/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.2 by edhill, Mon Sep 1 16:50:27 2003 UTC revision 1.80 by jmc, Thu Jun 8 21:39:35 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of genmake2 \"optfiles\""      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of \"test\" dirs"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
17        echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18        echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19        echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
20        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"
21        echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"
22        echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
23        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
24        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
25        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
26        echo "  (-command) STRING        command to run"
27        echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28        echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29        echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
31        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
32        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
33        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
34        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
35        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
36        echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
37        echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
38        echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
39        echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
40        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
41        echo
42        echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
43        echo "such as:"
44        echo
45        echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
46        echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
47        echo
48        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
49        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
50      echo      echo
51      exit 1      exit 1
52  }  }
# Line 20  usage() Line 54  usage()
54  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
55  build_mpack()  build_mpack()
56  {  {
57      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
58      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
59          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
60                echo
61              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
62              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
63              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
64              exit 1              echo
65                HAVE_MPACK=f
66            fi
67            printf "building mpack...  "
68            if test "x$CC" = x ; then
69                export CC=cc
70          fi          fi
71          echo -n "building mpack...  "          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
         ( cd $MPACKDIR && ./configure && make ) > build_mpack.out 2>&1  
72          RETVAL=$?          RETVAL=$?
73          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
74              echo              echo
75              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
76              exit 1              echo
77                HAVE_MPACK=f
78            else
79                rm -f tr_build_mpack.out
80                HAVE_MPACK=t
81          fi          fi
82        else
83            HAVE_MPACK=t
84      fi      fi
85      echo "OK"      echo "OK"
86  }  }
87    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
88  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
89  {  {
90      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
91      #      #
92      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
93      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 60  testoutput_for_prop() Line 96  testoutput_for_prop()
96          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2
97      fi      fi
98      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
99          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
100          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
101          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
102              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
103                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
104              fi              fi
# Line 73  testoutput_for_prop() Line 109  testoutput_for_prop()
109          return 99          return 99
110      fi      fi
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
113      fi      fi
114      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
115      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
116      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
117          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
118              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
119          fi          fi
120          return 99          return 99
121      fi      fi
122        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
123            if [ $verbose -gt 0 ]; then
124                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
125            fi
126            return 99
127        fi
128        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
129        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
130            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2
131            return 99
132        fi
133        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
134        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
135            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2
136            return 99
137        fi
138      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
139          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
140      fi      fi
# Line 90  testoutput_for_prop() Line 142  testoutput_for_prop()
142      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
143          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
144      fi      fi
145      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
146      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
147        fi
148        echo "-1" >> tmp3.txt
149        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
150        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
151        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
152      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
153          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
154              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 102  testoutput_for_prop() Line 159  testoutput_for_prop()
159              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
160          fi          fi
161      fi      fi
162      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
163            
164      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
165  }  }
# Line 122  dashnum() Line 179  dashnum()
179      done      done
180  }  }
181    
182    testoutput_ad()
183    {
184        grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
185        grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
186        grep $3 $1/results_ad/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
187        grep $3 $1/$2/output_adm.txt | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
188        join t05.txt t15.txt > t5.txt
189        join t06.txt t16.txt > t6.txt
190        echo "-1" >> t5.txt
191        echo "-1" >> t6.txt
192        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
193        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
194        dashnum $digits_5 $digits_6
195        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
196    }
197    
198    check_for_add_mon_output()
199    {
200        # Check for additional types of monitor output
201        if test "x$1" = x ; then
202            return
203        fi
204    
205        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
206            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
207        done
208    
209        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
210        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
211        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
212            for jj in $ptr_add ; do
213                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
214                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
215                if test ! "x$tst" = x0 ; then
216                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
217                fi
218            done
219            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
220        done
221    }
222    
223  testoutput()  testoutput()
224  {  {
225      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
226      #      #
227      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
228        if test "x$ADM" = x ; then
229            if [ $debug -gt 0 ]; then
230                echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
231            fi
232            testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
233            if [ $debug -gt 0 ]; then
234                echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
235            fi
236            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
237            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
238            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
239            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
240            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
241            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
242            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
243            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
244            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
245            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
246            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
247            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
248            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
249            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
250            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
251            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
252    
253            #  This is for PTRACERS
254            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
255                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
256                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
257                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
258                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
259                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
260                #echo 'tst = '$tst
261                if test "x$tst" = xt ; then
262                    a="trcstat_ptracer0"
263                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
264                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
265                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
266                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
267                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
268                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
269                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
270                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
271                fi
272            done
273    
274      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
275          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
276      fi          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
277      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
278      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
279          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
280            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
281    
282            eval "dashnum $allargs"
283    
284        else
285            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
286      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
287  }  }
288    
289  genmakemodel()  genmakemodel()
290  {  {
291      # genmakemodel directory      # genmakemodel directory
292      GENMAKE2="../../../tools/genmake2"      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
293      (          echo "genmake skipped!"
294          cd $1;      else
295          printf 'genmake ... ' 1>&2          if test "x$BASH" = x ; then
296          # ../../../tools/genmake -ieee -mods=../code > make.log 2>&1              GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
         $GENMAKE2  -ds --mods=../code "--optfile="$OPTFILE > make.log 2>&1  
         RETVAL=$?  
         for i in gm_state gm_optfile gm_local Makefile ; do  
             if test -r $i ; then  
                 cp $i $CDIR  
             fi  
         done  
         if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
             tail make.log  
             echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2  
             cp make.log $CDIR  
             return 1  
297          else          else
298              echo "succesful" 1>&2              GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
299          fi          fi
300      )          (
301                cd $1;
302                command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
303                if test "x$ADM" = x ; then
304                    command="$command --mods=../code"
305                else
306                    command="$command --mods=../code_ad"
307                fi
308                if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
309                    command="$command --optfile=$OPTFILE"
310                fi
311                if test "x$IEEE" != x ; then
312                    command="$command -ieee"
313                fi
314                if test "x$MPI" = xt ; then
315                    command="$command -mpi"
316                fi
317                printf 'genmake ... ' 1>&2
318                $command > make.log 2>&1
319                RETVAL=$?
320                #  Reduce the size of the testing emails!
321                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
322                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
323                    tail make.log
324                    echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
325                    cp genmake_* make.log $CDIR
326                    return 1
327                else
328                    echo "successful" 1>&2
329                fi
330            )
331        fi
332  }  }
333    
334  makeclean()  makeclean()
335  {  {
336      # makeclean directory      # makeclean directory
337      (      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
338          cd $1;          echo "make CLEAN skipped!"
339          rm -f output.txt      else
340          printf 'make CLEAN ... ' 2>&1          (
341          if test -r Makefile ; then              cd $1;
342              make CLEAN >> make.log 2>&1              if test -e output.txt ; then
343              RETVAL=$?                  rm -f output.txt
             if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                 tail make.log  
                 echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2  
                 cp make.log $CDIR"/make.log"  
                 return 1  
344              fi              fi
345          fi              printf 'make CLEAN ... ' 2>&1
346          echo succesful 1>&2              if test -r Makefile ; then
347          exit 0                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1
348      )                  RETVAL=$?
349                    if test "x$RETVAL" != x0 ; then
350                        tail make.log
351                        echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2
352                        cp make.log $CDIR"/make.log"
353                        return 1
354                    fi
355                fi
356                echo successful 1>&2
357                exit 0
358            )
359        fi
360    }
361    
362    postclean()
363    {
364        # postclean directory
365        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
366            (
367                cd $1;
368                if test -r Makefile ; then
369                    $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1
370                fi
371                exit 0
372            )
373        fi
374  }  }
375    
376  makedependmodel()  makedependmodel()
377  {  {
378      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
379      (      if test "x$NODEPEND" = xt ; then
380          cd $1;          echo "make depend skipped!"
381          printf 'make depend ... ' 1>&2      else
382          make depend >> make.log 2>&1          (
383          RETVAL=$?              cd $1;
384          if test "x$RETVAL" != x0 ; then              printf 'make depend ... ' 1>&2
385              tail make.log              $MAKE depend >> make.log 2>&1
386              echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2              RETVAL=$?
387              cp make.log $CDIR"/make.log"              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
388              return 1                  tail make.log
389          else                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2
390              echo succesful 1>&2                  cp make.log $CDIR"/make.log"
391          fi                  return 1
392      )              else
393                    echo successful 1>&2
394                fi
395            )
396        fi
397  }  }
398    
399  makemodel()  makemodel()
# Line 231  makemodel() Line 403  makemodel()
403          cd $1;          cd $1;
404          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
405              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
406              make >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
407                    if test "x$JOBS" = x ; then
408                        $MAKE >> make.log 2>&1
409                    else
410                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
411                    fi
412                else
413                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
414                fi
415              RETVAL=$?              RETVAL=$?
416              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
417                  tail make.log                  tail make.log
# Line 239  makemodel() Line 419  makemodel()
419                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
420                  return 1                  return 1
421              else              else
422                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
423              fi              fi
424          fi          fi
425      )      )
426  }  }
427    
428    symlink_mpifiles()
429    {
430        # Put special links so that MPI specific files are used
431        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
432        # the Makefile will link to non-mpi files by default
433    
434        dir=$1
435        code_dir=$2
436        BUILD_DIR=$dir/$3
437        CODE_DIR=$dir/$code_dir
438        
439        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
440        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
441    
442        #  Is this an MPI run?
443        if test "x$MPI" = xt ; then
444            # YES: We symbolically link these files to the build
445            # dir so long as there is no real file in place
446            for ii in $MPI_FILES ; do
447                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
448                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
449                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
450                RETVAL=$?
451                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
452                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
453                        #echo Linking $name to $i
454                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
455                    fi
456                fi
457            done
458        else
459            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
460            for ii in $MPI_FILES ; do
461                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
462                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
463                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
464                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
465                    RETVAL=$?
466                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
467                        #echo Un-linking $name from $linktarg
468                        rm -f $BUILD_DIR/$name
469                    fi
470                fi
471            done
472        fi
473        
474    }
475    
476  linkdata()  linkdata()
477  {  {
478      # linkdata flag      # linkdata flag
479      #      #
480      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
481      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test "x$1" = x1 ; then
482          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
483                cd $2
484                if test "x$ADM" = x ; then
485                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
486                    for i in $files ; do
487                        if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then
488                            ln -sf "../input/"$i $i
489                        fi
490                    done
491                else
492                    files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
493                    for i in $files ; do
494                        if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
495                            ln -sf "../input_ad/"$i $i
496                        fi
497                    done
498                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
499                    for i in $files ; do
500                        if test ! -d "../input/"$i ; then
501                         if test ! -r $i  ; then
502                            ln -sf "../input/"$i $i
503                         fi
504                        fi
505                    done
506                fi
507            )
508      fi      fi
509  }  }
510    
511  runmodel()  runmodel()
512  {  {
513      # runmodel directory exe      # runmodel directory
514      #      #
515      #  runs the model "exe" in "directory" (exe is relative to directory)      #  runs "$COMMAND in "directory"
516        #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
517      (      (
518          cd $1          cd $1
519          if [ -x $2 ]; then          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
520              if [ $quick -eq 0 ]; then          # make output.txt
521                  rm -f output.txt          echo
522              fi          rm -f run.log
523              printf 'runmodel: ' 1>&2          if test $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
524              make output.txt             ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
525              RETVAL=$?             RETVAL=$?
526              if test "x$RETVAL" = x0 ; then          else
527                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"             echo " $OUTPUTFILE is up to date " > run.log 2>&1
528                  return 0             RETVAL=0
529              else          fi
530                  return 1          # echo "COMMAND='$COMMAND'"
531              fi          # echo "pwd='"`pwd`"'"
532            if test "x$RETVAL" = x0 ; then
533                tail run.log
534                echo successful 1>&2
535                # === Reduce the size of the testing emails!
536                # if test "x$ADM" = x ; then
537                #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
538                # else
539                #   cp output_adm.txt $CDIR"/output_adm.txt"
540                # fi
541                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
542                return 0
543            else
544                tail run.log
545                echo failed 1>&2
546                cp run.log $CDIR"/run.log"
547                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
548                return 1
549          fi          fi
550      )      )
551  }  }
# Line 283  createcodelet() Line 554  createcodelet()
554  {  {
555      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
556    
557      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
558      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
559        program cmpnum  #include <stdio.h>
560        implicit none  #include <math.h>
561        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
562        integer linnum,best    int linnum,best,lncnt;
563        best=-16    double a,b,abave,relerr;
564    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
565        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
566  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
567        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
568          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
569          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
570  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
571            linnum=int(log10(diff))      if (abave > 0.0) {
572            best=max(best,linnum)        relerr=fabs(a-b)/abave;
573          endif        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
574        else        else { linnum = -16 ; }
575          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22        best = (best > linnum) ? best : linnum;
576        endif      }
577        goto 99    }
578    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'    if (lncnt == 999) best=-29;
579    70  print *,-best    printf("%d\n", -best);
580        end    return 0;
581  EOFA  }
582    EOF
583        $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
584    
585      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
586          echo "OK"          echo "OK"
587          return 0          return 0
588      else      else
589          echo          echo
590          echo "createcodelet: failed to compile codelet" | tee          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
591            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
592          exit 1          exit 1
593      fi      fi
594  }  }
# Line 347  show_help() Line 620  show_help()
620  {  {
621      cat - << EOF      cat - << EOF
622  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]
623   -help      Show this help message  
624   -quick     Skip "genmake" and "make depend" if the Makefile exists   -help|-h      Show this help message
625   -quiet     Reduce the amount of output   -quiet     Reduce the amount of output
626   -verbose   Produce copious amounts of output   -verbose   Produce copious amounts of output
627   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most
628   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.
629   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
630   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files
631              and then exits. Use with care.              and then exits. Use with care.
632    
# Line 376  scandirs() Line 648  scandirs()
648    
649    
650  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
651    
652    
653  #  Default properties  #  Default properties
654  debug=0  debug=0
655  verbose=1  verbose=1
 quick=0  
656  clean=0  clean=0
 ieee=1  
657  expts=''  expts=''
658    # ieee=1
659    
660  OPTFILES=  IEEE=true
661  ADDRESSES=edhill@mitgcm.org  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
662        IEEE=$MITGCM_IEEE
663    fi
664    
665    
666    CLEANUP=f
667    QUICK=f
668    NOGENMAKE=f
669    NOCLEAN=f
670    NODEPEND=f
671    POSTCLEAN=f
672    
673    BASH=
674    OPTFILE=NONE
675    ADDRESSES=
676  TESTDIRS=  TESTDIRS=
677  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
678    HAVE_MPACK=
679  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
680    COMMAND=
681    if test "x$MAKE" = x ; then
682        MAKE=make
683    fi
684    if test "x$CC" = x ; then
685        CC=cc
686    fi
687    JOBS=
688    MPI=f
689    OUTDIR=
690    DELDIR=
691    
692    ADM=
693    
694  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
695    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
696    
697    printf "parsing options...  "
698    
699  ac_prev=  ac_prev=
700  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 414  for ac_option ; do Line 714  for ac_option ; do
714              usage ;;              usage ;;
715                    
716          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile | --optfile | -of | --of)
717              ac_prev=OPTFILES ;;              ac_prev=OPTFILE ;;
718          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)
719              OPTFILES=$ac_optarg ;;              OPTFILE=$ac_optarg ;;
720                    
721          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
722              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
# Line 428  for ac_option ; do Line 728  for ac_option ; do
728          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
729              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
730    
731          -quick) quick=1 ;;          -bash | --bash | -b | --b)
732                ac_prev=BASH ;;
733            -bash=* | --bash=*)
734                BASH=$ac_optarg ;;
735    
736            -command | --command | -c | --c)
737                ac_prev=COMMAND ;;
738            -command=* | --command=*)
739                COMMAND=$ac_optarg ;;
740    
741            -make | --make | -m | --m)
742                ac_prev=MAKE ;;
743            -make=* | --make=*)
744                MAKE=$ac_optarg ;;
745    
746            -odir | --odir)
747                ac_prev=OUTDIR ;;
748            -odir=* | --odir=*)
749                OUTDIR=$ac_optarg ;;
750    
751            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
752                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
753            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
754                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
755    
756            -j) ac_prev=JOBS ;;
757            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
758    
759            -clean | --clean)
760                CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
761    
762            -quick | --quick | -q | --q)
763                QUICK=t ;;
764            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
765                NOGENMAKE=t ;;
766            -noclean | --noclean | -nc | --nc)
767                NOCLEAN=t ;;
768            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
769                NODEPEND=t ;;
770    
771            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
772                POSTCLEAN=t ;;
773    
774            -mpi) MPI=t ;;
775    
776            -adm | -ad) ADM=t ;;
777    
778            -ieee) IEEE=true ;;
779            -noieee) IEEE= ;;
780    
781          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
782          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
         -clean) clean=1 ;;  
         -noieee) ieee=0 ;;  
783          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
784    
785            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
786    
787          -*)          -*)
788              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
789              usage              usage
# Line 449  for ac_option ; do Line 798  for ac_option ; do
798            
799  done  done
800    
801    if test "x$QUICK" = xt ; then
802        NOGENMAKE=t
803        NOCLEAN=t
804        NODEPEND=t
805    fi
806    
807  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
808      TESTDIRS=`scandirs`      TESTDIRS=`scandirs`
809  fi  fi
810    
811  echo "OK"  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
812        OPTFILE=$MITGCM_OF
813    fi
814    
815    if test "x$ADM" = xt ; then
816        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
817        OUTPUTFILE="output_adm.txt"
818    else
819        EXECUTABLE="mitgcmuv"
820        OUTPUTFILE="output.txt"
821    fi
822    
823    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
824        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
825    fi
826    
827    if test "x$COMMAND" = x ; then
828        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
829    fi
830    
831    #echo "OK"
832    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
833    
834  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
835  createcodelet  createcodelet
836    
837  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
838  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
839        echo "skipping mpack build"
840    else
841        build_mpack
842    fi
843    
844  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
845  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
846  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
847  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
848  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
849    if test "x$OUTDIR" != x ; then
850        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
851    fi
852  DNUM=0  DNUM=0
853  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
854  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 475  done Line 858  done
858  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
859  RETVAL=$?  RETVAL=$?
860  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
861      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
862      exit 1      exit 1
863  fi  fi
864  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
865  date > $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
866  cat << EOF >> $SUMMARY  start_date=`date`
867                  T           S           U           V  echo $start_date > $SUMMARY
868  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
869  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  of_path=
870  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
871  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      if test -r $OPTFILE ; then
872            # get the path
873            path=${OPTFILE%/*}
874            if test "x$path" = x ; then
875                of_path=`pwd`
876            else
877                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
878            fi
879            file=${OPTFILE##*/}
880            OPTFILE=$of_path/$file
881            cp $OPTFILE $DRESULTS
882            echo >> $SUMMARY
883            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
884        else
885            echo | tee $SUMMARY
886            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
887            exit 1
888        fi
889    else
890        echo >> $SUMMARY
891        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
892        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
893    fi
894    echo
895    echo >> $SUMMARY
896    if test "x$ADM" = x ; then
897        line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
898        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
899        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
900        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
901        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
902        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
903            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
904            #  if test "x$tst" = xt ; then
905            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
906            line_1="$line_1        m  s"
907            line_2="$line_2  m  m  e  ."
908            line_3="$line_3  i  a  a  d"
909            line_4="$line_4  n  x  n  ."
910            #  fi
911        done
912        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
913        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
914        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
915        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
916        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
917        echo " "       | tee -a $SUMMARY
918    else
919        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
920        echo >> $SUMMARY
921        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
922    G D M    C  G
923    E p a R  o  r
924    N n k u  s  a
925    2 d e n  t  d
926    
927  EOF  EOF
928    fi
929    
930  NDIR=0  #  ...and each test directory...
931    for dir in $TESTDIRS ; do
932        
933        #  Cleanup only!
934        if test "x$CLEANUP" = xt ; then
935            if test -r $dir/build/Makefile ; then
936                ( cd $dir/build ; make CLEAN )
937            fi
938            if test -r $dir/input/Makefile ; then
939                ( cd $dir/input ; make CLEAN )
940            fi
941            (
942                cd $dir
943                rm -rf tr_run.*
944            )
945            continue
946        fi
947    
948  #  For each optfile...      #  Verify that the testdir exists and contains previous
949  for OPTFILE in $OPTFILES ; do      #  results in the correct location--or skip this directory!
950        fout=
951        if test "x$ADM" = x ; then
952            fout=$dir"/results/output.txt"
953        else
954            fout=$dir"/results_ad/output_adm.txt"
955        fi
956        if test ! -r $fout ; then
957            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
958            continue
959        fi
960        if test "x$ADM" = x ; then
961            check_for_add_mon_output  $fout
962        fi
963    
964      OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"      # Check for additional types of monitor output
965      if test ! -r $OPTFILE ; then  
966          echo "Error: can't read optfile \"$OPTFILE\""      builddir="input"
967          exit 1      rundir="input"
968        use_seperate_build=0
969        if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then
970            builddir="build"
971            rundir="build"
972            use_seperate_build=1
973            linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
974      fi      fi
     echo  
     echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
975            
976      #  ...and each test directory...      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
977      for dir in $TESTDIRS ; do      extra_runs=
978                if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then
979          #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
980          CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR          echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
981          mkdir $CDIR          for exd in $ex_run_dirs ; do
982          CDIR=`pwd`"/$CDIR"              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
983                outf="$dir/results/output.txt.$name"
984                if test -f $outf -a -r $outf ; then
985                    extra_runs="$extra_runs $name"
986                fi
987            done
988        fi
989    
990          #  ...configue, make, run, and compare the output.      if test "x$ADM" = x ; then
991          echo "-------------------------------------------------------------------------------"          code_dir=code
992          echo          CODE_DIR=$dir/code
993          echo "Experiment:  $dir"      else
994          echo          code_dir=code_ad
995          unset genmake makedepend make run          CODE_DIR=$dir/code_ad
996          results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      fi
997          ( cd $dir/input; rm -f *.{o,f,c,F} *.[f,F]90 work* output.txt Make* make.log; )      BUILD_DIR=$dir/$builddir
         if [ -r $dir/build ]; then  
             seperatebuilddir=1  
             builddir=build  
             rundir=build  
             ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )  
         else  
             seperatebuilddir=0  
             builddir=input  
             rundir=input  
         fi  
998    
999          #  Verify that the testdir exists and contains previous      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1000          #  results in the correct location--or skip this directory!          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1001          if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then          continue
1002              echo | tee $SUMMARY      fi
             echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir" \  
                 | tee $SUMMARY  
             continue  
         fi  
1003    
1004        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1005        echo
1006        echo "Experiment:  $dir"
1007        echo
1008        unset genmake makedepend make run
1009        results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1010    
1011        #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1012        rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1013        mkdir $rel_CDIR
1014        CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1015        
1016        if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1017            makeclean $dir/$builddir
1018        else
1019          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1020              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1021                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1022              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1023              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1024              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \
1025              && runmodel $dir/$builddir mitgcmuv && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1026              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
1027        fi
1028        
1029        echo
1030        if test "x$ADM" = x ; then
1031            fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1032          echo          echo
1033          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
1034              ${run:-N} $results          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1035            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1036            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1037            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1038            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1039    
1040            for ex in $extra_runs ; do
1041                unset run
1042                results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1043                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1044                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1045                mkdir $rel_CDIR
1046                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1047                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1048                for ldir in input.$ex input ; do
1049                    (
1050                        cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1
1051                        ls -1 2>/dev/null \
1052                            | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'
1053                    ) > tr_exrun_links
1054                    (
1055                        cd "$dir/tr_run.$ex"
1056                        cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do
1057                            if test ! "x$i" = x ; then
1058                                test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i
1059                            fi
1060                        done
1061                    )
1062                    test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links
1063                done
1064                ldir=build
1065                (
1066                    cd $dir/tr_run.$ex
1067                    test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .
1068                )
1069                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1070                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1071                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1072                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1073                fres="$fres.$ex"
1074                echo
1075                echo "$fres" >> $SUMMARY
1076                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1077                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1078                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1079                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1080                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1081            done
1082        else
1083            fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1084            fres=$fres"$results   $dir"
1085          echo          echo
1086          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
1087              ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"  
         formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
             ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1088          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1089          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1090          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1091          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1092            grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1093                               >> $CDIR"/summary.txt"
1094        fi
1095    
1096          (      postclean $dir/$builddir
1097              cd $DRESULTS      
1098              tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1099              gzip $NDIR".tar"      
1100          )  done
1101    
1102          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1103    echo $start_date >> $SUMMARY
1104    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1105    date >> $SUMMARY
1106    
1107    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1108    #  to send email using mpack.
1109    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1110        echo "No results email was sent."
1111    else
1112        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1113            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1114                && gzip $DRESULTS".tar" \
1115                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1116          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1117          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1118              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1119                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1120                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1121                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1122                echo
1123          else          else
1124              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1125                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1126                echo "  \"$ADDRESSES\""
1127                echo
1128          fi          fi
1129            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1130            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1131        fi
1132    fi
1133    
1134          NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
1135            rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
     done  
 done  
1136    
1137  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1138        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1139        if test -e tr_out.txt ; then
1140            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1141        fi
1142        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1143    fi
1144    
1145  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1146        rm -rf $DRESULTS
1147    fi
1148    
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