/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.2 by edhill, Mon Sep 1 16:50:27 2003 UTC revision 1.75 by jmc, Fri Feb 24 23:15:25 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of genmake2 \"optfiles\""      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of \"test\" dirs"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
17        echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18        echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19        echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
20        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"
21        echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"
22        echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
23        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
24        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
25        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
26        echo "  (-command) STRING        command to run"
27        echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28        echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29        echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
31        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
32        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
33        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
34        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
35        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
36        echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
37        echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
38        echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
39        echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
40        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
41        echo
42        echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
43        echo "such as:"
44        echo
45        echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
46        echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
47        echo
48        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
49        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
50      echo      echo
51      exit 1      exit 1
52  }  }
# Line 20  usage() Line 54  usage()
54  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
55  build_mpack()  build_mpack()
56  {  {
57      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
58      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
59          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
60                echo
61              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
62              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
63              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
64              exit 1              echo
65                HAVE_MPACK=f
66            fi
67            printf "building mpack...  "
68            if test "x$CC" = x ; then
69                export CC=cc
70          fi          fi
71          echo -n "building mpack...  "          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
         ( cd $MPACKDIR && ./configure && make ) > build_mpack.out 2>&1  
72          RETVAL=$?          RETVAL=$?
73          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
74              echo              echo
75              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
76              exit 1              echo
77                HAVE_MPACK=f
78            else
79                rm -f tr_build_mpack.out
80                HAVE_MPACK=t
81          fi          fi
82        else
83            HAVE_MPACK=t
84      fi      fi
85      echo "OK"      echo "OK"
86  }  }
87    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
88  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
89  {  {
90      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
91      #      #
92      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
93      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 60  testoutput_for_prop() Line 96  testoutput_for_prop()
96          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2
97      fi      fi
98      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
99          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
100          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
101          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
102              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
103                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
104              fi              fi
# Line 73  testoutput_for_prop() Line 109  testoutput_for_prop()
109          return 99          return 99
110      fi      fi
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
113      fi      fi
114      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
115      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
116      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
117          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
118              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
119          fi          fi
120          return 99          return 99
121      fi      fi
122        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
123            if [ $verbose -gt 0 ]; then
124                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
125            fi
126            return 99
127        fi
128        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
129        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
130            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2
131            return 99
132        fi
133        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
134        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
135            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2
136            return 99
137        fi
138      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
139          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
140      fi      fi
# Line 90  testoutput_for_prop() Line 142  testoutput_for_prop()
142      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
143          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
144      fi      fi
145      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
146      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
147        fi
148        echo "-1" >> tmp3.txt
149        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
150        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
151        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
152      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
153          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
154              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 102  testoutput_for_prop() Line 159  testoutput_for_prop()
159              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
160          fi          fi
161      fi      fi
162      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
163            
164      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
165  }  }
# Line 122  dashnum() Line 179  dashnum()
179      done      done
180  }  }
181    
182    testoutput_ad()
183    {
184        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
185        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
186        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
187        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
188        join t05.txt t15.txt > t5.txt
189        join t06.txt t16.txt > t6.txt
190        echo "-1" >> t5.txt
191        echo "-1" >> t6.txt
192        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
193        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
194        dashnum $digits_5 $digits_6
195        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
196    }
197    
198    check_for_add_mon_output()
199    {
200        # Check for additional types of monitor output
201        if test "x$1" = x ; then
202            return
203        fi
204    
205        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
206            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
207        done
208    
209        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
210        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
211        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
212            for jj in $ptr_add ; do
213                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
214                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
215                if test ! "x$tst" = x0 ; then
216                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
217                fi
218            done
219            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
220        done
221    }
222    
223  testoutput()  testoutput()
224  {  {
225      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
226      #      #
227      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
228        if test "x$ADM" = x ; then
229            if [ $debug -gt 0 ]; then
230                echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
231            fi
232            testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
233            if [ $debug -gt 0 ]; then
234                echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
235            fi
236            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
237            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
238            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
239            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
240            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
241            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
242            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
243            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
244            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
245            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
246            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
247            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
248            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
249            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
250            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
251            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
252    
253            #  This is for PTRACERS
254            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
255                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
256                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
257                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
258                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
259                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
260                #echo 'tst = '$tst
261                if test "x$tst" = xt ; then
262                    a="trcstat_ptracer0"
263                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
264                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
265                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
266                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
267                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
268                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
269                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
270                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
271                fi
272            done
273    
274      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
275          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
276      fi          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
277      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
278      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
279          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
280            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
281    
282            eval "dashnum $allargs"
283    
284        else
285            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
286      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
287  }  }
288    
289  genmakemodel()  genmakemodel()
290  {  {
291      # genmakemodel directory      # genmakemodel directory
292      GENMAKE2="../../../tools/genmake2"      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
293      (          echo "genmake skipped!"
294          cd $1;      else
295          printf 'genmake ... ' 1>&2          if test "x$BASH" = x ; then
296          # ../../../tools/genmake -ieee -mods=../code > make.log 2>&1              GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
         $GENMAKE2  -ds --mods=../code "--optfile="$OPTFILE > make.log 2>&1  
         RETVAL=$?  
         for i in gm_state gm_optfile gm_local Makefile ; do  
             if test -r $i ; then  
                 cp $i $CDIR  
             fi  
         done  
         if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
             tail make.log  
             echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2  
             cp make.log $CDIR  
             return 1  
297          else          else
298              echo "succesful" 1>&2              GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
299          fi          fi
300      )          (
301                cd $1;
302                command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
303                if test "x$ADM" = x ; then
304                    command="$command --mods=../code"
305                else
306                    command="$command --mods=../code_ad"
307                    command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"
308                fi
309                if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
310                    command="$command --optfile=$OPTFILE"
311                fi
312                if test "x$IEEE" != x ; then
313                    command="$command -ieee"
314                fi
315                if test "x$MPI" = xt ; then
316                    command="$command -mpi"
317                fi
318                printf 'genmake ... ' 1>&2
319                $command > make.log 2>&1
320                RETVAL=$?
321                #  Reduce the size of the testing emails!
322                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
323                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
324                    tail make.log
325                    echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
326                    cp genmake_* make.log $CDIR
327                    return 1
328                else
329                    echo "successful" 1>&2
330                fi
331            )
332        fi
333  }  }
334    
335  makeclean()  makeclean()
336  {  {
337      # makeclean directory      # makeclean directory
338      (      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
339          cd $1;          echo "make CLEAN skipped!"
340          rm -f output.txt      else
341          printf 'make CLEAN ... ' 2>&1          (
342          if test -r Makefile ; then              cd $1;
343              make CLEAN >> make.log 2>&1              if test -e output.txt ; then
344              RETVAL=$?                  rm -f output.txt
             if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                 tail make.log  
                 echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2  
                 cp make.log $CDIR"/make.log"  
                 return 1  
345              fi              fi
346          fi              printf 'make CLEAN ... ' 2>&1
347          echo succesful 1>&2              if test -r Makefile ; then
348          exit 0                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1
349      )                  RETVAL=$?
350                    if test "x$RETVAL" != x0 ; then
351                        tail make.log
352                        echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2
353                        cp make.log $CDIR"/make.log"
354                        return 1
355                    fi
356                fi
357                echo successful 1>&2
358                exit 0
359            )
360        fi
361    }
362    
363    postclean()
364    {
365        # postclean directory
366        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
367            (
368                cd $1;
369                if test -r Makefile ; then
370                    $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1
371                fi
372                exit 0
373            )
374        fi
375  }  }
376    
377  makedependmodel()  makedependmodel()
378  {  {
379      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
380      (      if test "x$NODEPEND" = xt ; then
381          cd $1;          echo "make depend skipped!"
382          printf 'make depend ... ' 1>&2      else
383          make depend >> make.log 2>&1          (
384          RETVAL=$?              cd $1;
385          if test "x$RETVAL" != x0 ; then              printf 'make depend ... ' 1>&2
386              tail make.log              $MAKE depend >> make.log 2>&1
387              echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2              RETVAL=$?
388              cp make.log $CDIR"/make.log"              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
389              return 1                  tail make.log
390          else                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2
391              echo succesful 1>&2                  cp make.log $CDIR"/make.log"
392          fi                  return 1
393      )              else
394                    echo successful 1>&2
395                fi
396            )
397        fi
398  }  }
399    
400  makemodel()  makemodel()
# Line 231  makemodel() Line 404  makemodel()
404          cd $1;          cd $1;
405          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
406              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
407              make >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
408                    if test "x$JOBS" = x ; then
409                        $MAKE >> make.log 2>&1
410                    else
411                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
412                    fi
413                else
414                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
415                fi
416              RETVAL=$?              RETVAL=$?
417              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
418                  tail make.log                  tail make.log
# Line 239  makemodel() Line 420  makemodel()
420                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
421                  return 1                  return 1
422              else              else
423                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
424              fi              fi
425          fi          fi
426      )      )
427  }  }
428    
429    symlink_mpifiles()
430    {
431        # Put special links so that MPI specific files are used
432        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
433        # the Makefile will link to non-mpi files by default
434    
435        dir=$1
436        code_dir=$2
437        BUILD_DIR=$dir/$3
438        CODE_DIR=$dir/$code_dir
439        
440        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
441        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
442    
443        #  Is this an MPI run?
444        if test "x$MPI" = xt ; then
445            # YES: We symbolically link these files to the build
446            # dir so long as there is no real file in place
447            for ii in $MPI_FILES ; do
448                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
449                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
450                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
451                RETVAL=$?
452                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
453                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
454                        #echo Linking $name to $i
455                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
456                    fi
457                fi
458            done
459        else
460            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
461            for ii in $MPI_FILES ; do
462                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
463                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
464                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
465                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
466                    RETVAL=$?
467                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
468                        #echo Un-linking $name from $linktarg
469                        rm -f $BUILD_DIR/$name
470                    fi
471                fi
472            done
473        fi
474        
475    }
476    
477  linkdata()  linkdata()
478  {  {
479      # linkdata flag      # linkdata flag
480      #      #
481      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
482      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test "x$1" = x1 ; then
483          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
484                cd $2
485                if test "x$ADM" = x ; then
486                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
487                    for i in $files ; do
488                        if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then
489                            ln -sf "../input/"$i $i
490                        fi
491                    done
492                else
493                    files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`
494                    for i in $files ; do
495                        if test ! -d "../input/"$i ; then
496                            ln -sf "../input/"$i $i
497                        fi
498                    done
499                    files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
500                    for i in $files ; do
501                        if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
502                            ln -sf "../input_ad/"$i $i
503                        fi
504                    done
505                fi
506            )
507      fi      fi
508  }  }
509    
510  runmodel()  runmodel()
511  {  {
512      # runmodel directory exe      # runmodel directory
513      #      #
514      #  runs the model "exe" in "directory" (exe is relative to directory)      #  runs "$COMMAND in "directory"
515        #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
516      (      (
517          cd $1          cd $1
518          if [ -x $2 ]; then          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
519              if [ $quick -eq 0 ]; then          # make output.txt
520                  rm -f output.txt          echo
521              fi          rm -f run.log
522              printf 'runmodel: ' 1>&2          if test output.txt -ot mitgcmuv ; then
523              make output.txt             ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
524              RETVAL=$?             RETVAL=$?
525              if test "x$RETVAL" = x0 ; then          else
526                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"             echo ' output.txt is up to date ' > run.log 2>&1
527                  return 0             RETVAL=0
528              else          fi
529                  return 1          # echo "COMMAND='$COMMAND'"
530              fi          # echo "pwd='"`pwd`"'"
531            if test "x$RETVAL" = x0 ; then
532                tail run.log
533                echo successful 1>&2
534                # === Reduce the size of the testing emails!
535                # if test "x$ADM" = x ; then
536                #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
537                # else
538                #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"
539                # fi
540                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
541                return 0
542            else
543                tail run.log
544                echo failed 1>&2
545                cp run.log $CDIR"/run.log"
546                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
547                return 1
548          fi          fi
549      )      )
550  }  }
# Line 283  createcodelet() Line 553  createcodelet()
553  {  {
554      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
555    
556      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
557      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
558        program cmpnum  #include <stdio.h>
559        implicit none  #include <math.h>
560        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
561        integer linnum,best    int linnum,best,lncnt;
562        best=-16    double a,b,abave,relerr;
563    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
564        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
565  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
566        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
567          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
568          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
569  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
570            linnum=int(log10(diff))      if (abave > 0.0) {
571            best=max(best,linnum)        relerr=fabs(a-b)/abave;
572          endif        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
573        else        else { linnum = -16 ; }
574          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22        best = (best > linnum) ? best : linnum;
575        endif      }
576        goto 99    }
577    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'    if (lncnt == 999) best=-29;
578    70  print *,-best    printf("%d\n", -best);
579        end    return 0;
580  EOFA  }
581    EOF
582        $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
583    
584      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
585          echo "OK"          echo "OK"
586          return 0          return 0
587      else      else
588          echo          echo
589          echo "createcodelet: failed to compile codelet" | tee          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
590            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
591          exit 1          exit 1
592      fi      fi
593  }  }
# Line 347  show_help() Line 619  show_help()
619  {  {
620      cat - << EOF      cat - << EOF
621  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]
622   -help      Show this help message  
623   -quick     Skip "genmake" and "make depend" if the Makefile exists   -help|-h      Show this help message
624   -quiet     Reduce the amount of output   -quiet     Reduce the amount of output
625   -verbose   Produce copious amounts of output   -verbose   Produce copious amounts of output
626   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most
627   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.
628   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
629   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files
630              and then exits. Use with care.              and then exits. Use with care.
631    
# Line 376  scandirs() Line 647  scandirs()
647    
648    
649  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
650    
651    
652  #  Default properties  #  Default properties
653  debug=0  debug=0
654  verbose=1  verbose=1
 quick=0  
655  clean=0  clean=0
 ieee=1  
656  expts=''  expts=''
657    # ieee=1
658    
659    IEEE=true
660    if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
661        IEEE=$MITGCM_IEEE
662    fi
663    
664  OPTFILES=  
665  ADDRESSES=edhill@mitgcm.org  CLEANUP=f
666    QUICK=f
667    NOGENMAKE=f
668    NOCLEAN=f
669    NODEPEND=f
670    POSTCLEAN=f
671    
672    BASH=
673    OPTFILE=NONE
674    ADDRESSES=
675  TESTDIRS=  TESTDIRS=
676  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
677    HAVE_MPACK=
678  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
679    COMMAND=
680    if test "x$MAKE" = x ; then
681        MAKE=make
682    fi
683    if test "x$CC" = x ; then
684        CC=cc
685    fi
686    JOBS=
687    MPI=f
688    OUTDIR=
689    DELDIR=
690    
691    ADM=
692    
693  echo -n "parsing options...  "  # Additional monitor types
694    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
695    
696    printf "parsing options...  "
697    
698  ac_prev=  ac_prev=
699  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 414  for ac_option ; do Line 713  for ac_option ; do
713              usage ;;              usage ;;
714                    
715          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile | --optfile | -of | --of)
716              ac_prev=OPTFILES ;;              ac_prev=OPTFILE ;;
717          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)
718              OPTFILES=$ac_optarg ;;              OPTFILE=$ac_optarg ;;
719                    
720          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
721              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
# Line 428  for ac_option ; do Line 727  for ac_option ; do
727          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
728              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
729    
730          -quick) quick=1 ;;          -bash | --bash | -b | --b)
731                ac_prev=BASH ;;
732            -bash=* | --bash=*)
733                BASH=$ac_optarg ;;
734    
735            -command | --command | -c | --c)
736                ac_prev=COMMAND ;;
737            -command=* | --command=*)
738                COMMAND=$ac_optarg ;;
739    
740            -make | --make | -m | --m)
741                ac_prev=MAKE ;;
742            -make=* | --make=*)
743                MAKE=$ac_optarg ;;
744    
745            -odir | --odir)
746                ac_prev=OUTDIR ;;
747            -odir=* | --odir=*)
748                OUTDIR=$ac_optarg ;;
749    
750            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
751                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
752            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
753                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
754    
755            -j) ac_prev=JOBS ;;
756            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
757    
758            -clean | --clean)
759                CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
760    
761            -quick | --quick | -q | --q)
762                QUICK=t ;;
763            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
764                NOGENMAKE=t ;;
765            -noclean | --noclean | -nc | --nc)
766                NOCLEAN=t ;;
767            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
768                NODEPEND=t ;;
769    
770            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
771                POSTCLEAN=t ;;
772    
773            -mpi) MPI=t ;;
774    
775            -adm | -ad) ADM=t ;;
776    
777            -ieee) IEEE=true ;;
778            -noieee) IEEE= ;;
779    
780          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
781          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
         -clean) clean=1 ;;  
         -noieee) ieee=0 ;;  
782          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
783    
784            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
785    
786          -*)          -*)
787              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
788              usage              usage
# Line 449  for ac_option ; do Line 797  for ac_option ; do
797            
798  done  done
799    
800    if test "x$QUICK" = xt ; then
801        NOGENMAKE=t
802        NOCLEAN=t
803        NODEPEND=t
804    fi
805    
806  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
807      TESTDIRS=`scandirs`      TESTDIRS=`scandirs`
808  fi  fi
809    
810    if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
811        OPTFILE=$MITGCM_OF
812    fi
813    
814    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
815        COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"
816    fi
817    
818    if test "x$COMMAND" = x ; then
819        COMMAND="./mitgcmuv > output.txt"
820    fi
821    
822  echo "OK"  echo "OK"
823    
824  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
825  createcodelet  createcodelet
826    
827  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
828  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
829        echo "skipping mpack build"
830    else
831        build_mpack
832    fi
833    
834  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
835  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
836  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
837  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
838  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
839    if test "x$OUTDIR" != x ; then
840        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
841    fi
842  DNUM=0  DNUM=0
843  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
844  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 475  done Line 848  done
848  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
849  RETVAL=$?  RETVAL=$?
850  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
851      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
852      exit 1      exit 1
853  fi  fi
854  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
855  date > $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
856  cat << EOF >> $SUMMARY  start_date=`date`
857                  T           S           U           V  echo $start_date > $SUMMARY
858  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
859  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  of_path=
860  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
861  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .      if test -r $OPTFILE ; then
862            # get the path
863            path=${OPTFILE%/*}
864            if test "x$path" = x ; then
865                of_path=`pwd`
866            else
867                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
868            fi
869            file=${OPTFILE##*/}
870            OPTFILE=$of_path/$file
871            cp $OPTFILE $DRESULTS
872            echo >> $SUMMARY
873            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
874        else
875            echo | tee $SUMMARY
876            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
877            exit 1
878        fi
879    else
880        echo >> $SUMMARY
881        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
882        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
883    fi
884    echo
885    echo >> $SUMMARY
886    if test "x$ADM" = x ; then
887        line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
888        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
889        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
890        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
891        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
892        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
893            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
894            #  if test "x$tst" = xt ; then
895            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
896            line_1="$line_1        m  s"
897            line_2="$line_2  m  m  e  ."
898            line_3="$line_3  i  a  a  d"
899            line_4="$line_4  n  x  n  ."
900            #  fi
901        done
902        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
903        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
904        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
905        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
906        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
907        echo " "       | tee -a $SUMMARY
908    else
909        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
910        echo >> $SUMMARY
911        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
912    G D M    C  G
913    E p a R  o  r
914    N n k u  s  a
915    2 d e n  t  d
916    
917  EOF  EOF
918    fi
919    
920  NDIR=0  #  ...and each test directory...
921    for dir in $TESTDIRS ; do
922        
923        #  Cleanup only!
924        if test "x$CLEANUP" = xt ; then
925            if test -r $dir/build/Makefile ; then
926                ( cd $dir/build ; make CLEAN )
927            fi
928            if test -r $dir/input/Makefile ; then
929                ( cd $dir/input ; make CLEAN )
930            fi
931            (
932                cd $dir
933                rm -rf tr_run.*
934            )
935            continue
936        fi
937    
938  #  For each optfile...      #  Verify that the testdir exists and contains previous
939  for OPTFILE in $OPTFILES ; do      #  results in the correct location--or skip this directory!
940        fout=
941        if test "x$ADM" = x ; then
942            fout=$dir"/results/output.txt"
943        else
944            fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"
945        fi
946        if test ! -r $fout ; then
947            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
948            continue
949        fi
950        if test "x$ADM" = x ; then
951            check_for_add_mon_output  $fout
952        fi
953    
954      OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"      # Check for additional types of monitor output
955      if test ! -r $OPTFILE ; then  
956          echo "Error: can't read optfile \"$OPTFILE\""      builddir="input"
957          exit 1      rundir="input"
958        use_seperate_build=0
959        if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then
960            builddir="build"
961            rundir="build"
962            use_seperate_build=1
963            linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
964      fi      fi
     echo  
     echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
965            
966      #  ...and each test directory...      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
967      for dir in $TESTDIRS ; do      extra_runs=
968                if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then
969          #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
970          CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR          echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
971          mkdir $CDIR          for exd in $ex_run_dirs ; do
972          CDIR=`pwd`"/$CDIR"              name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
973                outf="$dir/results/output.txt.$name"
974                if test -f $outf -a -r $outf ; then
975                    extra_runs="$extra_runs $name"
976                fi
977            done
978        fi
979    
980          #  ...configue, make, run, and compare the output.      if test "x$ADM" = x ; then
981          echo "-------------------------------------------------------------------------------"          code_dir=code
982          echo          CODE_DIR=$dir/code
983          echo "Experiment:  $dir"      else
984          echo          code_dir=code_ad
985          unset genmake makedepend make run          CODE_DIR=$dir/code_ad
986          results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      fi
987          ( cd $dir/input; rm -f *.{o,f,c,F} *.[f,F]90 work* output.txt Make* make.log; )      BUILD_DIR=$dir/$builddir
         if [ -r $dir/build ]; then  
             seperatebuilddir=1  
             builddir=build  
             rundir=build  
             ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )  
         else  
             seperatebuilddir=0  
             builddir=input  
             rundir=input  
         fi  
988    
989          #  Verify that the testdir exists and contains previous      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
990          #  results in the correct location--or skip this directory!          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
991          if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then          continue
992              echo | tee $SUMMARY      fi
             echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir" \  
                 | tee $SUMMARY  
             continue  
         fi  
993    
994        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
995        echo
996        echo "Experiment:  $dir"
997        echo
998        unset genmake makedepend make run
999        results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1000    
1001        #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1002        rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1003        mkdir $rel_CDIR
1004        CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1005        
1006        if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1007            makeclean $dir/$builddir
1008        else
1009          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1010              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1011                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1012              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1013              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1014              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \
1015              && runmodel $dir/$builddir mitgcmuv && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1016              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
1017        fi
1018        
1019        echo
1020        if test "x$ADM" = x ; then
1021            fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1022          echo          echo
1023          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
1024              ${run:-N} $results          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1025            echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1026            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1027            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1028            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1029    
1030            for ex in $extra_runs ; do
1031                unset run
1032                results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1033                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1034                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1035                mkdir $rel_CDIR
1036                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1037                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1038                for ldir in input.$ex input ; do
1039                    (
1040                        cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1
1041                        ls -1 2>/dev/null \
1042                            | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'
1043                    ) > tr_exrun_links
1044                    (
1045                        cd "$dir/tr_run.$ex"
1046                        cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do
1047                            if test ! "x$i" = x ; then
1048                                test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i
1049                            fi
1050                        done
1051                    )
1052                    test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links
1053                done
1054                ldir=build
1055                (
1056                    cd $dir/tr_run.$ex
1057                    test ! -e mitgcmuv  &&  ln -s "../"$ldir"/"mitgcmuv .
1058                )
1059                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1060                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1061                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1062                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1063                fres="$fres.$ex"
1064                echo
1065                echo "$fres" >> $SUMMARY
1066                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1067                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1068                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1069                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1070                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1071            done
1072        else
1073            fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1074            fres=$fres"$results   $dir"
1075          echo          echo
1076          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
1077              ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
         echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"  
         formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
             ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1078          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1079          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1080          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1081          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1082        fi
1083    
1084          (      postclean $dir/$builddir
1085              cd $DRESULTS      
1086              tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1087              gzip $NDIR".tar"      
1088          )  done
1089    
1090          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1091    echo $start_date >> $SUMMARY
1092    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1093    date >> $SUMMARY
1094    
1095    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1096    #  to send email using mpack.
1097    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1098        echo "No results email was sent."
1099    else
1100        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1101            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1102                && gzip $DRESULTS".tar" \
1103                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1104          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1105          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1106              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1107                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1108                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1109                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1110                echo
1111          else          else
1112              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1113                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1114                echo "  \"$ADDRESSES\""
1115                echo
1116          fi          fi
1117            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1118            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1119        fi
1120    fi
1121    
1122          NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
1123            rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
     done  
 done  
1124    
1125  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1126        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1127        if test -e tr_out.txt ; then
1128            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1129        fi
1130        cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1131    fi
1132    
1133  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1134        rm -rf $DRESULTS
1135    fi
1136    
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