/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
ViewVC logotype

Diff of /MITgcm/verification/testreport

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Revision Graph Revision Graph | View Patch Patch

revision 1.32 by edhill, Sun Dec 7 07:06:13 2003 UTC revision 1.92 by jmc, Wed Sep 5 01:46:37 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 27  usage() Line 31  usage()
31      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
32      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
39        echo "                             (DEF=\"12\")"
40        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
41      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
42      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
43      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
44      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
45      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
46        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
47        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
48        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
49        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
50      echo      echo
51      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
52      echo "such as:"      echo "such as:"
53        echo
54      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
55      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
56      echo      echo
57        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
58        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
59        echo
60      exit 1      exit 1
61  }  }
62    
63  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
64  build_mpack()  build_mpack()
65  {  {
66      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
67      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
68          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
69              echo              echo
# Line 54  build_mpack() Line 73  build_mpack()
73              echo              echo
74              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
75          fi          fi
76          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
77          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
78              export CC=cc              export CC=cc
79          fi          fi
# Line 77  build_mpack() Line 96  build_mpack()
96    
97  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
98  {  {
99      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
100      #      #
101      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files $dir/$subdir/$OUTPUTFILE and $dir/results/output.txt
102      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
103    
104      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
105          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
106      fi      fi
107      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
108          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
109          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
110          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
111              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
112                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
113              fi              fi
114              return 99              return 99
115          fi          fi
116      else      else
117          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
118          return 99          return 99
119      fi      fi
120      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
121          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.$5 1>&2
122      fi      fi
123      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
124      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
125      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
126          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
127              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
128          fi          fi
129          return 99          return 99
130      fi      fi
131        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
132            if [ $verbose -gt 0 ]; then
133                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
134            fi
135            return 99
136        fi
137        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
138        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
139            echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
140            return 99
141        fi
142        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
143        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
144            echo testoutput_for_prop: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
145            return 99
146        fi
147      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
148          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
149      fi      fi
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 157  testoutput_for_prop()
157      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
158      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
159      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
160      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
161      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
162          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
163              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 155  dashnum() Line 190  dashnum()
190    
191  testoutput_ad()  testoutput_ad()
192  {  {
193      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
194      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
195      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt      grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
196      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      grep $3 $1/$2/$OUTPUTFILE | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
197      join t05.txt t15.txt > t5.txt      join t05.txt t15.txt > t5.txt
198      join t06.txt t16.txt > t6.txt      join t06.txt t16.txt > t6.txt
199      echo "-1" >> t5.txt      echo "-1" >> t5.txt
200      echo "-1" >> t6.txt      echo "-1" >> t6.txt
201      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`      digits_5=`./tr_cmpnum < t5.txt`
202      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`      digits_6=`./tr_cmpnum < t6.txt`
203      dashnum $digits_5 $digits_6      dashnum $digits_5 $digits_6
204      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      rm -f t[01][56].txt t[56].txt
205  }  }
206    
207    check_for_add_mon_output()
208    {
209        # Check for additional types of monitor output
210        if test "x$1" = x ; then
211            return
212        fi
213    
214        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
215            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
216        done
217    
218        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
219        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
220        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
221            for jj in $ptr_add ; do
222                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
223                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
224                if test ! "x$tst" = x0 ; then
225                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
226                fi
227            done
228            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
229        done
230    }
231    
232  testoutput()  testoutput()
233  {  {
234      # testoutput directory subdir      # testoutput directory subdir extension
235      #      #
236      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
237      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
238          if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then
239              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
240          fi          fi
241          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
242          if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then
243              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
244          fi          fi
245          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
246          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
247          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
248          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
249          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
250          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
251          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
252          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
253          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
254          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
255          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
256          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
257          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
258          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
259          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
260          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
261          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
262              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd          #  This is for PTRACERS
263            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
264                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
265                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
266                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
267                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
268                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
269                #echo 'tst = '$tst
270                if test "x$tst" = xt ; then
271                    a="trcstat_ptracer0"
272                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
273                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
274                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
275                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
276                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
277                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
278                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
279                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
280                fi
281            done
282    
283            allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
284            allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
285            allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
286            allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
287            allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
288            allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
289            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
290    
291            eval "dashnum $allargs"
292    
293      else      else
294          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
295      fi      fi
# Line 211  genmakemodel() Line 301  genmakemodel()
301      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
302          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
303      else      else
304          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
305                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
306            else
307                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
308            fi
309          (          (
310              cd $1;              cd $1;
311              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
# Line 219  genmakemodel() Line 313  genmakemodel()
313                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
314              else              else
315                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
316              fi              fi
317              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
318                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 227  genmakemodel() Line 320  genmakemodel()
320              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
321                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
322              fi              fi
323                if test "x$MPI" = xt ; then
324                    command="$command -mpi"
325                fi
326                if test "x$TS" = xt ; then
327                    command="$command -ts"
328                fi
329                if test "x$PAPIS" = xt ; then
330                    command="$command -papis"
331                else
332                if test "x$PCLS" = xt ; then
333                    command="$command -pcls"
334                fi
335                fi
336              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
337              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
338              RETVAL=$?              RETVAL=$?
339              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
340                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
341              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
342                  tail make.log                  tail make.log
343                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 247  makeclean() Line 354  makeclean()
354  {  {
355      # makeclean directory      # makeclean directory
356      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
357          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
358      else      else
359          (          (
360              cd $1;              cd $1;
361              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
362              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
363                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
364                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
365                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
366                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
367                      tail make.log                      tail make.log
368                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
369                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
370                      return 1                      return 1
371                  fi                  fi
# Line 271  makeclean() Line 376  makeclean()
376      fi      fi
377  }  }
378    
379    run_clean()
380    {
381        # run_clean directory
382        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
383            echo "run_clean skipped!"
384        else
385            (
386                cd $1;
387                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
388                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
389                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
390                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
391                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
392                find . -type l -exec rm {} \;
393                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
394                rm -rf mnc_test_*
395                echo successful 1>&2
396                exit 0
397            )
398        fi
399    }
400    
401  makedependmodel()  makedependmodel()
402  {  {
403      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 302  makemodel() Line 429  makemodel()
429          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
430              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
431              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = x ; then
432                  $MAKE >> make.log 2>&1                  if test "x$JOBS" = x ; then
433                        $MAKE >> make.log 2>&1
434                    else
435                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
436                    fi
437              else              else
438                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
439              fi              fi
# Line 329  symlink_mpifiles() Line 460  symlink_mpifiles()
460      code_dir=$2      code_dir=$2
461      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
462      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
463        
464      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
465      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
466    
# Line 344  symlink_mpifiles() Line 475  symlink_mpifiles()
475              RETVAL=$?              RETVAL=$?
476              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
477                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
478                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
479                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
480                  fi                  fi
481              fi              fi
482          done          done
483      else      else
484      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
485          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
486              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
487              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
488              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
489                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
490                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
491                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
492                        #echo Un-linking $name from $linktarg
493                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
494                  fi                  fi
495              fi              fi
# Line 368  symlink_mpifiles() Line 500  symlink_mpifiles()
500    
501  linkdata()  linkdata()
502  {  {
503      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
504      #      #
505      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
506      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
507          (          (
508              cd $2              cd $1 ; shift
509              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
510                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
511                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
512                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
513                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
514                      fi                      if test ! -r eedata ; then
515                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
516              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
517                      fi                      fi
518                  done                  else
519                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
520                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
521                    fi
522              fi              fi
523                for ldir in $* ; do
524                    if test -d "../"$ldir ; then
525                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
526                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
527                        for i in $files ; do
528                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
529                                if test ! -r $i  ; then
530                                    printf ' '$i 1>&2
531                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
532                                fi
533                            fi
534                        done
535                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
536                            "../"$ldir"/"prepare_run
537                        fi
538                        printf ' ; ' 1>&2
539                    fi
540                done
541          )          )
542      fi      fi
543  }  }
# Line 407  runmodel() Line 550  runmodel()
550      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
551      (      (
552          cd $1          cd $1
553          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
554          # make output.txt          # make output.txt
555          $COMMAND >> run.log 2>&1          echo
556          RETVAL=$?          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
557          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
558              echo successful 1>&2              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
559              if test "x$ADM" = x ; then          fi
560                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
561                    rm -f run.log ; touch run.log
562                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
563                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
564                    RETVAL=8
565                    ENDVAL=-1
566            else
567                if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
568                    rm -f run.log ; touch run.log
569                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
570                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
571                    RETVAL=$?
572              else              else
573                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"                  RETVAL=0
574                    if test -f run.log ; then
575                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
576                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
577                    else
578                        touch run.log
579                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
580                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
581                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
582                    fi
583              fi              fi
584                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
585            fi
586            rm -f run.log_00
587            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
588            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
589                tail run.log
590                echo successful 1>&2
591                # === Reduce the size of the testing emails!
592                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
593                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
594              return 0              return 0
595          else          else
596              tail run.log              tail run.log
597              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
598              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
599                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
600              return 1              return 1
601          fi          fi
602      )      )
# Line 432  createcodelet() Line 606  createcodelet()
606  {  {
607      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
608    
609      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
610      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
611  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
612  #include <math.h>  #include <math.h>
613  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
614    int linnum,best;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
615    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
616    best = -16;    best = -22;
617    while( 1 )  {    lncnt = 0;
618      while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
619      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
620      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
621      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
622      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
623      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
624        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
625        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
626          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
627          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
628        }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
629        else {        else { cmplin = -22 ; }
630          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
631        }        }
632      }     else {
633       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
634          break; }
635    }    }
636      if (lncnt == 999) best=-29;
637      if (linnum != -1) best=-99;
638    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
639    return 0;    return 0;
640  }  }
641  EOF  EOF
642      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
643    
644      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
645          echo "OK"          echo "OK"
646          return 0          return 0
647      else      else
648          echo          echo
649          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
650            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
651          exit 1          exit 1
652      fi      fi
653  }  }
# Line 484  formatresults() Line 664  formatresults()
664      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $1 = '--' ]; then
665          printf ' N/O '          printf ' N/O '
666      else      else
667          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $1 -ge $MATCH_CRIT ]; then
668              printf ' pass'              printf ' pass'
669          else          else
670              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 495  formatresults() Line 675  formatresults()
675            
676  }  }
677    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
678  scandirs()  scandirs()
679  {  {
680      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
681          for arg in * ; do          for arg in * ; do
682              test -d $arg/input && echo $arg              test -d $arg/$1 && echo $arg
683          done          done
684      else      else
685          echo $*          echo $*
686      fi      fi
687  }  }
688    
# Line 536  clean=0 Line 697  clean=0
697  expts=''  expts=''
698  # ieee=1  # ieee=1
699    
700  IEEE=  IEEE=true
701  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
702      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
703  fi  fi
# Line 547  QUICK=f Line 708  QUICK=f
708  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
709  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
710  NODEPEND=f  NODEPEND=f
711    POSTCLEAN=f
712    
713  BASH=  BASH=
714  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
715  ADDRESSES=  ADDRESSES=
716  TESTDIRS=  TESTDIRS=
717    SKIPDIRS=
718  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
719  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
720  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
721  COMMAND=  COMMAND=
722  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
723        MAKE=make
724    fi
725    if test "x$CC" = x ; then
726        CC=cc
727    fi
728    JOBS=
729  MPI=f  MPI=f
730    MULTI_THREAD=f
731    OUTDIR=
732    DELDIR=
733    
734  ADM=  ADM=
735    
736  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
737    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
738    
739    MATCH_CRIT=13
740    
741    printf "parsing options...  "
742    
743  ac_prev=  ac_prev=
744  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 595  for ac_option ; do Line 772  for ac_option ; do
772          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
773              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
774    
775            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
776                ac_prev=SKIPDIRS ;;
777            -skipdir=* | --skipdir=*)
778                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
779    
780          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
781              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
782          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 610  for ac_option ; do Line 792  for ac_option ; do
792          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
793              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
794    
795            -odir | --odir)
796                ac_prev=OUTDIR ;;
797            -odir=* | --odir=*)
798                OUTDIR=$ac_optarg ;;
799    
800            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
801                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
802            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
803                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
804    
805            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
806            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
807    
808            -j) ac_prev=JOBS ;;
809            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
810    
811          -clean | --clean)          -clean | --clean)
812              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
813    
814          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
815              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 622  for ac_option ; do Line 820  for ac_option ; do
820          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
821              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
822    
823            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
824                POSTCLEAN=t ;;
825    
826          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
827    
828            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
829    
830          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
831    
832          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 633  for ac_option ; do Line 836  for ac_option ; do
836          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
837          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
838    
839            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
840    
841            -ts) TS=t;;
842    
843            -papis) PAPIS=t;;
844    
845            -pcls) PCL=t;;
846    
847          -*)          -*)
848              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
849              usage              usage
# Line 654  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 865  if test "x$QUICK" = xt ; then
865  fi  fi
866    
867  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
868      TESTDIRS=`scandirs`      if test "x$ADM" = xt ; then
869            LIST=`scandirs results_ad`
870        else
871            LIST=`scandirs results`
872        fi
873    else
874        #- expand group of experiments:
875        LIST=" "
876        for xx in $TESTDIRS
877        do
878          case $xx in
879            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
880                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
881                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
882                    ;;
883            'tutorials')
884                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
885            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
886          esac
887        done
888  fi  fi
889    #echo 'LIST='${LIST}'<'
890    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
891    TESTDIRS=" "
892    count=0
893    for xx in $LIST
894    do
895        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
896        if test $yy = 0 ; then
897            if test -d $xx ; then
898                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
899                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
900            else count=1 ;
901                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
902            fi
903        else
904            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
905            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
906            fi
907        fi
908    done
909    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
910    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
911    
912  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
913      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
914  fi  fi
915    
916  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
917      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"      EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
918        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
919    else
920        EXECUTABLE="mitgcmuv"
921        OUTPUTFILE="output.txt"
922  fi  fi
923    
924  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
925      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
926    fi
927    if test "x$MPI" = xt ; then
928        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
929  fi  fi
930    
931  echo "OK"  #echo "OK"
932    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
933    
934  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
935  createcodelet  createcodelet
# Line 686  MACH=`hostname` Line 946  MACH=`hostname`
946  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
947  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
948  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
949    if test "x$OUTDIR" != x ; then
950        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
951    fi
952  DNUM=0  DNUM=0
953  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
954  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 699  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 962  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
962      exit 1      exit 1
963  fi  fi
964  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
965  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
966  start_date=`date`  start_date=`date`
967  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
968    
# Line 731  fi Line 994  fi
994  echo  echo
995  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
996  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
997      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
998                  T           S           U           V      then line_0="      "$MATCH_CRIT ;
999  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      else line_0="     "$MATCH_CRIT ; fi
1000  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .      line_0="   $line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1001  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1002  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1003        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1004  EOF      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1005        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1006        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1007            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
1008            #  if test "x$tst" = xt ; then
1009            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1010            line_1="$line_1        m  s"
1011            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1012            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1013            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1014            #  fi
1015        done
1016        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1017        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1018        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1019        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1020        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1021        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1022  else  else
1023      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1024      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
# Line 757  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1037  for dir in $TESTDIRS ; do
1037      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1038      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1039          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
1040                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1041              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
1042          fi          fi
1043          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
1044              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
1045                run_clean $dir/run
1046          fi          fi
1047            (
1048                cd $dir
1049                rm -rf tr_run.*
1050            )
1051          continue          continue
1052      fi      fi
1053    
# Line 771  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1057  for dir in $TESTDIRS ; do
1057      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1058          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/output.txt"
1059      else      else
1060          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
1061      fi      fi
1062      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1063          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1064          continue          continue
1065      fi      fi
1066        if test "x$ADM" = x ; then
1067            check_for_add_mon_output  $fout
1068        fi
1069    
1070      builddir="input"      # Check for additional types of monitor output
1071      rundir="input"  
1072      use_seperate_build=0      builddir="build"
1073      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then      if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1074          builddir="build"      rundir="run"
1075          rundir="build"     #rundir=$builddir
1076          use_seperate_build=1      if test ! -d $dir/$rundir ; then
1077          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir          rundir=$builddir
1078      fi      fi
1079            
1080      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1081          code_dir=code          code_dir=code
1082          CODE_DIR=$dir/code          CODE_DIR=$dir/code
1083            input_dirs='input'
1084      else      else
1085          code_dir=code_ad          code_dir=code_ad
1086          CODE_DIR=$dir/code_ad          CODE_DIR=$dir/code_ad
1087            input_dirs='input_ad input'
1088      fi      fi
1089      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
1090    
# Line 801  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1092  for dir in $TESTDIRS ; do
1092          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1093          continue          continue
1094      fi      fi
1095        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1096            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1097            continue
1098        fi
1099    
1100        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1101        extra_runs=
1102        if test "x$ADM" = x ; then
1103            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1104            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1105            for exd in $ex_run_dirs ; do
1106                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1107                outf="$dir/results/output.$name.txt"
1108                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1109                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1110                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1111                            extra_runs="$extra_runs $name"
1112                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1113                        fi
1114                    else
1115                        extra_runs="$extra_runs $name"
1116                    fi
1117                fi
1118            done
1119        fi
1120    
1121      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1122      echo      echo
1123      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1124           echo "Experiment:  $dir"
1125        else
1126           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1127        fi
1128      echo      echo
1129      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1130      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1131    
1132      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1133      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 815  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1135  for dir in $TESTDIRS ; do
1135      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1136            
1137      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1138          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1139            makeclean $dir/$builddir \
1140                && run_clean $dir/$rundir
1141      else      else
1142          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1143              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1144                && run_clean $dir/$rundir \
1145              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1146              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1147              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1148              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1149              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1150              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir "txt"`
1151      fi      fi
1152            
1153      echo      echo
1154      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1155          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1156            echo
1157            echo "$fres" >> $SUMMARY
1158            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1159            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1160            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1161            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1162            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1163    
1164            for ex in $extra_runs ; do
1165                unset run
1166                results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1167                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1168                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1169                mkdir $rel_CDIR
1170                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1171                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1172                run_clean $dir/tr_run.$ex
1173                linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
1174                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1175                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex ${ex}".txt"`
1176                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1177                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1178                fres="$fres.$ex"
1179                echo
1180                echo "$fres" >> $SUMMARY
1181                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1182                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1183                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1184                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1185                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1186                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1187                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1188                fi
1189            done
1190      else      else
1191          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1192          fres=$fres"$results   $dir"          fres=$fres"$results   $dir"
1193            echo
1194            echo "$fres" >> $SUMMARY
1195            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1196            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1197            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1198            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1199            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1200            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1201                               >> $CDIR"/summary.txt"
1202        fi
1203    
1204        #postclean $dir/$builddir
1205        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1206            makeclean $dir/$builddir \
1207                && run_clean $dir/$rundir
1208      fi      fi
     echo  
     echo "$fres" >> $SUMMARY  
     echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
     echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1209            
1210      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1211            
1212  done  done
1213    
1214  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1215  echo $start_date >> $SUMMARY  echo $start_date >> $SUMMARY
1216  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1217  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1218    
1219  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
# Line 859  else Line 1224  else
1224      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1225          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1226              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1227              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1228          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1229          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1230              echo              echo
# Line 878  else Line 1243  else
1243      fi      fi
1244  fi  fi
1245    
1246  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1247    
1248  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1249      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1250      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1251          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1252      fi      fi
1253      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1254    fi
1255    
1256    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1257        rm -rf $DRESULTS
1258  fi  fi
1259    
Legend:
Removed from v.1.32  
changed lines
  Added in v.1.92
  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.22