/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.2 by edhill, Mon Sep 1 16:50:27 2003 UTC revision 1.154 by jmc, Fri Jan 14 23:55:00 2011 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4    #  $Name$
5  #  #
6    
7  usage()  usage()
# Line 10  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of genmake2 \"optfiles\""      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of \"test\" dirs"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17        echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
18        echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
19        echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
20        echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
21        echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
22        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
23        echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
24        echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
25        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
26        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
27        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
30        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
31        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
32        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
33        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
34        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
35        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
36        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
37        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
38        echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
39        echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
40        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
41        echo "                             (DEF=\"make\")"
42        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
43        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
44        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
45        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
46        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
47        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
48        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
49        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
50        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
51        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
52        echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
53        echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
54        echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
55        echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
56        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
57        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
58        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
59        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
60        echo
61        echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
62        echo "such as:"
63        echo
64        echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
65        echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
66        echo
67        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
68        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
69      echo      echo
70      exit 1      exit 1
71  }  }
# Line 20  usage() Line 73  usage()
73  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
74  build_mpack()  build_mpack()
75  {  {
76      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
77      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
78        if test ! -x $MPACK ; then
79          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
80                echo
81              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
82              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
83              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
84              exit 1              echo
85                HAVE_MPACK=f
86          fi          fi
87          echo -n "building mpack...  "          if test "x$CC" = x ; then
88          ( cd $MPACKDIR && ./configure && make ) > build_mpack.out 2>&1              export CC=cc
89            fi
90            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
91            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
92          RETVAL=$?          RETVAL=$?
93          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
94              echo              echo
95              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
96              exit 1              echo
97                HAVE_MPACK=f
98            else
99                rm -f tr_build_mpack.out
100                HAVE_MPACK=t
101                echo "done"
102          fi          fi
103        else
104            HAVE_MPACK=t
105            echo "already exist"
106      fi      fi
     echo "OK"  
 }  
   
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
107  }  }
108    
109  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
110  {  {
111      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
112      #      #
113      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
114      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
115        #  using search strings s1 and text label
116    
117      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
118          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
119      fi      fi
120      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
121          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
122          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
123          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
124              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
125                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
126              fi              fi
127              return 99              return 99
128          fi          fi
129      else      else
130          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
131          return 99          return 99
132      fi      fi
133      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
134          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
135      fi      fi
136      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
137      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
138      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
139          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
140              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
141          fi          fi
142          return 99          return 99
143      fi      fi
144        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
145            if [ $verbose -gt 0 ]; then
146                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
147            fi
148            return 99
149        fi
150        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
151        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
152            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
153            return 99
154        fi
155        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
156        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
157            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
158            return 99
159        fi
160      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
161          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
162      fi      fi
163      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
164      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
165          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
166        fi
167        if [ $verbose -gt 1 ]; then
168            cat tmp3.txt 1>&2
169      fi      fi
170      compare_lines      echo "-1" >> tmp3.txt
171      digits_of_similarity=$?      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
172        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
173        digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
174      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
175          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
176              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
177          fi          fi
178          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
179      else      else
180          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
181              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
182          fi          fi
183      fi      fi
184      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
185        
186      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
187  }  }
188    
189  dashnum()  testoutput_run()
190  {  {
191      # dashnum n1 n2 n3 ...      # testoutput_run directory subdir reference_output
192      #      #
193      #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99      #  test output from 1 run in "directory"
194    # --> same processing for adjoint & forward test
195            # default list of output variables to be checked:
196            #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
197            #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
198            listChk=$DEF_CHECK_LIST
199            #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
200            if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
201            sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
202            # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
203            listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
204                                   | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
205            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
206            # check for ptracer output in reference_output file :
207            outpref=$1/results/$3
208            ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
209            ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
210            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
211                ptrfound=0
212                for jj in $ptr_mon ; do
213                    name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
214                    tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
215                    if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
216                done
217                if test $ptrfound = '1' ; then
218                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
219                else
220                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
221                  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
222                  # remove this ptr from the list of output variable to check
223                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
224                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
225                  fi
226                fi
227            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
228            done
229            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
230            if test $tst != 1 ; then
231              if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
232                     else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
233              echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
234            #- put it back once:
235              listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
236            fi
237            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
238            #- report to this experiment local summary file ---
239            echo "MACH='$MACH'" > $locDIR"/summary.txt"
240            echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
241            echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"
242            grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $1/$2/$OUTPUTFILE \
243             | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $locDIR"/summary.txt"
244            echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
245            #---
246            allargs=""
247            for xx in $listVar
248            do
249              case $xx in
250               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
251                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
252                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
253                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
254              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
255              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
256               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
257               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
258               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
259               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
260               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
261               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
262               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
263               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
264               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
265               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
266               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
267               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
268               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
269               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
270               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
271               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
272            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
273               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
274            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
275               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
276            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
277               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
278            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
279               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
280             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
281             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
282             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
283             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
284             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
285             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
286             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
287             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
288             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
289             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
290             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
291             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
292            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
293            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
294            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
295            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
296            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
297            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
298                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
299              esac
300              if test $xx = $sVar
301              then allargs="$allargs > $yy <"
302              else allargs="$allargs $yy"
303              fi
304            done
305    
306            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
307            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
308            #-- fill line (up to standard length) with dot:
309              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
310              echo $allargs $adNul
311            else
312              echo $allargs
313            fi
314    # <-- same processing for adjoint & forward test
315    }
316    
317      for num in $@ ; do  genmakemodel()
318          if [ $num = 99 ]; then  {
319              printf ' --'      # genmakemodel directory
320        if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
321            echo "genmake skipped!"
322        else
323            if test "x$BASH" = x ; then
324                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
325          else          else
326              printf '%3i' $num              GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
327          fi          fi
328      done          (
329                cd $1;
330                command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
331                if test "x$MKDEPEND" != x ; then
332                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
333                fi
334                if test "x$ADM" = xt ; then
335                    command="$command --mods=../code_ad"
336                elif test "x$OADM" = xt ; then
337                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
338                else
339                    command="$command -mods=../code"
340                fi
341                if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
342                    command="$command -optfile=$OPTFILE"
343                fi
344                if test "x$IEEE" != x ; then
345                    command="$command -ieee"
346                fi
347                if test "x$GSL" = xt ; then
348                    command="$command -gsl"
349                fi
350                if test "x$MPI" != x0 ; then
351                    command="$command -mpi"
352                fi
353                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
354                #- run multi-threaded using OpenMP:
355                    command="$command -omp"
356                fi
357                if test "x$USE_R4" = xt ; then
358                    command="$command -use_r4"
359                fi
360                if test "x$TS" = xt ; then
361                    command="$command -ts"
362                fi
363                if test "x$PAPIS" = xt ; then
364                    command="$command -papis"
365                else
366                if test "x$PCLS" = xt ; then
367                    command="$command -pcls"
368                fi
369                fi
370                printf 'genmake ... '
371                eval $command > genmake.tr_log 2>&1
372                RETVAL=$?
373                #  Reduce the size of the testing emails!
374                head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
375                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
376                    tail genmake.tr_log
377                    echo "genmakemodel: genmake failed"
378                    cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
379                    return 1
380                else
381                    echo "successful"
382                fi
383            )
384        fi
385  }  }
386    
387  testoutput()  makeclean()
388  {  {
389      # testoutput diretory subdir      # makeclean directory
390      #      if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
391      #  test output in "directory"      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
392            echo "make Clean skipped!"
393      if [ $debug -gt 0 ]; then      else
394          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          (
395                cd $1;
396                #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
397                if test -r Makefile ; then
398                    printf 'clean build-dir: make Clean ... '
399                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
400                    RETVAL=$?
401                    if test "x$RETVAL" != x0 ; then
402                        tail make.tr_log
403                        echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
404                        cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
405                        return 1
406                    fi
407                    echo successful
408                else
409                    echo ''
410                fi
411                exit 0
412            )
413      fi      fi
414      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?  }
415      if [ $debug -gt 0 ]; then  
416          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2  run_clean()
417    {
418        # run_clean directory
419        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
420            echo "run_clean skipped!"
421        else
422            (
423                cd $1;
424                printf 'clean run-dir ... '
425                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
426                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
427                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
428                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
429                find . -type l -exec rm {} \;
430                rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
431                rm -rf mnc_test_*
432                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
433                echo successful
434                exit 0
435            )
436      fi      fi
       
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
437  }  }
438    
439  genmakemodel()  makedependmodel()
440  {  {
441      # genmakemodel directory      # makedependmodel directory
442      GENMAKE2="../../../tools/genmake2"      if test "x$NODEPEND" = xt ; then
443      (          echo "make depend skipped!"
444          cd $1;      else
445          printf 'genmake ... ' 1>&2          (
446          # ../../../tools/genmake -ieee -mods=../code > make.log 2>&1              cd $1;
447          $GENMAKE2  -ds --mods=../code "--optfile="$OPTFILE > make.log 2>&1              printf 'make depend ... '
448          RETVAL=$?              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
449          for i in gm_state gm_optfile gm_local Makefile ; do              RETVAL=$?
450              if test -r $i ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
451                  cp $i $CDIR                  tail make.tr_log
452                    echo "makedependmodel: make depend failed"
453                    cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
454                    return 1
455                else
456                    echo successful
457              fi              fi
458          done          )
459          if test "x$RETVAL" != x0 ; then      fi
             tail make.log  
             echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2  
             cp make.log $CDIR  
             return 1  
         else  
             echo "succesful" 1>&2  
         fi  
     )  
460  }  }
461    
462  makeclean()  makemodel()
463  {  {
464      # makeclean directory      # makemodel directory
465      (      (
466        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
467            cd $1;
468            if test -x $EXECUTABLE ; then
469                echo "make skipped!"
470            else
471                echo "no executable!"
472                return 2
473            fi
474        else
475          cd $1;          cd $1;
         rm -f output.txt  
         printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
476          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
477              make CLEAN >> make.log 2>&1              printf 'make ... '
478                if test "x$ADM" = xt ; then
479                    $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
480                elif test "x$OADM" = xt ; then
481                    $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
482                else
483                    if test "x$JOBS" = x ; then
484                        $MAKE >> make.tr_log 2>&1
485                    else
486                        $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
487                    fi
488                fi
489              RETVAL=$?              RETVAL=$?
490              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
491                  tail make.log                  tail make.tr_log
492                  echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                  echo failed
493                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
494                    rm -f $EXECUTABLE
495                  return 1                  return 1
496                else
497                    echo successful
498              fi              fi
499          fi          fi
500          echo succesful 1>&2      fi
         exit 0  
501      )      )
502  }  }
503    
504  makedependmodel()  mk_mpi_size()
505  {  {
506      # makedependmodel directory      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb
507      (      #
508          cd $1;      # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
509          printf 'make depend ... ' 1>&2      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
510          make depend >> make.log 2>&1      # return the effective number of processors.
511          RETVAL=$?  
512          if test "x$RETVAL" != x0 ; then      inp=$1
513              tail make.log      out=$2
514              echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2      np=$3
515              cp make.log $CDIR"/make.log"      tmp=TTT.$$
516              return 1  
517          else      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
518              echo succesful 1>&2      py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
519          fi      sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
520      )      sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
521    
522        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
523        pp=0
524        for i in `seq 1 $px` ; do
525          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
526            for j in `seq 1 $py` ; do
527              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
528                ij=`expr $i \* $j`
529                if [ $ij -gt $pp ] ; then
530                  if [ $ij -le $np ] ; then
531                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
532                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
533                  fi
534                fi
535              fi
536            done
537          fi
538        done
539    
540        #- create new SIZE.h type file:
541        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
542        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
543        if [ $verbose -gt 1 ]; then
544            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
545        fi
546        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
547        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
548        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
549        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
550        rm -f $tmp
551        return $pp
552  }  }
553    
554  makemodel()  symlink_mpifiles()
555  {  {
556      # makemodel directory      # Put special links so that MPI specific files are used
557      (      # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
558          cd $1;      # the Makefile will link to non-mpi files by default
559          if test -r Makefile ; then  
560              printf 'make ... ' 1>&2      dir=$1
561              make >> make.log 2>&1      code_dir=$2
562        build_dir=$dir/$3
563    
564        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
565        MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
566    
567        for ii in $MPI_FILES ; do
568            i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
569            name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
570            file="../$code_dir/$i"
571            if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
572    
573            #  Is this an MPI run?
574            if test "x$MPI" = x0 ; then
575                # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
576                if test -L $build_dir/$name ; then
577                    ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
578                    RETVAL=$?
579                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
580                        if [ $verbose -gt 1 ]; then
581                            echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
582                        rm -f $build_dir/$name
583                    fi
584                fi
585            else
586                # YES: We symbolically link these files to the build
587                # dir so long as there is no real file in place
588                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
589              RETVAL=$?              RETVAL=$?
590                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
591              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
592                  tail make.log                  if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
593                  echo failed 1>&2                  if test ! -r $build_dir/$name ; then
594                  cp make.log $CDIR"/make.log"                      if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
595                  return 1                      (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
596              else                  fi
                 echo succesful 1>&2  
597              fi              fi
598          fi          fi
599      )      done
600  }  }
601    
602  linkdata()  linkdata()
603  {  {
604      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
605      #      #
606      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
607      if [ $1 -ne 0 ]; then      if test -d $1 ; then
608          ( cd $2 ;  ln -sf ../input/* . )          (
609                cd $1 ; shift
610                echo 'linkdata from dirs:' $*
611                inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
612                for xx in $inpMPI ; do
613                  if test -r "../"$1"/"$xx ; then
614                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
615                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
616                    if test "x$MPI" = "x0" ; then
617                        # not mpi test: remove symbolic link
618                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
619                    else
620                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
621                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
622                        if test ! -r $yy ; then
623                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
624                            printf " $xx" 1>&2
625                        fi
626                    fi
627                  fi
628                done
629                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
630                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
631                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
632                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
633                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
634                        if test ! -r eedata ; then
635                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
636                            printf ' eedata.mth' 1>&2
637                        fi
638                    else
639                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
640                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
641                    fi
642                fi
643                prevDir='NONE'
644                for ldir in $* ; do
645                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
646                        printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
647                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
648                        for i in $files ; do
649                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
650                                if test ! -r $i  ; then
651                                    printf ' '$i 1>&2
652                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
653                                fi
654                            fi
655                        done
656                        printf ' ;' 1>&2
657                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
658                            "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
659                        else
660                            echo '' 1>&2
661                        fi
662                    fi
663                    prevDir=$ldir
664                done
665            )
666      fi      fi
667  }  }
668    
669  runmodel()  runmodel()
670  {  {
671      # runmodel directory exe      # runmodel directory
672      #      #
673      #  runs the model "exe" in "directory" (exe is relative to directory)      #  runs $COMMAND in "directory"
674        #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
675      (      (
676          cd $1          cd $1
677          if [ -x $2 ]; then          printf 'runmodel in %s ... ' $1
678              if [ $quick -eq 0 ]; then          if test -L $EXECUTABLE ; then
679                  rm -f output.txt            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
680              fi              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
681              printf 'runmodel: ' 1>&2              outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
682              make output.txt            else rm -f $EXECUTABLE
683              RETVAL=$?            fi
684              if test "x$RETVAL" = x0 ; then          fi
685                  cp output.txt $CDIR"/output.txt"          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
686                  return 0              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
687                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
688            fi
689            if test "x$MPI" != x0 ; then
690                #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
691                #echo "COMMAND='$COMMAND'"
692                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/-np * XX /-np $NPROC_MPI /"`
693                #echo "COMMAND='$COMMAND'"
694            fi
695            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
696                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
697                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
698                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
699                    RETVAL=8
700                    ENDVAL=-1
701            else
702                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
703                  # output do not exist or is older than executable:
704                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
705                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
706                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
707                    RETVAL=$?
708              else              else
709                  return 1                  RETVAL=0
710                    if test -f $RUNLOG ; then
711                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
712                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
713                    else
714                        touch $RUNLOG
715                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
716                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
717                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
718                    fi
719              fi              fi
720                #ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
721                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
722            fi
723            rm -f run.log_tmp
724            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
725                echo successful
726                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
727                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
728                # === Reduce the size of the testing emails!
729                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
730                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
731                return 0
732            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
733                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
734                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
735                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
736                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
737                return 0
738            else
739                echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
740                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
741                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
742                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
743                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
744                return 1
745          fi          fi
746      )      )
747  }  }
# Line 283  createcodelet() Line 750  createcodelet()
750  {  {
751      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
752    
753      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
754      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
755        program cmpnum  #include <stdio.h>
756        implicit none  #include <math.h>
757        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
758        integer linnum,best    int linnum,cmplin,best,lncnt;
759        best=-16    double a,b,abave,relerr;
760    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
761        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
762  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
763        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
764          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
765          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
766  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
767            linnum=int(log10(diff))      if ( abave == abave ) {
768            best=max(best,linnum)        if (abave > 0.0) {
769          endif          relerr=fabs(a-b)/abave;
770        else          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
771          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          else { cmplin = -16 ; }
772        endif          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
773        goto 99        else { cmplin = -22 ; }
774    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
775    70  print *,-best        }
776        end     else {
777  EOFA     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
778          break; }
779      }
780      if (lncnt == 999) best=-29;
781      if (linnum != -1) best=-99;
782      printf("%d\n", -best);
783      return 0;
784    }
785    EOF
786        $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
787    
788      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
789          echo "OK"          echo "OK"
790          return 0          return 0
791      else      else
792          echo          echo
793          echo "createcodelet: failed to compile codelet" | tee          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
794            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
795          exit 1          exit 1
796      fi      fi
797  }  }
# Line 327  formatresults() Line 803  formatresults()
803      nm=$1      nm=$1
804      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
805      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
806      printf '%3s' $@      listPrt=$@
807            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
808      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
809        printf '%3s' $listPrt
810    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
811    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
812    
813        if [ $xx = '..' ]; then
814            printf ' N/O '
815        elif [ $xx = '--' ]; then
816            printf ' N/O '
817        elif [ $xx = 99 ]; then
818          printf ' N/O '          printf ' N/O '
819      else      else
820          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
821              printf ' pass'              printf ' pass'
822          else          else
823              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 340  formatresults() Line 825  formatresults()
825      fi      fi
826      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
827      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
828    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
  -help      Show this help message  
  -quick     Skip "genmake" and "make depend" if the Makefile exists  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -noieee    By default, $0 uses the -ieee option for genmake. This turns it off.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
829  }  }
830    
831  scandirs()  scandirs()
832  {  {
833      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
834          for arg in * ; do          for arg in * ; do
835              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
836          done          done
837      else      else
838          echo $*          echo $*
839      fi      fi
840  }  }
841    
842    
843  ###############################################################################  check_eedata()
844  ###############################################################################  {
845        # check_eedata size.h eedata
846        if [ $# -eq 2 ] ; then
847          if test -f $1 -a -f $2 ; then
848          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
849          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
850          if test "x$nx" = x ; then
851            rx=10
852          else
853            rx=`expr $sx % $nx`
854          fi
855          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
856          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
857          if test "x$ny" = x ; then
858            ry=20
859          else
860            ry=`expr $sy % $ny`
861          fi
862          echo `expr $rx + $ry`
863        else
864          echo '-1'
865          fi
866        else
867          echo '-2'
868        fi
869    
870    }
871    
872  ###############################################################################  ###############################################################################
873    
874    
875  #  Default properties  #  Default properties
876  debug=0  debug=0
877  verbose=1  verbose=1
 quick=0  
878  clean=0  clean=0
 ieee=1  
 expts=''  
879    
880  OPTFILES=  IEEE=true
881  ADDRESSES=edhill@mitgcm.org  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
882        IEEE=$MITGCM_IEEE
883    fi
884    GSL=f
885    
886    CLEANUP=f
887    NORUN=f
888    QUICK=f
889    NOMAKE=f
890    NOGENMAKE=f
891    NOCLEAN=f
892    NODEPEND=f
893    POSTCLEAN=f
894    
895    BASH=
896    OPTFILE=NONE
897    ADDRESSES=
898  TESTDIRS=  TESTDIRS=
899    SKIPDIRS=
900  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
901  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  HAVE_MPACK=
902    MPACK=
903    COMMAND=
904    MKDEPEND=
905    if test "x$MAKE" = x ; then
906        MAKE=make
907    fi
908    if test "x$CC" = x ; then
909        CC=cc
910    fi
911    JOBS=
912    MPI=0
913    MULTI_THREAD=f
914    OUTDIR=
915    DELDIR=
916    USE_R4=
917    
918    ADM=
919    OADM=
920    
921    # list of pTracers to check for monitor output
922    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
923    
924  echo -n "parsing options...  "  MATCH_CRIT=10
925    
926    printf "parsing options...  "
927    
928  ac_prev=  ac_prev=
929  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 407  for ac_option ; do Line 936  for ac_option ; do
936      fi      fi
937    
938      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
939        
940      case $ac_option in      case $ac_option in
941                    
942          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h)
943              usage ;;              usage ;;
944                    
945          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile | --optfile | -of | --of)
946              ac_prev=OPTFILES ;;              ac_prev=OPTFILE ;;
947          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)
948              OPTFILES=$ac_optarg ;;              OPTFILE=$ac_optarg ;;
949                    
950          -addr | --addr | -a | --a)          -addr | --addr | -a | --a)
951              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
952          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)
953              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
954            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
955                ac_prev=MPACKDIR ;;
956            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
957                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
958    
959          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
960              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
961          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)
962              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
963    
964          -quick) quick=1 ;;          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
965                ac_prev=SKIPDIRS ;;
966            -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)
967                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
968    
969            -bash | --bash | -b | --b)
970                ac_prev=BASH ;;
971            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)
972                BASH=$ac_optarg ;;
973    
974            -command | --command | -c | --c)
975                ac_prev=COMMAND ;;
976            -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)
977                COMMAND=$ac_optarg ;;
978    
979            -makedepend | --makedepend | -md | --md)
980                ac_prev=MKDEPEND ;;
981            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)
982                MKDEPEND=$ac_optarg ;;
983    
984            -make | --make | -m | --m)
985                ac_prev=MAKE ;;
986            -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)
987                MAKE=$ac_optarg ;;
988    
989            -odir | --odir)
990                ac_prev=OUTDIR ;;
991            -odir=* | --odir=*)
992                OUTDIR=$ac_optarg ;;
993    
994            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
995                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
996            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
997                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
998    
999            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1000            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1001    
1002            -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1003            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1004    
1005            -clean | --clean)
1006                CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1007    
1008            -norun | --norun | -nr | --nr)
1009                NORUN=t ;;
1010            -runonly | --runonly | -ro | --ro)
1011                QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1012            -quick | --quick | -q | --q)
1013                QUICK=t ;;
1014            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)
1015                NOGENMAKE=t ;;
1016            -noclean | --noclean | -nc | --nc)
1017                NOCLEAN=t ;;
1018            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
1019                NODEPEND=t ;;
1020    
1021            -postclean | --postclean | -pc | --pc)
1022                POSTCLEAN=t ;;
1023    
1024            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1025            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1026            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1027    
1028            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1029    
1030            -adm | -ad) ADM=t ;;
1031    
1032            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1033    
1034            -ieee) IEEE=true ;;
1035            -noieee) IEEE= ;;
1036            -gsl) GSL=t ;;
1037    
1038          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1039          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
         -clean) clean=1 ;;  
         -noieee) ieee=0 ;;  
1040          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
1041    
1042            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1043    
1044            -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1045    
1046            -ts) TS=t;;
1047            -papis) PAPIS=t;;
1048            -pcls) PCL=t;;
1049    
1050          -*)          -*)
1051              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1052              usage              usage
1053              ;;              ;;
1054            
1055          *)          *)
1056              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1057              usage              usage
1058              ;;              ;;
1059            
1060       esac       esac
1061        
1062  done  done
1063    
1064    if test "x$QUICK" = xt ; then
1065        NOGENMAKE=t
1066        NOCLEAN=t
1067        NODEPEND=t
1068    fi
1069    
1070    #- setting for forward or ADM testing
1071    if test "x$ADM" = xt ; then
1072        code_dir=code_ad
1073        inputdir=input_ad
1074        ref_outp="output_adm.txt"
1075        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1076    elif test "x$OADM" = xt ; then
1077        code_dir=code_oad
1078        inputdir=input_oad
1079        ref_outp="output_oadm.txt"
1080        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1081    else
1082        code_dir=code
1083        inputdir=input
1084        ref_outp="output.txt"
1085        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1086    fi
1087    
1088    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1089  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1090      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1091    elif test $xx = 'start_from' ; then
1092        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1093        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1094    else
1095        #- expand group of experiments:
1096        LIST=" "
1097        for xx in $TESTDIRS
1098        do
1099          case $xx in
1100            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1101                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1102                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1103                    ;;
1104            'tutorials')
1105                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1106            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1107          esac
1108        done
1109    fi
1110    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1111    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1112    TESTDIRS=" "
1113    count=0
1114    for xx in $LIST
1115    do
1116        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1117        if test $yy = 0 ; then
1118            if test -d $xx ; then
1119                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1120                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1121            else count=1 ;
1122                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1123            fi
1124        else
1125            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1126            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1127            fi
1128        fi
1129    done
1130    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1131    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1132    
1133    if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1134        OPTFILE=$MITGCM_OF
1135  fi  fi
1136    
1137  echo "OK"  RUNLOG="run.tr_log"
1138    OUTPUTFILE=$ref_outp
1139    if test "x$COMMAND" = x ; then
1140        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1141    fi
1142    if test "x$MPI" != x0 ; then
1143        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1144    fi
1145    
1146    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1147    
1148    # set the Default List of output variables to be checked:
1149    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1150    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1151    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1152    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1153        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1154        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1155        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1156        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1157        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1158    else
1159        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1160        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1161        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1162    fi
1163    
1164  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1165  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1166        echo "skipping comparison code build"
1167    else
1168        createcodelet
1169    fi
1170    
1171  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1172  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1173        echo "skipping mpack build"
1174    else
1175        build_mpack
1176    fi
1177    
1178  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1179    CMDLINE=$0
1180    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1181        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1182                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1183    done
1184    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1185  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1186  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1187  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1188  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1189    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1190        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1191    else
1192        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1193        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1194    fi
1195  DNUM=0  DNUM=0
1196  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1197  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 475  done Line 1201  done
1201  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
1202  RETVAL=$?  RETVAL=$?
1203  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1204      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
1205      exit 1      exit 1
1206  fi  fi
1207  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1208  date > $SUMMARY  start_date=`date`
1209  cat << EOF >> $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1210                  T           S           U           V  echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1211  G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1212  E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
1213  N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  of_path=
1214  2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1215        if test -r $OPTFILE ; then
1216            # get the path
1217            path=${OPTFILE%/*}
1218            if test "x$path" = x ; then
1219                of_path=`pwd`
1220            else
1221                of_path=`( cd $path > /dev/null 2>&1 ; pwd )`
1222            fi
1223            file=${OPTFILE##*/}
1224            OPTFILE=$of_path/$file
1225            cp $OPTFILE $DRESULTS
1226            echo >> $SUMMARY
1227            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1228        else
1229            echo | tee $SUMMARY
1230            echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
1231            exit 1
1232        fi
1233    else
1234        echo >> $SUMMARY
1235        echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1236        #-note: to be filled later after 1rst run
1237    fi
1238    echo
1239    echo >> $SUMMARY
1240    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1241        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1242        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1243        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1244           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1245        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1246        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1247        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1248        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1249        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1250            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1251            line_1="$line_1        m  s"
1252            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1253            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1254            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1255        done
1256        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1257        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1258        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1259        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1260        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1261        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1262    else
1263        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1264        echo >> $SUMMARY
1265        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1266        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1267        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1268        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1269        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1270    G D M    C  G
1271    E p a R  o  r
1272    N n k u  s  a
1273    2 d e n  t  d
1274    
1275  EOF  EOF
1276    fi
1277    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1278    
1279  NDIR=0  #  ...and each test directory...
1280    for dir in $TESTDIRS ; do
1281    
1282  #  For each optfile...      # set builddir & rundir:
1283  for OPTFILE in $OPTFILES ; do      builddir="build"
1284        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1285        rundir="run"
1286        pfxdir="tr_$rundir"
1287        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1288            rundir=$builddir
1289        fi
1290        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1291        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1292    
1293      OPTFILE=`pwd`"/$OPTFILE"      #  Cleanup only!
1294      if test ! -r $OPTFILE ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1295          echo "Error: can't read optfile \"$OPTFILE\""          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1296          exit 1          makeclean $BUILD_DIR
1297            (   cd $BUILD_DIR
1298                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1299                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1300                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1301            )
1302            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1303                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1304                run_clean $dir/$rundir
1305            fi
1306            trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1307            ttd=`echo $trdir | wc -w`
1308            if test $ttd != 0 ; then
1309                echo '  --- rm dir:' $trdir
1310                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1311            fi
1312            continue
1313      fi      fi
     echo  
     echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
     echo >> $SUMMARY  
       
     #  ...and each test directory...  
     for dir in $TESTDIRS ; do  
           
         #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination  
         CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR  
         mkdir $CDIR  
         CDIR=`pwd`"/$CDIR"  
1314    
1315          #  ...configue, make, run, and compare the output.      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1316          echo "-------------------------------------------------------------------------------"      #  results in the correct location--or skip this directory!
1317          echo      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1318          echo "Experiment:  $dir"      if test ! -r $fout ; then
1319          echo          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1320          unset genmake makedepend make run          continue
1321          results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      fi
1322          ( cd $dir/input; rm -f *.{o,f,c,F} *.[f,F]90 work* output.txt Make* make.log; )  
1323          if [ -r $dir/build ]; then      # Check for specific files for particular type of run
1324              seperatebuilddir=1  
1325              builddir=build      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1326              rundir=build          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then
1327              ( cd $dir/build; ln -sf ../input/* . )              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1328                mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI
1329                NPROC_MPI=$?
1330                (   cd $BUILD_DIR
1331                    if test -r SIZE.h.mpi ; then
1332                        cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1333                    else RETVAL=1
1334                    fi
1335                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1336                        rm -f tr_size.mpi
1337                    else
1338                        rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1339                    fi
1340                )
1341          else          else
1342              seperatebuilddir=0              echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1343              builddir=input              continue
             rundir=input  
1344          fi          fi
1345        fi
1346          #  Verify that the testdir exists and contains previous      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1347          #  results in the correct location--or skip this directory!          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1348          if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then          continue
1349              echo | tee $SUMMARY      fi
1350              echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir" \      if test "x$MPI" != "x0" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1351                  | tee $SUMMARY          retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1352            if test $retv != 0 ; then
1353                echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1354              continue              continue
1355          fi          fi
1356        fi
1357    
1358        #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1359        extra_runs=
1360        if test "x$NORUN" = xf ; then
1361            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1362        fi
1363        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1364        for exd in $ex_run_dirs ; do
1365            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1366            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1367            outf="$dir/results/$refExOut"
1368            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1369              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1370                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1371                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1372                    extra_runs="$extra_runs $name"
1373                  else
1374                    retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1375                    if test $retv = 0 ; then
1376                        extra_runs="$extra_runs $name"
1377                    else
1378                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1379                    fi
1380                  fi
1381                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1382                fi
1383              else
1384                extra_runs="$extra_runs $name"
1385              fi
1386            fi
1387        done
1388    
1389        echo
1390        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1391           echo "Experiment:  $dir"
1392        else
1393           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1394        fi
1395        echo
1396        unset genmake makedepend make run
1397        results=$EMPTY_RESULTS
1398    
1399        #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1400        locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1401        mkdir $locDIR
1402        CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1403    
1404        if test "x$NORUN" = xt ; then
1405                run=N
1406          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1407              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1408                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1409                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1410                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1411        else
1412            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1413                && makeclean $dir/$builddir \
1414                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1415              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1416              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1417              && linkdata $seperatebuilddir $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
1418              && runmodel $dir/$builddir mitgcmuv && run=Y \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1419              && results=`testoutput $dir $rundir`              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1420          echo              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1421          formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      fi
1422              ${run:-N} $results      #echo "results='$results'"
         echo  
         formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
             ${run:-N} $results >> $SUMMARY  
         echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"  
         formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \  
             ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1423    
1424          (          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1425              cd $DRESULTS          echo 1>&2
1426              tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1427              gzip $NDIR".tar"          touch $locDIR"/summary.txt"
1428          )          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1429            echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"
1430            if test "x$ADM" = xt ; then
1431                head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1432                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1433                                    >> $locDIR"/summary.txt"
1434            fi
1435    
1436            for ex in $extra_runs ; do
1437                unset run
1438                results=$EMPTY_RESULTS
1439                #  reference output file
1440                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1441                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1442                locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1443                mkdir $locDIR
1444                CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1445                test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1446                run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1447                linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1448                runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1449                && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1450                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1451                fres="$fres.$ex"
1452                echo 1>&2
1453                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1454                touch $locDIR"/summary.txt"
1455                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1456                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"
1457                if test "x$ADM" = xt ; then
1458                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"
1459                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \
1460                                       >> $locDIR"/summary.txt"
1461                fi
1462                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1463                    run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1464                fi
1465            done
1466    
1467        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1468            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1469                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1470                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1471                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1472                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1473                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1474                    eval $mkOpt
1475                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1476                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1477                    RETVAL=$?
1478                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1479                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1480                    else rm -f tr_0.tmp_log
1481                    fi
1482                fi
1483                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1484                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1485                RETVAL=$?
1486                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1487                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1488                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1489                           | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1490                    sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1491                            >> $DRESULTS/genmake_state
1492                    rm -f tr_1.tmp_log
1493                fi
1494            fi
1495        fi
1496        #postclean $dir/$builddir
1497        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1498            makeclean $dir/$builddir \
1499                && run_clean $dir/$rundir
1500        fi
1501    
1502        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1503    
1504          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  done
1505    
1506    printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1507    echo "$start_date" >> $SUMMARY
1508    printf "End time:    " >> $SUMMARY
1509    date >> $SUMMARY
1510    
1511    #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1512    #  to send email using mpack.
1513    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1514        echo "No results email was sent."
1515    else
1516        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1517            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1518                && gzip $DRESULTS".tar" \
1519                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1520          RETVAL=$?          RETVAL=$?
1521          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1522              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo
1523                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1524                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1525                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1526                echo
1527          else          else
1528              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              echo
1529                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1530                echo "  \"$ADDRESSES\""
1531                echo
1532                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1533                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1534          fi          fi
1535        fi
1536    fi
1537    
1538          NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1539                rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1540      done  fi
 done  
1541    
1542  rm tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1543        cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1544        if test -e tr_out.txt ; then
1545            mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1546        fi
1547        cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1548    fi
1549    
1550  cat $SUMMARY  if test "x$DELDIR" = xt ; then
1551        rm -rf $DRESULTS
1552    fi
1553    

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