/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.48 by jmc, Wed Nov 17 21:38:35 2004 UTC revision 1.83 by jmc, Wed Jul 5 22:39:57 2006 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
# Line 27  usage() Line 28  usage()
28      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
29      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
30      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
31        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
32        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
33        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
34        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
35      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
36      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
37      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
# Line 35  usage() Line 40  usage()
40      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
41      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
42      echo      echo
43      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
44      echo "such as:"      echo "such as:"
45        echo
46      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
47      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
48      echo      echo
49        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
50        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
51        echo
52      exit 1      exit 1
53  }  }
54    
# Line 89  testoutput_for_prop() Line 98  testoutput_for_prop()
98      fi      fi
99      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
100          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
101          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
102          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
103              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
104                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
105              fi              fi
# Line 104  testoutput_for_prop() Line 113  testoutput_for_prop()
113          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
114      fi      fi
115      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
116      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
117      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
118          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
119              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
120          fi          fi
121          return 99          return 99
122      fi      fi
123        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
124            if [ $verbose -gt 0 ]; then
125                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
126            fi
127            return 99
128        fi
129        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
130        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
131            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2
132            return 99
133        fi
134        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
135        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
136            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2
137            return 99
138        fi
139      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
140          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
141      fi      fi
# Line 157  dashnum() Line 182  dashnum()
182    
183  testoutput_ad()  testoutput_ad()
184  {  {
185      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
186      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
187      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
188      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
189      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
190      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
191      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
# Line 171  testoutput_ad() Line 196  testoutput_ad()
196      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      rm -f t[01][56].txt t[56].txt
197  }  }
198    
199    check_for_add_mon_output()
200    {
201        # Check for additional types of monitor output
202        if test "x$1" = x ; then
203            return
204        fi
205    
206        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
207            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
208        done
209    
210        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
211        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
212        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
213            for jj in $ptr_add ; do
214                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
215                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
216                if test ! "x$tst" = x0 ; then
217                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
218                fi
219            done
220            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
221        done
222    }
223    
224  testoutput()  testoutput()
225  {  {
226      # testoutput directory subdir extension      # testoutput directory subdir extension
# Line 200  testoutput() Line 250  testoutput()
250          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
251          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
252          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
253          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
254              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd          #  This is for PTRACERS
255            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
256                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
257                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
258                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
259                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
260                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
261                #echo 'tst = '$tst
262                if test "x$tst" = xt ; then
263                    a="trcstat_ptracer0"
264                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
265                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
266                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
267                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
268                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
269                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
270                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
271                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
272                fi
273            done
274    
275            allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
276            allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
277            allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
278            allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
279            allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
280            allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
281            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
282    
283            eval "dashnum $allargs"
284    
285      else      else
286          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
287      fi      fi
# Line 225  genmakemodel() Line 305  genmakemodel()
305                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
306              else              else
307                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
308              fi              fi
309              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
310                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 233  genmakemodel() Line 312  genmakemodel()
312              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
313                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
314              fi              fi
315                if test "x$MPI" = xt ; then
316                    command="$command -mpi"
317                fi
318              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
319              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
320              RETVAL=$?              RETVAL=$?
# Line 254  makeclean() Line 336  makeclean()
336  {  {
337      # makeclean directory      # makeclean directory
338      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
339          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
340      else      else
341          (          (
342              cd $1;              cd $1;
343              if test -e output.txt ; then              #if test -e output.txt ; then rm -f output.txt ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
344              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
345                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
346                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
347                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
348                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
349                      tail make.log                      tail make.log
350                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
351                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
352                      return 1                      return 1
353                  fi                  fi
# Line 278  makeclean() Line 358  makeclean()
358      fi      fi
359  }  }
360    
361    run_clean()
362    {
363        # run_clean directory
364        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
365            echo "run_clean skipped!"
366        else
367            (
368                cd $1;
369                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
370                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
371                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
372                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
373                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
374                find . -type l -exec rm {} \;
375                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
376                rm -rf mnc_test_*
377                echo successful 1>&2
378                exit 0
379            )
380        fi
381    }
382    
383  makedependmodel()  makedependmodel()
384  {  {
385      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 380  symlink_mpifiles() Line 482  symlink_mpifiles()
482    
483  linkdata()  linkdata()
484  {  {
485      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
486      #      #
487      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
488      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
489          (          (
490              cd $2              cd $1 ; shift
491              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
492                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
493                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
494                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
495                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
496                      fi                      if test ! -r eedata ; then
497                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
498              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
499                      fi                      fi
500                  done                  else
501                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
502                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
503                    fi
504              fi              fi
505                for ldir in $* ; do
506                    if test -d "../"$ldir ; then
507                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
508                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
509                        for i in $files ; do
510                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
511                                if test ! -r $i  ; then
512                                    printf ' '$i 1>&2
513                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
514                                fi
515                            fi
516                        done
517                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
518                            "../"$ldir"/"prepare_run
519                        fi
520                        printf ' ; ' 1>&2
521                    fi
522                done
523          )          )
524      fi      fi
525  }  }
# Line 419  runmodel() Line 532  runmodel()
532      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
533      (      (
534          cd $1          cd $1
535          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
536          # make output.txt          # make output.txt
537          echo          echo
538          rm -f run.log          rm -f run.log
539            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
540                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log
541                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
542            else
543                touch run.log
544            fi
545            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
546                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
547                    RETVAL=8
548            else
549                if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
550                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
551                    RETVAL=$?
552                else
553                    echo " $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
554                    RETVAL=0
555                fi
556            fi
557          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          # echo "COMMAND='$COMMAND'"
558          # echo "pwd='"`pwd`"'"          # echo "pwd='"`pwd`"'"
         ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1  
         RETVAL=$?  
559          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
560              tail run.log              tail run.log
561              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
# Line 434  runmodel() Line 563  runmodel()
563              # if test "x$ADM" = x ; then              # if test "x$ADM" = x ; then
564              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
565              # else              # else
566              #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"              #   cp output_adm.txt $CDIR"/output_adm.txt"
567              # fi              # fi
568              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
569              return 0              return 0
# Line 458  createcodelet() Line 587  createcodelet()
587  #include <math.h>  #include <math.h>
588  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
589    int linnum,best,lncnt;    int linnum,best,lncnt;
590    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
591    best = -16;    best = -22;
592    lncnt = 0;    lncnt = 0;
593    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
594      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
595      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
596      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
597      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
598      if (diff > 1.e-12) {      if (abave > 0.0) {
599        diff=fabs(a-b)/diff;        relerr=fabs(a-b)/abave;
600        if (diff > 0.0) {        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
601          linnum = (int)log10(diff);        else { linnum = -16 ; }
602          best = (best > linnum) ? best : linnum;        best = (best > linnum) ? best : linnum;
       }  
       else {  
         if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;  
       }  
603      }      }
604    }    }
605    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
# Line 482  int main( int argc, char** argv )  { Line 607  int main( int argc, char** argv )  {
607    return 0;    return 0;
608  }  }
609  EOF  EOF
610      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
611    
612      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
613          echo "OK"          echo "OK"
614          return 0          return 0
615      else      else
616          echo          echo
617          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
618            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
619          exit 1          exit 1
620      fi      fi
621  }  }
# Line 538  EOF Line 664  EOF
664    
665  scandirs()  scandirs()
666  {  {
667      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
668          for arg in * ; do          for arg in * ; do
669              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
670          done          done
671      else      else
672          echo $*          echo $*
673      fi      fi
674  }  }
675    
# Line 569  QUICK=f Line 695  QUICK=f
695  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
696  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
697  NODEPEND=f  NODEPEND=f
698    POSTCLEAN=f
699    
700  BASH=  BASH=
701  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 578  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 705  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
705  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
706  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
707  COMMAND=  COMMAND=
708  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
709        MAKE=make
710    fi
711    if test "x$CC" = x ; then
712        CC=cc
713    fi
714  JOBS=  JOBS=
715  MPI=f  MPI=f
716    MULTI_THREAD=f
717    OUTDIR=
718  DELDIR=  DELDIR=
719    
720  ADM=  ADM=
721    
722    # Additional monitor types
723    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
724    
725  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
726    
727  ac_prev=  ac_prev=
# Line 634  for ac_option ; do Line 771  for ac_option ; do
771          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
772              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
773    
774            -odir | --odir)
775                ac_prev=OUTDIR ;;
776            -odir=* | --odir=*)
777                OUTDIR=$ac_optarg ;;
778    
779            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
780                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
781            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
782                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
783    
784          -j) ac_prev=JOBS ;;          -j) ac_prev=JOBS ;;
785          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
786    
787          -clean | --clean)          -clean | --clean)
788              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
789    
790          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
791              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 649  for ac_option ; do Line 796  for ac_option ; do
796          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
797              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
798    
799            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
800                POSTCLEAN=t ;;
801    
802          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
803    
804            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
805    
806          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
807    
808          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 683  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 835  if test "x$QUICK" = xt ; then
835  fi  fi
836    
837  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
838      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
839            TESTDIRS=`scandirs results_ad`
840        else
841            TESTDIRS=`scandirs results`
842        fi
843  fi  fi
844    
845  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
846      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
847  fi  fi
848    
849    if test "x$ADM" = xt ; then
850        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
851        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
852    else
853        EXECUTABLE="mitgcmuv"
854        OUTPUTFILE="output.txt"
855    fi
856    
857  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
858      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
859  fi  fi
860    
861  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
862      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
863  fi  fi
864    
865  echo "OK"  #echo "OK"
866    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
867    
868  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
869  createcodelet  createcodelet
# Line 715  MACH=`hostname` Line 880  MACH=`hostname`
880  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
881  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
882  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
883    if test "x$OUTDIR" != x ; then
884        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
885    fi
886  DNUM=0  DNUM=0
887  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
888  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 760  fi Line 928  fi
928  echo  echo
929  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
930  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
931      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
932                  T           S           U           V      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
933  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
934  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
935  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
936  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
937            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
938  EOF          #  if test "x$tst" = xt ; then
939            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
940            line_1="$line_1        m  s"
941            line_2="$line_2  m  m  e  ."
942            line_3="$line_3  i  a  a  d"
943            line_4="$line_4  n  x  n  ."
944            #  fi
945        done
946        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
947        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
948        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
949        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
950        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
951        echo " "       | tee -a $SUMMARY
952  else  else
953      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
954      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
# Line 786  for dir in $TESTDIRS ; do Line 967  for dir in $TESTDIRS ; do
967      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
968      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
969          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
970                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
971              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
972          fi          fi
973          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
974              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
975                run_clean $dir/run
976          fi          fi
977            (
978                cd $dir
979                rm -rf tr_run.*
980            )
981          continue          continue
982      fi      fi
983    
# Line 800  for dir in $TESTDIRS ; do Line 987  for dir in $TESTDIRS ; do
987      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
988          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
989      else      else
990          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
991      fi      fi
992      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
993          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
994          continue          continue
995      fi      fi
996        if test "x$ADM" = x ; then
997            check_for_add_mon_output  $fout
998        fi
999    
1000      builddir="input"      # Check for additional types of monitor output
1001      rundir="input"  
1002      use_seperate_build=0      builddir="build"
1003      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1004          builddir="build"      rundir="run"
1005          rundir="build"     #rundir=$builddir
1006          use_seperate_build=1      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1007          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir          rundir=$builddir
1008      fi      fi
1009            
     #  Check whether there are "extra runs" for this testdir  
     extra_runs=  
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
     fi  
   
1010      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1011          code_dir=code          code_dir=code
1012          CODE_DIR=$dir/code          CODE_DIR=$dir/code
1013            input_dirs='input'
1014      else      else
1015          code_dir=code_ad          code_dir=code_ad
1016          CODE_DIR=$dir/code_ad          CODE_DIR=$dir/code_ad
1017            input_dirs='input_ad input'
1018      fi      fi
1019      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
1020    
# Line 844  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1022  for dir in $TESTDIRS ; do
1022          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1023          continue          continue
1024      fi      fi
1025        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1026            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1027            continue
1028        fi
1029    
1030        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1031        extra_runs=
1032        if test "x$ADM" = x ; then
1033            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1034            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1035            for exd in $ex_run_dirs ; do
1036                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1037                outf="$dir/results/output.txt.$name"
1038                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1039                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1040                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1041                            extra_runs="$extra_runs $name"
1042                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1043                        fi
1044                    else
1045                        extra_runs="$extra_runs $name"
1046                    fi
1047                fi
1048            done
1049        fi
1050    
1051      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1052      echo      echo
1053      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1054           echo "Experiment:  $dir"
1055        else
1056           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1057        fi
1058      echo      echo
1059      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1060      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1061    
1062      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1063      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 858  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1065  for dir in $TESTDIRS ; do
1065      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1066            
1067      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1068          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1069            makeclean $dir/$builddir \
1070                && run_clean $dir/$rundir
1071      else      else
1072          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1073              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1074                && run_clean $dir/$rundir \
1075              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1076              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1077              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1078              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1079              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1080              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
1081      fi      fi
# Line 881  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1091  for dir in $TESTDIRS ; do
1091          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1092          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1093    
         OLD_COMMAND=$COMMAND  
         COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"  
1094          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1095              test -e "$dir/tr_run.$ex" && rm -rf "$dir/tr_run.$ex"              unset run
1096              mkdir "$dir/tr_run.$ex"              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1097              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1098              (              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1099                  cd "$dir/tr_run.$ex"              mkdir $rel_CDIR
1100                  for i in $links; do              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1101                      ln -s ../input/$i $i              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1102                  done              run_clean $dir/tr_run.$ex
1103              )              linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
             links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`  
             (  
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                 for i in $links; do  
                     test -e $i  &&  rm -f $i  
                     ln -s ../input.$ex/$i $i  
                 done  
                 ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv  
             )  
1104              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1105                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`                  && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1106              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`              fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
# Line 913  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1112  for dir in $TESTDIRS ; do
1112              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1113              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1114              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1115              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1116                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1117                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1118                fi
1119          done          done
         COMMAND=$OLD_COMMAND  
1120      else      else
1121          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1122          fres=$fres"$results   $dir"          fres=$fres"$results   $dir"
# Line 926  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1127  for dir in $TESTDIRS ; do
1127          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1128          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1129          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1130            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1131                               >> $CDIR"/summary.txt"
1132        fi
1133    
1134        #postclean $dir/$builddir
1135        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1136            makeclean $dir/$builddir \
1137                && run_clean $dir/$rundir
1138      fi      fi
1139            
1140      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
# Line 968  fi Line 1177  fi
1177  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
1178    
1179  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1180      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1181      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1182          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1183      fi      fi
1184      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1185  fi  fi
1186    
1187  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.48  
changed lines
  Added in v.1.83
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