/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.2 by edhill, Mon Sep 1 16:50:27 2003 UTC revision 1.24 by edhill, Sun Nov 30 01:28:51 2003 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of genmake2 \"optfiles\""      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of \"test\" dirs"      echo "                             (DEF=\"noieee\")"
17        echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18        echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19        echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
20        echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"
21        echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"
22        echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
23        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
24        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
25        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
26        echo "  (-command) STRING        command to run"
27        echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28        echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29        echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
31        echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
32        echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
33        echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
34        echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
35        echo
36        echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"
37        echo "such as:"
38        echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
39        echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
40      echo      echo
41      exit 1      exit 1
42  }  }
# Line 23  build_mpack() Line 47  build_mpack()
47      echo -n "building the mpack utility...  "      echo -n "building the mpack utility...  "
48      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
49          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
50                echo
51              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
52              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
53              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
54              exit 1              echo
55                HAVE_MPACK=f
56          fi          fi
57          echo -n "building mpack...  "          echo -n "building mpack...  "
58          ( cd $MPACKDIR && ./configure && make ) > build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1
59          RETVAL=$?          RETVAL=$?
60          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
61              echo              echo
62              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
63              exit 1              echo
64                HAVE_MPACK=f
65            else
66                HAVE_MPACK=t
67          fi          fi
68        else
69            HAVE_MPACK=t
70      fi      fi
71      echo "OK"      echo "OK"
72  }  }
73    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
74  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
75  {  {
76      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir
# Line 60  testoutput_for_prop() Line 82  testoutput_for_prop()
82          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2
83      fi      fi
84      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
85          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
86          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
87          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncnt -lt 3 ]; then
88              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 75  testoutput_for_prop() Line 97  testoutput_for_prop()
97      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
98          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2
99      fi      fi
100      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
101      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
102      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncnt -lt 3 ]; then
103          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
# Line 90  testoutput_for_prop() Line 112  testoutput_for_prop()
112      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
113          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
114      fi      fi
115      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
116      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
117        fi
118        echo "-1" >> tmp3.txt
119        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
120        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
121        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
122      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
123          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
124              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 102  testoutput_for_prop() Line 129  testoutput_for_prop()
129              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
130          fi          fi
131      fi      fi
132      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
133            
134      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
135  }  }
# Line 122  dashnum() Line 149  dashnum()
149      done      done
150  }  }
151    
152    testoutput_ad()
153    {
154        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
155        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
156        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
157        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
158        join t05.txt t15.txt > t5.txt
159        join t06.txt t16.txt > t6.txt
160        echo "-1" >> t5.txt
161        echo "-1" >> t6.txt
162        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
163        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
164        dashnum $digits_5 $digits_6
165        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
166    }
167    
168  testoutput()  testoutput()
169  {  {
170      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir
171      #      #
172      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
173        if test "x$ADM" = x ; then
174      if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then
175          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
176      fi          fi
177      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?
178      if [ $debug -gt 0 ]; then          if [ $debug -gt 0 ]; then
179          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
180            fi
181            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?
182            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?
183            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?
184            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?
185            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?
186            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?
187            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?
188            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?
189            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?
190            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?
191            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?
192            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?
193            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?
194            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?
195            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?
196            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?
197            dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \
198                $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd
199        else
200            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
201      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
202  }  }
203    
204  genmakemodel()  genmakemodel()
205  {  {
206      # genmakemodel directory      # genmakemodel directory
207      GENMAKE2="../../../tools/genmake2"      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
208      (          echo "genmake skipped!"
209          cd $1;      else
210          printf 'genmake ... ' 1>&2          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"
211          # ../../../tools/genmake -ieee -mods=../code > make.log 2>&1          (
212          $GENMAKE2  -ds --mods=../code "--optfile="$OPTFILE > make.log 2>&1              cd $1;
213          RETVAL=$?              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
214          for i in gm_state gm_optfile gm_local Makefile ; do              if test "x$ADM" = x ; then
215              if test -r $i ; then                  command="$command --mods=../code"
216                  cp $i $CDIR              else
217                    command="$command --mods=../code_ad"
218                    command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"
219              fi              fi
220          done              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
221          if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
222              tail make.log              fi
223              echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2              if test "x$IEEE" != x ; then
224              cp make.log $CDIR                  command="$command -ieee"
225              return 1              fi
226          else              printf 'genmake ... ' 1>&2
227              echo "succesful" 1>&2              $command > make.log 2>&1
228          fi              RETVAL=$?
229      )              cp Makefile $CDIR
230                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
231                    tail make.log
232                    echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
233                    cp genmake_* make.log $CDIR
234                    return 1
235                else
236                    echo "successful" 1>&2
237                fi
238            )
239        fi
240  }  }
241    
242  makeclean()  makeclean()
243  {  {
244      # makeclean directory      # makeclean directory
245      (      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
246          cd $1;          echo "make CLEAN skipped!"
247          rm -f output.txt      else
248          printf 'make CLEAN ... ' 2>&1          (
249          if test -r Makefile ; then              cd $1;
250              make CLEAN >> make.log 2>&1              if test -e output.txt ; then
251              RETVAL=$?                  rm -f output.txt
             if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                 tail make.log  
                 echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2  
                 cp make.log $CDIR"/make.log"  
                 return 1  
252              fi              fi
253          fi              printf 'make CLEAN ... ' 2>&1
254          echo succesful 1>&2              if test -r Makefile ; then
255          exit 0                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1
256      )                  RETVAL=$?
257                    if test "x$RETVAL" != x0 ; then
258                        tail make.log
259                        echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2
260                        cp make.log $CDIR"/make.log"
261                        return 1
262                    fi
263                fi
264                echo successful 1>&2
265                exit 0
266            )
267        fi
268  }  }
269    
270  makedependmodel()  makedependmodel()
271  {  {
272      # makedependmodel directory      # makedependmodel directory
273      (      if test "x$NODEPEND" = xt ; then
274          cd $1;          echo "make depend skipped!"
275          printf 'make depend ... ' 1>&2      else
276          make depend >> make.log 2>&1          (
277          RETVAL=$?              cd $1;
278          if test "x$RETVAL" != x0 ; then              printf 'make depend ... ' 1>&2
279              tail make.log              $MAKE depend >> make.log 2>&1
280              echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2              RETVAL=$?
281              cp make.log $CDIR"/make.log"              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
282              return 1                  tail make.log
283          else                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2
284              echo succesful 1>&2                  cp make.log $CDIR"/make.log"
285          fi                  return 1
286      )              else
287                    echo successful 1>&2
288                fi
289            )
290        fi
291  }  }
292    
293  makemodel()  makemodel()
# Line 231  makemodel() Line 297  makemodel()
297          cd $1;          cd $1;
298          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
299              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
300              make >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
301                    $MAKE >> make.log 2>&1
302                else
303                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
304                fi
305              RETVAL=$?              RETVAL=$?
306              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
307                  tail make.log                  tail make.log
# Line 239  makemodel() Line 309  makemodel()
309                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
310                  return 1                  return 1
311              else              else
312                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
313              fi              fi
314          fi          fi
315      )      )
# Line 250  linkdata() Line 320  linkdata()
320      # linkdata flag      # linkdata flag
321      #      #
322      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
323      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test "x$1" = x1 ; then
324          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
325                cd $2
326                if test "x$ADM" = x ; then
327                    files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
328                    for i in $files ; do
329                        if test ! -d "../input/"$i ; then
330                            ln -sf "../input/"$i $i
331                        fi
332                    done
333                else
334                    files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`
335                    for i in $files ; do
336                        if test ! -d "../input/"$i ; then
337                            ln -sf "../input/"$i $i
338                        fi
339                    done
340                    files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
341                    for i in $files ; do
342                        if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
343                            ln -sf "../input_ad/"$i $i
344                        fi
345                    done
346                fi
347            )
348      fi      fi
349  }  }
350    
351  runmodel()  runmodel()
352  {  {
353      # runmodel directory exe      # runmodel directory
354      #      #
355      #  runs the model "exe" in "directory" (exe is relative to directory)      #  runs "$COMMAND in "directory"
356        #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
357      (      (
358          cd $1          cd $1
359          if [ -x $2 ]; then          printf 'runmodel ... ' 1>&2
360              if [ $quick -eq 0 ]; then          # make output.txt
361                  rm -f output.txt          $COMMAND >> run.log 2>&1
362              fi          RETVAL=$?
363              printf 'runmodel: ' 1>&2          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
364              make output.txt              echo successful 1>&2
365              RETVAL=$?              if test "x$ADM" = x ; then
             if test "x$RETVAL" = x0 ; then  
366                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"
                 return 0  
367              else              else
368                  return 1                  cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"
369              fi              fi
370                return 0
371            else
372                tail run.log
373                echo failed 1>&2
374                cp run.log $CDIR"/run.log"
375                return 1
376          fi          fi
377      )      )
378  }  }
# Line 284  createcodelet() Line 382  createcodelet()
382      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
383    
384      echo -n "creating the comparison code...  "      echo -n "creating the comparison code...  "
385      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
386        program cmpnum  #include <stdio.h>
387        implicit none  #include <math.h>
388        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
389        integer linnum,best    int linnum,best;
390        best=-16    double a,b,diff;
391    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -16;
392        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    while( 1 )  {
393  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff      scanf("%d", &linnum);
394        if (diff.gt.1.e-12) then      if (linnum == -1)  break;
395          diff=abs(a-b)/diff      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
396          if (diff.gt.0.) then      diff = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
397  c         print *,int(log10(diff)),diff      if (diff > 1.e-12) {
398            linnum=int(log10(diff))        diff=fabs(a-b)/diff;
399            best=max(best,linnum)        if (diff > 0.0) {
400          endif          linnum = (int)log10(diff);
401        else          best = (best > linnum) ? best : linnum;
402          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22        }
403        endif        else {
404        goto 99          if (best == -16 && diff != 0)  best = -22;
405    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'        }
406    70  print *,-best      }
407        end    }
408  EOFA    printf("%d\n", -best);
409      return 0;
410    }
411    EOF
412        cc -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
413    
414      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
415          echo "OK"          echo "OK"
416          return 0          return 0
417      else      else
418          echo          echo
419          echo "createcodelet: failed to compile codelet" | tee          echo "ERROR: failed to compile comparison code"
420          exit 1          exit 1
421      fi      fi
422  }  }
# Line 347  show_help() Line 448  show_help()
448  {  {
449      cat - << EOF      cat - << EOF
450  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]
451   -help      Show this help message  
452   -quick     Skip "genmake" and "make depend" if the Makefile exists   -help|-h      Show this help message
453   -quiet     Reduce the amount of output   -quiet     Reduce the amount of output
454   -verbose   Produce copious amounts of output   -verbose   Produce copious amounts of output
455   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most
456   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.   -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.
457   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.   -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
458   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files   -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files
459              and then exits. Use with care.              and then exits. Use with care.
460    
# Line 376  scandirs() Line 476  scandirs()
476    
477    
478  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
479    
480    
481  #  Default properties  #  Default properties
482  debug=0  debug=0
483  verbose=1  verbose=1
 quick=0  
484  clean=0  clean=0
 ieee=1  
485  expts=''  expts=''
486    # ieee=1
487    
488    IEEE=
489    if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
490        IEEE=$MITGCM_IEEE
491    fi
492    
493  OPTFILES=  
494  ADDRESSES=edhill@mitgcm.org  CLEANUP=f
495    QUICK=f
496    NOGENMAKE=f
497    NOCLEAN=f
498    NODEPEND=f
499    
500    BASH=
501    OPTFILE=NONE
502    ADDRESSES=
503  TESTDIRS=  TESTDIRS=
504  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
505    HAVE_MPACK=
506  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
507    COMMAND=
508    MAKE=make
509    MPI=f
510    
511    ADM=
512    
513  echo -n "parsing options...  "  echo -n "parsing options...  "
514    
# Line 414  for ac_option ; do Line 530  for ac_option ; do
530              usage ;;              usage ;;
531                    
532          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile | --optfile | -of | --of)
533              ac_prev=OPTFILES ;;              ac_prev=OPTFILE ;;
534          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)
535              OPTFILES=$ac_optarg ;;              OPTFILE=$ac_optarg ;;
536                    
537          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
538              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
# Line 428  for ac_option ; do Line 544  for ac_option ; do
544          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
545              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
546    
547          -quick) quick=1 ;;          -bash | --bash | -b | --b)
548                ac_prev=BASH ;;
549            -bash=* | --bash=*)
550                BASH=$ac_optarg ;;
551    
552            -command | --command | -c | --c)
553                ac_prev=COMMAND ;;
554            -command=* | --command=*)
555                COMMAND=$ac_optarg ;;
556    
557            -make | --make | -m | --m)
558                ac_prev=MAKE ;;
559            -make=* | --make=*)
560                MAKE=$ac_optarg ;;
561    
562            -clean | --clean)
563                CLEANUP=t ;;
564    
565            -quick | --quick | -q | --q)
566                QUICK=t ;;
567            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
568                NOGENMAKE=t ;;
569            -noclean | --noclean | -nc | --nc)
570                NOCLEAN=t ;;
571            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
572                NODEPEND=t ;;
573    
574            -mpi) MPI=t ;;
575    
576            -adm | -ad) ADM=t ;;
577    
578            -ieee) IEEE=true ;;
579            -noieee) IEEE= ;;
580    
581          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
582          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
         -clean) clean=1 ;;  
         -noieee) ieee=0 ;;  
583          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
584    
585          -*)          -*)
# Line 449  for ac_option ; do Line 596  for ac_option ; do
596            
597  done  done
598    
599    if test "x$QUICK" = xt ; then
600        NOGENMAKE=t
601        NOCLEAN=t
602        NODEPEND=t
603    fi
604    
605  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
606      TESTDIRS=`scandirs`      TESTDIRS=`scandirs`
607  fi  fi
608    
609    if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
610        OPTFILE=$MITGCM_OF
611    fi
612    
613    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
614        COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"
615    fi
616    
617    if test "x$COMMAND" = x ; then
618        COMMAND="make output.txt"
619    fi
620    
621  echo "OK"  echo "OK"
622    
623  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
# Line 475  done Line 640  done
640  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
641  RETVAL=$?  RETVAL=$?
642  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
643      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
644      exit 1      exit 1
645  fi  fi
646  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
647  date > $SUMMARY  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY
648  cat << EOF >> $SUMMARY  start_date=`date`
649    echo $start_date > $SUMMARY
650    
651    of_path=
652    if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
653        if test -r $OPTFILE ; then
654            # get the path
655            path=${OPTFILE%/*}
656            if test "x$path" = x ; then
657                of_path=`pwd`
658            else
659                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
660            fi
661            file=${OPTFILE##*/}
662            OPTFILE=$of_path/$file
663            cp $OPTFILE $DRESULTS
664            echo >> $SUMMARY
665            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
666        else
667            echo | tee $SUMMARY
668            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
669            exit 1
670        fi
671    else
672        echo >> $SUMMARY
673        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
674        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
675    fi
676    echo
677    echo >> $SUMMARY
678    if test "x$ADM" = x ; then
679        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
680                  T           S           U           V                  T           S           U           V
681  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s
682  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .
# Line 488  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a Line 684  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a
684  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .
685    
686  EOF  EOF
687    else
688        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
689        echo >> $SUMMARY
690        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
691    G D M    C  G
692    E p a R  o  r
693    N n k u  s  a
694    2 d e n  t  d
695    
696  NDIR=0  EOF
697    fi
 #  For each optfile...  
 for OPTFILE in $OPTFILES ; do  
698    
699      OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"  #  ...and each test directory...
700      if test ! -r $OPTFILE ; then  for dir in $TESTDIRS ; do
         echo "Error: can't read optfile \"$OPTFILE\""  
         exit 1  
     fi  
     echo  
     echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
701            
702      #  ...and each test directory...      #  Cleanup only!
703      for dir in $TESTDIRS ; do      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
704                    if test -r $dir/build/Makefile ; then
705          #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination              ( cd $dir/build ; make CLEAN )
706          CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR          fi
707          mkdir $CDIR          if test -r $dir/input/Makefile ; then
708          CDIR=`pwd`"/$CDIR"              ( cd $dir/input ; make CLEAN )
709            fi
710            continue
711        fi
712    
713        #  Verify that the testdir exists and contains previous
714        #  results in the correct location--or skip this directory!
715        fout=
716        if test "x$ADM" = x ; then
717            fout=$dir"/results/output.txt"
718        else
719            fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"
720        fi
721        if test ! -r $fout ; then
722            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
723            continue
724        fi
725    
726          #  ...configue, make, run, and compare the output.      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
727          echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo
728          echo      echo "Experiment:  $dir"
729          echo "Experiment:  $dir"      echo
730          echo      unset genmake makedepend make run
731          unset genmake makedepend make run      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
         results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
         ( cd $dir/input; rm -f *.{o,f,c,F} *.[f,F]90 work* output.txt Make* make.log; )  
         if [ -r $dir/build ]; then  
             seperatebuilddir=1  
             builddir=build  
             rundir=build  
             ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )  
         else  
             seperatebuilddir=0  
             builddir=input  
             rundir=input  
         fi  
732    
733          #  Verify that the testdir exists and contains previous      builddir="input"
734          #  results in the correct location--or skip this directory!      rundir="input"
735          if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      use_seperate_build=0
736              echo | tee $SUMMARY      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then
737              echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir" \          builddir="build"
738                  | tee $SUMMARY          rundir="build"
739              continue          use_seperate_build=1
740            linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
741        fi
742        
743        if test "x$ADM" = x ; then
744            CODE_DIR=$dir/code
745        else
746            CODE_DIR=$dir/code_ad
747        fi
748        BUILD_DIR=$dir/$builddir
749        MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"
750        NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"
751    
752        #  Is this an MPI run?
753        if test "x$MPI" = xt ; then
754            FILES=$MPI_FILES
755            endings="_mpi"
756        else
757            FILES=$NOMPI_FILES
758            endings="_nompi"
759        fi
760        
761        #  Check to see that we have the files
762        have_files=t
763        for i in $FILES ; do
764            if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then
765                echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"
766                have_files=f
767          fi          fi
768        done
769        if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then
770            echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"
771            continue
772        fi
773        
774        #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR
775        if test "x$have_files" = xt ; then
776            for i in $FILES ; do
777                sstr="s|$endings||"
778                name=`echo $i | sed -e $sstr `
779                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
780                RETVAL=$?
781                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
782                    cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name
783                fi
784            done
785        fi
786        
787        #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
788        rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
789        mkdir $rel_CDIR
790        CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
791        
792        if test "x$CLEANUP" = xt ; then
793            makeclean $dir/$builddir
794        else
795          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
796              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
797              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
798              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
799              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \
800              && runmodel $dir/$builddir mitgcmuv && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
801              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput $dir $rundir`
802          echo      fi
803          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      
804              ${run:-N} $results      echo
805          echo      if test "x$ADM" = x ; then
806          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
807              ${run:-N} $results >> $SUMMARY      else
808          echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
809          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          fres=$fres"$results   $dir"
810              ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"      fi
811          echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"      echo
812          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"      echo "$fres" >> $SUMMARY
813          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"      echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
814          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
815          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
816        echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
817          (      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
818              cd $DRESULTS      
819              tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
820              gzip $NDIR".tar"      
821          )  done
822    
823          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY
824    echo $start_date >> $SUMMARY
825    echo -n "End time:    " >> $SUMMARY
826    date >> $SUMMARY
827    
828    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
829    #  to send email using mpack.
830    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
831        echo "No results email was sent."
832    else
833        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
834            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
835                && gzip $DRESULTS".tar" \
836                && $MPACK -s MITgcm-test -m 1500000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
837          RETVAL=$?          RETVAL=$?
838          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
839              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
840                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
841                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
842                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
843                echo
844          else          else
845              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
846                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
847                echo "  \"$ADDRESSES\""
848                echo
849          fi          fi
850            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
851            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
852        fi
853    fi
854    
855          NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
856            rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
     done  
 done  
   
 rm tmp_cmpnum.f a.out  
857    
858  cat $SUMMARY  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
859        cat $SUMMARY
860        if test -e tr.out ; then
861            mv tr.out tr.out.old
862        fi
863        cat $SUMMARY > tr.out
864    fi
865    
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