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revision 1.30 by edhill, Fri Dec 5 17:46:32 2003 UTC revision 1.67 by jmc, Sun Feb 6 16:58:08 2005 UTC
# Line 13  usage() Line 13  usage()
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
# Line 27  usage() Line 27  usage()
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
31        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
32        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
33      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
34      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
35      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
36      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
37      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
38        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
39      echo      echo
40      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
41      echo "such as:"      echo "such as:"
42        echo
43      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
44      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
45      echo      echo
46        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
47        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
48        echo
49      exit 1      exit 1
50  }  }
51    
52  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
53  build_mpack()  build_mpack()
54  {  {
55      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
56      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
57          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
58              echo              echo
# Line 54  build_mpack() Line 62  build_mpack()
62              echo              echo
63              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
64          fi          fi
65          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
66          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
67              export CC=cc              export CC=cc
68          fi          fi
# Line 77  build_mpack() Line 85  build_mpack()
85    
86  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
87  {  {
88      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
89      #      #
90      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
91      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 87  testoutput_for_prop() Line 95  testoutput_for_prop()
95      fi      fi
96      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
97          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
98          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
99          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
100              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
101                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
102              fi              fi
# Line 99  testoutput_for_prop() Line 107  testoutput_for_prop()
107          return 99          return 99
108      fi      fi
109      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
110          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
111      fi      fi
112      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
113      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
114      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
115          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
116              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
117          fi          fi
118          return 99          return 99
119      fi      fi
120        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
121            if [ $verbose -gt 0 ]; then
122                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
123            fi
124            return 99
125        fi
126      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
127          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
128      fi      fi
# Line 169  testoutput_ad() Line 183  testoutput_ad()
183      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      rm -f t[01][56].txt t[56].txt
184  }  }
185    
186    check_for_add_mon_output()
187    {
188        # Check for additional types of monitor output
189        if test "x$1" = x ; then
190            return
191        fi
192    
193        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
194            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
195        done
196    
197        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
198        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
199        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
200            for jj in $ptr_add ; do
201                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
202                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
203                if test ! "x$tst" = x0 ; then
204                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
205                fi
206            done
207            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
208        done
209    }
210    
211  testoutput()  testoutput()
212  {  {
213      # testoutput directory subdir      # testoutput directory subdir extension
214      #      #
215      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
216      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
217          if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then
218              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
219          fi          fi
220          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
221          if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then
222              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
223          fi          fi
224          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
225          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
226          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
227          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
228          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
229          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
234          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
235          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
236          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
237          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
238          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
239          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
240          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
241              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd          #  This is for PTRACERS
242            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
243                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
244                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
245                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
246                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
247                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
248                #echo 'tst = '$tst
249                if test "x$tst" = xt ; then
250                    a="trcstat_ptracer0"
251                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
252                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
253                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
254                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
255                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
256                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
257                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
258                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
259                fi
260            done
261    
262            allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
263            allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
264            allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
265            allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
266            allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
267            allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
268            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
269    
270            eval "dashnum $allargs"
271    
272      else      else
273          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
274      fi      fi
# Line 211  genmakemodel() Line 280  genmakemodel()
280      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
281          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
282      else      else
283          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
284                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
285            else
286                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
287            fi
288          (          (
289              cd $1;              cd $1;
290              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
# Line 227  genmakemodel() Line 300  genmakemodel()
300              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
301                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
302              fi              fi
303                if test "x$MPI" = xt ; then
304                    command="$command -mpi"
305                fi
306              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
307              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
308              RETVAL=$?              RETVAL=$?
309              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
310                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
311              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
312                  tail make.log                  tail make.log
313                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 302  makemodel() Line 379  makemodel()
379          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
380              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
381              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = x ; then
382                  $MAKE >> make.log 2>&1                  if test "x$JOBS" = x ; then
383                        $MAKE >> make.log 2>&1
384                    else
385                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
386                    fi
387              else              else
388                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
389              fi              fi
# Line 329  symlink_mpifiles() Line 410  symlink_mpifiles()
410      code_dir=$2      code_dir=$2
411      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
412      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
413        
414      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
415      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
416    
# Line 344  symlink_mpifiles() Line 425  symlink_mpifiles()
425              RETVAL=$?              RETVAL=$?
426              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
427                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
428                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
429                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
430                  fi                  fi
431              fi              fi
432          done          done
433      else      else
434      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
435          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
436              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
437              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
438              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
439                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
440                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
441                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
442                        #echo Un-linking $name from $linktarg
443                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
444                  fi                  fi
445              fi              fi
# Line 377  linkdata() Line 459  linkdata()
459              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = x ; then
460                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
461                  for i in $files ; do                  for i in $files ; do
462                      if test ! -d "../input/"$i ; then                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then
463                          ln -sf "../input/"$i $i                          ln -sf "../input/"$i $i
464                      fi                      fi
465                  done                  done
# Line 409  runmodel() Line 491  runmodel()
491          cd $1          cd $1
492          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel ... ' 1>&2
493          # make output.txt          # make output.txt
494          $COMMAND >> run.log 2>&1          echo
495            rm -f run.log
496            # echo "COMMAND='$COMMAND'"
497            # echo "pwd='"`pwd`"'"
498            ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
499          RETVAL=$?          RETVAL=$?
500          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
501                tail run.log
502              echo successful 1>&2              echo successful 1>&2
503              if test "x$ADM" = x ; then              # === Reduce the size of the testing emails!
504                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"              # if test "x$ADM" = x ; then
505              else              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
506                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"              # else
507              fi              #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"
508                # fi
509                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
510              return 0              return 0
511          else          else
512              tail run.log              tail run.log
513              echo failed 1>&2              echo failed 1>&2
514              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
515                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
516              return 1              return 1
517          fi          fi
518      )      )
# Line 432  createcodelet() Line 522  createcodelet()
522  {  {
523      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
524    
525      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
526      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
527  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
528  #include <math.h>  #include <math.h>
529  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
530    int linnum,best;    int linnum,best,lncnt;
531    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
532    best = -16;    best = -22;
533    while( 1 )  {    lncnt = 0;
534      while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
535      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
536      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
537      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
538      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
539      if (diff > 1.e-12) {      if (abave > 0.0) {
540        diff=fabs(a-b)/diff;        relerr=fabs(a-b)/abave;
541        if (diff > 0.0) {        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
542          linnum = (int)log10(diff);        else { linnum = -16 ; }
543          best = (best > linnum) ? best : linnum;        best = (best > linnum) ? best : linnum;
       }  
       else {  
         if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;  
       }  
544      }      }
545    }    }
546      if (lncnt == 999) best=-29;
547    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
548    return 0;    return 0;
549  }  }
550  EOF  EOF
551      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
552    
553      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
554          echo "OK"          echo "OK"
555          return 0          return 0
556      else      else
557          echo          echo
558          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
559            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
560          exit 1          exit 1
561      fi      fi
562  }  }
# Line 536  clean=0 Line 625  clean=0
625  expts=''  expts=''
626  # ieee=1  # ieee=1
627    
628  IEEE=  IEEE=true
629  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
630      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
631  fi  fi
# Line 556  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6" Line 645  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
645  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
646  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
647  COMMAND=  COMMAND=
648  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
649        MAKE=make
650    fi
651    if test "x$CC" = x ; then
652        CC=cc
653    fi
654    JOBS=
655  MPI=f  MPI=f
656    DELDIR=
657    
658  ADM=  ADM=
659    
660  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
661    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
662    
663    printf "parsing options...  "
664    
665  ac_prev=  ac_prev=
666  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 610  for ac_option ; do Line 709  for ac_option ; do
709          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
710              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
711    
712            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
713                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
714            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
715                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
716    
717            -j) ac_prev=JOBS ;;
718            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
719    
720          -clean | --clean)          -clean | --clean)
721              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ;;
722    
# Line 633  for ac_option ; do Line 740  for ac_option ; do
740          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
741          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
742    
743            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
744    
745          -*)          -*)
746              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
747              usage              usage
# Line 666  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x Line 775  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x
775  fi  fi
776    
777  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
778      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="$MAKE output.txt"
779  fi  fi
780    
781  echo "OK"  echo "OK"
# Line 675  echo "OK" Line 784  echo "OK"
784  createcodelet  createcodelet
785    
786  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
787  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
788        echo "skipping mpack build"
789    else
790        build_mpack
791    fi
792    
793  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
794  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
# Line 695  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 808  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
808      exit 1      exit 1
809  fi  fi
810  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
811  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
812  start_date=`date`  start_date=`date`
813  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
814    
# Line 727  fi Line 840  fi
840  echo  echo
841  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
842  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
843      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
844                  T           S           U           V      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
845  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
846  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
847  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
848  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
849            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
850  EOF          #  if test "x$tst" = xt ; then
851            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
852            line_1="$line_1        m  s"
853            line_2="$line_2  m  m  e  ."
854            line_3="$line_3  i  a  a  d"
855            line_4="$line_4  n  x  n  ."
856            #  fi
857        done
858        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
859        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
860        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
861        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
862        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
863        echo " "       | tee -a $SUMMARY
864  else  else
865      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
866      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
# Line 758  for dir in $TESTDIRS ; do Line 884  for dir in $TESTDIRS ; do
884          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -r $dir/input/Makefile ; then
885              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              ( cd $dir/input ; make CLEAN )
886          fi          fi
887            (
888                cd $dir
889                rm -rf tr_run.*
890            )
891          continue          continue
892      fi      fi
893    
# Line 773  for dir in $TESTDIRS ; do Line 903  for dir in $TESTDIRS ; do
903          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
904          continue          continue
905      fi      fi
906        if test "x$ADM" = x ; then
907            check_for_add_mon_output  $fout
908        fi
909    
910        # Check for additional types of monitor output
911    
912      builddir="input"      builddir="input"
913      rundir="input"      rundir="input"
# Line 784  for dir in $TESTDIRS ; do Line 919  for dir in $TESTDIRS ; do
919          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
920      fi      fi
921            
922        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
923        extra_runs=
924        if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then
925            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
926            echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
927            for exd in $ex_run_dirs ; do
928                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
929                outf="$dir/results/output.txt.$name"
930                if test -f $outf -a -r $outf ; then
931                    extra_runs="$extra_runs $name"
932                fi
933            done
934        fi
935    
936      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
937          code_dir=code          code_dir=code
938          CODE_DIR=$dir/code          CODE_DIR=$dir/code
# Line 826  for dir in $TESTDIRS ; do Line 975  for dir in $TESTDIRS ; do
975      echo      echo
976      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
977          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
978            echo
979            echo "$fres" >> $SUMMARY
980            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
981            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
982            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
983            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
984            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
985    
986            for ex in $extra_runs ; do
987                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
988                for ldir in input.$ex input ; do
989                    (
990                        cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1
991                        ls -1 2>/dev/null \
992                            | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'
993                    ) > tr_exrun_links
994                    (
995                        cd "$dir/tr_run.$ex"
996                        cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do
997                            if test ! "x$i" = x ; then
998                                test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i
999                            fi
1000                        done
1001                    )
1002                    test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links
1003                done
1004                ldir=build
1005                (
1006                    cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1
1007                    ls -1 Makefile *.[fFhco] mitgcmuv  2>/dev/null \
1008                        | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'
1009                ) > tr_exrun_links
1010                (
1011                    cd "$dir/tr_run.$ex"
1012                        cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do
1013                            if test ! "x$i" = x ; then
1014                                test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i
1015                            fi
1016                        done
1017                )
1018                test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links
1019                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1020                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1021                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1022                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1023                fres="$fres.$ex"
1024                echo
1025                echo "$fres" >> $SUMMARY
1026                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1027                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1028                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1029                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1030                echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1031            done
1032      else      else
1033          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1034          fres=$fres"$results   $dir"          fres=$fres"$results   $dir"
1035            echo
1036            echo "$fres" >> $SUMMARY
1037            echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1038            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1039            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1040            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1041            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1042      fi      fi
     echo  
     echo "$fres" >> $SUMMARY  
     echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
     echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1043            
1044      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1045            
1046  done  done
1047    
1048  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1049  echo $start_date >> $SUMMARY  echo $start_date >> $SUMMARY
1050  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1051  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1052    
1053  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
# Line 855  else Line 1058  else
1058      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1059          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1060              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1061              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1062          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1063          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1064              echo              echo
# Line 878  fi Line 1081  fi
1081  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
1082    
1083  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1084      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1085      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1086          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1087      fi      fi
1088      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1089    fi
1090    
1091    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1092        rm -rf $DRESULTS
1093  fi  fi
1094    
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