/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.69 by jmc, Thu Jul 28 16:32:34 2005 UTC revision 1.170 by mlosch, Thu Dec 22 12:55:05 2011 UTC
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"      echo "  (-fast)                  use optfile default for compiler flags (no '-ieee')"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                            DEF=off => use IEEE numerics option (if available)"
20      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"      echo "  (-devel)                 use optfile developement flags (if available)"
21      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
22      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
23        echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
24        echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
25        echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
26        echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
27        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
28        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
29        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
30        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
31        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
32        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
33        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
34        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
35        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
36      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
37      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
38      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"      echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
39      echo "  (-command) STRING        command to run"      echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
40      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
41      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""      echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
42        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
43      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
44      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
45      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
46    #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
47    #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
48        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
49        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
50      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
51      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-ef) STRING             used as genmake2 \"-extra_flag\" argument"
52        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
53        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
54        echo "  (-obj)                   only produces objects (=norun & no executable)"
55        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
56      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
57      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
58      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
59      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
60        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
61        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
62      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
63        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
64        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
65        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
66      echo      echo
67      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
68      echo "such as:"      echo "such as:"
# Line 53  usage() Line 80  usage()
80  build_mpack()  build_mpack()
81  {  {
82      printf "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
83      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
84        if test ! -x $MPACK ; then
85          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
86              echo              echo
87              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
# Line 62  build_mpack() Line 90  build_mpack()
90              echo              echo
91              HAVE_MPACK=f              HAVE_MPACK=f
92          fi          fi
         printf "building mpack...  "  
93          if test "x$CC" = x ; then          if test "x$CC" = x ; then
94              export CC=cc              export CC=cc
95          fi          fi
96            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
97          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
98          RETVAL=$?          RETVAL=$?
99          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
# Line 76  build_mpack() Line 104  build_mpack()
104          else          else
105              rm -f tr_build_mpack.out              rm -f tr_build_mpack.out
106              HAVE_MPACK=t              HAVE_MPACK=t
107                echo "done"
108          fi          fi
109      else      else
110          HAVE_MPACK=t          HAVE_MPACK=t
111            echo "already exist"
112      fi      fi
     echo "OK"  
113  }  }
114    
115  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
116  {  {
117      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
118      #      #
119      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
120      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
121        #  using search strings s1 and text label
122    
123      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
124          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
125      fi      fi
126      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
127          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
128          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
129          if [ $lncntA -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
130              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
131                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
132              fi              fi
133              return 99              return 99
134          fi          fi
135      else      else
136          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
137          return 99          return 99
138      fi      fi
139      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
140          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
141      fi      fi
142      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
143      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
144      if [ $lncntB -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
145          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
146              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
147          fi          fi
# Line 123  testoutput_for_prop() Line 153  testoutput_for_prop()
153          fi          fi
154          return 99          return 99
155      fi      fi
156        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
157        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
158            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
159            return 99
160        fi
161        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
162        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
163            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
164            return 99
165        fi
166      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
167          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
168      fi      fi
169      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
170      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
171          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
172      fi      fi
173      if [ $verbose -gt 1 ]; then      if [ $verbose -gt 1 ]; then
174          cat tmp3.txt 1>&2          cat tmp3.txt 1>&2
# Line 136  testoutput_for_prop() Line 176  testoutput_for_prop()
176      echo "-1" >> tmp3.txt      echo "-1" >> tmp3.txt
177      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number      # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
178      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt      cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
179      digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`      digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
180      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
181          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
182              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
183          fi          fi
184          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
185      else      else
186          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
187              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
188          fi          fi
189      fi      fi
190      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
       
     return $digits_of_similarity  
 }  
   
 dashnum()  
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput_ad()  
 {  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt  
     grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt  
     grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt  
     join t05.txt t15.txt > t5.txt  
     join t06.txt t16.txt > t6.txt  
     echo "-1" >> t5.txt  
     echo "-1" >> t6.txt  
     digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`  
     digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`  
     dashnum $digits_5 $digits_6  
     rm -f t[01][56].txt t[56].txt  
 }  
191    
192  check_for_add_mon_output()      return $digits_of_similarity
 {  
     # Check for additional types of monitor output  
     if test "x$1" = x ; then  
         return  
     fi  
   
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"  
     done  
   
     ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"  
     ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"  
     for ii in $PTRACERS_NUM ; do  
         for jj in $ptr_add ; do  
             name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`  
             tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`  
             if test ! "x$tst" = x0 ; then  
                 eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"  
             fi  
         done  
         #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'  
     done  
193  }  }
194    
195  testoutput()  testoutput_run()
196  {  {
197      # testoutput directory subdir extension      # testoutput_run directory subdir reference_output
198      #      #
199      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
200      if test "x$ADM" = x ; then  # --> same processing for adjoint & forward test
201          if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
202              echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
203          fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
204          testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
205          if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
206              echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
207          fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
208          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
209          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
210          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
211          testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
212          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
213          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?          outpref=$1/results/$3
214          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
215          testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?  
         testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?  
   
         #  This is for PTRACERS  
216          for ii in $PTRACERS_NUM ; do          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
217              eval `echo "p0"$ii"_min=99"`              ptrfound=0
218              eval `echo "p0"$ii"_max=99"`              for jj in $ptr_mon ; do
219              eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
220              eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
221              tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
222              #echo 'tst = '$tst              done
223              if test "x$tst" = xt ; then              if test $ptrfound = '1' ; then
224                  a="trcstat_ptracer0"                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
225                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3              else
226                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
227                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3                if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
228                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`                # remove this ptr from the list of output variable to check
229                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3                # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
230                  RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`                  listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
231                  testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3                fi
                 RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`  
232              fi              fi
233            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
234          done          done
235            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
236          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"          if test $tst != 1 ; then
237          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"            if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
238          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"                   else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
239          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"            echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
240          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"          #- put it back once:
241          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
242          allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"          fi
243            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
244          eval "dashnum $allargs"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
245            #---
246      else          allargs=""
247          testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"          for xx in $listVar
248      fi          do
249              case $xx in
250               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
251                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
252                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
253                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
254              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  ref_cost_function" "ADM CostFct" $2 $3; yy=$? ;;
255             'AdGrd') testoutput_var $1 "ADM  adjoint_gradient"  "ADM Ad Grad" $2 $3; yy=$? ;;
256             'FDGrd') testoutput_var $1 "ADM  finite-diff_grad"  "ADM FD Grad" $2 $3; yy=$? ;;
257               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
258               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
259               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
260               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
261               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
262               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
263               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
264               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
265               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
266               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
267               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
268               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
269               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
270               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
271               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
272               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
273            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
274               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
275            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
277            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
278               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
279            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
280               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
281             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
282             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
283             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
284             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
285             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
286             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
287             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
288             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
289             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
290             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
291             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
292             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
293             'uSImn') testoutput_var $1 "seaice_uice_min"   "SIce Uice min"   $2 $3; yy=$? ;;
294             'uSImx') testoutput_var $1 "seaice_uice_max"   "SIce Uice max"   $2 $3; yy=$? ;;
295             'uSIav') testoutput_var $1 "seaice_uice_mean"  "SIce Uice mean"  $2 $3; yy=$? ;;
296             'uSIsd') testoutput_var $1 "seaice_uice_sd"    "SIce Uice StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
297             'vSImn') testoutput_var $1 "seaice_vice_min"   "SIce Vice min"   $2 $3; yy=$? ;;
298             'vSImx') testoutput_var $1 "seaice_vice_max"   "SIce Vice max"   $2 $3; yy=$? ;;
299             'vSIav') testoutput_var $1 "seaice_vice_mean"  "SIce Vice mean"  $2 $3; yy=$? ;;
300             'vSIsd') testoutput_var $1 "seaice_vice_sd"    "SIce Vice StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
301            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
302            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
303            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
304            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
305            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
306            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
307                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
308              esac
309              if test $xx = $sVar
310              then allargs="$allargs > $yy <"
311              else allargs="$allargs $yy"
312              fi
313            done
314    
315            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
316            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
317            #-- fill line (up to standard length) with dot:
318              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
319              echo $allargs $adNul
320            else
321              echo $allargs
322            fi
323    # <-- same processing for adjoint & forward test
324  }  }
325    
326  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 288  genmakemodel() Line 337  genmakemodel()
337          (          (
338              cd $1;              cd $1;
339              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
340              if test "x$ADM" = x ; then              if test "x$MKDEPEND" != x ; then
341                  command="$command --mods=../code"                  command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
342              else              fi
343                if test "x$ADM" = xt ; then
344                  command="$command --mods=../code_ad"                  command="$command --mods=../code_ad"
345                  command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"              elif test "x$OADM" = xt ; then
346                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
347                else
348                    command="$command -mods=../code"
349              fi              fi
350              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
351                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
352              fi              fi
353              if test "x$IEEE" != x ; then              if test $OptLev = 1 ; then
354                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
355                fi
356                if test $OptLev = 0 ; then
357                    command="$command -devel"
358              fi              fi
359              if test "x$MPI" = xt ; then              if test "x$GSL" = xt ; then
360                    command="$command -gsl"
361                fi
362                if test "x$MPI" != x0 ; then
363                  command="$command -mpi"                  command="$command -mpi"
364              fi              fi
365              printf 'genmake ... ' 1>&2              if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
366              $command > make.log 2>&1              #- run multi-threaded using OpenMP:
367                    command="$command -omp"
368                fi
369                if test "x$USE_R4" = xt ; then
370                    command="$command -use_r4"
371                fi
372                if test "x$EXTRFLG" != x ; then
373                    command="$command -extra_flag $EXTRFLG"
374                fi
375                if test "x$TS" = xt ; then
376                    command="$command -ts"
377                fi
378                if test "x$PAPIS" = xt ; then
379                    command="$command -papis"
380                else
381                if test "x$PCLS" = xt ; then
382                    command="$command -pcls"
383                fi
384                fi
385                printf 'genmake ... '
386                eval $command > genmake.tr_log 2>&1
387              RETVAL=$?              RETVAL=$?
388              #  Reduce the size of the testing emails!              #  Reduce the size of the testing emails!
389              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
390              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
391                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
392                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
393                  cp genmake_* make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
394                  return 1                  return 1
395              else              else
396                  echo "successful" 1>&2                  echo "successful"
397              fi              fi
398          )          )
399      fi      fi
# Line 323  genmakemodel() Line 402  genmakemodel()
402  makeclean()  makeclean()
403  {  {
404      # makeclean directory      # makeclean directory
405        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
406      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
407          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
408      else      else
409          (          (
410              cd $1;              cd $1;
411              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
412              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
413                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
414                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
415                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
416                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
417                      tail make.log                      tail make.tr_log
418                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
419                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
420                      return 1                      return 1
421                  fi                  fi
422                    echo successful
423                else
424                    echo ''
425              fi              fi
             echo successful 1>&2  
426              exit 0              exit 0
427          )          )
428      fi      fi
429  }  }
430    
431  postclean()  run_clean()
432  {  {
433      # postclean directory      # run_clean directory
434      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
435            echo "run_clean skipped!"
436        else
437          (          (
438              cd $1;              cd $1;
439              if test -r Makefile ; then              printf 'clean run-dir ... '
440                  $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1              # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
441              fi              find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
442                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
443                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
444                find . -type l -exec rm {} \;
445                #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
446                rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
447                rm -rf mnc_test_*
448                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
449                echo successful
450              exit 0              exit 0
451          )          )
452      fi      fi
# Line 370  makedependmodel() Line 460  makedependmodel()
460      else      else
461          (          (
462              cd $1;              cd $1;
463              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
464              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
465              RETVAL=$?              RETVAL=$?
466              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
467                  tail make.log                  tail make.tr_log
468                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
469                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
470                  return 1                  return 1
471              else              else
472                  echo successful 1>&2                  echo successful
473              fi              fi
474          )          )
475      fi      fi
# Line 389  makemodel() Line 479  makemodel()
479  {  {
480      # makemodel directory      # makemodel directory
481      (      (
482        mk_fail=0
483        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
484            cd $1;
485            if test -x $EXECUTABLE ; then
486                echo "make skipped!"
487            else
488                echo "no executable!"
489                mk_fail=3
490            fi
491        else
492          cd $1;          cd $1;
493          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
494              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
495              if test "x$ADM" = x ; then              $MAKE $TARG >> make.tr_log 2>&1
                 if test "x$JOBS" = x ; then  
                     $MAKE >> make.log 2>&1  
                 else  
                     $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1  
                 fi  
             else  
                 $MAKE adall >> make.log 2>&1  
             fi  
496              RETVAL=$?              RETVAL=$?
497              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
498                  tail make.log                  tail make.tr_log
499                  echo failed 1>&2                  echo failed
500                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
501                  return 1                  tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
502                    rm -f $EXECUTABLE
503                    mk_fail=1
504              else              else
505                  echo successful 1>&2                  echo successful
506              fi              fi
507            else
508                echo "no Makefile !"
509                mk_fail=2
510          fi          fi
511        fi
512        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
513                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
514                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
515                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
516                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
517                                    >> $CDIR"/summary.txt"
518        fi
519        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
520      )      )
521  }  }
522    
523    mk_mpi_size()
524    {
525        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X
526        #
527        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
528        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
529        # return the effective number of processors.
530    
531        inp=$1
532        out=$2
533        np=$3
534        dirX=$4
535        tmp=TTT.$$
536    
537        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
538        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
539        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
540        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
541    
542        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
543        pp=0
544        i=1
545        while [ $i -le $px ] ; do
546          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
547            j=1
548            while [ $j -le $py ] ; do
549              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
550                ij=`expr $i \* $j`
551                if [ $ij -gt $pp ] ; then
552                    flag=1
553                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
554                    flag=$dirX
555                else
556                    flag=0
557                fi
558                if test $flag = 1 ; then
559                  if [ $ij -le $np ] ; then
560                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
561                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
562                  fi
563                fi
564              fi
565              j=`expr $j + 1`
566            done
567          fi
568          i=`expr $i + 1`
569        done
570    
571        #- create new SIZE.h type file:
572        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
573        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
574        if [ $verbose -gt 1 ]; then
575            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
576        fi
577        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
578        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
579        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
580        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
581        rm -f $tmp
582        return $pp
583    }
584    
585  symlink_mpifiles()  symlink_mpifiles()
586  {  {
587      # Put special links so that MPI specific files are used      # Put special links so that MPI specific files are used
# Line 422  symlink_mpifiles() Line 590  symlink_mpifiles()
590    
591      dir=$1      dir=$1
592      code_dir=$2      code_dir=$2
593      BUILD_DIR=$dir/$3      build_dir=$dir/$3
594      CODE_DIR=$dir/$code_dir  
       
595      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi      # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
596      MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`      MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
597    
598      #  Is this an MPI run?      for ii in $MPI_FILES ; do
599      if test "x$MPI" = xt ; then          i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
600          # YES: We symbolically link these files to the build          name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
601          # dir so long as there is no real file in place          file="../$code_dir/$i"
602          for ii in $MPI_FILES ; do          if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
603              i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
604              name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `          #  Is this an MPI run?
605              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          if test "x$MPI" = x0 ; then
606              RETVAL=$?              # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
607              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test -L $build_dir/$name ; then
608                  if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then                  ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
                     #echo Linking $name to $i  
                     (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)  
                 fi  
             fi  
         done  
     else  
         # NO: We undo any _mpi symbolically linked files  
         for ii in $MPI_FILES ; do  
             i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`  
             name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `  
             if test -L $BUILD_DIR/$name ; then  
                 cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1  
609                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
610                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
611                      #echo Un-linking $name from $linktarg                      if [ $verbose -gt 1 ]; then
612                      rm -f $BUILD_DIR/$name                          echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
613                        rm -f $build_dir/$name
614                  fi                  fi
615              fi              fi
616          done          else
617      fi              # YES: We symbolically link these files to the build
618                    # dir so long as there is no real file in place
619                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
620                RETVAL=$?
621                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
622                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
623                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
624                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
625                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
626                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
627                    fi
628                fi
629            fi
630        done
631  }  }
632    
633  linkdata()  linkdata()
634  {  {
635      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
636      #      #
637      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
638      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
639          (          (
640              cd $2              cd $1 ; shift
641              if test "x$ADM" = x ; then              echo 'linkdata from dirs:' $*
642                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
643                  for i in $files ; do              for xx in $inpMPI ; do
644                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
645                          ln -sf "../input/"$i $i                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
646                      fi                  yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
647                  done                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
648              else                      # not mpi test: remove symbolic link
649                  files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
650                  for i in $files ; do                  else
651                      if test ! -d "../input/"$i ; then                      # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
652                          ln -sf "../input/"$i $i                      if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
653                        if test ! -r $yy ; then
654                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
655                            printf " $xx" 1>&2
656                      fi                      fi
657                  done                  fi
658                  files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`                fi
659                  for i in $files ; do              done
660                      if test ! -d "../input_ad/"$i ; then              if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
661                          ln -sf "../input_ad/"$i $i              # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
662                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
663                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
664                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
665                        if test ! -r eedata ; then
666                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
667                            printf ' eedata.mth' 1>&2
668                      fi                      fi
669                  done                  else
670                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
671                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
672                    fi
673              fi              fi
674                prevDir='NONE'
675                for ldir in $* ; do
676                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
677                        printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
678                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
679                        for i in $files ; do
680                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
681                                if test ! -r $i  ; then
682                                    printf ' '$i 1>&2
683                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
684                                fi
685                            fi
686                        done
687                        printf ' ;' 1>&2
688                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
689                            "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
690                        else
691                            echo '' 1>&2
692                        fi
693                    fi
694                    prevDir=$ldir
695                done
696          )          )
697      fi      fi
698  }  }
# Line 499  runmodel() Line 701  runmodel()
701  {  {
702      # runmodel directory      # runmodel directory
703      #      #
704      #  runs "$COMMAND in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
705      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
706      (      (
707          cd $1          cd $1
708          printf 'runmodel ... ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
709          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
710          echo              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
711          rm -f run.log              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
712          # echo "COMMAND='$COMMAND'"              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
713          # echo "pwd='"`pwd`"'"              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
714          ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
715          RETVAL=$?              fi
716          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
717              tail run.log          fi
718              echo successful 1>&2          if test -L $EXECUTABLE ; then
719              # === Reduce the size of the testing emails!            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
720              # if test "x$ADM" = x ; then              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
721              #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"              outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
722              # else            else rm -f $EXECUTABLE
723              #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"            fi
724              # fi          fi
725              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi          if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
726                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
727                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
728            fi
729            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
730                rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
731                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
732                echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
733                RETVAL=8
734                ENDVAL=-1
735            else
736              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
737                # output do not exist or is older than executable:
738                rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
739                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
740                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
741                RETVAL=$?
742                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
743                if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
744                    find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
745                    find . -name "*.data" -exec rm {} \;
746                    rm -rf mnc_test_*
747                fi
748              else
749                RETVAL=0
750                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
751                touch $RUNLOG
752                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
753                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
754              fi
755            fi
756            rm -f run.log_tmp
757            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
758            if test -f $OUTPUTFILE ; then
759              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
760                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
761              if test "x$ADM" = xt ; then
762                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
763              fi
764            fi
765            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
766            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
767                echo successful
768                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
769                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
770                return 0
771            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
772                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
773                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
774                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
775                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
776              return 0              return 0
777          else          else
778              tail run.log              echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
779              echo failed 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
780              cp run.log $CDIR"/run.log"              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
781              if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
782              return 1              return 1
783          fi          fi
784      )      )
# Line 536  createcodelet() Line 788  createcodelet()
788  {  {
789      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
790    
791      printf "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
792      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
793  #include <stdio.h>  #include <stdio.h>
794  #include <math.h>  #include <math.h>
795  int main( int argc, char** argv )  {  int main( int argc, char** argv )  {
796    int linnum,best,lncnt;    int linnum,cmplin,best,lncnt;
797    double a,b,abave,relerr;    double a,b,abave,relerr;
798    best = -22;    best = -22;
799    lncnt = 0;    lncnt = 0;
800    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
801      scanf("%d", &linnum);      scanf("%d", &linnum);
802      if (linnum == -1)  break;      if (linnum == -1)  break;
803      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
804      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
805      if (abave > 0.0) {      if ( abave == abave ) {
806        relerr=fabs(a-b)/abave;        if (abave > 0.0) {
807        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }          relerr=fabs(a-b)/abave;
808        else { linnum = -16 ; }          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
809        best = (best > linnum) ? best : linnum;          else { cmplin = -16 ; }
810      }          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
811          else { cmplin = -22 ; }
812       /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
813          }
814       else {
815       /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
816          break; }
817    }    }
818    if (lncnt == 999) best=-29;    if (lncnt == 999) best=-29;
819      if (linnum != -1) best=-99;
820    printf("%d\n", -best);    printf("%d\n", -best);
821    return 0;    return 0;
822  }  }
823  EOF  EOF
824      $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm      $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
825    
826      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
827          echo "OK"          echo "OK"
828          return 0          return 0
829      else      else
830          echo          echo
831          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
832          echo "  a C compiler using the CC environment variable."          echo "  a C compiler using the CC environment variable."
833          exit 1          exit 1
834      fi      fi
# Line 582  formatresults() Line 841  formatresults()
841      nm=$1      nm=$1
842      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
843      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
844      printf '%3s' $@      listPrt=$@
845            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
846      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
847        printf '%3s' $listPrt
848    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
849    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
850    
851        if [ $xx = '..' ]; then
852            printf ' N/O '
853        elif [ $xx = '--' ]; then
854            printf ' N/O '
855        elif [ $xx = 99 ]; then
856          printf ' N/O '          printf ' N/O '
857      else      else
858          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
859              printf ' pass'              printf ' pass'
860          else          else
861              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 595  formatresults() Line 863  formatresults()
863      fi      fi
864      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
865      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
866    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
867  }  }
868    
869  scandirs()  scandirs()
870  {  {
871      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
872          for arg in * ; do          for arg in * ; do
873              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
874          done          done
875      else      else
876          echo $*          echo $*
877      fi      fi
878  }  }
879    
880    
881    check_eedata()
882    {
883        # check_eedata eedata size.h
884        if [ $# -eq 2 ] ; then
885         if test -f $1 -a -f $2 ; then
886          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
887          sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
888          if test "x$nx" = x ; then
889            rx=10
890          else
891            rx=`expr $sx % $nx`
892          fi
893          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
894          sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
895          if test "x$ny" = x ; then
896            ry=20
897          else
898            ry=`expr $sy % $ny`
899          fi
900          echo `expr $rx + $ry`
901         else
902          echo '-1'
903         fi
904        elif [ $# -eq 1 ] ; then
905         if test -f $1 ; then
906          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
907          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
908          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
909          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
910         #echo $nx $ny
911          echo $nx
912         else
913          echo '-1'
914         fi
915        else
916          echo '-2'
917        fi
918    
919    }
920    
921  ###############################################################################  ###############################################################################
922    
923    
924  #  Default properties  #  Default properties
925  debug=0  debug=0
926  verbose=1  verbose=1
927  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
 expts=''  
 # ieee=1  
928    
929  IEEE=true  IEEE=true
930  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
931      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
932  fi  fi
933    OptLev=1
934    GSL=f
935    
936  CLEANUP=f  CLEANUP=f
937    NORUN=f
938  QUICK=f  QUICK=f
939    NOMAKE=f
940  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
941  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
942  NODEPEND=f  NODEPEND=f
943  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
944    
945  BASH=  BASH=
946  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
947  ADDRESSES=  ADDRESSES=
948  TESTDIRS=  TESTDIRS=
949    SKIPDIRS=
950  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
951  HAVE_MPACK=  HAVE_MPACK=
952  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK=
953  COMMAND=  COMMAND=
954    MKDEPEND=
955  if test "x$MAKE" = x ; then  if test "x$MAKE" = x ; then
956      MAKE=make      MAKE=make
957  fi  fi
# Line 667  if test "x$CC" = x ; then Line 959  if test "x$CC" = x ; then
959      CC=cc      CC=cc
960  fi  fi
961  JOBS=  JOBS=
962  MPI=f  TARG=
963    MPI=0
964    MPI_MFILE=
965    MULTI_THREAD=f
966    OUTDIR=
967  DELDIR=  DELDIR=
968    USE_R4=
969    EXTRFLG=
970    
971  ADM=  ADM=
972    OADM=
973    
974  # Additional monitor types  # list of pTracers to check for monitor output
975  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"  PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
976    
977    MATCH_CRIT=10
978    
979  printf "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
980    
981  ac_prev=  ac_prev=
# Line 688  for ac_option ; do Line 989  for ac_option ; do
989      fi      fi
990    
991      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
992        
993      case $ac_option in      case $ac_option in
994                    
995          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
996              usage ;;  
997                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
998          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
999              ac_prev=OPTFILE ;;  
1000          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
1001              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
1002                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
1003          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
1004              ac_prev=ADDRESSES ;;  
1005          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
1006              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
1007            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
1008          -tdir | --tdir | -t | --t)          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
1009              ac_prev=TESTDIRS ;;  
1010          -tdir=* | --tdir=*)          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1011              TESTDIRS=$ac_optarg ;;          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1012    
1013          -bash | --bash | -b | --b)          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1014              ac_prev=BASH ;;          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1015          -bash=* | --bash=*)  
1016              BASH=$ac_optarg ;;          -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1017            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1018          -command | --command | -c | --c)  
1019              ac_prev=COMMAND ;;          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1020          -command=* | --command=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1021              COMMAND=$ac_optarg ;;  
1022            -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1023          -make | --make | -m | --m)          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
   
         -j) ac_prev=JOBS ;;  
         -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;  
   
         -clean | --clean)  
             CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;  
   
         -quick | --quick | -q | --q)  
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1024    
1025          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1026              POSTCLEAN=t ;;          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
1027    
1028          -mpi) MPI=t ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1029            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
1030    
1031            -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1032            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1033    
1034            -ef | --ef) ac_prev=EXTRFLG ;;
1035            -ef=* | --ef=*) EXTRFLG=$ac_optarg ;;
1036    
1037            -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1038    
1039            -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1040            -obj | --obj ) TARG='obj' ; NORUN=t ;;
1041            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1042            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1043            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1044            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1045            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1046    
1047            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1048            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1049    
1050            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1051            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1052            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1053    
1054            -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1055            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1056    
1057            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1058    
1059          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
1060            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1061    
1062          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee)   echo "Warning: ignore option '-ieee' (already the default)"
1063          -noieee) IEEE= ;;                   printf " ... " ;;
1064            -noieee) echo "Warning: will use option '-fast' instead of '-noieee' (obsolete)"
1065                     printf " ... " ; OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1066            -fast)  OptLev=`expr $OptLev \* 2` ;;
1067            -devel) OptLev=0 ;;
1068            -gsl) GSL=t ;;
1069    
1070          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1071          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 760  for ac_option ; do Line 1073  for ac_option ; do
1073    
1074          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1075    
1076          -*)          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1077              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option  
1078              usage          -ts) TS=t;;
1079              ;;          -papis) PAPIS=t;;
1080                    -pcls) PCL=t;;
1081          *)  
1082              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1083              usage              usage ;;
1084              ;;          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1085                        usage ;;
1086    
1087       esac       esac
1088        
1089  done  done
1090    
1091  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 780  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1094  if test "x$QUICK" = xt ; then
1094      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1095  fi  fi
1096    
1097    #- check length of MPI machine file:
1098    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1099        if test -r $MPI_MFILE ; then
1100            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1101            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1102              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1103              usage
1104            fi
1105            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1106                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1107            fi
1108        else
1109              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1110              usage
1111        fi
1112    fi
1113    
1114    #- setting for forward or ADM testing
1115    if test "x$ADM" = xt ; then
1116        if test "x$TARG" = xobj ; then TARG=adobj ; else TARG=adall ; fi
1117        code_dir=code_ad
1118        inputdir=input_ad
1119        ref_outp="output_adm.txt"
1120        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1121    elif test "x$OADM" = xt ; then
1122        TARG=adAll
1123        code_dir=code_oad
1124        inputdir=input_oad
1125        ref_outp="output_oadm.txt"
1126        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1127    else
1128        if test "x$JOBS" != x ; then TARG="-j $JOBS $TARG" ; fi
1129        code_dir=code
1130        inputdir=input
1131        ref_outp="output.txt"
1132        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1133    fi
1134    
1135    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1136  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1137      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1138    elif test $xx = 'start_from' ; then
1139        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1140        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1141    else
1142        #- expand group of experiments:
1143        LIST=" "
1144        for xx in $TESTDIRS
1145        do
1146          case $xx in
1147            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1148                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1149                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1150                    ;;
1151            'tutorials')
1152                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1153            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1154          esac
1155        done
1156  fi  fi
1157    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1158    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1159    TESTDIRS=" "
1160    count=0
1161    for xx in $LIST
1162    do
1163        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1164        if test $yy = 0 ; then
1165            if test -d $xx ; then
1166                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1167                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1168            else count=1 ;
1169                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1170            fi
1171        else
1172            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1173            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1174            fi
1175        fi
1176    done
1177    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1178    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1179    
1180  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1181      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1182  fi  fi
1183    
1184  if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1185      COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"  RUNLOG="run.tr_log"
1186  fi  OUTPUTFILE=$ref_outp
   
1187  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
1188      COMMAND="$MAKE output.txt"      COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1189    fi
1190    if test "x$MPI" != x0 ; then
1191        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1192  fi  fi
1193    
1194  echo "OK"  echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1195    
1196    # set the Default List of output variables to be checked:
1197    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1198    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1199    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1200    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1201        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1202        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1203        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1204        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1205        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1206    else
1207        DEF_CHECK_LIST='AdGrd Cost AdGrd FDGrd'
1208        EMPTY_RESULTS='.. .. ..'
1209        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1210    fi
1211    
1212  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1213  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1214        echo "skipping comparison code build"
1215    else
1216        createcodelet
1217    fi
1218    
1219  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1220  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1221      echo "skipping mpack build"      echo "skipping mpack build"
1222  else  else
1223      build_mpack      build_mpack
1224  fi  fi
1225    
1226  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1227    CMDLINE=$0
1228    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1229        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1230                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1231    done
1232    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1233  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1234  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1235  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1236  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1237    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1238        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1239    else
1240        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1241        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1242    fi
1243  DNUM=0  DNUM=0
1244  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1245  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 826  if test "x$RETVAL" != x0 ; then Line 1253  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1253      exit 1      exit 1
1254  fi  fi
1255  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
 printf "Start time:  " >> $SUMMARY  
1256  start_date=`date`  start_date=`date`
1257  echo $start_date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1258    echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1259    echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
1260    
1261  of_path=  of_path=
1262  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 852  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1280  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1280      fi      fi
1281  else  else
1282      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1283      echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY      echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1284      echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY      #-note: to be filled later after 1rst run
1285  fi  fi
1286  echo  echo
1287  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1288  if test "x$ADM" = x ; then  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1289      line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"      if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1290        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1291        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1292           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1293      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"      line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1294      line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."      line_2="e p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1295      line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"      line_3="n n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1296      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."      line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1297      for ii in $PTRACERS_NUM ; do      for ii in $PTRACERS_NUM ; do
         #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`  
         #  if test "x$tst" = xt ; then  
1298          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"          line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1299          line_1="$line_1        m  s"          line_1="$line_1        m  s"
1300          line_2="$line_2  m  m  e  ."          line_2="$line_2  m  m  e  ."
1301          line_3="$line_3  i  a  a  d"          line_3="$line_3  i  a  a  d"
1302          line_4="$line_4  n  x  n  ."          line_4="$line_4  n  x  n  ."
         #  fi  
1303      done      done
1304      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1305      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY      echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
# Line 882  if test "x$ADM" = x ; then Line 1310  if test "x$ADM" = x ; then
1310  else  else
1311      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY      echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1312      echo >> $SUMMARY      echo >> $SUMMARY
1313        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1314        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1315        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1316        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1317      cat << EOF | tee -a $SUMMARY      cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1318  G D M    C  G  G D M    C  A  F
1319  E p a R  o  r  e p a R  o  d  D
1320  N n k u  s  a  n n k u  s  G  G
1321  2 d e n  t  d  2 d e n  t  r  r
1322    
1323  EOF  EOF
1324  fi  fi
1325    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1326    
1327  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1328  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1329        
1330        # set builddir & rundir:
1331        builddir="build"
1332        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1333        rundir="run"
1334        pfxdir="tr_$rundir"
1335        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1336            rundir=$builddir
1337        fi
1338        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1339        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1340    
1341      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1342      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1343          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1344              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1345            (   cd $BUILD_DIR
1346                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1347                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1348                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1349            )
1350            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1351                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1352                run_clean $dir/$rundir
1353          fi          fi
1354          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1355              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1356            if test $ttd != 0 ; then
1357                echo '  --- rm dir:' $trdir
1358                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1359          fi          fi
         (  
             cd $dir  
             rm -rf tr_run.*  
         )  
1360          continue          continue
1361      fi      fi
1362    
1363      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1364      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1365      fout=      fout=$dir"/results/"$ref_outp
     if test "x$ADM" = x ; then  
         fout=$dir"/results/output.txt"  
     else  
         fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"  
     fi  
1366      if test ! -r $fout ; then      if test ! -r $fout ; then
1367          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"          echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1368          continue          continue
1369      fi      fi
     if test "x$ADM" = x ; then  
         check_for_add_mon_output  $fout  
     fi  
1370    
1371      # Check for additional types of monitor output      # Check for specific files for particular type of run
1372    
1373      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1374      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1375      use_seperate_build=0          continue
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1376      fi      fi
1377            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1378      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1379      extra_runs=          continue
     if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then  
         ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`  
         echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"  
         for exd in $ex_run_dirs ; do  
             name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`  
             outf="$dir/results/output.txt.$name"  
             if test -f $outf -a -r $outf ; then  
                 extra_runs="$extra_runs $name"  
             fi  
         done  
1380      fi      fi
1381    
1382      if test "x$ADM" = x ; then      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1383          code_dir=code          prefer_X=0
1384          CODE_DIR=$dir/code          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1385      else              retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`
1386          code_dir=code_ad              if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi
1387          CODE_DIR=$dir/code_ad          fi
1388            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1389            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X
1390            LOC_NPROC=$?
1391            (   cd $BUILD_DIR
1392                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1393                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1394                else RETVAL=1
1395                fi
1396                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1397                    rm -f tr_size.mpi
1398                else
1399                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1400                fi
1401            )
1402            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1403                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1404                rm -f $LOC_MFILE
1405                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1406                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1407                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1408                    rm -f $LOC_MFILE
1409                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1410                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1411                fi
1412                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1413                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1414                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1415                fi
1416            fi
1417            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1418                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1419                if test $retv != 0 ; then
1420                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1421                    continue
1422                fi
1423            fi
1424      fi      fi
     BUILD_DIR=$dir/$builddir  
1425    
1426      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1427          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"      extra_runs=
1428          continue      if test "x$NORUN" = xf ; then
1429            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1430      fi      fi
1431        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1432        for exd in $ex_run_dirs ; do
1433            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1434            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1435            outf="$dir/results/$refExOut"
1436            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1437              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1438                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1439                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1440                    extra_runs="$extra_runs $name"
1441                  else
1442                    retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1443                    if test $retv = 0 ; then
1444                        extra_runs="$extra_runs $name"
1445                    else
1446                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1447                    fi
1448                  fi
1449                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1450                fi
1451              else
1452                extra_runs="$extra_runs $name"
1453              fi
1454            fi
1455        done
1456    
     echo "-------------------------------------------------------------------------------"  
1457      echo      echo
1458      echo "Experiment:  $dir"      if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1459           echo "Experiment:  $dir"
1460        else
1461           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1462        fi
1463      echo      echo
1464      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1465      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'      results=$EMPTY_RESULTS
1466    
1467      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1468      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1469      mkdir $rel_CDIR      mkdir $locDIR
1470      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"      #- report to this experiment local summary file ---
1471            echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1472      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1473          makeclean $dir/$builddir      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1474        CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1475    
1476        if test "x$NORUN" = xt ; then
1477                run=N
1478            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1479                && makeclean $dir/$builddir \
1480                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1481                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1482                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1483      else      else
1484          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1485              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1486              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \              && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1487              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1488              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1489              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
1490                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1491              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1492              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1493      fi      fi
1494            #echo "results='$results'"
1495      echo  
     if test "x$ADM" = x ; then  
1496          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1497          echo          echo 1>&2
1498          echo "$fres" >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1499          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"  
         echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1500    
1501          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1502              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"              unset run
1503              for ldir in input.$ex input ; do              results=$EMPTY_RESULTS
1504                  (              #  reference output file
1505                      cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1506                      ls -1 2>/dev/null \              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1507                          | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1508                  ) > tr_exrun_links              mkdir $locDIR
1509                  (              #- report to this experiment local summary file ---
1510                      cd "$dir/tr_run.$ex"              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1511                      cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1512                          if test ! "x$i" = x ; then              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1513                              test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1514                          fi              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1515                      done              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1516                  )              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1517                  test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1518              done              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
             ldir=build  
             (  
                 cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1  
                 ls -1 Makefile *.[fFhco] mitgcmuv  2>/dev/null \  
                     | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'  
             ) > tr_exrun_links  
             (  
                 cd "$dir/tr_run.$ex"  
                     cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do  
                         if test ! "x$i" = x ; then  
                             test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i  
                         fi  
                     done  
             )  
             test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links  
             runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \  
                 && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`  
             fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`  
1519              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1520              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1521              echo              echo 1>&2
1522              echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1523              echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1524              echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1525              echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1526              echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              fi
             echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1527          done          done
1528      else  
1529          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`      if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1530          fres=$fres"$results   $dir"          if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1531          echo              mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1532          echo "$fres" >> $SUMMARY              echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1533          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"              sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1534          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1535          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1536          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"                  eval $mkOpt
1537          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"                  sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1538                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1539                    RETVAL=$?
1540                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1541                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1542                    else rm -f tr_0.tmp_log
1543                    fi
1544                fi
1545                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1546                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1547                RETVAL=$?
1548                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1549                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1550                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1551                            | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1552                    sed -n '1p' tr_1.tmp_log >> $DRESULTS/genmake_state
1553                    sed -n '2,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1554                            >> $DRESULTS/genmake_state
1555                    rm -f tr_1.tmp_log
1556                fi
1557            fi
1558        fi
1559        #postclean $dir/$builddir
1560        if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1561            makeclean $dir/$builddir \
1562                && run_clean $dir/$rundir
1563      fi      fi
1564        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1565    
     postclean $dir/$builddir  
       
1566      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1567        
1568  done  done
1569    
1570  printf "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1571  echo $start_date >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1572  printf "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1573  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1574    
# Line 1091  else Line 1593  else
1593              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"              echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1594              echo "  \"$ADDRESSES\""              echo "  \"$ADDRESSES\""
1595              echo              echo
1596                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1597                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1598          fi          fi
         test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"  
         test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"  
1599      fi      fi
1600  fi  fi
1601    
1602  # rm -f tmp_cmpnum.f a.out  if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1603  rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum      rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1604    fi
1605    
1606  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1607      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1608      if test -e tr_out.txt ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1609          mv tr_out.txt tr_out.txt.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1610      fi      fi
1611      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1612  fi  fi
1613    
1614  if test "x$DELDIR" = xt ; then  if test "x$DELDIR" = xt ; then

Legend:
Removed from v.1.69  
changed lines
  Added in v.1.170

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