/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.155 by jmc, Wed Jan 19 22:12:55 2011 UTC revision 1.163 by jmc, Wed May 18 22:03:57 2011 UTC
# Line 14  usage() Line 14  usage()
14      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17        echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
19      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
20      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
# Line 41  usage() Line 42  usage()
42      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
43      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
44      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
45      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
46      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
47      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
48      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
49      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
50      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
51      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
52      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
53      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
54      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
55      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
56      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
57        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
58        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
59      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
60      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
61      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 235  testoutput_run() Line 238  testoutput_run()
238            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`            listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
239          fi          fi
240          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
         #- report to this experiment local summary file ---  
         echo "MACH='$MACH'" > $locDIR"/summary.txt"  
         echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         echo "DATE='$DATE'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $1/$2/$OUTPUTFILE \  
          | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $locDIR"/summary.txt"  
241          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"          echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
242          #---          #---
243          allargs=""          allargs=""
# Line 427  run_clean() Line 424  run_clean()
424              find . -name "*.data" -exec rm {} \;              find . -name "*.data" -exec rm {} \;
425              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;              find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
426              find . -type l -exec rm {} \;              find . -type l -exec rm {} \;
427              rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime              #- should remove executable only if sym-link (alredy done above)
428                rm -f $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
429              rm -rf mnc_test_*              rm -rf mnc_test_*
430              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000              rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
431              echo successful              echo successful
# Line 463  makemodel() Line 461  makemodel()
461  {  {
462      # makemodel directory      # makemodel directory
463      (      (
464        mk_fail=0
465      if test "x$NOMAKE" = xt ; then      if test "x$NOMAKE" = xt ; then
466          cd $1;          cd $1;
467          if test -x $EXECUTABLE ; then          if test -x $EXECUTABLE ; then
468              echo "make skipped!"              echo "make skipped!"
469          else          else
470              echo "no executable!"              echo "no executable!"
471              return 2              mk_fail=3
472          fi          fi
473      else      else
474          cd $1;          cd $1;
# Line 490  makemodel() Line 489  makemodel()
489              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
490                  tail make.tr_log                  tail make.tr_log
491                  echo failed                  echo failed
492                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR                  cp genmake.log genmake.tr_log $CDIR
493                    tail -$NBLINES_MKLOG make.tr_log > $CDIR"/make.tr_log_tail"
494                  rm -f $EXECUTABLE                  rm -f $EXECUTABLE
495                  return 1                  mk_fail=1
496              else              else
497                  echo successful                  echo successful
498              fi              fi
499            else
500                echo "no Makefile !"
501                mk_fail=2
502          fi          fi
503      fi      fi
504        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
505                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
506                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
507                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
508                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
509                                    >> $CDIR"/summary.txt"
510        fi
511        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
512      )      )
513  }  }
514    
515  mk_mpi_size()  mk_mpi_size()
516  {  {
517      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb      # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb prefer_to_split_X
518      #      #
519      # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)      # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
520      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;      #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
# Line 512  mk_mpi_size() Line 523  mk_mpi_size()
523      inp=$1      inp=$1
524      out=$2      out=$2
525      np=$3      np=$3
526        dirX=$4
527      tmp=TTT.$$      tmp=TTT.$$
528    
529      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`      px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
# Line 529  mk_mpi_size() Line 541  mk_mpi_size()
541            if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then            if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
542              ij=`expr $i \* $j`              ij=`expr $i \* $j`
543              if [ $ij -gt $pp ] ; then              if [ $ij -gt $pp ] ; then
544                    flag=1
545                elif [ $ij -eq $pp ] ; then
546                    flag=$dirX
547                else
548                    flag=0
549                fi
550                if test $flag = 1 ; then
551                if [ $ij -le $np ] ; then                if [ $ij -le $np ] ; then
552                  ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij                  ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
553                  #echo "  ix,jy= $ix,$jy"                  #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
# Line 679  runmodel() Line 698  runmodel()
698      (      (
699          cd $1          cd $1
700          printf 'runmodel in %s ... ' $1          printf 'runmodel in %s ... ' $1
701            if test "x$MPI" != x0 ; then
702                #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
703                #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
704                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
705                if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
706                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
707                fi
708                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
709            fi
710          if test -L $EXECUTABLE ; then          if test -L $EXECUTABLE ; then
711            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then            if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
712              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1              cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
# Line 690  runmodel() Line 718  runmodel()
718              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp              echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
719              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .              ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
720          fi          fi
         if test "x$MPI" != x0 ; then  
             #- adjust the MPI run command with the right number of Procs  
             #echo "COMMAND='$COMMAND'"  
             COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $NPROC_MPI /"`  
             #COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / $MFILE_MPI /"`  
             #echo "COMMAND='$COMMAND'"  
         fi  
721          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
722                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
723                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
724                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
725                  RETVAL=8              RETVAL=8
726                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
727          else          else
728              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
729                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
730                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $OUTPUTFILE $RUNLOG ; touch $RUNLOG
731                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
732                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
733                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
734              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
735                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
736                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
737                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
738                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
                 else  
                     touch $RUNLOG  
                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi  
                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1  
                     echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1  
                 fi  
739              fi              fi
740              #ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
741                RETVAL=0
742              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
743                touch $RUNLOG
744                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
745                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
746              fi
747          fi          fi
748          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
749            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
750            if test -f $OUTPUTFILE ; then
751              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
752                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
753              if test "x$ADM" = xt ; then
754                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
755              fi
756            fi
757            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
758          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
759              echo successful              echo successful
760              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
761              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
             # === Reduce the size of the testing emails!  
             #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE  
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
762              return 0              return 0
763          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
764              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)              #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
# Line 745  runmodel() Line 771  runmodel()
771              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2              printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
772              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2              tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
773              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG              cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
             if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi  
774              return 1              return 1
775          fi          fi
776      )      )
# Line 847  scandirs() Line 872  scandirs()
872    
873  check_eedata()  check_eedata()
874  {  {
875      # check_eedata size.h eedata      # check_eedata eedata size.h
876      if [ $# -eq 2 ] ; then      if [ $# -eq 2 ] ; then
877        if test -f $1 -a -f $2 ; then       if test -f $1 -a -f $2 ; then
878        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`        nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
879        nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`        sx=`grep "^     & *nSx *=" $2 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
880        if test "x$nx" = x ; then        if test "x$nx" = x ; then
881          rx=10          rx=10
882        else        else
883          rx=`expr $sx % $nx`          rx=`expr $sx % $nx`
884        fi        fi
885        sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`        ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
886        ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`        sy=`grep "^     & *nSy *=" $2 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
887        if test "x$ny" = x ; then        if test "x$ny" = x ; then
888          ry=20          ry=20
889        else        else
890          ry=`expr $sy % $ny`          ry=`expr $sy % $ny`
891        fi        fi
892        echo `expr $rx + $ry`        echo `expr $rx + $ry`
893      else       else
894        echo '-1'        echo '-1'
895        fi       fi
896        elif [ $# -eq 1 ] ; then
897         if test -f $1 ; then
898          nx=`grep "^ *nTx *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
899          if test "x$nx" = x ; then nx=1 ; fi
900          ny=`grep "^ *nTy *=" $1 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
901          if test "x$ny" = x ; then ny=1 ; fi
902         #echo $nx $ny
903          echo $nx
904         else
905          echo '-1'
906         fi
907      else      else
908        echo '-2'        echo '-2'
909      fi      fi
# Line 880  check_eedata() Line 916  check_eedata()
916  #  Default properties  #  Default properties
917  debug=0  debug=0
918  verbose=1  verbose=1
919  clean=0  NBLINES_MKLOG=16000
920    
921  IEEE=true  IEEE=true
922  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
# Line 895  NOMAKE=f Line 931  NOMAKE=f
931  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
932  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
933  NODEPEND=f  NODEPEND=f
934  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
935    
936  BASH=  BASH=
937  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 915  if test "x$CC" = x ; then Line 951  if test "x$CC" = x ; then
951  fi  fi
952  JOBS=  JOBS=
953  MPI=0  MPI=0
954    MPI_MFILE=
955  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
956  OUTDIR=  OUTDIR=
957  DELDIR=  DELDIR=
# Line 944  for ac_option ; do Line 981  for ac_option ; do
981    
982      case $ac_option in      case $ac_option in
983                    
984          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
985              usage ;;  
986                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
987          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
988              ac_prev=OPTFILE ;;  
989          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
990              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
991                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
992          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
993              ac_prev=ADDRESSES ;;  
994          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
995              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
996          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
997              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
998          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
999              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
1000            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
1001          -tdir | --tdir | -t | --t)  
1002              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
1003          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
1004              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
1005            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
1006          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
1007              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
1008          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
1009              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
1010    
1011          -bash | --bash | -b | --b)          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
1012              ac_prev=BASH ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
1013          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)  
1014              BASH=$ac_optarg ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
1015            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
         -command | --command | -c | --c)  
             ac_prev=COMMAND ;;  
         -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)  
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -makedepend | --makedepend | -md | --md)  
             ac_prev=MKDEPEND ;;  
         -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)  
             MKDEPEND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
1016    
1017          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
1018          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
# Line 1007  for ac_option ; do Line 1020  for ac_option ; do
1020          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
1021          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1022    
1023          -clean | --clean)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;  
1024    
1025          -norun | --norun | -nr | --nr)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1026              NORUN=t ;;          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1027          -runonly | --runonly | -ro | --ro)          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1028              QUICK=t ; NOMAKE=t ;;          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1029          -quick | --quick | -q | --q)          -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1030              QUICK=t ;;          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
1031    
1032          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1033              POSTCLEAN=t ;;          -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1034    
1035          -mpi | --mpi) MPI=2 ;;          -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1036          -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;          -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1037          -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;          -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1038    
1039            -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1040            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1041    
1042          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1043    
1044          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
   
1045          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1046    
1047          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
1048          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
1049          -gsl) GSL=t ;;          -gsl) GSL=t ;;
1050    
1051          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1052          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 1052  for ac_option ; do Line 1060  for ac_option ; do
1060          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
1061          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1062    
1063          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1064              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1065              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1066              ;;              usage ;;
   
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
1067    
1068       esac       esac
1069    
# Line 1072  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1075  if test "x$QUICK" = xt ; then
1075      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1076  fi  fi
1077    
1078    #- check length of MPI machine file:
1079    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1080        if test -r $MPI_MFILE ; then
1081            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1082            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1083              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1084              usage
1085            fi
1086            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1087                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1088            fi
1089        else
1090              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1091              usage
1092        fi
1093    fi
1094    
1095  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1096  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1097      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
# Line 1139  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1159  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1159      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1160  fi  fi
1161    
1162    LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1163  RUNLOG="run.tr_log"  RUNLOG="run.tr_log"
1164  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1165  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
# Line 1327  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1348  for dir in $TESTDIRS ; do
1348    
1349      # Check for specific files for particular type of run      # Check for specific files for particular type of run
1350    
1351      if test "x$MPI" != "x0" ; then      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi"  -a "x$MPI" != "x0" ; then
1352          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1353              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs          continue
             mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI  
             NPROC_MPI=$?  
             (   cd $BUILD_DIR  
                 if test -r SIZE.h.mpi ; then  
                     cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?  
                 else RETVAL=1  
                 fi  
                 if test "x$RETVAL" = x0 ; then  
                     rm -f tr_size.mpi  
                 else  
                     rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi  
                 fi  
             )  
         else  
             echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"  
             continue  
         fi  
1354      fi      fi
1355      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1356          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1357          continue          continue
1358      fi      fi
1359      if test "x$MPI" != "x0" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then  
1360          retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/input/eedata.mth"`      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1361          if test $retv != 0 ; then          prefer_X=0
1362              echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"          if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1363              continue              retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth"`
1364                if test $retv = 1 ; then prefer_X=1 ; fi
1365            fi
1366            #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1367            mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI $prefer_X
1368            LOC_NPROC=$?
1369            (   cd $BUILD_DIR
1370                if test -r SIZE.h.mpi ; then
1371                    cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1372                else RETVAL=1
1373                fi
1374                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1375                    rm -f tr_size.mpi
1376                else
1377                    rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1378                fi
1379            )
1380            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1381                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1382                rm -f $LOC_MFILE
1383                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1384                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1385                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1386                    rm -f $LOC_MFILE
1387                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1388                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1389                fi
1390                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1391                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1392                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1393                fi
1394            fi
1395            if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1396                retv=`check_eedata $dir"/input/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1397                if test $retv != 0 ; then
1398                    echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1399                    continue
1400                fi
1401          fi          fi
1402      fi      fi
1403    
# Line 1376  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1417  for dir in $TESTDIRS ; do
1417                if test "x$MPI" = "x0" ; then                if test "x$MPI" = "x0" ; then
1418                  extra_runs="$extra_runs $name"                  extra_runs="$extra_runs $name"
1419                else                else
1420                  retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`                  retv=`check_eedata $dir"/"$exd"/eedata.mth" $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi"`
1421                  if test $retv = 0 ; then                  if test $retv = 0 ; then
1422                      extra_runs="$extra_runs $name"                      extra_runs="$extra_runs $name"
1423                  else                  else
# Line 1401  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1442  for dir in $TESTDIRS ; do
1442      unset genmake makedepend make run      unset genmake makedepend make run
1443      results=$EMPTY_RESULTS      results=$EMPTY_RESULTS
1444    
1445      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1446      locDIR=$DRESULTS"/"$dir      locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1447      mkdir $locDIR      mkdir $locDIR
1448        #- report to this experiment local summary file ---
1449        echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1450        echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1451        echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1452      CDIR=`pwd`"/$locDIR"      CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1453    
1454      if test "x$NORUN" = xt ; then      if test "x$NORUN" = xt ; then
# Line 1429  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1474  for dir in $TESTDIRS ; do
1474          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1475          echo 1>&2          echo 1>&2
1476          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
         touch $locDIR"/summary.txt"  
1477          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
         echo "tdir='$dir'" >> $locDIR"/summary.txt"  
         if test "x$ADM" = xt ; then  
             head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
             grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \  
                                 >> $locDIR"/summary.txt"  
         fi  
1478    
1479          for ex in $extra_runs ; do          for ex in $extra_runs ; do
1480              unset run              unset run
1481              results=$EMPTY_RESULTS              results=$EMPTY_RESULTS
1482              #  reference output file              #  reference output file
1483              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1484              #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1485              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1486              mkdir $locDIR              mkdir $locDIR
1487                #- report to this experiment local summary file ---
1488                echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1489                #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1490                #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1491              CDIR=`pwd`"/$locDIR"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1492              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1493              run_clean $dir/$pfxdir.$ex              run_clean $dir/$pfxdir.$ex
# Line 1456  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1498  for dir in $TESTDIRS ; do
1498              fres="$fres.$ex"              fres="$fres.$ex"
1499              echo 1>&2              echo 1>&2
1500              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
             touch $locDIR"/summary.txt"  
1501              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1502              echo "tdir='$dir.$ex'" >> $locDIR"/summary.txt"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
             if test "x$ADM" = xt ; then  
                 head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $locDIR"/summary.txt"  
                 grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \  
                                    >> $locDIR"/summary.txt"  
             fi  
             if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then  
1503                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1504              fi              fi
1505          done          done
# Line 1499  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1534  for dir in $TESTDIRS ; do
1534          fi          fi
1535      fi      fi
1536      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1537      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1538          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1539              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1540      fi      fi
1541        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1542    
1543      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1544    
Legend:
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changed lines
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