/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
ViewVC logotype

Diff of /MITgcm/verification/testreport

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Revision Graph Revision Graph | View Patch Patch

revision 1.2 by edhill, Mon Sep 1 16:50:27 2003 UTC revision 1.172 by jmc, Wed May 2 14:30:28 2012 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of genmake2 \"optfiles\""      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of \"test\" dirs"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17        echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18        echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19        echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20        echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21        echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22        echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23        echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
24        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
25        echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
26        echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
27        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
28        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
29        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
30        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
31        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
32        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
33        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
34        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
35        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
36        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
37        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
38        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
39        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
40        echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
41        echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
42        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
43        echo "                             (DEF=\"make\")"
44        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
45        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
46    #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
47    #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
48        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
49        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
50        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
51        echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
52        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
53        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
54        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
55        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
56        echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
57        echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
58        echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
59        echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
60        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
61        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
62        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
63        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
64        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
65        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
66        echo
67        echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
68        echo "such as:"
69        echo
70        echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
71        echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
72        echo
73        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
74        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
75      echo      echo
76      exit 1      exit 1
77  }  }
# Line 20  usage() Line 79  usage()
79  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
80  build_mpack()  build_mpack()
81  {  {
82      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
83      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
84        if test ! -x $MPACK ; then
85          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
86                echo
87              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
88              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
89              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
90              exit 1              echo
91                HAVE_MPACK=f
92          fi          fi
93          echo -n "building mpack...  "          if test "x$CC" = x ; then
94          ( cd $MPACKDIR && ./configure && make ) > build_mpack.out 2>&1              export CC=cc
95            fi
96            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
97            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
98          RETVAL=$?          RETVAL=$?
99          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
100              echo              echo
101              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
102              exit 1              echo
103                HAVE_MPACK=f
104            else
105                rm -f tr_build_mpack.out
106                HAVE_MPACK=t
107                echo "done"
108          fi          fi
109        else
110            HAVE_MPACK=t
111            echo "already exist"
112      fi      fi
     echo "OK"  
 }  
   
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
113  }  }
114    
115  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
116  {  {
117      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
118      #      #
119      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
120      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
121        #  using search strings s1 and text label
122    
123      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
124          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
125      fi      fi
126      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
127          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
128          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
129          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
130              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
131                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
132              fi              fi
133              return 99              return 99
134          fi          fi
135      else      else
136          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
137          return 99          return 99
138      fi      fi
139      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
140          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
141      fi      fi
142      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
143      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
144      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
145          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
146              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
147          fi          fi
148          return 99          return 99
149      fi      fi
150        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
151            if [ $verbose -gt 0 ]; then
152                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
153            fi
154            return 99
155        fi
156        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
157        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
158            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
159            return 99
160        fi
161        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
162        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
163            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
164            return 99
165        fi
166      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
167          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
168      fi      fi
169      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
170      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
171          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
172      fi      fi
173      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
174      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
175        fi
176        echo "-1" >> tmp3.txt
177        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
178        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
179        digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
180      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
181          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
182              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
183          fi          fi
184          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
185      else      else
186          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
187              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
188          fi          fi
189      fi      fi
190      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
191        
192      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
193  }  }
194    
195  dashnum()  testoutput_run()
196  {  {
197      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
198      #      #
199      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
200    # --> same processing for adjoint & forward test
201            # default list of output variables to be checked:
202            #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
203            #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
204            listChk=$DEF_CHECK_LIST
205            #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
206            if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
207            sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
208            # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
209            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
210                                   | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
211            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
212            # check for ptracer output in reference_output file :
213            outpref=$1/results/$3
214            ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
215            ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
216            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
217                ptrfound=0
218                for jj in $ptr_mon ; do
219                    name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
220                    tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
221                    if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
222                done
223                if test $ptrfound = '1' ; then
224                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
225                else
226                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
227                  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
228                  # remove this ptr from the list of output variable to check
229                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
230                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
231                  fi
232                fi
233            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
234            done
235            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
236            if test $tst != 1 ; then
237              if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
238                     else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
239              echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
240            #- put it back once:
241              listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
242            fi
243            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
244            echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
245            #---
246            allargs=""
247            for xx in $listVar
248            do
249              case $xx in
250               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
251                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
252                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
253                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
254              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $3; yy=$? ;;
255             'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $3; yy=$? ;;
256             'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $3; yy=$? ;;
257               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
258               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
259               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
260               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
261               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
262               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
263               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
264               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
265               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
266               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
267               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
268               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
269               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
270               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
271               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
272               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
273            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
274               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
275            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
277            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
278               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
279            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
280               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
281             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
282             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
283             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
284             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
285             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
286             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
287             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
288             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
289             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
290             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
291             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
292             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
293             'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $3; yy=$? ;;
294             'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $3; yy=$? ;;
295             'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $3; yy=$? ;;
296             'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
297             'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $3; yy=$? ;;
298             'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $3; yy=$? ;;
299             'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $3; yy=$? ;;
300             'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
301            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
302            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
303            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
304            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
305            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
306            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
307                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
308              esac
309              if test $xx = $sVar
310              then allargs="$allargs > $yy <"
311              else allargs="$allargs $yy"
312              fi
313            done
314    
315            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
316            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
317            #-- fill line (up to standard length) with dot:
318              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
319              echo $allargs $adNul
320            else
321              echo $allargs
322            fi
323    # <-- same processing for adjoint & forward test
324    }
325    
326      for num in $@ ; do  genmakemodel()
327          if [ $num = 99 ]; then  {
328              printf ' --'      # genmakemodel directory
329        if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
330            echo "genmake skipped!"
331        else
332            if test "x$BASH" = x ; then
333                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
334          else          else
335              printf '%3i' $num              GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
336          fi          fi
337      done          (
338                cd $1;
339                command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
340                if test "x$MKDEPEND" != x ; then
341                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
342                fi
343                if test "x$ADM" = xt ; then
344                    command="$command --mods=../code_ad"
345                elif test "x$OADM" = xt ; then
346                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
347                else
348                    command="$command -mods=../code"
349                fi
350                if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
351                    command="$command -optfile=$OPTFILE"
352                fi
353                if test $OptLev = 1 ; then
354                    command="$command -ieee"
355                fi
356                if test $OptLev = 0 ; then
357                    command="$command -devel"
358                fi
359                if test "x$GSL" = xt ; then
360                    command="$command -gsl"
361                fi
362                if test "x$MPI" != x0 ; then
363                    command="$command -mpi"
364                fi
365                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
366                #- run multi-threaded using OpenMP:
367                    command="$command -omp"
368                fi
369                if test "x$USE_R4" = xt ; then
370                    command="$command -use_r4"
371                fi
372                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
373                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
374                fi
375                if test "x$TS" = xt ; then
376                    command="$command -ts"
377                fi
378                if test "x$PAPIS" = xt ; then
379                    command="$command -papis"
380                else
381                if test "x$PCLS" = xt ; then
382                    command="$command -pcls"
383                fi
384                fi
385                printf 'genmake ... '
386                eval $command > genmake.tr_log 2>&1
387                RETVAL=$?
388                #  Reduce the size of the testing emails!
389                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
390                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
391                    tail genmake.tr_log
392                    echo "genmakemodel: genmake failed"
393                    cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
394                    return 1
395                else
396                    echo "successful"
397                fi
398            )
399        fi
400  }  }
401    
402  testoutput()  makeclean()
403  {  {
404      # testoutput diretory subdir      # makeclean directory
405      #      if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
406      #  test output in "directory"      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
407            echo "make Clean skipped!"
408      if [ $debug -gt 0 ]; then      else
409          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          (
410                cd $1;
411                #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
412                if test -r Makefile ; then
413                    printf 'clean build-dir: make Clean ... '
414                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
415                    RETVAL=$?
416                    if test "x$RETVAL" != x0 ; then
417                        tail make.tr_log
418                        echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
419                        cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
420                        return 1
421                    fi
422                    echo successful
423                else
424                    echo ''
425                fi
426                exit 0
427            )
428      fi      fi
429      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?  }
430      if [ $debug -gt 0 ]; then  
431          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2  run_clean()
432    {
433        # run_clean directory
434        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
435            echo "run_clean skipped!"
436        else
437            (
438                cd $1;
439                printf 'clean run-dir ... '
440                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
441                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
442                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
443                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
444                find . -type l -exec rm {} \;
445                #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
446                rm -f $RUNLOG *.txt STD* w2_tile_topology.????.log *diagnostics.log datetime
447                rm -rf mnc_test_*
448                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
449                echo successful
450                exit 0
451            )
452      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
453  }  }
454    
455  genmakemodel()  makedependmodel()
456  {  {
457      # genmakemodel directory      # makedependmodel directory
458      GENMAKE2="../../../tools/genmake2"      if test "x$NODEPEND" = xt ; then
459      (          echo "make depend skipped!"
460          cd $1;      else
461          printf 'genmake ... ' 1>&2          (
462          # ../../../tools/genmake -ieee -mods=../code > make.log 2>&1              cd $1;
463          $GENMAKE2  -ds --mods=../code "--optfile="$OPTFILE > make.log 2>&1              printf 'make depend ... '
464          RETVAL=$?              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
465          for i in gm_state gm_optfile gm_local Makefile ; do              RETVAL=$?
466              if test -r $i ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
467                  cp $i $CDIR                  tail make.tr_log
468                    echo "makedependmodel: make depend failed"
469                    cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
470                    return 1
471                else
472                    echo successful
473              fi              fi
474          done          )
475          if test "x$RETVAL" != x0 ; then      fi
             tail make.log  
             echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2  
             cp make.log $CDIR  
             return 1  
         else  
             echo "succesful" 1>&2  
         fi  
     )  
476  }  }
477    
478  makeclean()  makemodel()
479  {  {
480      # makeclean directory      # makemodel directory
481      (      (
482        mk_fail=0
483        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
484            cd $1;
485            if test -x $EXECUTABLE ; then
486                echo "make skipped!"
487            else
488                echo "no executable!"
489                mk_fail=3
490            fi
491        else
492          cd $1;          cd $1;
         rm -f output.txt  
         printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
493          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
494              make CLEAN >> make.log 2>&1              printf 'make ... '
495                if test "x$REPLMAKE" = x ; then
496                    $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
497                else
498                    $REPLMAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
499                fi
500              RETVAL=$?              RETVAL=$?
501              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
502                  tail make.log                  tail make.tr_log
503                  echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                  echo failed
504                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
505                  return 1                  tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
506                    rm -f $EXECUTABLE
507                    mk_fail=1
508                else
509                    echo successful
510              fi              fi
511            else
512                echo "no Makefile !"
513                mk_fail=2
514          fi          fi
515          echo succesful 1>&2      fi
516          exit 0      if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
517                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
518                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
519                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
520                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
521                                    >> $CDIR"/summary.txt"
522        fi
523        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
524      )      )
525  }  }
526    
527  makedependmodel()  mk_mpi_size()
528  {  {
529      # makedependmodel directory      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X
530      (      #
531          cd $1;      # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
532          printf 'make depend ... ' 1>&2      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
533          make depend >> make.log 2>&1      # return the effective number of processors.
534          RETVAL=$?  
535          if test "x$RETVAL" != x0 ; then      inp=$1
536              tail make.log      out=$2
537              echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2      np=$3
538              cp make.log $CDIR"/make.log"      dirX=$4
539              return 1      tmp=TTT.$$
540          else  
541              echo succesful 1>&2      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
542          fi      py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
543      )      sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
544        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
545    
546        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
547        pp=0
548        i=1
549        while [ $i -le $px ] ; do
550          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
551            j=1
552            while [ $j -le $py ] ; do
553              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
554                ij=`expr $i \* $j`
555                if [ $ij -gt $pp ] ; then
556                    flag=1
557                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
558                    flag=$dirX
559                else
560                    flag=0
561                fi
562                if test $flag = 1 ; then
563                  if [ $ij -le $np ] ; then
564                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
565                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
566                  fi
567                fi
568              fi
569              j=`expr $j + 1`
570            done
571          fi
572          i=`expr $i + 1`
573        done
574    
575        #- create new SIZE.h type file:
576        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
577        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
578        if [ $verbose -gt 1 ]; then
579            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
580        fi
581        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
582        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
583        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
584        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
585        rm -f $tmp
586        return $pp
587  }  }
588    
589  makemodel()  symlink_mpifiles()
590  {  {
591      # makemodel directory      # Put special links so that MPI specific files are used
592      (      # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
593          cd $1;      # the Makefile will link to non-mpi files by default
594          if test -r Makefile ; then  
595              printf 'make ... ' 1>&2      dir=$1
596              make >> make.log 2>&1      code_dir=$2
597        build_dir=$dir/$3
598    
599        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
600        MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
601    
602        for ii in $MPI_FILES ; do
603            i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
604            name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
605            file="../$code_dir/$i"
606            if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
607    
608            #  Is this an MPI run?
609            if test "x$MPI" = x0 ; then
610                # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
611                if test -L $build_dir/$name ; then
612                    ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
613                    RETVAL=$?
614                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
615                        if [ $verbose -gt 1 ]; then
616                            echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
617                        rm -f $build_dir/$name
618                    fi
619                fi
620            else
621                # YES: We symbolically link these files to the build
622                # dir so long as there is no real file in place
623                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
624              RETVAL=$?              RETVAL=$?
625                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
626              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
627                  tail make.log                  if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
628                  echo failed 1>&2                  if test ! -r $build_dir/$name ; then
629                  cp make.log $CDIR"/make.log"                      if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
630                  return 1                      (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
631              else                  fi
                 echo succesful 1>&2  
632              fi              fi
633          fi          fi
634      )      done
635  }  }
636    
637  linkdata()  linkdata()
638  {  {
639      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
640      #      #
641      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
642      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test -d $1 ; then
643          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
644                cd $1 ; shift
645                echo 'linkdata from dirs:' $*
646                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
647                for xx in $inpMPI ; do
648                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
649                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
650                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
651                    if test "x$MPI" = "x0" ; then
652                        # not mpi test: remove symbolic link
653                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
654                    else
655                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
656                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
657                        if test ! -r $yy ; then
658                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
659                            printf " $xx" 1>&2
660                        fi
661                    fi
662                  fi
663                done
664                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
665                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
666                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
667                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
668                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
669                        if test ! -r eedata ; then
670                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
671                            printf ' eedata.mth' 1>&2
672                        fi
673                    else
674                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
675                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
676                    fi
677                fi
678                prevDir='NONE'
679                for ldir in $* ; do
680                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
681                        printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
682                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
683                        for i in $files ; do
684                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
685                                if test ! -r $i  ; then
686                                    printf ' '$i 1>&2
687                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
688                                fi
689                            fi
690                        done
691                        printf ' ;' 1>&2
692                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
693                            "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
694                        else
695                            echo '' 1>&2
696                        fi
697                    fi
698                    prevDir=$ldir
699                done
700            )
701      fi      fi
702  }  }
703    
704  runmodel()  runmodel()
705  {  {
706      # runmodel directory exe      # runmodel directory
707      #      #
708      #  runs the model "exe" in "directory" (exe is relative to directory)      #  runs $COMMAND in "directory"
709        #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
710      (      (
711          cd $1          cd $1
712          if [ -x $2 ]; then          printf 'runmodel in %s ... ' $1
713              if [ $quick -eq 0 ]; then          if test "x$MPI" != x0 ; then
714                  rm -f output.txt              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
715                #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
716                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
717                if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
718                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
719              fi              fi
720              printf 'runmodel: ' 1>&2              #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
721              make output.txt          fi
722            if test -L $EXECUTABLE ; then
723              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
724                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
725                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
726              else rm -f $EXECUTABLE
727              fi
728            fi
729            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
730                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
731                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
732            fi
733            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
734                rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
735                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
736                echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
737                RETVAL=8
738                ENDVAL=-1
739            else
740              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
741                # output do not exist or is older than executable:
742                rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
743                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
744                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
745              RETVAL=$?              RETVAL=$?
746              if test "x$RETVAL" = x0 ; then              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
747                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
748                  return 0                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
749              else                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
750                  return 1                  rm -rf mnc_test_*
751              fi              fi
752              else
753                RETVAL=0
754                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
755                touch $RUNLOG
756                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
757                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
758              fi
759            fi
760            rm -f run.log_tmp
761            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
762            if test -f $OUTPUTFILE ; then
763              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
764                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
765              if test "x$ADM" = xt ; then
766                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
767              fi
768            fi
769            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
770            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
771                echo successful
772                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
773                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
774                return 0
775            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
776                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
777                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
778                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
779                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
780                return 0
781            else
782                echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
783                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
784                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
785                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
786                return 1
787          fi          fi
788      )      )
789  }  }
# Line 283  createcodelet() Line 792  createcodelet()
792  {  {
793      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
794    
795      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
796      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
797        program cmpnum  #include <stdio.h>
798        implicit none  #include <math.h>
799        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
800        integer linnum,best    int linnum,cmplin,best,lncnt;
801        best=-16    double a,b,abave,relerr;
802    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
803        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
804  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
805        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
806          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
807          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
808  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
809            linnum=int(log10(diff))      if ( abave == abave ) {
810            best=max(best,linnum)        if (abave > 0.0) {
811          endif          relerr=fabs(a-b)/abave;
812        else          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
813          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          else { cmplin = -16 ; }
814        endif          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
815        goto 99        else { cmplin = -22 ; }
816    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
817    70  print *,-best        }
818        end     else {
819  EOFA     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
820          break; }
821      }
822      if (lncnt == 999) best=-29;
823      if (linnum != -1) best=-99;
824      printf("%d\n", -best);
825      return 0;
826    }
827    EOF
828        $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
829    
830      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
831          echo "OK"          echo "OK"
832          return 0          return 0
833      else      else
834          echo          echo
835          echo "createcodelet: failed to compile codelet" | tee          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
836            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
837          exit 1          exit 1
838      fi      fi
839  }  }
# Line 327  formatresults() Line 845  formatresults()
845      nm=$1      nm=$1
846      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
847      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
848      printf '%3s' $@      listPrt=$@
849            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
850      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
851        printf '%3s' $listPrt
852    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
853    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
854    
855        if [ $xx = '..' ]; then
856            printf ' N/O '
857        elif [ $xx = '--' ]; then
858            printf ' N/O '
859        elif [ $xx = 99 ]; then
860          printf ' N/O '          printf ' N/O '
861      else      else
862          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
863              printf ' pass'              printf ' pass'
864          else          else
865              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 340  formatresults() Line 867  formatresults()
867      fi      fi
868      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
869      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
   
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
  -help      Show this help message  
  -quick     Skip "genmake" and "make depend" if the Makefile exists  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
870    
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
871  }  }
872    
873  scandirs()  scandirs()
874  {  {
875      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
876          for arg in * ; do          for arg in * ; do
877              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
878          done          done
879      else      else
880          echo $*          echo $*
881      fi      fi
882  }  }
883    
884    
885  ###############################################################################  check_eedata()
886  ###############################################################################  {
887        # check_eedata eedata size.h
888        if [ $# -eq 2 ] ; then
889         if test -f $1 -a -f $2 ; then
890          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
891          sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
892          if test "x$nx" = x ; then
893            rx=10
894          else
895            rx=`expr $sx % $nx`
896          fi
897          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
898          sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
899          if test "x$ny" = x ; then
900            ry=20
901          else
902            ry=`expr $sy % $ny`
903          fi
904          echo `expr $rx + $ry`
905         else
906          echo '-1'
907         fi
908        elif [ $# -eq 1 ] ; then
909         if test -f $1 ; then
910          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
911          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
912          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
913          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
914         #echo $nx $ny
915          echo $nx
916         else
917          echo '-1'
918         fi
919        else
920          echo '-2'
921        fi
922    
923    }
924    
925  ###############################################################################  ###############################################################################
926    
927    
928  #  Default properties  #  Default properties
929  debug=0  debug=0
930  verbose=1  verbose=1
931  quick=0  NBLINES_MKLOG=16000
 clean=0  
 ieee=1  
 expts=''  
932    
933  OPTFILES=  OptLev=1
934  ADDRESSES=edhill@mitgcm.org  GSL=f
935    
936    CLEANUP=f
937    NORUN=f
938    QUICK=f
939    NOMAKE=f
940    NOGENMAKE=f
941    NOCLEAN=f
942    NODEPEND=f
943    POSTCLEAN=0
944    
945    BASH=
946    OPTFILE=NONE
947    ADDRESSES=
948  TESTDIRS=  TESTDIRS=
949    SKIPDIRS=
950  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
951  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  HAVE_MPACK=
952    MPACK=
953    COMMAND=
954    MKDEPEND=
955    if test "x$MAKE" = x ; then
956        MAKE=make
957    fi
958    REPLMAKE=
959    if test "x$CC" = x ; then
960        CC=cc
961    fi
962    JOBS=
963    TARG=
964    MPI=0
965    MPI_MFILE=
966    MULTI_THREAD=f
967    OUTDIR=
968    DELDIR=
969    USE_R4=
970    EXTRFLG=
971    
972    ADM=
973    OADM=
974    
975    # list of pTracers to check for monitor output
976    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
977    
978    MATCH_CRIT=10
979    
980  echo -n "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
981    
982  ac_prev=  ac_prev=
983  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 407  for ac_option ; do Line 990  for ac_option ; do
990      fi      fi
991    
992      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
993        
994      case $ac_option in      case $ac_option in
995                    
996          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
997              usage ;;  
998                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
999          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
1000              ac_prev=OPTFILES ;;  
1001          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1002              OPTFILES=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1003                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1004          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1005              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1006          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1007              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1008            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1009          -tdir | --tdir | -t | --t)          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1010              ac_prev=TESTDIRS ;;  
1011          -tdir=* | --tdir=*)          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1012              TESTDIRS=$ac_optarg ;;          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1013    
1014            -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1015            -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1016    
1017            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1018            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1019    
1020            -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1021            -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1022    
1023            -repl_mk | --repl_mk ) ac_prev=REPLMAKE ;;
1024            -repl_mk=* | --repl_mk=*) REPLMAKE=$ac_optarg ;;
1025    
1026            -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1027            -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1028    
1029            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1030            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
1031    
1032            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1033            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1034    
1035            -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1036            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1037    
1038            -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1039            -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1040    
1041            -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1042    
1043            -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1044            -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1045            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1046            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1047            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1048            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1049            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1050    
1051            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1052            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1053    
1054            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1055            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1056            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1057    
1058            -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1059            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1060    
1061            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1062    
1063            -adm | -ad) ADM=t ;;
1064            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1065    
1066            -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1067                     printf " ... " ;;
1068            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1069                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1070            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1071            -devel) OptLev=0 ;;
1072            -gsl) GSL=t ;;
1073    
         -quick) quick=1 ;;  
1074          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1075          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
         -clean) clean=1 ;;  
         -noieee) ieee=0 ;;  
1076          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
1077    
1078          -*)          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1079              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option  
1080              usage          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1081              ;;  
1082                    -ts) TS=t;;
1083          *)          -papis) PAPIS=t;;
1084              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option          -pcls) PCL=t;;
1085              usage  
1086              ;;          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1087                        usage ;;
1088            *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1089                usage ;;
1090    
1091       esac       esac
1092        
1093  done  done
1094    
1095    if test "x$QUICK" = xt ; then
1096        NOGENMAKE=t
1097        NOCLEAN=t
1098        NODEPEND=t
1099    fi
1100    
1101    #- check length of MPI machine file:
1102    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1103        if test -r $MPI_MFILE ; then
1104            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1105            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1106              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1107              usage
1108            fi
1109            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1110                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1111            fi
1112        else
1113              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1114              usage
1115        fi
1116    fi
1117    
1118    #- setting for forward or ADM testing
1119    if test "x$ADM" = xt ; then
1120        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1121        code_dir=code_ad
1122        inputdir=input_ad
1123        ref_outp="output_adm.txt"
1124        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1125    elif test "x$OADM" = xt ; then
1126        TARG=adAll
1127        code_dir=code_oad
1128        inputdir=input_oad
1129        ref_outp="output_oadm.txt"
1130        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1131    else
1132        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1133        code_dir=code
1134        inputdir=input
1135        ref_outp="output.txt"
1136        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1137    fi
1138    
1139    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1140  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1141      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1142    elif test $xx = 'start_from' ; then
1143        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1144        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1145    else
1146        #- expand group of experiments:
1147        LIST=" "
1148        for xx in $TESTDIRS
1149        do
1150          case $xx in
1151            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1152                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1153                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1154                    ;;
1155            'tutorials')
1156                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1157            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1158          esac
1159        done
1160    fi
1161    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1162    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1163    TESTDIRS=" "
1164    count=0
1165    for xx in $LIST
1166    do
1167        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1168        if test $yy = 0 ; then
1169            if test -d $xx ; then
1170                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1171                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1172            else count=1 ;
1173                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1174            fi
1175        else
1176            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1177            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1178            fi
1179        fi
1180    done
1181    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1182    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1183    
1184    if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1185        OPTFILE=$MITGCM_OF
1186    fi
1187    
1188    LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1189    RUNLOG="run.tr_log"
1190    OUTPUTFILE=$ref_outp
1191    if test "x$COMMAND" = x ; then
1192        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1193  fi  fi
1194    if test "x$MPI" != x0 ; then
1195        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1196    fi
1197    
1198    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1199    
1200  echo "OK"  # set the Default List of output variables to be checked:
1201    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1202    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1203    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1204    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1205        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1206        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1207        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1208        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1209        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1210    else
1211        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1212        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1213        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1214    fi
1215    
1216  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1217  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1218        echo "skipping comparison code build"
1219    else
1220        createcodelet
1221    fi
1222    
1223  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1224  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1225        echo "skipping mpack build"
1226    else
1227        build_mpack
1228    fi
1229    
1230  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1231    CMDLINE=$0
1232    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1233        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1234                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1235    done
1236    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1237  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1238  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1239  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1240  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1241    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1242        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1243    else
1244        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1245        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1246    fi
1247  DNUM=0  DNUM=0
1248  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1249  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 475  done Line 1253  done
1253  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
1254  RETVAL=$?  RETVAL=$?
1255  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1256      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
1257      exit 1      exit 1
1258  fi  fi
1259  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1260  date > $SUMMARY  start_date=`date`
1261  cat << EOF >> $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1262                  T           S           U           V  echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1263  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1264  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
1265  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  of_path=
1266  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1267        if test -r $OPTFILE ; then
1268            # get the path
1269            path=${OPTFILE%/*}
1270            if test "x$path" = x ; then
1271                of_path=`pwd`
1272            else
1273                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
1274            fi
1275            file=${OPTFILE##*/}
1276            OPTFILE=$of_path/$file
1277            cp $OPTFILE $DRESULTS
1278            echo >> $SUMMARY
1279            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1280        else
1281            echo | tee $SUMMARY
1282            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
1283            exit 1
1284        fi
1285    else
1286        echo >> $SUMMARY
1287        echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1288        #-note: to be filled later after 1rst run
1289    fi
1290    echo
1291    echo >> $SUMMARY
1292    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1293        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1294        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1295        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1296           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1297        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1298        line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1299        line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1300        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1301        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1302            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1303            line_1="$line_1        m  s"
1304            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1305            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1306            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1307        done
1308        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1309        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1310        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1311        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1312        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1313        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1314    else
1315        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1316        echo >> $SUMMARY
1317        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1318        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1319        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1320        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1321        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1322    G D M    C  A  F
1323    e p a R  o  d  D
1324    n n k u  s  G  G
1325    2 d e n  t  r  r
1326    
1327  EOF  EOF
1328    fi
1329    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1330    
1331  NDIR=0  #  ...and each test directory...
1332    for dir in $TESTDIRS ; do
1333    
1334  #  For each optfile...      # set builddir & rundir:
1335  for OPTFILE in $OPTFILES ; do      builddir="build"
1336        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1337        rundir="run"
1338        pfxdir="tr_$rundir"
1339        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1340            rundir=$builddir
1341        fi
1342        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1343        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1344    
1345      OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"      #  Cleanup only!
1346      if test ! -r $OPTFILE ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1347          echo "Error: can't read optfile \"$OPTFILE\""          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1348          exit 1          makeclean $BUILD_DIR
1349            (   cd $BUILD_DIR
1350                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1351                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1352                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1353            )
1354            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1355                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1356                run_clean $dir/$rundir
1357            fi
1358            trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1359            ttd=`echo $trdir | wc -w`
1360            if test $ttd != 0 ; then
1361                echo '  --- rm dir:' $trdir
1362                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1363            fi
1364            continue
1365      fi      fi
     echo  
     echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
       
     #  ...and each test directory...  
     for dir in $TESTDIRS ; do  
           
         #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination  
         CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR  
         mkdir $CDIR  
         CDIR=`pwd`"/$CDIR"  
1366    
1367          #  ...configue, make, run, and compare the output.      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1368          echo "-------------------------------------------------------------------------------"      #  results in the correct location--or skip this directory!
1369          echo      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1370          echo "Experiment:  $dir"      if test ! -r $fout ; then
1371          echo          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1372          unset genmake makedepend make run          continue
1373          results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      fi
1374          ( cd $dir/input; rm -f *.{o,f,c,F} *.[f,F]90 work* output.txt Make* make.log; )  
1375          if [ -r $dir/build ]; then      # Check for specific files for particular type of run
1376              seperatebuilddir=1  
1377              builddir=build      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1378              rundir=build          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1379              ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )          continue
1380          else      fi
1381              seperatebuilddir=0      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1382              builddir=input          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1383              rundir=input          continue
1384        fi
1385    
1386        if test "x$MPI" != "x0" ; then
1387            prefer_X=0
1388            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1389                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`
1390                if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi
1391            fi
1392            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1393            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X
1394            LOC_NPROC=$?
1395            (   cd $BUILD_DIR
1396                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1397                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1398                else RETVAL=1
1399                fi
1400                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1401                    rm -f tr_size.mpi
1402                else
1403                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1404                fi
1405            )
1406            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1407                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1408                rm -f $LOC_MFILE
1409                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1410                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1411                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1412                    rm -f $LOC_MFILE
1413                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1414                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1415                fi
1416                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1417                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1418                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1419                fi
1420            fi
1421            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1422                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1423                if test $retv != 0 ; then
1424                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1425                    continue
1426                fi
1427          fi          fi
1428        fi
1429    
1430          #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1431          #  results in the correct location--or skip this directory!      extra_runs=
1432          if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      if test "x$NORUN" = xf ; then
1433              echo | tee $SUMMARY          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1434              echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir" \      fi
1435                  | tee $SUMMARY      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1436              continue      for exd in $ex_run_dirs ; do
1437            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1438            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1439            outf="$dir/results/$refExOut"
1440            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1441              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1442                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1443                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1444                    extra_runs="$extra_runs $name"
1445                  else
1446                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1447                    if test $retv = 0 ; then
1448                        extra_runs="$extra_runs $name"
1449                    else
1450                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1451                    fi
1452                  fi
1453                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1454                fi
1455              else
1456                extra_runs="$extra_runs $name"
1457              fi
1458          fi          fi
1459        done
1460    
1461        echo
1462        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1463           echo "Experiment:  $dir"
1464        else
1465           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1466        fi
1467        echo
1468        unset genmake makedepend make run
1469        results=$EMPTY_RESULTS
1470    
1471        #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1472        locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1473        mkdir $locDIR
1474        #- report to this experiment local summary file ---
1475        echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1476        echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1477        echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1478        CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1479    
1480        if test "x$NORUN" = xt ; then
1481                run=N
1482          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1483              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1484                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1485                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1486                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1487        else
1488            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1489                && makeclean $dir/$builddir \
1490                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1491              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1492              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1493              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
1494              && runmodel $dir/$builddir mitgcmuv && run=Y \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1495              && results=`testoutput $dir $rundir`              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1496          echo              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1497          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      fi
1498              ${run:-N} $results      #echo "results='$results'"
         echo  
         formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
             ${run:-N} $results >> $SUMMARY  
         echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"  
         formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
             ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1499    
1500          (          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1501              cd $DRESULTS          echo 1>&2
1502              tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1503              gzip $NDIR".tar"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1504          )  
1505            for ex in $extra_runs ; do
1506                unset run
1507                results=$EMPTY_RESULTS
1508                #  reference output file
1509                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1510                #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1511                locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1512                mkdir $locDIR
1513                #- report to this experiment local summary file ---
1514                echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1515                #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1516                #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1517                CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1518                test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1519                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1520                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1521                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1522                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1523                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1524                fres="$fres.$ex"
1525                echo 1>&2
1526                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1527                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1528                if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1529                    run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1530                fi
1531            done
1532    
1533        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1534            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1535                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1536                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1537                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1538                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1539                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1540                    eval $mkOpt
1541                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1542                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1543                    RETVAL=$?
1544                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1545                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1546                    else rm -f tr_0.tmp_log
1547                    fi
1548                fi
1549                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1550                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1551                RETVAL=$?
1552                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1553                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1554                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1555                            | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1556                    sed -n '1p' tr_1.tmp_log >> $DRESULTS/genmake_state
1557                    sed -n '2,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1558                            >> $DRESULTS/genmake_state
1559                    rm -f tr_1.tmp_log
1560                fi
1561            fi
1562        fi
1563        #postclean $dir/$builddir
1564        if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1565            makeclean $dir/$builddir \
1566                && run_clean $dir/$rundir
1567        fi
1568        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1569    
1570        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1571    
1572          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  done
1573    
1574    printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1575    echo "$start_date" >> $SUMMARY
1576    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1577    date >> $SUMMARY
1578    
1579    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1580    #  to send email using mpack.
1581    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1582        echo "No results email was sent."
1583    else
1584        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1585            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1586                && gzip $DRESULTS".tar" \
1587                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1588          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1589          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1590              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1591                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1592                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1593                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1594                echo
1595          else          else
1596              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1597                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1598                echo "  \"$ADDRESSES\""
1599                echo
1600                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1601                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1602          fi          fi
1603        fi
1604    fi
1605    
1606          NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1607                rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1608      done  fi
 done  
1609    
1610  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1611        cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1612        if test -e tr_out.txt ; then
1613            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1614        fi
1615        cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1616    fi
1617    
1618  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1619        rm -rf $DRESULTS
1620    fi
1621    

Legend:
Removed from v.1.2  
changed lines
  Added in v.1.172

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.22