/[MITgcm]/MITgcm/verification/testreport
ViewVC logotype

Diff of /MITgcm/verification/testreport

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Revision Graph Revision Graph | View Patch Patch

revision 1.14 by edhill, Fri Nov 7 21:32:19 2003 UTC revision 1.128 by jmc, Wed Jun 10 21:36:52 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #!/bin/bash  #! /usr/bin/env bash
2  #  #
3  #  $Header$  #  $Header$
4  #  $Name$  #  $Name$
# Line 11  usage() Line 11  usage()
11      echo      echo
12      echo "where possible OPTIONS are:"      echo "where possible OPTIONS are:"
13      echo "  (-help|-h)               print usage"      echo "  (-help|-h)               print usage"
14      echo "  (-mpi)                   use MPI input files"      echo "  (-mth)                   run multi-threaded (using eedata.mth)"
15        echo "  (-mpi)                   compile and run using MPI"
16      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"      echo "  (-ieee|-noieee)          if possible, use IEEE compiler flags"
17      echo "  (-optfile=|-of=)STRING   list of optfiles to use"      echo "                             (DEF=\"-ieee\")"
18      echo "  (-a|-addr)STRING         list of email recipients"      echo "  (-gsl)                   compile with \"-gsl\" flag"
19      echo "                             (DEF=\"edhill@mitgcm.org\")"      echo "  (-of=|-optfile=)STRING   list of optfiles to use"
20      echo "  (-t|-tdir)STRING         list of test dirs to use"      echo "  (-a|-addr) STRING        list of email recipients"
21      echo "                             (DEF=\"\" which builds all)"      echo "                             (DEF=\"\" no email is sent)"
22      echo "  (-b|-bash)STRING         location of \"bash\" executable"      echo "  (-mpd|-mpackdir) DIR     location of the mpack utility"
23      echo "                             (DEF=\"\" for \"/bin/bash\")"      echo "                             (DEF=\"../tools/mpack-1.6\")"
24      echo "  (-command)STRING         command to run"      echo "  (-t|-tdir) STRING        list of group and/or exp. dirs to test"
25        echo "                             (recognized groups: basic, tutorials)"
26        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
27        echo "  (-skd|-skipdir) STRING   list of exp. dirs to skip"
28        echo "                             (DEF=\"\" which test all)"
29        echo "  (-b|-bash) STRING        preferred location of a \"bash\" or"
30        echo "                             Bourne-compatible \"sh\" shell"
31        echo "                             (DEF=\"\" for \"bash\")"
32        echo "  (-adm|-ad)               perform an adjoint run"
33        echo "  (-oad)                   perform an OpenAD adjoint run"
34        echo "  (-command) STRING        command to run"
35      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"      echo "                             (DEF=\"make output.txt\")"
36      echo "  (-m|-make)STRING         command to use for \"make\""      echo "  (-m|-make) STRING        command to use for \"make\""
37      echo "                             (DEF=\"make\")"      echo "                             (DEF=\"make\")"
38        echo "  (-odir) STRING           used to build output directory name"
39        echo "                             (DEF=\"hostname\")"
40        echo "  (-ptr|-ptracers) STRING  specify which ptracers to test"
41        echo "                             (DEF=\"1 2 3 4 5\")"
42        echo "  (-match) NUMBER          Matching Criteria (number of digits)"
43        echo "                             (DEF=\"12\")"
44        echo "  (-j) JOBS                use \"make -j JOBS\" for parallel builds"
45      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""      echo "  (-clean)                 *ONLY* run \"make CLEAN\""
46      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""      echo "  (-quick|-q)              same as \"-nogenmake -noclean -nodepend\""
47      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"      echo "  (-nogenmake|-ng)         skip the genmake stage"
48      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"      echo "  (-noclean|-nc)           skip the \"make clean\" stage"
49      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"      echo "  (-nodepend|-nd)          skip the \"make depend\" stage"
50        echo "  (-deldir|-dd)            on success, delete the output directory"
51        echo "  (-ts)                    provide timing information per timestep"
52        echo "  (-papis)                 provide MFlop/s per timestep using PAPI"
53        echo "  (-pcls)                  provide MFlop/s per timestep using PCL"
54      echo      echo
55      echo "and where STRING follows a whitespace-delimited format"      echo "and where STRING can be a whitespace-delimited list"
56      echo "such as:"      echo "such as:"
57        echo
58      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "      echo "  -t 'exp0 exp2 exp3' "
59      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"      echo "  -addr='abc@123.com testing@home.org'"
60      echo      echo
61        echo "provided that the expression is properly quoted within the current"
62        echo "shell (note the use of single quotes to protect white space)."
63        echo
64      exit 1      exit 1
65  }  }
66    
67  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility
68  build_mpack()  build_mpack()
69  {  {
70      echo -n "building the mpack utility...  "      printf "building the mpack utility...  "
71      if test ! -x "$MPACKDIR/mpack" ; then      MPACK="$MPACKDIR/mpack"
72        if test ! -x $MPACK ; then
73          if test ! -d $MPACKDIR ; then          if test ! -d $MPACKDIR ; then
74                echo
75              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""              echo "Error: can't find \"$MPACKDIR\""
76              echo "  are you sure this program is being run in the correct "              echo "  are you sure this program is being run in the correct "
77              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"              echo "  (that is, \"MITGCM_ROOT\verification\") directory?"
78              exit 1              echo
79                HAVE_MPACK=f
80          fi          fi
81          echo -n "building mpack...  "          if test "x$CC" = x ; then
82          ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > build_mpack.out 2>&1              export CC=cc
83            fi
84            printf "building mpack (using CC=$CC)...  "
85            ( cd $MPACKDIR && ./configure && $MAKE ) > tr_build_mpack.out 2>&1
86          RETVAL=$?          RETVAL=$?
87          if test "x$RETVAL" != x0 ; then          if test "x$RETVAL" != x0 ; then
88              echo              echo
89              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"              echo "Error building the mpack tools at: $MPACK_DIR"
90              exit 1              echo
91                HAVE_MPACK=f
92            else
93                rm -f tr_build_mpack.out
94                HAVE_MPACK=t
95                echo "done"
96          fi          fi
97        else
98            HAVE_MPACK=t
99            echo "already exist"
100      fi      fi
     echo "OK"  
 }  
   
 compare_lines()  
 {  
     # use codelet to compare lines  
     if [ $verbose -gt 1 ]; then  
         cat tmp3.txt 1>&2  
     fi  
     return `./a.out < tmp3.txt`  
101  }  }
102    
103  testoutput_for_prop()  testoutput_var()
104  {  {
105      # testoutput_for_prop dir s1 label subdir      # testoutput_var dir s1 label subdir reference_output
106      #      #
107      #  compares files in $dir/$subdir/output.txt and $dir/results/output.txt      #  compares 1 variable output selected from file $dir/$subdir/$OUTPUTFILE
108      #  using search strings s1 and text label      #     with same output from reference file $dir/results/$reference_output
109        #  using search strings s1 and text label
110    
111      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
112          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/$4/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE 1>&2
113      fi      fi
114      if [ -r $1/$4/output.txt ]; then      if [ -r $1/$4/$OUTPUTFILE ]; then
115          grep "$2" $1/$4/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp1.txt          grep "$2" $1/$4/$OUTPUTFILE | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp1.txt
116          lncnt=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `          lncntA=`wc -l tmp1.txt | awk '{print $1}' `
117          if [ $lncnt -lt 3 ]; then          if [ $lncntA -lt 2 ]; then
118              if [ $verbose -gt 0 ]; then              if [ $verbose -gt 0 ]; then
119                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2                  echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
120              fi              fi
121              return 99              return 99
122          fi          fi
123      else      else
124          echo testoutput_for_prop: output.txt from model run was not readable 1>&2          echo testoutput_var: $OUTPUTFILE from model run was not readable 1>&2
125          return 99          return 99
126      fi      fi
127      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
128          echo testoutput_for_prop: grep "$2" $1/results/output.txt 1>&2          echo testoutput_var: grep "$2" $1/results/$5 1>&2
129      fi      fi
130      grep "$2" $1/results/output.txt | sed 's/.*=//' | nl > tmp2.txt      grep "$2" $1/results/$5 | sed 's/.*=//' | cat -n > tmp2.txt
131      lncnt=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `      lncntB=`wc -l tmp2.txt | awk '{print $1}' `
132      if [ $lncnt -lt 3 ]; then      if [ $lncntB -lt 2 ]; then
133          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
134              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2              echo Not enough lines of output when searching for "$2" 1>&2
135          fi          fi
136          return 99          return 99
137      fi      fi
138        if [ $lncntA -ne $lncntB ]; then
139            if [ $verbose -gt 0 ]; then
140                echo Not same Nb of lines when searching for "$2" ":" $lncntA $lncntB 1>&2
141            fi
142            return 99
143        fi
144        has_nan=`cat tmp1.txt | grep -i nan | wc -l`
145        if [ $has_nan -gt 0  ] ; then
146            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_nan NaN values  1>&2
147            return 99
148        fi
149        has_inf=`cat tmp1.txt | grep -i inf | wc -l`
150        if [ $has_inf -gt 0  ] ; then
151            echo testoutput_var: $OUTPUTFILE contains $has_inf Inf values  1>&2
152            return 99
153        fi
154      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
155          echo testoutput_for_prop: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2          echo testoutput_var: join tmp1.txt tmp2.txt 1>&2
156      fi      fi
157      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt      join tmp1.txt tmp2.txt | awk '{print $1 " " $2 " " $3}' > tmp3.txt
158      if [ $debug -gt 0 ]; then      if [ $debug -gt 0 ]; then
159          echo testoutput_for_prop: compare_lines 1>&2          echo testoutput_var: compare_lines 1>&2
160      fi      fi
161      compare_lines      if [ $verbose -gt 1 ]; then
162      digits_of_similarity=$?          cat tmp3.txt 1>&2
163        fi
164        echo "-1" >> tmp3.txt
165        # On the SGI O3K (*not* the O2K), "cat -n" inserts a ":" after the line number
166        cat tmp3.txt | sed -e 's|:||g' > tmp4.txt
167        digits_of_similarity=`./tr_cmpnum < tmp4.txt`
168      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then      if [ $digits_of_similarity -eq 99 ]; then
169          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
170              echo testoutput_for_prop: No comparison was available for \"$2\" 1>&2              echo testoutput_var: No comparison was available for \"$3\" 1>&2
171          fi          fi
172          digits_of_similarity=99          digits_of_similarity=99
173      else      else
174          if [ $verbose -gt 0 ]; then          if [ $verbose -gt 0 ]; then
175              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$2\" 1>&2              echo There were $digits_of_similarity decimal places of similarity for \"$3\" 1>&2
176          fi          fi
177      fi      fi
178      rm tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt      rm -f tmp1.txt tmp2.txt tmp3.txt tmp4.txt
179            
180      return $digits_of_similarity      return $digits_of_similarity
181  }  }
182    
183  dashnum()  testoutput_run()
 {  
     # dashnum n1 n2 n3 ...  
     #  
     #  print numbers using %3i format or "--" if number = 99  
   
     for num in $@ ; do  
         if [ $num = 99 ]; then  
             printf ' --'  
         else  
             printf '%3i' $num  
         fi  
     done  
 }  
   
 testoutput()  
184  {  {
185      # testoutput diretory subdir      # testoutput_run directory subdir reference_output
186      #      #
187      #  test output in "directory"      #  test output from 1 run in "directory"
188    # --> same processing for adjoint & forward test
189      if [ $debug -gt 0 ]; then          # default list of output variables to be checked:
190          echo testoutput: testoutput_for_prop $1 cg2d_init_res 1>&2          #  1rst : main variable used to decide if it pass or FAIL
191      fi          #  others : number of matching digits to be printed in summary.txt
192      testoutput_for_prop $1 "cg2d_init_res" "cg2d init. residual" $2; cg2dres=$?          listChk=$DEF_CHECK_LIST
193      if [ $debug -gt 0 ]; then          #  load experiment-specific list from file "tr_checklist" (if it exist)
194          echo testoutput: cg2dres=$cg2dres 1>&2          if test -r $1/$2/tr_checklist ; then listChk=`cat $1/$2/tr_checklist` ; fi
195      fi          sVar=`echo $listChk | awk '{print $1}'`
196      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_min" "theta minimum" $2; tmin=$?          # remove 1rst var and expand the list: + => min max mean s.d
197      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_max" "theta maximum" $2; tmax=$?          listVar=`echo $listChk | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' \
198      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_mean" "theta mean" $2; tmean=$?                                 | sed 's/+//g' | sed "s/^$sVar//"`
199      testoutput_for_prop $1 "dynstat_theta_sd" "theta s.d." $2; tsd=$?          if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(I)='$listVar'" 1>&2 ; fi
200      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_min" "salt minimum" $2; smin=$?          # check for ptracer output in reference_output file :
201      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_max" "salt maximum" $2; smax=$?          outpref=$1/results/$3
202      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_mean" "salt mean" $2; smean=$?          ptr_mon="trcstat_ptracerXX_min trcstat_ptracerXX_max"
203      testoutput_for_prop $1 "dynstat_salt_sd" "salt s.d." $2; ssd=$?          ptr_mon="$ptr_mon trcstat_ptracerXX_mean trcstat_ptracerXX_sd"
204      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_min" "U minimum" $2; umin=$?          for ii in $PTRACERS_NUM ; do
205      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_max" "U maximum" $2; umax=$?              ptrfound=0
206      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean" $2; umean=$?              for jj in $ptr_mon ; do
207      testoutput_for_prop $1 "dynstat_uvel_sd" "U s.d." $2; usd=$?                  name=`eval "echo $jj | sed -e 's|XX|0"$ii"|g'"`
208      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_min" "V minimum" $2; vmin=$?                  tst=`grep $name $outpref | wc -l | awk '{print $1}'`
209      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_max" "V maximum" $2; vmax=$?                  if test ! "x$tst" = x0 ; then ptrfound=1 ; fi
210      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean" $2; vmean=$?              done
211      testoutput_for_prop $1 "dynstat_vvel_sd" "V s.d." $2; vsd=$?              if test $ptrfound = '1' ; then
212                        eval "HAVE_PTR0"$ii"=t"
213      dashnum $cg2dres $tmin $tmax $tmean $tsd $smin $smax $smean $ssd \              else
214          $umin $umax $umean $usd $vmin $vmax $vmean $vsd                  eval "HAVE_PTR0"$ii"=f"
215                  if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
216                  # remove this ptr from the list of output variable to check
217                  # echo "-- ptr test=" $tst "number of var=" `echo $listVar | awk '{print NF}'` 1>&2
218                    listVar=`echo "$listVar" | sed "s/ pt$ii..//g"`
219                  fi
220                fi
221            #   eval 'echo "HAVE_PTR0'$ii' = $HAVE_PTR0'$ii'"' 1>&2
222            done
223            tst=`echo $sVar $listVar | awk '{ for(i=2;i<=NF;i++){if($i==$1)t+=1}; print t }'`
224            if test $tst != 1 ; then
225              if test $tst = 0 ; then echo "==> WARNING: selected var >$sVar< not found" 1>&2
226                     else echo "==> WARNING: found selected var >$sVar< $tst times" 1>&2 ; fi
227              echo "==> WARNING: in checked list:" $listVar 1>&2
228            #- put it back once:
229              listVar=" $sVar "`echo "$listVar " | sed "s/ $sVar / /g"`
230            fi
231            if [ $debug -gt 0 ]; then echo "testoutput_run: listVar(M)='$listVar'" 1>&2 ; fi
232            echo "listVar='$listVar'" > $CDIR"/summary.txt"
233            allargs=""
234            for xx in $listVar
235            do
236              case $xx in
237               'PS')  if [ $debug -gt 0 ]
238                      then echo testoutput_run: testoutput_var $1 cg2d_init_res 1>&2 ; fi
239                      testoutput_var $1 "cg2d_init_res" "Press. Solver (cg2d)" $2 $3; yy=$?
240                      if [ $debug -gt 0 ] ; then echo testoutput_run: cg2dres=$yy 1>&2 ; fi ;;
241              'Cost') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_cost" "ADM Cost" $2 $3; yy=$? ;;
242              'Grad') testoutput_var $1 "ADM  precision_derivative_grad" "ADM Grad" $2 $3; yy=$? ;;
243               'Tmn') testoutput_var $1 "dynstat_theta_min"  "Theta minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
244               'Tmx') testoutput_var $1 "dynstat_theta_max"  "Theta maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
245               'Tav') testoutput_var $1 "dynstat_theta_mean" "Theta mean"     $2 $3; yy=$? ;;
246               'Tsd') testoutput_var $1 "dynstat_theta_sd"   "Theta Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
247               'Smn') testoutput_var $1 "dynstat_salt_min"  "Salt minimum"    $2 $3; yy=$? ;;
248               'Smx') testoutput_var $1 "dynstat_salt_max"  "Salt maximum"    $2 $3; yy=$? ;;
249               'Sav') testoutput_var $1 "dynstat_salt_mean" "Salt mean"       $2 $3; yy=$? ;;
250               'Ssd') testoutput_var $1 "dynstat_salt_sd"   "Salt Std.Dev"    $2 $3; yy=$? ;;
251               'Umn') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_min"  "U minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
252               'Umx') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_max"  "U maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
253               'Uav') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_mean" "U mean"          $2 $3; yy=$? ;;
254               'Usd') testoutput_var $1 "dynstat_uvel_sd"   "U Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
255               'Vmn') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_min"  "V minimum"       $2 $3; yy=$? ;;
256               'Vmx') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_max"  "V maximum"       $2 $3; yy=$? ;;
257               'Vav') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_mean" "V mean"          $2 $3; yy=$? ;;
258               'Vsd') testoutput_var $1 "dynstat_vvel_sd"   "V Std.Dev"       $2 $3; yy=$? ;;
259            'pt1mn'|'pt2mn'|'pt3mn'|'pt4mn'|'pt5mn') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
260               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_min"  "p0"$ii"_min"   $2 $3; yy=$? ;;
261            'pt1mx'|'pt2mx'|'pt3mx'|'pt4mx'|'pt5mx') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
262               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_max"  "p0"$ii"_max"   $2 $3; yy=$? ;;
263            'pt1av'|'pt2av'|'pt3av'|'pt4av'|'pt5av') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
264               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_mean" "p0"$ii"_mean" $2 $3; yy=$? ;;
265            'pt1sd'|'pt2sd'|'pt3sd'|'pt4sd'|'pt5sd') ii=`echo $xx | sed 's/pt//' | sed 's/..$//'`
266               testoutput_var $1 "trcstat_ptracer0"$ii"_sd"   "p0"$ii"_StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
267             'Qntmn') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_min" "Qnet minimum"  $2 $3; yy=$? ;;
268             'Qntmx') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_max" "Qnet maximum"  $2 $3; yy=$? ;;
269             'Qntav') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_mean" "Qnet mean"    $2 $3; yy=$? ;;
270             'Qntsd') testoutput_var $1 "extforcing_qnet_sd"  "Qnet Std.Dev"  $2 $3; yy=$? ;;
271             'aSImn') testoutput_var $1 "seaice_area_min"   "SIce Area min"   $2 $3; yy=$? ;;
272             'aSImx') testoutput_var $1 "seaice_area_max"   "SIce Area max"   $2 $3; yy=$? ;;
273             'aSIav') testoutput_var $1 "seaice_area_mean"  "SIce Area mean"  $2 $3; yy=$? ;;
274             'aSIsd') testoutput_var $1 "seaice_area_sd"    "SIce Area StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
275             'hSImn') testoutput_var $1 "seaice_heff_min"   "SIce Heff min"   $2 $3; yy=$? ;;
276             'hSImx') testoutput_var $1 "seaice_heff_max"   "SIce Heff max"   $2 $3; yy=$? ;;
277             'hSIav') testoutput_var $1 "seaice_heff_mean"  "SIce Heff mean"  $2 $3; yy=$? ;;
278             'hSIsd') testoutput_var $1 "seaice_heff_sd"    "SIce Heff StDv"  $2 $3; yy=$? ;;
279            'AthSiG') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_G" "thSIc Area Global" $2 $3; yy=$? ;;
280            'AthSiS') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_S" "thSIc Area South"  $2 $3; yy=$? ;;
281            'AthSiN') testoutput_var $1 "thSI_Ice_Area_N" "thSIc Area North"  $2 $3; yy=$? ;;
282            'HthSiG') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_G" "thSIc H Global"    $2 $3; yy=$? ;;
283            'HthSiS') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_S" "thSIc H South"     $2 $3; yy=$? ;;
284            'HthSiN') testoutput_var $1 "thSI_IceH_ave_N" "thSIc H North"     $2 $3; yy=$? ;;
285                  *) yy=99; echo "WARNING: asking for var=$xx : not recognized !" 1>&2 ;;
286              esac
287              if test $xx = $sVar
288              then allargs="$allargs > $yy <"
289              else allargs="$allargs $yy"
290              fi
291            done
292    
293            nbVar=`echo $listVar | awk '{print NF}'`
294            if [ $nbVar -lt $LEN_CHECK_LIST ] ; then
295            #-- fill line (up to standard length) with dot:
296              adNul=`expr $LEN_CHECK_LIST - $nbVar | awk '{for(i=1;i<=$1;i++){print "."}}'`
297              echo $allargs $adNul
298            else
299              echo $allargs
300            fi
301    # <-- same processing for adjoint & forward test
302  }  }
303    
304  genmakemodel()  genmakemodel()
# Line 183  genmakemodel() Line 307  genmakemodel()
307      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then      if test "x$NOGENMAKE" = xt ; then
308          echo "genmake skipped!"          echo "genmake skipped!"
309      else      else
310          GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2"          if test "x$BASH" = x ; then
311                GENMAKE2="../../../tools/genmake2"
312            else
313                GENMAKE2="$BASH ../../../tools/genmake2 -bash $BASH"
314            fi
315          (          (
316              cd $1;              cd $1;
317              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE --mods=../code"              command="$GENMAKE2  -ds -m $MAKE"
318                if test "x$ADM" = xt ; then
319                    command="$command --mods=../code_ad"
320                elif test "x$OADM" = xt ; then
321                    command="$command -adof ../../../tools/adjoint_options/adjoint_oad -mods '../code_oad ../../OpenAD/code_oad_all'"
322                else
323                    command="$command -mods=../code"
324                fi
325              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then              if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
326                  command="$command --optfile=$OPTFILE"                  command="$command -optfile=$OPTFILE"
                 # echo "  command=\"$command\""  
327              fi              fi
328              if test "x$IEEE" != x ; then              if test "x$IEEE" != x ; then
329                  command="$command -ieee"                  command="$command -ieee"
330              fi              fi
331              # echo "command: \"$command\""              if test "x$GSL" = xt ; then
332                    command="$command -gsl"
333                fi
334                if test "x$MPI" = xt ; then
335                    command="$command -mpi"
336                fi
337                if test "x$MULTI_THREAD" = xt ; then
338                #- run multi-threaded using OpenMP:
339                    command="$command -omp"
340                fi
341                if test "x$TS" = xt ; then
342                    command="$command -ts"
343                fi
344                if test "x$PAPIS" = xt ; then
345                    command="$command -papis"
346                else
347                if test "x$PCLS" = xt ; then
348                    command="$command -pcls"
349                fi
350                fi
351              printf 'genmake ... ' 1>&2              printf 'genmake ... ' 1>&2
352              $command > make.log 2>&1              # $command > make.log 2>&1
353                eval $command > make.log 2>&1
354              RETVAL=$?              RETVAL=$?
355              for i in genmake_state genmake_optfile genmake_local Makefile ; do              #  Reduce the size of the testing emails!
356                  if test -r $i ; then              head -100 Makefile > $CDIR/Makefile_head
                     cp $i $CDIR  
                 fi  
             done  
357              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
358                  tail make.log                  tail make.log
359                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2                  echo "genmakemodel: genmake failed" 1>&2
360                  cp make.log $CDIR                  cp genmake_* make.log $CDIR
361                  return 1                  return 1
362              else              else
363                  echo "succesful" 1>&2                  echo "successful" 1>&2
364              fi              fi
365          )          )
366      fi      fi
# Line 219  makeclean() Line 370  makeclean()
370  {  {
371      # makeclean directory      # makeclean directory
372      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then      if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
373          echo "make CLEAN skipped!"          echo "make Clean skipped!"
374      else      else
375          (          (
376              cd $1;              cd $1;
377              if test -e output.txt ; then              #if test -e $OUTPUTFILE ; then rm -f $OUTPUTFILE ; fi
                 rm -f output.txt  
             fi  
             printf 'make CLEAN ... ' 2>&1  
378              if test -r Makefile ; then              if test -r Makefile ; then
379                  $MAKE CLEAN >> make.log 2>&1                  printf 'clean build-dir: make Clean ... ' 2>&1
380                    $MAKE Clean >> make.log 2>&1
381                  RETVAL=$?                  RETVAL=$?
382                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then                  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
383                      tail make.log                      tail make.log
384                      echo "makeclean: \"make CLEAN\" failed" 1>&2                      echo "makeclean: \"make Clean\" failed" 1>&2
385                      cp make.log $CDIR"/make.log"                      cp make.log $CDIR"/make.log"
386                      return 1                      return 1
387                  fi                  fi
388                    echo successful 1>&2
389                else
390                    echo ''
391              fi              fi
392              echo succesful 1>&2              exit 0
393            )
394        fi
395    }
396    
397    run_clean()
398    {
399        # run_clean directory
400        if test "x$NOCLEAN" = xt ; then
401            echo "run_clean skipped!"
402        else
403            (
404                cd $1;
405                printf 'clean run-dir ... ' 2>&1
406                # part of what is done after "make clean" when doing "make CLEAN"
407                find . -name "*.meta" -exec rm {} \;
408                find . -name "*.data" -exec rm {} \;
409                find . -name "fort.*" -exec rm {} \;
410                find . -type l -exec rm {} \;
411                rm -f $EXECUTABLE *.txt STD* *diagnostics.log datetime
412                rm -rf mnc_test_*
413                rm -f *_MIT_CE_000.opt0000 costfunction*0000
414                echo successful 1>&2
415              exit 0              exit 0
416          )          )
417      fi      fi
# Line 260  makedependmodel() Line 434  makedependmodel()
434                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
435                  return 1                  return 1
436              else              else
437                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
438              fi              fi
439          )          )
440      fi      fi
# Line 273  makemodel() Line 447  makemodel()
447          cd $1;          cd $1;
448          if test -r Makefile ; then          if test -r Makefile ; then
449              printf 'make ... ' 1>&2              printf 'make ... ' 1>&2
450              $MAKE >> make.log 2>&1              if test "x$ADM" = xt ; then
451                    $MAKE adall >> make.log 2>&1
452                elif test "x$OADM" = xt ; then
453                    $MAKE adAll >> make.log 2>&1
454                else
455                    if test "x$JOBS" = x ; then
456                        $MAKE >> make.log 2>&1
457                    else
458                        $MAKE -j $JOBS >> make.log 2>&1
459                    fi
460                fi
461              RETVAL=$?              RETVAL=$?
462              if test "x$RETVAL" != x0 ; then              if test "x$RETVAL" != x0 ; then
463                  tail make.log                  tail make.log
# Line 281  makemodel() Line 465  makemodel()
465                  cp make.log $CDIR"/make.log"                  cp make.log $CDIR"/make.log"
466                  return 1                  return 1
467              else              else
468                  echo succesful 1>&2                  echo successful 1>&2
469              fi              fi
470          fi          fi
471      )      )
472  }  }
473    
474    symlink_mpifiles()
475    {
476        # Put special links so that MPI specific files are used
477        # This MUST be invoked between makeclean and makelinks because
478        # the Makefile will link to non-mpi files by default
479    
480        dir=$1
481        code_dir=$2
482        BUILD_DIR=$dir/$3
483        CODE_DIR=$dir/$code_dir
484        
485        # These are files that should replace their counter-part when using -mpi
486        MPI_FILES=`(cd $CODE_DIR; find . -name "*_mpi" -print)`
487    
488        #  Is this an MPI run?
489        if test "x$MPI" = xt ; then
490            # YES: We symbolically link these files to the build
491            # dir so long as there is no real file in place
492            for ii in $MPI_FILES ; do
493                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
494                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
495                cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1
496                RETVAL=$?
497                if test "x$RETVAL" != x0 ; then
498                    if ! test -f $BUILD_DIR/$i ; then
499                        #echo Linking $name to $i
500                        (cd $BUILD_DIR; ln -sf ../$code_dir/$i $name)
501                    fi
502                fi
503            done
504        else
505            # NO: We undo any _mpi symbolically linked files
506            for ii in $MPI_FILES ; do
507                i=`echo $ii | sed 's:^\./::'`
508                name=`echo $i | sed 's:_mpi::' `
509                if test -L $BUILD_DIR/$name ; then
510                    cmp $BUILD_DIR/$name "../$code_dir/$name"_mpi > /dev/null 2>&1
511                    RETVAL=$?
512                    if test "x$RETVAL" = x0 ; then
513                        #echo Un-linking $name from $linktarg
514                        rm -f $BUILD_DIR/$name
515                    fi
516                fi
517            done
518        fi
519        
520    }
521    
522  linkdata()  linkdata()
523  {  {
524      # linkdata flag      # linkdata run_dir input_dir_1 input_dir_2 ...
525      #      #
526      # symbolically link data files to run directory      # symbolically link data files to run directory
527      if test "x$1" = x1 ; then      if test -d $1 ; then
528          (          (
529              cd $2              cd $1 ; shift
530              files=`( cd ../input ; ls -1 | grep -v CVS )`              inpMPI=`(cd ../$1 ; find . -name "*.mpi" -print | sed 's:^\./::')`
531              for i in $files ; do              for xx in $inpMPI ; do
532                  if test ! -d "../input/"$i ; then                if test -r "../"$1"/"$xx ; then
533                      ln -sf "../input/"$i $i                  # found 1 _mpi sfx file in 1rst input dir and it is readable
534                    yy=`echo $xx | sed 's:\.mpi$::'`
535                    if test "x$MPI" = "xt" ; then
536                    # mpi test: remove symbolic link & link _mpi sfx file
537                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
538                        if test ! -r $yy ; then
539                            ln -sf "../"$1"/"$xx $yy ;
540                            printf "$xx " 1>&2
541                        fi
542                    else
543                    # not mpi test: remove symbolic link
544                        if test -h $yy ; then rm -f $yy ; fi
545                  fi                  fi
546                  fi
547                done
548                if test -r "../"$1"/eedata.mth" ; then
549                # found eedata.mth in 1rst input dir and it is readable
550                    if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
551                    # multi-threaded test: remove symbolic link & link eedata.mth
552                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
553                        if test ! -r eedata ; then
554                            ln -sf "../"$1"/eedata.mth" eedata ;
555                            printf 'eedata.mth ' 1>&2
556                        fi
557                    else
558                    # not multi-threaded test: remove eedata symbolic link
559                        if test -h eedata ; then rm -f eedata ; fi
560                    fi
561                fi
562                prevDir='NONE'
563                for ldir in $* ; do
564                    if test -d "../"$ldir -a $ldir != $prevDir ; then
565                        printf 'ldir='${ldir} 1>&2
566                        files=`( cd "../"$ldir ; ls -1 | grep -v CVS )`
567                        for i in $files ; do
568                            if test ! -d "../"$ldir/$i ; then
569                                if test ! -r $i  ; then
570                                    printf ' '$i 1>&2
571                                    ln -sf "../"$ldir"/"$i $i
572                                fi
573                            fi
574                        done
575                        if test -x "../"$ldir"/"prepare_run ; then
576                            "../"$ldir"/"prepare_run
577                        fi
578                        printf ' ; ' 1>&2
579                    fi
580                    prevDir=$ldir
581              done              done
582          )          )
583      fi      fi
# Line 309  runmodel() Line 587  runmodel()
587  {  {
588      # runmodel directory      # runmodel directory
589      #      #
590      #  runs "$COMMAND" in "directory"      #  runs "$COMMAND in "directory"
591      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")      #  (where "$COMMAND" is relative to "directory")
592      (      (
593          cd $1          cd $1
594          printf 'runmodel: ' 1>&2          printf 'runmodel in %s ...' $1 1>&2
595          # make output.txt          # make output.txt
596          $COMMAND          echo
597          RETVAL=$?          if test -L $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
598          if test "x$RETVAL" = x0 ; then              diff -q $EXECUTABLE "../"$builddir"/"$EXECUTABLE > /dev/null 2>&1
599              cp output.txt $CDIR"/output.txt"              outD=$? ; if test $outD != 0 ; then rm -f $EXECUTABLE ; fi
600            fi
601            if test ! -x $EXECUTABLE -a -x "../"$builddir"/"$EXECUTABLE ; then
602                echo " link" $EXECUTABLE "from dir ../"$builddir > run.log_tmp
603                ln -sf "../"$builddir"/"$EXECUTABLE .
604            fi
605            if test ! -x $EXECUTABLE ; then
606                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
607                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
608                    echo " no executable:" $EXECUTABLE >> $RUNLOG
609                    RETVAL=8
610                    ENDVAL=-1
611            else
612                if test ! -f $OUTPUTFILE -o $OUTPUTFILE -ot $EXECUTABLE ; then
613                  # output do not exist or is older than executable:
614                    rm -f $RUNLOG ; touch $RUNLOG
615                    if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
616                    ( eval $COMMAND ) >> $RUNLOG 2>&1
617                    RETVAL=$?
618                else
619                    RETVAL=0
620                    if test -f $RUNLOG ; then
621                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
622                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
623                    else
624                        touch $RUNLOG
625                        if test -f run.log_tmp ; then cat run.log_tmp >> $RUNLOG ; fi
626                        echo "---------->> $OUTPUTFILE is up to date " >> $RUNLOG 2>&1
627                        echo " no previous $RUNLOG: assume NORMAL END" >> $RUNLOG 2>&1
628                    fi
629                fi
630                ENDVAL=`cat $RUNLOG | grep -v 'ABNORMAL END' | grep -c 'NORMAL END'`
631            fi
632            rm -f run.log_tmp
633            #if test "x$RETVAL" = x0 ; then
634            if [ $RETVAL -eq 0 -a $ENDVAL -gt 0 ] ; then
635                tail $RUNLOG
636                echo successful 1>&2
637                # === Reduce the size of the testing emails!
638                #cp $OUTPUTFILE $CDIR"/"$OUTPUTFILE
639                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
640              return 0              return 0
641          else          else
642                tail $RUNLOG
643                echo failed '(run:' $RETVAL ' end:' $ENDVAL ')' 1>&2
644                cp $RUNLOG $CDIR"/"$RUNLOG
645                if test -s STDERR.0000 ; then cp STDERR.0000 $CDIR"/STDERR.0000" ; fi
646              return 1              return 1
647          fi          fi
648      )      )
# Line 330  createcodelet() Line 652  createcodelet()
652  {  {
653      # create codelet for comparing model output      # create codelet for comparing model output
654    
655      echo -n "creating the comparison code...  "      printf "creating the comparison code (using CC=$CC)...  "
656      cat > tmp_cmpnum.f <<EOFA      cat > tr_cmpnum.c <<EOF
657        program cmpnum  #include <stdio.h>
658        implicit none  #include <math.h>
659        real*8 a,b,diff  int main( int argc, char** argv )  {
660        integer linnum,best    int linnum,cmplin,best,lncnt;
661        best=-16    double a,b,abave,relerr;
662    99  read(*,*,end=70,err=60) linnum,a,b    best = -22;
663        diff=0.5*(abs(a)+abs(b))    lncnt = 0;
664  c     print *,a,b,diff,abs(a-b)/diff    while( 1 & ( (lncnt+=1) < 999 ) )  {
665        if (diff.gt.1.e-12) then      scanf("%d", &linnum);
666          diff=abs(a-b)/diff      if (linnum == -1)  break;
667          if (diff.gt.0.) then      scanf("%lf", &a);  scanf("%lf", &b);
668  c         print *,int(log10(diff)),diff      abave = 0.5*(fabs(a)+fabs(b));
669            linnum=int(log10(diff))      if ( abave == abave ) {
670            best=max(best,linnum)        if (abave > 0.0) {
671          endif          relerr=fabs(a-b)/abave;
672        else          if (relerr > 0.0) { cmplin = (int)rint(log10(relerr)); }
673          if (best.eq.-16.and.diff.ne.0.) best=-22          else { cmplin = -16 ; }
674        endif          best = (best > cmplin) ? best : cmplin; }
675        goto 99        else { cmplin = -22 ; }
676    60  stop 'cmpnum: An error occured reading a,b'     /* printf("%d ; %lf ; %lf\n",cmplin,a,b); */
677    70  print *,-best        }
678        end     else {
679  EOFA     /* printf("%lf ; %lf ; %lf\n",abave,a,b); */
680          break; }
681      }
682      if (lncnt == 999) best=-29;
683      if (linnum != -1) best=-99;
684      printf("%d\n", -best);
685      return 0;
686    }
687    EOF
688        $CC -o tr_cmpnum tr_cmpnum.c -lm
689    
690      f77 tmp_cmpnum.f      if [ -x ./tr_cmpnum ]; then
     if [ -x ./a.out ]; then  
691          echo "OK"          echo "OK"
692          return 0          return 0
693      else      else
694          echo          echo
695          echo "createcodelet: failed to compile codelet"          echo "ERROR: failed to compile comparison code -- please specify"
696            echo "  a C compiler using the CC environment variable."
697          exit 1          exit 1
698      fi      fi
699  }  }
# Line 374  formatresults() Line 705  formatresults()
705      nm=$1      nm=$1
706      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5      printf '%s %s %s %s' $2 $3 $4 $5
707      shift; shift; shift; shift; shift;      shift; shift; shift; shift; shift;
708      printf '%3s' $@      listPrt=$@
709        listRes=`echo $listPrt | sed 's/>//' | sed 's/<//'`
710        xx=`echo $listPrt | sed 's/.*>//' | sed 's/<.*//' | awk '{print $1}'`
711        printf '%3s' $listPrt
712    #   line below does not work on hp-ux_ia64 : do those substitutions later on
713    #   printf '%3s' $listPrt | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</'
714            
715      if [ $1 = '--' ]; then      if [ $xx = '..' ]; then
716            printf ' N/O '
717        elif [ $xx = '--' ]; then
718            printf ' N/O '
719        elif [ $xx = 99 ]; then
720          printf ' N/O '          printf ' N/O '
721      else      else
722          if [ $1 -gt 12 ]; then          if [ $xx -ge $MATCH_CRIT ]; then
723              printf ' pass'              printf ' pass'
724          else          else
725              printf ' FAIL'              printf ' FAIL'
# Line 390  formatresults() Line 730  formatresults()
730            
731  }  }
732    
733  show_help()  scandirs()
734  {  {
735      cat - << EOF      if [ $# -eq 1 ]; then
736  $0 [-help] [-quick] [-verbose] dir1 [dir2] [...]          for arg in * ; do
737                test -f $arg/$1 && echo $arg
738   -help|-h      Show this help message          done
739   -quiet     Reduce the amount of output      else
740   -verbose   Produce copious amounts of output          echo $*
741   -debug     Produce even more output which will mean nothing to most      fi
  -force     Do "make CLEAN" before compiling. This forces a complete rebuild.  
  -clean     Do "make CLEAN" after compiling and testing.  
  -cleanup   Aggresively removes all model output, executables and object files  
             and then exits. Use with care.  
   
 Normal usage:  
  $0 *       Configure, compile, run and analyze in all experiment directories  
 EOF  
742  }  }
743    
744  scandirs()  
745    check_eedata()
746  {  {
747      if [ $# -eq 0 ]; then      # check_eedata size.h eedata
748          for arg in * ; do      if [ $# -eq 2 ] ; then
749              test -d $arg/input && echo $arg        if test -f $1 -a -f $2 ; then
750          done        sx=`grep "^     & *nSx *=" $1 | sed "s/^     & *nSx *=//" | sed 's/, *$//'`
751          nx=`grep "^ *nTx *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTx *= *//' | sed "s/, *$//"`
752          if test "x$nx" = x ; then
753            rx=10
754          else
755            rx=`expr $sx % $nx`
756          fi
757          sy=`grep "^     & *nSy *=" $1 | sed "s/^     & *nSy *=//" | sed 's/, *$//'`
758          ny=`grep "^ *nTy *=" $2 | tail -1 | sed 's/^ *nTy *= *//' | sed "s/, *$//"`
759          if test "x$ny" = x ; then
760            ry=20
761          else
762            ry=`expr $sy % $ny`
763          fi
764          echo `expr $rx + $ry`
765        else
766          echo '-1'
767          fi
768      else      else
769          echo $*        echo '-2'
770      fi      fi
 }  
771    
772    }
773    
774  ###############################################################################  ###############################################################################
 ###############################################################################  
 ###############################################################################  
775    
776    
777  #  Default properties  #  Default properties
778  debug=0  debug=0
779  verbose=1  verbose=1
780  clean=0  clean=0
 expts=''  
 # ieee=1  
781    
782  IEEE=  IEEE=true
783  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then  if test "x$MITGCM_IEEE" != x ; then
784      IEEE=$MITGCM_IEEE      IEEE=$MITGCM_IEEE
785  fi  fi
786    GSL=f
787    
788  CLEANUP=f  CLEANUP=f
789  QUICK=f  QUICK=f
790  NOGENMAKE=f  NOGENMAKE=f
791  NOCLEAN=f  NOCLEAN=f
792  NODEPEND=f  NODEPEND=f
793    POSTCLEAN=f
794    
795  BASH=  BASH=
796  OPTFILE=NONE  OPTFILE=NONE
797  ADDRESSES=  ADDRESSES=
798  TESTDIRS=  TESTDIRS=
799    SKIPDIRS=
800  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"  MPACKDIR="../tools/mpack-1.6"
801  MPACK="$MPACKDIR/mpack"  HAVE_MPACK=
802  COMMAND="make output.txt"  MPACK=
803  MAKE=make  COMMAND=
804    if test "x$MAKE" = x ; then
805        MAKE=make
806    fi
807    if test "x$CC" = x ; then
808        CC=cc
809    fi
810    JOBS=
811  MPI=f  MPI=f
812    MULTI_THREAD=f
813    OUTDIR=
814    DELDIR=
815    
816    ADM=
817    OADM=
818    
819    # list of pTracers to check for monitor output
820    PTRACERS_NUM="1 2 3 4 5"
821    
822    MATCH_CRIT=13
823    
824  echo -n "parsing options...  "  printf "parsing options...  "
825    
826  ac_prev=  ac_prev=
827  for ac_option ; do  for ac_option ; do
# Line 483  for ac_option ; do Line 849  for ac_option ; do
849              ac_prev=ADDRESSES ;;              ac_prev=ADDRESSES ;;
850          -addr=* | --addr=*)          -addr=* | --addr=*)
851              ADDRESSES=$ac_optarg ;;              ADDRESSES=$ac_optarg ;;
852            -mpackdir | --mpackdir | -mpd | --mpd)
853                ac_prev=MPACKDIR ;;
854            -mpackdir=* | --mpackdir=* | -mpd=* | --mpd=*)
855                MPACKDIR=$ac_optarg ;;
856    
857          -tdir | --tdir | -t | --t)          -tdir | --tdir | -t | --t)
858              ac_prev=TESTDIRS ;;              ac_prev=TESTDIRS ;;
859          -tdir=* | --tdir=*)          -tdir=* | --tdir=*)
860              TESTDIRS=$ac_optarg ;;              TESTDIRS=$ac_optarg ;;
861    
862            -skipdir | --skipdir | -skd | --skd)
863                ac_prev=SKIPDIRS ;;
864            -skipdir=* | --skipdir=*)
865                SKIPDIRS=$ac_optarg ;;
866    
867          -bash | --bash | -b | --b)          -bash | --bash | -b | --b)
868              ac_prev=BASH ;;              ac_prev=BASH ;;
869          -bash=* | --bash=*)          -bash=* | --bash=*)
# Line 504  for ac_option ; do Line 879  for ac_option ; do
879          -make=* | --make=*)          -make=* | --make=*)
880              MAKE=$ac_optarg ;;              MAKE=$ac_optarg ;;
881    
882            -odir | --odir)
883                ac_prev=OUTDIR ;;
884            -odir=* | --odir=*)
885                OUTDIR=$ac_optarg ;;
886    
887            -ptracers | --ptracers | -ptr | --ptr)
888                ac_prev=PTRACERS_NUM ;;
889            -ptracers=* | --ptracers=* | -ptr=* | --ptr=*)
890                PTRACERS_NUM=$ac_optarg ;;
891    
892            -match | --match ) ac_prev=MATCH_CRIT ;;
893            -match=* | --match=* ) MATCH_CRIT=$ac_optarg ;;
894    
895            -j) ac_prev=JOBS ;;
896            -j=*) JOBS=$ac_optarg ;;
897    
898          -clean | --clean)          -clean | --clean)
899              CLEANUP=t ;;              CLEANUP=t ; DELDIR=t ;;
900    
901          -quick | --quick | -q | --q)          -quick | --quick | -q | --q)
902              QUICK=t ;;              QUICK=t ;;
# Line 516  for ac_option ; do Line 907  for ac_option ; do
907          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)          -nodepend | --nodepend | -nd | --nd)
908              NODEPEND=t ;;              NODEPEND=t ;;
909    
910          -mpi) MPI=true ;;          -postclean | --postclean | -pc | --pc)
911                POSTCLEAN=t ;;
912    
913            -mpi) MPI=t ;;
914    
915            -mth) MULTI_THREAD=t ;;
916    
917            -adm | -ad) ADM=t ;;
918    
919            -oad) OADM=t; NODEPEND=t ;;
920    
921          -ieee) IEEE=true ;;          -ieee) IEEE=true ;;
922          -noieee) IEEE= ;;          -noieee) IEEE= ;;
923            -gsl) GSL=t ;;
924    
925          -verbose) verbose=2 ;;          -verbose) verbose=2 ;;
926          -debug) debug=1 ;;          -debug) debug=1 ;;
927          -quiet) verbose=0 ;;          -quiet) verbose=0 ;;
928    
929            -deldir | -dd) DELDIR=t ;;
930    
931            -ts) TS=t;;
932    
933            -papis) PAPIS=t;;
934    
935            -pcls) PCL=t;;
936    
937          -*)          -*)
938              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option              echo "Error: unrecognized option: "$ac_option
939              usage              usage
# Line 545  if test "x$QUICK" = xt ; then Line 954  if test "x$QUICK" = xt ; then
954      NODEPEND=t      NODEPEND=t
955  fi  fi
956    
957    #- setting for forward or ADM testing
958    if test "x$ADM" = xt ; then
959        code_dir=code_ad
960        inputdir=input_ad
961        ref_outp="output_adm.txt"
962        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
963    elif test "x$OADM" = xt ; then
964        code_dir=code_oad
965        inputdir=input_oad
966        ref_outp="output_oadm.txt"
967        EXECUTABLE="mitgcmuv_ad"
968    else
969        code_dir=code
970        inputdir=input
971        ref_outp="output.txt"
972        EXECUTABLE="mitgcmuv"
973    fi
974    
975  if test "x$TESTDIRS" = x ; then  if test "x$TESTDIRS" = x ; then
976      TESTDIRS=`scandirs`      LIST=`scandirs results/$ref_outp`
977    else
978        #- expand group of experiments:
979        LIST=" "
980        for xx in $TESTDIRS
981        do
982          case $xx in
983            'basic') LIST=${LIST}" aim.5l_cs hs94.128x64x5 ideal_2D_oce"
984                     LIST=${LIST}" lab_sea tutorial_baroclinic_gyre"
985                     LIST=${LIST}" tutorial_global_oce_latlon tutorial_plume_on_slope"
986                    ;;
987            'tutorials')
988                     LIST=${LIST}" "`ls | grep 'tutorial_'` ;;
989            *)       LIST=${LIST}" "$xx ;;
990          esac
991        done
992  fi  fi
993    #echo 'LIST='${LIST}'<'
994    #- skip dirs, remove duplicate and non-directory:
995    TESTDIRS=" "
996    count=0
997    for xx in $LIST
998    do
999        yy=`echo $SKIPDIRS | grep -c $xx`
1000        if test $yy = 0 ; then
1001            if test -d $xx ; then
1002                yy=`echo $TESTDIRS | grep -c $xx`
1003                if test $yy = 0 ; then TESTDIRS=${TESTDIRS}" "$xx ; fi
1004            else count=1 ;
1005                echo ""; echo -n " -- skip \"$xx\" (not a directory !)"
1006            fi
1007        else
1008            if test $count = 1 ; then echo -n ", \"$xx\""
1009            else count=1 ; echo "" ;  echo -n " skip: \"$xx\""
1010            fi
1011        fi
1012    done
1013    if test $count = 1 ; then echo "" ; echo -n " ... " ; fi
1014    #echo 'TESTDIRS='${TESTDIRS}'<'
1015    
1016  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then  if test "x$OPTFILE" = xNONE -a "x$MITGCM_OF" != x ; then
1017      OPTFILE=$MITGCM_OF      OPTFILE=$MITGCM_OF
1018  fi  fi
1019    
1020  echo "OK"  RUNLOG="run.log"
1021    OUTPUTFILE=$ref_outp
1022    if test "x$COMMAND" = x ; then
1023        COMMAND="./$EXECUTABLE > $OUTPUTFILE"
1024    fi
1025    if test "x$MPI" = xt ; then
1026        OUTPUTFILE="STDOUT.0000"
1027    fi
1028    
1029    echo "OK (COMMAND= $COMMAND )"
1030    
1031    # set the Default List of output variables to be checked:
1032    #  (use default or load experiment-specific list from file "tr_checklist")
1033    # content : 1rst = main variable used to decide if it pass or FAIL
1034    #         others = number of matching digits to be printed in summary.txt
1035    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1036        DEF_CHECK_LIST='PS PS T+ S+ U+ V+ pt1+ pt2+ pt3+ pt4+ pt5+'
1037        EMPTY_RESULTS='.. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. .. ..'
1038        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1039        ii=`echo $EMPTY_RESULTS | awk '{print NF}'`
1040        EMPTY_RESULTS=$EMPTY_RESULTS`expr $LEN_CHECK_LIST - $ii | awk 'BEGIN{FS=":"}{for(i=1;i<=$1;i++){printf "  ."}}'`
1041    else
1042        DEF_CHECK_LIST='Grad Cost Grad'
1043        EMPTY_RESULTS='.. ..'
1044        LEN_CHECK_LIST=`echo $DEF_CHECK_LIST | sed 's/ [a-zA-Z0-9]*+/&mn &mx &av &sd/g' | awk '{print NF-1}'`
1045    fi
1046    
1047  #  create the FORTRAN comparison code  #  create the FORTRAN comparison code
1048  createcodelet  createcodelet
1049    
1050  #  build the mpack utility  #  build the mpack utility (if ADDRESSES = NONE, do it to test the build)
1051  build_mpack  if test "x$ADDRESSES" = x ; then
1052        echo "skipping mpack build"
1053    else
1054        build_mpack
1055    fi
1056    
1057  #  Create a uniquely named directory to store results  #  Create a uniquely named directory to store results
1058    CMDLINE=$0
1059    for xx in "$@" ; do nw=`echo $xx | wc -w`
1060        if test $nw = '1' ; then CMDLINE="$CMDLINE $xx"
1061                            else CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; fi
1062    done
1063    #for xx in "$@" ; do CMDLINE="$CMDLINE '$xx'" ; done
1064  MACH=`hostname`  MACH=`hostname`
1065  UNAMEA=`uname -a`  UNAMEA=`uname -a`
1066  DATE=`date +%Y%m%d`  DATE=`date +%Y%m%d`
1067  BASE=$MACH"_"$DATE"_"  BASE="tr_"$MACH"_"$DATE"_"
1068    if test "x$OUTDIR" != x ; then
1069        BASE="tr_"$OUTDIR"_"$DATE"_"
1070    else
1071        short_name=`hostname | sed 's/\..*$//'`
1072        BASE="tr_"$short_name"_"$DATE"_"
1073    fi
1074  DNUM=0  DNUM=0
1075  DRESULTS="$BASE$DNUM"  DRESULTS="$BASE$DNUM"
1076  while test -e $DRESULTS ; do  while test -e $DRESULTS ; do
# Line 575  done Line 1080  done
1080  mkdir $DRESULTS  mkdir $DRESULTS
1081  RETVAL=$?  RETVAL=$?
1082  if test "x$RETVAL" != x0 ; then  if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1083      echo "Error: can't create results directory \"./$DRESULTS\""      echo "ERROR: Can't create results directory \"./$DRESULTS\""
1084      exit 1      exit 1
1085  fi  fi
1086  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"  SUMMARY="$DRESULTS/summary.txt"
1087  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  start_date=`date`
1088  date > $SUMMARY  echo $start_date > $SUMMARY
1089  date > dfile  echo 'run:' $CMDLINE >> $SUMMARY
1090  cat << EOF >> $SUMMARY  echo 'on :' $UNAMEA  >> $SUMMARY
                 T           S           U           V  
 G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s  
 E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  
 N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  
 2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  
   
 EOF  
   
 NDIR=0  
1091    
1092  of_path=  of_path=
1093  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
# Line 605  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then Line 1101  if test "x$OPTFILE" != xNONE ; then
1101          fi          fi
1102          file=${OPTFILE##*/}          file=${OPTFILE##*/}
1103          OPTFILE=$of_path/$file          OPTFILE=$of_path/$file
1104            cp $OPTFILE $DRESULTS
1105            echo >> $SUMMARY
1106            echo "  OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY
1107      else      else
1108          echo          echo | tee $SUMMARY
1109          echo "WARNING: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\" but will try to use it..."          echo "ERROR: can't read OPTFILE=\"$OPTFILE\"" | tee $SUMMARY
1110            exit 1
1111      fi      fi
1112    else
1113        echo >> $SUMMARY
1114        echo "No \"OPTFILE\" was explicitly specified by testreport," >> $SUMMARY
1115        echo "   so the genmake default will be used." >> $SUMMARY
1116  fi  fi
1117  echo  echo
 echo "OPTFILE=$OPTFILE" >> $SUMMARY  
1118  echo >> $SUMMARY  echo >> $SUMMARY
1119    if test "x$ADM" = x -a "x$OADM" = x; then
1120        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1121        then line_0="default  "$MATCH_CRIT ;
1122        else line_0="default "$MATCH_CRIT ; fi
1123           line_0="$line_0  ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1124    #   line_0="            ----T-----  ----S-----  ----U-----  ----V-----"
1125        line_1="G D M    c        m  s        m  s        m  s        m  s"
1126        line_2="E p a R  g  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  .  m  m  e  ."
1127        line_3="N n k u  2  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d  i  a  a  d"
1128        line_4="2 d e n  d  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  .  n  x  n  ."
1129        for ii in $PTRACERS_NUM ; do
1130            line_0="$line_0  --PTR 0"$ii"--"
1131            line_1="$line_1        m  s"
1132            line_2="$line_2  m  m  e  ."
1133            line_3="$line_3  i  a  a  d"
1134            line_4="$line_4  n  x  n  ."
1135        done
1136        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1137        echo "$line_1" | tee -a $SUMMARY
1138        echo "$line_2" | tee -a $SUMMARY
1139        echo "$line_3" | tee -a $SUMMARY
1140        echo "$line_4" | tee -a $SUMMARY
1141        echo " "       | tee -a $SUMMARY
1142    else
1143        echo "ADJOINT=true" >> $SUMMARY
1144        echo >> $SUMMARY
1145        if [ $MATCH_CRIT -lt 10 ] ;
1146        then line_0="default     "$MATCH_CRIT ;
1147        else line_0="default    "$MATCH_CRIT ; fi
1148        echo "$line_0" | tee -a $SUMMARY
1149        cat << EOF | tee -a $SUMMARY
1150    G D M    C  G
1151    E p a R  o  r
1152    N n k u  s  a
1153    2 d e n  t  d
1154    
1155    EOF
1156    fi
1157    
1158  #  ...and each test directory...  #  ...and each test directory...
1159  for dir in $TESTDIRS ; do  for dir in $TESTDIRS ; do
1160            
1161        # set builddir & rundir:
1162        builddir="build"
1163        if test ! -d $dir/$builddir ; then mkdir $dir/$builddir ; fi
1164        rundir="run"
1165        if test ! -d $dir/$rundir ; then
1166            rundir=$builddir
1167        fi
1168        CODE_DIR=$dir/$code_dir
1169        BUILD_DIR=$dir/$builddir
1170    
1171      #  Cleanup only!      #  Cleanup only!
1172      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1173          if test -r $dir/build/Makefile ; then          echo -n '  --- dir:' $BUILD_DIR ': '
1174              ( cd $dir/build ; make CLEAN )          makeclean $BUILD_DIR
1175            rm -f $BUILD_DIR/$EXECUTABLE
1176            if test -d $dir/$rundir/CVS ; then
1177                echo -n '  --- dir:' $dir/$rundir ': '
1178                run_clean $dir/$rundir
1179          fi          fi
1180          if test -r $dir/input/Makefile ; then          trdir=`( cd $dir ; find . -type d -name "tr_run.*" -print | sed 's/^.\///')`
1181              ( cd $dir/input ; make CLEAN )          ttd=`echo $trdir | wc -w`
1182            if test $ttd != 0 ; then
1183                echo '  --- rm dir:' $trdir
1184                ( cd $dir ; rm -rf $trdir )
1185          fi          fi
1186          continue          continue
1187      fi      fi
1188    
1189      #  Verify that the testdir exists and contains previous      #  Verify that the testdir exists and contains previous
1190      #  results in the correct location--or skip this directory!      #  results in the correct location--or skip this directory!
1191      if test ! -r $dir"/results/output.txt" ; then      fout=$dir"/results/"$ref_outp
1192          echo "can't read \"$dir/results/output.txt\" -- skipping $dir"      if test ! -r $fout ; then
1193            echo "can't read \"$fout\" -- skipping $dir"
1194          continue          continue
1195      fi      fi
1196    
1197      echo "-------------------------------------------------------------------------------"      # Check for specific files for particular type of run
     echo  
     echo "Experiment:  $dir"  
     echo  
     unset genmake makedepend make run  
     results='-- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- -- --'  
1198    
1199      builddir="input"      if test ! -r $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" -a "x$MPI" = "xt" ; then
1200      rundir="input"          echo "can't find \"$CODE_DIR/SIZE.h_mpi\" -- skipping $dir"
1201      use_seperate_build=0          continue
     if test -d $dir/build -a -r $dir/build ; then  
         builddir="build"  
         rundir="build"  
         use_seperate_build=1  
         linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir  
1202      fi      fi
1203            if test ! -r $dir"/input/eedata.mth" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1204      CODE_DIR=$dir/code          echo "can't find \"$dir/input/eedata.mth\" -- skipping $dir"
1205      BUILD_DIR=$dir/$builddir          continue
     MPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_mpi SIZE.h_mpi"  
     NOMPI_FILES="CPP_EEOPTIONS.h_nompi SIZE.h_nompi"  
   
     #  Is this an MPI run?  
     if test "x$MPI" = xt ; then  
         FILES=$MPI_FILES  
         endings="_mpi"  
     else  
         FILES=$NOMPI_FILES  
         endings="_nompi"  
1206      fi      fi
1207            if test "x$MPI" = "xt" -a "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1208      #  Check to see that we have the files        retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/input/eedata.mth"`
1209      have_files=t        if test $retv != 0 ; then
1210      for i in $FILES ; do          echo "input/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
         if test ! -r $CODE_DIR/$i ; then  
             echo "Warning: can't read file $CODE_DIR/$i"  
             have_files=f  
         fi  
     done  
     if test "x$have_files" != xt -a "x$MPI" = xt ; then  
         echo "Skipping $dir due to lack of input files (see above warning)"  
1211          continue          continue
1212          fi
1213      fi      fi
1214        
1215      #  If we have the $FILES and they differ, copy the $FILES to $BUILD_DIR      #  Check whether there are "extra runs" for this testdir
1216      if test "x$have_files" = xt ; then      extra_runs=
1217          for i in $FILES ; do      ex_run_dirs=`( cd $dir ; echo $inputdir.* )`
1218              sstr="s|$endings||"      #echo "ex_run_dirs='$ex_run_dirs'"
1219              name=`echo $i | sed -e $sstr `      for exd in $ex_run_dirs ; do
1220              cmp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name > /dev/null 2>&1          name=`echo $exd | sed -e "s/$inputdir\.//"`
1221              RETVAL=$?          refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${name}./"`
1222              if test "x$RETVAL" != x0 ; then          outf="$dir/results/$refExOut"
1223                  cp $CODE_DIR/$i $BUILD_DIR/$name          if test -f $outf -a -r $outf ; then
1224              if test "x$MULTI_THREAD" = "xt" ; then
1225                if test -r $dir"/"$exd"/eedata.mth" ; then
1226                  if test "x$MPI" = "xt" ; then
1227                    retv=`check_eedata $CODE_DIR"/SIZE.h_mpi" $dir"/"$exd"/eedata.mth"`
1228                    if test $retv = 0 ; then
1229                        extra_runs="$extra_runs $name"
1230                    else
1231                        echo $exd"/eedata.mth tiling misfit -- skipping $dir"
1232                    fi
1233                  else
1234                    extra_runs="$extra_runs $name"
1235                  fi
1236                #else echo $dir"/"$exd"/eedata.mth: not found"
1237              fi              fi
1238          done            else
1239                extra_runs="$extra_runs $name"
1240              fi
1241            fi
1242        done
1243    
1244        echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1245        echo
1246        if test "x$extra_runs" = "x" ; then
1247           echo "Experiment:  $dir"
1248        else
1249           echo "Experiment:  $dir ; extra_runs=$extra_runs"
1250      fi      fi
1251            echo
1252        unset genmake makedepend make run
1253        results=$EMPTY_RESULTS
1254    
1255      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination      #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir combination
1256      CDIR=$DRESULTS"/"$DRESULTS"_"$NDIR      rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir
1257      mkdir $CDIR      mkdir $rel_CDIR
1258      CDIR=`pwd`"/$CDIR"      CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1259            
1260      if test "x$CLEANUP" = xt ; then      if test "x$CLEANUP" = xt ; then
1261          makeclean $dir/$builddir          echo '====>>> this is to check that we never go through this part <<< ==='
1262            makeclean $dir/$builddir \
1263                && run_clean $dir/$rundir
1264      else      else
1265          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \          genmakemodel $dir/$builddir && genmake=Y \
1266              && makeclean $dir/$builddir \              && makeclean $dir/$builddir \
1267                && run_clean $dir/$rundir \
1268                && symlink_mpifiles $dir $code_dir $builddir \
1269              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \              && makedependmodel $dir/$builddir && makedepend=Y \
1270              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \              && makemodel $dir/$builddir && make=Y \
1271              && linkdata $use_seperate_build $dir/$rundir \              && linkdata $dir/$rundir $inputdir input \
1272              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \              && runmodel $dir/$rundir && run=Y \
1273              && results=`testoutput $dir $rundir`              && results=`testoutput_run $dir $rundir $ref_outp`
1274      fi      fi
1275            
1276      echo      echo
1277      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1278          ${run:-N} $results          echo
1279      echo          echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1280      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          touch $CDIR"/summary.txt"
1281          ${run:-N} $results >> $SUMMARY          echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1282      echo "fresults='" > $CDIR"/summary.txt"          echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1283      formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} \          echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1284          ${run:-N} $results >> $CDIR"/summary.txt"          echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1285      echo "'" >> $CDIR"/summary.txt"          echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"
1286      echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"          if test "x$ADM" = xt ; then
1287      echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"              head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1288      echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"              grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/$rundir/$OUTPUTFILE \
1289      echo "tdir='$dir'" >> $CDIR"/summary.txt"                                  >> $CDIR"/summary.txt"
       
     (  
         cd $DRESULTS  
         tar -cf $NDIR".tar" $DRESULTS"_"$NDIR > /dev/null 2>&1  
         gzip $NDIR".tar"  
     )  
       
     if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then  
         echo "No mail sent"  
     else  
         $MPACK -s MITgcm-test -m 1000000 $DRESULTS"/"$NDIR".tar.gz" $ADDRESSES  
         RETVAL=$?  
         if test "x$RETVAL" != x0 ; then  
             echo "Warning: \"$MPACK\" failed -- please contact <edhill@mitgcm.org>"  
         else  
             rm -f $DRESULTS"/"$NDIR".tar*"  
1290          fi          fi
     fi  
1291    
1292      echo "-------------------------------------------------------------------------------"          for ex in $extra_runs ; do
1293                unset run
1294                results=$EMPTY_RESULTS
1295                #  reference output file
1296                refExOut=`echo $ref_outp | sed "s/\./.${ex}./g"`
1297                #  Create an output dir for each OPTFILE/tdir.ex combination
1298                rel_CDIR=$DRESULTS"/"$dir"."$ex
1299                mkdir $rel_CDIR
1300                CDIR=`pwd`"/$rel_CDIR"
1301                test ! -e "$dir/tr_run.$ex" && mkdir "$dir/tr_run.$ex"
1302                run_clean $dir/tr_run.$ex
1303                linkdata $dir/tr_run.$ex $inputdir.$ex $inputdir input
1304                runmodel $dir/tr_run.$ex && run=Y \
1305                && results=`testoutput_run $dir tr_run.$ex $refExOut`
1306                fres=`formatresults $dir ${genmake:-N} ${makedepend:-N} ${make:-N} ${run:-N} $results`
1307                fres="$fres.$ex"
1308                echo
1309                echo "$fres" | sed 's/ 99/ --/g' | sed 's/  > />/' | sed 's/  < /</' >> $SUMMARY
1310                touch $CDIR"/summary.txt"
1311                echo "fresults='$fres'" | sed 's/ 99/ --/g' >> $CDIR"/summary.txt"
1312                echo "MACH='$MACH'" >> $CDIR"/summary.txt"
1313                echo "UNAMEA='$UNAMEA'" >> $CDIR"/summary.txt"
1314                echo "DATE='$DATE'" >> $CDIR"/summary.txt"
1315                echo "tdir='$dir.$ex'" >> $CDIR"/summary.txt"
1316                if test "x$ADM" = xt ; then
1317                    head -1 $dir/$builddir/taf_ad.log >> $CDIR"/summary.txt"
1318                    grep -A3 'Seconds in section "ALL' $dir/tr_run.$ex/$OUTPUTFILE \
1319                                       >> $CDIR"/summary.txt"
1320                fi
1321                if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1322                    run_clean $dir/tr_run.$ex
1323                fi
1324            done
1325    
1326        #postclean $dir/$builddir
1327        if test "x$POSTCLEAN" = xt ; then
1328            makeclean $dir/$builddir \
1329                && run_clean $dir/$rundir
1330        fi
1331            
1332      NDIR=$(( $NDIR + 1 ))      echo "-------------------------------------------------------------------------------"
1333            
1334  done  done
1335    
1336  echo -n "Start time:  " >> $SUMMARY  printf "Start time:  " >> $SUMMARY
1337  date -r dfile >> $SUMMARY  echo "$start_date" >> $SUMMARY
1338  echo -n "End time:    " >> $SUMMARY  printf "End time:    " >> $SUMMARY
1339  date >> $SUMMARY  date >> $SUMMARY
1340    
1341  rm tmp_cmpnum.f a.out dfile  #  If addresses were supplied and mpack built successfully, then try
1342    #  to send email using mpack.
1343    if test "x$ADDRESSES" = xNONE -o "x$ADDRESSES" = x ; then
1344        echo "No results email was sent."
1345    else
1346        if test "x$HAVE_MPACK" = xt ; then
1347            tar -cf $DRESULTS".tar" $DRESULTS > /dev/null 2>&1 \
1348                && gzip $DRESULTS".tar" \
1349                && $MPACK -s MITgcm-test -m 3555000 $DRESULTS".tar.gz" $ADDRESSES
1350            RETVAL=$?
1351            if test "x$RETVAL" != x0 ; then
1352                echo
1353                echo "Warning: The tar, gzip, & mpack step failed.  Please send email"
1354                echo "  to <MITgcm-support@mitgcm.org> for help.  You may copy the "
1355                echo "  summary of results from the directory \"$DRESULTS\"."
1356                echo
1357            else
1358                echo
1359                echo "An email containing results was sent to the following addresses:"
1360                echo "  \"$ADDRESSES\""
1361                echo
1362            fi
1363            test -f $DRESULTS".tar"  &&  rm -f $DRESULTS".tar"
1364            test -f $DRESULTS".tar.gz"  &&  rm -f $DRESULTS".tar.gz"
1365        fi
1366    fi
1367    
1368    rm -f tr_cmpnum.c tr_cmpnum
1369    
1370  if test "x$CLEANUP" != xt ; then  if test "x$CLEANUP" != xt ; then
1371      cat $SUMMARY      cat $SUMMARY | sed 's/ \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \.  \. //'
1372      if test -e tr.out ; then      if test -e tr_out.txt ; then
1373          mv tr.out tr.out.old          mv tr_out.txt tr_out.txt.old
1374      fi      fi
1375      cat $SUMMARY > tr.out      cat $SUMMARY | sed '/^[YN] [YN] [YN] [YN]/ s/ \. //g' > tr_out.txt
1376    fi
1377    
1378    if test "x$DELDIR" = xt ; then
1379        rm -rf $DRESULTS
1380  fi  fi
1381    

Legend:
Removed from v.1.14  
changed lines
  Added in v.1.128

  ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.1.22