/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.30 by edhill, Fri Dec 5 17:46:32 2003 UTC revision 1.103 by jmc, Fri Sep 21 19:23:33 2007 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "                             (DEF=\"noieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
19      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
20      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
21      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
22      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
23        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
24        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
25        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
26      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
27      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
28      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
# Line 27  usage() Line 31  usage()
31      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
32      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
33      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
34        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
35        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
36        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
37        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
38        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
39        echo "                             (DEF=\"12\")"
40        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
41      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
42      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
43      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
44      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
45      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
46        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
47        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
48        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
49        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
50      echo      echo
51      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
52      echo "such as:"      echo "such as:"
53        echo
54      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
55      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
56      echo      echo
57        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
58        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
59        echo
60      exit 1      exit 1
61  }  }
62    
63  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
64  build_mpack()  build_mpack()
65  {  {
66      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
67      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
68          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
69              echo              echo
# Line 54  build_mpack() Line 73  build_mpack()
73              echo              echo
74              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
75          fi          fi
76          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack...  "
77          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
78              export CC=cc              export CC=cc
79          fi          fi
# Line 75  build_mpack() Line 94  build_mpack()
94      echo "OK"      echo "OK"
95  }  }
96    
97  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
98  {  {
99      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
100      #      #
101      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
102      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
103        #  using search strings s1 and text label
104    
105      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
106          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
107      fi      fi
108      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
109          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
110          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
111          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
112              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
113                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
114              fi              fi
115              return 99              return 99
116          fi          fi
117      else      else
118          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
119          return 99          return 99
120      fi      fi
121      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
122          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
123      fi      fi
124      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
125      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
126      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
127          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
128              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
129          fi          fi
130          return 99          return 99
131      fi      fi
132        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
133            if [ $verbose -gt 0 ]; then
134                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
135            fi
136            return 99
137        fi
138        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
139        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
140            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
141            return 99
142        fi
143        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
144        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
145            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
146            return 99
147        fi
148      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
149          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
150      fi      fi
151      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
152      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
153          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
154      fi      fi
155      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
156          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 122  testoutput_for_prop() Line 158  testoutput_for_prop()
158      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
159      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
160      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
161      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
162      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
163          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
164              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
165          fi          fi
166          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
167      else      else
168          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
169              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
170          fi          fi
171      fi      fi
172      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
# Line 153  dashnum() Line 189  dashnum()
189      done      done
190  }  }
191    
192  testoutput_ad()  check_for_add_mon_output()
193  {  {
194      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt      # Check for additional types of monitor output
195      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt      if test "x$1" = x ; then
196      grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt          return
197      grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt      fi
198      join t05.txt t15.txt > t5.txt  
199      join t06.txt t16.txt > t6.txt      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
200      echo "-1" >> t5.txt          eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
201      echo "-1" >> t6.txt      done
202      digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
203      digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`      ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
204      dashnum $digits_5 $digits_6      ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
205      rm -f t[01][56].txt t[56].txt      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
206            for jj in $ptr_add ; do
207                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
208                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
209                if test ! "x$tst" = x0 ; then
210                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
211                fi
212            done
213            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
214        done
215  }  }
216    
217  testoutput()  testoutput_run()
218  {  {
219      # testoutput directory subdir      # testoutput_run directory subdir reference_output
220      #      #
221      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
222      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
223          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
224              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
225          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
226          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
227          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
228              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
229          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
230          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
231          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
232          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
233          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
234          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          for ii in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ; do
235          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?            tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
236          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?           #echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
237          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?            if test "x$tst" != xt ; then listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"` ; fi
238          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?          done
239          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?          tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){t+=($i==$1)}; print t }'`
240          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?          if test $tst != 1 ; then
241          testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
242          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
243          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
244          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?          #- put it back once:
245          testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
246          dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \          fi
247              $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
248      else          echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
249          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          allargs=""
250      fi          for xx in $listVar
251            do
252              case $xx in
253               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
254                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
255                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
256                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
257              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
258              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
259               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
260               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
261               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
262               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
263               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
264               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
265               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
266               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
267               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
268               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
269               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
270               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
271               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
272               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
273               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
274               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
275            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
277            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
278               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
279            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
280               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
281            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
282               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
283             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
284             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
285             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
286             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
287             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
288             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
289             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
290             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
291             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
292             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Hell max"   $2 $3; yy=$? ;;
293             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Hell mean"  $2 $3; yy=$? ;;
294             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Hell StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
295            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
296            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
297            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
298            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
299            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
300            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
301                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
302              esac
303              if test $xx = $sVar
304              then allargs="$allargs > $yy <"
305              else allargs="$allargs $yy"
306              fi
307            done
308    
309            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
310            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
311            #-- fill line (up to standard length) with dot:
312              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
313              echo $allargs $adNul
314            else
315              echo $allargs
316            fi
317    # <-- same processing for adjoint & forward test
318  }  }
319    
320  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 211  genmakemodel() Line 323  genmakemodel()
323      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
324          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
325      else      else
326          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
327                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
328            else
329                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
330            fi
331          (          (
332              cd $1;              cd $1;
333              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
# Line 219  genmakemodel() Line 335  genmakemodel()
335                  command="$command --mods=../code"                  command="$command --mods=../code"
336              else              else
337                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
                 command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"  
338              fi              fi
339              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
340                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
# Line 227  genmakemodel() Line 342  genmakemodel()
342              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
343                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
344              fi              fi
345                if test "x$MPI" = xt ; then
346                    command="$command -mpi"
347                fi
348                if test "x$TS" = xt ; then
349                    command="$command -ts"
350                fi
351                if test "x$PAPIS" = xt ; then
352                    command="$command -papis"
353                else
354                if test "x$PCLS" = xt ; then
355                    command="$command -pcls"
356                fi
357                fi
358              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
359              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
360              RETVAL=$?              RETVAL=$?
361              cp Makefile $CDIR              #  Reduce the size of the testing emails!
362                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
363              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
364                  tail make.log                  tail make.log
365                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
# Line 247  makeclean() Line 376  makeclean()
376  {  {
377      # makeclean directory      # makeclean directory
378      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
379          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
380      else      else
381          (          (
382              cd $1;              cd $1;
383              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
384              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
385                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
386                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
387                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
388                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
389                      tail make.log                      tail make.log
390                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
391                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
392                      return 1                      return 1
393                  fi                  fi
# Line 271  makeclean() Line 398  makeclean()
398      fi      fi
399  }  }
400    
401    run_clean()
402    {
403        # run_clean directory
404        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
405            echo "run_clean skipped!"
406        else
407            (
408                cd $1;
409                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
410                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
411                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
412                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
413                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
414                find . -type l -exec rm {} \;
415                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
416                rm -rf mnc_test_*
417                echo successful 1>&2
418                exit 0
419            )
420        fi
421    }
422    
423  makedependmodel()  makedependmodel()
424  {  {
425      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
# Line 302  makemodel() Line 451  makemodel()
451          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
452              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
453              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$ADM" = x ; then
454                  $MAKE >> make.log 2>&1                  if test "x$JOBS" = x ; then
455                        $MAKE >> make.log 2>&1
456                    else
457                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
458                    fi
459              else              else
460                  $MAKE adall >> make.log 2>&1                  $MAKE adall >> make.log 2>&1
461              fi              fi
# Line 329  symlink_mpifiles() Line 482  symlink_mpifiles()
482      code_dir=$2      code_dir=$2
483      BUILD_DIR=$dir/$3      BUILD_DIR=$dir/$3
484      CODE_DIR=$dir/$code_dir      CODE_DIR=$dir/$code_dir
485        
486      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
487      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
488    
# Line 344  symlink_mpifiles() Line 497  symlink_mpifiles()
497              RETVAL=$?              RETVAL=$?
498              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
499                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
500                  #echo Linking $name to $i                      #echo Linking $name to $i
501                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)                      (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
502                  fi                  fi
503              fi              fi
504          done          done
505      else      else
506      # NO: We undo any _mpi symbolically linked files          # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
507          for ii in $MPI_FILES ; do          for ii in $MPI_FILES ; do
508              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
509              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
510              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then              if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
511                  linktarg=`(cd $BUILD_DIR; readlink $name)`                  cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
512                  if test $linktarg = "../$code_dir/$name"_mpi ; then                  RETVAL=$?
513                  #echo Un-linking $name from $linktarg                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
514                        #echo Un-linking $name from $linktarg
515                      rm -f $BUILD_DIR/$name                      rm -f $BUILD_DIR/$name
516                  fi                  fi
517              fi              fi
# Line 368  symlink_mpifiles() Line 522  symlink_mpifiles()
522    
523  linkdata()  linkdata()
524  {  {
525      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
526      #      #
527      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
528      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
529          (          (
530              cd $2              cd $1 ; shift
531              if test "x$ADM" = x ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
532                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
533                  for i in $files ; do                  if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
534                      if test ! -d "../input/"$i ; then                  # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
535                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
536                      fi                      if test ! -r eedata ; then
537                  done                          ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
538              else                          printf 'eedata.mth ' 1>&2
                 files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input/"$i ; then  
                         ln -sf "../input/"$i $i  
                     fi  
                 done  
                 files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`  
                 for i in $files ; do  
                     if test ! -d "../input_ad/"$i ; then  
                         ln -sf "../input_ad/"$i $i  
539                      fi                      fi
540                  done                  else
541                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
542                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
543                    fi
544              fi              fi
545                for ldir in $* ; do
546                    if test -d "../"$ldir ; then
547                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
548                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
549                        for i in $files ; do
550                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
551                                if test ! -r $i  ; then
552                                    printf ' '$i 1>&2
553                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
554                                fi
555                            fi
556                        done
557                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
558                            "../"$ldir"/"prepare_run
559                        fi
560                        printf ' ; ' 1>&2
561                    fi
562                done
563          )          )
564      fi      fi
565  }  }
# Line 407  runmodel() Line 572  runmodel()
572      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
573      (      (
574          cd $1          cd $1
575          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
576          # make output.txt          # make output.txt
577          $COMMAND >> run.log 2>&1          echo
578          RETVAL=$?          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
579          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_00
580              echo successful 1>&2              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
581              if test "x$ADM" = x ; then          fi
582                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
583                    rm -f run.log ; touch run.log
584                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
585                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> run.log
586                    RETVAL=8
587                    ENDVAL=-1
588            else
589                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
590                  # output do not exist or is older than executable:
591                    rm -f run.log ; touch run.log
592                    if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
593                    ( eval $COMMAND ) >> run.log 2>&1
594                    RETVAL=$?
595              else              else
596                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"                  RETVAL=0
597                    if test -f run.log ; then
598                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
599                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
600                    else
601                        touch run.log
602                        if test -f run.log_00 ; then cat run.log_00 >> run.log ; fi
603                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> run.log 2>&1
604                        echo " no previous run.log: assume NORMAL END" >> run.log 2>&1
605                    fi
606              fi              fi
607                ENDVAL=`cat run.log | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
608            fi
609            rm -f run.log_00
610            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
611            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
612                tail run.log
613                echo successful 1>&2
614                # === Reduce the size of the testing emails!
615                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
616                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
617              return 0              return 0
618          else          else
619              tail run.log              tail run.log
620              echo failed 1>&2              echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
621              cp run.log $CDIR"/run.log"              cp run.log $CDIR"/run.log"
622                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
623              return 1              return 1
624          fi          fi
625      )      )
# Line 432  createcodelet() Line 629  createcodelet()
629  {  {
630      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
631    
632      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
633      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
634  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
635  #include <math.h>  #include <math.h>
636  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
637    int linnum,best;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
638    double a,b,diff;    double a,b,abave,relerr;
639    best = -16;    best = -22;
640    while( 1 )  {    lncnt = 0;
641      while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
642      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
643      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
644      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
645      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
646      if (diff > 1.e-12) {      if ( abave == abave ) {
647        diff=fabs(a-b)/diff;        if (abave > 0.0) {
648        if (diff > 0.0) {          relerr=fabs(a-b)/abave;
649          linnum = (int)log10(diff);          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
650          best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
651        }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
652        else {        else { cmplin = -22 ; }
653          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
654        }        }
655      }     else {
656       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
657          break; }
658    }    }
659      if (lncnt == 999) best=-29;
660      if (linnum != -1) best=-99;
661    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
662    return 0;    return 0;
663  }  }
664  EOF  EOF
665      cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
666    
667      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
668          echo "OK"          echo "OK"
669          return 0          return 0
670      else      else
671          echo          echo
672          echo "ERROR: failed to compile comparison code"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
673            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
674          exit 1          exit 1
675      fi      fi
676  }  }
# Line 479  formatresults() Line 682  formatresults()
682      nm=$1      nm=$1
683      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
684      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
685      printf '%3s' $@      listPrt=$@
686        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
687        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
688        printf '%3s' $listPrt
689    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
690    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
691            
692      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
693            printf ' N/O '
694        elif [ $xx = '--' ]; then
695            printf ' N/O '
696        elif [ $xx = 99 ]; then
697          printf ' N/O '          printf ' N/O '
698      else      else
699          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
700              printf ' pass'              printf ' pass'
701          else          else
702              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 495  formatresults() Line 707  formatresults()
707            
708  }  }
709    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
 }  
   
710  scandirs()  scandirs()
711  {  {
712      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
713          for arg in * ; do          for arg in * ; do
714              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
715          done          done
716      else      else
717          echo $*          echo $*
718      fi      fi
719  }  }
720    
# Line 536  clean=0 Line 729  clean=0
729  expts=''  expts=''
730  # ieee=1  # ieee=1
731    
732  IEEE=  IEEE=true
733  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
734      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
735  fi  fi
# Line 547  QUICK=f Line 740  QUICK=f
740  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
741  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
742  NODEPEND=f  NODEPEND=f
743    POSTCLEAN=f
744    
745  BASH=  BASH=
746  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
747  ADDRESSES=  ADDRESSES=
748  TESTDIRS=  TESTDIRS=
749    SKIPDIRS=
750  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
751  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
752  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
753  COMMAND=  COMMAND=
754  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
755        MAKE=make
756    fi
757    if test "x$CC" = x ; then
758        CC=cc
759    fi
760    JOBS=
761  MPI=f  MPI=f
762    MULTI_THREAD=f
763    OUTDIR=
764    DELDIR=
765    
766  ADM=  ADM=
767    
768  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
769    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
770    
771    MATCH_CRIT=13
772    
773    printf "parsing options...  "
774    
775  ac_prev=  ac_prev=
776  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 595  for ac_option ; do Line 804  for ac_option ; do
804          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
805              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
806    
807            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
808                ac_prev=SKIPDIRS ;;
809            -skipdir=* | --skipdir=*)
810                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
811    
812          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
813              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
814          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 610  for ac_option ; do Line 824  for ac_option ; do
824          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
825              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
826    
827            -odir | --odir)
828                ac_prev=OUTDIR ;;
829            -odir=* | --odir=*)
830                OUTDIR=$ac_optarg ;;
831    
832            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
833                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
834            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
835                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
836    
837            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
838            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
839    
840            -j) ac_prev=JOBS ;;
841            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
842    
843          -clean | --clean)          -clean | --clean)
844              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
845    
846          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
847              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 622  for ac_option ; do Line 852  for ac_option ; do
852          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
853              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
854    
855            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
856                POSTCLEAN=t ;;
857    
858          -mpi) MPI=t ;;          -mpi) MPI=t ;;
859    
860            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
861    
862          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
863    
864          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
# Line 633  for ac_option ; do Line 868  for ac_option ; do
868          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
869          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
870    
871            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
872    
873            -ts) TS=t;;
874    
875            -papis) PAPIS=t;;
876    
877            -pcls) PCL=t;;
878    
879          -*)          -*)
880              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
881              usage              usage
# Line 653  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 896  if test "x$QUICK" = xt ; then
896      NODEPEND=t      NODEPEND=t
897  fi  fi
898    
899    #- setting for forward or ADM testing
900    if test "x$ADM" = xt ; then
901        code_dir=code_ad
902        input_dirs='input_ad input'
903        ref_outp="output_adm.txt"
904        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
905    else
906        code_dir=code
907        input_dirs='input'
908        ref_outp="output.txt"
909        EXECUTABLE="mitgcmuv"
910    fi
911    
912  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
913      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
914    else
915        #- expand group of experiments:
916        LIST=" "
917        for xx in $TESTDIRS
918        do
919          case $xx in
920            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
921                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
922                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
923                    ;;
924            'tutorials')
925                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
926            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
927          esac
928        done
929  fi  fi
930    #echo 'LIST='${LIST}'<'
931    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
932    TESTDIRS=" "
933    count=0
934    for xx in $LIST
935    do
936        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
937        if test $yy = 0 ; then
938            if test -d $xx ; then
939                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
940                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
941            else count=1 ;
942                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
943            fi
944        else
945            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
946            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
947            fi
948        fi
949    done
950    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
951    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
952    
953  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
954      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
955  fi  fi
956    
957  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  OUTPUTFILE=$ref_outp
     COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  
 fi  
   
958  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
959      COMMAND="make output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
960    fi
961    if test "x$MPI" = xt ; then
962        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
963  fi  fi
964    
965  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
966    
967    # set the Default List of output variables to be checked:
968    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
969    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
970    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
971    if test "x$ADM" = x ; then
972        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
973        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
974        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
975        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
976        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
977    else
978        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
979        EMPTY_RESULTS='.. ..'
980        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
981    fi
982    
983  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
984  createcodelet  createcodelet
985    
986  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
987  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
988        echo "skipping mpack build"
989    else
990        build_mpack
991    fi
992    
993  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
994  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
995  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
996  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
997  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
998    if test "x$OUTDIR" != x ; then
999        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1000    fi
1001  DNUM=0  DNUM=0
1002  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1003  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 695  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1011  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1011      exit 1      exit 1
1012  fi  fi
1013  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1014  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1015  start_date=`date`  start_date=`date`
1016  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1017    
# Line 727  fi Line 1043  fi
1043  echo  echo
1044  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1045  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x ; then
1046      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1047                  T           S           U           V      then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1048  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s      else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1049  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .         line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1050  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1051  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1052        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1053  EOF      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1054        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1055        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1056            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
1057            #  if test "x$tst" = xt ; then
1058            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1059            line_1="$line_1        m  s"
1060            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1061            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1062            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1063            #  fi
1064        done
1065        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1066        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1067        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1068        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1069        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1070        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1071  else  else
1072      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1073      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1074        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1075        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1076        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1077        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1078      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1079  G D M    C  G  G D M    C  G
1080  E p a R  o  r  E p a R  o  r
# Line 753  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1090  for dir in $TESTDIRS ; do
1090      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1091      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1092          if test -r $dir/build/Makefile ; then          if test -r $dir/build/Makefile ; then
1093                echo '  ------  clean dir:' $dir/build
1094              ( cd $dir/build ; make CLEAN )              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
1095          fi          fi
1096          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -d $dir/run/CVS ; then
1097              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              echo '  ------  clean dir:' $dir/run
1098                run_clean $dir/run
1099          fi          fi
1100            (
1101                cd $dir
1102                rm -rf tr_run.*
1103            )
1104          continue          continue
1105      fi      fi
1106    
# Line 765  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1108  for dir in $TESTDIRS ; do
1108      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1109      fout=      fout=
1110      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1111          fout=$dir"/results/output.txt"          fout=$dir"/results/"$ref_outp
1112      else      else
1113          fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"          fout=$dir"/results_ad/"$ref_outp
1114      fi      fi
1115      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1116          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1117          continue          continue
1118      fi      fi
   
     builddir="input"  
     rundir="input"  
     use_seperate_build=0  
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
     fi  
       
1119      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$ADM" = x ; then
1120          code_dir=code          check_for_add_mon_output  $fout
         CODE_DIR=$dir/code  
     else  
         code_dir=code_ad  
         CODE_DIR=$dir/code_ad  
1121      fi      fi
1122    
1123        # Check for additional types of monitor output
1124    
1125        builddir="build"
1126        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1127        rundir="run"
1128        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1129            rundir=$builddir
1130        fi
1131        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1132      BUILD_DIR=$dir/$builddir      BUILD_DIR=$dir/$builddir
1133    
1134      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1135          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1136          continue          continue
1137      fi      fi
1138        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1139            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1140            continue
1141        fi
1142    
1143        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1144        extra_runs=
1145        if test "x$ADM" = x ; then
1146            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
1147            #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1148            for exd in $ex_run_dirs ; do
1149                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
1150                outf="$dir/results/output.$name.txt"
1151                if test -f $outf -a -r $outf ; then
1152                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1153                        if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1154                            extra_runs="$extra_runs $name"
1155                        #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1156                        fi
1157                    else
1158                        extra_runs="$extra_runs $name"
1159                    fi
1160                fi
1161            done
1162        fi
1163    
1164      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1165      echo      echo
1166      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1167           echo "Experiment:  $dir"
1168        else
1169           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1170        fi
1171      echo      echo
1172      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1173      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1174    
1175      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1176      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
# Line 811  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1178  for dir in $TESTDIRS ; do
1178      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1179            
1180      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1181          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1182            makeclean $dir/$builddir \
1183                && run_clean $dir/$rundir
1184      else      else
1185          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1186              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1187                && run_clean $dir/$rundir \
1188              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1189              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1190              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1191              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $input_dirs \
1192              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1193              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1194      fi      fi
1195            
1196      echo      echo
1197      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
1198          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1199      else          echo
1200          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1201          fres=$fres"$results   $dir"          touch $CDIR"/summary.txt"
1202            echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1203            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1204            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1205            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1206            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1207    
1208            for ex in $extra_runs ; do
1209                unset run
1210                results=$EMPTY_RESULTS
1211                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1212                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1213                mkdir $rel_CDIR
1214                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1215                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1216                run_clean $dir/tr_run.$ex
1217                linkdata $dir/tr_run.$ex input.$ex input
1218                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1219                    && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex "output.${ex}.txt"`
1220                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1221                fres="$fres.$ex"
1222                echo
1223                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1224                touch $CDIR"/summary.txt"
1225                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1226                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1227                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1228                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1229                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1230                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1231                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1232                fi
1233            done
1234    # <-- same processing for adjoint & forward test
1235        if test "x$ADM" = xt ; then
1236            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1237                               >> $CDIR"/summary.txt"
1238        fi
1239    
1240        #postclean $dir/$builddir
1241        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1242            makeclean $dir/$builddir \
1243                && run_clean $dir/$rundir
1244      fi      fi
     echo  
     echo "$fres" >> $SUMMARY  
     echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"  
     echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
     echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1245            
1246      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1247            
1248  done  done
1249    
1250  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1251  echo $start_date >> $SUMMARY  echo $start_date >> $SUMMARY
1252  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1253  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1254    
1255  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
# Line 855  else Line 1260  else
1260      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then      if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1261          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \          tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1262              && gzip $DRESULTS".tar" \              && gzip $DRESULTS".tar" \
1263              && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES              && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1264          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1265          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1266              echo              echo
# Line 874  else Line 1279  else
1279      fi      fi
1280  fi  fi
1281    
1282  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
 rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum  
1283    
1284  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1285      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1286      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1287          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1288      fi      fi
1289      cat $SUMMARY > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1290    fi
1291    
1292    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1293        rm -rf $DRESULTS
1294  fi  fi
1295    
Legend:
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