
1053      fi      fi
1054        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1055            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1056            continue
1057        fi
1058    
1059        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1060        extra_runs=
1061        if test "x$ADM" = x ; then
1062            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1063            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1064            for exd in $ex_run_dirs ; do
1065                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1066                outf="$dir/results/output.$name.txt"
1067                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1068                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1069                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1070                            extra_runs="$extra_runs $name"
1071                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1072                        fi
1073                    else
1074                        extra_runs="$extra_runs $name"
1075                    fi
1076                fi
1077            done
1078        fi
1079    
1080      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1081      echo      echo
1082      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1083           echo "Experiment:  $dir"
1084        else
1085           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1086        fi
1087      echo      echo
1088      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1089      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1090    
1091      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1092      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 858  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1094  for dir in $TESTDIRS ; do
1094      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1095            
1096      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1097          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1098            makeclean $dir/$builddir \
1099                && run_clean $dir/$rundir
1100      else      else
1101          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1102              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1103                && run_clean $dir/$rundir \
1104              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1105              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1106              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1107              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1108              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1109              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir "txt"`
1110      fi      fi
1111            
1112      echo      echo
# Line 881  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1120  for dir in $TESTDIRS ; do
1120          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1121          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1122    
         OLD_COMMAND=$COMMAND  
         COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"  
1123          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1124              test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"              unset run
1125              mkdir "$dir/tr_run.$ex"              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1126              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1127              (              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1128                  cd "$dir/tr_run.$ex"              mkdir $rel_CDIR
1129                  for i in $links; do              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1130                      ln -s ../input/$i $i              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1131                  done              run_clean $dir/tr_run.$ex
1132              )              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
             links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`  
             (  
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                 for i in $links; do  
                     test -e $i  &&  rm -f $i  
                     ln -s ../input.$ex/$i $i  
                 done  
                 ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv  
             )  
1133              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1134                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`
1135              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1136              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1137              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
# Line 913  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1141  for dir in $TESTDIRS ; do
1141              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1142              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1143              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1144              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1145                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1146                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1147                fi
1148          done          done
         COMMAND=$OLD_COMMAND  
1149      else      else
1150          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1151          fres=$fres"$results   $dir"          fres=$fres"$results   $dir"
# Line 926  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1156  for dir in $TESTDIRS ; do
1156          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1157          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1158          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1159            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1160                               >> $CDIR"/summary.txt"
1161        fi
1162    
1163        #postclean $dir/$builddir
1164        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1165            makeclean $dir/$builddir \
1166                && run_clean $dir/$rundir
1167      fi      fi
1168            
1169      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
# Line 968  fi Line 1206  fi
1206  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
1207    
1208  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1209      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1210      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1211          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1212      fi      fi
1213      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1214  fi  fi
1215    
1216  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.48  
changed lines
  Added in v.1.86
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