/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.155 by jmc, Wed Jan 19 22:12:55 2011 UTC revision 1.156 by jmc, Thu Jan 20 21:55:52 2011 UTC
# Line 14  usage() Line 14  usage()
14      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17        echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
19      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
20      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
# Line 41  usage() Line 42  usage()
42      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
43      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
44      echo "                             (DEF=\"hostname\")"      echo "                             (DEF=\"hostname\")"
45      echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"  #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
46      echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"  #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
47      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"      echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
48      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"      echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
49      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"      echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
50      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
51      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"      echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
52      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"      echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
53      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
54      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
55      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
56      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
57        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
58        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
59      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"      echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
60      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"      echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
61      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"      echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
# Line 692  runmodel() Line 695  runmodel()
695          fi          fi
696          if test "x$MPI" != x0 ; then          if test "x$MPI" != x0 ; then
697              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
698              #echo "COMMAND='$COMMAND'"              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
699              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $NPROC_MPI /"`              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
700              #COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / $MFILE_MPI /"`              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
701              #echo "COMMAND='$COMMAND'"                COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
702                fi
703                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
704          fi          fi
705          if test ! -x $EXECUTABLE ; then          if test ! -x $EXECUTABLE ; then
706                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
707                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
708                  echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG              echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
709                  RETVAL=8              RETVAL=8
710                  ENDVAL=-1              ENDVAL=-1
711          else          else
712              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then            if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
713                # output do not exist or is older than executable:              # output do not exist or is older than executable:
714                  rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG              rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
715                  if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi              if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
716                  ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1              ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
717                  RETVAL=$?              RETVAL=$?
718              else              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
719                  RETVAL=0              if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
720                  if test -f $RUNLOG ; then                  find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
721                      if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi                  find . -name "*.data" -exec rm {} \;
722                      echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1                  rm -rf mnc_test_*
                 else  
                     touch $RUNLOG  
                     if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi  
                     echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1  
                     echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1  
                 fi  
723              fi              fi
724              #ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`            else
725                RETVAL=0
726              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`              ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
727                touch $RUNLOG
728                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
729                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
730              fi
731          fi          fi
732          rm -f run.log_tmp          rm -f run.log_tmp
733          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then          if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
# Line 880  check_eedata() Line 884  check_eedata()
884  #  Default properties  #  Default properties
885  debug=0  debug=0
886  verbose=1  verbose=1
 clean=0  
887    
888  IEEE=true  IEEE=true
889  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
# Line 895  NOMAKE=f Line 898  NOMAKE=f
898  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
899  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
900  NODEPEND=f  NODEPEND=f
901  POSTCLEAN=f  POSTCLEAN=0
902    
903  BASH=  BASH=
904  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
# Line 915  if test "x$CC" = x ; then Line 918  if test "x$CC" = x ; then
918  fi  fi
919  JOBS=  JOBS=
920  MPI=0  MPI=0
921    MPI_MFILE=
922  MULTI_THREAD=f  MULTI_THREAD=f
923  OUTDIR=  OUTDIR=
924  DELDIR=  DELDIR=
# Line 944  for ac_option ; do Line 948  for ac_option ; do
948    
949      case $ac_option in      case $ac_option in
950                    
951          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
952              usage ;;  
953                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
954          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
955              ac_prev=OPTFILE ;;  
956          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
957              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
958                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
959          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
960              ac_prev=ADDRESSES ;;  
961          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
962              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
963          -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
964              ac_prev=MPACKDIR ;;          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
965          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)  
966              MPACKDIR=$ac_optarg ;;          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
967            -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
968          -tdir | --tdir | -t | --t)  
969              ac_prev=TESTDIRS ;;          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
970          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*)          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
971              TESTDIRS=$ac_optarg ;;  
972            -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
973          -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)          -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
974              ac_prev=SKIPDIRS ;;  
975          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*)          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
976              SKIPDIRS=$ac_optarg ;;          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
977    
978          -bash | --bash | -b | --b)          -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
979              ac_prev=BASH ;;          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
980          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*)  
981              BASH=$ac_optarg ;;          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
982            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
         -command | --command | -c | --c)  
             ac_prev=COMMAND ;;  
         -command=* | --command=* | -c=* | --c=*)  
             COMMAND=$ac_optarg ;;  
   
         -makedepend | --makedepend | -md | --md)  
             ac_prev=MKDEPEND ;;  
         -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*)  
             MKDEPEND=$ac_optarg ;;  
   
         -make | --make | -m | --m)  
             ac_prev=MAKE ;;  
         -make=* | --make=* | -m=* | --m=*)  
             MAKE=$ac_optarg ;;  
   
         -odir | --odir)  
             ac_prev=OUTDIR ;;  
         -odir=* | --odir=*)  
             OUTDIR=$ac_optarg ;;  
   
         -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)  
             ac_prev=PTRACERS_NUM ;;  
         -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)  
             PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;  
983    
984          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
985          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
# Line 1007  for ac_option ; do Line 987  for ac_option ; do
987          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
988          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;          -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
989    
990          -clean | --clean)          -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
             CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;  
991    
992          -norun | --norun | -nr | --nr)          -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
993              NORUN=t ;;          -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
994          -runonly | --runonly | -ro | --ro)          -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
995              QUICK=t ; NOMAKE=t ;;          -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
996          -quick | --quick | -q | --q)          -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
997              QUICK=t ;;          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
998    
999          -postclean | --postclean | -pc | --pc)          -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1000              POSTCLEAN=t ;;          -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1001    
1002          -mpi | --mpi) MPI=2 ;;          -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1003          -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;          -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1004          -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;          -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1005    
1006            -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1007            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1008    
1009          -mth) MULTI_THREAD=t ;;          -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1010    
1011          -adm | -ad) ADM=t ;;          -adm | -ad) ADM=t ;;
   
1012          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;          -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1013    
1014          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
1015          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
1016          -gsl) GSL=t ;;          -gsl) GSL=t ;;
1017    
1018          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1019          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
# Line 1052  for ac_option ; do Line 1027  for ac_option ; do
1027          -papis) PAPIS=t;;          -papis) PAPIS=t;;
1028          -pcls) PCL=t;;          -pcls) PCL=t;;
1029    
1030          -*)          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1031              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              usage ;;
1032              usage          *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1033              ;;              usage ;;
   
         *)  
             echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option  
             usage  
             ;;  
1034    
1035       esac       esac
1036    
# Line 1072  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1042  if test "x$QUICK" = xt ; then
1042      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1043  fi  fi
1044    
1045    #- check length of MPI machine file:
1046    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1047        if test -r $MPI_MFILE ; then
1048            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1049            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1050              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1051              usage
1052            fi
1053            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1054                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1055            fi
1056        else
1057              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1058              usage
1059        fi
1060    fi
1061    
1062  #- setting for forward or ADM testing  #- setting for forward or ADM testing
1063  if test "x$ADM" = xt ; then  if test "x$ADM" = xt ; then
1064      code_dir=code_ad      code_dir=code_ad
# Line 1139  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 1126  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
1126      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1127  fi  fi
1128    
1129    LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1130  RUNLOG="run.tr_log"  RUNLOG="run.tr_log"
1131  OUTPUTFILE=$ref_outp  OUTPUTFILE=$ref_outp
1132  if test "x$COMMAND" = x ; then  if test "x$COMMAND" = x ; then
# Line 1331  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1319  for dir in $TESTDIRS ; do
1319          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then
1320              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1321              mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI              mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI
1322              NPROC_MPI=$?              LOC_NPROC=$?
1323              (   cd $BUILD_DIR              (   cd $BUILD_DIR
1324                  if test -r SIZE.h.mpi ; then                  if test -r SIZE.h.mpi ; then
1325                      cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?                      cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
# Line 1347  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1335  for dir in $TESTDIRS ; do
1335              echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"              echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1336              continue              continue
1337          fi          fi
1338            if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1339                #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1340                rm -f $LOC_MFILE
1341                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1342                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1343                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1344                    rm -f $LOC_MFILE
1345                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1346                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1347                fi
1348                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1349                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1350                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1351                fi
1352            fi
1353      fi      fi
1354      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then      if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1355          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
# Line 1464  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1467  for dir in $TESTDIRS ; do
1467                  grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \                  grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$pfxdir.$ex/$OUTPUTFILE \
1468                                     >> $locDIR"/summary.txt"                                     >> $locDIR"/summary.txt"
1469              fi              fi
1470              if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1471                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex                  run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1472              fi              fi
1473          done          done
# Line 1499  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1502  for dir in $TESTDIRS ; do
1502          fi          fi
1503      fi      fi
1504      #postclean $dir/$builddir      #postclean $dir/$builddir
1505      if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then      if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1506          makeclean $dir/$builddir \          makeclean $dir/$builddir \
1507              && run_clean $dir/$rundir              && run_clean $dir/$rundir
1508      fi      fi
1509        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1510    
1511      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1512    
Legend:
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