/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.40 by edhill, Tue Jul 6 19:53:34 2004 UTC revision 1.134 by jmc, Sun Jan 17 21:52:01 2010 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19        echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
30      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command) STRING        command to run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
41        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
47      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
48      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
49      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
50      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
51      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
52        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
53        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
54        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
55      echo      echo
56      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
57      echo "such as:"      echo "such as:"
58        echo
59      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
60      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
61      echo      echo
62        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
63        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
64        echo
65      exit 1      exit 1
66  }  }
67    
# Line 46  usage() Line 69  usage()
69  build_mpack()  build_mpack()
70  {  {
71      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
72      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
73        if test ! -x $MPACK ; then
74          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
75              echo              echo
76              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 55  build_mpack() Line 79  build_mpack()
79              echo              echo
80              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
81          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
82          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
83              export CC=cc              export CC=cc
84          fi          fi
85            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
86          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
87          RETVAL=$?          RETVAL=$?
88          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 69  build_mpack() Line 93  build_mpack()
93          else          else
94              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
95              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
96                echo "done"
97          fi          fi
98      else      else
99          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
100            echo "already exist"
101      fi      fi
     echo "OK"  
102  }  }
103    
104  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
105  {  {
106      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
107      #      #
108      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
109      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
110        #  using search strings s1 and text label
111    
112      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
113          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
114      fi      fi
115      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
116          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
117          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
118          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
119              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
120                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
121              fi              fi
122              return 99              return 99
123          fi          fi
124      else      else
125          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
126          return 99          return 99
127      fi      fi
128      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
129          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
130      fi      fi
131      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
132      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
133      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
134          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
135              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
136          fi          fi
137          return 99          return 99
138      fi      fi
139        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
140            if [ $verbose -gt 0 ]; then
141                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
142            fi
143            return 99
144        fi
145        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
146        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
147            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
148            return 99
149        fi
150        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
151        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
152            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
153            return 99
154        fi
155      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
156          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
157      fi      fi
158      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
159      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
160          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
161      fi      fi
162      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
163          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 123  testoutput_for_prop() Line 165  testoutput_for_prop()
165      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
166      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
167      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
168      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
169      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
170          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
171              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
172          fi          fi
173          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
174      else      else
175          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
176              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
177          fi          fi
178      fi      fi
179      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 139  testoutput_for_prop() Line 181  testoutput_for_prop()
181      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
182  }  }
183    
184  dashnum()  testoutput_run()
185  {  {
186      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
187      #      #
188      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
189    # --> same processing for adjoint & forward test
190      for num in $@ ; do          # default list of output variables to be checked:
191          if [ $num = 99 ]; then          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
192              printf ' --'          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
193          else          listChk=$DEF_CHECK_LIST
194              printf '%3i' $num          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
195          fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
196      done          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
197  }          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
198            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
199  testoutput_ad()                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
200  {          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
201      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt          # check for ptracer output in reference_output file :
202      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt          outpref=$1/results/$3
203      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
204      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
205      join t05.txt t15.txt > t5.txt          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
206      join t06.txt t16.txt > t6.txt              ptrfound=0
207      echo "-1" >> t5.txt              for jj in $ptr_mon ; do
208      echo "-1" >> t6.txt                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
209      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
210      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
211      dashnum $digits_5 $digits_6              done
212      rm -f t[01][56].txt t[56].txt              if test $ptrfound = '1' ; then
213  }                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
214                else
215  testoutput()                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
216  {                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
217      # testoutput directory subdir extension                # remove this ptr from the list of output variable to check
218      #                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
219      #  test output in "directory"                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
220      if test "x$ADM" = x ; then                fi
221          if [ $debug -gt 0 ]; then              fi
222              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
223          fi          done
224          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
225          if [ $debug -gt 0 ]; then          if test $tst != 1 ; then
226              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
227          fi                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
228          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
229          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          #- put it back once:
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          fi
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
234          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?          allargs=""
235          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?          for xx in $listVar
236          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?          do
237          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?            case $xx in
238          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
239          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
240          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
241          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
242          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
243          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
244          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
245              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
246      else             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
247          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
248      fi             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
249               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
250               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
251               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
252               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
253               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
254               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
255               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
259               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
260            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
261               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
262            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
263               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
264            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
265               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
266            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
267               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
271             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
279             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
285            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
286                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
287              esac
288              if test $xx = $sVar
289              then allargs="$allargs > $yy <"
290              else allargs="$allargs $yy"
291              fi
292            done
293    
294            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
295            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
296            #-- fill line (up to standard length) with dot:
297              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
298              echo $allargs $adNul
299            else
300              echo $allargs
301            fi
302    # <-- same processing for adjoint & forward test
303  }  }
304    
305  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 220  genmakemodel() Line 316  genmakemodel()
316          (          (
317              cd $1;              cd $1;
318              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
319              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
320                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
321                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
322                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
323                else
324                    command="$command -mods=../code"
325              fi              fi
326              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
327                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
328              fi              fi
329              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
330                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
331              fi              fi
332                if test "x$GSL" = xt ; then
333                    command="$command -gsl"
334                fi
335                if test "x$MPI" = xt ; then
336                    command="$command -mpi"
337                fi
338                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
339                #- run multi-threaded using OpenMP:
340                    command="$command -omp"
341                fi
342                if test "x$TS" = xt ; then
343                    command="$command -ts"
344                fi
345                if test "x$PAPIS" = xt ; then
346                    command="$command -papis"
347                else
348                if test "x$PCLS" = xt ; then
349                    command="$command -pcls"
350                fi
351                fi
352              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
353              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
354                eval $command > make.log 2>&1
355              RETVAL=$?              RETVAL=$?
356              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
357                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
358              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
359                  tail make.log                  tail make.log
360                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 252  makeclean() Line 371  makeclean()
371  {  {
372      # makeclean directory      # makeclean directory
373      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
374          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
375      else      else
376          (          (
377              cd $1;              cd $1;
378              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
379              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
380                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
381                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
382                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
383                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
384                      tail make.log                      tail make.log
385                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
386                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
387                      return 1                      return 1
388                  fi                  fi
389                    echo successful 1>&2
390                else
391                    echo ''
392              fi              fi
393                exit 0
394            )
395        fi
396    }
397    
398    run_clean()
399    {
400        # run_clean directory
401        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
402            echo "run_clean skipped!"
403        else
404            (
405                cd $1;
406                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
407                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
408                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
409                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
410                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
411                find . -type l -exec rm {} \;
412                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
413                rm -rf mnc_test_*
414                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
415              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
416              exit 0              exit 0
417          )          )
# Line 306  makemodel() Line 448  makemodel()
448          cd $1;          cd $1;
449          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
450              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
451              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 $MAKE >> make.log 2>&1  
             else  
452                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
453                elif test "x$OADM" = xt ; then
454                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
455                else
456                    if test "x$JOBS" = x ; then
457                        $MAKE >> make.log 2>&1
458                    else
459                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
460                    fi
461              fi              fi
462              RETVAL=$?              RETVAL=$?
463              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
464                  tail make.log                  tail make.log
465                  echo failed 1>&2                  echo failed 1>&2
466                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
467                    rm -f $EXECUTABLE
468                  return 1                  return 1
469              else              else
470                  echo successful 1>&2                  echo successful 1>&2
# Line 334  symlink_mpifiles() Line 483  symlink_mpifiles()
483      code_dir=$2      code_dir=$2
484      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
485      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
486        
487      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
488      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
489    
490      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
491      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 349  symlink_mpifiles() Line 498  symlink_mpifiles()
498              RETVAL=$?              RETVAL=$?
499              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
500                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
501                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
502                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
503                  fi                  fi
504              fi              fi
505          done          done
506      else      else
507      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
508          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
509              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
510              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
511              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
512                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
513                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
514                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
515                        #echo Un-linking $name from $linktarg
516                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
517                  fi                  fi
518              fi              fi
# Line 373  symlink_mpifiles() Line 523  symlink_mpifiles()
523    
524  linkdata()  linkdata()
525  {  {
526      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
527      #      #
528      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
529      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
530          (          (
531              cd $2              cd $1 ; shift
532              if test "x$ADM" = x ; then              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
533                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              for xx in $inpMPI ; do
534                  for i in $files ; do                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
535                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
536                          ln -sf "../input/"$i $i                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
537                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
538                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
539                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
540                        if test ! -r $yy ; then
541                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
542                            printf "$xx " 1>&2
543                      fi                      fi
544                  done                  else
545              else                  # not mpi test: remove symbolic link
546                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
547                  for i in $files ; do                  fi
548                      if test ! -d "../input/"$i ; then                fi
549                          ln -sf "../input/"$i $i              done
550                      fi              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
551                  done              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
552                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
553                  for i in $files ; do                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
554                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
555                          ln -sf "../input_ad/"$i $i                      if test ! -r eedata ; then
556                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
557                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
558                      fi                      fi
559                  done                  else
560                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
561                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
562                    fi
563              fi              fi
564                prevDir='NONE'
565                for ldir in $* ; do
566                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
567                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
568                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
569                        for i in $files ; do
570                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
571                                if test ! -r $i  ; then
572                                    printf ' '$i 1>&2
573                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
574                                fi
575                            fi
576                        done
577                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
578                            "../"$ldir"/"prepare_run
579                        fi
580                        printf ' ; ' 1>&2
581                    fi
582                    prevDir=$ldir
583                done
584          )          )
585      fi      fi
586  }  }
# Line 412  runmodel() Line 593  runmodel()
593      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
594      (      (
595          cd $1          cd $1
596          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
597          # make output.txt          # make output.txt
598          echo          echo
599          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          if test -L $EXECUTABLE ; then
600          # echo "pwd='"`pwd`"'"            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
601          ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
602          RETVAL=$?              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
603          if test "x$RETVAL" = x0 ; then            else rm -f $EXECUTABLE
604              echo successful 1>&2            fi
605              if test "x$ADM" = x ; then          fi
606                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
607                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
608                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
609            fi
610            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
611                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
612                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
613                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
614                    RETVAL=8
615                    ENDVAL=-1
616            else
617                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
618                  # output do not exist or is older than executable:
619                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
620                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
621                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
622                    RETVAL=$?
623              else              else
624                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"                  RETVAL=0
625                    if test -f $RUNLOG ; then
626                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
627                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
628                    else
629                        touch $RUNLOG
630                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
631                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
632                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
633                    fi
634              fi              fi
635                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
636            fi
637            rm -f run.log_tmp
638            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
639                tail $RUNLOG
640                echo successful 1>&2
641                # === Reduce the size of the testing emails!
642                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
643                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
644                return 0
645            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
646                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
647                tail $RUNLOG
648                echo finished with error '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
649              return 0              return 0
650          else          else
651              tail run.log              tail $RUNLOG
652              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
653              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
654                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
655              return 1              return 1
656          fi          fi
657      )      )
# Line 440  createcodelet() Line 661  createcodelet()
661  {  {
662      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
663    
664      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
665      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
666  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
667  #include <math.h>  #include <math.h>
668  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
669    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
670    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
671    best = -16;    best = -22;
672    lncnt = 0;    lncnt = 0;
673    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
674      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
675      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
676      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
677      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
678      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
679        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
680        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
681          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
682          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
683        }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
684        else {        else { cmplin = -22 ; }
685          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
686        }        }
687      }     else {
688       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
689          break; }
690    }    }
691    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
692      if (linnum != -1) best=-99;
693    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
694    return 0;    return 0;
695  }  }
696  EOF  EOF
697      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
698    
699      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
700          echo "OK"          echo "OK"
701          return 0          return 0
702      else      else
703          echo          echo
704          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
705            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
706          exit 1          exit 1
707      fi      fi
708  }  }
# Line 489  formatresults() Line 714  formatresults()
714      nm=$1      nm=$1
715      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
716      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
717      printf '%3s' $@      listPrt=$@
718        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
719        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
720        printf '%3s' $listPrt
721    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
722    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
723            
724      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
725            printf ' N/O '
726        elif [ $xx = '--' ]; then
727            printf ' N/O '
728        elif [ $xx = 99 ]; then
729          printf ' N/O '          printf ' N/O '
730      else      else
731          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
732              printf ' pass'              printf ' pass'
733          else          else
734              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 505  formatresults() Line 739  formatresults()
739            
740  }  }
741    
742  show_help()  scandirs()
743  {  {
744      cat - << EOF      if [ $# -eq 1 ]; then
745  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]          for arg in * ; do
746                test -f $arg/$1 && echo $arg
747   -help|-h      Show this help message          done
748   -quiet     Reduce the amount of output      else
749   -verbose   Produce copious amounts of output          echo $*
750   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most      fi
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
751  }  }
752    
753  scandirs()  
754    check_eedata()
755  {  {
756      if [ $# -eq 0 ]; then      # check_eedata size.h eedata
757          for arg in * ; do      if [ $# -eq 2 ] ; then
758              test -d $arg/input && echo $arg        if test -f $1 -a -f $2 ; then
759          done        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
760          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
761          if test "x$nx" = x ; then
762            rx=10
763          else
764            rx=`expr $sx % $nx`
765          fi
766          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
767          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
768          if test "x$ny" = x ; then
769            ry=20
770          else
771            ry=`expr $sy % $ny`
772          fi
773          echo `expr $rx + $ry`
774        else
775          echo '-1'
776          fi
777      else      else
778          echo $*        echo '-2'
779      fi      fi
 }  
780    
781    }
782    
783  ###############################################################################  ###############################################################################
784    
# Line 543  scandirs() Line 787  scandirs()
787  debug=0  debug=0
788  verbose=1  verbose=1
789  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
790    
791  IEEE=true  IEEE=true
792  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
793      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
794  fi  fi
795    GSL=f
796    
797  CLEANUP=f  CLEANUP=f
798    NORUN=f
799  QUICK=f  QUICK=f
800  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
801  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
802  NODEPEND=f  NODEPEND=f
803    POSTCLEAN=f
804    
805  BASH=  BASH=
806  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
807  ADDRESSES=  ADDRESSES=
808  TESTDIRS=  TESTDIRS=
809    SKIPDIRS=
810  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
811  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
812  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
813  COMMAND=  COMMAND=
814  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
815        MAKE=make
816    fi
817    if test "x$CC" = x ; then
818        CC=cc
819    fi
820    JOBS=
821  MPI=f  MPI=f
822    MULTI_THREAD=f
823    OUTDIR=
824  DELDIR=  DELDIR=
825    
826  ADM=  ADM=
827    OADM=
828    
829    # list of pTracers to check for monitor output
830    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
831    
832    MATCH_CRIT=13
833    
834  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
835    
# Line 600  for ac_option ; do Line 859  for ac_option ; do
859              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
860          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
861              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
862            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
863                ac_prev=MPACKDIR ;;
864            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
865                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
866    
867          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
868              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
869          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
870              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
871    
872            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
873                ac_prev=SKIPDIRS ;;
874            -skipdir=* | --skipdir=*)
875                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
876    
877          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
878              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
879          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 621  for ac_option ; do Line 889  for ac_option ; do
889          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
890              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
891    
892            -odir | --odir)
893                ac_prev=OUTDIR ;;
894            -odir=* | --odir=*)
895                OUTDIR=$ac_optarg ;;
896    
897            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
898                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
899            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
900                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
901    
902            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
903            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
904    
905            -j) ac_prev=JOBS ;;
906            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
907    
908          -clean | --clean)          -clean | --clean)
909              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
910    
911            -norun | --norun | -nr | --nr)
912                NORUN=t ;;
913          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
914              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
915          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 633  for ac_option ; do Line 919  for ac_option ; do
919          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
920              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
921    
922            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
923                POSTCLEAN=t ;;
924    
925          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
926    
927            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
928    
929          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
930    
931            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
932    
933          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
934          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
935            -gsl) GSL=t ;;
936    
937          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
938          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 646  for ac_option ; do Line 940  for ac_option ; do
940    
941          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
942    
943            -ts) TS=t;;
944    
945            -papis) PAPIS=t;;
946    
947            -pcls) PCL=t;;
948    
949          -*)          -*)
950              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
951              usage              usage
# Line 666  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 966  if test "x$QUICK" = xt ; then
966      NODEPEND=t      NODEPEND=t
967  fi  fi
968    
969    #- setting for forward or ADM testing
970    if test "x$ADM" = xt ; then
971        code_dir=code_ad
972        inputdir=input_ad
973        ref_outp="output_adm.txt"
974        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
975    elif test "x$OADM" = xt ; then
976        code_dir=code_oad
977        inputdir=input_oad
978        ref_outp="output_oadm.txt"
979        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
980    else
981        code_dir=code
982        inputdir=input
983        ref_outp="output.txt"
984        EXECUTABLE="mitgcmuv"
985    fi
986    
987  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
988      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
989    else
990        #- expand group of experiments:
991        LIST=" "
992        for xx in $TESTDIRS
993        do
994          case $xx in
995            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
996                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
997                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
998                    ;;
999            'tutorials')
1000                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1001            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1002          esac
1003        done
1004  fi  fi
1005    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1006    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1007    TESTDIRS=" "
1008    count=0
1009    for xx in $LIST
1010    do
1011        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1012        if test $yy = 0 ; then
1013            if test -d $xx ; then
1014                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1015                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1016            else count=1 ;
1017                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1018            fi
1019        else
1020            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1021            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1022            fi
1023        fi
1024    done
1025    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1026    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1027    
1028  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1029      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1030  fi  fi
1031    
1032  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  RUNLOG="run.log"
1033      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  OUTPUTFILE=$ref_outp
 fi  
   
1034  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1035      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1036    fi
1037    if test "x$MPI" = xt ; then
1038        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1039  fi  fi
1040    
1041  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1042    
1043    # set the Default List of output variables to be checked:
1044    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1045    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1046    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1047    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1048        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1049        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1050        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1051        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1052        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1053    else
1054        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1055        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1056        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1057    fi
1058    
1059  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1060  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1061        echo "skipping comparison code build"
1062    else
1063        createcodelet
1064    fi
1065    
1066  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1067  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1068      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1069  else  else
1070      build_mpack      build_mpack
1071  fi  fi
1072    
1073  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1074    CMDLINE=$0
1075    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1076        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1077                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1078    done
1079    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1080  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1081  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1082  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1083  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1084    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1085        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1086    else
1087        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1088        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1089    fi
1090  DNUM=0  DNUM=0
1091  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1092  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 712  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1100  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1100      exit 1      exit 1
1101  fi  fi
1102  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1103  start_date=`date`  start_date=`date`
1104  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1105    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1106    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1107    
1108  of_path=  of_path=
1109  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 743  else Line 1132  else
1132  fi  fi
1133  echo  echo
1134  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1135  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1136      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1137                  T           S           U           V      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1138  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1139  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1140  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1141  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1142        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1143  EOF      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1144        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1145        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1146            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1147            line_1="$line_1        m  s"
1148            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1149            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1150            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1151        done
1152        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1153        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1154        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1155        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1156        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1157        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1158  else  else
1159      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1160      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1161        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1162        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1163        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1164        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1165      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1166  G D M    C  G  G D M    C  G
1167  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 767  fi Line 1174  fi
1174  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1175  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1176            
1177        # set builddir & rundir:
1178        builddir="build"
1179        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1180        rundir="run"
1181        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1182            rundir=$builddir
1183        fi
1184        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1185        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1186    
1187      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1188      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1189          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1190              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1191            rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE
1192            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1193                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1194                run_clean $dir/$rundir
1195          fi          fi
1196          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
1197              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1198            if test $ttd != 0 ; then
1199                echo '  --- rm dir:' $trdir
1200                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1201          fi          fi
1202          continue          continue
1203      fi      fi
1204    
1205      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1206      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1207      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1208      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1209          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1210          continue          continue
1211      fi      fi
1212    
1213      builddir="input"      # Check for specific files for particular type of run
     rundir="input"  
     use_seperate_build=0  
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
     fi  
       
     #  Check whether there are "extra runs" for this testdir  
     extra_runs=  
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
     fi  
   
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1214    
1215      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1216          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1217          continue          continue
1218      fi      fi
1219        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1220            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1221            continue
1222        fi
1223        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1224          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1225          if test $retv != 0 ; then
1226            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1227            continue
1228          fi
1229        fi
1230    
1231        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1232        extra_runs=
1233        if test "x$NORUN" = xf ; then
1234            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1235        fi
1236        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1237        for exd in $ex_run_dirs ; do
1238            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1239            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1240            outf="$dir/results/$refExOut"
1241            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1242              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1243                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1244                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1245                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1246                    if test $retv = 0 ; then
1247                        extra_runs="$extra_runs $name"
1248                    else
1249                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1250                    fi
1251                  else
1252                    extra_runs="$extra_runs $name"
1253                  fi
1254                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1255                fi
1256              else
1257                extra_runs="$extra_runs $name"
1258              fi
1259            fi
1260        done
1261    
1262      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1263      echo      echo
1264      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1265           echo "Experiment:  $dir"
1266        else
1267           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1268        fi
1269      echo      echo
1270      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1271      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1272    
1273      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1274      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1275      mkdir $rel_CDIR      mkdir $rel_CDIR
1276      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1277            
1278      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1279          makeclean $dir/$builddir              run=N
1280            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1281                && makeclean $dir/$builddir \
1282                && run_clean $dir/$rundir \
1283                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1284                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1285                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1286      else      else
1287          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1288              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1289                && run_clean $dir/$rundir \
1290              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1291              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1292              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1293              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1294              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1295              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1296      fi      fi
1297            
1298        #echo "results='$results'"
1299      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1300          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1301          echo          echo
1302          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1303          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1304            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1305          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1306          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1307          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1308          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1309            if test "x$ADM" = xt ; then
1310                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1311                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1312                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1313            fi
1314    
         OLD_COMMAND=$COMMAND  
         COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"  
1315          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1316              test -e "$dir/tr_run" && rm -rf "$dir/tr_run"              unset run
1317              mkdir "$dir/tr_run"              results=$EMPTY_RESULTS
1318              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              #  reference output file
1319              (              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1320                  cd "$dir/tr_run"              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1321                  for i in $links; do              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1322                      ln -s ../input/$i $i              mkdir $rel_CDIR
1323                  done              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1324              )              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1325              links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              run_clean $dir/tr_run.$ex
1326              (              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
1327                  cd "$dir/tr_run"              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1328                  for i in $links; do              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
                     test -e $i  &&  rm -f $i  
                     ln -s ../input.$ex/$i $i  
                 done  
                 ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv  
             )  
             runmodel $dir/tr_run && run=Y \  
                 && results=`testoutput $dir tr_run "."$ex`  
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1329              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1330              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1331              echo              echo
1332              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1333              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1334                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1335              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1336              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1337              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1338              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1339                if test "x$ADM" = xt ; then
1340                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1341                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1342                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1343                fi
1344                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1345                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1346                fi
1347          done          done
1348          COMMAND=$OLD_COMMAND  
1349      else      #postclean $dir/$builddir
1350          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1351          fres=$fres"$results   $dir"          makeclean $dir/$builddir \
1352          echo              && run_clean $dir/$rundir
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1353      fi      fi
1354            
1355      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
# Line 917  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1357  for dir in $TESTDIRS ; do
1357  done  done
1358    
1359  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1360  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1361  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1362  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1363    
# Line 929  else Line 1369  else
1369      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1370          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1371              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1372              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1373          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1374          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1375              echo              echo
# Line 942  else Line 1382  else
1382              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1383              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1384              echo              echo
1385                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1386                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1387          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1388      fi      fi
1389  fi  fi
1390    
1391  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1392  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum      rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1393    fi
1394    
1395  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1396      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1397      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1398          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1399      fi      fi
1400      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1401  fi  fi
1402    
1403  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.40  
changed lines
  Added in v.1.134
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