/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.30 by edhill, Fri Dec 5 17:46:32 2003 UTC revision 1.122 by jmc, Wed Apr 15 22:22:36 2009 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19        echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
30      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
34      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-command) STRING        command to run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
36      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
41        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
47      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
48      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
49      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
50        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
51        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
52        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
53        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
54      echo      echo
55      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
56      echo "such as:"      echo "such as:"
57        echo
58      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
59      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
60      echo      echo
61        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
62        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
63        echo
64      exit 1      exit 1
65  }  }
66    
67  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
68  build_mpack()  build_mpack()
69  {  {
70      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
71      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
72        if test ! -x $MPACK ; then
73          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
74              echo              echo
75              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 54  build_mpack() Line 78  build_mpack()
78              echo              echo
79              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
80          fi          fi
         echo -n "building mpack...  "  
81          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
82              export CC=cc              export CC=cc
83          fi          fi
84            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
85          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
86          RETVAL=$?          RETVAL=$?
87          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 68  build_mpack() Line 92  build_mpack()
92          else          else
93              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
94              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
95                echo "done"
96          fi          fi
97      else      else
98          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
99            echo "already exist"
100      fi      fi
     echo "OK"  
101  }  }
102    
103  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
104  {  {
105      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
106      #      #
107      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
108      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
109        #  using search strings s1 and text label
110    
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
113      fi      fi
114      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
115          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
116          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
117          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
118              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
119                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
120              fi              fi
121              return 99              return 99
122          fi          fi
123      else      else
124          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
125          return 99          return 99
126      fi      fi
127      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
128          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
129      fi      fi
130      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
131      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
132      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
133          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
134              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
135          fi          fi
136          return 99          return 99
137      fi      fi
138        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
139            if [ $verbose -gt 0 ]; then
140                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
141            fi
142            return 99
143        fi
144        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
145        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
146            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
147            return 99
148        fi
149        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
150        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
151            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
152            return 99
153        fi
154      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
155          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
156      fi      fi
157      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
158      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
159          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
160      fi      fi
161      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
162          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 164  testoutput_for_prop()
164      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
165      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
166      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
167      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
168      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
169          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
170              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
171          fi          fi
172          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
173      else      else
174          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
175              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
176          fi          fi
177      fi      fi
178      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 138  testoutput_for_prop() Line 180  testoutput_for_prop()
180      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
181  }  }
182    
183  dashnum()  testoutput_run()
184  {  {
185      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
186      #      #
187      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
188    # --> same processing for adjoint & forward test
189      for num in $@ ; do          # default list of output variables to be checked:
190          if [ $num = 99 ]; then          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
191              printf ' --'          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
192          else          listChk=$DEF_CHECK_LIST
193              printf '%3i' $num          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
194          fi          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
195      done          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
196  }          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
197            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
198  testoutput_ad()                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
199  {          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
200      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt          # check for ptracer output in reference_output file :
201      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt          outpref=$1/results/$3
202      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
203      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
204      join t05.txt t15.txt > t5.txt          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
205      join t06.txt t16.txt > t6.txt              ptrfound=0
206      echo "-1" >> t5.txt              for jj in $ptr_mon ; do
207      echo "-1" >> t6.txt                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
208      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
209      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
210      dashnum $digits_5 $digits_6              done
211      rm -f t[01][56].txt t[56].txt              if test $ptrfound = '1' ; then
212  }                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
213                else
214  testoutput()                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
215  {                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
216      # testoutput directory subdir                # remove this ptr from the list of output variable to check
217      #                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
218      #  test output in "directory"                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
219      if test "x$ADM" = x ; then                fi
220          if [ $debug -gt 0 ]; then              fi
221              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
222          fi          done
223          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
224          if [ $debug -gt 0 ]; then          if test $tst != 1 ; then
225              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
226          fi                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
227          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
228          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?          #- put it back once:
229          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          fi
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          allargs=""
234          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          for xx in $listVar
235          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?          do
236          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?            case $xx in
237          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?             'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
238          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?                    then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
239          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                    testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
240          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?                    if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
241          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?            'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
242          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?            'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
243          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \             'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
244              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd             'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
245      else             'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
246          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"             'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
247      fi             'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
248               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
249               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
250               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
252               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
253               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
254               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
259            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
260               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
261            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
262               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
263            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
264               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
265            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
267             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
279            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
285                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
286              esac
287              if test $xx = $sVar
288              then allargs="$allargs > $yy <"
289              else allargs="$allargs $yy"
290              fi
291            done
292    
293            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
294            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
295            #-- fill line (up to standard length) with dot:
296              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
297              echo $allargs $adNul
298            else
299              echo $allargs
300            fi
301    # <-- same processing for adjoint & forward test
302  }  }
303    
304  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 211  genmakemodel() Line 307  genmakemodel()
307      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
308          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
309      else      else
310          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
311                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
312            else
313                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
314            fi
315          (          (
316              cd $1;              cd $1;
317              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
318              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 command="$command --mods=../code"  
             else  
319                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
320                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
321                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
322                else
323                    command="$command --mods=../code"
324              fi              fi
325              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
326                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 227  genmakemodel() Line 328  genmakemodel()
328              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
329                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
330              fi              fi
331                if test "x$GSL" = xt ; then
332                    command="$command -gsl"
333                fi
334                if test "x$MPI" = xt ; then
335                    command="$command -mpi"
336                fi
337                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
338                #- run multi-threaded using OpenMP:
339                    command="$command -omp"
340                fi
341                if test "x$TS" = xt ; then
342                    command="$command -ts"
343                fi
344                if test "x$PAPIS" = xt ; then
345                    command="$command -papis"
346                else
347                if test "x$PCLS" = xt ; then
348                    command="$command -pcls"
349                fi
350                fi
351              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
352              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
353                eval $command > make.log 2>&1
354              RETVAL=$?              RETVAL=$?
355              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
356                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
357              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
358                  tail make.log                  tail make.log
359                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 247  makeclean() Line 370  makeclean()
370  {  {
371      # makeclean directory      # makeclean directory
372      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
373          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
374      else      else
375          (          (
376              cd $1;              cd $1;
377              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
378              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
379                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
380                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
381                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
382                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
383                      tail make.log                      tail make.log
384                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
385                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
386                      return 1                      return 1
387                  fi                  fi
# Line 271  makeclean() Line 392  makeclean()
392      fi      fi
393  }  }
394    
395    run_clean()
396    {
397        # run_clean directory
398        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
399            echo "run_clean skipped!"
400        else
401            (
402                cd $1;
403                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
404                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
405                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
406                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
407                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
408                find . -type l -exec rm {} \;
409                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
410                rm -rf mnc_test_*
411                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
412                echo successful 1>&2
413                exit 0
414            )
415        fi
416    }
417    
418  makedependmodel()  makedependmodel()
419  {  {
420      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 301  makemodel() Line 445  makemodel()
445          cd $1;          cd $1;
446          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
447              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
448              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = xt ; then
                 $MAKE >> make.log 2>&1  
             else  
449                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
450                elif test "x$OADM" = xt ; then
451                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
452                else
453                    if test "x$JOBS" = x ; then
454                        $MAKE >> make.log 2>&1
455                    else
456                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
457                    fi
458              fi              fi
459              RETVAL=$?              RETVAL=$?
460              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 329  symlink_mpifiles() Line 479  symlink_mpifiles()
479      code_dir=$2      code_dir=$2
480      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
481      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
482        
483      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
484      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
485    
486      #  Is this an MPI run?      #  Is this an MPI run?
487      if test "x$MPI" = xt ; then      if test "x$MPI" = xt ; then
# Line 344  symlink_mpifiles() Line 494  symlink_mpifiles()
494              RETVAL=$?              RETVAL=$?
495              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
496                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
497                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
498                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
499                  fi                  fi
500              fi              fi
501          done          done
502      else      else
503      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
504          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
505              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
506              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
507              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
508                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
509                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
510                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
511                        #echo Un-linking $name from $linktarg
512                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
513                  fi                  fi
514              fi              fi
# Line 368  symlink_mpifiles() Line 519  symlink_mpifiles()
519    
520  linkdata()  linkdata()
521  {  {
522      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
523      #      #
524      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
525      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
526          (          (
527              cd $2              cd $1 ; shift
528              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
529                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
530                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
531                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
532                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
533                      fi                      if test ! -r eedata ; then
534                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
535              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
536                      fi                      fi
537                  done                  else
538                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                  # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
539                  for i in $files ; do                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
540                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then                  fi
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
                     fi  
                 done  
541              fi              fi
542                prevDir='NONE'
543                for ldir in $* ; do
544                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
545                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
546                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
547                        for i in $files ; do
548                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
549                                if test ! -r $i  ; then
550                                    printf ' '$i 1>&2
551                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
552                                fi
553                            fi
554                        done
555                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
556                            "../"$ldir"/"prepare_run
557                        fi
558                        printf ' ; ' 1>&2
559                    fi
560                    prevDir=$ldir
561                done
562          )          )
563      fi      fi
564  }  }
# Line 407  runmodel() Line 571  runmodel()
571      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
572      (      (
573          cd $1          cd $1
574          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
575          # make output.txt          # make output.txt
576          $COMMAND >> run.log 2>&1          echo
577          RETVAL=$?          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
578          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
579              echo successful 1>&2              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
580              if test "x$ADM" = x ; then          fi
581                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
582                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
583                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
584            fi
585            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
586                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
587                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
588                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
589                    RETVAL=8
590                    ENDVAL=-1
591            else
592                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
593                  # output do not exist or is older than executable:
594                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
595                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
596                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
597                    RETVAL=$?
598              else              else
599                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"                  RETVAL=0
600                    if test -f $RUNLOG ; then
601                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
602                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
603                    else
604                        touch $RUNLOG
605                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
606                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
607                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
608                    fi
609              fi              fi
610                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
611            fi
612            rm -f run.log_tmp
613            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
614            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
615                tail $RUNLOG
616                echo successful 1>&2
617                # === Reduce the size of the testing emails!
618                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
619                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
620              return 0              return 0
621          else          else
622              tail run.log              tail $RUNLOG
623              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
624              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
625                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
626              return 1              return 1
627          fi          fi
628      )      )
# Line 432  createcodelet() Line 632  createcodelet()
632  {  {
633      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
634    
635      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
636      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
637  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
638  #include <math.h>  #include <math.h>
639  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
640    int linnum,best;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
641    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
642    best = -16;    best = -22;
643    while( 1 )  {    lncnt = 0;
644      while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
645      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
646      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
647      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
648      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
649      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
650        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
651        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
652          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
653          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
654        }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
655        else {        else { cmplin = -22 ; }
656          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
657        }        }
658      }     else {
659       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
660          break; }
661    }    }
662      if (lncnt == 999) best=-29;
663      if (linnum != -1) best=-99;
664    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
665    return 0;    return 0;
666  }  }
667  EOF  EOF
668      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
669    
670      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
671          echo "OK"          echo "OK"
672          return 0          return 0
673      else      else
674          echo          echo
675          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
676            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
677          exit 1          exit 1
678      fi      fi
679  }  }
# Line 479  formatresults() Line 685  formatresults()
685      nm=$1      nm=$1
686      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
687      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
688      printf '%3s' $@      listPrt=$@
689        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
690        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
691        printf '%3s' $listPrt
692    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
693    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
694            
695      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
696            printf ' N/O '
697        elif [ $xx = '--' ]; then
698            printf ' N/O '
699        elif [ $xx = 99 ]; then
700          printf ' N/O '          printf ' N/O '
701      else      else
702          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
703              printf ' pass'              printf ' pass'
704          else          else
705              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 495  formatresults() Line 710  formatresults()
710            
711  }  }
712    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
713  scandirs()  scandirs()
714  {  {
715      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
716          for arg in * ; do          for arg in * ; do
717              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
718          done          done
719      else      else
720          echo $*          echo $*
721      fi      fi
722  }  }
723    
# Line 533  scandirs() Line 729  scandirs()
729  debug=0  debug=0
730  verbose=1  verbose=1
731  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
732    
733  IEEE=  IEEE=true
734  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
735      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
736  fi  fi
737    GSL=f
738    
739  CLEANUP=f  CLEANUP=f
740  QUICK=f  QUICK=f
741  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
742  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
743  NODEPEND=f  NODEPEND=f
744    POSTCLEAN=f
745    
746  BASH=  BASH=
747  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
748  ADDRESSES=  ADDRESSES=
749  TESTDIRS=  TESTDIRS=
750    SKIPDIRS=
751  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
752  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
753  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
754  COMMAND=  COMMAND=
755  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
756        MAKE=make
757    fi
758    if test "x$CC" = x ; then
759        CC=cc
760    fi
761    JOBS=
762  MPI=f  MPI=f
763    MULTI_THREAD=f
764    OUTDIR=
765    DELDIR=
766    
767  ADM=  ADM=
768    OADM=
769    
770  echo -n "parsing options...  "  # list of pTracers to check for monitor output
771    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
772    
773    MATCH_CRIT=13
774    
775    printf "parsing options...  "
776    
777  ac_prev=  ac_prev=
778  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 589  for ac_option ; do Line 800  for ac_option ; do
800              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
801          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
802              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
803            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
804                ac_prev=MPACKDIR ;;
805            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
806                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
807    
808          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
809              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
810          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
811              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
812    
813            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
814                ac_prev=SKIPDIRS ;;
815            -skipdir=* | --skipdir=*)
816                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
817    
818          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
819              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
820          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 610  for ac_option ; do Line 830  for ac_option ; do
830          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
831              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
832    
833            -odir | --odir)
834                ac_prev=OUTDIR ;;
835            -odir=* | --odir=*)
836                OUTDIR=$ac_optarg ;;
837    
838            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
839                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
840            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
841                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
842    
843            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
844            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
845    
846            -j) ac_prev=JOBS ;;
847            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
848    
849          -clean | --clean)          -clean | --clean)
850              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
851    
852          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
853              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 622  for ac_option ; do Line 858  for ac_option ; do
858          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
859              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
860    
861            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
862                POSTCLEAN=t ;;
863    
864          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
865    
866            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
867    
868          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
869    
870            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
871    
872          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
873          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
874            -gsl) GSL=t ;;
875    
876          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
877          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
878          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
879    
880            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
881    
882            -ts) TS=t;;
883    
884            -papis) PAPIS=t;;
885    
886            -pcls) PCL=t;;
887    
888          -*)          -*)
889              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
890              usage              usage
# Line 653  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 905  if test "x$QUICK" = xt ; then
905      NODEPEND=t      NODEPEND=t
906  fi  fi
907    
908    #- setting for forward or ADM testing
909    if test "x$ADM" = xt ; then
910        code_dir=code_ad
911        inputdir=input_ad
912        ref_outp="output_adm.txt"
913        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
914    elif test "x$OADM" = xt ; then
915        code_dir=code_oad
916        inputdir=input_oad
917        ref_outp="output_oadm.txt"
918        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
919    else
920        code_dir=code
921        inputdir=input
922        ref_outp="output.txt"
923        EXECUTABLE="mitgcmuv"
924    fi
925    
926  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
927      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
928    else
929        #- expand group of experiments:
930        LIST=" "
931        for xx in $TESTDIRS
932        do
933          case $xx in
934            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
935                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
936                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
937                    ;;
938            'tutorials')
939                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
940            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
941          esac
942        done
943  fi  fi
944    #echo 'LIST='${LIST}'<'
945    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
946    TESTDIRS=" "
947    count=0
948    for xx in $LIST
949    do
950        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
951        if test $yy = 0 ; then
952            if test -d $xx ; then
953                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
954                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
955            else count=1 ;
956                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
957            fi
958        else
959            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
960            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
961            fi
962        fi
963    done
964    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
965    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
966    
967  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
968      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
969  fi  fi
970    
971  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  RUNLOG="run.log"
972      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  OUTPUTFILE=$ref_outp
 fi  
   
973  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
974      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
975    fi
976    if test "x$MPI" = xt ; then
977        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
978  fi  fi
979    
980  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
981    
982    # set the Default List of output variables to be checked:
983    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
984    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
985    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
986    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
987        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
988        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
989        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
990        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
991        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
992    else
993        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
994        EMPTY_RESULTS='.. ..'
995        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
996    fi
997    
998  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
999  createcodelet  createcodelet
1000    
1001  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1002  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1003        echo "skipping mpack build"
1004    else
1005        build_mpack
1006    fi
1007    
1008  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1009    CMDLINE=$0
1010    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1011        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1012                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1013    done
1014    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1015  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1016  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1017  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1018  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1019    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1020        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1021    else
1022        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1023        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1024    fi
1025  DNUM=0  DNUM=0
1026  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1027  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 695  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1035  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1035      exit 1      exit 1
1036  fi  fi
1037  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  
1038  start_date=`date`  start_date=`date`
1039  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1040    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1041    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1042    
1043  of_path=  of_path=
1044  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 726  else Line 1067  else
1067  fi  fi
1068  echo  echo
1069  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1070  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1071      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1072                  T           S           U           V      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1073  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1074  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1075  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1076  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1077        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1078  EOF      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1079        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1080        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1081            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1082            line_1="$line_1        m  s"
1083            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1084            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1085            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1086        done
1087        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1088        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1089        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1090        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1091        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1092        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1093  else  else
1094      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1095      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1096        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1097        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1098        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1099        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1100      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1101  G D M    C  G  G D M    C  G
1102  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 750  fi Line 1109  fi
1109  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1110  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1111            
1112        # set builddir & rundir:
1113        builddir="build"
1114        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1115        rundir="run"
1116        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1117            rundir=$builddir
1118        fi
1119        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1120        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1121    
1122      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1123      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1124          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $BUILD_DIR/Makefile ; then
1125              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$builddir
1126                ( cd $BUILD_DIR ; make CLEAN )
1127          fi          fi
1128          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1129              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/$rundir
1130                run_clean $dir/$rundir
1131          fi          fi
1132            (
1133                cd $dir
1134                rm -rf tr_run.*
1135            )
1136          continue          continue
1137      fi      fi
1138    
1139      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1140      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1141      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1142      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1143          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1144          continue          continue
1145      fi      fi
1146    
1147      builddir="input"      # Check for specific files for particular type of run
     rundir="input"  
     use_seperate_build=0  
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
     fi  
       
     if test "x$ADM" = x ; then  
         code_dir=code  
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
     fi  
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1148    
1149      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1150          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1151          continue          continue
1152      fi      fi
1153        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1154            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1155            continue
1156        fi
1157    
1158        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1159        extra_runs=
1160        ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1161        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1162        for exd in $ex_run_dirs ; do
1163            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1164            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1165            outf="$dir/results/$refExOut"
1166            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1167                if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1168                    if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1169                        extra_runs="$extra_runs $name"
1170                    #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1171                    fi
1172                else
1173                    extra_runs="$extra_runs $name"
1174                fi
1175            fi
1176        done
1177    
1178      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1179      echo      echo
1180      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1181           echo "Experiment:  $dir"
1182        else
1183           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1184        fi
1185      echo      echo
1186      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1187      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1188    
1189      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1190      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 811  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1192  for dir in $TESTDIRS ; do
1192      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1193            
1194      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1195          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1196            makeclean $dir/$builddir \
1197                && run_clean $dir/$rundir
1198      else      else
1199          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1200              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1201                && run_clean $dir/$rundir \
1202              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1203              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1204              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1205              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1206              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1207              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1208      fi      fi
1209            
1210      echo      echo
     if test "x$ADM" = x ; then  
1211          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1212      else          echo
1213          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1214          fres=$fres"$results   $dir"          touch $CDIR"/summary.txt"
1215            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1216            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1217            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1218            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1219            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1220            if test "x$ADM" = xt ; then
1221                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1222                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1223                                    >> $CDIR"/summary.txt"
1224            fi
1225    
1226            for ex in $extra_runs ; do
1227                unset run
1228                results=$EMPTY_RESULTS
1229                #  reference output file
1230                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1231                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1232                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1233                mkdir $rel_CDIR
1234                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1235                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1236                run_clean $dir/tr_run.$ex
1237                linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
1238                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1239                && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
1240                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1241                fres="$fres.$ex"
1242                echo
1243                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1244                touch $CDIR"/summary.txt"
1245                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1246                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1247                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1248                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1249                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1250                if test "x$ADM" = xt ; then
1251                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1252                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1253                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1254                fi
1255                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1256                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1257                fi
1258            done
1259    
1260        #postclean $dir/$builddir
1261        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1262            makeclean $dir/$builddir \
1263                && run_clean $dir/$rundir
1264      fi      fi
     echo  
     echo "$fres" >> $SUMMARY  
     echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
     echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1265            
1266      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1267            
1268  done  done
1269    
1270  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1271  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1272  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1273  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1274    
1275  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
# Line 855  else Line 1280  else
1280      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1281          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1282              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1283              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1284          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1285          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1286              echo              echo
# Line 874  else Line 1299  else
1299      fi      fi
1300  fi  fi
1301    
1302  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1303    
1304  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1305      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1306      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1307          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1308      fi      fi
1309      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1310    fi
1311    
1312    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1313        rm -rf $DRESULTS
1314  fi  fi
1315    
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