/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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revision 1.14 by edhill, Fri Nov 7 21:32:19 2003 UTC revision 1.74 by edhill, Fri Jan 13 16:33:33 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4  #  $Name$  #  $Name$
# Line 13  usage() Line 13  usage()
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
16        echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"
18      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"
20      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of test dirs to use"
21      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"
22      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
23      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
24      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
25        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
26        echo "  (-command) STRING        command to run"
27      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
28      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
29      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
30        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
31        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
32        echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
33        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
34        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
35      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
36      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
37      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
38      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
39      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
40        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
41      echo      echo
42      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
43      echo "such as:"      echo "such as:"
44        echo
45      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
46      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
47      echo      echo
48        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
49        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
50        echo
51      exit 1      exit 1
52  }  }
53    
54  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
55  build_mpack()  build_mpack()
56  {  {
57      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
58      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then
59          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
60                echo
61              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
62              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
63              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
64              exit 1              echo
65                HAVE_MPACK=f
66            fi
67            printf "building mpack...  "
68            if test "x$CC" = x ; then
69                export CC=cc
70          fi          fi
71          echo -n "building mpack...  "          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
         ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1  
72          RETVAL=$?          RETVAL=$?
73          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
74              echo              echo
75              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
76              exit 1              echo
77                HAVE_MPACK=f
78            else
79                rm -f tr_build_mpack.out
80                HAVE_MPACK=t
81          fi          fi
82        else
83            HAVE_MPACK=t
84      fi      fi
85      echo "OK"      echo "OK"
86  }  }
87    
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
 }  
   
88  testoutput_for_prop()  testoutput_for_prop()
89  {  {
90      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir extension
91      #      #
92      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt
93      #  using search strings s1 and text label      #  using search strings s1 and text label
# Line 81  testoutput_for_prop() Line 96  testoutput_for_prop()
96          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2
97      fi      fi
98      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then
99          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
100          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
101          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 3 ]; then
102              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
103                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
104              fi              fi
# Line 94  testoutput_for_prop() Line 109  testoutput_for_prop()
109          return 99          return 99
110      fi      fi
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt$5 1>&2
113      fi      fi
114      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/output.txt$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
115      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
116      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 3 ]; then
117          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
118              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
119          fi          fi
120          return 99          return 99
121      fi      fi
122        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
123            if [ $verbose -gt 0 ]; then
124                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
125            fi
126            return 99
127        fi
128        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
129        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
130            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_nan NaN values  1>&2
131            return 99
132        fi
133        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
134        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
135            echo testoutput_for_prop: output.txt contains $has_inf Inf values  1>&2
136            return 99
137        fi
138      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
139          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
140      fi      fi
# Line 111  testoutput_for_prop() Line 142  testoutput_for_prop()
142      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
143          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2
144      fi      fi
145      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
146      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
147        fi
148        echo "-1" >> tmp3.txt
149        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
150        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
151        digits_of_similarity=`./tmp_cmpnum < tmp4.txt`
152      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
153          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
154              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2
# Line 123  testoutput_for_prop() Line 159  testoutput_for_prop()
159              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2
160          fi          fi
161      fi      fi
162      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
163            
164      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
165  }  }
# Line 143  dashnum() Line 179  dashnum()
179      done      done
180  }  }
181    
182    testoutput_ad()
183    {
184        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t05.txt
185        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $5}' > t15.txt
186        grep $3 $1/results_ad/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t06.txt
187        grep $3 $1/$2/output.txt_adm | awk '{print NR " " $6}' > t16.txt
188        join t05.txt t15.txt > t5.txt
189        join t06.txt t16.txt > t6.txt
190        echo "-1" >> t5.txt
191        echo "-1" >> t6.txt
192        digits_5=`./tmp_cmpnum < t5.txt`
193        digits_6=`./tmp_cmpnum < t6.txt`
194        dashnum $digits_5 $digits_6
195        rm -f t[01][56].txt t[56].txt
196    }
197    
198    check_for_add_mon_output()
199    {
200        # Check for additional types of monitor output
201        if test "x$1" = x ; then
202            return
203        fi
204    
205        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
206            eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
207        done
208    
209        ptr_add="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
210        ptr_add="$ptr_add trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
211        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
212            for jj in $ptr_add ; do
213                name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
214                tst=`grep $name $1 | wc -l | awk '{print $1}'`
215                if test ! "x$tst" = x0 ; then
216                    eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
217                fi
218            done
219            #  eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"'
220        done
221    }
222    
223  testoutput()  testoutput()
224  {  {
225      # testoutput diretory subdir      # testoutput directory subdir extension
226      #      #
227      #  test output in "directory"      #  test output in "directory"
228        if test "x$ADM" = x ; then
229            if [ $debug -gt 0 ]; then
230                echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2
231            fi
232            testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2 $3; cg2dres=$?
233            if [ $debug -gt 0 ]; then
234                echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2
235            fi
236            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2 $3; tmin=$?
237            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2 $3; tmax=$?
238            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2 $3; tmean=$?
239            testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2 $3; tsd=$?
240            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2 $3; smin=$?
241            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2 $3; smax=$?
242            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2 $3; smean=$?
243            testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2 $3; ssd=$?
244            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2 $3; umin=$?
245            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2 $3; umax=$?
246            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2 $3; umean=$?
247            testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2 $3; usd=$?
248            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2 $3; vmin=$?
249            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2 $3; vmax=$?
250            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2 $3; vmean=$?
251            testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2 $3; vsd=$?
252    
253            #  This is for PTRACERS
254            for ii in $PTRACERS_NUM ; do
255                eval `echo "p0"$ii"_min=99"`
256                eval `echo "p0"$ii"_max=99"`
257                eval `echo "p0"$ii"_mean=99"`
258                eval `echo "p0"$ii"_sd=99"`
259                tst=`eval 'echo "$HAVE_PTR0'$ii'"'`
260                #echo 'tst = '$tst
261                if test "x$tst" = xt ; then
262                    a="trcstat_ptracer0"
263                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"  $2 $3
264                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_min="$RETVAL`
265                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"  $2 $3
266                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_max="$RETVAL`
267                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3
268                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_mean="$RETVAL`
269                    testoutput_for_prop $1 "$a"$ii"_sd"   "p0"$ii"_sd"   $2 $3
270                    RETVAL=$? ; eval `echo "p0"$ii"_sd="$RETVAL`
271                fi
272            done
273    
274      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd"
275          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          allargs="$allargs $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd"
276      fi          allargs="$allargs $p01_min $p01_max $p01_mean $p01_sd"
277      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          allargs="$allargs $p02_min $p02_max $p02_mean $p02_sd"
278      if [ $debug -gt 0 ]; then          allargs="$allargs $p03_min $p03_max $p03_mean $p03_sd"
279          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          allargs="$allargs $p04_min $p04_max $p04_mean $p04_sd"
280            allargs="$allargs $p05_min $p05_max $p05_mean $p05_sd"
281    
282            eval "dashnum $allargs"
283    
284        else
285            testoutput_ad $1 $2 "precision_grdchk_result"
286      fi      fi
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?  
     testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?  
       
     dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \  
         $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd  
287  }  }
288    
289  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 183  genmakemodel() Line 292  genmakemodel()
292      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
293          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
294      else      else
295          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
296                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
297            else
298                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
299            fi
300          (          (
301              cd $1;              cd $1;
302              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
303                if test "x$ADM" = x ; then
304                    command="$command --mods=../code"
305                else
306                    command="$command --mods=../code_ad"
307                    command="$command -adof=../../../tools/adjoint_options/adjoint_staf"
308                fi
309              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
310                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command --optfile=$OPTFILE"
                 # echo "  command=\"$command\""  
311              fi              fi
312              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
313                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
314              fi              fi
315              # echo "command: \"$command\""              if test "x$MPI" = xt ; then
316                    command="$command -mpi"
317                fi
318              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
319              $command > make.log 2>&1              $command > make.log 2>&1
320              RETVAL=$?              RETVAL=$?
321              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
322                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
323              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
324                  tail make.log                  tail make.log
325                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
326                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
327                  return 1                  return 1
328              else              else
329                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
330              fi              fi
331          )          )
332      fi      fi
# Line 237  makeclean() Line 354  makeclean()
354                      return 1                      return 1
355                  fi                  fi
356              fi              fi
357              echo succesful 1>&2              echo successful 1>&2
358                exit 0
359            )
360        fi
361    }
362    
363    postclean()
364    {
365        # postclean directory
366        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
367            (
368                cd $1;
369                if test -r Makefile ; then
370                    $MAKE CLEAN >> /dev/null 2>&1
371                fi
372              exit 0              exit 0
373          )          )
374      fi      fi
# Line 260  makedependmodel() Line 391  makedependmodel()
391                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
392                  return 1                  return 1
393              else              else
394                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
395              fi              fi
396          )          )
397      fi      fi
# Line 273  makemodel() Line 404  makemodel()
404          cd $1;          cd $1;
405          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
406              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
407              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = x ; then
408                    if test "x$JOBS" = x ; then
409                        $MAKE >> make.log 2>&1
410                    else
411                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
412                    fi
413                else
414                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
415                fi
416              RETVAL=$?              RETVAL=$?
417              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
418                  tail make.log                  tail make.log
# Line 281  makemodel() Line 420  makemodel()
420                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
421                  return 1                  return 1
422              else              else
423                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
424              fi              fi
425          fi          fi
426      )      )
427  }  }
428    
429    symlink_mpifiles()
430    {
431        # Put special links so that MPI specific files are used
432        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
433        # the Makefile will link to non-mpi files by default
434    
435        dir=$1
436        code_dir=$2
437        BUILD_DIR=$dir/$3
438        CODE_DIR=$dir/$code_dir
439        
440        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
441        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi")`
442    
443        #  Is this an MPI run?
444        if test "x$MPI" = xt ; then
445            # YES: We symbolically link these files to the build
446            # dir so long as there is no real file in place
447            for ii in $MPI_FILES ; do
448                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
449                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
450                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
451                RETVAL=$?
452                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
453                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
454                        #echo Linking $name to $i
455                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
456                    fi
457                fi
458            done
459        else
460            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
461            for ii in $MPI_FILES ; do
462                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
463                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
464                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
465                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
466                    RETVAL=$?
467                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
468                        #echo Un-linking $name from $linktarg
469                        rm -f $BUILD_DIR/$name
470                    fi
471                fi
472            done
473        fi
474        
475    }
476    
477  linkdata()  linkdata()
478  {  {
479      # linkdata flag      # linkdata flag
# Line 295  linkdata() Line 482  linkdata()
482      if test "x$1" = x1 ; then      if test "x$1" = x1 ; then
483          (          (
484              cd $2              cd $2
485              files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              if test "x$ADM" = x ; then
486              for i in $files ; do                  files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`
487                  if test ! -d "../input/"$i ; then                  for i in $files ; do
488                      ln -sf "../input/"$i $i                      if test ! -d "../input/"$i -a ! -f $i ; then
489                  fi                          ln -sf "../input/"$i $i
490              done                      fi
491                    done
492                else
493                    files=`( cd ../input ; ls -1 *.bin | grep -v CVS )`
494                    for i in $files ; do
495                        if test ! -d "../input/"$i ; then
496                            ln -sf "../input/"$i $i
497                        fi
498                    done
499                    files=`( cd ../input_ad ; ls -1 | grep -v CVS )`
500                    for i in $files ; do
501                        if test ! -d "../input_ad/"$i ; then
502                            ln -sf "../input_ad/"$i $i
503                        fi
504                    done
505                fi
506          )          )
507      fi      fi
508  }  }
# Line 309  runmodel() Line 511  runmodel()
511  {  {
512      # runmodel directory      # runmodel directory
513      #      #
514      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
515      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
516      (      (
517          cd $1          cd $1
518          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel ... ' 1>&2
519          # make output.txt          # make output.txt
520          $COMMAND          echo
521            rm -f run.log
522            # echo "COMMAND='$COMMAND'"
523            # echo "pwd='"`pwd`"'"
524            ( eval $COMMAND ) > run.log 2>&1
525          RETVAL=$?          RETVAL=$?
526          if test "x$RETVAL" = x0 ; then          if test "x$RETVAL" = x0 ; then
527              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              tail run.log
528                echo successful 1>&2
529                # === Reduce the size of the testing emails!
530                # if test "x$ADM" = x ; then
531                #   cp output.txt $CDIR"/output.txt"
532                # else
533                #   cp output.txt_adm $CDIR"/output.txt_adm"
534                # fi
535                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
536              return 0              return 0
537          else          else
538                tail run.log
539                echo failed 1>&2
540                cp run.log $CDIR"/run.log"
541                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
542              return 1              return 1
543          fi          fi
544      )      )
# Line 330  createcodelet() Line 548  createcodelet()
548  {  {
549      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
550    
551      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code...  "
552      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tmp_cmpnum.c <<EOF
553        program cmpnum  #include <stdio.h>
554        implicit none  #include <math.h>
555        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
556        integer linnum,best    int linnum,best,lncnt;
557        best=-16    double a,b,abave,relerr;
558    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
559        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
560  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & (lncnt+=1) < 999 )  {
561        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
562          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
563          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
564  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
565            linnum=int(log10(diff))      if (abave > 0.0) {
566            best=max(best,linnum)        relerr=fabs(a-b)/abave;
567          endif        if (relerr > 0.0) { linnum = (int)rint(log10(relerr)); }
568        else        else { linnum = -16 ; }
569          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22        best = (best > linnum) ? best : linnum;
570        endif      }
571        goto 99    }
572    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'    if (lncnt == 999) best=-29;
573    70  print *,-best    printf("%d\n", -best);
574        end    return 0;
575  EOFA  }
576    EOF
577        $CC -o tmp_cmpnum tmp_cmpnum.c -lm
578    
579      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tmp_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
580          echo "OK"          echo "OK"
581          return 0          return 0
582      else      else
583          echo          echo
584          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
585            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
586          exit 1          exit 1
587      fi      fi
588  }  }
# Line 422  scandirs() Line 642  scandirs()
642    
643    
644  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
645    
646    
647  #  Default properties  #  Default properties
# Line 433  clean=0 Line 651  clean=0
651  expts=''  expts=''
652  # ieee=1  # ieee=1
653    
654  IEEE=  IEEE=true
655  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
656      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
657  fi  fi
# Line 444  QUICK=f Line 662  QUICK=f
662  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
663  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
664  NODEPEND=f  NODEPEND=f
665    POSTCLEAN=f
666    
667  BASH=  BASH=
668  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
669  ADDRESSES=  ADDRESSES=
670  TESTDIRS=  TESTDIRS=
671  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
672    HAVE_MPACK=
673  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  MPACK="$MPACKDIR/mpack"
674  COMMAND="make output.txt"  COMMAND=
675  MAKE=make  if test "x$MAKE" = x ; then
676        MAKE=make
677    fi
678    if test "x$CC" = x ; then
679        CC=cc
680    fi
681    JOBS=
682  MPI=f  MPI=f
683    OUTDIR=
684    DELDIR=
685    
686    ADM=
687    
688    # Additional monitor types
689    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
690    
691  echo -n "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
692    
693  ac_prev=  ac_prev=
694  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 504  for ac_option ; do Line 737  for ac_option ; do
737          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
738              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
739    
740            -odir | --odir)
741                ac_prev=OUTDIR ;;
742            -odir=* | --odir=*)
743                OUTDIR=$ac_optarg ;;
744    
745            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
746                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
747            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
748                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
749    
750            -j) ac_prev=JOBS ;;
751            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
752    
753          -clean | --clean)          -clean | --clean)
754              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
755    
756          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
757              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 516  for ac_option ; do Line 762  for ac_option ; do
762          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
763              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
764    
765          -mpi) MPI=true ;;          -postclean | --postclean | -pc | --pc)
766                POSTCLEAN=t ;;
767    
768            -mpi) MPI=t ;;
769    
770            -adm | -ad) ADM=t ;;
771    
772          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
773          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
# Line 525  for ac_option ; do Line 776  for ac_option ; do
776          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
777          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
778    
779            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
780    
781          -*)          -*)
782              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
783              usage              usage
# Line 553  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM Line 806  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM
806      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
807  fi  fi
808    
809    if test "x$ADM" = xt -a "x$COMMAND" = x ; then
810        COMMAND="./mitgcmuv_ad > output.txt_adm 2>&1"
811    fi
812    
813    if test "x$COMMAND" = x ; then
814        COMMAND="$MAKE output.txt"
815    fi
816    
817  echo "OK"  echo "OK"
818    
819  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
820  createcodelet  createcodelet
821    
822  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
823  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
824        echo "skipping mpack build"
825    else
826        build_mpack
827    fi
828    
829  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
830  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
831  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
832  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
833  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
834    if test "x$OUTDIR" != x ; then
835        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
836    fi
837  DNUM=0  DNUM=0
838  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
839  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 575  done Line 843  done
843  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
844  RETVAL=$?  RETVAL=$?
845  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
846      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
847      exit 1      exit 1
848  fi  fi
849  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
850  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
851  date > $SUMMARY  start_date=`date`
852  date > dfile  echo $start_date > $SUMMARY
 cat << EOF >> $SUMMARY  
                 T           S           U           V  
 G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
853    
854  of_path=  of_path=
855  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 605  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 863  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
863          fi          fi
864          file=${OPTFILE##*/}          file=${OPTFILE##*/}
865          OPTFILE=$of_path/$file          OPTFILE=$of_path/$file
866            cp $OPTFILE $DRESULTS
867            echo >> $SUMMARY
868            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
869      else      else
870          echo          echo | tee $SUMMARY
871          echo "WARNING: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\" but will try to use it..."          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
872            exit 1
873      fi      fi
874    else
875        echo >> $SUMMARY
876        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
877        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
878  fi  fi
879  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
880  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
881    if test "x$ADM" = x ; then
882        line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
883        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
884        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
885        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
886        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
887        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
888            #  tst=`eval 'echo $HAVE_PTR0'$ii`
889            #  if test "x$tst" = xt ; then
890            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
891            line_1="$line_1        m  s"
892            line_2="$line_2  m  m  e  ."
893            line_3="$line_3  i  a  a  d"
894            line_4="$line_4  n  x  n  ."
895            #  fi
896        done
897        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
898        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
899        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
900        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
901        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
902        echo " "       | tee -a $SUMMARY
903    else
904        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
905        echo >> $SUMMARY
906        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
907    G D M    C  G
908    E p a R  o  r
909    N n k u  s  a
910    2 d e n  t  d
911    
912    EOF
913    fi
914    
915  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
916  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
# Line 625  for dir in $TESTDIRS ; do Line 923  for dir in $TESTDIRS ; do
923          if test -r $dir/input/Makefile ; then          if test -r $dir/input/Makefile ; then
924              ( cd $dir/input ; make CLEAN )              ( cd $dir/input ; make CLEAN )
925          fi          fi
926            (
927                cd $dir
928                rm -rf tr_run.*
929            )
930          continue          continue
931      fi      fi
932    
933      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
934      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
935      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=
936          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test "x$ADM" = x ; then
937            fout=$dir"/results/output.txt"
938        else
939            fout=$dir"/results_ad/output.txt_adm"
940        fi
941        if test ! -r $fout ; then
942            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
943          continue          continue
944      fi      fi
945        if test "x$ADM" = x ; then
946            check_for_add_mon_output  $fout
947        fi
948    
949      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for additional types of monitor output
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
950    
951      builddir="input"      builddir="input"
952      rundir="input"      rundir="input"
# Line 652  for dir in $TESTDIRS ; do Line 958  for dir in $TESTDIRS ; do
958          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir
959      fi      fi
960            
961      CODE_DIR=$dir/code      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
962      BUILD_DIR=$dir/$builddir      extra_runs=
963      MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"      if test "x$ADM" = x -a "x$use_seperate_build" = x1 ; then
964      NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"          ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo input.* )`
965            echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
966            for exd in $ex_run_dirs ; do
967                name=`echo $exd | sed -e 's/input.//g'`
968                outf="$dir/results/output.txt.$name"
969                if test -f $outf -a -r $outf ; then
970                    extra_runs="$extra_runs $name"
971                fi
972            done
973        fi
974    
975      #  Is this an MPI run?      if test "x$ADM" = x ; then
976      if test "x$MPI" = xt ; then          code_dir=code
977          FILES=$MPI_FILES          CODE_DIR=$dir/code
         endings="_mpi"  
978      else      else
979          FILES=$NOMPI_FILES          code_dir=code_ad
980          endings="_nompi"          CODE_DIR=$dir/code_ad
981      fi      fi
982            BUILD_DIR=$dir/$builddir
983      #  Check to see that we have the files  
984      have_files=t      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
985      for i in $FILES ; do          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
         fi  
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
986          continue          continue
987      fi      fi
988        
989      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
990      if test "x$have_files" = xt ; then      echo
991          for i in $FILES ; do      echo "Experiment:  $dir"
992              sstr="s|$endings||"      echo
993              name=`echo $i | sed -e $sstr `      unset genmake makedepend make run
994              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1      results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
995              RETVAL=$?  
             if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
                 cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name  
             fi  
         done  
     fi  
       
996      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
997      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
998      mkdir $CDIR      mkdir $rel_CDIR
999      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1000            
1001      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1002          makeclean $dir/$builddir          makeclean $dir/$builddir
1003      else      else
1004          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1005              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1006                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1007              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1008              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1009              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \
# Line 710  for dir in $TESTDIRS ; do Line 1012  for dir in $TESTDIRS ; do
1012      fi      fi
1013            
1014      echo      echo
1015      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \      if test "x$ADM" = x ; then
1016          ${run:-N} $results          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1017      echo          echo
1018      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "$fres" >> $SUMMARY
1019          ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1020      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1021      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1022          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1023      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1024      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"  
1025      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"          for ex in $extra_runs ; do
1026      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              unset run
1027      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'
1028                    #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1029      (              rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1030          cd $DRESULTS              mkdir $rel_CDIR
1031          tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1              CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1032          gzip $NDIR".tar"              test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1033      )              for ldir in input.$ex input ; do
1034                        (
1035      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then                      cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1
1036          echo "No mail sent"                      ls -1 2>/dev/null \
1037                            | sed -e 's|^CVS$||g' | sed -e 's|^output.txt$||g'
1038                    ) > tr_exrun_links
1039                    (
1040                        cd "$dir/tr_run.$ex"
1041                        cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do
1042                            if test ! "x$i" = x ; then
1043                                test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i
1044                            fi
1045                        done
1046                    )
1047                    test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links
1048                done
1049                ldir=build
1050                (
1051                    cd "$dir/$ldir" > /dev/null 2>&1
1052                    ls -1 2>/dev/null
1053                ) > tr_exrun_tmp
1054                echo "Makefile" > tr_exrun_links
1055                echo "mitgcmuv" >> tr_exrun_links
1056                cat tr_exrun_tmp | grep '\.[fFhco]$' >> tr_exrun_links
1057                (
1058                    cd "$dir/tr_run.$ex"
1059                        cat ../../tr_exrun_links | while read i ; do
1060                            if test ! "x$i" = x ; then
1061                                test ! -r $i  &&  ln -s "../"$ldir"/"$i $i
1062                            fi
1063                        done
1064                )
1065                test -e tr_exrun_tmp  &&  rm -f tr_exrun_tmp
1066                test -e tr_exrun_links  &&  rm -f tr_exrun_links
1067                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1068                    && results=`testoutput $dir tr_run.$ex "."$ex`
1069                fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1070                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1071                fres="$fres.$ex"
1072                echo
1073                echo "$fres" >> $SUMMARY
1074                echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1075                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1076                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1077                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1078                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1079            done
1080      else      else
1081          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES          fres=`printf '%s %s %s %s' ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N}`
1082          RETVAL=$?          fres=$fres"$results   $dir"
1083          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          echo
1084              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"          echo "$fres" >> $SUMMARY
1085          else          echo "fresults='$fres'" > $CDIR"/summary.txt"
1086              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1087          fi          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1088            echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1089            echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1090      fi      fi
1091    
1092      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      postclean $dir/$builddir
1093            
1094      NDIR=$(( $NDIR + 1 ))      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1095            
1096  done  done
1097    
1098  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1099  date -r dfile >> $SUMMARY  echo $start_date >> $SUMMARY
1100  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1101  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1102    
1103  rm tmp_cmpnum.f a.out dfile  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1104    #  to send email using mpack.
1105    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1106        echo "No results email was sent."
1107    else
1108        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1109            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1110                && gzip $DRESULTS".tar" \
1111                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1112            RETVAL=$?
1113            if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1114                echo
1115                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1116                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1117                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1118                echo
1119            else
1120                echo
1121                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1122                echo "  \"$ADDRESSES\""
1123                echo
1124            fi
1125            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1126            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1127        fi
1128    fi
1129    
1130    # rm -f tmp_cmpnum.f a.out
1131    rm -f tmp_cmpnum.c tmp_cmpnum
1132    
1133  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1134      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g'
1135      if test -e tr.out ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1136          mv tr.out tr.out.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1137      fi      fi
1138      cat $SUMMARY > tr.out      cat $SUMMARY | sed 's/ -- -- -- --//g' > tr_out.txt
1139    fi
1140    
1141    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1142        rm -rf $DRESULTS
1143  fi  fi
1144    
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