/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.40 by edhill, Tue Jul 6 19:53:34 2004 UTC revision 1.133 by jmc, Sat Jan 16 22:08:27 2010 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19        echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
30      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command) STRING        command to run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
41        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
47      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
48      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
49      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
50      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
51      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
52        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
53        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
54        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
55      echo      echo
56      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
57      echo "such as:"      echo "such as:"
58        echo
59      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
60      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
61      echo      echo
62        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
63        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
64        echo
65      exit 1      exit 1
66  }  }
67    
# Line 46  usage() Line 69  usage()
69  build_mpack()  build_mpack()
70  {  {
71      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
72      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
73        if test ! -x $MPACK ; then
74          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
75              echo              echo
76              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 55  build_mpack() Line 79  build_mpack()
79              echo              echo
80              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
81          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
82          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
83              export CC=cc              export CC=cc
84          fi          fi
85            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
86          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
87          RETVAL=$?          RETVAL=$?
88          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 69  build_mpack() Line 93  build_mpack()
93          else          else
94              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
95              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
96                echo "done"
97          fi          fi
98      else      else
99          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
100            echo "already exist"
101      fi      fi
     echo "OK"  
102  }  }
103    
104  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
105  {  {
106      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
107      #      #
108      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
109      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
110        #  using search strings s1 and text label
111    
112      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
113          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
114      fi      fi
115      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
116          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
117          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
118          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
119              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
120                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
121              fi              fi
122              return 99              return 99
123          fi          fi
124      else      else
125          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
126          return 99          return 99
127      fi      fi
128      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
129          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
130      fi      fi
131      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
132      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
133      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
134          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
135              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
136          fi          fi
137          return 99          return 99
138      fi      fi
139        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
140            if [ $verbose -gt 0 ]; then
141                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
142            fi
143            return 99
144        fi
145        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
146        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
147            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
148            return 99
149        fi
150        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
151        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
152            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
153            return 99
154        fi
155      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
156          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
157      fi      fi
158      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
159      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
160          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
161      fi      fi
162      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
163          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 123  testoutput_for_prop() Line 165  testoutput_for_prop()
165      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
166      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
167      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
168      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
169      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
170          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
171              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
172          fi          fi
173          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
174      else      else
175          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
176              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
177          fi          fi
178      fi      fi
179      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 139  testoutput_for_prop() Line 181  testoutput_for_prop()
181      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
182  }  }
183    
184  dashnum()  testoutput_run()
185  {  {
186      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
187      #      #
188      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
189    # --> same processing for adjoint & forward test
190      for num in $@ ; do          # default list of output variables to be checked:
191          if [ $num = 99 ]; then          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
192              printf ' --'          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
193          else          listChk=$DEF_CHECK_LIST
194              printf '%3i' $num          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
195          fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
196      done          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
197  }          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
198            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
199  testoutput_ad()                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
200  {          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
201      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt          # check for ptracer output in reference_output file :
202      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt          outpref=$1/results/$3
203      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
204      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
205      join t05.txt t15.txt > t5.txt          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
206      join t06.txt t16.txt > t6.txt              ptrfound=0
207      echo "-1" >> t5.txt              for jj in $ptr_mon ; do
208      echo "-1" >> t6.txt                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
209      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
210      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
211      dashnum $digits_5 $digits_6              done
212      rm -f t[01][56].txt t[56].txt              if test $ptrfound = '1' ; then
213  }                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
214                else
215  testoutput()                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
216  {                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
217      # testoutput directory subdir extension                # remove this ptr from the list of output variable to check
218      #                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
219      #  test output in "directory"                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
220      if test "x$ADM" = x ; then                fi
221          if [ $debug -gt 0 ]; then              fi
222              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
223          fi          done
224          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
225          if [ $debug -gt 0 ]; then          if test $tst != 1 ; then
226              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
227          fi                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
228          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
229          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          #- put it back once:
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          fi
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
234          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?          allargs=""
235          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?          for xx in $listVar
236          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?          do
237          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?            case $xx in
238          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
239          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
240          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
241          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
242          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
243          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
244          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
245              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
246      else             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
247          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
248      fi             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
249               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
250               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
251               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
252               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
253               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
254               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
255               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
259               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
260            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
261               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
262            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
263               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
264            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
265               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
266            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
267               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
271             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
279             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
285            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
286                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
287              esac
288              if test $xx = $sVar
289              then allargs="$allargs > $yy <"
290              else allargs="$allargs $yy"
291              fi
292            done
293    
294            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
295            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
296            #-- fill line (up to standard length) with dot:
297              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
298              echo $allargs $adNul
299            else
300              echo $allargs
301            fi
302    # <-- same processing for adjoint & forward test
303  }  }
304    
305  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 220  genmakemodel() Line 316  genmakemodel()
316          (          (
317              cd $1;              cd $1;
318              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
319              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
320                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
321                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
322                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
323                else
324                    command="$command -mods=../code"
325              fi              fi
326              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
327                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
328              fi              fi
329              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
330                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
331              fi              fi
332                if test "x$GSL" = xt ; then
333                    command="$command -gsl"
334                fi
335                if test "x$MPI" = xt ; then
336                    command="$command -mpi"
337                fi
338                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
339                #- run multi-threaded using OpenMP:
340                    command="$command -omp"
341                fi
342                if test "x$TS" = xt ; then
343                    command="$command -ts"
344                fi
345                if test "x$PAPIS" = xt ; then
346                    command="$command -papis"
347                else
348                if test "x$PCLS" = xt ; then
349                    command="$command -pcls"
350                fi
351                fi
352              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
353              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
354                eval $command > make.log 2>&1
355              RETVAL=$?              RETVAL=$?
356              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
357                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
358              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
359                  tail make.log                  tail make.log
360                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 252  makeclean() Line 371  makeclean()
371  {  {
372      # makeclean directory      # makeclean directory
373      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
374          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
375      else      else
376          (          (
377              cd $1;              cd $1;
378              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
379              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
380                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
381                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
382                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
383                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
384                      tail make.log                      tail make.log
385                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
386                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
387                      return 1                      return 1
388                  fi                  fi
389                    echo successful 1>&2
390                else
391                    echo ''
392              fi              fi
393                exit 0
394            )
395        fi
396    }
397    
398    run_clean()
399    {
400        # run_clean directory
401        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
402            echo "run_clean skipped!"
403        else
404            (
405                cd $1;
406                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
407                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
408                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
409                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
410                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
411                find . -type l -exec rm {} \;
412                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
413                rm -rf mnc_test_*
414                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
415              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
416              exit 0              exit 0
417          )          )
# Line 306  makemodel() Line 448  makemodel()
448          cd $1;          cd $1;
449          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
450              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
451              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 $MAKE >> make.log 2>&1  
             else  
452                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
453                elif test "x$OADM" = xt ; then
454                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
455                else
456                    if test "x$JOBS" = x ; then
457                        $MAKE >> make.log 2>&1
458                    else
459                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
460                    fi
461              fi              fi
462              RETVAL=$?              RETVAL=$?
463              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
464                  tail make.log                  tail make.log
465                  echo failed 1>&2                  echo failed 1>&2
466                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
467                    rm -f $EXECUTABLE
468                  return 1                  return 1
469              else              else
470                  echo successful 1>&2                  echo successful 1>&2
# Line 334  symlink_mpifiles() Line 483  symlink_mpifiles()
483      code_dir=$2      code_dir=$2
484      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
485      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
486        
487      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
488      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
489    
490      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
491      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 349  symlink_mpifiles() Line 498  symlink_mpifiles()
498              RETVAL=$?              RETVAL=$?
499              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
500                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
501                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
502                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
503                  fi                  fi
504              fi              fi
505          done          done
506      else      else
507      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
508          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
509              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
510              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
511              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
512                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
513                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
514                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
515                        #echo Un-linking $name from $linktarg
516                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
517                  fi                  fi
518              fi              fi
# Line 373  symlink_mpifiles() Line 523  symlink_mpifiles()
523    
524  linkdata()  linkdata()
525  {  {
526      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
527      #      #
528      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
529      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
530          (          (
531              cd $2              cd $1 ; shift
532              if test "x$ADM" = x ; then              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
533                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              for xx in $inpMPI ; do
534                  for i in $files ; do                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
535                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
536                          ln -sf "../input/"$i $i                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
537                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
538                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
539                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
540                        if test ! -r $yy ; then
541                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
542                            printf "$xx " 1>&2
543                      fi                      fi
544                  done                  else
545              else                  # not mpi test: remove symbolic link
546                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
547                  for i in $files ; do                  fi
548                      if test ! -d "../input/"$i ; then                fi
549                          ln -sf "../input/"$i $i              done
550                      fi              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
551                  done              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
552                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
553                  for i in $files ; do                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
554                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
555                          ln -sf "../input_ad/"$i $i                      if test ! -r eedata ; then
556                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
557                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
558                      fi                      fi
559                  done                  else
560                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
561                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
562                    fi
563              fi              fi
564                prevDir='NONE'
565                for ldir in $* ; do
566                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
567                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
568                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
569                        for i in $files ; do
570                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
571                                if test ! -r $i  ; then
572                                    printf ' '$i 1>&2
573                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
574                                fi
575                            fi
576                        done
577                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
578                            "../"$ldir"/"prepare_run
579                        fi
580                        printf ' ; ' 1>&2
581                    fi
582                    prevDir=$ldir
583                done
584          )          )
585      fi      fi
586  }  }
# Line 412  runmodel() Line 593  runmodel()
593      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
594      (      (
595          cd $1          cd $1
596          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
597          # make output.txt          # make output.txt
598          echo          echo
599          # echo "COMMAND='$COMMAND'"          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
600          # echo "pwd='"`pwd`"'"              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
601          ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
602          RETVAL=$?          fi
603          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
604              echo successful 1>&2              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
605              if test "x$ADM" = x ; then              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
606                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"          fi
607            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
608                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
609                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
610                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
611                    RETVAL=8
612                    ENDVAL=-1
613            else
614                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
615                  # output do not exist or is older than executable:
616                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
617                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
618                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
619                    RETVAL=$?
620              else              else
621                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"                  RETVAL=0
622                    if test -f $RUNLOG ; then
623                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
624                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
625                    else
626                        touch $RUNLOG
627                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
628                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
629                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
630                    fi
631              fi              fi
632                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
633            fi
634            rm -f run.log_tmp
635            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
636                tail $RUNLOG
637                echo successful 1>&2
638                # === Reduce the size of the testing emails!
639                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
640                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
641                return 0
642            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
643                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
644                tail $RUNLOG
645                echo finished with error '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
646              return 0              return 0
647          else          else
648              tail run.log              tail $RUNLOG
649              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
650              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
651                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
652              return 1              return 1
653          fi          fi
654      )      )
# Line 440  createcodelet() Line 658  createcodelet()
658  {  {
659      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
660    
661      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
662      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
663  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
664  #include <math.h>  #include <math.h>
665  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
666    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
667    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
668    best = -16;    best = -22;
669    lncnt = 0;    lncnt = 0;
670    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
671      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
672      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
673      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
674      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
675      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
676        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
677        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
678          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
679          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
680        }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
681        else {        else { cmplin = -22 ; }
682          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
683        }        }
684      }     else {
685       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
686          break; }
687    }    }
688    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
689      if (linnum != -1) best=-99;
690    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
691    return 0;    return 0;
692  }  }
693  EOF  EOF
694      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
695    
696      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
697          echo "OK"          echo "OK"
698          return 0          return 0
699      else      else
700          echo          echo
701          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
702            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
703          exit 1          exit 1
704      fi      fi
705  }  }
# Line 489  formatresults() Line 711  formatresults()
711      nm=$1      nm=$1
712      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
713      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
714      printf '%3s' $@      listPrt=$@
715        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
716        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
717        printf '%3s' $listPrt
718    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
719    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
720            
721      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
722            printf ' N/O '
723        elif [ $xx = '--' ]; then
724            printf ' N/O '
725        elif [ $xx = 99 ]; then
726          printf ' N/O '          printf ' N/O '
727      else      else
728          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
729              printf ' pass'              printf ' pass'
730          else          else
731              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 505  formatresults() Line 736  formatresults()
736            
737  }  }
738    
739  show_help()  scandirs()
740  {  {
741      cat - << EOF      if [ $# -eq 1 ]; then
742  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]          for arg in * ; do
743                test -f $arg/$1 && echo $arg
744   -help|-h      Show this help message          done
745   -quiet     Reduce the amount of output      else
746   -verbose   Produce copious amounts of output          echo $*
747   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most      fi
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
748  }  }
749    
750  scandirs()  
751    check_eedata()
752  {  {
753      if [ $# -eq 0 ]; then      # check_eedata size.h eedata
754          for arg in * ; do      if [ $# -eq 2 ] ; then
755              test -d $arg/input && echo $arg        if test -f $1 -a -f $2 ; then
756          done        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
757          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
758          if test "x$nx" = x ; then
759            rx=10
760          else
761            rx=`expr $sx % $nx`
762          fi
763          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
764          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
765          if test "x$ny" = x ; then
766            ry=20
767          else
768            ry=`expr $sy % $ny`
769          fi
770          echo `expr $rx + $ry`
771        else
772          echo '-1'
773          fi
774      else      else
775          echo $*        echo '-2'
776      fi      fi
 }  
777    
778    }
779    
780  ###############################################################################  ###############################################################################
781    
# Line 543  scandirs() Line 784  scandirs()
784  debug=0  debug=0
785  verbose=1  verbose=1
786  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
787    
788  IEEE=true  IEEE=true
789  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
790      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
791  fi  fi
792    GSL=f
793    
794  CLEANUP=f  CLEANUP=f
795    NORUN=f
796  QUICK=f  QUICK=f
797  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
798  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
799  NODEPEND=f  NODEPEND=f
800    POSTCLEAN=f
801    
802  BASH=  BASH=
803  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
804  ADDRESSES=  ADDRESSES=
805  TESTDIRS=  TESTDIRS=
806    SKIPDIRS=
807  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
808  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
809  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
810  COMMAND=  COMMAND=
811  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
812        MAKE=make
813    fi
814    if test "x$CC" = x ; then
815        CC=cc
816    fi
817    JOBS=
818  MPI=f  MPI=f
819    MULTI_THREAD=f
820    OUTDIR=
821  DELDIR=  DELDIR=
822    
823  ADM=  ADM=
824    OADM=
825    
826    # list of pTracers to check for monitor output
827    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
828    
829    MATCH_CRIT=13
830    
831  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
832    
# Line 600  for ac_option ; do Line 856  for ac_option ; do
856              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
857          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
858              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
859            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
860                ac_prev=MPACKDIR ;;
861            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
862                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
863    
864          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
865              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
866          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
867              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
868    
869            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
870                ac_prev=SKIPDIRS ;;
871            -skipdir=* | --skipdir=*)
872                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
873    
874          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
875              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
876          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 621  for ac_option ; do Line 886  for ac_option ; do
886          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
887              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
888    
889            -odir | --odir)
890                ac_prev=OUTDIR ;;
891            -odir=* | --odir=*)
892                OUTDIR=$ac_optarg ;;
893    
894            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
895                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
896            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
897                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
898    
899            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
900            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
901    
902            -j) ac_prev=JOBS ;;
903            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
904    
905          -clean | --clean)          -clean | --clean)
906              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
907    
908            -norun | --norun | -nr | --nr)
909                NORUN=t ;;
910          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
911              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
912          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
# Line 633  for ac_option ; do Line 916  for ac_option ; do
916          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
917              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
918    
919            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
920                POSTCLEAN=t ;;
921    
922          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
923    
924            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
925    
926          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
927    
928            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
929    
930          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
931          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
932            -gsl) GSL=t ;;
933    
934          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
935          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 646  for ac_option ; do Line 937  for ac_option ; do
937    
938          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
939    
940            -ts) TS=t;;
941    
942            -papis) PAPIS=t;;
943    
944            -pcls) PCL=t;;
945    
946          -*)          -*)
947              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
948              usage              usage
# Line 666  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 963  if test "x$QUICK" = xt ; then
963      NODEPEND=t      NODEPEND=t
964  fi  fi
965    
966    #- setting for forward or ADM testing
967    if test "x$ADM" = xt ; then
968        code_dir=code_ad
969        inputdir=input_ad
970        ref_outp="output_adm.txt"
971        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
972    elif test "x$OADM" = xt ; then
973        code_dir=code_oad
974        inputdir=input_oad
975        ref_outp="output_oadm.txt"
976        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
977    else
978        code_dir=code
979        inputdir=input
980        ref_outp="output.txt"
981        EXECUTABLE="mitgcmuv"
982    fi
983    
984  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
985      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
986    else
987        #- expand group of experiments:
988        LIST=" "
989        for xx in $TESTDIRS
990        do
991          case $xx in
992            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
993                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
994                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
995                    ;;
996            'tutorials')
997                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
998            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
999          esac
1000        done
1001  fi  fi
1002    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1003    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1004    TESTDIRS=" "
1005    count=0
1006    for xx in $LIST
1007    do
1008        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1009        if test $yy = 0 ; then
1010            if test -d $xx ; then
1011                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1012                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1013            else count=1 ;
1014                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1015            fi
1016        else
1017            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1018            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1019            fi
1020        fi
1021    done
1022    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1023    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1024    
1025  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1026      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1027  fi  fi
1028    
1029  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  RUNLOG="run.log"
1030      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  OUTPUTFILE=$ref_outp
 fi  
   
1031  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1032      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1033    fi
1034    if test "x$MPI" = xt ; then
1035        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1036  fi  fi
1037    
1038  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1039    
1040    # set the Default List of output variables to be checked:
1041    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1042    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1043    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1044    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1045        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1046        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1047        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1048        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1049        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1050    else
1051        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1052        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1053        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1054    fi
1055    
1056  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1057  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1058        echo "skipping comparison code build"
1059    else
1060        createcodelet
1061    fi
1062    
1063  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1064  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1065      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1066  else  else
1067      build_mpack      build_mpack
1068  fi  fi
1069    
1070  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1071    CMDLINE=$0
1072    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1073        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1074                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1075    done
1076    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1077  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1078  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1079  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1080  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1081    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1082        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1083    else
1084        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1085        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1086    fi
1087  DNUM=0  DNUM=0
1088  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1089  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 712  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1097  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1097      exit 1      exit 1
1098  fi  fi
1099  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1100  start_date=`date`  start_date=`date`
1101  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1102    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1103    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1104    
1105  of_path=  of_path=
1106  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 743  else Line 1129  else
1129  fi  fi
1130  echo  echo
1131  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1132  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1133      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1134                  T           S           U           V      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1135  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1136  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1137  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1138  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1139        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1140  EOF      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1141        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1142        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1143            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1144            line_1="$line_1        m  s"
1145            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1146            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1147            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1148        done
1149        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1150        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1151        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1152        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1153        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1154        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1155  else  else
1156      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1157      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1158        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1159        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1160        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1161        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1162      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1163  G D M    C  G  G D M    C  G
1164  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 767  fi Line 1171  fi
1171  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1172  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1173            
1174        # set builddir & rundir:
1175        builddir="build"
1176        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1177        rundir="run"
1178        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1179            rundir=$builddir
1180        fi
1181        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1182        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1183    
1184      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1185      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1186          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1187              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1188            rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE
1189            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1190                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1191                run_clean $dir/$rundir
1192          fi          fi
1193          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
1194              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1195            if test $ttd != 0 ; then
1196                echo '  --- rm dir:' $trdir
1197                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1198          fi          fi
1199          continue          continue
1200      fi      fi
1201    
1202      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1203      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1204      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1205      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1206          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1207          continue          continue
1208      fi      fi
1209    
1210      builddir="input"      # Check for specific files for particular type of run
     rundir="input"  
     use_seperate_build=0  
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
     fi  
       
     #  Check whether there are "extra runs" for this testdir  
     extra_runs=  
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
     fi  
   
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1211    
1212      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1213          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1214          continue          continue
1215      fi      fi
1216        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1217            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1218            continue
1219        fi
1220        if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1221          retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1222          if test $retv != 0 ; then
1223            echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1224            continue
1225          fi
1226        fi
1227    
1228        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1229        extra_runs=
1230        if test "x$NORUN" = xf ; then
1231            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1232        fi
1233        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1234        for exd in $ex_run_dirs ; do
1235            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1236            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1237            outf="$dir/results/$refExOut"
1238            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1239              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1240                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1241                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1242                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1243                    if test $retv = 0 ; then
1244                        extra_runs="$extra_runs $name"
1245                    else
1246                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1247                    fi
1248                  else
1249                    extra_runs="$extra_runs $name"
1250                  fi
1251                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1252                fi
1253              else
1254                extra_runs="$extra_runs $name"
1255              fi
1256            fi
1257        done
1258    
1259      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1260      echo      echo
1261      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1262           echo "Experiment:  $dir"
1263        else
1264           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1265        fi
1266      echo      echo
1267      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1268      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1269    
1270      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1271      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1272      mkdir $rel_CDIR      mkdir $rel_CDIR
1273      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1274            
1275      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
1276          makeclean $dir/$builddir              run=N
1277            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1278                && makeclean $dir/$builddir \
1279                && run_clean $dir/$rundir \
1280                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1281                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1282                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1283      else      else
1284          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1285              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1286                && run_clean $dir/$rundir \
1287              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1288              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1289              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1290              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1291              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1292              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1293      fi      fi
1294            
1295        #echo "results='$results'"
1296      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1297          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1298          echo          echo
1299          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1300          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          touch $CDIR"/summary.txt"
1301            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1302          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1303          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1304          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1305          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1306            if test "x$ADM" = xt ; then
1307                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1308                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1309                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1310            fi
1311    
         OLD_COMMAND=$COMMAND  
         COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"  
1312          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1313              test -e "$dir/tr_run" && rm -rf "$dir/tr_run"              unset run
1314              mkdir "$dir/tr_run"              results=$EMPTY_RESULTS
1315              links=`( cd "$dir/input" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              #  reference output file
1316              (              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1317                  cd "$dir/tr_run"              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1318                  for i in $links; do              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1319                      ln -s ../input/$i $i              mkdir $rel_CDIR
1320                  done              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1321              )              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1322              links=`( cd "$dir/input.$ex" > /dev/null 2>&1 ; ls -1 | grep -v CVS )`              run_clean $dir/tr_run.$ex
1323              (              linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
1324                  cd "$dir/tr_run"              runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1325                  for i in $links; do              && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
                     test -e $i  &&  rm -f $i  
                     ln -s ../input.$ex/$i $i  
                 done  
                 ln -s ../$builddir/mitgcmuv mitgcmuv  
             )  
             runmodel $dir/tr_run && run=Y \  
                 && results=`testoutput $dir tr_run "."$ex`  
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1326              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1327              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1328              echo              echo
1329              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1330              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              touch $CDIR"/summary.txt"
1331                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1332              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1333              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1334              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1335              echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1336                if test "x$ADM" = xt ; then
1337                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1338                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1339                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1340                fi
1341                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1342                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1343                fi
1344          done          done
1345          COMMAND=$OLD_COMMAND  
1346      else      #postclean $dir/$builddir
1347          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1348          fres=$fres"$results   $dir"          makeclean $dir/$builddir \
1349          echo              && run_clean $dir/$rundir
         echo "$fres" >> $SUMMARY  
         echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1350      fi      fi
1351            
1352      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
# Line 917  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1354  for dir in $TESTDIRS ; do
1354  done  done
1355    
1356  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1357  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1358  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1359  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1360    
# Line 929  else Line 1366  else
1366      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1367          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1368              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1369              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1370          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1371          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1372              echo              echo
# Line 942  else Line 1379  else
1379              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1380              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1381              echo              echo
1382                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1383                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1384          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1385      fi      fi
1386  fi  fi
1387    
1388  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1389  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum      rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1390    fi
1391    
1392  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1393      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1394      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1395          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1396      fi      fi
1397      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1398  fi  fi
1399    
1400  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then
Legend:
Removed from v.1.40  
changed lines
  Added in v.1.133
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