/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.32 by edhill, Sun Dec 7 07:06:13 2003 UTC revision 1.107 by jmc, Mon Oct 29 19:14:12 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 27  usage() Line 31  usage()
31      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
32      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
39        echo "                             (DEF=\"12\")"
40        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
41      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
42      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
43      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
44      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
45      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
46        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
47        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
48        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
49        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
50      echo      echo
51      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
52      echo "such as:"      echo "such as:"
53        echo
54      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
55      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
56      echo      echo
57        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
58        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
59        echo
60      exit 1      exit 1
61  }  }
62    
63  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
64  build_mpack()  build_mpack()
65  {  {
66      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
67      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
68          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
69              echo              echo
# Line 54  build_mpack() Line 73  build_mpack()
73              echo              echo
74              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
75          fi          fi
76          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
77          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
78              export CC=cc              export CC=cc
79          fi          fi
# Line 75  build_mpack() Line 94  build_mpack()
94      echo "OK"      echo "OK"
95  }  }
96    
97  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
98  {  {
99      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
100      #      #
101      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
102      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
103        #  using search strings s1 and text label
104    
105      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
106          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
107      fi      fi
108      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
109          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
110          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
111          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
112              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
113                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
114              fi              fi
115              return 99              return 99
116          fi          fi
117      else      else
118          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
119          return 99          return 99
120      fi      fi
121      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
122          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
123      fi      fi
124      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
125      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
126      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
127          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
128              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
129          fi          fi
130          return 99          return 99
131      fi      fi
132        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
133            if [ $verbose -gt 0 ]; then
134                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
135            fi
136            return 99
137        fi
138        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
139        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
140            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
141            return 99
142        fi
143        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
144        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
145            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
146            return 99
147        fi
148      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
149          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
150      fi      fi
151      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
152      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
153          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
154      fi      fi
155      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
156          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 158  testoutput_for_prop()
158      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
159      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
160      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
161      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
162      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
163          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
164              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
165          fi          fi
166          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
167      else      else
168          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
169              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
170          fi          fi
171      fi      fi
172      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 153  dashnum() Line 189  dashnum()
189      done      done
190  }  }
191    
192  testoutput_ad()  check_for_add_mon_output()
193  {  {
194      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      # Check for additional types of monitor output
195      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      if test "x$1" = x ; then
196      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt          return
197      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      fi
198      join t05.txt t15.txt > t5.txt  
199      join t06.txt t16.txt > t6.txt      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
200      echo "-1" >> t5.txt          eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
201      echo "-1" >> t6.txt      done
202      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
203      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`      ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
204      dashnum $digits_5 $digits_6      ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
205      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
206            for jj in $ptr_add ; do
207                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
208                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
209                if test ! "x$tst" = x0 ; then
210                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
211                fi
212            done
213            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
214        done
215  }  }
216    
217  testoutput()  testoutput_run()
218  {  {
219      # testoutput directory subdir      # testoutput_run directory subdir reference_output
220      #      #
221      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
222      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
223          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
224              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
225          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
226          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
227          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
228              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
229          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
234          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do
235          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?            tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
236          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?           #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
237          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?            if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi
238          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?          done
239          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`
240          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?          if test $tst != 1 ; then
241          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
242          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
243          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
244          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?          #- put it back once:
245          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
246          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \          fi
247              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
248      else          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
249          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          allargs=""
250      fi          for xx in $listVar
251            do
252              case $xx in
253               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
254                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
255                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
256                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
257              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
258              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
259               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
260               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
261               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
262               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
263               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
264               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
265               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
266               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
267               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
268               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
269               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
270               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
271               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
272               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
273               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
274               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
275            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
277            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
278               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
279            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
280               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
281            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
282               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
283             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
284             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
285             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
286             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
287             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
288             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
289             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
290             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
291             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
292             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;
293             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;
294             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
295            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
296            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
297            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
298            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
299            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
300            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
301                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
302              esac
303              if test $xx = $sVar
304              then allargs="$allargs > $yy <"
305              else allargs="$allargs $yy"
306              fi
307            done
308    
309            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
310            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
311            #-- fill line (up to standard length) with dot:
312              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
313              echo $allargs $adNul
314            else
315              echo $allargs
316            fi
317    # <-- same processing for adjoint & forward test
318  }  }
319    
320  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 211  genmakemodel() Line 323  genmakemodel()
323      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
324          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
325      else      else
326          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
327                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
328            else
329                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
330            fi
331          (          (
332              cd $1;              cd $1;
333              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
# Line 219  genmakemodel() Line 335  genmakemodel()
335                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
336              else              else
337                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
338              fi              fi
339              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
340                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 227  genmakemodel() Line 342  genmakemodel()
342              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
343                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
344              fi              fi
345                if test "x$MPI" = xt ; then
346                    command="$command -mpi"
347                fi
348                if test "x$TS" = xt ; then
349                    command="$command -ts"
350                fi
351                if test "x$PAPIS" = xt ; then
352                    command="$command -papis"
353                else
354                if test "x$PCLS" = xt ; then
355                    command="$command -pcls"
356                fi
357                fi
358              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
359              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
360              RETVAL=$?              RETVAL=$?
361              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
362                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
363              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
364                  tail make.log                  tail make.log
365                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 247  makeclean() Line 376  makeclean()
376  {  {
377      # makeclean directory      # makeclean directory
378      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
379          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
380      else      else
381          (          (
382              cd $1;              cd $1;
383              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
384              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
385                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
386                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
387                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
388                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
389                      tail make.log                      tail make.log
390                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
391                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
392                      return 1                      return 1
393                  fi                  fi
# Line 271  makeclean() Line 398  makeclean()
398      fi      fi
399  }  }
400    
401    run_clean()
402    {
403        # run_clean directory
404        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
405            echo "run_clean skipped!"
406        else
407            (
408                cd $1;
409                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
410                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
411                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
412                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
413                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
414                find . -type l -exec rm {} \;
415                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
416                rm -rf mnc_test_*
417                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
418                echo successful 1>&2
419                exit 0
420            )
421        fi
422    }
423    
424  makedependmodel()  makedependmodel()
425  {  {
426      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 302  makemodel() Line 452  makemodel()
452          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
453              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
454              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = x ; then
455                  $MAKE >> make.log 2>&1                  if test "x$JOBS" = x ; then
456                        $MAKE >> make.log 2>&1
457                    else
458                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
459                    fi
460              else              else
461                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
462              fi              fi
# Line 329  symlink_mpifiles() Line 483  symlink_mpifiles()
483      code_dir=$2      code_dir=$2
484      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
485      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
486        
487      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
488      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
489    
# Line 344  symlink_mpifiles() Line 498  symlink_mpifiles()
498              RETVAL=$?              RETVAL=$?
499              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
500                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
501                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
502                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
503                  fi                  fi
504              fi              fi
505          done          done
506      else      else
507      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
508          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
509              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
510              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
511              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
512                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
513                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
514                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
515                        #echo Un-linking $name from $linktarg
516                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
517                  fi                  fi
518              fi              fi
# Line 368  symlink_mpifiles() Line 523  symlink_mpifiles()
523    
524  linkdata()  linkdata()
525  {  {
526      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
527      #      #
528      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
529      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
530          (          (
531              cd $2              cd $1 ; shift
532              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
533                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
534                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
535                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
536                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
537                        if test ! -r eedata ; then
538                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
539                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
540                      fi                      fi
541                  done                  else
542              else                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
543                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
544                  for i in $files ; do                  fi
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
                     fi  
                 done  
545              fi              fi
546                for ldir in $* ; do
547                    if test -d "../"$ldir ; then
548                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
549                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
550                        for i in $files ; do
551                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
552                                if test ! -r $i  ; then
553                                    printf ' '$i 1>&2
554                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
555                                fi
556                            fi
557                        done
558                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
559                            "../"$ldir"/"prepare_run
560                        fi
561                        printf ' ; ' 1>&2
562                    fi
563                done
564          )          )
565      fi      fi
566  }  }
# Line 407  runmodel() Line 573  runmodel()
573      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
574      (      (
575          cd $1          cd $1
576          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
577          # make output.txt          # make output.txt
578          $COMMAND >> run.log 2>&1          echo
579          RETVAL=$?          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
580          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
581              echo successful 1>&2              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi
582              if test "x$ADM" = x ; then          fi
583                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
584                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
585                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
586            fi
587            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
588                    rm -f run.log ; touch run.log
589                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
590                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
591                    RETVAL=8
592                    ENDVAL=-1
593            else
594                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
595                  # output do not exist or is older than executable:
596                    rm -f run.log ; touch run.log
597                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
598                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
599                    RETVAL=$?
600              else              else
601                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"                  RETVAL=0
602                    if test -f run.log ; then
603                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
604                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
605                    else
606                        touch run.log
607                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
608                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
609                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
610                    fi
611              fi              fi
612                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
613            fi
614            rm -f run.log_00
615            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
616            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
617                tail run.log
618                echo successful 1>&2
619                # === Reduce the size of the testing emails!
620                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
621                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
622              return 0              return 0
623          else          else
624              tail run.log              tail run.log
625              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
626              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
627                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
628              return 1              return 1
629          fi          fi
630      )      )
# Line 432  createcodelet() Line 634  createcodelet()
634  {  {
635      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
636    
637      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
638      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
639  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
640  #include <math.h>  #include <math.h>
641  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
642    int linnum,best;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
643    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
644    best = -16;    best = -22;
645    while( 1 )  {    lncnt = 0;
646      while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
647      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
648      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
649      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
650      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
651      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
652        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
653        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
654          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
655          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
656            best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
657          else { cmplin = -22 ; }
658       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
659        }        }
660        else {     else {
661          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
662        }        break; }
     }  
663    }    }
664      if (lncnt == 999) best=-29;
665      if (linnum != -1) best=-99;
666    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
667    return 0;    return 0;
668  }  }
669  EOF  EOF
670      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
671    
672      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
673          echo "OK"          echo "OK"
674          return 0          return 0
675      else      else
676          echo          echo
677          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
678            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
679          exit 1          exit 1
680      fi      fi
681  }  }
# Line 479  formatresults() Line 687  formatresults()
687      nm=$1      nm=$1
688      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
689      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
690      printf '%3s' $@      listPrt=$@
691        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
692        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
693        printf '%3s' $listPrt
694    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
695    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
696            
697      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
698            printf ' N/O '
699        elif [ $xx = '--' ]; then
700            printf ' N/O '
701        elif [ $xx = 99 ]; then
702          printf ' N/O '          printf ' N/O '
703      else      else
704          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
705              printf ' pass'              printf ' pass'
706          else          else
707              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 495  formatresults() Line 712  formatresults()
712            
713  }  }
714    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
715  scandirs()  scandirs()
716  {  {
717      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
718          for arg in * ; do          for arg in * ; do
719              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
720          done          done
721      else      else
722          echo $*          echo $*
723      fi      fi
724  }  }
725    
# Line 536  clean=0 Line 734  clean=0
734  expts=''  expts=''
735  # ieee=1  # ieee=1
736    
737  IEEE=  IEEE=true
738  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
739      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
740  fi  fi
# Line 547  QUICK=f Line 745  QUICK=f
745  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
746  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
747  NODEPEND=f  NODEPEND=f
748    POSTCLEAN=f
749    
750  BASH=  BASH=
751  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
752  ADDRESSES=  ADDRESSES=
753  TESTDIRS=  TESTDIRS=
754    SKIPDIRS=
755  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
756  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
757  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
758  COMMAND=  COMMAND=
759  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
760        MAKE=make
761    fi
762    if test "x$CC" = x ; then
763        CC=cc
764    fi
765    JOBS=
766  MPI=f  MPI=f
767    MULTI_THREAD=f
768    OUTDIR=
769    DELDIR=
770    
771  ADM=  ADM=
772    
773  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
774    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
775    
776    MATCH_CRIT=13
777    
778    printf "parsing options...  "
779    
780  ac_prev=  ac_prev=
781  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 595  for ac_option ; do Line 809  for ac_option ; do
809          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
810              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
811    
812            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
813                ac_prev=SKIPDIRS ;;
814            -skipdir=* | --skipdir=*)
815                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
816    
817          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
818              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
819          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 610  for ac_option ; do Line 829  for ac_option ; do
829          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
830              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
831    
832            -odir | --odir)
833                ac_prev=OUTDIR ;;
834            -odir=* | --odir=*)
835                OUTDIR=$ac_optarg ;;
836    
837            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
838                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
839            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
840                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
841    
842            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
843            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
844    
845            -j) ac_prev=JOBS ;;
846            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
847    
848          -clean | --clean)          -clean | --clean)
849              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
850    
851          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
852              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 622  for ac_option ; do Line 857  for ac_option ; do
857          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
858              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
859    
860            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
861                POSTCLEAN=t ;;
862    
863          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
864    
865            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
866    
867          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
868    
869          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 633  for ac_option ; do Line 873  for ac_option ; do
873          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
874          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
875    
876            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
877    
878            -ts) TS=t;;
879    
880            -papis) PAPIS=t;;
881    
882            -pcls) PCL=t;;
883    
884          -*)          -*)
885              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
886              usage              usage
# Line 653  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 901  if test "x$QUICK" = xt ; then
901      NODEPEND=t      NODEPEND=t
902  fi  fi
903    
904    #- setting for forward or ADM testing
905    if test "x$ADM" = xt ; then
906        code_dir=code_ad
907        input_dirs='input_ad input'
908        ref_outp="output_adm.txt"
909        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
910    else
911        code_dir=code
912        input_dirs='input'
913        ref_outp="output.txt"
914        EXECUTABLE="mitgcmuv"
915    fi
916    
917  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
918      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
919    else
920        #- expand group of experiments:
921        LIST=" "
922        for xx in $TESTDIRS
923        do
924          case $xx in
925            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
926                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
927                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
928                    ;;
929            'tutorials')
930                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
931            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
932          esac
933        done
934  fi  fi
935    #echo 'LIST='${LIST}'<'
936    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
937    TESTDIRS=" "
938    count=0
939    for xx in $LIST
940    do
941        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
942        if test $yy = 0 ; then
943            if test -d $xx ; then
944                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
945                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
946            else count=1 ;
947                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
948            fi
949        else
950            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
951            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
952            fi
953        fi
954    done
955    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
956    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
957    
958  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
959      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
960  fi  fi
961    
962  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  OUTPUTFILE=$ref_outp
     COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  
 fi  
   
963  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
964      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
965    fi
966    if test "x$MPI" = xt ; then
967        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
968  fi  fi
969    
970  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
971    
972    # set the Default List of output variables to be checked:
973    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
974    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
975    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
976    if test "x$ADM" = x ; then
977        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
978        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
979        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
980        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
981        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
982    else
983        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
984        EMPTY_RESULTS='.. ..'
985        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
986    fi
987    
988  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
989  createcodelet  createcodelet
# Line 686  MACH=`hostname` Line 1000  MACH=`hostname`
1000  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1001  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1002  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1003    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1004        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1005    fi
1006  DNUM=0  DNUM=0
1007  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1008  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 699  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1016  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1016      exit 1      exit 1
1017  fi  fi
1018  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1019  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1020  start_date=`date`  start_date=`date`
1021  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1022    
# Line 731  fi Line 1048  fi
1048  echo  echo
1049  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1050  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
1051      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1052                  T           S           U           V      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1053  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1054  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1055  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1056  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1057        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1058  EOF      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1059        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1060        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1061            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
1062            #  if test "x$tst" = xt ; then
1063            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1064            line_1="$line_1        m  s"
1065            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1066            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1067            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1068            #  fi
1069        done
1070        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1071        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1072        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1073        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1074        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1075        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1076  else  else
1077      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1078      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1079        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1080        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1081        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1082        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1083      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1084  G D M    C  G  G D M    C  G
1085  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 754  fi Line 1092  fi
1092  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1093  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1094            
1095        # set builddir & rundir:
1096        builddir="build"
1097        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1098        rundir="run"
1099        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1100            rundir=$builddir
1101        fi
1102        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1103        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1104    
1105      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1106      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1107          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then
1108              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1109                ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )
1110          fi          fi
1111          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1112              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir
1113                run_clean $dir/$rundir
1114          fi          fi
1115            (
1116                cd $dir
1117                rm -rf tr_run.*
1118            )
1119          continue          continue
1120      fi      fi
1121    
1122      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1123      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1124      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1125      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1126          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1127          continue          continue
1128      fi      fi
   
     builddir="input"  
     rundir="input"  
     use_seperate_build=0  
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
     fi  
       
1129      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1130          code_dir=code          check_for_add_mon_output  $fout
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
1131      fi      fi
1132      BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1133        # Check for additional types of monitor output
1134    
1135      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1136          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1137          continue          continue
1138      fi      fi
1139        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1140            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1141            continue
1142        fi
1143    
1144        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1145        extra_runs=
1146        if test "x$ADM" = x ; then
1147            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1148            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1149            for exd in $ex_run_dirs ; do
1150                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1151                outf="$dir/results/output.$name.txt"
1152                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1153                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1154                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1155                            extra_runs="$extra_runs $name"
1156                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1157                        fi
1158                    else
1159                        extra_runs="$extra_runs $name"
1160                    fi
1161                fi
1162            done
1163        fi
1164    
1165      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1166      echo      echo
1167      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1168           echo "Experiment:  $dir"
1169        else
1170           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1171        fi
1172      echo      echo
1173      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1174      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1175    
1176      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1177      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 815  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1179  for dir in $TESTDIRS ; do
1179      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1180            
1181      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1182          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1183            makeclean $dir/$builddir \
1184                && run_clean $dir/$rundir
1185      else      else
1186          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1187              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1188                && run_clean $dir/$rundir \
1189              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1190              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1191              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1192              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1193              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1194              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1195      fi      fi
1196            
1197      echo      echo
1198      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
1199          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1200      else          echo
1201          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1202          fres=$fres"$results   $dir"          touch $CDIR"/summary.txt"
1203            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1204            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1205            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1206            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1207            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1208    
1209            for ex in $extra_runs ; do
1210                unset run
1211                results=$EMPTY_RESULTS
1212                #  reference output file
1213                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1214                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1215                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1216                mkdir $rel_CDIR
1217                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1218                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1219                run_clean $dir/tr_run.$ex
1220                linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
1221                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1222                && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
1223                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1224                fres="$fres.$ex"
1225                echo
1226                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1227                touch $CDIR"/summary.txt"
1228                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1229                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1230                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1231                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1232                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1233                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1234                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1235                fi
1236            done
1237    # <-- same processing for adjoint & forward test
1238        if test "x$ADM" = xt ; then
1239            head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1240            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1241                               >> $CDIR"/summary.txt"
1242        fi
1243    
1244        #postclean $dir/$builddir
1245        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1246            makeclean $dir/$builddir \
1247                && run_clean $dir/$rundir
1248      fi      fi
     echo  
     echo "$fres" >> $SUMMARY  
     echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
     echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1249            
1250      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1251            
1252  done  done
1253    
1254  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1255  echo $start_date >> $SUMMARY  echo $start_date >> $SUMMARY
1256  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1257  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1258    
1259  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
# Line 859  else Line 1264  else
1264      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1265          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1266              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1267              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1268          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1269          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1270              echo              echo
# Line 878  else Line 1283  else
1283      fi      fi
1284  fi  fi
1285    
1286  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1287    
1288  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1289      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1290      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1291          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1292      fi      fi
1293      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1294    fi
1295    
1296    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1297        rm -rf $DRESULTS
1298  fi  fi
1299    
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