/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.32 by edhill, Sun Dec 7 07:06:13 2003 UTC revision 1.106 by jmc, Tue Oct 23 19:36:15 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 27  usage() Line 31  usage()
31      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
32      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
39        echo "                             (DEF=\"12\")"
40        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
41      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
42      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
43      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
44      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
45      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
46        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
47        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
48        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
49        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
50      echo      echo
51      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
52      echo "such as:"      echo "such as:"
53        echo
54      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
55      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
56      echo      echo
57        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
58        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
59        echo
60      exit 1      exit 1
61  }  }
62    
63  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
64  build_mpack()  build_mpack()
65  {  {
66      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
67      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
68          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
69              echo              echo
# Line 54  build_mpack() Line 73  build_mpack()
73              echo              echo
74              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
75          fi          fi
76          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
77          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
78              export CC=cc              export CC=cc
79          fi          fi
# Line 75  build_mpack() Line 94  build_mpack()
94      echo "OK"      echo "OK"
95  }  }
96    
97  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
98  {  {
99      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
100      #      #
101      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
102      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
103        #  using search strings s1 and text label
104    
105      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
106          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
107      fi      fi
108      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
109          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
110          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
111          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
112              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
113                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
114              fi              fi
115              return 99              return 99
116          fi          fi
117      else      else
118          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
119          return 99          return 99
120      fi      fi
121      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
122          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
123      fi      fi
124      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
125      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
126      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
127          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
128              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
129          fi          fi
130          return 99          return 99
131      fi      fi
132        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
133            if [ $verbose -gt 0 ]; then
134                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
135            fi
136            return 99
137        fi
138        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
139        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
140            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
141            return 99
142        fi
143        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
144        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
145            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
146            return 99
147        fi
148      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
149          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
150      fi      fi
151      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
152      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
153          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
154      fi      fi
155      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
156          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 158  testoutput_for_prop()
158      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
159      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
160      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
161      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
162      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
163          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
164              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
165          fi          fi
166          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
167      else      else
168          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
169              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
170          fi          fi
171      fi      fi
172      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 153  dashnum() Line 189  dashnum()
189      done      done
190  }  }
191    
192  testoutput_ad()  check_for_add_mon_output()
193  {  {
194      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      # Check for additional types of monitor output
195      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      if test "x$1" = x ; then
196      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt          return
197      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      fi
198      join t05.txt t15.txt > t5.txt  
199      join t06.txt t16.txt > t6.txt      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
200      echo "-1" >> t5.txt          eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
201      echo "-1" >> t6.txt      done
202      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
203      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`      ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
204      dashnum $digits_5 $digits_6      ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
205      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
206            for jj in $ptr_add ; do
207                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
208                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
209                if test ! "x$tst" = x0 ; then
210                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
211                fi
212            done
213            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
214        done
215  }  }
216    
217  testoutput()  testoutput_run()
218  {  {
219      # testoutput directory subdir      # testoutput_run directory subdir reference_output
220      #      #
221      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
222      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
223          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
224              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
225          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
226          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
227          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
228              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
229          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
234          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do
235          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?            tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
236          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?           #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
237          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?            if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi
238          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?          done
239          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`
240          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?          if test $tst != 1 ; then
241          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
242          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
243          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
244          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?          #- put it back once:
245          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
246          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \          fi
247              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
248      else          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
249          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          allargs=""
250      fi          for xx in $listVar
251            do
252              case $xx in
253               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
254                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
255                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
256                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
257              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
258              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
259               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
260               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
261               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
262               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
263               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
264               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
265               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
266               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
267               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
268               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
269               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
270               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
271               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
272               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
273               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
274               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
275            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
277            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
278               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
279            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
280               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
281            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
282               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
283             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
284             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
285             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
286             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
287             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
288             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
289             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
290             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
291             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
292             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;
293             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;
294             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
295            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
296            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
297            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
298            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
299            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
300            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
301                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
302              esac
303              if test $xx = $sVar
304              then allargs="$allargs > $yy <"
305              else allargs="$allargs $yy"
306              fi
307            done
308    
309            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
310            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
311            #-- fill line (up to standard length) with dot:
312              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
313              echo $allargs $adNul
314            else
315              echo $allargs
316            fi
317    # <-- same processing for adjoint & forward test
318  }  }
319    
320  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 211  genmakemodel() Line 323  genmakemodel()
323      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
324          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
325      else      else
326          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
327                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
328            else
329                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
330            fi
331          (          (
332              cd $1;              cd $1;
333              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
# Line 219  genmakemodel() Line 335  genmakemodel()
335                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
336              else              else
337                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
338              fi              fi
339              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
340                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 227  genmakemodel() Line 342  genmakemodel()
342              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
343                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
344              fi              fi
345                if test "x$MPI" = xt ; then
346                    command="$command -mpi"
347                fi
348                if test "x$TS" = xt ; then
349                    command="$command -ts"
350                fi
351                if test "x$PAPIS" = xt ; then
352                    command="$command -papis"
353                else
354                if test "x$PCLS" = xt ; then
355                    command="$command -pcls"
356                fi
357                fi
358              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
359              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
360              RETVAL=$?              RETVAL=$?
361              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
362                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
363              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
364                  tail make.log                  tail make.log
365                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 247  makeclean() Line 376  makeclean()
376  {  {
377      # makeclean directory      # makeclean directory
378      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
379          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
380      else      else
381          (          (
382              cd $1;              cd $1;
383              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
384              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
385                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
386                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
387                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
388                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
389                      tail make.log                      tail make.log
390                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
391                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
392                      return 1                      return 1
393                  fi                  fi
# Line 271  makeclean() Line 398  makeclean()
398      fi      fi
399  }  }
400    
401    run_clean()
402    {
403        # run_clean directory
404        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
405            echo "run_clean skipped!"
406        else
407            (
408                cd $1;
409                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
410                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
411                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
412                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
413                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
414                find . -type l -exec rm {} \;
415                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
416                rm -rf mnc_test_*
417                echo successful 1>&2
418                exit 0
419            )
420        fi
421    }
422    
423  makedependmodel()  makedependmodel()
424  {  {
425      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 302  makemodel() Line 451  makemodel()
451          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
452              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
453              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = x ; then
454                  $MAKE >> make.log 2>&1                  if test "x$JOBS" = x ; then
455                        $MAKE >> make.log 2>&1
456                    else
457                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
458                    fi
459              else              else
460                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
461              fi              fi
# Line 329  symlink_mpifiles() Line 482  symlink_mpifiles()
482      code_dir=$2      code_dir=$2
483      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
484      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
485        
486      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
487      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
488    
# Line 344  symlink_mpifiles() Line 497  symlink_mpifiles()
497              RETVAL=$?              RETVAL=$?
498              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
499                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
500                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
501                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
502                  fi                  fi
503              fi              fi
504          done          done
505      else      else
506      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
507          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
508              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
509              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
510              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
511                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
512                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
513                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
514                        #echo Un-linking $name from $linktarg
515                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
516                  fi                  fi
517              fi              fi
# Line 368  symlink_mpifiles() Line 522  symlink_mpifiles()
522    
523  linkdata()  linkdata()
524  {  {
525      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
526      #      #
527      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
528      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
529          (          (
530              cd $2              cd $1 ; shift
531              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
532                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
533                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
534                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
535                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
536                        if test ! -r eedata ; then
537                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
538                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
539                      fi                      fi
540                  done                  else
541              else                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
542                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
543                  for i in $files ; do                  fi
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
                     fi  
                 done  
544              fi              fi
545                for ldir in $* ; do
546                    if test -d "../"$ldir ; then
547                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
548                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
549                        for i in $files ; do
550                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
551                                if test ! -r $i  ; then
552                                    printf ' '$i 1>&2
553                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
554                                fi
555                            fi
556                        done
557                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
558                            "../"$ldir"/"prepare_run
559                        fi
560                        printf ' ; ' 1>&2
561                    fi
562                done
563          )          )
564      fi      fi
565  }  }
# Line 407  runmodel() Line 572  runmodel()
572      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
573      (      (
574          cd $1          cd $1
575          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
576          # make output.txt          # make output.txt
577          $COMMAND >> run.log 2>&1          echo
578          RETVAL=$?          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
579          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
580              echo successful 1>&2              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; rm -f run.log ; fi
581              if test "x$ADM" = x ; then          fi
582                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
583                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
584                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
585            fi
586            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
587                    rm -f run.log ; touch run.log
588                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
589                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
590                    RETVAL=8
591                    ENDVAL=-1
592            else
593                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
594                  # output do not exist or is older than executable:
595                    rm -f run.log ; touch run.log
596                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
597                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
598                    RETVAL=$?
599              else              else
600                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"                  RETVAL=0
601                    if test -f run.log ; then
602                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
603                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
604                    else
605                        touch run.log
606                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
607                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
608                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
609                    fi
610              fi              fi
611                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
612            fi
613            rm -f run.log_00
614            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
615            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
616                tail run.log
617                echo successful 1>&2
618                # === Reduce the size of the testing emails!
619                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
620                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
621              return 0              return 0
622          else          else
623              tail run.log              tail run.log
624              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
625              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
626                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
627              return 1              return 1
628          fi          fi
629      )      )
# Line 432  createcodelet() Line 633  createcodelet()
633  {  {
634      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
635    
636      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
637      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
638  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
639  #include <math.h>  #include <math.h>
640  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
641    int linnum,best;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
642    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
643    best = -16;    best = -22;
644    while( 1 )  {    lncnt = 0;
645      while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
646      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
647      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
648      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
649      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
650      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
651        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
652        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
653          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
654          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
655            best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
656          else { cmplin = -22 ; }
657       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
658        }        }
659        else {     else {
660          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
661        }        break; }
     }  
662    }    }
663      if (lncnt == 999) best=-29;
664      if (linnum != -1) best=-99;
665    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
666    return 0;    return 0;
667  }  }
668  EOF  EOF
669      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
670    
671      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
672          echo "OK"          echo "OK"
673          return 0          return 0
674      else      else
675          echo          echo
676          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
677            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
678          exit 1          exit 1
679      fi      fi
680  }  }
# Line 479  formatresults() Line 686  formatresults()
686      nm=$1      nm=$1
687      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
688      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
689      printf '%3s' $@      listPrt=$@
690        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
691        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
692        printf '%3s' $listPrt
693    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
694    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
695            
696      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
697            printf ' N/O '
698        elif [ $xx = '--' ]; then
699            printf ' N/O '
700        elif [ $xx = 99 ]; then
701          printf ' N/O '          printf ' N/O '
702      else      else
703          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
704              printf ' pass'              printf ' pass'
705          else          else
706              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 495  formatresults() Line 711  formatresults()
711            
712  }  }
713    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
714  scandirs()  scandirs()
715  {  {
716      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
717          for arg in * ; do          for arg in * ; do
718              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
719          done          done
720      else      else
721          echo $*          echo $*
722      fi      fi
723  }  }
724    
# Line 536  clean=0 Line 733  clean=0
733  expts=''  expts=''
734  # ieee=1  # ieee=1
735    
736  IEEE=  IEEE=true
737  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
738      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
739  fi  fi
# Line 547  QUICK=f Line 744  QUICK=f
744  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
745  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
746  NODEPEND=f  NODEPEND=f
747    POSTCLEAN=f
748    
749  BASH=  BASH=
750  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
751  ADDRESSES=  ADDRESSES=
752  TESTDIRS=  TESTDIRS=
753    SKIPDIRS=
754  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
755  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
756  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
757  COMMAND=  COMMAND=
758  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
759        MAKE=make
760    fi
761    if test "x$CC" = x ; then
762        CC=cc
763    fi
764    JOBS=
765  MPI=f  MPI=f
766    MULTI_THREAD=f
767    OUTDIR=
768    DELDIR=
769    
770  ADM=  ADM=
771    
772  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
773    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
774    
775    MATCH_CRIT=13
776    
777    printf "parsing options...  "
778    
779  ac_prev=  ac_prev=
780  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 595  for ac_option ; do Line 808  for ac_option ; do
808          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
809              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
810    
811            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
812                ac_prev=SKIPDIRS ;;
813            -skipdir=* | --skipdir=*)
814                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
815    
816          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
817              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
818          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 610  for ac_option ; do Line 828  for ac_option ; do
828          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
829              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
830    
831            -odir | --odir)
832                ac_prev=OUTDIR ;;
833            -odir=* | --odir=*)
834                OUTDIR=$ac_optarg ;;
835    
836            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
837                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
838            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
839                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
840    
841            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
842            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
843    
844            -j) ac_prev=JOBS ;;
845            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
846    
847          -clean | --clean)          -clean | --clean)
848              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
849    
850          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
851              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 622  for ac_option ; do Line 856  for ac_option ; do
856          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
857              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
858    
859            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
860                POSTCLEAN=t ;;
861    
862          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
863    
864            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
865    
866          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
867    
868          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 633  for ac_option ; do Line 872  for ac_option ; do
872          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
873          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
874    
875            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
876    
877            -ts) TS=t;;
878    
879            -papis) PAPIS=t;;
880    
881            -pcls) PCL=t;;
882    
883          -*)          -*)
884              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
885              usage              usage
# Line 653  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 900  if test "x$QUICK" = xt ; then
900      NODEPEND=t      NODEPEND=t
901  fi  fi
902    
903    #- setting for forward or ADM testing
904    if test "x$ADM" = xt ; then
905        code_dir=code_ad
906        input_dirs='input_ad input'
907        ref_outp="output_adm.txt"
908        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
909    else
910        code_dir=code
911        input_dirs='input'
912        ref_outp="output.txt"
913        EXECUTABLE="mitgcmuv"
914    fi
915    
916  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
917      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
918    else
919        #- expand group of experiments:
920        LIST=" "
921        for xx in $TESTDIRS
922        do
923          case $xx in
924            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
925                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
926                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
927                    ;;
928            'tutorials')
929                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
930            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
931          esac
932        done
933  fi  fi
934    #echo 'LIST='${LIST}'<'
935    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
936    TESTDIRS=" "
937    count=0
938    for xx in $LIST
939    do
940        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
941        if test $yy = 0 ; then
942            if test -d $xx ; then
943                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
944                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
945            else count=1 ;
946                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
947            fi
948        else
949            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
950            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
951            fi
952        fi
953    done
954    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
955    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
956    
957  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
958      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
959  fi  fi
960    
961  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  OUTPUTFILE=$ref_outp
     COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  
 fi  
   
962  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
963      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
964    fi
965    if test "x$MPI" = xt ; then
966        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
967  fi  fi
968    
969  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
970    
971    # set the Default List of output variables to be checked:
972    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
973    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
974    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
975    if test "x$ADM" = x ; then
976        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
977        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
978        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
979        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
980        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
981    else
982        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
983        EMPTY_RESULTS='.. ..'
984        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
985    fi
986    
987  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
988  createcodelet  createcodelet
# Line 686  MACH=`hostname` Line 999  MACH=`hostname`
999  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1000  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1001  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1002    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1003        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1004    fi
1005  DNUM=0  DNUM=0
1006  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1007  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 699  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1015  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1015      exit 1      exit 1
1016  fi  fi
1017  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1018  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1019  start_date=`date`  start_date=`date`
1020  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1021    
# Line 731  fi Line 1047  fi
1047  echo  echo
1048  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1049  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
1050      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1051                  T           S           U           V      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1052  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1053  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1054  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1055  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1056        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1057  EOF      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1058        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1059        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1060            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
1061            #  if test "x$tst" = xt ; then
1062            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1063            line_1="$line_1        m  s"
1064            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1065            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1066            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1067            #  fi
1068        done
1069        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1070        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1071        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1072        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1073        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1074        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1075  else  else
1076      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1077      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1078        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1079        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1080        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1081        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1082      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1083  G D M    C  G  G D M    C  G
1084  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 754  fi Line 1091  fi
1091  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1092  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1093            
1094        # set builddir & rundir:
1095        builddir="build"
1096        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1097        rundir="run"
1098        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1099            rundir=$builddir
1100        fi
1101        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1102        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1103    
1104      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1105      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1106          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then
1107              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1108                ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )
1109          fi          fi
1110          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1111              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir
1112                run_clean $dir/$rundir
1113          fi          fi
1114            (
1115                cd $dir
1116                rm -rf tr_run.*
1117            )
1118          continue          continue
1119      fi      fi
1120    
1121      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1122      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1123      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1124      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1125          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1126          continue          continue
1127      fi      fi
   
     builddir="input"  
     rundir="input"  
     use_seperate_build=0  
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
     fi  
       
1128      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1129          code_dir=code          check_for_add_mon_output  $fout
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
1130      fi      fi
1131      BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1132        # Check for additional types of monitor output
1133    
1134      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1135          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1136          continue          continue
1137      fi      fi
1138        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1139            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1140            continue
1141        fi
1142    
1143        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1144        extra_runs=
1145        if test "x$ADM" = x ; then
1146            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1147            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1148            for exd in $ex_run_dirs ; do
1149                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1150                outf="$dir/results/output.$name.txt"
1151                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1152                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1153                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1154                            extra_runs="$extra_runs $name"
1155                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1156                        fi
1157                    else
1158                        extra_runs="$extra_runs $name"
1159                    fi
1160                fi
1161            done
1162        fi
1163    
1164      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1165      echo      echo
1166      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1167           echo "Experiment:  $dir"
1168        else
1169           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1170        fi
1171      echo      echo
1172      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1173      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1174    
1175      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1176      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 815  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1178  for dir in $TESTDIRS ; do
1178      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1179            
1180      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1181          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1182            makeclean $dir/$builddir \
1183                && run_clean $dir/$rundir
1184      else      else
1185          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1186              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1187                && run_clean $dir/$rundir \
1188              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1189              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1190              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1191              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1192              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1193              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1194      fi      fi
1195            
1196      echo      echo
1197      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
1198          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1199      else          echo
1200          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1201          fres=$fres"$results   $dir"          touch $CDIR"/summary.txt"
1202            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1203            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1204            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1205            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1206            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1207    
1208            for ex in $extra_runs ; do
1209                unset run
1210                results=$EMPTY_RESULTS
1211                #  reference output file
1212                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1213                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1214                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1215                mkdir $rel_CDIR
1216                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1217                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1218                run_clean $dir/tr_run.$ex
1219                linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
1220                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1221                && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
1222                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1223                fres="$fres.$ex"
1224                echo
1225                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1226                touch $CDIR"/summary.txt"
1227                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1228                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1229                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1230                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1231                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1232                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1233                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1234                fi
1235            done
1236    # <-- same processing for adjoint & forward test
1237        if test "x$ADM" = xt ; then
1238            head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1239            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1240                               >> $CDIR"/summary.txt"
1241        fi
1242    
1243        #postclean $dir/$builddir
1244        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1245            makeclean $dir/$builddir \
1246                && run_clean $dir/$rundir
1247      fi      fi
     echo  
     echo "$fres" >> $SUMMARY  
     echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
     echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1248            
1249      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1250            
1251  done  done
1252    
1253  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1254  echo $start_date >> $SUMMARY  echo $start_date >> $SUMMARY
1255  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1256  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1257    
1258  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
# Line 859  else Line 1263  else
1263      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1264          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1265              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1266              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1267          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1268          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1269              echo              echo
# Line 878  else Line 1282  else
1282      fi      fi
1283  fi  fi
1284    
1285  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1286    
1287  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1288      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1289      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1290          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1291      fi      fi
1292      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1293    fi
1294    
1295    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1296        rm -rf $DRESULTS
1297  fi  fi
1298    
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