/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.32 by edhill, Sun Dec 7 07:06:13 2003 UTC revision 1.112 by jmc, Sat Feb 9 18:30:25 2008 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19        echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
23      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
24        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
25        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
28      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
29      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 27  usage() Line 32  usage()
32      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
33      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
34      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
35        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
36        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
37        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
38        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
39        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
40        echo "                             (DEF=\"12\")"
41        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
42      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
43      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
44      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
45      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
46      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
47        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
48        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
49        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
50        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
51      echo      echo
52      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
53      echo "such as:"      echo "such as:"
54        echo
55      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
56      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
57      echo      echo
58        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
59        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
60        echo
61      exit 1      exit 1
62  }  }
63    
64  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
65  build_mpack()  build_mpack()
66  {  {
67      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
68      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
69          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
70              echo              echo
# Line 54  build_mpack() Line 74  build_mpack()
74              echo              echo
75              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
76          fi          fi
         echo -n "building mpack...  "  
77          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
78              export CC=cc              export CC=cc
79          fi          fi
80            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
81          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
82          RETVAL=$?          RETVAL=$?
83          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 68  build_mpack() Line 88  build_mpack()
88          else          else
89              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
90              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
91                echo "OK"
92          fi          fi
93      else      else
94          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
95            echo "done"
96      fi      fi
     echo "OK"  
97  }  }
98    
99  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
100  {  {
101      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
102      #      #
103      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
104      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
105        #  using search strings s1 and text label
106    
107      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
108          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
109      fi      fi
110      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
111          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
112          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
113          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
114              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
115                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
116              fi              fi
117              return 99              return 99
118          fi          fi
119      else      else
120          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
121          return 99          return 99
122      fi      fi
123      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
124          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
125      fi      fi
126      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
127      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
128      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
129          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
130              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
131          fi          fi
132          return 99          return 99
133      fi      fi
134        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
135            if [ $verbose -gt 0 ]; then
136                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
137            fi
138            return 99
139        fi
140        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
141        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
142            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
143            return 99
144        fi
145        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
146        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
147            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
148            return 99
149        fi
150      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
151          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
152      fi      fi
153      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
154      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
155          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
156      fi      fi
157      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
158          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 160  testoutput_for_prop()
160      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
161      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
162      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
163      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
164      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
165          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
166              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
167          fi          fi
168          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
169      else      else
170          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
171              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
172          fi          fi
173      fi      fi
174      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 138  testoutput_for_prop() Line 176  testoutput_for_prop()
176      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
177  }  }
178    
179  dashnum()  check_for_add_mon_output()
180  {  {
181      # dashnum n1 n2 n3 ...      # Check for additional types of monitor output
182      #      if test "x$1" = x ; then
183      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99          return
184        fi
185    
186      for num in $@ ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
187          if [ $num = 99 ]; then          eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
188      done      done
 }  
189    
190  testoutput_ad()      ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
191  {      ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
192      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
193      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt          for jj in $ptr_add ; do
194      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt              name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
195      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt              tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
196      join t05.txt t15.txt > t5.txt              if test ! "x$tst" = x0 ; then
197      join t06.txt t16.txt > t6.txt                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
198      echo "-1" >> t5.txt              fi
199      echo "-1" >> t6.txt          done
200      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`          #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
201      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`      done
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
202  }  }
203    
204  testoutput()  testoutput_run()
205  {  {
206      # testoutput directory subdir      # testoutput_run directory subdir reference_output
207      #      #
208      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
209      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
210          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
211              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
212          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
213          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
214          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
215              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
216          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
217          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
218          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
219          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
220          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
221          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do
222          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?            tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
223          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?           #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
224          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?            if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi
225          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?          done
226          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`
227          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?          if test $tst != 1 ; then
228          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
229          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?          #- put it back once:
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
233          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \          fi
234              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
235      else          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
236          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          allargs=""
237      fi          for xx in $listVar
238            do
239              case $xx in
240               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
241                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
242                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
243                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
244              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
245              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
246               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
247               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
248               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
249               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
250               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
252               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
253               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
254               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
257               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
259               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
260               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
261               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
262            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
263               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
264            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
265               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
266            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
267               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
268            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
269               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
272             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
273             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
275             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
276             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
277             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
279             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;
280             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;
281             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
283            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
284            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
285            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
286            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
287            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
288                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
289              esac
290              if test $xx = $sVar
291              then allargs="$allargs > $yy <"
292              else allargs="$allargs $yy"
293              fi
294            done
295    
296            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
297            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
298            #-- fill line (up to standard length) with dot:
299              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
300              echo $allargs $adNul
301            else
302              echo $allargs
303            fi
304    # <-- same processing for adjoint & forward test
305  }  }
306    
307  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 211  genmakemodel() Line 310  genmakemodel()
310      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
311          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
312      else      else
313          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
314                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
315            else
316                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
317            fi
318          (          (
319              cd $1;              cd $1;
320              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
# Line 219  genmakemodel() Line 322  genmakemodel()
322                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
323              else              else
324                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
325              fi              fi
326              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
327                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 227  genmakemodel() Line 329  genmakemodel()
329              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
330                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
331              fi              fi
332                if test "x$GSL" = xt ; then
333                    command="$command -gsl"
334                fi
335                if test "x$MPI" = xt ; then
336                    command="$command -mpi"
337                fi
338                if test "x$TS" = xt ; then
339                    command="$command -ts"
340                fi
341                if test "x$PAPIS" = xt ; then
342                    command="$command -papis"
343                else
344                if test "x$PCLS" = xt ; then
345                    command="$command -pcls"
346                fi
347                fi
348              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
349              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
350              RETVAL=$?              RETVAL=$?
351              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
352                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
353              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
354                  tail make.log                  tail make.log
355                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 247  makeclean() Line 366  makeclean()
366  {  {
367      # makeclean directory      # makeclean directory
368      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
369          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
370      else      else
371          (          (
372              cd $1;              cd $1;
373              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
374              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
375                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
376                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
377                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
378                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
379                      tail make.log                      tail make.log
380                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
381                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
382                      return 1                      return 1
383                  fi                  fi
# Line 271  makeclean() Line 388  makeclean()
388      fi      fi
389  }  }
390    
391    run_clean()
392    {
393        # run_clean directory
394        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
395            echo "run_clean skipped!"
396        else
397            (
398                cd $1;
399                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
400                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
401                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
402                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
403                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
404                find . -type l -exec rm {} \;
405                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
406                rm -rf mnc_test_*
407                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
408                echo successful 1>&2
409                exit 0
410            )
411        fi
412    }
413    
414  makedependmodel()  makedependmodel()
415  {  {
416      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 302  makemodel() Line 442  makemodel()
442          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
443              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
444              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = x ; then
445                  $MAKE >> make.log 2>&1                  if test "x$JOBS" = x ; then
446                        $MAKE >> make.log 2>&1
447                    else
448                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
449                    fi
450              else              else
451                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
452              fi              fi
# Line 329  symlink_mpifiles() Line 473  symlink_mpifiles()
473      code_dir=$2      code_dir=$2
474      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
475      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
476        
477      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
478      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
479    
480      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
481      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 344  symlink_mpifiles() Line 488  symlink_mpifiles()
488              RETVAL=$?              RETVAL=$?
489              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
490                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
491                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
492                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
493                  fi                  fi
494              fi              fi
495          done          done
496      else      else
497      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
498          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
499              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
500              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
501              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
502                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
503                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
504                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
505                        #echo Un-linking $name from $linktarg
506                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
507                  fi                  fi
508              fi              fi
# Line 368  symlink_mpifiles() Line 513  symlink_mpifiles()
513    
514  linkdata()  linkdata()
515  {  {
516      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
517      #      #
518      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
519      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
520          (          (
521              cd $2              cd $1 ; shift
522              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
523                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
524                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
525                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
526                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
527                      fi                      if test ! -r eedata ; then
528                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
529              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
530                      fi                      fi
531                  done                  else
532                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
533                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
534                    fi
535              fi              fi
536                prevDir='NONE'
537                for ldir in $* ; do
538                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
539                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
540                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
541                        for i in $files ; do
542                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
543                                if test ! -r $i  ; then
544                                    printf ' '$i 1>&2
545                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
546                                fi
547                            fi
548                        done
549                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
550                            "../"$ldir"/"prepare_run
551                        fi
552                        printf ' ; ' 1>&2
553                    fi
554                    prevDir=$ldir
555                done
556          )          )
557      fi      fi
558  }  }
# Line 407  runmodel() Line 565  runmodel()
565      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
566      (      (
567          cd $1          cd $1
568          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
569          # make output.txt          # make output.txt
570          $COMMAND >> run.log 2>&1          echo
571          RETVAL=$?          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
572          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
573              echo successful 1>&2              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi
574              if test "x$ADM" = x ; then          fi
575                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
576                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
577                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
578            fi
579            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
580                    rm -f run.log ; touch run.log
581                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
582                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
583                    RETVAL=8
584                    ENDVAL=-1
585            else
586                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
587                  # output do not exist or is older than executable:
588                    rm -f run.log ; touch run.log
589                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
590                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
591                    RETVAL=$?
592              else              else
593                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"                  RETVAL=0
594                    if test -f run.log ; then
595                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
596                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
597                    else
598                        touch run.log
599                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
600                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
601                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
602                    fi
603              fi              fi
604                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
605            fi
606            rm -f run.log_00
607            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
608            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
609                tail run.log
610                echo successful 1>&2
611                # === Reduce the size of the testing emails!
612                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
613                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
614              return 0              return 0
615          else          else
616              tail run.log              tail run.log
617              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
618              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
619                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
620              return 1              return 1
621          fi          fi
622      )      )
# Line 432  createcodelet() Line 626  createcodelet()
626  {  {
627      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
628    
629      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
630      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
631  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
632  #include <math.h>  #include <math.h>
633  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
634    int linnum,best;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
635    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
636    best = -16;    best = -22;
637    while( 1 )  {    lncnt = 0;
638      while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
639      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
640      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
641      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
642      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
643      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
644        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
645        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
646          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
647          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
648        }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
649        else {        else { cmplin = -22 ; }
650          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
651        }        }
652      }     else {
653       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
654          break; }
655    }    }
656      if (lncnt == 999) best=-29;
657      if (linnum != -1) best=-99;
658    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
659    return 0;    return 0;
660  }  }
661  EOF  EOF
662      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
663    
664      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
665          echo "OK"          echo "OK"
666          return 0          return 0
667      else      else
668          echo          echo
669          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
670            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
671          exit 1          exit 1
672      fi      fi
673  }  }
# Line 479  formatresults() Line 679  formatresults()
679      nm=$1      nm=$1
680      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
681      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
682      printf '%3s' $@      listPrt=$@
683        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
684        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
685        printf '%3s' $listPrt
686    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
687    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
688            
689      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
690            printf ' N/O '
691        elif [ $xx = '--' ]; then
692            printf ' N/O '
693        elif [ $xx = 99 ]; then
694          printf ' N/O '          printf ' N/O '
695      else      else
696          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
697              printf ' pass'              printf ' pass'
698          else          else
699              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 495  formatresults() Line 704  formatresults()
704            
705  }  }
706    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
707  scandirs()  scandirs()
708  {  {
709      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
710          for arg in * ; do          for arg in * ; do
711              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
712          done          done
713      else      else
714          echo $*          echo $*
715      fi      fi
716  }  }
717    
# Line 533  scandirs() Line 723  scandirs()
723  debug=0  debug=0
724  verbose=1  verbose=1
725  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
726    
727  IEEE=  IEEE=true
728  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
729      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
730  fi  fi
731    GSL=f
732    
733  CLEANUP=f  CLEANUP=f
734  QUICK=f  QUICK=f
735  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
736  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
737  NODEPEND=f  NODEPEND=f
738    POSTCLEAN=f
739    
740  BASH=  BASH=
741  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
742  ADDRESSES=  ADDRESSES=
743  TESTDIRS=  TESTDIRS=
744    SKIPDIRS=
745  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
746  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
747  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
748  COMMAND=  COMMAND=
749  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
750        MAKE=make
751    fi
752    if test "x$CC" = x ; then
753        CC=cc
754    fi
755    JOBS=
756  MPI=f  MPI=f
757    MULTI_THREAD=f
758    OUTDIR=
759    DELDIR=
760    
761  ADM=  ADM=
762    
763  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
764    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
765    
766    MATCH_CRIT=13
767    
768    printf "parsing options...  "
769    
770  ac_prev=  ac_prev=
771  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 595  for ac_option ; do Line 799  for ac_option ; do
799          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
800              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
801    
802            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
803                ac_prev=SKIPDIRS ;;
804            -skipdir=* | --skipdir=*)
805                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
806    
807          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
808              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
809          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 610  for ac_option ; do Line 819  for ac_option ; do
819          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
820              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
821    
822            -odir | --odir)
823                ac_prev=OUTDIR ;;
824            -odir=* | --odir=*)
825                OUTDIR=$ac_optarg ;;
826    
827            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
828                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
829            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
830                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
831    
832            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
833            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
834    
835            -j) ac_prev=JOBS ;;
836            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
837    
838          -clean | --clean)          -clean | --clean)
839              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
840    
841          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
842              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 622  for ac_option ; do Line 847  for ac_option ; do
847          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
848              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
849    
850            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
851                POSTCLEAN=t ;;
852    
853          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
854    
855            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
856    
857          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
858    
859          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
860          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
861            -gsl) GSL=t ;;
862    
863          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
864          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
865          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
866    
867            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
868    
869            -ts) TS=t;;
870    
871            -papis) PAPIS=t;;
872    
873            -pcls) PCL=t;;
874    
875          -*)          -*)
876              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
877              usage              usage
# Line 653  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 892  if test "x$QUICK" = xt ; then
892      NODEPEND=t      NODEPEND=t
893  fi  fi
894    
895    #- setting for forward or ADM testing
896    if test "x$ADM" = xt ; then
897        code_dir=code_ad
898        inputdir=input_ad
899        ref_outp="output_adm.txt"
900        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
901    else
902        code_dir=code
903        inputdir=input
904        ref_outp="output.txt"
905        EXECUTABLE="mitgcmuv"
906    fi
907    
908  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
909      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
910    else
911        #- expand group of experiments:
912        LIST=" "
913        for xx in $TESTDIRS
914        do
915          case $xx in
916            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
917                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
918                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
919                    ;;
920            'tutorials')
921                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
922            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
923          esac
924        done
925  fi  fi
926    #echo 'LIST='${LIST}'<'
927    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
928    TESTDIRS=" "
929    count=0
930    for xx in $LIST
931    do
932        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
933        if test $yy = 0 ; then
934            if test -d $xx ; then
935                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
936                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
937            else count=1 ;
938                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
939            fi
940        else
941            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
942            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
943            fi
944        fi
945    done
946    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
947    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
948    
949  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
950      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
951  fi  fi
952    
953  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  OUTPUTFILE=$ref_outp
     COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  
 fi  
   
954  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
955      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
956  fi  fi
957    if test "x$MPI" = xt ; then
958        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
959    fi
960    
961    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
962    
963  echo "OK"  # set the Default List of output variables to be checked:
964    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
965    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
966    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
967    if test "x$ADM" = x ; then
968        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
969        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
970        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
971        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
972        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
973    else
974        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
975        EMPTY_RESULTS='.. ..'
976        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
977    fi
978    
979  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
980  createcodelet  createcodelet
981    
982  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
983  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
984      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
985  else  else
986      build_mpack      build_mpack
987  fi  fi
988    
989  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
990    CMDLINE=$0
991    for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
992  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
993  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
994  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
995  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
996    if test "x$OUTDIR" != x ; then
997        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
998    fi
999  DNUM=0  DNUM=0
1000  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1001  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 699  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1009  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1009      exit 1      exit 1
1010  fi  fi
1011  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  
1012  start_date=`date`  start_date=`date`
1013  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1014    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1015    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1016    
1017  of_path=  of_path=
1018  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 731  fi Line 1042  fi
1042  echo  echo
1043  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1044  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
1045      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1046                  T           S           U           V      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1047  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1048  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1049  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1050  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1051        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1052  EOF      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1053        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1054        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1055            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
1056            #  if test "x$tst" = xt ; then
1057            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1058            line_1="$line_1        m  s"
1059            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1060            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1061            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1062            #  fi
1063        done
1064        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1065        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1066        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1067        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1068        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1069        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1070  else  else
1071      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1072      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1073        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1074        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1075        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1076        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1077      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1078  G D M    C  G  G D M    C  G
1079  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 754  fi Line 1086  fi
1086  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1087  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1088            
1089        # set builddir & rundir:
1090        builddir="build"
1091        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1092        rundir="run"
1093        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1094            rundir=$builddir
1095        fi
1096        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1097        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1098    
1099      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1100      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1101          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then
1102              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1103                ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )
1104          fi          fi
1105          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1106              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir
1107                run_clean $dir/$rundir
1108          fi          fi
1109            (
1110                cd $dir
1111                rm -rf tr_run.*
1112            )
1113          continue          continue
1114      fi      fi
1115    
1116      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1117      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1118      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1119      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1120          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1121          continue          continue
1122      fi      fi
   
     builddir="input"  
     rundir="input"  
     use_seperate_build=0  
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
     fi  
       
1123      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1124          code_dir=code          check_for_add_mon_output  $fout
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
1125      fi      fi
1126      BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1127        # Check for additional types of monitor output
1128    
1129      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1130          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1131          continue          continue
1132      fi      fi
1133        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1134            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1135            continue
1136        fi
1137    
1138        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1139        extra_runs=
1140        ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1141        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1142        for exd in $ex_run_dirs ; do
1143            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1144            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1145            outf="$dir/results/$refExOut"
1146            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1147                if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1148                    if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1149                        extra_runs="$extra_runs $name"
1150                    #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1151                    fi
1152                else
1153                    extra_runs="$extra_runs $name"
1154                fi
1155            fi
1156        done
1157    
1158      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1159      echo      echo
1160      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1161           echo "Experiment:  $dir"
1162        else
1163           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1164        fi
1165      echo      echo
1166      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1167      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1168    
1169      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1170      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 815  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1172  for dir in $TESTDIRS ; do
1172      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1173            
1174      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1175          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1176            makeclean $dir/$builddir \
1177                && run_clean $dir/$rundir
1178      else      else
1179          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1180              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1181                && run_clean $dir/$rundir \
1182              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1183              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1184              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1185              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1186              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1187              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1188      fi      fi
1189            
1190      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1191          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1192      else          echo
1193          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1194          fres=$fres"$results   $dir"          touch $CDIR"/summary.txt"
1195            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1196            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1197            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1198            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1199            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1200            if test "x$ADM" = xt ; then
1201                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1202                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1203                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1204            fi
1205    
1206            for ex in $extra_runs ; do
1207                unset run
1208                results=$EMPTY_RESULTS
1209                #  reference output file
1210                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1211                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1212                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1213                mkdir $rel_CDIR
1214                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1215                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1216                run_clean $dir/tr_run.$ex
1217                linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
1218                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1219                && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
1220                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1221                fres="$fres.$ex"
1222                echo
1223                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1224                touch $CDIR"/summary.txt"
1225                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1226                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1227                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1228                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1229                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1230                if test "x$ADM" = xt ; then
1231                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1232                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1233                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1234                fi
1235                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1236                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1237                fi
1238            done
1239    
1240        #postclean $dir/$builddir
1241        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1242            makeclean $dir/$builddir \
1243                && run_clean $dir/$rundir
1244      fi      fi
     echo  
     echo "$fres" >> $SUMMARY  
     echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
     echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1245            
1246      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1247            
1248  done  done
1249    
1250  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1251  echo $start_date >> $SUMMARY  echo $start_date >> $SUMMARY
1252  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1253  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1254    
1255  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
# Line 859  else Line 1260  else
1260      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1261          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1262              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1263              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1264          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1265          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1266              echo              echo
# Line 878  else Line 1279  else
1279      fi      fi
1280  fi  fi
1281    
1282  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1283    
1284  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1285      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1286      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1287          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1288      fi      fi
1289      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1290    fi
1291    
1292    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1293        rm -rf $DRESULTS
1294  fi  fi
1295    
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