/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
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Diff of /MITgcm/verification/testreport

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revision 1.14 by edhill, Fri Nov 7 21:32:19 2003 UTC revision 1.159 by jmc, Tue Mar 29 02:20:22 2011 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4  #  $Name$  #  $Name$
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-mpi)                   use MPI to compile and run on 2 processors"
16      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "  (-MPI)  NUMBER           use MPI to compile and run on max NUMBER procs"
17      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-mfile|-mf) STRING      MPI: file with list of possible machines to run on"
18      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "  (-ieee/-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
19      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
20      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
21      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-use_r4|-ur4)           if allowed, use real*4 type for '_RS' variable"
22      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "  (-optfile|-of) STRING    list of optfiles to use"
23      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "  (-addr|-a) STRING        list of email recipients"
24      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
25      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-mpackdir|-mpd) DIR     location of the mpack utility"
26        echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
27        echo "  (-tdir|-t) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
28        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
29        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
30        echo "                             (if list= 'start_from THIS_EXP' then"
31        echo "                              test THIS_EXP + all the following)"
32        echo "  (-skipdir|-skd) STRING   list of exp. dirs to skip"
33        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
34        echo "  (-bash|-b) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
35        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
36        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
37        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
38        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
39        echo "  (-command|-c) STRING     command to run"
40        echo "  (-makedepend|-md) STRING command to use for \"makedepend\""
41        echo "  (-make|-m) STRING        command to use for \"make\""
42      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
43      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
44        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
45    #   echo "  (-ptracers|-ptr) STRING  specify which ptracers to test"
46    #   echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
47        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
48        echo "                             (DEF=\"$MATCH_CRIT\")"
49        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
50        echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\" & clean run-dir"
51        echo "  (-norun|-nr)             skip the \"runmodel\" stage (stop after make)"
52        echo "  (-runonly|-ro)           *ONLY* run stage (=\"-quick\" without make)"
53      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
54      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
55      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
56      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
57        echo "  (-postclean|-pc)         after each exp. test, clean build-dir & run-dir"
58        echo "  (-deloutp|-do)           delete output files after successful run"
59        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
60        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
61        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
62        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
63      echo      echo
64      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
65      echo "such as:"      echo "such as:"
66        echo
67      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
68      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
69      echo      echo
70        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
71        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
72        echo
73      exit 1      exit 1
74  }  }
75    
76  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
77  build_mpack()  build_mpack()
78  {  {
79      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
80      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
81        if test ! -x $MPACK ; then
82          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
83                echo
84              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
85              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
86              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
87              exit 1              echo
88                HAVE_MPACK=f
89            fi
90            if test "x$CC" = x ; then
91                export CC=cc
92          fi          fi
93          echo -n "building mpack...  "          printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
94          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
95          RETVAL=$?          RETVAL=$?
96          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
97              echo              echo
98              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
99              exit 1              echo
100                HAVE_MPACK=f
101            else
102                rm -f tr_build_mpack.out
103                HAVE_MPACK=t
104                echo "done"
105          fi          fi
106        else
107            HAVE_MPACK=t
108            echo "already exist"
109      fi      fi
     echo "OK"  
 }  
   
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
110  }  }
111    
112  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
113  {  {
114      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
115      #      #
116      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
117      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
118        #  using search strings s1 and text label
119    
120      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
121          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
122      fi      fi
123      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
124          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
125          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
126          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
127              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
128                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
129              fi              fi
130              return 99              return 99
131          fi          fi
132      else      else
133          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
134          return 99          return 99
135      fi      fi
136      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
137          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
138      fi      fi
139      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
140      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
141      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
142          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
143              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
144          fi          fi
145          return 99          return 99
146      fi      fi
147        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
148            if [ $verbose -gt 0 ]; then
149                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
150            fi
151            return 99
152        fi
153        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
154        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
155            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
156            return 99
157        fi
158        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
159        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
160            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
161            return 99
162        fi
163      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
164          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
165      fi      fi
166      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
167      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
168          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
169      fi      fi
170      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
171      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
172        fi
173        echo "-1" >> tmp3.txt
174        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
175        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
176        digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
177      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
178          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
179              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
180          fi          fi
181          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
182      else      else
183          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
184              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
185          fi          fi
186      fi      fi
187      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
       
     return $digits_of_similarity  
 }  
188    
189  dashnum()      return $digits_of_similarity
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
190  }  }
191    
192  testoutput()  testoutput_run()
193  {  {
194      # testoutput diretory subdir      # testoutput_run directory subdir reference_output
195      #      #
196      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
197    # --> same processing for adjoint & forward test
198      if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
199          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
200      fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
201      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
202      if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
203          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
204      fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
205      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
206      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
207      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
208      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
209      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
210      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          outpref=$1/results/$3
211      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
212      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
213      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
214      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?              ptrfound=0
215      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?              for jj in $ptr_mon ; do
216      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
217      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
218      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
219      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?              done
220      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?              if test $ptrfound = '1' ; then
221                        eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
222      dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \              else
223          $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
224                  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
225                  # remove this ptr from the list of output variable to check
226                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
227                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
228                  fi
229                fi
230            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
231            done
232            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
233            if test $tst != 1 ; then
234              if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
235                     else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
236              echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
237            #- put it back once:
238              listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
239            fi
240            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
241            echo "listVar='$listVar'" >> $locDIR"/summary.txt"
242            #---
243            allargs=""
244            for xx in $listVar
245            do
246              case $xx in
247               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
248                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
249                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
250                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
251              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
252              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
253               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
254               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
255               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
256               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
257               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
258               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
259               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
260               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
261               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
262               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
263               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
264               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
265               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
266               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
267               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
268               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
269            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
270               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
271            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
272               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
273            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
274               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
275            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
276               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
277             'Qntmn') testoutput_var $1 "forcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
278             'Qntmx') testoutput_var $1 "forcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
279             'Qntav') testoutput_var $1 "forcing_qnet_mean" "Qnet mean"       $2 $3; yy=$? ;;
280             'Qntsd') testoutput_var $1 "forcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
281             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
282             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
283             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
284             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
285             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
286             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
287             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
288             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
289            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
290            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
291            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
292            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
293            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
294            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
295                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
296              esac
297              if test $xx = $sVar
298              then allargs="$allargs > $yy <"
299              else allargs="$allargs $yy"
300              fi
301            done
302    
303            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
304            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
305            #-- fill line (up to standard length) with dot:
306              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
307              echo $allargs $adNul
308            else
309              echo $allargs
310            fi
311    # <-- same processing for adjoint & forward test
312  }  }
313    
314  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 183  genmakemodel() Line 317  genmakemodel()
317      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
318          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
319      else      else
320          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
321                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
322            else
323                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
324            fi
325          (          (
326              cd $1;              cd $1;
327              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
328                if test "x$MKDEPEND" != x ; then
329                    command="$command -makedepend=$MKDEPEND"
330                fi
331                if test "x$ADM" = xt ; then
332                    command="$command --mods=../code_ad"
333                elif test "x$OADM" = xt ; then
334                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
335                else
336                    command="$command -mods=../code"
337                fi
338              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
339                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
                 # echo "  command=\"$command\""  
340              fi              fi
341              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
342                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
343              fi              fi
344              # echo "command: \"$command\""              if test "x$GSL" = xt ; then
345              printf 'genmake ... ' 1>&2                  command="$command -gsl"
346              $command > make.log 2>&1              fi
347                if test "x$MPI" != x0 ; then
348                    command="$command -mpi"
349                fi
350                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
351                #- run multi-threaded using OpenMP:
352                    command="$command -omp"
353                fi
354                if test "x$USE_R4" = xt ; then
355                    command="$command -use_r4"
356                fi
357                if test "x$TS" = xt ; then
358                    command="$command -ts"
359                fi
360                if test "x$PAPIS" = xt ; then
361                    command="$command -papis"
362                else
363                if test "x$PCLS" = xt ; then
364                    command="$command -pcls"
365                fi
366                fi
367                printf 'genmake ... '
368                eval $command > genmake.tr_log 2>&1
369              RETVAL=$?              RETVAL=$?
370              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
371                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
372              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
373                  tail make.log                  tail genmake.tr_log
374                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed"
375                  cp make.log $CDIR                  cp genmake.log genmake_* genmake.tr_log $CDIR
376                  return 1                  return 1
377              else              else
378                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful"
379              fi              fi
380          )          )
381      fi      fi
# Line 218  genmakemodel() Line 384  genmakemodel()
384  makeclean()  makeclean()
385  {  {
386      # makeclean directory      # makeclean directory
387        if test "x$NODEPEND" = xf ; then rm -f $1/make.tr_log ; fi
388      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
389          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
390      else      else
391          (          (
392              cd $1;              cd $1;
393              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
394              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
395                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... '
396                    $MAKE Clean >> make.tr_log 2>&1
397                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
398                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
399                      tail make.log                      tail make.tr_log
400                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed"
401                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
402                      return 1                      return 1
403                  fi                  fi
404                    echo successful
405                else
406                    echo ''
407              fi              fi
408              echo succesful 1>&2              exit 0
409            )
410        fi
411    }
412    
413    run_clean()
414    {
415        # run_clean directory
416        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
417            echo "run_clean skipped!"
418        else
419            (
420                cd $1;
421                printf 'clean run-dir ... '
422                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
423                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
424                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
425                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
426                find . -type l -exec rm {} \;
427                rm -f $EXECUTABLE $RUNLOG *.txt STD* *diagnostics.log datetime
428                rm -rf mnc_test_*
429                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
430                echo successful
431              exit 0              exit 0
432          )          )
433      fi      fi
# Line 251  makedependmodel() Line 441  makedependmodel()
441      else      else
442          (          (
443              cd $1;              cd $1;
444              printf 'make depend ... ' 1>&2              printf 'make depend ... '
445              $MAKE depend >> make.log 2>&1              $MAKE depend >> make.tr_log 2>&1
446              RETVAL=$?              RETVAL=$?
447              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
448                  tail make.log                  tail make.tr_log
449                  echo "makedependmodel: make depend failed" 1>&2                  echo "makedependmodel: make depend failed"
450                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
451                  return 1                  return 1
452              else              else
453                  echo succesful 1>&2                  echo successful
454              fi              fi
455          )          )
456      fi      fi
# Line 270  makemodel() Line 460  makemodel()
460  {  {
461      # makemodel directory      # makemodel directory
462      (      (
463        mk_fail=0
464        if test "x$NOMAKE" = xt ; then
465            cd $1;
466            if test -x $EXECUTABLE ; then
467                echo "make skipped!"
468            else
469                echo "no executable!"
470                mk_fail=3
471            fi
472        else
473          cd $1;          cd $1;
474          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
475              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... '
476              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = xt ; then
477                    $MAKE adall >> make.tr_log 2>&1
478                elif test "x$OADM" = xt ; then
479                    $MAKE adAll >> make.tr_log 2>&1
480                else
481                    if test "x$JOBS" = x ; then
482                        $MAKE >> make.tr_log 2>&1
483                    else
484                        $MAKE -j $JOBS >> make.tr_log 2>&1
485                    fi
486                fi
487              RETVAL=$?              RETVAL=$?
488              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
489                  tail make.log                  tail make.tr_log
490                  echo failed 1>&2                  echo failed
491                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.tr_log genmake.log genmake.tr_log $CDIR
492                  return 1                  rm -f $EXECUTABLE
493                    mk_fail=1
494              else              else
495                  echo succesful 1>&2                  echo successful
496              fi              fi
497            else
498                echo "no Makefile !"
499                mk_fail=2
500          fi          fi
501        fi
502        if test "x$ADM" = xt -a -f taf_ad.log ; then
503                head -1 taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
504                nerr=`grep -c 'TAF *.* ERROR ' taf_ad.log`
505                nwar=`grep -c 'TAF RECOMPUTATION *.* WARNING ' taf_ad.log`
506                echo " TAF reports $nerr Errors and $nwar Recomputation Warnings" \
507                                    >> $CDIR"/summary.txt"
508        fi
509        if test $mk_fail != 0 ; then return $mk_fail ; fi
510      )      )
511  }  }
512    
513    mk_mpi_size()
514    {
515        # mk_mpi_size input_file output_file proc_Nb
516        #
517        # make new SIZE.h (=output_file) from SIZE.h_mpi (=input_file)
518        #     for an MPI build with no more than proc_Nb processors ;
519        # return the effective number of processors.
520    
521        inp=$1
522        out=$2
523        np=$3
524        tmp=TTT.$$
525    
526        px=`grep "^     & *nPx *=" $inp | sed "s/^     & *nPx *= *//" | sed 's/, *$//'`
527        py=`grep "^     & *nPy *=" $inp | sed "s/^     & *nPy *= *//" | sed 's/, *$//'`
528        sx=`grep "^     & *nSx *=" $inp | sed "s/^     & *nSx *= *//" | sed 's/, *$//'`
529        sy=`grep "^     & *nSy *=" $inp | sed "s/^     & *nSy *= *//" | sed 's/, *$//'`
530    
531        #- find the largest divisor of input_file proc Nb, but not larger than $np
532        pp=0
533        i=1
534        while [ $i -le $px ] ; do
535          if [ `expr $px % $i` -eq 0 ] ; then
536            j=1
537            while [ $j -le $py ] ; do
538              if [ `expr $py % $j` -eq 0 ] ; then
539                ij=`expr $i \* $j`
540                if [ $ij -gt $pp ] ; then
541                  if [ $ij -le $np ] ; then
542                    ix=$i ; jy=$j ; pp=$ij
543                    #echo "  ix,jy= $ix,$jy"
544                  fi
545                fi
546              fi
547              j=`expr $j + 1`
548            done
549          fi
550          i=`expr $i + 1`
551        done
552    
553        #- create new SIZE.h type file:
554        sx=`expr $sx \* $px / $ix`
555        sy=`expr $sy \* $py / $jy`
556        if [ $verbose -gt 1 ]; then
557            echo " px,py,np= $px,$py,$np : New MPI size: px,py= $ix,$jy : sx,sy= $sx,$sy"
558        fi
559        sed "/^     \& *nPx *=/s/[0-9]*,/$ix,/" $inp > $tmp
560        sed "/^     \& *nPy *=/s/[0-9]*,/$jy,/" $tmp > $out
561        sed "/^     \& *nSx *=/s/[0-9]*,/$sx,/" $out > $tmp
562        sed "/^     \& *nSy *=/s/[0-9]*,/$sy,/" $tmp > $out
563        rm -f $tmp
564        return $pp
565    }
566    
567    symlink_mpifiles()
568    {
569        # Put special links so that MPI specific files are used
570        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
571        # the Makefile will link to non-mpi files by default
572    
573        dir=$1
574        code_dir=$2
575        build_dir=$dir/$3
576    
577        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
578        MPI_FILES=`(cd $dir/$code_dir; find . -name "*_mpi" -print)`
579    
580        for ii in $MPI_FILES ; do
581            i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
582            name=`echo $i | sed 's:_mpi::'`
583            file="../$code_dir/$i"
584            if test $name = 'SIZE.h' ; then file="SIZE.h.mpi" ; fi
585    
586            #  Is this an MPI run?
587            if test "x$MPI" = x0 ; then
588                # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
589                if test -L $build_dir/$name ; then
590                    ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
591                    RETVAL=$?
592                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
593                        if [ $verbose -gt 1 ]; then
594                            echo "  Un-linking $name from ../$code_dir" ; fi
595                        rm -f $build_dir/$name
596                    fi
597                fi
598            else
599                # YES: We symbolically link these files to the build
600                # dir so long as there is no real file in place
601                ( cd $build_dir ; cmp $name $file > /dev/null 2>&1 )
602                RETVAL=$?
603                if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  cmp $name $file returns: $RETVAL" ; fi
604                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
605                    if test -h $build_dir/$name ; then rm -f $build_dir/$name ; fi
606                    if test ! -r $build_dir/$name ; then
607                        if [ $verbose -gt 1 ]; then echo "  Linking $name to $file" ; fi
608                        (cd $build_dir; ln -sf $file $name)
609                    fi
610                fi
611            fi
612        done
613    }
614    
615  linkdata()  linkdata()
616  {  {
617      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
618      #      #
619      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
620      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
621          (          (
622              cd $2              cd $1 ; shift
623              files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              echo 'linkdata from dirs:' $*
624              for i in $files ; do              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
625                  if test ! -d "../input/"$i ; then              for xx in $inpMPI ; do
626                      ln -sf "../input/"$i $i                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
627                    # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
628                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
629                    if test "x$MPI" = "x0" ; then
630                        # not mpi test: remove symbolic link
631                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
632                    else
633                        # mpi test: remove symbolic link & link .mpi sfx file
634                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
635                        if test ! -r $yy ; then
636                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
637                            printf " $xx" 1>&2
638                        fi
639                    fi
640                  fi
641                done
642                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
643                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
644                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
645                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
646                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
647                        if test ! -r eedata ; then
648                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
649                            printf ' eedata.mth' 1>&2
650                        fi
651                    else
652                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
653                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
654                    fi
655                fi
656                prevDir='NONE'
657                for ldir in $* ; do
658                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
659                        printf " ldir=${ldir}:" 1>&2
660                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
661                        for i in $files ; do
662                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
663                                if test ! -r $i  ; then
664                                    printf ' '$i 1>&2
665                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
666                                fi
667                            fi
668                        done
669                        printf ' ;' 1>&2
670                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
671                            "../"$ldir"/"prepare_run 1>&2
672                        else
673                            echo '' 1>&2
674                        fi
675                  fi                  fi
676                    prevDir=$ldir
677              done              done
678          )          )
679      fi      fi
# Line 309  runmodel() Line 683  runmodel()
683  {  {
684      # runmodel directory      # runmodel directory
685      #      #
686      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs $COMMAND in "directory"
687      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
688      (      (
689          cd $1          cd $1
690          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ... ' $1
691          # make output.txt          if test "x$MPI" != x0 ; then
692          $COMMAND              #- adjust the MPI run command with the right number of Procs
693          RETVAL=$?              #echo '' ; echo "  COMMAND='$COMMAND'"
694          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_NPROC / $LOC_NPROC /"`
695              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
696                  COMMAND=`echo $COMMAND | sed "s/ TR_MFILE / ..\/..\/$LOC_MFILE /"`
697                fi
698                #echo "  COMMAND='$COMMAND'"
699            fi
700            if test -L $EXECUTABLE ; then
701              if test -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
702                cmp $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
703                outD=$? ; if test "x$outD" != x0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
704              else rm -f $EXECUTABLE
705              fi
706            fi
707            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
708                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
709                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
710            fi
711            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
712                rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
713                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
714                echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
715                RETVAL=8
716                ENDVAL=-1
717            else
718              if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
719                # output do not exist or is older than executable:
720                rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
721                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
722                ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
723                RETVAL=$?
724                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
725                if [ $POSTCLEAN -eq 1 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
726                    find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
727                    find . -name "*.data" -exec rm {} \;
728                    rm -rf mnc_test_*
729                fi
730              else
731                RETVAL=0
732                ENDVAL=`tail $OUTPUTFILE | grep -c 'PROGRAM MAIN: Execution ended Normally'`
733                touch $RUNLOG
734                if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
735                echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
736              fi
737            fi
738            rm -f run.log_tmp
739            #- in all cases where OutputFile exists, report SIZE (and AD time)
740            if test -f $OUTPUTFILE ; then
741              grep '(PID\.TID 0000\.0001)      n.. =' $OUTPUTFILE \
742                    | sed 's/(PID.TID 0000.0001)     //' >> $CDIR"/summary.txt"
743              if test "x$ADM" = xt ; then
744                grep -A3 'Seconds in section "ALL' $OUTPUTFILE >> $CDIR"/summary.txt"
745              fi
746            fi
747            if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
748            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
749                echo successful
750                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
751                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
752                return 0
753            elif [ $RETVAL -ne 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
754                #-- for some weird cases (run is finihed but with error code)
755                echo 'finished with error (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
756                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
757                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
758              return 0              return 0
759          else          else
760                echo 'failed (run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')'
761                printf '=> output from running in %s :\n' $1 1>&2
762                tail $RUNLOG | sed 's/^.*/> &/g' 1>&2
763                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
764              return 1              return 1
765          fi          fi
766      )      )
# Line 330  createcodelet() Line 770  createcodelet()
770  {  {
771      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
772    
773      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
774      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
775        program cmpnum  #include <stdio.h>
776        implicit none  #include <math.h>
777        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
778        integer linnum,best    int linnum,cmplin,best,lncnt;
779        best=-16    double a,b,abave,relerr;
780    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
781        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
782  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
783        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
784          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
785          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
786  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
787            linnum=int(log10(diff))      if ( abave == abave ) {
788            best=max(best,linnum)        if (abave > 0.0) {
789          endif          relerr=fabs(a-b)/abave;
790        else          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
791          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          else { cmplin = -16 ; }
792        endif          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
793        goto 99        else { cmplin = -22 ; }
794    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
795    70  print *,-best        }
796        end     else {
797  EOFA     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
798          break; }
799      }
800      if (lncnt == 999) best=-29;
801      if (linnum != -1) best=-99;
802      printf("%d\n", -best);
803      return 0;
804    }
805    EOF
806        $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
807    
808      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
809          echo "OK"          echo "OK"
810          return 0          return 0
811      else      else
812          echo          echo
813          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
814            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
815          exit 1          exit 1
816      fi      fi
817  }  }
# Line 374  formatresults() Line 823  formatresults()
823      nm=$1      nm=$1
824      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
825      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
826      printf '%3s' $@      listPrt=$@
827            listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
828      if [ $1 = '--' ]; then      xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
829        printf '%3s' $listPrt
830    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
831    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
832    
833        if [ $xx = '..' ]; then
834            printf ' N/O '
835        elif [ $xx = '--' ]; then
836            printf ' N/O '
837        elif [ $xx = 99 ]; then
838          printf ' N/O '          printf ' N/O '
839      else      else
840          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
841              printf ' pass'              printf ' pass'
842          else          else
843              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 387  formatresults() Line 845  formatresults()
845      fi      fi
846      printf '  %s' $nm      printf '  %s' $nm
847      printf '\n'      printf '\n'
       
 }  
848    
 show_help()  
 {  
     cat - << EOF  
 $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]  
   
  -help|-h      Show this help message  
  -quiet     Reduce the amount of output  
  -verbose   Produce copious amounts of output  
  -debug     Produce even more output which will mean nothing to most  
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
849  }  }
850    
851  scandirs()  scandirs()
852  {  {
853      if [ $# -eq 0 ]; then      if [ $# -eq 1 ]; then
854          for arg in * ; do          for arg in * ; do
855              test -d $arg/input && echo $arg              test -f $arg/$1 && echo $arg
856          done          done
857      else      else
858          echo $*          echo $*
859      fi      fi
860  }  }
861    
862    
863  ###############################################################################  check_eedata()
864  ###############################################################################  {
865        # check_eedata size.h eedata
866        if [ $# -eq 2 ] ; then
867          if test -f $1 -a -f $2 ; then
868          sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
869          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
870          if test "x$nx" = x ; then
871            rx=10
872          else
873            rx=`expr $sx % $nx`
874          fi
875          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
876          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
877          if test "x$ny" = x ; then
878            ry=20
879          else
880            ry=`expr $sy % $ny`
881          fi
882          echo `expr $rx + $ry`
883        else
884          echo '-1'
885          fi
886        else
887          echo '-2'
888        fi
889    
890    }
891    
892  ###############################################################################  ###############################################################################
893    
894    
895  #  Default properties  #  Default properties
896  debug=0  debug=0
897  verbose=1  verbose=1
 clean=0  
 expts=''  
 # ieee=1  
898    
899  IEEE=  IEEE=true
900  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
901      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
902  fi  fi
903    GSL=f
904    
905  CLEANUP=f  CLEANUP=f
906    NORUN=f
907  QUICK=f  QUICK=f
908    NOMAKE=f
909  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
910  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
911  NODEPEND=f  NODEPEND=f
912    POSTCLEAN=0
913    
914  BASH=  BASH=
915  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
916  ADDRESSES=  ADDRESSES=
917  TESTDIRS=  TESTDIRS=
918    SKIPDIRS=
919  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
920  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  HAVE_MPACK=
921  COMMAND="make output.txt"  MPACK=
922  MAKE=make  COMMAND=
923  MPI=f  MKDEPEND=
924    if test "x$MAKE" = x ; then
925        MAKE=make
926    fi
927    if test "x$CC" = x ; then
928        CC=cc
929    fi
930    JOBS=
931    MPI=0
932    MPI_MFILE=
933    MULTI_THREAD=f
934    OUTDIR=
935    DELDIR=
936    USE_R4=
937    
938    ADM=
939    OADM=
940    
941    # list of pTracers to check for monitor output
942    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
943    
944  echo -n "parsing options...  "  MATCH_CRIT=10
945    
946    printf "parsing options...  "
947    
948  ac_prev=  ac_prev=
949  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 468  for ac_option ; do Line 956  for ac_option ; do
956      fi      fi
957    
958      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`      ac_optarg=`expr "x$ac_option" : 'x[^=]*=\(.*\)'`
959        
960      case $ac_option in      case $ac_option in
961                    
962          -help | --help | -h | --h)          -help | --help | -h | --h) usage ;;
963              usage ;;  
964                    -optfile | --optfile | -of | --of) ac_prev=OPTFILE ;;
965          -optfile | --optfile | -of | --of)          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*) OPTFILE=$ac_optarg ;;
966              ac_prev=OPTFILE ;;  
967          -optfile=* | --optfile=* | -of=* | --of=*)          -addr | --addr | -a | --a) ac_prev=ADDRESSES ;;
968              OPTFILE=$ac_optarg ;;          -addr=* | --addr=* | -a=* | --a=*) ADDRESSES=$ac_optarg ;;
969                    -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd) ac_prev=MPACKDIR ;;
970          -addr | --addr | -a | --a)          -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*) MPACKDIR=$ac_optarg ;;
971              ac_prev=ADDRESSES ;;  
972          -addr=* | --addr=*)          -tdir | --tdir | -t | --t) ac_prev=TESTDIRS ;;
973              ADDRESSES=$ac_optarg ;;          -tdir=* | --tdir=* | -t=* | --t=*) TESTDIRS=$ac_optarg ;;
974            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd) ac_prev=SKIPDIRS ;;
975          -tdir | --tdir | -t | --t)          -skipdir=* | --skipdir=* | -skd=* | --skd=*) SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
976              ac_prev=TESTDIRS ;;  
977          -tdir=* | --tdir=*)          -bash | --bash | -b | --b) ac_prev=BASH ;;
978              TESTDIRS=$ac_optarg ;;          -bash=* | --bash=* | -b=* | --b=*) BASH=$ac_optarg ;;
979    
980          -bash | --bash | -b | --b)          -command | --command | -c | --c) ac_prev=COMMAND ;;
981              ac_prev=BASH ;;          -command=* | --command=* | -c=* | --c=*) COMMAND=$ac_optarg ;;
982          -bash=* | --bash=*)  
983              BASH=$ac_optarg ;;          -makedepend | --makedepend | -md | --md) ac_prev=MKDEPEND ;;
984            -makedepend=* | --makedepend=* | -md=* | --md=*) MKDEPEND=$ac_optarg ;;
985          -command | --command | -c | --c)  
986              ac_prev=COMMAND ;;          -make | --make | -m | --m) ac_prev=MAKE ;;
987          -command=* | --command=*)          -make=* | --make=* | -m=* | --m=*) MAKE=$ac_optarg ;;
988              COMMAND=$ac_optarg ;;  
989            -odir | --odir) ac_prev=OUTDIR ;;
990          -make | --make | -m | --m)          -odir=* | --odir=*) OUTDIR=$ac_optarg ;;
991              ac_prev=MAKE ;;  
992          -make=* | --make=*)          -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr) ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
993              MAKE=$ac_optarg ;;          -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*) PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
994    
995          -clean | --clean)          -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
996              CLEANUP=t ;;          -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
   
         -quick | --quick | -q | --q)  
             QUICK=t ;;  
         -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng)  
             NOGENMAKE=t ;;  
         -noclean | --noclean | -nc | --nc)  
             NOCLEAN=t ;;  
         -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)  
             NODEPEND=t ;;  
997    
998          -mpi) MPI=true ;;          -j | --j) ac_prev=JOBS ;;
999            -j=* | --j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
1000    
1001            -clean | --clean) CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
1002    
1003            -norun | --norun | -nr | --nr) NORUN=t ;;
1004            -runonly | --runonly | -ro | --ro) QUICK=t ; NOMAKE=t ;;
1005            -quick | --quick | -q | --q) QUICK=t ;;
1006            -nogenmake | --nogenmake | -ng | --ng) NOGENMAKE=t ;;
1007            -noclean | --noclean | -nc | --nc) NOCLEAN=t ;;
1008            -nodepend | --nodepend | -nd | --nd) NODEPEND=t ;;
1009    
1010            -postclean | --postclean | -pc | --pc) POSTCLEAN=2 ;;
1011            -deloutp | --deloutp | -do | --do) POSTCLEAN=1 ;;
1012    
1013            -mpi | --mpi) MPI=2 ;;
1014            -MPI | --MPI) ac_prev=MPI ;;
1015            -MPI=* | --MPI=*) MPI=$ac_optarg ;;
1016    
1017            -mfile | --mfile | -mf | --mf) ac_prev=MPI_MFILE ;;
1018            -mfile=* | --mfile=* | -mf=* | --mf=*) MPI_MFILE=$ac_optarg ;;
1019    
1020            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
1021    
1022            -adm | -ad) ADM=t ;;
1023            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
1024    
1025          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
1026          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
1027            -gsl) GSL=t ;;
1028    
1029          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
1030          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
1031          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
1032    
1033          -*)          -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
1034              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option  
1035              usage          -use_r4|-ur4) USE_R4=t ;;
1036              ;;  
1037                    -ts) TS=t;;
1038          *)          -papis) PAPIS=t;;
1039              echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option          -pcls) PCL=t;;
1040              usage  
1041              ;;          -*) echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
1042                        usage ;;
1043            *)  echo "Error: unrecognized argument: "$ac_option
1044                usage ;;
1045    
1046       esac       esac
1047        
1048  done  done
1049    
1050  if test "x$QUICK" = xt ; then  if test "x$QUICK" = xt ; then
# Line 545  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 1053  if test "x$QUICK" = xt ; then
1053      NODEPEND=t      NODEPEND=t
1054  fi  fi
1055    
1056    #- check length of MPI machine file:
1057    if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then
1058        if test -r $MPI_MFILE ; then
1059            nl=`wc -l $MPI_MFILE | awk '{print $1}'`
1060            if [ $nl -lt $MPI ] ; then
1061              echo "Error: need at least $MPI nodes (currently only $nl) in MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1062              usage
1063            fi
1064            if [ $verbose -gt 1 ]; then
1065                echo " MPI_MFILE=$MPI_MFILE : $nl procs for MPI=$MPI run"
1066            fi
1067        else
1068              echo "Error: cannot access MPI_MFILE=$MPI_FILE"
1069              usage
1070        fi
1071    fi
1072    
1073    #- setting for forward or ADM testing
1074    if test "x$ADM" = xt ; then
1075        code_dir=code_ad
1076        inputdir=input_ad
1077        ref_outp="output_adm.txt"
1078        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1079    elif test "x$OADM" = xt ; then
1080        code_dir=code_oad
1081        inputdir=input_oad
1082        ref_outp="output_oadm.txt"
1083        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
1084    else
1085        code_dir=code
1086        inputdir=input
1087        ref_outp="output.txt"
1088        EXECUTABLE="mitgcmuv"
1089    fi
1090    
1091    xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $1}'`
1092  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
1093      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
1094    elif test $xx = 'start_from' ; then
1095        xx=`echo $TESTDIRS | awk '{print $2}'`
1096        LIST=`scandirs results/$ref_outp | sed -n "/$xx/,$ p"`
1097    else
1098        #- expand group of experiments:
1099        LIST=" "
1100        for xx in $TESTDIRS
1101        do
1102          case $xx in
1103            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
1104                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
1105                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
1106                    ;;
1107            'tutorials')
1108                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
1109            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
1110          esac
1111        done
1112  fi  fi
1113    #echo 'LIST='${LIST}'<'
1114    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
1115    TESTDIRS=" "
1116    count=0
1117    for xx in $LIST
1118    do
1119        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1120        if test $yy = 0 ; then
1121            if test -d $xx ; then
1122                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1123                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1124            else count=1 ;
1125                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1126            fi
1127        else
1128            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1129            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1130            fi
1131        fi
1132    done
1133    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1134    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1135    
1136  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1137      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1138  fi  fi
1139    
1140  echo "OK"  LOC_MFILE='tr_mpi_mfile'
1141    RUNLOG="run.tr_log"
1142    OUTPUTFILE=$ref_outp
1143    if test "x$COMMAND" = x ; then
1144        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1145    fi
1146    if test "x$MPI" != x0 ; then
1147        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1148    fi
1149    
1150    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1151    
1152    # set the Default List of output variables to be checked:
1153    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1154    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1155    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1156    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1157        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1158        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1159        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1160        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1161        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1162    else
1163        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1164        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1165        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1166    fi
1167    
1168  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1169  createcodelet  if test -x tr_cmpnum ; then
1170        echo "skipping comparison code build"
1171    else
1172        createcodelet
1173    fi
1174    
1175  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1176  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1177        echo "skipping mpack build"
1178    else
1179        build_mpack
1180    fi
1181    
1182  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1183    CMDLINE=$0
1184    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1185        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1186                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1187    done
1188    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1189  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1190  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1191  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1192  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1193    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1194        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1195    else
1196        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1197        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1198    fi
1199  DNUM=0  DNUM=0
1200  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1201  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 575  done Line 1205  done
1205  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
1206  RETVAL=$?  RETVAL=$?
1207  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1208      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
1209      exit 1      exit 1
1210  fi  fi
1211  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1212  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  start_date=`date`
1213  date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1214  date > dfile  echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1215  cat << EOF >> $SUMMARY  echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
                 T           S           U           V  
 G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
1216    
1217  of_path=  of_path=
1218  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 605  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1226  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1226          fi          fi
1227          file=${OPTFILE##*/}          file=${OPTFILE##*/}
1228          OPTFILE=$of_path/$file          OPTFILE=$of_path/$file
1229            cp $OPTFILE $DRESULTS
1230            echo >> $SUMMARY
1231            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1232      else      else
1233          echo          echo | tee $SUMMARY
1234          echo "WARNING: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\" but will try to use it..."          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
1235            exit 1
1236      fi      fi
1237    else
1238        echo >> $SUMMARY
1239        echo "No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2 found and uses:" >> $SUMMARY
1240        #-note: to be filled later after 1rst run
1241  fi  fi
1242  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
1243  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1244    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1245        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1246        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1247        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1248           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1249        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1250        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1251        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1252        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1253        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1254            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1255            line_1="$line_1        m  s"
1256            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1257            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1258            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1259        done
1260        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1261        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1262        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1263        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1264        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1265        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1266    else
1267        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1268        echo >> $SUMMARY
1269        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1270        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1271        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1272        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1273        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1274    G D M    C  G
1275    E p a R  o  r
1276    N n k u  s  a
1277    2 d e n  t  d
1278    
1279    EOF
1280    fi
1281    echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1282    
1283  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1284  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1285        
1286        # set builddir & rundir:
1287        builddir="build"
1288        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1289        rundir="run"
1290        pfxdir="tr_$rundir"
1291        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1292            rundir=$builddir
1293        fi
1294        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1295        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1296    
1297      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1298      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1299          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1300              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1301            (   cd $BUILD_DIR
1302                rm -f $EXECUTABLE *.bak
1303                rm -f genmake_state genmake_*optfile genmake.log
1304                rm -f SIZE.h.mpi genmake.tr_log make.tr_log
1305            )
1306            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1307                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1308                run_clean $dir/$rundir
1309          fi          fi
1310          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "$pfxdir.*" -print | sed 's/^.\///')`
1311              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1312            if test $ttd != 0 ; then
1313                echo '  --- rm dir:' $trdir
1314                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1315          fi          fi
1316          continue          continue
1317      fi      fi
1318    
1319      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1320      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1321      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1322          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test ! -r $fout ; then
1323            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1324          continue          continue
1325      fi      fi
1326    
1327      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for specific files for particular type of run
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
1328    
1329      builddir="input"      if test "x$MPI" != "x0" ; then
1330      rundir="input"          if test -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" ; then
1331      use_seperate_build=0              #- create new SIZE.h with no more than '$MPI' Procs
1332      if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then              mk_mpi_size $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $BUILD_DIR"/tr_size.mpi" $MPI
1333          builddir="build"              LOC_NPROC=$?
1334          rundir="build"              (   cd $BUILD_DIR
1335          use_seperate_build=1                  if test -r SIZE.h.mpi ; then
1336          linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir                      cmp tr_size.mpi SIZE.h.mpi > /dev/null 2>&1 ; RETVAL=$?
1337      fi                  else RETVAL=1
1338                        fi
1339      CODE_DIR=$dir/code                  if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1340      BUILD_DIR=$dir/$builddir                      rm -f tr_size.mpi
1341      MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"                  else
1342      NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"                      rm -f SIZE.h.mpi ; mv tr_size.mpi SIZE.h.mpi
1343                    fi
1344      #  Is this an MPI run?              )
1345      if test "x$MPI" = xt ; then          else
1346          FILES=$MPI_FILES              echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1347          endings="_mpi"              continue
     else  
         FILES=$NOMPI_FILES  
         endings="_nompi"  
     fi  
       
     #  Check to see that we have the files  
     have_files=t  
     for i in $FILES ; do  
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
1348          fi          fi
1349      done          if test "x$MPI_MFILE" != x ; then
1350      if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then              #- create new MPI machine-file with the right number of Procs
1351          echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"              rm -f $LOC_MFILE
1352                cat $MPI_MFILE | sort | uniq | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1353                nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1354                if [ $nl -lt $LOC_NPROC ] ; then
1355                    rm -f $LOC_MFILE
1356                    cat $MPI_MFILE | head -$LOC_NPROC > $LOC_MFILE
1357                    #sed -n "1,$LOC_NPROC p" $MPI_MFILE > $LOC_MFILE
1358                fi
1359                if [ $verbose -gt 1 ]; then
1360                    nl=`wc -l $LOC_MFILE | awk '{print $1}'`
1361                    echo " new LOC_MFILE=$LOC_MFILE : $nl procs for LOC_NPROC=$LOC_NPROC"
1362                fi
1363            fi
1364        fi
1365        if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1366            echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1367          continue          continue
1368      fi      fi
1369            if test "x$MPI" != "x0" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1370      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR          retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1371      if test "x$have_files" = xt ; then          if test $retv != 0 ; then
1372          for i in $FILES ; do              echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1373              sstr="s|$endings||"              continue
1374              name=`echo $i | sed -e $sstr `          fi
1375              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1      fi
1376              RETVAL=$?  
1377              if test "x$RETVAL" != x0 ; then      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1378                  cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name      extra_runs=
1379        if test "x$NORUN" = xf ; then
1380            ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1381        fi
1382        #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1383        for exd in $ex_run_dirs ; do
1384            name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1385            refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1386            outf="$dir/results/$refExOut"
1387            if test -f $outf -a -r $outf ; then
1388              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1389                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1390                  if test "x$MPI" = "x0" ; then
1391                    extra_runs="$extra_runs $name"
1392                  else
1393                    retv=`check_eedata $BUILD_DIR"/SIZE.h.mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1394                    if test $retv = 0 ; then
1395                        extra_runs="$extra_runs $name"
1396                    else
1397                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1398                    fi
1399                  fi
1400                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1401              fi              fi
1402          done            else
1403                extra_runs="$extra_runs $name"
1404              fi
1405            fi
1406        done
1407    
1408        echo
1409        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1410           echo "Experiment:  $dir"
1411        else
1412           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1413      fi      fi
1414            echo
1415      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      unset genmake makedepend make run
1416      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      results=$EMPTY_RESULTS
1417      mkdir $CDIR  
1418      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      #  Create an output dir & summary.txt file for each tested experiment (tdir)
1419            locDIR=$DRESULTS"/"$dir
1420      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      mkdir $locDIR
1421          makeclean $dir/$builddir      #- report to this experiment local summary file ---
1422        echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir'" > $locDIR"/summary.txt"
1423        echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1424        echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1425        CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1426    
1427        if test "x$NORUN" = xt ; then
1428                run=N
1429            genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1430                && makeclean $dir/$builddir \
1431                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1432                && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1433                && makemodel $dir/$builddir && make=Y
1434      else      else
1435          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1436              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1437                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1438              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1439              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1440              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && run_clean $dir/$rundir \
1441                && linkdata $dir/$rundir $inputdir \
1442              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1443              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1444      fi      fi
1445            #echo "results='$results'"
1446      echo  
1447      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1448          ${run:-N} $results          echo 1>&2
1449      echo          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1450      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1451          ${run:-N} $results >> $SUMMARY  
1452      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          for ex in $extra_runs ; do
1453      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \              unset run
1454          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"              results=$EMPTY_RESULTS
1455      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"              #  reference output file
1456      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"              refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1457      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              #  Create an output dir & summary.txt file for each extra run (tdir.ex)
1458      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              locDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1459      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"              mkdir $locDIR
1460                    #- report to this experiment local summary file ---
1461      (              echo "DATE='$DATE' ; tdir='$dir.$ex'" > $locDIR"/summary.txt"
1462          cd $DRESULTS              #echo "MACH='$MACH'" >> $locDIR"/summary.txt"
1463          tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1              #echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $locDIR"/summary.txt"
1464          gzip $NDIR".tar"              CDIR=`pwd`"/$locDIR"
1465      )              test ! -e "$dir/$pfxdir.$ex" && mkdir "$dir/$pfxdir.$ex"
1466                    run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1467      if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then              linkdata $dir/$pfxdir.$ex $inputdir.$ex $inputdir
1468          echo "No mail sent"              runmodel $dir/$pfxdir.$ex && run=Y \
1469      else              && results=`testoutput_run $dir $pfxdir.$ex $refExOut`
1470          $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES              fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1471          RETVAL=$?              fres="$fres.$ex"
1472          if test "x$RETVAL" != x0 ; then              echo 1>&2
1473              echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"              echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1474          else              echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $locDIR"/summary.txt"
1475              rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"              if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1476                    run_clean $dir/$pfxdir.$ex
1477                fi
1478            done
1479    
1480        if test -f $DRESULTS"/"genmake_state ; then : ; else
1481            if test -f $dir/$builddir/Makefile ; then
1482                mkOpt=`grep '^# OPTFILE=' $dir/$builddir/Makefile 2>/dev/null | head -1 | sed 's/^# //'`
1483                echo "from '$dir/$builddir/Makefile', extract:" > $DRESULTS/genmake_state
1484                sed -n '/^# executed by:/,+1 p' $dir/$builddir/Makefile >> $DRESULTS/genmake_state
1485                echo " $mkOpt" >> $DRESULTS/genmake_state
1486                if test "x$OPTFILE" = xNONE ; then
1487                    eval $mkOpt
1488                    sed "/^No \"OPTFILE\" was specified ; genmake2/a\  OPTFILE=${OPTFILE}"\
1489                            $SUMMARY > tr_0.tmp_log
1490                    RETVAL=$?
1491                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then rm -f $SUMMARY
1492                            cp tr_0.tmp_log $SUMMARY
1493                    else rm -f tr_0.tmp_log
1494                    fi
1495                fi
1496                gmkLog=$dir/$builddir/genmake.log
1497                grep '^Get compiler version using:' $gmkLog > /dev/null 2>&1
1498                RETVAL=$?
1499                if test "x$RETVAL" = x0 ; then
1500                    echo "from '$gmkLog', extract compiler version:" >> $DRESULTS/genmake_state
1501                    sed -n '/Get compiler version/,/<-- compiler version/p' $gmkLog \
1502                           | grep -v '^... compiler version ' > tr_1.tmp_log
1503                    sed -n '1,/^$/p' tr_1.tmp_log | sed '/^$/d' | sed 's/^./ &/' \
1504                            >> $DRESULTS/genmake_state
1505                    rm -f tr_1.tmp_log
1506                fi
1507          fi          fi
1508      fi      fi
1509        #postclean $dir/$builddir
1510        if test "x$POSTCLEAN" = x2 ; then
1511            makeclean $dir/$builddir \
1512                && run_clean $dir/$rundir
1513        fi
1514        if test "x$MPI" != x0 -a "x$MPI_MFILE" != x ; then rm -f $LOC_MFILE ; fi
1515    
1516      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1517        
     NDIR=$(( $NDIR + 1 ))  
       
1518  done  done
1519    
1520  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1521  date -r dfile >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1522  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1523  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1524    
1525  rm tmp_cmpnum.f a.out dfile  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1526    #  to send email using mpack.
1527    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1528        echo "No results email was sent."
1529    else
1530        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1531            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1532                && gzip $DRESULTS".tar" \
1533                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1534            RETVAL=$?
1535            if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1536                echo
1537                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1538                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1539                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1540                echo
1541            else
1542                echo
1543                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1544                echo "  \"$ADDRESSES\""
1545                echo
1546                test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1547                test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1548            fi
1549        fi
1550    fi
1551    
1552    if test "x$QUICK" = xf -a "x$NORUN" = xf ; then
1553        rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1554    fi
1555    
1556  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1557      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1558      if test -e tr.out ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1559          mv tr.out tr.out.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1560      fi      fi
1561      cat $SUMMARY > tr.out      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1562    fi
1563    
1564    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1565        rm -rf $DRESULTS
1566  fi  fi
1567    
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