/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.32 by edhill, Sun Dec 7 07:06:13 2003 UTC revision 1.93 by jmc, Wed Sep 5 16:09:31 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 27  usage() Line 31  usage()
31      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
32      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
39        echo "                             (DEF=\"12\")"
40        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
41      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
42      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
43      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
44      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
45      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
46        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
47        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
48        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
49        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
50      echo      echo
51      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
52      echo "such as:"      echo "such as:"
53        echo
54      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
55      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
56      echo      echo
57        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
58        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
59        echo
60      exit 1      exit 1
61  }  }
62    
63  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
64  build_mpack()  build_mpack()
65  {  {
66      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
67      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
68          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
69              echo              echo
# Line 54  build_mpack() Line 73  build_mpack()
73              echo              echo
74              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
75          fi          fi
76          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
77          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
78              export CC=cc              export CC=cc
79          fi          fi
# Line 75  build_mpack() Line 94  build_mpack()
94      echo "OK"      echo "OK"
95  }  }
96    
97  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
98  {  {
99      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir extension
100      #      #
101      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
102      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/output.$extension
103        #  using search strings s1 and text label
104    
105      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
106          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
107      fi      fi
108      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
109          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
110          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
111          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
112              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
113                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
114              fi              fi
115              return 99              return 99
116          fi          fi
117      else      else
118          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
119          return 99          return 99
120      fi      fi
121      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
122          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2
123      fi      fi
124      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
125      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
126      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
127          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
128              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
129          fi          fi
130          return 99          return 99
131      fi      fi
132        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
133            if [ $verbose -gt 0 ]; then
134                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
135            fi
136            return 99
137        fi
138        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
139        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
140            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
141            return 99
142        fi
143        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
144        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
145            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
146            return 99
147        fi
148      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
149          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
150      fi      fi
151      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
152      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
153          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
154      fi      fi
155      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
156          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 158  testoutput_for_prop()
158      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
159      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
160      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
161      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
162      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
163          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
164              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
165          fi          fi
166          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
167      else      else
# Line 155  dashnum() Line 191  dashnum()
191    
192  testoutput_ad()  testoutput_ad()
193  {  {
194      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
195      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
196      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
197      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
198      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
199      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
200      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
201      echo "-1" >> t6.txt      echo "-1" >> t6.txt
202      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`      digits_5=`./tr_cmpnum < t5.txt`
203      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`      digits_6=`./tr_cmpnum < t6.txt`
204      dashnum $digits_5 $digits_6      dashnum $digits_5 $digits_6
205      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      rm -f t[01][56].txt t[56].txt
206  }  }
207    
208  testoutput()  check_for_add_mon_output()
209    {
210        # Check for additional types of monitor output
211        if test "x$1" = x ; then
212            return
213        fi
214    
215        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
216            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
217        done
218    
219        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
220        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
221        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
222            for jj in $ptr_add ; do
223                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
224                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
225                if test ! "x$tst" = x0 ; then
226                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
227                fi
228            done
229            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
230        done
231    }
232    
233    testoutput_run()
234  {  {
235      # testoutput directory subdir      # testoutput_run directory subdir extension
236      #      #
237      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
238      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
239          if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then
240              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2              echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2
241          fi          fi
242          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
243          if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then
244              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2              echo testoutput_run: cg2dres=$cg2dres 1>&2
245          fi          fi
246          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          testoutput_var $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
247          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?          testoutput_var $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
248          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?          testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
249          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
250          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          testoutput_var $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
251          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          testoutput_var $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
252          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
253          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
254          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?          testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
255          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?          testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
256          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?          testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
257          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?          testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
258          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?          testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
259          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?          testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
260          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?          testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
261          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?          testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
262          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
263              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd          #  This is for PTRACERS
264            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
265                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
266                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
267                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
268                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
269                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
270                #echo 'tst = '$tst
271                if test "x$tst" = xt ; then
272                    a="trcstat_ptracer0"
273                    testoutput_var $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
274                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
275                    testoutput_var $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
276                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
277                    testoutput_var $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
278                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
279                    testoutput_var $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
280                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
281                fi
282            done
283    
284            allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
285            allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
286            allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
287            allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
288            allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
289            allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
290            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
291    
292            eval "dashnum $allargs"
293    
294      else      else
295          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
296      fi      fi
# Line 211  genmakemodel() Line 302  genmakemodel()
302      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
303          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
304      else      else
305          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
306                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
307            else
308                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
309            fi
310          (          (
311              cd $1;              cd $1;
312              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
# Line 219  genmakemodel() Line 314  genmakemodel()
314                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
315              else              else
316                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
317              fi              fi
318              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
319                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 227  genmakemodel() Line 321  genmakemodel()
321              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
322                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
323              fi              fi
324                if test "x$MPI" = xt ; then
325                    command="$command -mpi"
326                fi
327                if test "x$TS" = xt ; then
328                    command="$command -ts"
329                fi
330                if test "x$PAPIS" = xt ; then
331                    command="$command -papis"
332                else
333                if test "x$PCLS" = xt ; then
334                    command="$command -pcls"
335                fi
336                fi
337              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
338              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
339              RETVAL=$?              RETVAL=$?
340              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
341                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
342              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
343                  tail make.log                  tail make.log
344                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 247  makeclean() Line 355  makeclean()
355  {  {
356      # makeclean directory      # makeclean directory
357      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
358          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
359      else      else
360          (          (
361              cd $1;              cd $1;
362              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
363              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
364                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
365                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
366                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
367                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
368                      tail make.log                      tail make.log
369                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
370                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
371                      return 1                      return 1
372                  fi                  fi
# Line 271  makeclean() Line 377  makeclean()
377      fi      fi
378  }  }
379    
380    run_clean()
381    {
382        # run_clean directory
383        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
384            echo "run_clean skipped!"
385        else
386            (
387                cd $1;
388                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
389                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
390                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
391                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
392                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
393                find . -type l -exec rm {} \;
394                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
395                rm -rf mnc_test_*
396                echo successful 1>&2
397                exit 0
398            )
399        fi
400    }
401    
402  makedependmodel()  makedependmodel()
403  {  {
404      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 302  makemodel() Line 430  makemodel()
430          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
431              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
432              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = x ; then
433                  $MAKE >> make.log 2>&1                  if test "x$JOBS" = x ; then
434                        $MAKE >> make.log 2>&1
435                    else
436                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
437                    fi
438              else              else
439                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
440              fi              fi
# Line 329  symlink_mpifiles() Line 461  symlink_mpifiles()
461      code_dir=$2      code_dir=$2
462      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
463      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
464        
465      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
466      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
467    
# Line 344  symlink_mpifiles() Line 476  symlink_mpifiles()
476              RETVAL=$?              RETVAL=$?
477              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
478                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
479                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
480                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
481                  fi                  fi
482              fi              fi
483          done          done
484      else      else
485      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
486          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
487              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
488              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
489              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
490                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
491                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
492                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
493                        #echo Un-linking $name from $linktarg
494                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
495                  fi                  fi
496              fi              fi
# Line 368  symlink_mpifiles() Line 501  symlink_mpifiles()
501    
502  linkdata()  linkdata()
503  {  {
504      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
505      #      #
506      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
507      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
508          (          (
509              cd $2              cd $1 ; shift
510              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
511                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
512                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
513                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
514                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
515                      fi                      if test ! -r eedata ; then
516                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
517              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
518                      fi                      fi
519                  done                  else
520                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
521                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
522                    fi
523              fi              fi
524                for ldir in $* ; do
525                    if test -d "../"$ldir ; then
526                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
527                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
528                        for i in $files ; do
529                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
530                                if test ! -r $i  ; then
531                                    printf ' '$i 1>&2
532                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
533                                fi
534                            fi
535                        done
536                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
537                            "../"$ldir"/"prepare_run
538                        fi
539                        printf ' ; ' 1>&2
540                    fi
541                done
542          )          )
543      fi      fi
544  }  }
# Line 407  runmodel() Line 551  runmodel()
551      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
552      (      (
553          cd $1          cd $1
554          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
555          # make output.txt          # make output.txt
556          $COMMAND >> run.log 2>&1          echo
557          RETVAL=$?          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
558          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
559              echo successful 1>&2              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
560              if test "x$ADM" = x ; then          fi
561                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
562                    rm -f run.log ; touch run.log
563                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
564                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
565                    RETVAL=8
566                    ENDVAL=-1
567            else
568                if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
569                    rm -f run.log ; touch run.log
570                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
571                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
572                    RETVAL=$?
573              else              else
574                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"                  RETVAL=0
575                    if test -f run.log ; then
576                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
577                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
578                    else
579                        touch run.log
580                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
581                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
582                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
583                    fi
584              fi              fi
585                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
586            fi
587            rm -f run.log_00
588            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
589            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
590                tail run.log
591                echo successful 1>&2
592                # === Reduce the size of the testing emails!
593                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
594                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
595              return 0              return 0
596          else          else
597              tail run.log              tail run.log
598              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
599              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
600                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
601              return 1              return 1
602          fi          fi
603      )      )
# Line 432  createcodelet() Line 607  createcodelet()
607  {  {
608      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
609    
610      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
611      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
612  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
613  #include <math.h>  #include <math.h>
614  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
615    int linnum,best;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
616    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
617    best = -16;    best = -22;
618    while( 1 )  {    lncnt = 0;
619      while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
620      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
621      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
622      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
623      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
624      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
625        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
626        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
627          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
628          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
629        }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
630        else {        else { cmplin = -22 ; }
631          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
632        }        }
633      }     else {
634       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
635          break; }
636    }    }
637      if (lncnt == 999) best=-29;
638      if (linnum != -1) best=-99;
639    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
640    return 0;    return 0;
641  }  }
642  EOF  EOF
643      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
644    
645      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
646          echo "OK"          echo "OK"
647          return 0          return 0
648      else      else
649          echo          echo
650          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
651            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
652          exit 1          exit 1
653      fi      fi
654  }  }
# Line 484  formatresults() Line 665  formatresults()
665      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $1 = '--' ]; then
666          printf ' N/O '          printf ' N/O '
667      else      else
668          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $1 -ge $MATCH_CRIT ]; then
669              printf ' pass'              printf ' pass'
670          else          else
671              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 495  formatresults() Line 676  formatresults()
676            
677  }  }
678    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
679  scandirs()  scandirs()
680  {  {
681      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
682          for arg in * ; do          for arg in * ; do
683              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
684          done          done
685      else      else
686          echo $*          echo $*
687      fi      fi
688  }  }
689    
# Line 536  clean=0 Line 698  clean=0
698  expts=''  expts=''
699  # ieee=1  # ieee=1
700    
701  IEEE=  IEEE=true
702  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
703      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
704  fi  fi
# Line 547  QUICK=f Line 709  QUICK=f
709  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
710  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
711  NODEPEND=f  NODEPEND=f
712    POSTCLEAN=f
713    
714  BASH=  BASH=
715  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
716  ADDRESSES=  ADDRESSES=
717  TESTDIRS=  TESTDIRS=
718    SKIPDIRS=
719  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
720  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
721  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
722  COMMAND=  COMMAND=
723  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
724        MAKE=make
725    fi
726    if test "x$CC" = x ; then
727        CC=cc
728    fi
729    JOBS=
730  MPI=f  MPI=f
731    MULTI_THREAD=f
732    OUTDIR=
733    DELDIR=
734    
735  ADM=  ADM=
736    
737  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
738    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
739    
740    MATCH_CRIT=13
741    
742    printf "parsing options...  "
743    
744  ac_prev=  ac_prev=
745  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 595  for ac_option ; do Line 773  for ac_option ; do
773          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
774              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
775    
776            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
777                ac_prev=SKIPDIRS ;;
778            -skipdir=* | --skipdir=*)
779                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
780    
781          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
782              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
783          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 610  for ac_option ; do Line 793  for ac_option ; do
793          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
794              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
795    
796            -odir | --odir)
797                ac_prev=OUTDIR ;;
798            -odir=* | --odir=*)
799                OUTDIR=$ac_optarg ;;
800    
801            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
802                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
803            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
804                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
805    
806            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
807            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
808    
809            -j) ac_prev=JOBS ;;
810            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
811    
812          -clean | --clean)          -clean | --clean)
813              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
814    
815          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
816              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 622  for ac_option ; do Line 821  for ac_option ; do
821          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
822              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
823    
824            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
825                POSTCLEAN=t ;;
826    
827          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
828    
829            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
830    
831          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
832    
833          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 633  for ac_option ; do Line 837  for ac_option ; do
837          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
838          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
839    
840            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
841    
842            -ts) TS=t;;
843    
844            -papis) PAPIS=t;;
845    
846            -pcls) PCL=t;;
847    
848          -*)          -*)
849              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
850              usage              usage
# Line 654  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 866  if test "x$QUICK" = xt ; then
866  fi  fi
867    
868  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
869      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
870            LIST=`scandirs results_ad`
871        else
872            LIST=`scandirs results`
873        fi
874    else
875        #- expand group of experiments:
876        LIST=" "
877        for xx in $TESTDIRS
878        do
879          case $xx in
880            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
881                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
882                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
883                    ;;
884            'tutorials')
885                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
886            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
887          esac
888        done
889  fi  fi
890    #echo 'LIST='${LIST}'<'
891    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
892    TESTDIRS=" "
893    count=0
894    for xx in $LIST
895    do
896        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
897        if test $yy = 0 ; then
898            if test -d $xx ; then
899                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
900                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
901            else count=1 ;
902                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
903            fi
904        else
905            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
906            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
907            fi
908        fi
909    done
910    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
911    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
912    
913  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
914      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
915  fi  fi
916    
917  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
918      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
919        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
920    else
921        EXECUTABLE="mitgcmuv"
922        OUTPUTFILE="output.txt"
923  fi  fi
924    
925  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
926      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
927    fi
928    if test "x$MPI" = xt ; then
929        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
930  fi  fi
931    
932  echo "OK"  #echo "OK"
933    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
934    
935  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
936  createcodelet  createcodelet
# Line 686  MACH=`hostname` Line 947  MACH=`hostname`
947  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
948  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
949  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
950    if test "x$OUTDIR" != x ; then
951        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
952    fi
953  DNUM=0  DNUM=0
954  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
955  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 699  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 963  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
963      exit 1      exit 1
964  fi  fi
965  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
966  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
967  start_date=`date`  start_date=`date`
968  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
969    
# Line 731  fi Line 995  fi
995  echo  echo
996  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
997  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
998      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
999                  T           S           U           V      then line_0="      "$MATCH_CRIT ;
1000  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      else line_0="     "$MATCH_CRIT ; fi
1001  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .      line_0="   $line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1002  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1003  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1004        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1005  EOF      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1006        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1007        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1008            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
1009            #  if test "x$tst" = xt ; then
1010            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1011            line_1="$line_1        m  s"
1012            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1013            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1014            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1015            #  fi
1016        done
1017        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1018        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1019        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1020        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1021        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1022        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1023  else  else
1024      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1025      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
# Line 757  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1038  for dir in $TESTDIRS ; do
1038      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1039      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1040          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
1041                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1042              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
1043          fi          fi
1044          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
1045              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
1046                run_clean $dir/run
1047          fi          fi
1048            (
1049                cd $dir
1050                rm -rf tr_run.*
1051            )
1052          continue          continue
1053      fi      fi
1054    
# Line 771  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1058  for dir in $TESTDIRS ; do
1058      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1059          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
1060      else      else
1061          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
1062      fi      fi
1063      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1064          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1065          continue          continue
1066      fi      fi
1067        if test "x$ADM" = x ; then
1068            check_for_add_mon_output  $fout
1069        fi
1070    
1071      builddir="input"      # Check for additional types of monitor output
1072      rundir="input"  
1073      use_seperate_build=0      builddir="build"
1074      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1075          builddir="build"      rundir="run"
1076          rundir="build"     #rundir=$builddir
1077          use_seperate_build=1      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1078          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir          rundir=$builddir
1079      fi      fi
1080            
1081      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1082          code_dir=code          code_dir=code
1083          CODE_DIR=$dir/code          CODE_DIR=$dir/code
1084            input_dirs='input'
1085      else      else
1086          code_dir=code_ad          code_dir=code_ad
1087          CODE_DIR=$dir/code_ad          CODE_DIR=$dir/code_ad
1088            input_dirs='input_ad input'
1089      fi      fi
1090      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
1091    
# Line 801  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1093  for dir in $TESTDIRS ; do
1093          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1094          continue          continue
1095      fi      fi
1096        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1097            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1098            continue
1099        fi
1100    
1101        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1102        extra_runs=
1103        if test "x$ADM" = x ; then
1104            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1105            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1106            for exd in $ex_run_dirs ; do
1107                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1108                outf="$dir/results/output.$name.txt"
1109                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1110                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1111                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1112                            extra_runs="$extra_runs $name"
1113                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1114                        fi
1115                    else
1116                        extra_runs="$extra_runs $name"
1117                    fi
1118                fi
1119            done
1120        fi
1121    
1122      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1123      echo      echo
1124      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1125           echo "Experiment:  $dir"
1126        else
1127           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1128        fi
1129      echo      echo
1130      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1131      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1132    
1133      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1134      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 815  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1136  for dir in $TESTDIRS ; do
1136      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1137            
1138      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1139          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1140            makeclean $dir/$builddir \
1141                && run_clean $dir/$rundir
1142      else      else
1143          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1144              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1145                && run_clean $dir/$rundir \
1146              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1147              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1148              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1149              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1150              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1151              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir "txt"`
1152      fi      fi
1153            
1154      echo      echo
1155      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1156          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1157            echo
1158            echo "$fres" >> $SUMMARY
1159            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1160            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1161            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1162            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1163            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1164    
1165            for ex in $extra_runs ; do
1166                unset run
1167                results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1168                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1169                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1170                mkdir $rel_CDIR
1171                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1172                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1173                run_clean $dir/tr_run.$ex
1174                linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
1175                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1176                    && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`
1177                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1178                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1179                fres="$fres.$ex"
1180                echo
1181                echo "$fres" >> $SUMMARY
1182                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1183                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1184                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1185                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1186                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1187                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1188                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1189                fi
1190            done
1191      else      else
1192          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1193          fres=$fres"$results   $dir"          fres=$fres"$results   $dir"
1194            echo
1195            echo "$fres" >> $SUMMARY
1196            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1197            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1198            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1199            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1200            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1201            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1202                               >> $CDIR"/summary.txt"
1203        fi
1204    
1205        #postclean $dir/$builddir
1206        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1207            makeclean $dir/$builddir \
1208                && run_clean $dir/$rundir
1209      fi      fi
     echo  
     echo "$fres" >> $SUMMARY  
     echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
     echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1210            
1211      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1212            
1213  done  done
1214    
1215  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1216  echo $start_date >> $SUMMARY  echo $start_date >> $SUMMARY
1217  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1218  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1219    
1220  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
# Line 859  else Line 1225  else
1225      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1226          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1227              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1228              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1229          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1230          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1231              echo              echo
# Line 878  else Line 1244  else
1244      fi      fi
1245  fi  fi
1246    
1247  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1248    
1249  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1250      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1251      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1252          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1253      fi      fi
1254      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1255    fi
1256    
1257    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1258        rm -rf $DRESULTS
1259  fi  fi
1260    
Legend:
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